【제정·개정이유】 
- [일부개정]
◇ 개정이유
외국법인 연락사무소 현황 자료를 제출하지 않거나 거짓의 자료를 제출한 외국법인에 대한 시정명령 및 과태료 부과 근거를 마련하는 등의 내용으로 「법인세법」이 개정된 것에 맞추어, 해당 외국법인에 대한 과태료 부과기준을 마련하는 한편,
국가 자원안보 강화를 위해 핵심자원 및 그 소재ㆍ부품의 생산과 직접 관련된 해외 현지법인에 대한 채무보증을 채무보증 구상채권 대손금의 손금산입 범위에 추가하고, 법인의 상품 등 판매 시 판매 유형에 따라 그 판매손익의 귀속시기를 합리적으로 조정하며, 지방 미분양 주택 해소를 위해 기업구조조정 부동산투자회사가 직접 취득하는 수도권 밖의 준공 후 미분양 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 법인세 추가 과세를 배제하는 적용기한을 연장하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.
◇ 주요내용
가. 채무보증 구상채권 대손금의 손금산입 범위 확대(제19조의2제6항제8호 신설)
내국법인이 「국가자원안보 특별법」에 따른 핵심자원 및 그 핵심자원의 소재ㆍ부품의 생산과 직접 관련하여 해외에서 설립된 법인에 대하여 행한 채무보증으로 발생한 구상채권 대손금을 손금산입 대상 채권의 범위에 추가함.
나. 공익법인 등의 의무이행 여부에 대한 보고의무 폐지(현행 제38조제9항 및 제39조제6항 삭제, 제38조제10항ㆍ제11항 및 제39조제7항ㆍ제8항)
한국학교 및 공익법인 등의 기부금 모금액 및 활용실적 공개 등에 대한 의무이행 여부를 교육부 등 주무관청 또는 국세청장에게 보고하도록 하던 것을 폐지함.
다. 상품 등 판매 시 손익 귀속시기 합리화(제68조제1항제1호)
법인이 상품ㆍ제품 등을 조건부ㆍ기한부로 판매하는 경우 그 판매손익 등의 귀속시기를 종전에는 상품 등을 인도한 날로 하였으나, 앞으로는 그 조건이 성취되거나 기한이 지나 판매가 확정되는 날로 함.
라. 기업구조조정 부동산투자회사가 취득하는 미분양주택에 대한 법인세 추가 과세 배제 기한 연장 및 적용 대상 합리화(제92조의2제2항제1호의16)
기업구조조정 부동산투자회사가 취득하는 미분양주택에 대해 취득 후 5년 이내에 양도 시 토지 등 양도소득에 대한 법인세 추가 과세를 배제하는 주택취득 기한을 2025년 12월 31일까지에서 2026년 12월 31일까지로 1년 연장하고, 적용 대상을 수도권 밖 미분양주택에서 수도권 밖 준공 후 미분양주택으로 변경함.
마. 시정명령을 위반한 외국법인에 대한 과태료 부과기준 마련(별표 2 제4호 신설)
외국법인 연락사무소 현황 자료를 제출하지 않거나 거짓의 자료를 제출하여 관할 세무서장의 시정명령을 받고도 그 명령을 이행하지 않은 외국법인에 대한 과태료의 부과기준을 500만원으로 정함.
<법제처 제공>
【관보정정】
- ○ 대통령령제36130호(법인세법 시행령 일부개정령 중 정정)
관보 제21187호(2026. 02. 27.)에 게재된 대통령령제36130호(법인세법 시행령 일부개정령) 중 오류사항이 있어 다음과 같이 정정합니다.
2026년 3월 19일
법제처장
【제정·개정문】 
- 국무회의의 심의를 거친 법인세법 시행령 일부개정령을 이에 공포한다.
대통령 이재명 (인)
2026년 2월 27일
국무총리 김민석
국무위원 재정경제부 장관 구윤철
⊙대통령령 제36130호
법인세법 시행령 일부개정령
법인세법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항제4호바목을 다음과 같이 한다.
바. 「장애인복지법」 제58조제1항에 따른 장애인복지시설, 같은 법 제63조제1항에 따른 장애인복지단체가 운영하는 「중증장애인생산품 우선구매 특별법」 제2조제2항에 따른 중증장애인생산품 생산시설 및 「장애인활동 지원에 관한 법률」 제2조제6호에 따른 활동지원기관
제19조제13호 중 "무료진료권 또는 새마을진료권에 의하여"를 "무료진료권에 따라"로 한다.
제19조의2제6항에 제8호를 다음과 같이 신설한다.
8. 내국법인이 「국가자원안보 특별법」 제2조제1호에 따른 핵심자원 및 그 핵심자원의 소재ㆍ부품(「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력 강화 및 공급망 안정화를 위한 특별조치법」 제2조제1호에 따른 소재ㆍ부품으로 한정한다)의 생산과 직접 관련하여 해외에서 설립된 법인에 대하여 행한 채무보증
제26조제2항제3호가목 중 "취득가액"을 "미상각잔액"으로, "총채굴예정량"을 "잔존채굴예정량(총채굴예정량에서 직전 사업연도까지의 누적채굴량을 뺀 채굴예정량을 말한다)"으로 한다.
제28조제3항 각 호 외의 부분 중 "제1항제2호 및 제6항"을 "제1항제2호"로 한다.
제38조제9항을 삭제하고, 같은 조 제10항 중 "제9항에 따라 보고받은 내용을 점검한 후 그 점검결과(해당 법인이 제9항 후단에 따른 요구에도 불구하고 요건 충족여부등을 보고하지 아니한 경우에는 그 사실을 포함한다)를"을 "제3항 또는 제4항에 따른 요건의 충족 여부 및 제8항에 따른 의무의 이행 여부를 점검한 후 그 점검결과를"로 하며, 같은 조 제11항제2호 중 "위반한 사실 또는 제9항 후단에 따른 요구에도 불구하고 요건 충족여부등을 보고하지 않은"을 "위반한"으로 한다.
제39조제1항제1호마목 중 "비영리법인(그 소속 단체를 포함한다)"을 "비영리법인 및 국내에 있는 그 소속 단체"로 하고, 같은 항 제4호가목을 다음과 같이 하며, 같은 호 타목 중 "건강가정지원센터"를 "건강가정지원센터 및 같은 법 제35조의2에 따른 가족센터"로 하고, 같은 호에 하목을 다음과 같이 신설한다.
가. 「아동복지법」 제44조의2제1항에 따른 다함께돌봄센터 및 같은 법 제52조제1항에 따른 아동복지시설
하. 「보호관찰 등에 관한 법률」 제65조제3항에 따른 갱생보호시설
제39조제6항을 삭제하고, 같은 조 제7항 전단 중 "제6항에 따라 보고받은 내용을"을 "제5항에 따른 의무의 이행 여부를"로 하며, 같은 조 제8항제2호 중 "사실, 제5항제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 의무를 위반한 사실 또는 제6항 후단에 따른 요구에도 불구하고 의무이행 여부를 보고하지 않은"을 "사실 또는 제5항제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 의무를 위반한"으로 한다.
제42조제4항제4호 중 "「근로기준법」 제2조제1항제8호"를 "「근로기준법」 제2조제1항제9호"로 한다.
제68조제1항제1호를 다음과 같이 하고, 같은 항 제2호 본문 중 "상품 등의"를 "상품등의"로, "상품 등에"를 "상품등에"로 하며, 같은 항 제3호 본문 중 "상품 등외의"를 "상품등 외의"로 한다.
1. 상품(부동산을 제외한다)ㆍ제품 또는 그 밖의 생산품(이하 이 조에서 "상품등"이라 한다)의 판매: 그 상품등을 인도한 날. 다만, 반환조건부 판매, 동의조건부 판매, 그 밖의 조건부 판매 및 기한부 판매의 경우에는 그 조건이 성취되거나 기한이 지나 판매가 확정된 날로 한다.
제75조제4항에 단서를 다음과 같이 신설한다.
다만, 보험회사가 평가방법이 다른 보험회사를 합병한 경우에는 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일부터 3년 이내에 납세지 관할 세무서장에게 신고하고 평가방법을 한 번만 변경할 수 있다.
제75조에 제5항을 다음과 같이 신설한다.
⑤ 제4항 단서에 따라 평가방법을 변경하려는 보험회사는 그 변경되는 평가방법을 적용하려는 사업연도의 법 제60조에 따른 과세표준 신고를 할 때 재정경제부령으로 정하는 평가방법 변경신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)해야 한다.
제77조 중 "선입선출법"을 "총평균법"으로 한다.
제80조제1항제2호가목 본문 중 "내국법인"을 "법인"으로, "이하 같다"를 "이하 이 조에서 같다"로, "(이하 "합병교부주식등"이라 한다)"를 "(이하 이 조에서 "합병교부주식등"이라 한다)"로 한다.
제80조의2제3항 각 호 외의 부분 전단 중 "주식등의"를 "합병법인 또는 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 주식등(이하 이 조에서 "합병교부주식등"이라 한다)의"로 한다.
제82조제1항제2호가목 본문 중 "내국법인"을 "법인"으로, "같다"를 "이 조에서 같다"로 하고, 같은 목 단서 중 "주식(이하 "분할합병교부주식"이라 한다)"을 "주식(이하 이 조에서 "분할합병교부주식"이라 한다)"으로 한다.
제82조의2제6항 각 호 외의 부분 전단 중 "주식등"을 "분할신설법인등 또는 분할등기일 현재 분할합병의 상대방 법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인의 주식(이하 이 조에서 "분할합병교부주식"이라 한다)"으로 한다.
제86조의3제9항 단서 중 "법 제51조의2제2항제1호 단서"를 "법 제51조의2제2항제1호가목"으로 한다.
제88조제1항제6호에 라목을 다음과 같이 신설한다.
라. 「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제2조제8호에 따른 장애인 표준사업장의 용도로 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 임대료로 제공하는 경우
제92조의2제2항제1호의16을 다음과 같이 한다.
1의16. 「부동산투자회사법」 제2조제1호다목에 따른 기업구조조정 부동산투자회사가 2025년 1월 1일부터 2026년 12월 31일까지 직접 취득(2026년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하는 주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 준공 후 미분양주택
가. 수도권 밖의 지역에 소재할 것
나. 취득일부터 5년이 지나지 않을 것
다. 그 밖에 재정경제부령으로 정하는 요건을 갖출 것
제92조의6제1항제6호 중 "경내지"를 "전통사찰보존지"로 한다.
제94조의2의 제목 "(간접투자회사 등으로부터 지급받은 소득에 대한 외국 납부세액공제 특례)"를 "(간접투자회사 등이 납부한 외국법인세액공제 특례)"로 하고, 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 중 "것"을 "회사 등"으로, "금액으로 한다"를 "금액으로 하며, 그 금액을 같은 항에 따라 내국법인의 산출세액에서 공제한다"로 하며, 같은 조 제2항 중 "법 제57조의2제2항제1호 단서"를 "법 제57조의2제3항 단서"로, "「소득세법 시행령」 제117조의2제2항에 따라 계산한"을 "실제 매도가격에서 실제 매수가격을 뺀"으로 하고, 같은 조 제3항 및 제4항을 각각 삭제한다.
제108조제2항 후단 중 "법 제75조"를 "법 제74조의2, 제75조"로 한다.
제111조제2항제1호 중 "원천징수세율(제94조의2제4항에 따라 계산한 율을 말한다. 이하 이 항에서 같다)"을 "원천징수세율"로 하고, 같은 조에 제3항을 다음과 같이 신설한다.
③ 제2항을 적용할 때 외국 원천징수세율은 간접투자회사등이 제94조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방식으로 투자한 투자대상별로 다음 계산식에 따라 계산한 율을 합산한 율로 한다.
제120조의12제1항에 제5호를 다음과 같이 신설하고, 같은 조 제2항 중 "제3호, 제6호 및 제7호"를 "제3호 및 제5호부터 제7호까지"로 한다.
5. 법 제60조의2제1항제1호에 해당하는 법인(「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제4조에 따라 외부의 감사인에 의한 감사를 받는 내국법인은 제외한다)
제120조의22제2항 각 호 외의 부분 후단 및 같은 항 제2호 중 "투자ㆍ상생협력"을 각각 "투자ㆍ배당 및 상생협력"으로 한다.
제129조의3제3항 각 호 외의 부분 중 "이 항"을 "이 조"로 하고, 같은 조 제4항을 제5항으로 하며, 같은 조에 제4항을 다음과 같이 신설한다.
④ 제1항에도 불구하고 과소자본 지급이자가 발생하지 않는 경우에는 손금에 산입하지 않는 간주자본 지급이자는 없는 것으로 본다.
제132조의5제1항을 삭제하고, 같은 조 제2항 중 "법 제93조의3제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는"을 "법 제93조의3제5항에 따라"로 한다.
제133조제1항제2호 중 "주로 특정 외국법인만을"을 "전적으로 또는 거의 전적으로 「국제조세조정에 관한 법률」 제2조제1항제3호에 따른 특수관계가 있는 외국법인을"로 한다.
제138조의4제15항 각 호 외의 부분 전단 중 "법 제98조의4제5항"을 "법 제98조의4제5항(법 제93조의3제7항에 따라 준용되는 경우는 제외한다)"으로 하고, 같은 조 제16항을 제17항으로 하며, 같은 조에 제16항을 다음과 같이 신설하고, 같은 조 제17항(종전의 제16항) 중 "제15항"을 "제15항 및 제16항"으로 한다.
⑯ 법 제93조의3제7항에서 준용되는 법 제98조의4제5항에 따라 경정을 청구하려는 자는 소득지급자의 납세지 관할 세무서장에게 재정경제부령으로 정하는 비과세 적용을 위한 경정청구서에 국내원천소득의 실질귀속자임을 입증할 수 있는 다음 각 호의 서류를 첨부하여 경정을 청구해야 한다.
1. 제132조의4제1항제1호가목에 따른 외국법인비과세신청서 또는 같은 항 제2호가목에 따른 적격외국금융회사등비과세신청서
2. 해당 외국법인(법 제93조의3제3항에 따라 실질귀속자로 보는 국외투자기구를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 거주지국의 권한 있는 당국이 발급하는 거주자증명서, 법인등기부 등본 등 외국법인에 해당함을 증명할 수 있는 서류
제138조의8제1항 각 호 외의 부분 전단 중 "법 제98조의6제4항"을 "법 제98조의6제5항"으로 한다.
제153조의2를 다음과 같이 신설한다.
제153조의2(비영리법인의 수익사업 개시신고 시 제출서류) 법 제110조 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 서류"란 제154조제3항에 따라 부여되는 고유번호증 사본을 말한다.
별표 2 제1호의 근거 법조문란 중 "법 제124조제1호"를 "법 제124조제1항제1호"로 하고, 같은 표 제2호의 근거 법조문란 중 "법 제124조제2호"를 "법 제124조제1항제2호"로 하며, 같은 표 제3호의 근거 법조문란 중 "법 제124조제3호"를 "법 제124조제1항제3호"로 하고, 같은 표에 제4호를 다음과 같이 신설한다.
부칙
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만 제77조의 개정규정은 2027년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(수익사업의 범위에 관한 적용례) 제3조제1항제4호바목 및 거목의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도부터 적용한다.
제3조(채무보증 구상채권 대손금의 손금 산입에 관한 적용례) 제19조의2제6항제8호의 개정규정은 이 영 시행 전의 채무보증으로 발생한 구상채권으로서 이 영 시행 이후 해당 채권을 회수할 수 없게 되는 경우에도 적용한다.
제4조(상각범위액의 계산에 관한 적용례) 제26조제2항제3호가목의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준 및 세액을 신고 또는 결정ㆍ경정하는 경우부터 적용한다.
제5조(한국학교 등의 의무이행 여부 점검 등에 관한 적용례) 제38조의 개정규정은 이 영 시행 이후 개시하는 사업연도부터 적용한다.
제6조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도에 관한 적용례) 제68조제1항제1호의 개정규정은 이 영 시행 이후 개시하는 사업연도에 상품등을 판매하는 경우부터 적용한다.
제7조(유가증권 등의 평가에 관한 적용례) 제75조의 개정규정은 이 영 시행 당시 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일부터 3년이 지나지 않은 경우에도 적용한다.
제8조(가상자산의 평가 등에 관한 적용례) 제77조의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 이후 거래하는 가상자산부터 적용한다.
제9조(부당행위계산의 유형 등에 관한 적용례) 제88조제1항제6호라목의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 임대료로 제공하는 경우부터 적용한다.
제10조(수시부과결정에 관한 적용례) 제108조제2항 후단의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하는 경우부터 적용한다.
제11조(연결납세방식의 적용제외 법인 등의 적용례) 제120조의12의 개정규정은 이 영 시행 이후 개시하는 사업연도부터 적용한다.
제12조(외국법인의 본ㆍ지점 간의 자금거래에 따른 이자의 손익 계산에 관한 적용례) 제129조의3의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제13조(공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등에 관한 경과조치 등) ① 이 영 시행 전에 지출한 기부금에 관하여는 제39조제1항제1호마목의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
② 제39조제1항제4호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 지출한 기부금부터 적용한다.
③ 제39조제6항부터 제8항까지의 개정규정은 이 영 시행 이후 개시하는 사업연도부터 적용한다.
제14조(토지등 양도소득에 대한 과세특례 적용 주택에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 취득한 미분양주택에 관하여는 제92조의2제2항제1호의16의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 이 경우 2026년 1월 1일부터 이 영 시행 전까지 취득한 미분양주택에 대해서는 종전의 규정 중 "2025년 12월 31일"을 "이 영 시행 전"으로 본다.