【전문】

【원고, 항소인】

원고 1 외 6인 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 조윤희 외 2인)

【피고, 피항소인】

용인세무서장 외 4인 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 김승호 외 2인)

【제1심판결】

서울행정법원 2019. 4. 26. 선고 2018구합68124 판결

【변론종결】

2020. 7. 17.

【주 문】

 
1.  제1심판결을 아래와 같이 변경한다. 
가.  피고 용인세무서장이 원고 1에 대하여 한 [별지1] 부과처분 내역표 기재 각 증여세 및 가산세 부과처분 중 2017. 5. 2. 한 2012년 10월분 증여세 898,834,780원(가산세 포함)과 2011년 9월분 1,908,349,530원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.
 
나.  피고 용인세무서장이 원고 2에 대하여, 피고 시흥세무서장이 원고 3에 대하여, 피고 노원세무서장이 원고 4에 대하여, 피고 동대문세무서장이 원고 5에 대하여, 피고 시흥세무서장이 원고 6에 대하여, 피고 성남세무서장이 원고 7에 대하여 한 [별지1] 부과처분 내역표 기재 각 증여세 및 가산세 부과처분을 취소한다.
다. 원고 1의 나머지 청구를 기각한다.
 
2.  소송 총비용 중 원고 1과 피고 용인세무서장 사이에 생긴 부분의 7/8은 원고 1이, 나머지는 피고 용인세무서장이, 원고 2와 피고 용인세무서장 사이에 생긴 부분은 피고 용인세무서장이, 원고 3과 피고 시흥세무서장 사이에 생긴 부분은 피고 시흥세무서장이, 원고 4와 피고 노원세무서장 사이에 생긴 부분은 피고 노원세무서장이, 원고 5와 피고 동대문세무서장 사이에 생긴 부분은 피고 동대문세무서장이, 원고 6과 피고 시흥세무서장 사이에 생긴 부분은 피고 시흥세무서장이, 원고 7과 피고 성남세무서장 사이에 생긴 부분은 피고 성남세무서장이 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】

제1심판결을 취소한다. 피고들이 원고들에 대하여 한 [별지1] 부과처분 내역표 기재 각 증여세 및 가산세 부과처분을 취소한다.

【이 유】

1. 처분의 경위
이 법원이 이 부분에 기재할 이유는 제1심 판결문 제3면 제11행(도표는 행수에서 제외한다)의 “무상증사”를 “무상증자”로 고쳐 쓰는 이외에는 제1심 판결문의 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.
 
2.  원고들의 주장 
가.  절차적 위법 주장
1) 과세전적부심사 절차 침해 주장
구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15520호로 개정되기 이전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제81조의15에 의하면 세무조사결과에 대한 서면통지 또는 과세예고 통지를 받은 자는 통지를 받은 날로부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지내용의 적법성에 관한 심사를 청구할 수 있다. 그런데 중부지방국세청장이 2017. 4. 28. 원고들에게 세무조사결과에 대한 서면통지를 하였음에도 피고들은 그로부터 30일이 경과하기 이전인 2017. 5. 2. 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건 처분은 원고들의 과세전적부심사 청구 기회를 침탈한 위법이 있어 취소되어야 한다.
2) 과세결과 통지 붙임 서류 누락 하자
구 국세기본법 제81조의12 및 구 국세기본법 시행규칙(2018. 3. 19. 기획재정부령 제665호로 개정되기 이전의 것, 이하 ‘구 국세기본법 시행규칙’이라 한다) 제37조에 의하면 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 입금액·과세표준 및 세액의 산출명세, 조사 항목별 조사 결과 및 세무조사결과 사후 관리할 사항, 세무조사 결과 통지에 대한 구제절차에 관한 서류를 첨부하여 납세자에게 세무조사 결과를 통지하여야 한다. 그런데 중부지방국세청장은 원고들에게 세무조사 결과를 통지함에 있어 위와 같이 첨부하여야 할 붙임 서류를 누락한 채 통지하였다. 따라서 이 사건 처분은 세무조사에 중대한 절차적 위법이 있어 취소되어야 한다.
3) 세무조사 결과 통지 기간 미준수 주장
구 국세기본법 제81조의12 제1항 및 조사사무처리규정(2016. 1. 26. 국세청훈령 제2124호로 일부 개정된 것, 이하 ‘구 조사사무처리규정’이라 한다) 제46조 제1항에 의하면 조사공무원은 납세자에게 통지한 조사기간이 종료한 날로부터 20일 이내에 세무조사결과를 기재하여 납세자에게 통지하도록 규정되어 있었다. 그런데 중부지방국세청장은 사전에 통지한 조사기간 종료일인 2017. 1. 24.로부터 20일이 경과한 2017. 4. 28.에 비로소 원고들에게 세무조사결과를 통지하였다. 따라서 이 사건 처분은 세무조사에 중대한 절차적 위법이 있어 취소되어야 한다.
4) 세무조사 범위 확대 통지 위반 주장
구 국세기본법 제81조의9에 의하면 세무공무원이 과세기간 등 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 납세자에게 그 사유와 범위를 문서로 통지하여야 한다. 그런데 중부지방국세청장은 원고 2, 원고 3에 대한 조사대상 과세기간을 2010. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지로 통보한 후 조사대상 과세기간을 2011년도까지 확대하였음에도 원고 2, 원고 3에게 그 사유와 범위를 문서로 통지하지 아니하였다. 따라서 이 사건 처분은 세무조사에 중대한 절차적 위법이 있어 취소되어야 한다.
 
나.  실체적 위법 주장
1) 자기증여 주장
구 상증세법 제2조 제3항은 유형·무형의 재산을 타인에게 무상으로 이전하거나 타인의 재산적 가치를 증가시키는 것을 증여라고 규정하고 있으므로 자기에게 이익을 분여하는 자기증여는 증여세 과세대상이 되지 아니한다. 그런데 (회사명 1 생략)의 주주들이 (회사명 2 생략)의 주식 100%를 보유하고 있는 (회사명 1 생략)으로부터 (회사명 2 생략) 주식을 이전받는 것은 (회사명 2 생략) 주식을 간접 소유하는 형태에서 직접 소유하는 형태로 변경하는 것일 뿐 자산의 무상이전 또는 재산적 가치를 증가시키는 행위라고 할 수 없으므로, 구 상증세법의 증여세 과세대상이 되지 아니한다.
2) 구 국세기본법 제18조 제1항 위반 주장
구 국세기본법 제18조 제1항은 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다고 규정하고 있다. ① 그런데 피고들은 원고들에게 원고들이 보유하는 (회사명 2 생략) 주식의 가치보다 더 많은 금액을 상장차익에 대한 증여세로 부과하였으므로 응능과세의 원칙에 위배되어 취소되어야 한다. ② 또한 구 상증세법 제41조의3은 기업의 미공개 정보를 이용한 가까운 친족 간의 변칙적인 증여를 방지하기 위하여 마련된 규정이므로 구 상증세법 제41조의3을 해석함에 있어 국세기본법 제18조 제1항에 따라 입법목적도 고려하여 해석하여야 한다. 그런데 원고 1, 원고 2는 (회사명 2 생략)의 창업자로서 (회사명 2 생략) 주식의 소유 형태를 간접 소유에서 직접 소유로 변경하였을 뿐 변칙적인 증여를 한 것이 아니며, 특히 원고 2는 공동창업자 소외인의 탈퇴로 부득이 소외인의 지분을 취득한 것에 불과하므로, 구 상증세법 제41조의3의 적용대상이 되지 아니한다.
3) 구 상증세법 제41조의3이 ‘미공개정보 이용’을 과세요건으로 한다는 주장
구 상증세법 제41조의3은 기업의 미공개정보를 이용한 변칙적인 증여를 방지하기 위하여 마련된 규정이므로 구 상증세법 제41조의3을 적용하려면 ‘미공개정보를 이용’하는 행위가 있어야 한다. 그런데 원고들은 ‘미공개정보를 이용’한 적이 없으므로 구 상증세법 제41조의3의 적용대상이 되지 아니한다.
4) 최초 상장시기 관련 주장
가) 2013. 7. 1.로 보아야 한다는 주장
구 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(2013. 5. 28. 법률 제11845호로 개정되기 이전의 것, 이하 ‘구 자본시장법’이라 한다) 제9조 제13항 제2호는 ‘대통령령으로 정하는 증권’의 매매를 위하여 ‘거래소가 개설’하는 시장을 코스닥시장(이하 ‘코스닥시장’이라 한다)이라고 규정하고 있다. 한편 구 자본시장법 제393조는 증권시장에서의 매매거래에 관하여 거래소의 증권시장업무규정으로 정하도록 규정하고 있는데, 코스닥시장 업무규정이 2013. 2. 22. 규정 제893호로 개정되면서(이하 위와 같이 개정된 코스닥시장 업무규정을 ‘2013년 2월 개정 코스닥시장 업무규정’이라 한다) 제4조 제1항에서 코스닥시장에 주식시장 이외에 중소기업법에 따른 중소기업이 발행한 주권의 매매를 위한 시장인 코넥스시장(이하 ‘코넥스시장’이라 한다)을 추가하였다. 따라서 2013년 2월 개정된 코스닥시장 업무규정에 의하여 추가된 코넥스시장은 구 자본시장법 제9조 제13항 제2호의 코스닥시장의 개념에 부합하고 2013년 2월 개정 코스닥시장 업무규정에도 이를 코스닥시장의 하나로 규정하고 있으므로, 이 사건 주식이 코스닥시장 중 하나인 코넥스시장에 상장된 2013. 7. 1.을 증권시장에 최초 상장된 날로 보아야 할 것이다.
나) 2013. 9. 17.로 보아야 한다는 주장
① 2013. 5. 28. 법률 제11845호로 개정되어 2013. 8. 29.부터 시행되는 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ‘2013년 개정 자본시장법’이라 한다) 부칙 제17조 제3항은 ‘이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ‘자본시장법’이라 한다) 또는 그 규정을 인용한 경우 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 자본시장법 또는 그 규정을 갈음하여 이 법 또는 이 법이 해당 조항을 인용한 것으로 본다’고 규정하고 있다. 그런데 구 자본시장법은 코스닥시장과 유가증권시장을 증권시장으로 규정하였다가 2013년 개정 자본시장법 제8조의2 제4항은 ‘증권의 매매를 위하여 거래소가 개설하는 시장’을 증권시장으로 규정함에 따라 증권시장의 개념이 구 자본시장법과 2013년 개정 자본시장법 사이에 동일성이 없을 정도로 변경되었다. 따라서 구 상증세법 제41조의3 제4항의 ‘자본시장법 제9조 제13항에 따라 증권시장에 최초로 주식등이 매매거래를 시작한 날’에 해당하는지 여부는 2013년 개정 자본시장법 부칙 제17조 제3항에 따라 2013년 개정 자본시장법 제8조의2 제4항을 적용하여야 할 것인데, 2013년 개정 자본시장법은 구 자본시장법과 달리 코스닥시장과 유가증권시장 이외의 증권시장도 개설할 수 있는 것으로 개정되었으므로, 이 사건 주식이 2013년 개정 자본시장법에 따라 개설된 코넥스시장에 상장된 2013. 9. 17.을 증권시장에 최초로 상장된 날로 보아야 할 것이다.
② 구 상증세법 제41조의3은 최대주주등과 특수관계에 있는 자가 최대주주등으로부터 주식을 취득한 행위와 그 이후 그 주식이 증권시장에 상장되는 것을 증여세 과세 요건으로 규정하고 있다. 따라서 주식이 증권시장에 상장되었는지 여부는 상장 당시의 법령에 의하여 판단되어야 하므로, 이 사건 주식이 2013년 개정 자본시장법 제8조의2 제4항에 따라 개설된 코넥스시장에 상장된 2013. 9. 17.을 증권시장에 최초로 상장된 날로 보아야 할 것이다.
5) 원고 2와 소외인 사이의 특수관계 부존재 주장
원고 2는 동업관계에서 탈퇴하기를 원하는 공동창업자 소외인이 보유한 (회사명 2 생략) 주식 6,000주를 2010. 12. 16. 매수한 이후 위와 같이 취득한 주식을 기초로 무상증자 및 유상증자에 참여하여 (회사명 2 생략) 주식을 추가로 취득하게 되었다. 그런데 원고 2는 소외인과 구 상속세 및 증여세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23591호로 개정되기 이전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제31조의6, 제19조 제2항 각 호에 해당하는 특수관계에 있는 자에 해당하지 아니한다. 따라서 이 사건 주식 중 원고 2가 소외인으로부터 취득한 (회사명 2 생략) 주식 6,000주를 기초로 무상증자 및 유상증자로 취득한 주식에 대하여는 구 상증세법 제41조의3이 적용되지 아니한다.
6) 가산세 제외 주장
원고들은 (회사명 1 생략)의 주주들이 (회사명 2 생략) 주식 100%를 보유하고 있는 (회사명 1 생략)으로부터 (회사명 2 생략)의 주식을 양수받아 취득하는 것은 자기증여에 해당한다고 믿고 있었고, 이러한 행위가 국세기본법 제18조 제1항에 위반되는지와 구 상증세법 제41조의3에 규정된 상장시기에 대하여 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립도 있었다. 따라서 원고들이 이 사건 처분과 같은 증여세 신고·납부 의무가 있는지를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 것이어서 증여세를 신고·납부하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다.
 
3.  관련 법령
별지 관련 법령 기재와 같다.
 
4.  판단 
가.  절차적 위법 판단
1) 과세전적부심사 절차 침해 여부
가) 관련 법리
(1) 구 국세기본법 제81조의15 제1항 본문 및 제2호에 의하면 ‘과세예고 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사, 즉 과세전적부심사를 청구할 수 있다.’라고 규정하고 있고, 제3항에서 “과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다.”라고 규정하고 있으며, 제8항의 위임에 따른 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 2. 대통령령 제29534호로 개정되기 이전의 것, 이하 ‘구 국세기본법 시행령’이라 한다) 제63조의14 제4항 본문은 ‘과세전적부심사 청구를 받은 세무서장·지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구 부분에 대한 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다.’라고 규정하고 있다.
사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결 등 참조) 등을 고려하여 보면, 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 참조).
(2) 한편 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제1호 전단은 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전에 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 ‘국세징수법 제14조에 규정된 납기 전 징수의 사유가 있는 경우’를 들고 있고, 국세징수법 제14조 제1항은 납기 전 징수의 사유 중 하나로 제7호에서 ‘국세를 포탈하려는 행위가 있다고 인정될 때’를 규정하고 있다. 그리고 국세징수법 제24조 제2항은 납세자에게 납기 전 징수의 사유가 있는 경우 납세의무가 확정되기 전이라도 납세자의 재산을 압류할 수 있다고 규정하고 있다. 한편 조세범 처벌법 제3조 제1항은 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 조세를 포탈하거나 조세의 환급·공제를 받은 자를 처벌하도록 규정하면서 제6항은 사기나 그 밖의 부정한 행위를 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장, 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취, 장부와 기록의 파기, 재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐 등 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다고 규정하고 있다. 따라서 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제1호에 따라 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 ‘국세를 포탈하려는 행위가 있다고 인정될 때’에 해당하려면 납세자에게 단순히 무신고나 미납부를 한 경우를 넘어서 조세의 부과징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 할 만한 객관적인 상황이 드러나는 적극적 행위가 있다고 인정될 때를 의미한다고 봄이 상당하고, 이러한 납세자의 과세전적부심사 청구 및 결정 전 과세처분을 할 수 있는 예외사유의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있다.
나) 판단
을 제2, 4, 5, 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 처분 중 원고들에 대한 2017. 5. 2.자 증여세(가산세 포함, 이하 같다) 부과처분은 구 국세기본법 제81조의15 제2항에 규정된 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당되지 아니함에도 원고들에게 과세전적부심사를 청구할 기회를 부여하지 아니한 위법이 있다고 할 것이므로 취소되어야 한다(한편 이 사건 처분 중 원고 1에 대한 2017. 7. 12.자 증여세 부과처분과 원고 2에 대한 2017. 7. 19.자 증여세 부과처분은 위 원고들에게 세무조사결과에 대한 서면통지를 한 날로부터 30일이 경과한 이후에 이루어진 처분이므로 구 국세기본법 제81조의15에 규정된 과세전적부심사를 청구할 기회를 부여하였다고 할 것이어서 위법하다고 할 수 없다).
① 원고 2, 원고 3, 원고 4, 원고 5, 원고 7은 이 사건 주식이 코스닥시장에 상장된 이후 2015. 10. 14.부터 2016. 1. 27.까지 자신들의 보유 주식 중 일부를 매도하였으나, 이 사건 세무조사가 개시된 2016. 5. 19. 이후에는 이 사건 주식을 매도한 적이 없고, (회사명 2 생략)의 창업자이자 최대주주인 원고 1은 이 사건 주식을 매도한 적이 없다. 따라서 원고들 중 일부가 코스닥시장에서 이 사건 주식을 매도하였다고 하더라도 그 매도시점과 세무조사 개시 시점 사이의 시간적 간격 및 최대주주인 원고 1의 이 사건 주식 계속 보유사실 등에 비추어 보면 위와 같은 주식매도가 조세를 포탈할 목적으로 한 행위라고 보이지 아니한다.
② 원고들은 이 사건 주식이 코스닥시장에 상장됨으로써 상당한 액수의 상장차익이 발생하였음에도 세무관청에 증여세를 신고하지 아니하였으나 단순히 증여세를 신고·납부하지 아니한 행위만을 두고 조세의 부과징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 할 만한 객관적인 상황이 드러나는 적극적 행위라고 할 수는 없다.
③ 원고들이 세무조사가 종료된 이후인 2017. 1. 31.부터 이 사건 처분일인 2017. 5. 2.까지 국세청, 감사원, 중부지방국세청, 청와대 등에 고충민원을 제기하였다고 하더라도 그 내용은 이 사건 처분에 대한 자신들의 법률적인 의견을 피력하고 이 사건 처분으로 인한 어려움 등을 호소하는 내용으로 이러한 행위는 관련 법령에 따라 허용되는 적법한 민원제기라고 할 것이다.
④ 원고 3은 세무조사 중인 2017. 1. 7. 자신의 배우자 소외 2에게 자신의 명의로 등기되어 있는 시흥시 (주소 생략)에 관하여 증여를 원인으로 소유권이전등기를 마쳐 주었으나 이 사건 처분이 있기 전인 2017. 4. 7. 합의해제로 그 소유권을 회복하였는바, 증여 상대방 및 증여해제 시기 등에 비추어 보면 원고 3의 위 증여행위를 조세를 포탈하기 위한 적극적인 행위라고 단정하기 어렵다.
⑤ 피고들은 2017. 2. 2.부터 2017. 2. 9.까지 국세징수법 제24조 제2항에 의하여 원고 1, 원고 2, 원고 3, 원고 4, 원고 5, 원고 7의 채권을 압류하였으나, 국세징수법 제24조 제2항의 압류도 국세징수법 제14조 제1항 각 호에 해당하는 사유가 있는 경우에만 압류를 할 수 있다고 할 것인데, 앞서 본 바와 같이 그 사유를 인정하기 어렵고 달리 위와 같은 사유가 있다는 점에 대한 증거도 없어 국세징수법 제24조 제2항에 따른 압류가 있었다는 사유만으로는 조세를 포탈하려는 행위가 있었다고 할 수 없다(한편 피고들은 위 원고들이 위와 같은 압류에 대하여 이의를 제기하지 아니한 점에 비추어 위 원고들도 국세징수법 제14조 제1항의 사유가 있었음을 인정한 것이라고 주장하나, 위 원고들이 위 압류에 대하여 이의를 제기하지 아니하였다는 이유만으로 국세징수법 제14조 제1항의 사유를 인정하였다고 볼 수 없으므로 피고들의 위 주장은 이유 없다).
⑥ 조세범 처벌법 제3조는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 조세를 포탈한 자에 대하여는 형사처벌을 할 수 있도록 규정되어 있음에도 원고들은 조세범처벌법위반죄로 조사를 받은 적이 없고, 피고들은 구 국세기본법 제47조의2 제1항에 따라 부정행위로 세법에 따른 국세를 신고하지 아니한 경우에는 부당무신고가산세를 부과할 수 있었음에도 원고들에게 부당무신고가산세를 부과하지 아니하였다.
⑦ 피고들은 원고들이 이 사건에 관한 심판청구 및 이 사건 소송을 제기하면서 과세전적부심사 청구를 통하여 할 수 있었던 모든 주장을 하고 그에 대한 판단을 받거나 받을 수 있었으므로 이로 인하여 과세전적부심사 기회를 부여받지 못한 하자가 치유되었다고 주장한다. 그러나 과세처분 이후에 행하여지는 심사·심판청구나 행정소송은 시간과 비용이 많이 소요되어 효율적인 구제수단으로 미흡한 측면이 있고 과세전적부심사 제도는 과세관청이 위법·부당한 처분을 행할 가능성을 줄이고 납세자도 과세처분 이전에 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 예방적 구제제도의 성질을 갖고 있으므로(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결 참조), 과세처분 이후에 심판청구와 행정소송에서 충분한 주장을 할 수 있는 기회가 부여된다고 하더라도 과세전적부심사 청구의 기회를 부여받지 못한 하자가 치유된다고 할 수 없다.
2) 과세결과 통지 붙임 서류 누락 하자 여부
구 국세기본법 제81조의12 제1항은 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사결과를 서면으로 납세자에게 통지하여야 한다고 규정하고 있다. 한편 구 국세기본법 시행규칙 제37조는 구 국세기본법 제81조의12에 따른 세무조사의 결과 통지는 별지 제56호 서식의 세무조사 결과 통지서에 따른다고 규정하면서 별표 제56호 서식에는 ㉠ 수입금액, 과세표준 및 세액의 산출명세, ㉡ 조사 항목별 조사 결과 및 세무조사 결과 사후 관리할 사항, ㉢ 세무조사 결과 통지에 대한 권리구제 절차 서류를 붙임 서류로 첨부하도록 규정하고 있다.
이 사건에 관하여 보건대, 갑 제14호증의 기재에 의하면 중부지방국세청장이 2017. 4. 28. 원고들에게 통지한 세무조사 결과 통지에는 위 ㉠ 내지 ㉢의 서류가 붙임 서류로 첨부되는 것처럼 기재되어 있으나 원고들이 법원에 제출된 증거에는 위 ㉠의 수입금액·과세표준 및 세액의 산출내역만이 첨부되어 있는 사실은 인정된다. 그런데 을 제3호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고들은 2017년 2월 이현세무법인에 세무조사와 관련하여 국세기본법 제81조의5에 따른 “조사에 입회하거나 의견을 진술할 수 있는 권한”을 위임한 점, ② 원고들의 위 위임내용은 ‘납세자는 세무조사를 받는 경우 세무사로 하여금 조사에 참여하게 하거나 의견을 진술하게 할 수 있다’고 규정한 구 국세기본법 제81조의5에 근거를 둔 것으로서 위 법률 규정과 다른 특별한 의미를 포함하고 있다고 보이지 않는 점, ③ 한편 원고들로부터 국세기본법 제81조의5에 관한 사항을 위임받은 세무대리인이 2017. 4. 28. 원고들에 대한 세무조사 결과 통지를 수령하였음에도 원고들 및 세무대리인은 갑 제14호증의 세무조사 결과 통지에 명시적으로 기재되어 있는 붙임 서류를 수령하지 아니하였다는 이의를 제기하지 아니한 점에 비추어 보면, 특별한 사정이 없는 한 피고들이 2017. 4. 28. 원고들에게 통지한 세무조사 결과 통지에는 그 기재와 같이 붙임 서류가 첨부되어 있었다고 봄이 상당하고, 따라서 붙임 서류 중 ㉡과 ㉢의 서류가 누락되었다는 점에 대하여는 이를 다투는 원고들이 증명하여야 할 것인데 달리 이를 인정할 증거가 없으므로 원고들의 주장은 이유 없다.
3) 세무조사 결과 통지 기간 미준수 여부
구 국세기본법 제81조의12 제1항은 세무공무원이 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사결과를 서면으로 납세자에게 통지하여야 한다고만 규정하고 있을 뿐 세무조사 결과 통지를 하여야 하는 기간에 대하여는 별도로 규정되어 있지 않으며 그 기간 등에 관하여 하위법령에 별도로 위임규정을 두고 있지도 않다. 그럼에도 구 조사사무처리규정 제46조 제1항에서 조사공무원은 납세자에게 통지한 조사기간이 종료한 날로부터 20일 이내에 세무조사결과를 기재하여 납세자에게 통지하여야 하도록 규정하고 있는바, 세무조사를 마친 경우에 그 결과를 상당한 기간 내에 통지하여야 할 것이지만 조사내용 에 따라 세법의 해석, 사실관계의 확정에 상당한 기일이 소요될 수 있다는 점과 그 규정체계에 비추어 보면 구 조사사무처리규정 제46조 제1항에 규정된 기간은 훈시규정이라고 봄이 상당하다. 따라서 피고들이 세무조사를 마친 이후에 20일 이내에 원고들에게 그 조사결과를 통지하지 아니하였다고 하더라도 이 사건 처분을 취소할 사유에 해당한다고 할 수 없다.
4) 세무조사 범위 확대 통지 위반 여부
구 국세기본법 제81조의9 제1항은 세무공무원은 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련된 것으로 확인되는 경우 등 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다고 규정하면서, 제2항은 세무공무원이 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 문서로 통지하여야 한다고 규정하고 있다.
그런데 앞서 인정한 사실관계 및 갑 제4, 25, 26호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 중부지방국세청장은 2016. 5. 19. 원고 2, 원고 3에 대한 세무조사 통지를 하면서 조사대상 과세기간을 ‘2010. 1. 1.부터 2010. 12. 31.’까지로 정하여 통지한 점, ② 한편 중부지방국세청장은 위 ①항의 조사대상 과세기간과는 달리 2011년 증여분에 대하여 조사하였음에도 원고 2, 원고 3에게 조사대상 과세기간의 범위가 확대된 사유와 범위를 문서로 통지하지 아니한 점, ③ 그러함에도 피고 용인세무서장은 2017. 5. 2.과 2017. 7. 19. 원고 2에게 2011년 9월 증여분에 대하여 증여세 부과처분을 하였고, 피고 시흥세무서장은 2017. 5. 2. 원고 3에게 2011년 9월 증여분에 대하여 증여세 부과처분을 한 점, ④ 한편 피고 용인세무서장과 피고 시흥세무서장이 원고 2와 원고 3에 대하여 과세한 2011년 9월 증여분은 (회사명 1 생략) 무상증자 및 유상증자로 취득한 주식에 대한 것으로서 무상증자 및 유상증자의 원인이 된 주식의 매수와는 그 취득원인을 달리하고 있으며, 특히 원고 2의 경우에는 무상증자 및 유상증자의 원인이 된 주식 중 2,000주는 자신이 2009년부터 보유하고 있던 주식이었으므로 그 범위에 대하여도 조사 또는 검토가 필요하였던 것으로 보이는 점, ⑤ 구 국세기본법 제81조의9 제2항은 행정절차법상 처분의 사전통지 성격을 갖는 것으로서 이를 통해 납세자는 조사 대상이 되는 세목과 과세기간을 알게 됨으로써 충분한 시간을 갖고 준비하여 방어권을 행사할 수 있는 기회를 부여받게 되는 것이므로 이를 누락하게 되면 방어권 행사를 침해받을 우려가 있는 점 등에 비추어 보면 중부지방국세청장이 원고 2와 원고 3에 대한 조사대상 과세기간을 확대하고도 이에 대한 통지를 하지 아니한 것은 중대한 절차상 위법이 있어 취소되어야 한다.
이에 대하여 피고들은 원고 2, 원고 3에 대하여 2010. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지의 조사대상 과세기간에 대하여만 조사를 한 후 이를 토대로 2011년 9월 증여분에 대하여 과세한 것이므로 조사대상 과세기간의 확대에 해당하지 아니한다는 취지로 주장하나, 잎서 본 바와 같이 원고 2, 원고 3의 2011년 9월 증여분은 유상증자 및 무상증자로 취득한 것에 대한 과세로서, 유상증자 및 무상증자의 원인과 그 범위 등에 대하여 별도로 조사하지 아니하는 한 과세범위를 산정할 수 없었다고 봄이 상당하므로 2011년 9월 증여분에 대하여는 조사하지 아니하였다는 피고들의 주장은 이유 없다.
5) 소결
이 사건 처분 중 원고 1에 대한 2017. 7. 12.자 2011년 9월 증여분 증여세 19,912,298,000원 부과처분을 제외한 ① 원고들에 대한 2017. 5. 2.자 증여세 부과처분은 과세전적부심사 청구 기회를 박탈한 위법이 있어 취소되어야 하고, ② 원고 2, 원고 3에 대한 2011년 9월 증여분에 대한 증여세 부과처분은 세무조사 범위 확대 통지를 하지 아니한 위법이 있어 취소되어야 한다.
 
나.  실체적 위법 판단
1) 자기증여 여부
앞서 인정한 사실관계에 의하면 2009. 12. 31. 기준으로 원고 1이 (회사명 1 생략) 주식 51%를 보유하고 있었고, (회사명 1 생략)은 (회사명 2 생략) 주식 48.5%를 보유하고 있었으며, 그 외 원고 2, 원고 3도 (회사명 1 생략) 주식 10% 및 1%를 보유하고 있었던 사실은 인정된다. 그러나 원고 1이 원고 2, 원고 3과 함께 (회사명 2 생략)의 주식 48.5%를 보유한 (회사명 1 생략)의 주식을 보유함으로써 간접적으로 (회사명 2 생략) 주식을 보유한 효과가 있다고 하더라도, (회사명 2 생략) 주식 가치의 상승과 하락이 (회사명 1 생략) 주식 가치의 상승과 하락 범위와 반드시 일치하는 것은 아니라고 할 것이어서 (회사명 2 생략) 주식을 직접 보유하는 것과 간접 보유하는 것은 그 경제적 실질 및 효과가 동일하지 아니하며, 주주와 주식회사는 별개의 권리주체로서 그 이해관계가 반드시 일치하는 것도 아니므로, 지배구조의 변경을 위하여 주식을 양도하였다고 하더라도 이후 상장차익이 발생한다면 구 상증세법 제41조의3에 따른 과세대상이 된다고 할 것이다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 이유 없다.
2) 국세기본법 제18조 위반 여부
가) 응능과세원칙 위반 여부
조세부담의 공평기준은 근세 초기 국가로부터 납세자가 받는 이익에 상응하는 부담이어야 한다는 소위 ‘응익과세’의 원칙이었으나, 오늘날 소득, 재산, 부와 같은 납세능력 내지 담세력에 따라 부담하여야 한다는 소위 ‘응능과세’의 원칙이 강조되고 있으며, 형평의 요건으로 ‘주관적 자의의 배제’ 내지 ‘자의의 금지’라거나 ‘차별의 합리성의 유무’ 등이 강조되고 있는데, 결국 위 요건을 합하여 조세권자의 자의가 배제되고 객관적인 사실을 기초로 합리적인 근거에 의하여 조세가 부과·징수되는 내용의 법률이라고 할 수 있기 위하여서는, 과세대상의 선정규정과 담세력의 산정규정에 합리성이 배려되어, 결국 과세 적격사유가 있는 대상에 대하여 그 능력에 합당한 과세액이 부과·징수되도록 규정되어 있는 것을 의미하는 것이라 할 것이다(헌법재판소 1990. 9. 3. 선고 89헌가95 전원재판부 결정 참조).
그런데 구 상증세법 제41조의3에 의하여 과세되는 상장차익을 산정함에 있어 구 상증세법 제41조의3 제1항 제2문은 당초 주식을 증여받았거나 취득한 시점부터 정산기준일까지 기업가치의 실질적 증가분을 제외하도록 규정하고 있고, 제3항 단서는 정산일을 기준으로 주식등의 가액이 당초의 증여세 과세가액보다 적은 경우에는 그 차액에 대하여 증여세액을 환급받을 수 있도록 규정하고 있는바, 이러한 규정들에 의하면 주식이 정산기준일을 기준으로 증권시장에 상장됨으로써 얻게 되는 이익만이 과세대상으로 되므로 응능과세의 원칙에 위배된다고 할 수 없고, 이후 주식의 가치가 하락되었다고 하더라도 그러한 사유는 정산기준일 이후에 발생한 사유에 불과하여 응능과세의 원칙에 위배된다고 할 수 없다.
나) 합목적적 해석 위반 여부
(1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 다만 조세법규 상호간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 아니하는 범위에서 입법 취지를 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이다(대법원 2014. 1. 29. 선고 2011두17295 판결 참조).
(2) 그런데 ‘기업의 경영 등에 관하여 공개되지 아니한 정보를 이용할 수 있는 지위에 있다고 인정되는 자’에 대하여 증여세가 부과되도록 명시적으로 규정된 구 상증세법 제41조의3을 위 법문과는 달리 ‘기업의 경영 등에 관하여 공개되지 아니한 정보를 이용한 경우’에만 증여세를 부과할 수 있는 것으로 해석하는 것은 위 규정을 합리적 이유 없이 축소해석하거나 유추해석하는 것이어서 허용되지 아니한다. 또한 기업의 내부정부를 이용하여 한국증권거래소 상장 또는 한국증권업협회 등록에 따른 거액의 시세차익을 얻게 할 목적으로 최대주주등이 자녀 등 특수관계에 있는 자에게 비상장주식을 증여하거나 유상으로 양도함으로써 변칙적인 부의 세습을 가능하게 하는 경우를 규율할 목적뿐만 아니라 주식의 취득 당시 그 실현이 예상되는 비상장주식을 취득한 후 상장됨에 따라 상장차익이 발생하였음에도 수증자 내지 취득자가 이를 양도하지 아니하고 계속 보유하면서 사실상 세금부담 없이 계열사를 지배하는 문제를 규율하기 위해 그 차익에 대하여 과세하기 위해서 마련된 구 상증세법 제41조의3의 입법목적(대법원 2012. 5. 10. 선고 2010두11559 판결 등 참조)을 고려하면 구 상증세법 제41조의3의 과세요건을 ‘기업의 경영 등에 관하여 공개되지 아니한 정보를 이용한 경우’로 축소하여 해석할 필요가 없어 보이므로 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 이유 없다.
3) 구 상증세법 제41조의3이 ‘미공개정보 이용’을 과세요건으로 하는지 여부
앞서 본 바와 같이 구 상증세법 제41조의3은 ‘기업의 경영 등에 관하여 공개되지 아니한 정보를 이용할 수 있는 지위에 있다고 인정되는 자’라고만 규정하고 있을 뿐 ‘기업의 경영 등에 관하여 공개되지 아니한 정보를 이용’하였는지 여부를 과세요건으로 규정하고 있지 않다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 이유 없다.
4) 최초 상장시기
가) 관련 법리
(1) 구 상증세법 제41조의3 제2항에서 해당 주식 등의 상장일부터 3개월이 되는 날을 정산기준일로 하여 상장차익을 계산하도록 규정하는 한편, 제41조의3 제1항 제2문에서 당초 증여시점부터 정산기준일까지의 기업가치의 실질적 증가분을 제외하고, 제41조의3 제3항 단서에서 정산기준일 현재의 주식 등의 가액이 당초의 증여세 과세가액보다 적은 경우에는 당초 납부한 증여세액을 환급받을 수 있도록 규정하는바, 위 규정들은 증여(또는 취득) 당시 실현이 예견되는 상장차익을 처음부터 증여받은(또는 취득한) 것으로 보아 정산하여 과세하기 위한 규정이라 할 것이므로, 그 이익의 정산기준일이 상장일로부터 3개월이 되는 날이라 하더라도 증여세 납세의무의 성립시기는 주식 등의 증여 또는 취득 시로 보아야 한다(대법원 2017. 9. 26. 선고 2015두3096 판결 참조). 한편 세금의 부과는 납세의무의 성립 시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하고, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 한다(대법원 1997. 10. 14. 선고 97누9253 판결 등 참조).
(2) 따라서 구 상증세법 제41조의3을 적용함에 있어 이 사건 주식의 상장 여부 판단도 부칙 등에 특별한 규정이 없는 한 증여세 납세의무 성립시기인 이 사건 주식의 증여 또는 취득이 발생하였던 시점에 시행되던 구 상증세법을 적용하여야 한다.
나) 2013. 7. 1. 상장 여부
(1) 이 사건 주식의 취득 당시 시행되었던 구 상증세법 제41조의3 제1항과 제4항에 의하면, 주식 상장에 따른 증여이익 산정과 관련하여 ‘구 자본시장법 제9조 제13항에 따른 증권시장에 최초 주식등의 매매거래를 시작한 날’을 주식의 상장일로 규정하고 있었고, 구 자본시장법 제9조 제13항은 증권시장이란 증권의 매매를 위하여 거래소가 개설하는 유가증권시장과 코스닥시장으로 규정하고 있었다. 한편 구 자본시장법 제393조의 위임을 받은 구 코스닥시장 업무규정(2013. 2. 22. 규정 제893호로 개정되기 이전의 것, ‘이하 구 코스닥시장 업무규정’이라 한다) 제4조는 코스닥시장을 주식시장, 상장주식펀드시장, 신주인수권증권시장, 신주인수권증서시장으로 구분하고 있었다. 따라서 구 상증세법 제41조의3에 규정된 증권시장의 상장은 원칙적으로 이 사건 주식 취득 당시 시행되던 구 자본시장법과 구 코스닥시장 업무규정에 의한 주식 거래를 위한 코스닥시장만을 의미한다고 할 것이다.
(2) 한편 2013년 개정 코스닥시장 업무규정 제4조는 기존의 코스닥시장 이외에 ‘중소기업법에 따른 중소기업이 발행한 주권의 매매를 위한 시장’인 코넥스 시장을 새롭게 추가하고, 상장주식펀드시장을 삭제하였다. 그런데 2013년 2월 코스닥시장 업무규정의 개정으로 새롭게 추가된 코넥스시장은 ① 거래 대상을 중소기업이 발행하는 주권으로 한정하고, ② 상장방법도 공모의 방법 이외에 사모, 직상장 등 다양한 방법을 허용하며, ③ 신규상장절차를 간소화하고 심사절차기간도 단축하였으며, ④ 전문투자자가 아닌 일반법인과 개인 투자자는 일정 금액 이상을 예치하여야만 투자할 수 있도록 하는 등 구 코스닥시장 업무규정 및 2013년 2월 개정 코스닥시장 업무규정에 규정된 주식거래를 위한 코스닥시장과는 거래대상, 상장방법, 상장절차, 투자자들을 달리하여 그 동일성을 인정할 수 없다. 따라서 2013년 2월 개정 코스닥시장 업무규정 제4조에 코스닥시장의 하나로 코넥스시장을 추가하였다고 하더라도 이는 이 사건 주식 취득 당시 시행되었던 코스닥시장과 동일성이 인정되지 아니하는 새로운 시장이라고 할 것이다. 그러므로 이 사건 주식이 2013. 7. 1. 코넥스시장에 상장된 것은 구 상증세법 제41조의3에 규정된 증권시장에 상장된 것이라고 할 수 없으므로 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 이유 없다.
나) 2013. 9. 17. 상장 여부
(1) 2013년 개정 자본시장법 부칙 제17조 제3항 적용 여부
(가) 2013년 개정 자본시장법 부칙 제17조 제3항은 ‘이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 자본시장법 또는 그 규정을 인용한 경우 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 자본시장법 또는 그 규정을 갈음하여 이 법 또는 이 법이 해당 조항을 인용한 것으로 본다’고 규정하고 있다. 따라서 구 상증세법 제41조의3의 규정에 의하여 과세요건이 성립된 이 사건의 경우에는 2013년 개정 자본시장법 부칙 제17조 제3항의 요건에 해당한다면 2013년 개정 자본시장법이 적용될 수 있다. 그런데 2013년 개정 자본시장법 부칙 제17조 제3항은 종전의 자본시장법 또는 그 규정을 인용한 경우 ‘이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있는 경우’에 적용된다고 규정하고 있으므로, 구 자본시장법 제9조 제13항에 규정된 증권시장과 동일성이 있는 시장에 한하여 2013년 개정 자본시장법이 적용된다고 봄이 상당하다.
(나) 한편 2013년 개정 자본시장법 제8조의2는 증권시장의 증권을 매매하기 위하여 금융위원회의 허가를 받아 금융투자상품시장을 개설하는 거래소가 개설하는 시장을 증권시장이라고 규정함에 따라 기존의 유가증권시장과 코스닥시장 이외에 새로운 시장을 개설할 수 있게 되었고 이에 따라 코넥스시장이 새롭게 개설되었다. 그러나 2013년 개정 자본시장법에 따라 개설된 코넥스시장은 2013년 2월 코스닥시장 업무규정에 추가되었던 코넥스시장과 동일한 시장으로서 앞서 본 바와 같이 기존 코스닥시장의 주식시장과는 동일성이 인정되지 않는 시장이라고 할 것이다(이에 따라 2013년 개정 자본시장법의 시행에 맞추어 2013년 9월 코스닥시장 업무규정이 개정되어 2013년 2월 개정 코스닥시장 업무규정에 추가되었던 코넥스시장을 삭제하고, 같은 무렵 코넥스시장 업무규정이 새롭게 신설되었다).
(다) 따라서 2013년 개정 자본시장법에 의하여 그 설립근거가 명확해진 코넥스시장은 구 자본시장법 제9조 제13항에 규정된 증권시장과 동일성이 없어 부칙 제17조 제3항을 적용할 수 없으므로(다만 2013년 개정 자본시장법 이후에도 그 이전부터 존재하던 코스닥시장은 그대로 유지되고 있고 그 거래대상, 상장방법, 상장절차, 투자자들도 이전의 코스닥시장과 동일하므로 2013년 개정 자본시장법 제8조의2 제4항 제1호에 의한 코스닥시장과 구 자본시장법 제9조 제13항 제2호에 의한 코스닥시장은 동일성이 인정된다. 따라서 2013년 개정 자본시장법 제8조의2 제4항 제1호에 규정된 코스닥시장에 상장하는 것을 2013년 개정 부칙 제17조 제3항을 적용하여 구 상증세법 제41조의3에 규정된 증권시장에 상장한 것으로 볼 수 있을 뿐이다), 원고들의 주장은 이유 없다.
(2) 주식 상장 당시의 법령을 적용하여야 하는지 여부
앞서 본 바와 같이 구 상증세법 제41조의3에 규정된 증여세 납세의무의 성립시기는 주식 등의 증여 또는 취득 시로 보아야 하고, 세금의 부과는 납세의무의 성립시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하므로, 원고들의 증여세 납세의무의 성립시기를 판단할 때도 이 사건 주식을 취득한 당시의 증여세법이 적용되어야 한다. 따라서 이 사건 주식의 상장 시에 납세의무가 성립됨을 전제로 하는 원고들의 위 주장도 이유 없다.
(3) 원고들의 그 밖의 주장에 대한 판단
(가) 원고들은 2013. 5. 29. 법률 제11845호로 개정된 상증세법(이하 ‘2013년 개정 상증세법’이라 한다) 제41조의3 제1, 4항은 주식의 증권시장 상장일을 ‘자본시장법 제8조의2 제4항 제1호에 따른 증권시장’에 상장한 날로 규정하였다가, 2016. 12. 20. 법률 제14388호로 개정된 현행 상증세법 제41조의3 제1항은 주식의 증권시장 상장일을 ‘자본시장법 제8조의2 제4항 제1호에 따른 증권시장으로 대통령령이 정하는 증권시장’에 상장되는 날로 개정하였는바, 이는 2013년 개정 자본시장법에 의하면 ‘코넥스시장’에 상장되는 경우에도 증권시장에 상장되는 것에 해당되는 것을 현행 상증세법의 개정으로 이를 배제한 것이라고 할 것이므로, 이러한 입법연혁에 비추어 보면 2013년 개정 자본시장법에 따라 2013. 9. 17. 개설된 코넥스시장에 상장한 것이 최초 상장에 해당한다고 주장한다.
그러나 현행 상증세법 제41조의3에서 2013년 개정 상증세법 제41조의3과 달리 상장되는 증권시장을 제한하는 규정을 두었다고 하더라도 2013년 개정 상증세법 제41조의3은 2013. 8. 29.부터 시행되어 그 이후에 주식을 증여받거나 취득한 경우에 한하여 적용되는 것일 뿐 그 이전에 주식을 증여받거나 취득한 경우에는 적용되는 것이 아니다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 이유 없다.
(나) 원고들은 코넥스시장에 상장된 것을 상증세법 제41조의3에 규정된 증권시장에 상장된 것으로 보아 증여세를 신고납부한 사례도 있으므로 구 상증세법 제41조의3을 적용함에 있어 코넥스시장에 상장된 때를 최초로 증권시장에 상장된 때로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 주식 취득 당시 존재하였던 코스닥시장에 상장된 때가 구 상증세법 제41조의3에 규정된 증권시장에 최초로 상장된 때라고 할 것이어서 원고들 주장과 같은 사례가 있다고 하더라도 코넥스시장에 상장된 때를 최초로 상장된 때로 볼 수 없으므로 원고들의 주장은 이유 없다.
5) 원고 2와 소외인 사이 특수관계 존재 여부
가) 관련 법령의 내용
(1) 구 상증세법 제41조의3 제1항은 최대주주등과 특수관계에 있는 자가 최대주주등으로부터 주식을 취득한 경우에 구 상증세법 제41조의3이 적용된다고 규정하고 있고, 구 상증세법 제41조의3 제6항, 구 상증세법 시행령 제31조의6은 특수관계에 있는 자를 주주등 1인과 구 상증세법 시행령 제19조 제2항의 각 호에 해당하는 관계에 있는 자로 규정하고 있다. 따라서 구 상증세법 시행령 제19조 제2항 제1호부터 제8호까지에 규정된 자들이 주주등 1인과 특수관계에 있는 자라고 할 것인데, 그중 제3호는 ‘기획재정부령이 정하는 기업집단의 소속기업(당해기업의 임원을 포함한다)과 다음 각목의 1의 관계에 있는 자 또는 당해기업의 임원에 대한 임면권의 행사·사업방침의 결정등을 통하여 그 경영에 대하여 사실상의 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자’를 규정하고 있다.
(2) 구 상증세법 시행규칙 제9조는 구 상증세법 시행령 제9조 제2항 제3호에 규정된 ‘기획재정부령이 정하는 기업집단의 소속기업’이란 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라 한다) 시행령 제3조 각 호의 1에 해당하는 기업집단에 속하는 계열사를 말한다고 규정하고 있었고, 구 공정거래법 시행령(2016. 3. 8. 대통령령 제27034호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제3조는 공정거래법 제2조 제2호 각 목 외의 부분에서 ‘대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업을 지배하는 회사’란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회사를 말한다고 하면서 제1호에서 ‘동일인이 단독으로 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합하여 당해 회사의 발행주식 총수의 100분의 30이상을 소유하는 경우로서 최다출자자인 회사’로 규정하면서 라목에서 동일인이 이 호 또는 제2호의 규정에 의하여 사실상 사업내용을 지배하는 회사라고 규정하고 있다. 한편 공정거래법 제2조 제2호는 ‘기업집단이란 동일인이 다음 각목의 구분에 따라 대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사의 집단을 말한다’고 규정하면서 나목에서 ‘동일인이 회사가 아닌 경우에는 그 동일인이 지배하는 2이상의 회사의 집단’으로 규정하였다.
(3) 위의 각 규정들의 내용과 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 구 상증세법 제41조의3의 적용을 받는 구 상증세법 시행령 제31조의6, 제19조 제2항 제3호는 ‘주주등 1인’과 ‘그 주주등 1인이 기업집단을 지배하는 관계’에 있어야만 특수관계가 될 수 있다고 봄이 상당하다. 따라서 ‘주식을 양도한 주주등 1인’과 ‘기업집단’ 사이에 지배관계가 존재하지 아니하면 구 상증세법 시행령 제19조 제2항 제3호의 후단에 규정된 ‘다음 각 목의 관계에 해당하는 자’도 주주등 1인과 특수관계에 있다고 볼 수 없다.
① 구 상증세법 시행령 제31조의6은 구 상증세법 제41조의3 제1항 본문에서 규정한 ‘특수관계에 있는 자’의 요건을 별도로 규정하지 아니하고 주주등 1인과 ‘구 상증세법 시행령 제19조 제2항 각 호의 관계에 있는 자’라고 규정하고 있다. 따라서 구 상증세법 시행령 제19조 제2항에 규정된 최대주주에 포함되는 범위에 관한 각 호의 규정의 해석은 구 상증세법 시행령 제31조의6의 해석에도 동일하게 적용되어야 할 것이다.
② 구 상증세법 시행령 제19조 제2항은 주주등 1인의 보유주식 수를 계산함에 있어 포함되어야 할 관계자를 규정하고 있다. 그중 제3호는 기획재정부령이 정하는 기업집단의 소속기업(당해기업의 임원을 포함한다)과 다음 각 목의 1의 관계에 있는 자 등의 보유주식의 수도 주주등 1인의 보유주식 수를 계산함에 있어 포함하여야 한다고 규정하고 있다. 한편 위 제3호는 ‘기획재정부령이 정하는 기업집단의 소속기업(당해기업의 임원을 포함한다)’이라고 규정하고 있으므로 위 관계자의 보유주식도 주주등 1인의 보유주식 수를 계산함에 있어 포함시켜야 한다(구 상증세법 시행령 제19조 제2항 제3호 전단의 ‘기획재정부령이 정하는 기업집단의 소속기업의 보유주식 수 및 그 기업에 소속된 임원이 보유주식’이 그 이후의 ‘다음 각 목의 1에 해당하는 자’를 매개하는 기준 규정에 불과하여, 주주등 1인의 보유주식 수를 계산함에 포함될 보유주식 수를 산정함에 있어 ‘기획재정부령이 정하는 기업집단의 소속기업의 보유주식 및 그 기업에 소속된 임원의 보유주식’을 제외하여야 한다는 견해가 있을 수 있다. 그러나 구 상증세법 시행령 제19조 제2항은 주주등 1인의 보유주식 수를 계산함에 있어 포함되어야 할 관계자의 범위를 정하는 규정으로 ‘기업집단의 소속기업’은 주주등 1인과 관계에서 그 후단의 관계자에 비하여 더욱 긴밀한 관계에 있다고 봄이 상당하므로 이를 제외하고 그 후단의 관계자 보유주식만을 주주등 1인의 보유주식 수에 포함시키는 것은 부당하다고 할 것이다).
③ 그런데 구 상증세법 시행령 제19조 제2항 제3호는 기업집단의 소속기업을 ‘기획재정부령이 정하는 기업집단의 소속기업’으로 정하고 있고, 구 상증세법 시행규칙 제9조는 이를 ‘공정거래법 시행령 제3조 각 호의 1에 해당하는 기업집단에 속하는 계열회사’로 규정하고 있으며, 공정거래법 시행규칙 제3조는 공정거래법 제2조 제2호에 따라 기업집단의 범위를 규정하고 있다. 한편 공정거래법 제2조는 기업집단이란 동일인이 대통령령이 정하는 기준에 따라 그 사업내용을 지배하는 회사의 집단이라고 정의하고 있으므로, 공정거래법 시행규칙 제3조 각 호에 해당하는 기업집단의 범위도 동일인이 그 사업내용을 ‘지배’하고 있음을 전제로 하여야 한다.
④ 따라서 구 상증세법 시행령 제31조의6과 동 시행령 제19조 제2항 제3호에 규정된 ‘주주등 1인’과 ‘기업집단의 소속기업’ 사이에 특수관계가 성립되려면 공정거래법 제2조 및 공정거래법 시행규칙 제3조 각 호의 규정과 같이 주주등 1인이 그 기업집단을 지배하는 관계에 있어야 할 것이다[한편 2016. 2. 5. 대통령령 제26960호로 개정된 상속세 및 증여세법 시행령 제2조의2는 특수관계인의 범위에 관하여 제1항 제3호에서 본인이 개인인 경우 본인이 직접 또는 본인과 제1호(친족 및 직계비속의 배우자의 2촌 이내의 혈족과 그 배우자를 말한다)에 해당하는 관계에 있는 자가 임원에 대한 임면권의 행사 및 사업방침의 결정 등을 통하여 ‘그 경영에 관하여 사실상 영향력을 행사하고 있는 기획재정부령으로 정하는 기업집단의 소속 기업(당해 기업의 임원을 포함한다)’이라고 규정함으로써 본인과 특수관계에 있는 기업집단에 해당되려면 기업집단에 사실상 영향력을 행사할 수 있어야 함을 명확히 규정하였다].
나) 이 사건에 대한 판단
공정거래법 시행령 제3조 제1호에 의하여 기업집단을 지배하는 동일인에 해당하려면 발행주식 총수의 100분의 30 이상의 주식을 소유하면서 최대주주이어야 한다. 그런데 갑 제5호증의 2의 기재에 의하면, 소외인이 2010. 12. 16. 원고 2에게 (회사명 2 생략) 주식 6,000주를 양도할 당시 소외인은 (회사명 2 생략) 전체 주식 수 20,000주의 30%를 보유하고 있어 공정거래법 시행령 제3조 제1호의 각 호 이외의 본문에서 규정한 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 보유한 사실은 인정되나, 그 당시 (회사명 2 생략)의 최대 주주는 (회사명 2 생략) 주식 10,200주를 보유하고 있는 원고 1이라고 할 것이어서 소외인은 (회사명 2 생략)의 최대주주에 해당하지 아니한다. 따라서 소외인은 공정거래법 제2조 및 공정거래법 시행령 제3조에 의한 기업집단을 지배하는 자에 해당되지 아니한다. 그러므로 소외인과 (회사명 2 생략)의 관계는 구 상증세법 시행령 제19조 제2항 제3호의 관계에 있다고 할 수 없으므로 이를 전제로 한 피고 용인세무서장의 원고 2에 대한 증여세 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다(한편 원고 2는 2010. 12. 16. 소외인으로부터 취득한 (회사명 2 생략) 주식 6,000주 이외에 2010. 10. 28. (회사명 1 생략)으로부터 (회사명 2 생략) 주식 2,000주를 취득하여 보유하고 있었으므로 위 2,000주와 이를 기초로 유상증자 및 무상증자로 취득한 주식에 대한 증여세 부과처분은 적법하나, 앞서 본 바와 같이 피고 용인세무서장의 원고 2에 대한 증여세 부과처분은 과세전적부심사 청구의 기회를 박탈한 점과 세무조사 범위 확대 통지를 위반한 절차적 위법이 있어 전부 취소되어야 한다).
6) 가산세 주장
가) 세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부 의무를 부과하면서 그 확보책으로 그 의무이행을 게을리하였을 경우에 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이다. 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법의 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 말미암아 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니라고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 도저히 당사자에게 기대할 수 없다고 평가되는 사정이 있을 때와 같이 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 2011. 2. 10. 선고 2008두2330 판결 참조).
나) 앞서 인정한 사실관계 및 을 제8호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 세금의 부과는 납세의무의 성립 시에 유효한 법령에 의하여야 하는데, 주식 등의 증여 또는 취득 시에 구 상증세법 제41조의3에 규정된 증여세 납세의무가 성립되므로 그 당시에 유효한 법령이 적용되어야 하는 것은 명확한 점, ② 중부지방국세청의 정부법무공단에 대한 유권해석 질의에 대하여 정부법무공단은 위 ①항과 같이 법령을 적용하는 것에 별다른 의의(疑意)가 없는 것처럼 회신한 점 등에 비추어 보면 원고들이 이 사건 주식의 취득 후 코스닥시장에 상장되었음에도 증여세를 신고·납부하지 아니한 데에 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 수 없다. 따라서 원고들의 위 주장도 이유 없다.
 
5.  결론
원고 1의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하고, 원고 2, 원고 3, 원고 4, 원고 5, 원고 6, 원고 7의 청구는 이유 있어 인용한다. 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심판결을 변경하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]