【제정·개정이유】 
- [일부개정]
◇ 개정이유
납부지연가산세액 산정의 편의를 도모하기 위해 납세자가 계산하여 납부하는 납부지연가산세액의 산정방식을 일(日) 단위에서 월(月) 단위로 변경하고, 납세자 권리보호를 강화하기 위해 국세 관련 불복절차에서 국선대리인 선정을 신청할 수 있는 납세자의 범위를 확대하는 등의 내용으로 「국세기본법」이 개정된 것에 맞추어, 월 단위로 부과되는 납부지연가산세액의 산정을 위한 이자율을 정하고, 과세관청에 고충민원을 신청하는 경우에도 국선대리인의 선정을 신청할 수 있도록 정하는 한편,
납세자의 편의를 제고하기 위해 납부고지서 송달 전에 세액을 자진납부하면 전자송달을 신청한 것으로 보는 대상 세액의 범위를 확대하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.
◇ 주요내용
가. 전자송달의 신청이 간주되는 자진납부 대상 확대(제6조의2제4항제3호 및 제4호 신설)
납세자가 법정신고기한 또는 법정납부기한까지 과세표준신고서 또는 원천징수이행상황신고서를 제출한 후 신고액에 상당하는 세액을 납부하지 않거나 적게 납부하여 고지된 세액에 대해서도 납부고지서 송달 전에 해당 세액을 자진납부하면 전자송달을 신청한 것으로 보도록 함.
나. 납부지연가산세액 산정방식 변경에 따른 이자율 규정(제27조의4제2항 신설)
납세자 또는 원천징수의무자 등에게 지정납부기한 이후 월 단위로 부과되는 납부지연가산세액의 산정을 위한 이자율을 월 1만분의 67로 정함.
다. 국선대리인의 선정을 위한 신청대상 확대(제48조의2제1항)
납세자가 국세 관련 처분에 대하여 과세관청에 고충민원*을 신청하는 경우에도 국선대리인의 선정을 신청할 수 있도록 함.
* 고충민원: 경정청구, 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송 제기를 기한까지 하지 않은 사항에 대해 과세관청에 처분의 취소, 변경이나 그 밖의 필요한 처분을 해줄 것을 신청하는 민원
<법제처 제공>
【제정·개정문】 
- 국무회의의 심의를 거친 국세기본법 시행령 일부개정령을 이에 공포한다.
대통령 이재명 (인)
2026년 2월 27일
국무총리 김민석
국무위원 재정경제부 장관 구윤철
⊙대통령령 제36125호
국세기본법 시행령 일부개정령
국세기본법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조의2 중 "법 제10조제2항"을 "법 제10조제2항 각 호 외의 부분"으로, "50만원"을 "100만원"으로 한다.
제6조의2제4항에 제3호 및 제4호를 각각 다음과 같이 신설한다.
3. 법 제22조제2항 각 호의 국세에 대한 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출했으나 과세표준신고액에 상당하는 세액의 전부 또는 일부를 납부하지 않아 고지하는 세액
4. 법 제22조제4항제2호의 국세에 대한 재정경제부령으로 정하는 원천징수이행상황신고서를 법정납부기한까지 제출했으나 신고액에 상당하는 세액의 전부 또는 일부를 납부하지 않아 고지하는 세액
제27조의4의 제목 "(납부지연가산세 및 원천징수 등 납부지연가산세의 이자율)"을 "(납부지연가산세 및 원천징수 등 납부지연가산세의 이자율 등)"으로 하고, 같은 조 제목 외의 부분을 제1항으로 하며, 같은 조에 제2항 및 제3항을 각각 다음과 같이 신설한다.
② 법 제47조의4제1항제1호의2ㆍ제2호의2 및 제47조의5제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 이자율"이란 각각 월 1만분의 67을 말한다.
③ 법 제47조의4제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 금액" 및 법 제47조의5제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 각각 「우편법 시행령」 제12조에 따라 고시하는 등기우편에 관한 요금 및 수수료를 말한다.
제29조 각 호 외의 부분을 다음과 같이 한다.
법 제48조제2항 각 호에서 경정 또는 결정할 것을 미리 알고 신고를 한 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다.
제43조의3제3항을 다음과 같이 한다.
③ 법 제52조제3항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 고충민원"이란 제48조의2제2항에 따른 고충민원을 말한다.
제48조의2제1항 각 호 외의 부분 중 "법 제81조의15에 따른"을 "제2항에 따른 고충민원의 경우에는 해당 과세관청을 말하며, 법 제81조의15에 따른"으로 하고, 같은 항 제1호 중 "심판청구인"을 "심판청구인, 제2항에 따른 고충민원 신청인"으로 하며, 같은 조 제2항부터 제6항까지를 각각 제3항부터 제7항까지로 하고, 같은 조에 제2항을 다음과 같이 신설하며, 같은 조 제7항(종전의 제6항) 중 "제5항"을 "제6항"으로, "심사청구"를 "심사청구, 고충민원 신청"으로 한다.
② 법 제59조의2제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 고충민원"이란 국세와 관련하여 납세자가 법 제45조의2에 따른 경정청구, 법 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송을 그 기한까지 신청, 청구 또는 제기하지 않은 사항에 대해 과세관청에 직권으로 이 법 또는 세법에 따른 처분의 취소, 변경이나 그 밖의 필요한 처분을 해줄 것을 신청하는 민원을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항에 대해 신청하는 민원은 고충민원에서 제외한다.
1. 이 법 또는 세법에 따라 과태료 또는 벌금이 부과된 사항
2. 「조세범 처벌절차법」에 따른 통고처분 또는 고발이 있는 사항
3. 법 제85조의8에 따른 이행강제금심의위원회, 그 밖에 이 법 또는 다른 법률에 따른 위원회의 심의를 거쳐 결정이 완료되었거나 심의 중인 사항
제63조의12를 다음과 같이 한다.
제63조의12(부분조사 사유) 법 제81조의11제3항제6호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 법인이 주식 또는 출자지분을 시가보다 높거나 낮은 가액으로 거래하거나 「법인세법 시행령」 제88조제1항제8호 각 목 및 같은 항 제8호의2의 자본거래로 인하여 해당 법인의 특수관계인인 다른 주주 등에게 이익을 분여(分與)하거나 분여받은 구체적인 혐의가 있는 경우로서 해당 혐의에 대한 확인이 필요한 경우
2. 무자료거래, 위장ㆍ가공 거래 등 특정 거래 내용이 사실과 다른 구체적인 혐의가 있는 경우로서 조세채권의 확보 등을 위하여 긴급한 조사가 필요한 경우
3. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득하여 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우
4. 「소득세법」 제156조의2제1항ㆍ제2항 및 「법인세법」 제98조의4제1항ㆍ제2항에 따른 조세조약상의 비과세ㆍ면제 적용 신청의 내용을 확인할 필요가 있는 경우
5. 「국제조세조정에 관한 법률」 제14조에 따른 정상가격 산출방법에 대한 사전승인 신청을 취소ㆍ철회하거나 같은 법 시행령 제28조제8항 각 호의 사유로 상호합의절차가 중단되어 과세관청이 해당 신청의 내용을 확인할 필요가 있는 경우
제63조의16제4항제3호를 다음과 같이 한다.
3. 납세자의 요청에 따른 세무조사 참관
제63조의18제1항 중 "제3항"을 "제5항"으로 하고, 같은 조 제2항 중 "법 제81조의19제2항"을 "법 제81조의19제3항"으로, "제4항"을 "제6항"으로 하며, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분 중 "법 제81조의19제5항"을 "법 제81조의19제8항"으로 하고, 같은 조 제4항 각 호 외의 부분 중 "법 제81조의19제7항"을 "법 제81조의19제10항"으로 한다.
부칙
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제27조의4제2항 및 제3항의 개정규정은 2026년 7월 1일부터 시행한다.
제2조(일반우편 송달의 범위에 관한 적용례) 제5조의2의 개정규정은 이 영 시행 이후 납부고지서를 송달하는 경우부터 적용한다.
제3조(부분조사 사유에 관한 적용례) 제63조의12제5호의 개정규정은 이 영 시행 이후 부분조사를 실시하는 경우부터 적용한다.
제4조(납세자보호담당관의 직무 및 권한에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 시작되어 이 영 시행 당시 종료되지 않은 세무조사에 대해서는 제63조의16제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.