【전문】

【원고, 항소인】

에쓰대시오일 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 지평 담당변호사 천영석)

【피고, 피항소인】

마포세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 손호철)

【제1심판결】

서울행정법원 2018. 4. 27. 선고 2017구합68707 판결

【변론종결】

2019. 1. 16.

【주 문】

 
1.  제1심판결을 취소한다.
 
2.  피고가 2016. 11. 17. 원고에게 한 2016년도 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분 중 종합부동산세 2,166,169,770원 및 농어촌특별세 433,233,954원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
 
3.  소송총비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】

주문과 같다.

【이 유】

1. 처분의 경위
이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
2. 원고의 주장
이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
3. 관련 법령
별지기재와 같다.
4. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 관련 규정의 개정 경과 등
이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
나. 공제규정 및 위임규정
구 종합부동산세법(2018. 12. 31. 법률 제16109호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘이 사건 법률’이라 한다)은 종합부동산세액에서 ‘주택 등의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상의 재산세로 부과된 세액’을 공제하도록 규정(법 제9조 제3항 및 제14조 제3항, 제6항. 이하 ‘이 사건 공제규정’이라 한다)하면서, 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하고 있는데(법 제9조 제4항 및 제14조 제7항. 이하 ‘이 사건 위임규정’이라 한다), 이 사건 쟁점규정(2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정된 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3)은 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산과 관련하여 이 사건 산식을 규정하고 있다.
다. 이중과세의 발생
2005. 1. 5. 부동산 보유세제 개편에 따라 도입된 종합부동산세의 취지는 과세대상 재산을 보유하는 자에게 먼저 낮은 세율로 지방세인 재산세를 부과하고 다시 국내에 있는 모든 과세대상을 합산하여 일정한 과세기준금액을 초과하여 부동산을 보유하는 자에게 높은 세율로 국세인 종합부동산세를 과세함으로써 부동산보유에 대한 조세부담의 형평을 제고하고 부동산의 가격안정을 도모하고자 하는 데에 있다. 이와 같이 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 2005. 1. 5. 법률 제7328호로 제정된 종합부동산세법은 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였다.
그런데 이 사건 쟁점규정 및 산식은, 과세대상이 중첩되는 부분, 즉 과세기준초과금액(= 공시가격 - 과세기준금액)에 대하여 부과된 재산세액 전부를 공제하는 것이 아니라 종합부동산세의 과세표준(과세기준초과금액 × 종합부동산세 공정시장가액비율)에 수액상 상응하는 재산세액 부분만을 공제하도록 하고 있는바, 이중과세인지 여부는 과세물건 즉 과세대상을 기준으로 판단하야 하는 것이지 과세표준을 기준으로 판단할 것은 아니므로, 같은 과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 부과하고 재산세로 부과된 세액의 일부만을 공제하여 준다면 공제되지 않은 나머지 부분은 이중과세의 문제가 해소되지 않은 채 남아 있게 된다고 할 것이다.
라. 이 사건 쟁점규정의 효력
위와 같이 이 사건 쟁점규정 및 산식에 의할 경우 이중과세된 부분이 여전히 남아 있게 된다면, 그 다음으로는 이 사건 법률이 과연 이중과세 영역을 일부 남길 수 있도록 하였는지, 즉 일부 공제를 허용하고 있는지가 쟁점이 되는바, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008. 1. 17. 선고 2007두11139 판결 등).
이 사건 공제규정은 위에서 살펴본 바와 같이 공제될 재산세액을 산정하는 산식 등 구체적인 계산방법을 규정하지는 않은 채 이 사건 위임규정을 통해 공제될 세액의 계산에 관하여 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 위임하고 있다.
그러나 그 입법취지 등 아래와 같은 이유에서 볼 때, 이 사건 공제규정과 이 사건 위임규정은 공제대상 전부를 공제하도록 하되, 다만 이를 산정하는 방법 등 기술적이고 세부적인 사항만을 위임한 것이지 재산세액의 공제범위를 정할 수 있는 권한까지 위임한 것은 아니라고 보아야 한다.
(1) 이 사건 공제규정은 ‘주택 등의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상의 재산세로 부과된 세액’을 공제하도록 하고 있는바, 통상적으로 어떤 대상을 지칭함에 있어 특별히 그 범위 등을 한정하여 수식하지 않는 한 그 지칭된 대상 전부를 의미하는 것으로 보아야 하고, 따라서 이 사건 공제규정도 ‘해당 과세대상의 재산세로 부과된 세액 전부’를 공제하도록 규정한 것으로 보아야 할 것이지, 법이 ‘전부’ 공제하여야 한다고 명시적으로 규정하지 않았다고 하여 ‘일부’ 공제 여부 및 그 범위에 관한 권한을 대통령령에 위임하였다고 볼 수는 없다. 더구나 이미 부과된 재산세액의 공제범위를 어떻게 정할 것인지는 세율이나 과세표준과 마찬가지로 최종 결정세액의 다과에 직접적인 영향을 주는 점을 고려하면 그 결정권한의 위임 여부는 매우 제한적으로 해석하여야 할 것이다.
(2) 2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정된 종합부동산세법은 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 일정한 범위에서 과세표준에 반영할 비율을 정할 수 있도록 종합부동산세에 대하여 적용되는 공정시장가액비율 제도를 도입하였고, 이와 함께 종합부동산세의 과세표준은 종전의 ‘과세기준초과금액’에서 ‘과세기준초과금액 × 종합부동산세 공정시장가액비율’로 축소되었으나, 종전의 연도별 적용비율은 폐지되었다.
?연도별 적용비율 적용 당시공정시장가액비율 적용 이후과세표준과세기준초과금액과세기준초과금액 × 공정시장가액비율세액과세표준(= 과세기준초과금액) × 연도별 적용비율 × 세율과세표준(= 과세기준초과금액 × 공정시장가액비율) × 세율
그런데 위와 같은 종합부동산세법의 개정으로 과세표준이 축소되었다고 하여 이에 수반하여 재산세 과다공제의 문제가 발생하는 것은 아니다.
아래 그림으로 설명하면, 개정 전 종합부동산세 과세표준은 (D ＋ B ＋ C)로 크지만 연도별 적용비율 때문에 D 부분에 대하여는 원래부터 재산세와 종합부동산세가 모두 부과되지 않았고, 종합부동산세 과세표준에 대하여 재산세가 중복 부과되는 부분은 (B ＋ C)이었다. 개정 후에 종합부동산세 과세표준(B ＋ C)이 종전보다 축소된 것은 맞지만 종합부동산세 과세표준에 대하여 재산세가 중복 부과되는 부분은 여전히 (B ＋ C)로서 개정 전과 동일하다. D 부분은 애초부터 종합부동산세는 물론 재산세도 부과되지 않는 영역이기 때문이다.
(3) 2008. 12. 26. 개정 전후의 종합부동산세 과세표준에 관한 규정(법 제8조)를 비교하면 아래와 같다.

개정 전개정 후제8조(과세표준)제8조(과세표준)① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 6억원을 공제한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액[과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액]에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.
그런데 2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정된 종합부동산세법의 취지는 기존의 연도별 적용비율이 적정 세부담을 꾀하기 위한 조정계수였으나 1년에 10%씩 단계적으로 인상하는 것으로 확정되어 있어 전 세계적인 금융위기와 같은 돌발상황이 벌어졌을 때 적정 세부담이 되도록 탄력적으로 대처하는데 어려움이 있었고, 이 때문에 부동산 시장의 동향과 재정여건 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율이라는 조정기제로 변경하게 된 것이다. 따라서 연도별 적용비율과 공정시장가액비율은 적정 세부담이 되도록 세액을 조정하는 조정기제 역할을 한다는 점에서 동일한 기능을 하는 것이고, 개정 전에서는 과세표준 산정 후 조정기제인 연도별 적용비율을 곱하던 것을 개정 후에는 과세표준 산정 단계에서 조정기제인 공정시장가액비율을 곱하고 대신 연도별 적용비율은 적용하지 않음으로써 조정기제를 적용하되 과세표준 산정 후에 할 것인지 과세표준 산정 단계에서 할 것인지의 차이가 있을 뿐이다.
이러한 종합부동산세법의 개정경위와 취지 등에 비추어 보면, 과세기준금액을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본 취지에는 변화가 없다고 할 것이다(대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두2986 판결 참조).
(4) 이 사건과 같이 동일한 시점에, 동일한 납세의무자에 대하여, 동일한 과세대상에 대하여 과세함으로써 이중과세에 해당함이 분명함에도 불구하고 공제의 범위를 제한하여 이중과세의 일부만을 해소하는 것은, 위헌 여부까지는 논외로 하더라도 그 입법과정이나 해당 조항의 해석에 있어 논쟁의 여지가 다분한 만큼 그 규정의 의미나 공제되는 재산세액에 관한 입법자의 의사 변경 유무 등 개정의 취지가 명확하지 않다면 신중하고도 합목적적인 해석이 불가피하다고 할 것인바, 2008. 12. 26. 법률 제9273호로 종합부동산세법을 개정할 당시 국회에서 재산세액 공제범위의 축소에 관하여 논의가 있었다거나 그 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소·변경하려는 것이었다고 볼 만한 사정이 없다(이 사건 공제규정의 개정은, 제18대 국회에서, 과세방식을 종전 세대별 합산에서 개인별 합산으로 변경하고, 종합부동산세 과세기준금액을 주택의 경우 6억 원으로 유지하되 1세대 1주택자에 대해서는 3억 원을 기초공제하며, 토지의 과세기준금액을 상향조정하고, 세율을 하향조정하는 등 종합부동산세법 전반에 걸친 감세와 함께 이루어졌다).
(5) 따라서 종합부동산세법이 과세표준을 축소하는 것으로 개정되었다고 하여 종전에는 재산세액 전부를 공제하던 것을 일부만 공제하고자 하는 취지에서 이 사건 공제규정의 개정이 이루어졌다고 할 수는 없고, 그렇다면 이 사건 쟁점규정과 같이 종전보다 공제액을 축소하는 것은 입법자의 의사에 반한다고 할 것이다.
마. 소결론
그렇다면 이 사건 쟁점규정은 법률에 의한 위임의 범위를 넘어 규정된 것으로서 위법하여 효력이 없다고 할 것이고, 이에 근거하여 이루어진 이 사건 처분도 위법하므로 전부 취소하여야 할 것이나, 원고가 이 사건 처분 중 일부만의 취소를 구하고 있으므로 원고의 청구에 따라 그 일부만을 취소하기로 한다.
5. 결론
그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인 바, 이와 결론을 달리한 제1심판결은 부당하므로 이를 취소하고, 이 사건 처분 중 주문 제2항 기재 부분을 각 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]