제46조(기업 간 주식등의 교환에 대한 과세특례) ① 내국법인(이하 이 조에서 “교환대상법인”이라 한다)의 지배주주ㆍ출자자 및 그 특수관계인(이하 이 조에서 “지배주주등”이라 한다)이 2017년 12월 31일 이전에 대통령령으로 정하는 재무구조개선계획(대통령령으로 정하는 자가 승인한 것에 한정한다. 이하 이 조에서 “재무구조개선계획”이라 한다)에 따라 그 소유 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식등”이라 한다) 전부를 양도하고 교환대상법인의 대통령령으로 정하는 특수관계인이 아닌 다른 내국법인(이하 이 조에서 “교환양수법인”이라 한다)의 주식등을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 그 소유비율에 따라 양수하는 경우에는 주식등을 양도함에 따라 발생한 양도차익(교환양수법인 및 교환양수법인의 지배주주등에 발생하는 양도차익을 포함한다)에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양수한 주식등을 처분(상속ㆍ증여를 포함한다)할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.  <개정 2010. 12. 27., 2011. 12. 31., 2014. 12. 23., 2015. 12. 15., 2020. 12. 29.>

1. 교환양수법인이 이미 보유하거나 새롭게 발행한 주식등을 양수하는 방법

2. 교환양수법인의 지배주주등이 보유한 주식등의 전부를 양수하는 방법[교환대상법인 및 교환양수법인이 서로 다른 기업집단(「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제2조제11호에 따른 기업집단을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에 소속되어 있는 경우로 한정한다]

② 제1항제2호에 따른 교환대상법인의 양도ㆍ양수에 있어서 나타난 해당 법인의 자산부족액을 익금에 산입하여 이를 「법인세법」 제67조에 따라 처분하는 경우 해당 법인은 「소득세법」에도 불구하고 그 처분금액에 대한 소득세를 원천징수하지 아니한다.

③ 제1항제2호에 따라 주식등을 양도한 교환대상법인의 주주등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 해당 사유가 발생한 과세연도에 납부하지 아니한 세액을 납부하거나 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한 금액을 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 양도소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 해당 세액은 「법인세법」 제64조 또는 「소득세법」 제76조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.  <개정 2014. 12. 23.>

1. 주식등을 양도한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 교환대상법인이 속하였던 기업집단에 교환대상법인과 동일한 업종을 경영하는 법인이 속하게 되는 경우

2. 주식등을 양도한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 지배주주등이 교환대상법인의 주식등을 다시 보유하게 되는 경우

④ 내국법인이 「법인세법」 제47조에 따른 물적분할 또는 같은 법 제47조의2에 따른 현물출자로 취득한 주식등의 전부를 제1항에 따라 다른 법인의 주식등과 교환하는 경우에 현물출자 또는 물적분할 당시 자산의 양도차익에 상당하는 금액으로서 손금에 산입하여 과세를 이연받은 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다.

⑤ 제1항제2호에 따라 주식등을 양도한 교환대상법인의 재무구조개선계획을 승인한 자는 재무구조개선계획의 내용 및 그 이행실적을 매년 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 지배주주등의 범위, 주식등의 양도ㆍ양수의 방법, 손금산입대상 양도차익의 계산, 재무구조개선계획의 내용 및 승인기준, 주식등의 양도ㆍ양수에 관한 명세서 제출, 채무의 범위, 세액감면의 신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

[전문개정 2010. 1. 1.]