제99조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제99조제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 “감면대상 양도소득금액”이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.  <개정 2016. 2. 5., 2016. 5. 10., 2017. 5. 8.>

1. 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 「소득세법」 제95조제1항에 따라 계산한다. 다만, 재개발ㆍ재건축되기 전의 주택(이하 이 조에서 “종전주택”이라 한다)을 재개발ㆍ재건축하여 취득한 법 제98조의3제2항 각 호에 따른 신축주택의 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

2. 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제99조제1항제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택”이란 1998년 5월 21일이전에 주택건설사업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설사업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.  <개정 2008. 2. 29., 2010. 2. 18., 2020. 2. 18.>

③ 법 제99조제1항제2호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.  <신설 1999. 10. 30., 2000. 12. 29., 2003. 6. 30., 2003. 11. 29., 2005. 2. 19., 2010. 2. 18.>

1. 「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 “주택조합등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조제1항제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 1에 해당하는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 해당 주택의 건축물대장을 확인하여야 한다(제3호의 경우는 제외한다).  <개정 1999. 10. 30., 2008. 2. 29., 2010. 11. 2.>

1. 법 제99조제1항제1호의 주택의 경우에는 사용승인일 또는 사용검사일(임시사용승인일을 포함한다)을 입증할 수 있는 증빙서류

2. 제3항제2호의 주택

가. 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실을 입증할 수 있는 증빙서류

나. 제1호의 서류

3. 기타의 주택

가. 취득시의 주택매매계약서

나. 계약금을 납부한 사실을 입증할 수 있는 증빙서류