【판결요지】

1. 종교단체나 향교의 ‘해당 사업에 직접 사용하는 부동산’이라 함은 제사에 사용하는 제실 등의 시설이 위치한 부지로서 현실적으로 제사에 직접 사용되고 있는 부동산에 한정됨.

2. 이 사건 면제조항은 장학단체 등이 “과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산”에 대하여 재산세 등을 면제하고 있고, 여기서 고유업무에 직접 사용하는 부동산은 장학사업에 직접 사용하는 부동산에 한정된다고 봄이 타당하며, 산림경영계획의 인가를 받아 시업 중인 임야에 해당한다는 사정만으로 이 사건 면제조항의 적용대상이 된다고 보기 어려움.

【전문】

【주문】

상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.

【이유】

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나,상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에 관한 특례법 제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로,같은 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여,관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

【판결요지】

1. 종교단체나 향교의 ‘해당 사업에 직접 사용하는 부동산’이라 함은 제사에 사용하는 제실 등의 시설이 위치한 부지로서 현실적으로 제사에 직접 사용되고 있는 부동산에 한정됨.

2. 이 사건 면제조항은 장학단체 등이 “과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산”에 대하여 재산세 등을 면제하고 있고, 여기서 고유업무에 직접 사용하는 부동산은 장학사업에 직접 사용하는 부동산에 한정된다고 봄이 타당하며, 산림경영계획의 인가를 받아 시업 중인 임야에 해당한다는 사정만으로 이 사건 면제조항의 적용대상이 된다고 보기 어려움.

【전문】

【주문】

 
1.  원고의 항소를 기각한다.
 
2.  항소비용은 원고가 부담한다.

【이유】

 
1. 제1심판결의 인용

이 법원의 판결 이유는,아래와 같이 제1심판결문의 해당 부분에 아래 내용을 추가하고,제2항과 같이 원고가 이 법원에 이르러 새로이 제기한 주장에 관한 판단을 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로,행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

【추가하는 부분】

○7면13행의“폐단을 막기 어려운 점”다음에“,④그에 따라 지방세특례제한법은2020. 1. 15.제45조를 개정하여 제2항에서‘공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 따라 설립된 장학법인(이하 이 조에서"장학법인"이라 한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를2021년12월31일까지 감면한다.’고 하면서 제1호에서‘장학법인이 장학사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를,과세기준일 현재 장학사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 면제한다.’라고 규정하여 이 사건 면제조항을 개정함으로써 장학단체에 대해 재산세 등을 면제하는 취지를 보다 명확히 하고 있는 점”을 추가한다.
 
2. 추가하는 판단

 
가. 원고의 주장

1)이 사건 각 부동산 중 일부에 구 지방세특례제한법 제50조 제2항이 적용된다는 주장

원고는 장학재단이지만 제사를 목적으로 하는 단체이므로 이 사건 각 부동산 중 ◇리 산67-1번지,◇리 산67-7번지,◇리 산67-12번지,◇리 산67-14번지,◇리 산67-18번지,◇리 산67-22번지,◇리 산67-29번지,◇리 산67-30번지,◇리 산67-31번지,◇리 산67-32번지,◇리 산67-35번지 임야(이하 이 부분 임야11필지를‘선산 임야11필지’라고만 한다)는 각 임야에 분묘가 있는 선산에 해당하고,◇리775-4번지 건물 및 토지는 제실로 사용되는 건물 및 그 부지이므로,종교단체 및 향교,제사를 목적으로 하는 단체가 당해 사업에 직접 사용하는 부동산에 해당하여 구 지방세특례제한법 제50조 제2항에 따라 재산세 등을 면제하여야 한다.
2)이 사건 각 부동산 중 일부가 비과세대상이거나 분리과세대상이라는 주장

이 사건 각 부동산 중 ◇리 산67-1,◇리 산67-7,◇리 산67-12,◇리 산67-14,◇리 산67-22,◇리 산67-29,◇리 산67-31,◇리 산67-30,◇리 산67-32,◇리 산67-35(이하‘이 사건 임야10필지’라고 한다)는 산림경영계획을 이행한 임야이므로 사업용 토지에 해당한다.따라서 위 각 임야는 실제 장학재단의 장학목적에 사용하고 있지 않더라도 고유목적 사업에 사용 중인 토지이므로 비과세하여야 한다.또한 이 사건 임야10필지 중 ◇리 산67-29,◇리 산67-30,◇리 산67-7은 분리과세 대상임에도 종합합산과세 대상으로 보고 과세한 것은 위법하다.
 
나. 판단

1)이 사건 각 부동산 중 일부에 구 지방세특례제한법 제50조 제2항이 적용된다는 주장에 대한 판단

구 지방세특례제한법 제50조는 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여 재산세를 면제한다고 되어 있고,원고의 목적사업에‘선현의 분묘 수호와 향사에 관한 일’이 포함되어 있기는 하다.그러나 조세법률주의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙상,조세법규의 해석은 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점(대법원2004. 5. 27.선고2002두6781판결,대법원2004. 5. 28.선고2003두7392판결등 참조),구 지방세특례제한법 제50조의 감면 대상은‘종교단체 또는 향교’로 명시되어 있는데 비록 원고의 정관에 원고의 목적사업으로‘선현의 분묘수호와 향사에 관한 일’이 규정되어 있기는 하나,원고가 구 지방세특례제한법 제50조 소정의 종교단체나 향교 등에 해당한다고 보기는 어려운 점(대법원2016. 2. 18.선고2015두40958판결참조),가사 원고가 종교단체나 향교에 해당한다고 하더라도‘해당 사업에 직접 사용하는 부동산’이라 함은 제사에 사용하는 제실 등의 시설이 위치한 부지로서 현실적으로 제사에 직접 사용되고 있는 부동산을 말하는데,원고가 제출한 증거들만으로는 선산 임야11필지가 제사에 직접 사용되고 있는 부동산에 해당한다고 보기 어렵고,달리 이를 인정할만한 증거가 없는 점 등을 종합하여 보면,원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
2)이 사건 각 부동산 중 일부가 비과세대상이거나 분리과세대상이라는 주장에 대한 판단

갑 제14, 15호증(가지번호가 있는 서증은 가지번호 포함),을 제14, 15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면,위10필지에 대한 피고의 과세처분은 적법한 것으로 보이므로,원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
①소득세법 제104조의3제1항 제2호 가목 및 동법 시행령 제168조의9제1항 제2호 가목은 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 따른 산림경영계획인가를 받아 시업(施業)중인 임야를 비사업용 토지에서 제외하고 있다.그러나 이 사건 면제조항은 장학단체 등이“과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산”에 대하여 재산세 등을 면제하고 있고,여기서 고유업무에 직접 사용하는 부동산은 장학사업에 직접 사용하는 부동산에 한정된다고 봄이 타당함은 앞서 본 바와 같으므로,산림경영계획의 인가를 받아 시업 중인 임야에 해당한다는 사정만으로 이 사건 면제조항의 적용대상이 된다고 보기는 어렵다.
②한편,지방세법 제106조 제1항 제2호 나목 및 동법 시행령 제101조 제3항 제13호 다목은‘산지관리법 제4조 제1항 제2호에 따른 준보전산지에 있는 토지 중 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률 제13조에 따른 산림경영계획의 인가를 받아 실행 중인 임야’를 별도합산과세 대상으로,지방세법 제106조 제1항 제3호 나목 및 제102조 제2항 제1호는‘산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률 제28조에 따라 특수산림사업지구로 지정된 임야와 산지관리법 제4조 제1항 제1호에 따른 보전산지에 있는 임야로서 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률 제13조에 따른 산림경영계획의 인가를 받아 실행 중인 임야’를 분리과세 대상으로 정하고 있다.따라서 위 각 규정에 의하면 산림경영계획의 인가를 받은 이 사건 임야10필지가 별도합산과세 또는 분리과세의 대상으로 볼 여지가 있다.
그런데 피고는 이 사건 임야10필지 중 ◇리 산67-30,◇리 산67-29,◇리 산67-7을 제외한 나머지7필지에 대하여는2013년부터2017년까지의 재산세를 별도합산과세 및 분리과세 대상으로 보아 재산세를 부과하였다.또한 피고는 ◇리 산67-29,◇리 산67-30의 경우 산림경영계획 인가내역 목록에 명시는 되어 있으나 경영계획 면적이0이고,◇리 산67-7의 경우 산림경영계획 인가내역상‘◇리 산67-12외1필지(산67-7)’의 합산 면적이12.1ha으로 되어 있어,◇리 산67-12의 공부상 면적121,069㎡에 대하여 별도합산(준보전산지) 34,637.35㎡,저율분리(보전산지) 85,704㎡및 무허가주택 두 동의 부속 토지727.65㎡로 인가 면적12.1ha을 모두 반영하여 과세함으로써 산67-7(496㎡)에 대하여는 별도합산 및 저율분리 과세로 부과할 잔여면적이 없었기 때문에 종합합산과세 세율을 적용하였는바,그 적용배제에 합리적인 이유가 있어 이와 같은 과세처분이 위법하다고 평가하기는 어렵다.
 
3. 결론

그렇다면,제1심판결은 정당하므로,원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

【판결요지】

1. 종교단체나 향교의 ‘해당 사업에 직접 사용하는 부동산’이라 함은 제사에 사용하는 제실 등의 시설이 위치한 부지로서 현실적으로 제사에 직접 사용되고 있는 부동산에 한정됨.

2. 이 사건 면제조항은 장학단체 등이 “과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산”에 대하여 재산세 등을 면제하고 있고, 여기서 고유업무에 직접 사용하는 부동산은 장학사업에 직접 사용하는 부동산에 한정된다고 봄이 타당하며, 산림경영계획의 인가를 받아 시업 중인 임야에 해당한다는 사정만으로 이 사건 면제조항의 적용대상이 된다고 보기 어려움.

【전문】

【주문】

 
1.  원고의 청구를 모두 기각한다.
 
2.  소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

 
1. 처분의 경위

 
가. 원고는1949. 9. 27.설립되어1961. 11. 30.구 사회단체등록에 관한 법률(1962. 7. 14.법률 제1103호로 개정되기 전의 것,이하‘구 사회단체등록법’이라 한다.한편 위 법은1997. 3. 7.법률 제5304호로 폐지되었다)제3, 4조에 따라 당시의 대한민국 문교부장관으로부터 사회단체등록허가를 받아 등록한 재단법인이다.
 
나. 원고는◇시◇읍◇리701대944㎡를 포함하여◇시◇읍◇리에 있는53필지의 토지[별지2.재산세(건축물)과세내역 기재 각 토지 및 별지3.재산세(주택)과세내역 기재 각 토지(순번6토지를 제외한 나머지 토지들은 별지2.재산세(건축물)과세내역 기재 토지들 중 같은 번지의 토지들과 함께 하나의 필지를 구성하는 것이나 주택부지와 토지를 구별하는 재산세 부과방식에 따라 별도로 구분된 것이다)이다.이하‘이 사건 각 토지’라 하고,개별 토지를 표시할 때에는 번지로 특정한다]와 같은 리775-4지상 건축물1동[별지1.재산세(건축물)과세내역 기재 건물이다.이하‘이 사건 건물’이라 하고,이 사건 각 토지와 함께 표시할 때는‘이 사건 각 부동산’이라 한다]을 소유하고 있다.
 
다. 피고는 원고를 지방세법이 정한 비영리사업자이자 구 지방세특례제한법(2017. 12. 26.법률 제15295호로 개정되기 전의 것,이하 같다)이 정한 장학단체로 보아 이 사건 각 부동산 일부에 대하여 비영리사업자 소유 토지에 관하여 적용되는 분리과세방식을 적용하고,구 지방세특례제한법 제45조가 정한 장학단체에 대한 감면조항을 적용하여 재산세 등을 부과하여 왔다.
 
라. 그러다가 피고는2017년 원고의 이 사건 각 부동산에 관한 과세형태 점검을 한 다음 원고가 지방세법이 정한 비영리사업자에 해당하지 않고,원고가 소유한 이 사건 각 부동산도 장학금 지급 목적으로 임대용으로 사용하는 부동산에 해당되지 않는다고 판단하였다.이에 피고는 과세예고를 거쳐2018. 3. 19.원고에 대하여 이 사건 각 부동산에 대하여 종합합산과세 방식을 적용하는 한편 장학단체에 대한 감면을 적용하지 않고 산정된2013년부터2017년까지의 귀속 재산세 등에서 원고가 같은 기간 이미 납부한 귀속 재산세 등을 공제한 합계170,192,050원(재산세141,810,150원,지역자원시설세20,010원,지방교육세28,361,890원,구체적인 내역은 별지1에서3기재와 같다)의 각 재산세 등 부과처분을 하였다(이하‘이 사건 각 처분’이라 한다).
[인정 근거]다툼 없는 사실,갑 제1, 2, 4호증,을 제1, 5, 11호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함,이하 같다)의 각 기재,변론 전체의 취지

 
2. 처분의 적법 여부

 
가. 원고의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
1)이 사건 각 부동산에 구 지방세특례제한법 제45조 제1항이 적용된다는 주장

①원고는 구 지방세특례제한법 제45조가 정한 장학단체인데,원고의 정관에는 원고의 목적사업으로‘선현의 분묘수호와 향사에 관한 일’, ‘기계유씨의 후손 중 유망한 수재에게 학자금을 지급하는 일’, ‘기타 이에 부대되는 일’이 규정되어 있으므로, ‘학자금을 지급하는 일’뿐만 아니라‘선현의 분묘수호와 향사에 관한 일’도 원고의 고유목적사업에 포함된다.
②이 사건 각 부동산은 전부 원고의 기본재산으로 편입되어 있고,기본재산은 그 고유목적사업을 위하여 보유하는 것이므로,이 사건 각 부동산은 모두 원고의 고유업무에 직접 사용하는 것이다.특히 이 사건 각 부동산 중 산67-12,산67-22, 115-3,산67-1,산67-14,산67-18, 67-29,산67-30,산67-31,산67-32,산67-351,산67-7토지에는 기계유씨 선조들의 분묘가 설치되어 있고, 701, 775-4토지와 이 사건 건물은 선현을 모시기 위한 재실과 관리인 숙소로 사용되고 있다.따라서 위 각 부동산은 원고의 고유업무인 선현의 분묘수호와 향사에 관한 일에 직접 사용되는 부동산으로 구 지방세특례제한법 제45조 제1항이 정한‘장학단체가 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산’에 해당하므로,재산세 등이 면제되어야 한다.
③이 사건 각 부동산 중731, 730, 732, 772, 771,산67-1, 793, 753-1,산67-31, 122, 776-2, 779, 753-1, 778, 112, 124, 722-2, 773, 774, 723-1, 793, 795토지(이하 통틀어‘임대주장토지’라 한다)는 원고가 이를 임대하여 그 임대수익금을 장학금 지급이나 원고의 운영비 등 원고의 고유목적사업을 위해 사용하는 토지이다.
한편 구 지방세특례제한법 제45조 제2항이 정한 임대용 부동산에 해당하는지 여부는 해당 부동산의 임대수익금이 실제 장학금 지급에 사용되었는지로 따질 것이 아니라 장학법인의 전체적인 임대수익금 대비 장학금 지급비율 등을 검토하여 장학법인이 얻는 총 임대수익금이 대부분 장학금으로 지급되고 있는지를 따져야 한다.그런데 원고는 원고의 전체 임대수익금의70%이상의 돈을 장학금으로 지급하였다.또한 임대주장토지의2016년 기준 연 임대수익금은 총9,166,000원인데,원고의2016년도 전체 임대수익금은345,936,589원이고,이중 고유목적사업에 사용한 금액은274,530,330원이므로,임대주장토지에서 발생한 임대수익금은 전체 임대수익금의2.64%,고유목적사업에 사용한 금액의3.33%에 불과하다.따라서 임대주장토지의 임대수익금이 전부 장학금 지급에 사용되지 아니하고 일부를 원고 운영비로 사용하였더라도 전체적인 임대수익금 대비 장학금 지급비율상 임대주장토지는 모두 구 지방세특례제한법 제45조 제2항이 정한‘임대용으로 사용하는 부동산’으로 보아야 하거나,같은 조 제1항의 장학단체가‘그 고유업무에 사용하는 부동산’으로 보아 재산세 등을 감면해야 한다.
2)이 사건 각 토지 중 일부에 구 지방세특례제한법 제45조 제2항 단서의 정당한 사유가 있다거나 비과세대상이라는 주장

이 사건 각 토지 중761-2, 776-2, 793, 698, 700-4, 721, 723-1, 753-3, 782,산67-30,산67-32토지 중 일부는 도로이고, 730, 772, 773, 779토지 중 일부는 하천이며, 126-1, 126-2, 126-3, 115-1토지는 조림지로 사용되고 있다.따라서 위 토지들은 원고가 고유업무에 직접 사용하거나 장학금을 지급할 목적으로 임대용으로 사용하지 못하는 데 정당한 사유가 있으므로,위 토지들에 대해서는 구 지방세특례제한법 제45조 제2항 단서에 따라 경감된 재산세 등을 추징할 수 없다.
그렇지 않더라도 위 토지들은 지방세법이 정한 비과세대상이므로,이에 관하여는 재산세를 부과할 수 없다.
3)이 사건 각 부동산이 분리과세대상이라는 주장

지방세법 시행령 제102조 제1항 제2호 바목은“종중이 소유하는 농지”는 분리과세대상으로 규정하고 있다.원고는 종중의 성격을 갖고 있으므로,이 사건 각 부동산에 대한 재산세는 분리과세방식을 적용하여 부과되어야 한다.
 
나. 관계 법령

별지4.관계 법령 기재와 같다.
 
다. 판단

1)이 사건 각 부동산에 구 지방세특례제한법 제45조가 적용된다는 주장에 대한 판단

가)관련 규정 및 해석 등

(1)구 지방세특례제한법제45조 제1항 및 구 지방세특례제한법 시행령(2017. 12. 29.대통령령 제28525호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제22조 제1호에 의하면,정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 장학단체 등이 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다)및 지방세법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를2019. 12. 31.까지 면제하게 되어있다(이하‘이 사건 면제조항’이라 한다).그리고 구 지방세특례제한법 제45조 제2항은“공익법인의 설립·운영에 관한 법률(이하‘공익법인법’이라 한다)에 따라 설립된 장학법인이 장학금을 지급할 목적으로 취득하는 임대용 부동산에 대해서는 취득세의100분의80을,과세기준일 현재 임대용으로 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다)및 지방세법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세의100분의80을 각각2019. 12. 31.까지 경감한다.”고 규정하고 있다(이하‘이 사건 경감조항’이라 한다).
(2)이 사건 면제조항과 관련하여,구 지방세특례제한법 제2조 제1호는"고유업무"란“법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무”를 말한다고 정의하고 있다.그런데①면제조항이 장학단체 등 공공법인에 대해 일정한 경우 재산세 등을 면제하는 취지는 장학사업 등의 공익적·자선적 성격을 고려하여 이를 세제적으로 뒷받침함으로써 그 육성을 기하기 위한 것인 점(대법원2002. 8. 23.선고2001두10318판결,헌법재판소2005. 2. 24.선고2003헌바72전원재판부 결정 참조),②면제조항의 내용이나 체계에 비추어 볼 때 해당 규정의 고유업무는 장학단체 등이 사회나 공공의 이익을 위하는 역할을 수행하고 그 단체는 그러한 성격의 업무를 주된 목적사업으로 할 것을 전제한다고 보아야 하는 점,③만일 장학단체 등이 공공법인으로서의 고유업무 외에 그 목적을 달성하기 위하여 부수되는 다른 목적사업도 법인등기부에 정하고 있는 경우 그러한 모든 목적사업에 사용되는 부동산에 대해 재산세 등을 면제한다면 장학단체가 재산세 등의 면제 혜택을 활용하기 위하여 다양한 목적사업을 등기하고 부동산을 과다보유하거나 재산세 등 면제 혜택을 받으려는 의도로 설립,운용되는 폐단을 막기 어려운 점 등을 종합하여 보면,이 사건 면제조항이 정한 장학단체가“그 고유업무에 직접 사용하는 부동산”은 그 법인의 본질적인 속성상 지니고 있는 공익적 성격의 업무,즉 학자금·장학금 기타 명칭에 관계없이 학생 등의 장학을 목적으로 금전을 지급·지원하거나,금전에 갈음한 물건·용역 또는 시설을 설치·운영 또는 제공하거나 지원하는 장학사업에 직접 사용하는 부동산에 한정된다고 봄이 타당하다.
(3)이 사건 경감조항과 관련하여,①장학법인이 임대용으로 사용하는 부동산이기만 하면 그 임대 목적을 불문하고 재산세 등이 경감된다고 보면,그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서만 재산세 등을 면제하는 이 사건 면제조항의 취지와 부합하지 않는 점,②그 문언이나 내용,체계,단서조항과의 관계 등에 비추어 볼 때 해당 규정의 임대용으로 사용하는 부동산은 장학법인이 장학금을 지급할 목적으로 취득한 임대용 부동산일 것을 전제한다고 보이는 점,③지방세특례제한법이2010. 3. 31.법률 제10220호로 제정되기 전에는 구 지방세법(2010. 3. 31.법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)제288조에서 이 사건 면제조항이나 경감조항과 같은 규정을 두었는데,이 사건 면제조항과 같은 취지의 구 지방세법 제288조 제2항에서는 고유업무에 사용하는 부동산에서 임대용 부동산은 제외한다고 명시하고 있었던 점 등을 종합하여 보면,이 사건 경감조항이 정한‘임대용으로 사용하는 부동산’은 장학금을 지급할 목적으로 임대용으로 사용하는 부동산을 의미한다고 봄이 타당하다.
(4)한편,과세대상이 된 토지가 비과세 혹은 면제대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 증명책임이 있다(대법원1996. 4. 26.선고94누12708판결등 참조).
나)판단

원고가 이 사건 면제조항 또는 이 사건 경감조항이 정한 장학단체 또는 장학법인인 사실은 피고도 다투지 아니하는 취지이다[공익법인법 부칙(1975. 12. 31.법률 제2814호)제2조는 법 시행 당시 주무관청의 허가를 받아 설립한 공익법인은 이 법에 의하여 설립한 것으로 보고 있고,원고는 구 사회단체등록법에 따라 주무관청의 허가를 받아 등록한 법인이므로 위 부칙에 따라 공익법인법에 따라 설립한 법인이 될 수 있어 보인다.원고의 정관이나 법인등기부에도 공익법인법에 따른다고 명시되어 있다].
그러나 갑 제2, 9, 10, 11호증,을 제1에서3호증,을 제8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 위와 같은 관계 규정의 내용과 해석 등에 비추어 보면,제출된 증거들만으로는 이 사건 각 부동산이 이 사건 면제조항이 정한“장학단체가 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산”또는 이 사건 경감조항이 정한“장학법인이 장학금을 지급할 목적으로 임대용으로 사용하는 부동산”에 해당한다고 보기 어렵다.
①재단법인의 기본재산은 재단법인의 실체인 동시에 법인의 목적을 수행하기 위한 기본적인 수단이고,이 사건 각 부동산은 원고의 정관에서 기본재산으로 정해져 있기는 하다.그러나 이 사건 면제조항이나 경감조항은 모두 해당 부동산이 각 그 고유업무 또는 용도로 실제 사용되는 것을 전제하고 있으므로,단순히 재단법인의 기본재산이라는 사정만으로 그 부동산에 대해 면제조항과 경감조항이 당연히 적용된다고 볼 수는 없다.
②원고의 정관과 법인등기부에는 기계유씨 종중과 관련하여‘선현의 분묘수호와 향사에 관한 일’이 목적사업 중 하나로 기재되어 있기는 하다[정관 제4조(1)항 참조].그런데 원고의 고유목적은“사회 일반의 이익에 공여하기 위하여 공익법인법의 규정에 따라 기계유씨의 종중재산을 기본으로 하여 선현의 유적을 보존 관리하며,인재를 양성하는 것”이고(정관 제1조 참조),이중 장학사업의 성격을 갖는 목적사업은 인재 양성의 목적을 달성하기 위한 사업이므로,위 선현의 분묘수호 등의 사업에 사용되는 부동산이 그러한 인재 양성 등의 목적 달성을 위하여 사용되는 것으로 볼 수 있는 경우에만 이 사건 면제조항이 정한 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 해당한다고 할 것이다.그러나 이 사건 부동산 중 분묘가 설치되어 선산으로 사용된다는 토지,재실로 사용되고 있다는 건물 등은 모두 그 부동산 자체가 기계유씨 종중이라는 특정 단체와 관련하여 사용되고 있을 뿐이어서 이를 사회 일반의 이익에 공여하는 목적에 직접 사용되는 부동산이라고 보기 어렵고,기계유씨 종중의 분묘를 수호하고 해당 종중의 공동선조의 제사를 지낸다는 것만으로 장학사업과 어떠한 관련이 있다고 보기도 어렵다.따라서 이 사건 부동산 중 분묘가 설치되어 선산으로 사용된다는 토지,재실로 사용되고 있다는 건물 등을 이 사건 면제조항의 적용대상이 되는 장학단체의 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 해당한다고 볼 수 없다.
③원고가 임대주장토지를 임대하여 매년 약900만 원 정도의 임대수익이 있는 것으로는 보인다.그러나 원고가 위 임대수익을 장학사업에 사용하고 있다며 제출하고 있는□□□□□(◇리)수지결산서(갑11)는 원고가 수입,지출 등의 내역을 정리한 내부문서에 불과하고 그 내역을 뒷받침할 만한 아무런 객관적인 자료가 없어서 그 기재만으로는 원고가 위 임대수익금을 장학금 지급을 위한 용도로 사용하였다고 인정하기 부족하다(피고가 이 사건 각 처분을 하기에 앞서 원고에게 이 사건 각 부동산에 관한 임대수익금에 대한 자료를 제출해 달라고 요청하였음에도 위 문서는 당시 제출되지 않았던 것으로 보이고,원고는 최초 소장에서 이 사건 각 부동산은 모두‘선현의 분묘수호와 향사에 관한 일’에 사용되고 있다고만 주장하기도 했다).또한 위 문서의 내용을 보더라도 임대수익금 대부분을 장학사업과 관련 없는 접대비,회의비,소모비,통신비,광열비,공과금,시제사,경조사,업무추진비 등으로 사용하였다는 것이어서 이를 장학사업과 관련된 지출이라고 볼 수도 없다.나아가 원고는 정관에‘목적사업 경비를 조달하기 위한 수익사업으로 부동산 임대업을 행한다.이를 경영하고자 하는 경우에는 미리 감독청의 승인을 받아야 한다.’고 정한 후[정관 제4조(2), (3)항 참조]원고의 기본재산을 비수익용 자산과 수익용 자산으로 구분하여 등록하였는데 임대주장토지를 포함한 이 사건 각 부동산은 모두 비수익용 자산으로 구분되어 있다(한편 수익용 자산으로 등록된 서울 영등포구 및 서초구에 있는 부동산의 경우 장학법인의 임대용 부동산으로 감면받고 있다).이러한 사정을 종합하면 임대주장토지를 이 사건 경감조항이 정한“장학금 지급을 목적으로 임대용으로 사용하는 부동산”에 해당한다고 보기 어렵다.
④원고는 이 사건 경감조항의 적용 여부를 원고가 소유한 전체 토지를 기준으로 정해야 한다는 취지로 주장하고 있다.그러나 지방세법에 의하면,재산세는 토지,건축물,주택,항공기 및 선박을 과세대상으로 하는 것이고(제105조),그 개별 물건에 대한 세금이 별도로 산정되므로(제110조),개별 토지,건축물,주택 등 각각의 재산마다 경감조항의 적용 여부를 별도로 따져야지 원고가 소유하는 여러 부동산 전체를 하나로 보아 경감조항의 적용 여부를 일괄하여 따질 수는 없다.따라서 원고 주장처럼 원고가 보유하는 전체 부동산의 임대수익금 중70%이상을 원고가 실제로 장학금 지급에 사용하였다는 사정이나 임대주장토지의 임대수익금이 원고가 얻는 전체 임대수익금이나 장학금 지급액과 비교하여 그 비중이 적다는 사정 등은 원고가 장학단체 또는 장학법인으로서의 성격을 가지는지를 판단하는 데 고려될 수는 있어도 그러한 사정만으로 임대주장토지가 이 사건 경감조항이 정한“장학금 지급을 위해 임대용으로 사용하는 부동산”에 해당한다고 볼 수는 없다.
⑤나아가 원고는 임대주장토지의 임대수익을 원고의 운영비 등으로 사용하였더라도 위와 같은 전체적인 임대수익금 대비 장학금 지급비율 등에 비추어 이를 원고의 고유업무에 사용된 부동산으로 보아 이 사건 면제조항이 적용되어야 한다는 취지의 주장도 하는 것으로 보인다.그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 경감조항의‘임대용으로 사용하는 부동산’은 장학금을 지급할 목적으로 임대용으로 사용하는 부동산을 의미한다고 보아야 하고,이에 해당하지 않는 임대용 부동산은 이 사건 경감조항뿐 아니라 이 사건 면제조항의‘고유업무에 직접 사용하는 부동산’에도 포함되지 않는다고 봄이 타당하다.
다)소결

따라서 이 사건 각 부동산에 구 지방세특례제한법 제45조가 적용되어 재산세 등이 감면되어야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.
2)이 사건 각 부동산 중 일부에 구 지방세특례제한법 제45조 제2항 단서의 정당한 사유가 있다거나 비과세대상이라는 주장

가)지방세법 제109조 제3항 제1호는“대통령령으로 정하는 도로ㆍ하천ㆍ제방ㆍ구거ㆍ유지 및 묘지에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다.”고 정하고 있고,을 제7호증의 기재에 의하면,원고가 도로,하천으로 사용되고 있다고 주장하는 토지 중 산67-32토지를 제외한 나머지 토지들 일부가 실제 도로,하천으로 사용되는 사실은 인정된다.
나)그러나 을 제9호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면,위 토지 중 도로,하천 부분에 대해서는 피고가 이 사건 각 처분 시 재산세를 부과하지 않은 사실을 인정할 수 있다.한편 원고가 주장하는 도로 등으로 사용된다는 토지 중 산67-32토지 중 일부가 도로로 사용되는 사실이나 그 외 나머지 토지가 조림지로 사용되는 사실에 대하여는 이를 인정할 아무런 증거가 없다.
다)이처럼 이 사건 각 부동산 중 도로,하천에 해당하는 부분은 이미 이 사건 각 처분에서 비과세대상으로 보았으므로,그에 대해서 이 사건 면제조항이나 경감조항의 적용 여부가 문제될 여지가 없고,비과세대상인데 재산세를 부과하여 부당하다는 주장도 이유 없다.
라)또한 원고가 주장하는 사정만으로 원고가 정당한 사유로 인해 위 각 토지를 고유업무 또는 임대용으로 사용하지 못했다고 보기도 어렵다.나아가 구 지방세특례제한법 제45조 제2항 단서는 정당한 사유 없이 장학금 지급 목적으로 취득한 임대용 부동산을 해당 용도로 사용하지 아니하는 경우 등에 경감된‘취득세’를 추징한다는 규정일 뿐이므로,이를 정당한 사유로 해당 용도로 사용하지 아니하는 경우에 경감된‘재산세 등’을 추징할 수 없다는 의미까지 포함하는 것으로 볼 수도 없다.
마)따라서 이 부분 원고의 주장도 이유 없다

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3)이 사건 각 부동산이 분리과세 대상이라는 주장

가)지방세법 제106조 제1항 제3호 가목,나목 및 지방세법 시행령 제102조 제1항 제2호 바목,같은 조 제2항 제4호는“종중이 소유하고 있는 농지와 임야”를 분리과세대상으로 정하고 있다.
나)그런데 종중은 공동선조의 분묘수호와 제사,종원 상호 간 친목 등을 목적으로 하는 자연발생적인 관습상 종족집단으로 성년이 된 공동선조의 후손들이 그 의사와 관계없이 당연히 구성원으로 되는 권리능력 없는 사단인 인적단체이다(대법원2019. 2. 14.선고2018다264628판결 등 참조).반면 원고는 공익법인법에 따라 관할 관청으로부터 허가를 받은 재단법인으로 법인격이 부여된 재산집단이므로,원고가 종중의 업무와 유사한 업무도 수행하고 있다고 해서 원고를 종중이라고 볼 수는 없다.따라서 이 사건 각 부동산을 분리과세가 적용되는‘종중이 소유하는 농지’라고 볼 수는 없으므로 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
 
3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여,주문과 같이 판결한다.