법령

법제처 국가법령정보센터

조세특례제한법 시행규칙

[시행 2024. 3. 22.] [기획재정부령 제1042호, 2024. 3. 22., 일부개정]

기획재정부(조세특례제도과-투자, 고용), 044-215-4131, 4136

기획재정부(부가가치세제과(농림,외국인,제주도 특례분야 제외)), 044-215-4322

기획재정부(법인세제과-법인세), 044-215-4223

기획재정부(조세특례제도과-지방이전 지원, 최저한세, 직접국세(2장11절)), 044-215-4133

기획재정부(소득세제과-소득세(근로장려세제 포함)), 044-215-4211~4214, 4216~4218

기획재정부(재산세제과-양도소득세(부동산 관련 제도)), 044-215-4313, 4317

기획재정부(관세제도과-관세), 044-215-4412, 4417

기획재정부(환경에너지세제과-개별소비세, 주세, 유류세), 044-215-4331~4334

기획재정부(금융세제과-금융소득 관련), 044-215-4233, 4236

행정안전부(지방세특례제도과-지방세(취득세 등)), 044-205-3860

기획재정부(조세특례제도과-연구인력개발, 중소기업), 044-215-4132

기획재정부(부가가치세제과(농림,외국인,제주도 관련분야)), 044-215-4323

기획재정부(국제조세제도과-외국인투자(외국법인) 등), 044-215-4423, 4424

영 별표 6 제1호가목1)가)부터 다)까지 외의 부분 본문에서 “기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)를 말하며, 영 별표 6 제1호가목1)가)부터 다)까지 외의 부분 본문에 따른 연구개발서비스업이란 「연구산업진흥법」에 따른 전문연구사업자가 영위하는 같은 법 제2조제1호가목의 연구산업(이하 이 조에서 “연구개발서비스업”이라 한다)을 말한다.  <개정 2008. 4. 29., 2009. 4. 7., 2009. 8. 28., 2010. 4. 20., 2011. 4. 7., 2012. 2. 28., 2013. 3. 23., 2014. 3. 14., 2015. 3. 13., 2017. 3. 17., 2019. 3. 20., 2022. 3. 18.>

1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

2. 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서

3. 「산업디자인진흥법」 제9조에 따른 산업디자인전문회사(이하 이 조에서 “산업디자인전문회사”라 한다)

제9조제3항제1호가목 본문에서 “기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서”란 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업으로서 영 별표 7에 따른 신성장ㆍ원천기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 “신성장ㆍ원천기술연구개발업무”라 한다)만을 수행하는 국내 소재 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업(이하 이 조에서 “신성장ㆍ원천기술연구개발 전담부서등”이라 한다)을 말한다. 다만, 일반연구개발을 수행하는 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업의 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 조직을 신성장ㆍ원천기술연구개발 전담부서등으로 본다.  <신설 2010. 4. 20., 2011. 4. 7., 2012. 2. 28., 2014. 3. 14., 2017. 3. 17., 2019. 3. 20., 2020. 3. 13., 2022. 3. 18.>

1. 신성장ㆍ원천기술연구개발업무에 관한 별도의 조직을 구분하여 운영하는 경우: 그 내부 조직

2. 제1호 외의 경우: 신성장ㆍ원천기술연구개발업무 및 일반연구개발을 모두 수행하는 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업

영 별표 6 제1호가목1)가)부터 다)까지 외의 부분 본문에서 “기획재정부령으로 정하는 자”란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」에 따른 연구전담요원(산업디자인전문회사의 경우 연구업무에 종사하는 「산업디자인진흥법 시행규칙」 제9조제1항제1호에 따른 전문인력을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 및 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」에 따른 연구보조원과 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.  <개정 2008. 4. 29., 2009. 4. 7., 2010. 4. 20., 2011. 4. 7., 2012. 2. 28., 2014. 3. 14., 2019. 3. 20., 2021. 3. 16., 2022. 3. 18.>

1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 해당 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

2. 해당 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주등 및 해당 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주

3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)의 「소득세법 시행령」 제98조제1항 또는 「법인세법 시행령」 제2조제5항에 따른 특수관계인. 이 경우 「법인세법 시행령」 제2조제5항제7호에 해당하는 자가 해당 법인의 임원인 경우를 제외한다.

제9조제3항제1호가목 단서에서 “기획재정부령으로 정하는 사람”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다.  <신설 2010. 4. 20., 2017. 3. 17., 2019. 3. 20., 2020. 3. 13., 2022. 3. 18.>

1. 주주인 임원으로서 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람

2. 제2항제2호에 해당하는 경우로서 신성장ㆍ원천기술연구개발업무와 일반연구개발을 동시에 수행한 사람

영 별표 6 제1호라목에서 “기획재정부령으로 정하는 비용”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 산업기술에 관한 자문을 받고 지급하는 기술자문료를 말한다.  <개정 2008. 4. 29., 2009. 4. 7., 2010. 4. 20., 2011. 4. 7., 2012. 2. 28., 2015. 3. 13., 2019. 3. 20., 2020. 3. 13., 2022. 3. 18.>

1. 과학기술분야를 연구하는 국ㆍ공립연구기관, 정부출연연구기관, 국내외 비영리법인(부설연구기관을 포함한다), 「산업기술혁신 촉진법」 제42조에 따른 전문생산기술연구소 등 기업이 설립한 국내외 연구기관, 전담부서등 또는 국외기업에 부설된 연구기관에서 연구업무에 직접 종사하는 연구원

2. 「고등교육법」 제2조에 따른 대학(교육대학 및 사범대학을 포함한다) 또는 전문대학에 근무하는 과학기술분야의 교수(조교수 이상인 자에 한한다)

3. 외국에서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 산업분야에 5년 이상 종사하였거나 학사학위 이상의 학력을 가지고 해당 분야에 3년 이상 종사한 외국인기술자

가. 영 별표 4의 산업

나. 광업

다. 건설업

라. 제5조제6항에 따른 엔지니어링사업

마. 제5조제7항에 따른 물류산업

바. 시장조사 및 여론조사업, 경영컨설팅업 및 공공관계 서비스업, 사업시설 유지관리 서비스업, 교육관련 자문 및 평가업, 기타 교육지원 서비스업(교환학생 프로그램 운영 등으로 한정한다), 비금융 지주회사, 기술 시험ㆍ검사 및 분석업, 측량업, 제도업, 지질조사 및 탐사업(광물채굴 목적의 조사 및 탐사를 제외한 지질조사 및 탐사활동으로 한정한다), 지도제작업, 전문디자인업, 그 외 기타 분류 안 된 전문ㆍ과학 및 기술 서비스업(지도제작, 환경정화 및 복원활동을 제외한 그 외 기타 분류 안 된 전문ㆍ과학 및 기술 서비스로 한정한다), 기타 광업 지원 서비스업(채굴목적 광물탐사활동으로 한정한다), 토양 및 지하수 정화업(토양 및 지하수 정화활동으로 한정한다), 기타 환경 정화 및 복원업[토양 및 지하수 외의 환경 정화 활동(선박유출기름 수거운반을 제외한다)으로 한정한다]

사. 「연구산업진흥법」 제2조제1호가목나목의 연구산업

아. 「조세특례제한법」(이하 “법”이라 한다) 제7조제1항제1호허목의 의료업(「국가기술자격법 시행규칙」 별표 2의 국제의료관광코디네이터로 한정한다)

제9조제3항제2호같은 조 제7항제2호에서 “기획재정부령으로 정하는 기관”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관을 말한다. 다만, 제4호부터 제7호까지의 기관에 신성장ㆍ원천기술연구개발업무 또는 영 별표 7의2에 따른 국가전략기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 “국가전략기술연구개발업무”라 한다)를 위탁(재위탁을 포함한다)하는 경우(영 별표 7 제7호가목6)부터 8)까지의 규정에 따른 임상1상ㆍ임상2상ㆍ임상3상 시험, 영 별표 7의2 제3호나목부터 마목까지의 규정에 따른 비임상ㆍ임상1상ㆍ임상2상ㆍ임상3상 시험 및 같은 표 제7호다목부터 바목까지의 규정에 따른 비임상ㆍ임상1상ㆍ임상2상ㆍ임상3상 시험의 경우는 제외한다)에는 국내에 소재한 기관으로 한정한다.  <신설 2017. 3. 17., 2019. 3. 20., 2020. 3. 13., 2022. 3. 18., 2024. 3. 22.>

1. 「고등교육법」 제2조에 따른 대학 또는 전문대학

2. 국공립연구기관

3. 정부출연연구기관

4. 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)

5. 「산업기술혁신 촉진법」 제42조에 따른 전문생산기술연구소 등 기업이 설립한 국내외 연구기관

6. 전담부서등(신성장ㆍ원천기술연구개발업무 또는 국가전략기술연구개발업무만을 수행하는 전담부서등에서 직접 수행한 부분에 한정한다) 또는 국외기업에 부설된 연구기관

7. 「연구산업진흥법」 제2조제1호가목나목의 연구산업을 영위하는 기업 또는 영리목적으로 연구ㆍ개발을 독립적으로 수행하거나 위탁받아 수행하고 있는 국외소재 기업

8. 내국인이 의결권 있는 발행주식총수의 100분의 50 이상을 직접 소유하거나 100분의 80이상을 직접 또는 간접으로 소유하고 있는 외국법인(외국법인에 부설된 연구기관을 포함한다)

⑦ 제6항제8호에 따른 주식의 간접소유비율의 계산에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조제3항을 준용한다.  <신설 2020. 3. 13., 2021. 3. 16.>

영 별표 6 제2호가목5)에서 “기획재정부령으로 정하는 것”이란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제2조제7호에 따른 연구전담요원이 훈련을 목적으로 지출하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다.  <개정 2008. 4. 29., 2009. 4. 7., 2012. 2. 28., 2014. 3. 14., 2021. 3. 16., 2022. 3. 18.>

1. 국내외기업(국내기업의 경우에는 전담부서등을 보유한 기업에 한한다)에의 위탁훈련비

2. 「산업발전법」에 따라 설립된 한국생산성본부에의 위탁훈련비

영 별표 6 제2호나목에서 “기획재정부령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다.  <개정 2008. 4. 29., 2009. 4. 7., 2012. 2. 28., 2022. 3. 18.>

1. 사업주가 단독 또는 다른 사업주와 공동으로 「국민 평생 직업능력 개발법」 제2조제1호의 직업능력개발훈련(이하 “직업능력개발훈련”이라 한다)을 실시하는 경우의 실습재료비(해당 기업이 생산 또는 제조하는 물품의 제조원가 중 직접 재료비를 구성하지 않는 것으로 한정한다)

2. 「국민 평생 직업능력 개발법」 제20조제1항제2호에 따른 기술자격검정의 지원을 위한 필요경비

3. 삭제  <2012. 2. 28.>

4. 「국민 평생 직업능력 개발법」 제33조제1항에 따른 직업능력개발훈련교사등에게 지급하는 급여

5. 사업주가 단독 또는 다른 사업주와 공동으로 실시하는 직업능력개발훈련으로서 「국민 평생 직업능력 개발법」 제24조에 따라 고용노동부장관의 인정을 받은 직업능력개발훈련과정의 직업능력개발훈련을 받는 훈련생에게 지급하는 훈련수당ㆍ식비ㆍ훈련교재비 및 직업훈련용품비

영 별표 6 제2호다목에서 “기획재정부령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다.  <개정 2008. 4. 29., 2009. 4. 7., 2012. 2. 28., 2014. 3. 14., 2015. 3. 13., 2017. 3. 17., 2019. 3. 20., 2022. 3. 18., 2023. 6. 7.>

1. 지도요원의 인건비 및 지도관련경비

2. 직업능력개발훈련의 훈련교재비 및 실습재료비

3. 직업능력개발훈련시설의 임차비용

4. 중소기업이 「중소기업 인력지원 특별법」에 따라 중소기업 핵심인력 성과보상기금에 납입하는 비용. 다만 가목에 따른 납입비용은 세액공제 대상에서 제외하고, 나목에 따른 환급받은 금액은 납입비용에서 뺀다.

가. 제26조의6제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람에 대한 납입비용

나. 중소기업 핵심인력 성과보상기금에 가입한 이후 5년 이내에 중도해지를 이유로 중소기업이 환급받은 금액(환급받은 금액 중 이전 과세연도에 빼지 못한 금액이 있는 경우에는 해당 금액을 포함한다)

5. 내국인이 사용하지 아니하는 자기의 특허권 및 실용신안권을 중소기업(「법인세법」 제2조제12호「소득세법」 제41조에 따른 특수관계인이 아닌 경우로 한정한다)에게 무상으로 이전하는 경우 그 특허권 및 실용신안권의 장부상 가액

6. 「산업발전법」 제19조제1항에 따른 지속가능경영과 관련된 임직원 교육 경비 및 경영수준 진단ㆍ컨설팅 비용

영 별표 6 제2호라목에서 “기획재정부령으로 정하는 비용”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다. 다만, 교육훈련시간이 24시간 이상인 교육과정으로 한정한다.  <개정 2008. 4. 29., 2009. 4. 7., 2010. 4. 20., 2012. 2. 28., 2019. 3. 20., 2020. 3. 13., 2022. 3. 18.>

1. 품질관리ㆍ생산관리ㆍ설비관리ㆍ물류관리ㆍ소프트웨어관리ㆍ데이터관리ㆍ보안관리(이하 이 항에서 “품질관리등”이라 한다)에 관한 회사내 자체교육비로서 제13항 각 호의 비용에 준하는 것

2. 다음 각 목의 기관에 품질관리 등에 관한 훈련을 위탁하는 경우의 그 위탁훈련비. 다만, 「국민 평생 직업능력 개발법」에 따른 위탁훈련비와 「산업발전법」에 따라 설립된 한국생산성본부에의 위탁훈련비를 제외한다.

가. 국가전문행정연수원(국제특허연수부에서 훈련받는 경우에 한한다)

나. 「산업표준화법」 제32조에 따라 설립된 한국표준협회

다. 삭제 <2010. 4. 20.>

라. 「산업디자인진흥법」 제11조에 따라 설립된 한국디자인진흥원

마. 품질관리등에 관한 교육훈련을 목적으로 「민법」 제32조에 따라 설립된 사단법인 한국능률협회

바. 「상공회의소법」에 따라 설립된 부산상공회의소의 연수원

3. 「문화산업진흥 기본법」 제31조에 따라 설립된 한국콘텐츠진흥원에 교육을 위탁하는 경우 그 위탁교육비용

4. 「항공안전법」에 따른 조종사의 운항자격 정기심사를 받기 위한 위탁교육훈련비용

5. 해외 호텔 및 해외 음식점에서 조리법을 배우기 위한 위탁교육훈련비용

영 별표 6 제2호마목에서 “기획재정부령으로 정하는 사내기술대학(대학원을 포함한다) 및 사내대학”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것(이하 이 조에서 “사내기술대학등”이라 한다)을 말한다.  <개정 2008. 4. 29., 2009. 4. 7., 2012. 2. 28., 2013. 3. 23., 2019. 3. 20., 2022. 3. 18.>

1. 사내기술대학(대학원을 포함한다)의 경우 : 과학기술분야의 교육훈련을 위한 전용교육시설 및 교과과정을 갖춘 사내교육훈련기관으로서 교육부장관이 기획재정부장관과 협의하여 정하는 기준에 해당하는 사내교육훈련기관

2. 사내대학의 경우 : 「평생교육법」에 따라 설치된 사내대학

영 별표 6 제2호마목에서 “기획재정부령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다.  <개정 2008. 4. 29., 2009. 4. 7., 2012. 2. 28., 2017. 3. 17., 2019. 3. 20., 2022. 3. 18.>

1. 교육훈련용교재비ㆍ실험실습비 및 교육용품비

2. 강사에게 지급하는 강의료

3. 사내기술대학등에서 직접 사용하기 위한 실험실습용 물품ㆍ자재ㆍ장비 또는 시설의 임차비

4. 사내기술대학등의 교육훈련생에게 교육훈련기간 중 지급한 교육훈련수당 및 식비

제9조제7항제1호가목 본문에서 “기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서”란 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업을 말한다.  <신설 2022. 3. 18.>

제9조제7항제1호가목 단서에서 “기획재정부령으로 정하는 사람”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다.  <신설 2022. 3. 18.>

1. 주주인 임원으로서 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람

2. 국가전략기술연구개발업무와 신성장ㆍ원천기술연구개발업무 또는 일반연구개발업무를 동시에 수행한 사람

⑯ 내국인은 제9조제12항에 따라 신성장ㆍ원천기술연구개발비, 국가전략기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비에 공통되는 비용(이하 이 항에서 “공통비용”이라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산하여 구분경리해야 한다.  <신설 2019. 3. 20., 2020. 3. 13., 2022. 3. 18.>

1. 인건비 및 위탁ㆍ공동연구개발비에 해당하는 공통비용의 경우: 다음 각목의 구분에 따른다.

가. 일반연구ㆍ인력개발비와 신성장ㆍ원천기술연구개발비 또는 국가전략기술연구개발비의 공통비용: 전액 일반연구ㆍ인력개발비

나. 신성장ㆍ원천기술연구개발비와 국가전략기술연구개발비의 공통비용: 전액 신성장ㆍ원천기술연구개발비

2. 제1호 외의 공통비용의 경우: 다음 각 목의 구분에 따른다.

가. 신성장ㆍ원천기술연구개발비: 다음의 계산식에 따른 비용

img114094769

나. 국가전략기술연구개발비: 다음의 계산식에 따른 비용

img114094939

다. 일반연구ㆍ인력개발비: 제1호 외의 공통비용에서 가목 및 나목의 비용을 제외한 비용

제10조제1항을 적용받으려는 내국인은 해당 과세연도에 수행한 연구개발 과제별로 별지 제3호의2서식에 따른 연구개발계획서, 연구개발보고서 및 연구노트를 작성( 제10조제1항제3호를 적용받는 경우에는 연구개발계획서 및 연구개발보고서만 작성한다)하고 해당 과세연도의 종료일로부터 5년 동안 보관해야 한다.  <신설 2019. 3. 20., 2022. 3. 18.>

영 별표 6 제2호사목에서 “기획재정부령으로 정하는 사전 취업계약 등”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약을 말한다.  <신설 2020. 3. 13., 2022. 3. 18.>

1. 산업수요 맞춤형 고등학교 등 재학생에 대한 고용을 목적으로 해당 학교와 체결하는 「직업교육훈련 촉진법」 제2조제5호나목에 따른 특약으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 특약(이하 이 조에서 “산업체 맞춤형 직업교육훈련계약”이라 한다)

가. 산업수요 맞춤형 고등학교 등에 교육부장관이 정하는 산업체 맞춤형 직업교육훈련과정을 설치할 것

나. 해당 내국인의 생산시설 또는 근무장소에서 산업수요 맞춤형 고등학교 등 재학생에 대하여 교육부장관이 정하는 기간 이상의 현장훈련을 실시할 것

다. 산업체 맞춤형 직업교육훈련과정 이수자에 대한 고용요건 등이 포함될 것

라. 가목부터 다목까지의 요건 등에 관한 사항이 포함된 교육부장관이 정하는 계약서에 따라 산업체 맞춤형 직업교육훈련계약을 체결할 것

2. 산업수요 맞춤형 고등학교 등 재학생에 대한 고용을 목적으로 해당 학교 및 「직업교육훈련 촉진법」 제2조제2호에 따른 직업교육훈련기관과 체결하는 같은 법 제2조제5호나목에 따른 특약으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 특약(이하 이 조에서 “취업인턴 직업교육훈련계약”이라 한다)

가. 산업수요 맞춤형 고등학교 등 또는 직업교육훈련기관에 교육부장관이 정하는 취업인턴 직업교육훈련과정을 설치할 것

나. 해당 내국인의 생산시설 또는 근무장소에서 산업수요 맞춤형 고등학교 등 재학생에 대하여 교육부장관이 정하는 기간 이상의 현장훈련을 실시할 것

다. 취업인턴 직업교육훈련과정 이수자에 대한 고용요건 등이 포함될 것

라. 가목부터 다목까지의 요건 등에 관한 사항이 포함된 교육부장관이 정하는 계약서에 따라 취업인턴 직업교육훈련계약을 체결할 것

영 별표 6 제2호아목에서 “기획재정부령으로 정하는 사전 취업약정 등”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 약정 등을 말한다.  <신설 2021. 3. 16., 2022. 3. 18.>

1. 대학교 등에 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」 제11조의3에 따라 교육부장관이 정하는 표준화된 운영기준(이하 이 조에서 “표준운영기준”이라 한다)을 준수하는 현장실습 과정을 설치할 것

2. 현장실습 산업체의 생산시설 또는 근무장소에서 대학교 재학생에 대하여 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」 제11조의3에 따라 교육부장관이 정하는 기간 이상의 현장실습을 실시할 것

3. 표준운영기준을 준수하는 현장실습의 이수자에 대한 고용조건 등이 포함될 것

[전문개정 2007. 3. 30.]

위임행정규칙