제39조(종자업 등록의 취소 등) ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 종자업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종자업 등록을 취소하거나 6개월 이내의 기간을 정하여 영업의 전부 또는 일부의 정지를 명할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 그 등록을 취소하여야 한다.  <개정 2016. 12. 27., 2022. 12. 27.>

1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 종자업 등록을 한 경우

2. 종자업 등록을 한 날부터 1년 이내에 사업을 시작하지 아니하거나 정당한 사유 없이 1년 이상 계속하여 휴업한 경우

3. 「식물신품종 보호법」 제81조에 따른 보호품종의 실시 여부 등에 관한 보고 명령에 따르지 아니한 경우

4. 제36조제1항을 위반하여 종자의 보증을 받지 아니한 품종목록 등재대상작물의 종자를 판매하거나 보급한 경우

5. 종자업자가 종자업 등록을 한 후 제37조제1항에 따른 시설기준에 미치지 못하게 된 경우

6. 종자업자가 제37조제2항 본문을 위반하여 종자관리사를 두지 아니한 경우

7. 제38조를 위반하여 신고하지 아니한 종자를 생산하거나 수입하여 판매한 경우 또는 거짓으로 신고한 경우

8. 제40조에 따라 수출ㆍ수입이 제한된 종자를 수출ㆍ수입하거나, 수입되어 국내 유통이 제한된 종자를 국내에 유통한 경우

9. 제41조제1항을 위반하여 수입적응성시험을 받지 아니한 외국산 종자를 판매하거나 보급한 경우

10. 제43조제1항을 위반하여 품질표시를 하지 아니하거나 거짓으로 표시한 종자를 판매하거나 보급한 경우

11. 제45조제1항에 따른 종자 등의 조사나 종자의 수거를 거부ㆍ방해 또는 기피한 경우

12. 제45조제2항에 따른 생산이나 판매를 중지하게 한 종자를 생산하거나 판매한 경우

② 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 종자업자가 제1항에 따른 영업정지명령을 위반하여 정지기간 중 계속 영업을 할 때에는 그 영업의 등록을 취소할 수 있다.

③ 제1항이나 제2항에 따라 종자업 등록이 취소된 자는 취소된 날부터 2년이 지나지 아니하면 종자업을 다시 등록할 수 없다.

④ 제1항에 따른 행정처분의 세부적인 기준은 그 위반행위의 유형과 위반 정도 등을 고려하여 농림축산식품부령으로 정한다.  <개정 2013. 3. 23., 2015. 6. 22.>