【판결요지】

취득세가 비과세되는 체비지 등은 사업시행자가 미리 환지계획이나 관리처분계획에서 체비지 등으로 정하여 환지처분의 공고나 분양처분의 고시가 있은 후에 취득하는 것만을 의미한다고 봄이 타당하다.

【전문】

【심급】

3심

【세목】

취득세

【주문】

원심판결 중 피고 패소부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원으로 환송한다.

【이유】

 
1.  처분의 경위

 
가.  건설부장관은 1979. 9. 21. 건설부고시 제345호로 00 00구 00동 435-3 외 6필지(이하 ‘종전토지’라고 한다) 일대를 도심지 도시재개발사업구역으로 지정하였다.
 
나.  00생명보험 주식회사는 구 도시재개발법(2002. 12. 30. 법률 제6852호 도시정비법 부칙 제2조로 폐지된 것) 제12조 제1항에 의하여 사업시행계획서 및 규약을 작성하여 1997. 6. 24. 피고로부터 종전토지를 사업시행구역으로 하는 00로 제1구역 제21지구 재개발사업(이하 ‘이 사건 재개발사업’이라고 한다) 시행인가를 받았다.
 
다.  원고는 2002년 4월경 00생명보험 주식회사로부터 종전토지를 9,726,134,000원에 취득한 후 2002. 4. 18. 00구 고시 제2002-31호로 사업시행자를 원고로 변경하는 사업시행변경인가를 받았다.
 
라.  원고는 사업시행자 외의 토지소유자가 없는 경우 관리처분계획을 작성하지 않을 수 있도록 되어 있는 구 도시재개발법 제34조 제1항 단서의 규정에 따라 관리처분계획을 작성·인가받지 아니한 채 이 사건 재개발사업을 시행하여 2004. 10. 7. 종전토지 위에 지상 19층, 지하 4층 건축연면적 24,441.25㎡의 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다)을 완공한 후, 2004. 10. 26. 피고로부터 도시 및 주거환경정비법(이하 ‘도시정비법’이라고 한다) 제52조, 같은 법 시행령 제55조에 의하여 준공인가를 받고, 2004. 11. 10. 이 사건 건물에 관하여 대지권등기 및 소유권보존등기를 마쳤고, 2004. 11. 15. 공사완료고시를 마치고 2004. 11. 20. 도시정비법 제54조에 의한 이전고시를 하였으며, 한편 종전토지는 이 사건 건물의 대지인 00 00구 00동 461 대지 1,942.4㎡[시가표준액 16,937,728,000원(1,942.4㎡ × 공시지가 8,720,000원), 이하 ‘이 사건 대지’라고 한다] 및 기부채납된 461-1 공공용지 344.7㎡로 환지되었다. 또한, 원고는 이 사건 건물(이 사건 대지의 지분 포함)을 일반분양하여 그 수분양자들에게 개별적으로 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었다.
 
마.  원고는 이 사건 건물이 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제109조 제3항에 의하여 지방세 및 취득세 등이 비과세되는 것으로 판단하여 2004. 11. 10. 지방세 비과세 신청을 하였으나, 피고는 ‘「지방세법」제109조제3항에서 정하는 도시정비법에 의한 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지로 볼 수 없다’는 이유로 비과세대상이 아니라는 회신을 하였고, 이에 원고는 2004. 11. 10. 이 사건 건물의 건축공사비 20,715,079,417원을 취득가액으로 보아 이를 기준으로 계산한 취득세 414,301,580원, 농어촌특별세 41,430,150원을, 2004. 11. 16. 이 사건 건물의 소유권보존등기와 관련하여 등록세 165,720,630원, 지방교육세 33,144,120원을 각각 신고납부하였다(이하「지방세법」제72조제1항에 의하여 원고의 위 각 신고·납부일에 처분이 있은 것으로 보고, 이를 통틀어 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

【인정근거】

다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제8호증의 1, 2, 갑 제9호증, 을 제1호증, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

 
2.  이 사건 처분의 적법 여부

 
가.  원고의 주장

(1) 이 사건 건물이 환지계획 등에 의한 취득부동산으로서 비과세대상이고 승계취득에 해당하지 않는다는 주장

이 사건 건물은 도시재개발사업 구역 내의 토지의 소유자인 원고가 재개발사업의 시행으로 인하여 환지계획에 의하여 취득하는 건축물에 해당하므로,「지방세법」제109조제3항 본문, 제127조의2 제2항에 의하여 취득세 등이 비과세되어야 한다. 한편,「지방세법」제109조제3항 단서는 환지계획 등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산 가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하도록 규정하고 있으나, 위 규정은 사업시행자가 아닌 단순한 토지 등의 승계취득자에 한하여 적용되는 규정이고 사업시행자로서 투기이익과 관련이 없는 원고의 경우에는 적용되지 않는다고 할 것이므로「지방세법」제109조제3항 본문의 규정에 따라 취득세 등이 면제되어야 한다.
(2) 이 사건 건물과 이 사건 대지(이하 이를 합하여 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)의 가액에서 건축공사비에 해당하는 부분을 공제하여야 한다는 주장

원고에 대하여「지방세법」제109조제3항 단서 제2호가 적용된다고 하더라도, 위 단서 조항은 원고가 이 사건 재개발사업으로 취득한 이 사건 부동산 중 종전토지의 환지에 해당하는 부분에 한정된다. 그런데 종전토지의 가액과 이 사건 건물에 대한 건축공사비 원가를 종합하여 산정하면 이 사건 부동산 중 21.54%인 5,266.223/24,441.45만이 종전토지의 환지로 취득하는 부동산에 해당하므로 그 부분에 해당하는 부동산가액 13,015,859,587원{1,593.03평(5,266.223㎡ × 0.3025) × 8,170,505원(평당 평균 분양가)} 중 종전토지의 취득가액 9,726,134,000원을 초과하는 3,289,725,587원이 위 단서 조항에 의한 과세대상이 된다. 따라서 이 사건 처분 중 취득세 65,794,511원(3,289,725,587원 × 2%), 농어촌특별세 6,579,451원(65,794,511원 × 10%), 등록세 26,317,804원(3,289,725,587원 × 0.8%), 지방교육세 5,263,560원(26,317,804원 × 20%)을 초과하는 부분은 위법하다.
(3) 이 사건 건물의 가액에서 이 사건 건물에 안분되는 종전토지의 가액을 공제하여야 한다는 주장

설령 이 사건 부동산의 가액 전부가「지방세법」제109조제3항 단서 제2호의 과세대상에 해당한다고 하더라도, 이 사건 건물만이 아니라 이 사건 건물과 이 사건 대지 전부가 종전토지의 입체환지에 따라 환지된 이상, 위 단서조항을 적용하여 취득세를 산정함에 있어서는 이 사건 부동산의 가액에서 종전토지의 가액을 공제하여야 하고, 이 사건 처분과 같이 이 사건 건물에 대하여만 취득세를 산정하는 경우에는 이 사건 건물의 가액에서 이 사건 건물에 안분되는 종전토지의 가액, 즉, 종전토지의 가액을 이 사건 건물의 가액과 이 사건 대지의 가액의 비율로 나눌 때 이 사건 건물에 안분되는 금액을 공제하여야 한다. 그런데 이 사건 건물의 가액은 20,715,079,417원이고, 이 사건 대지의 가액은 16,937,728,000원(대지면적 1,942.4㎡ × 공시지가 8,720,000원)이며, 종전토지의 가액은 9,726,134,000원이므로, 이 사건 건물의 취득세 과세표준은 이 사건 건물의 가액 20,715,079,417원에서 종전토지의 가액 중 이 사건 건물에 대한 안분액 5,350,932,694원[9,726,134,000원 × 20,715,079,417원/(20,715,079,417원 + 16,937,728,000원)]을 공제한 15,364,146,723원이 된다. 따라서 이 사건 건물에 대한 정당한 세액은 취득세 307,282,934원(15,364,146,723원 × 2%), 농어촌특별세 30,728,293원(307,282,934원 × 10%), 등록세 122,913,173원(15,364,146,723원 × 0.8%), 지방교육세 24,582,634원(122,913,173원 × 20%)이 되므로, 이 사건 처분 중 위 각 금액을 초과하는 부분은 위법하다.
(4) 체비지에 해당하는 부분은 비과세되어야 한다는 주장

원고의 이 사건 건물의 취득에는 종전토지의 소유자로서의 취득과 사업시행자로서의 체비지 취득이 포함되어 있고, 체비지는 사업시행자가 사업경비를 충당하기 위하여 정하는 것이며, 원고가 2004년 10월경 적법한 감정평가기관의 감정결과를 기초로 하여 작성한 관리처분계획에 따르면 이 사건 건물 중 78.45%에 해당하는 19,175.227/24,441.45지분은 체비지에 해당하고, 21.54%인 5,266.223/24,441.45지분만이 관리처분계획에 의하여 취득하는 부동산에 해당하는 것으로 밝혀졌으므로, 이 사건 건물의 취득세 과세표준은 위 관리처분계획에 의하여 취득하는 부동산가액 13,015,859,587원{1,593.03평(5,266.223㎡ × 0.3025) × 8,170,505원(평당 평균 분양가)} 중 종전토지의 취득가액인 9,726,134,000원을 공제한 3,289,725,587원이 되고, 사업시행자의 체비지에 해당하는 이 사건 건물 중 19,175.227/24,441.45지분은「지방세법」제109조제3항 본문의 규정에 의하여 비과세되어야 한다. 따라서 이 사건 처분 중 취득세 65,794,511원(3,289,725,587원 × 2%), 농어촌특별세 6,579,451원(65,794,511원 × 10%), 등록세 26,317,804원(3,289,725,587원 × 0.8%), 지방교육세 5,263,560원(26,317,804원 × 20%)을 초과하는 부분은 위법하다.
(5) 형평의 원칙에 반한다는 주장

피고 외의 다른 지방자치단체에서는 원고와 마찬가지로 도심지 재개발사업을 완료한 자에 대하여 신축건물과 대지를 관리처분계획에 의하여 취득한 부동산과 체비지로 구별한 후 체비지에 대하여 무조건 비과세하고, 관리처분계획에 의하여 취득한 부동산의 경우에도 그 가액의 합계액이 종전 부동산가액보다 적다는 이유로 비과세하고 있는 점 등에 비추어, 이 사건 처분은 형평의 원칙에 반하여 위법하다.
 
나.  관계법령

별지 기재와 같다.
 
다.  판단

(1) 첫 번째 주장에 관하여

「지방세법」제109조제3항이 도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시정비법에 의한 도시환경정비사업 및 주택재개발사업의 시행으로 인하여 당해 사업 구역 내의 부동산 소유자가 환지계획(도시개발법상 환지방식에 의한 사업시행의 경우와 이를 준용하는 도시정비법상 사업), 토지상환채권(도시개발법상 수용방식에 의한 사업시행의 경우), 관리처분계획(도시정비법상 사업)에 의하여 대지 및 건축물을 취득하는 경우에 취득세를 부과하지 않는 이유는, ① 위와 같은 취득은 종전의 토지 또는 건축시설에 대한 권리변환으로 종전의 권리와 동일성이 있는 것으로 취급될 수 있다는 법적 성질과 ② 계획적이고 체계적인 도시개발과 도시환경의 정비를 위한 위 각종 사업의 원활한 수행을 세제적으로 뒷받침하고자 하는 정책 목적을 함께 고려한 데에 있다고 할 것이다(대법원 1994. 4. 26. 선고 93누9170 판결 참조).
따라서 이 사건의 경우와 같이 사업시행자 이외의 토지 등의 소유자가 없어 구 도시재개발법 제34조 제1항 단서에 따라 관리처분계획을 작성하지 않고서 사업시행자이자 토지 등의 소유자가 소유권 취득의 일반 법리에 따라 원시취득하는 경우, 비록 관리처분계획이 작성된 바 없어 ‘환지계획’, ‘토지상환채권’, ‘관리처분계획’에 의하여 취득한다는「지방세법」제109조제3항 본문의 문언에 그대로 들어맞는 것은 아니지만, 위와 같은 입법 목적에 비추어 보거나 위와 같은 토지 등의 소유자를 굳이 다른 토지 등의 소유자와 달리 취급할 합리적 이유가 없다는 점 등을 고려하면,「지방세법」제109조제3항 본문의 적용을 받는다고 보아야 할 것이다.
그런데「지방세법」제109조제3항 단서 제2호는 사업시행인가 이후 이전고시(도시개발법상 환지처분 등) 이전에 부동산을 승계취득한 자에 대하여는 관리처분계획(도시개발법상 환지계획 등)에 의하여 취득한 부동산 가액의 합계액이 종전의 부동산 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 상당하는 부동산에 대하여 취득세를 부과하도록 규정하고 있는바, 위 규정의 취지는 사업시행인가 이후에 사업구역 내의 부동산을 승계취득하는 자도 사업시행인가 당시의 소유자와 마찬가지로 비과세 혜택을 부여하되, 이러한 자는 기존의 부동산보다는 사업시행으로 인하여 재산적 가치가 증가될 새로운 부동산의 취득에 그 목적이 있으므로 사업시행자의 청산금 부과처분이 없다고 하더라도 실질적으로 취득하게 되는 부동산의 가액 중 기존 부동산보다 증가된 재산적 가치에 대하여는 조세평등의 원칙에 따라 취득세를 과세하려는 데 있고, 투기목적의 존부와는 무관하다고 할 것이다.
따라서 앞에서 인정한 바와 같이 원고가 이 사건 재개발사업 시행인가 이후 이 사건 건물 준공 이전인 2002년 4월경 종전토지를 00생명보험 주식회사로부터 승계취득한 이상, 원고는 위 규정 소정의 승계취득자에 해당한다고 할 것이므로, 사업시행자 겸 토지소유자로서 투기 목적이 없어 위 조항 단서 제2호에 해당되지 않는다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.
(2) 두 번째 주장에 관하여

「지방세법」제109조제3항 단서 제2호에서 정한 ‘환지계획 등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액’의 의미에 관하여 보건대, 위 단서조항은 ‘환지계획 등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액’이라고 규정하고 있을 뿐 위 가액에서 건축공사비 상당액을 공제하도록 규정하고 있지 않은 점, 위 건축공사비 상당액은 아래에서 보는 바와 같이 관리처분계획 등에서 사업시행자가 취득하는 체비지로 지정되는 경우에 한하여「지방세법」제109조제3항에 의한 비과세혜택을 받을 수 있을 뿐인 점, 취득세는 재산의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 세금을 부과하는 유통세의 일종이고, 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록이라는 사실의 존재에 대하여 부과하는 세금으로서 취득자가 얻는 이익을 포착하여 부과하는 조세가 아니므로 부동산 취득에 소요된 건축공사비 상당액을 공제하지 않는 것이 부당하다고 볼 수도 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건에 있어서 환지계획 등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액은 이 사건 부동산의 가액을 의미할 뿐 위 가액에서 건축공사비 상당액을 공제한 금액으로는 볼 수 없다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.
(3) 세 번째 주장에 관하여

원고가 이 사건 재개발사업으로 인하여 취득한 이 사건 부동산의 가액의 합계액은 37,652,807,417원(이 사건 건물의 건축공사비 20,715,079,417원 + 이 사건 대지의 시가표준액 16,937,728,000원)이고, 종전토지의 가액은 그 취득가격인 9,726,134,000원이므로,「지방세법」제109조제3항 제2호 단서에 의한 취득세 부과대상은 그 차액인 27,926,673,417원이 된다.
그런데 앞에서 본 바와 같이 원고는 이 사건 재개발사업을 시행한 후 이 사건 건물의 건축공사비인 20,715,079,417원을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고·납부하였고 이 사건 대지에 관하여는 취득세 등을 따로 산정하여 납부하지 아니하였는바, 이 사건 대지의 가액 자체가 종전토지의 가액을 초과하므로 이 사건 건물의 가액은 그 전체가 위 단서조항에 따른 취득세 과세대상에 해당하는 것으로 볼 수 있을 뿐만 아니라, 이 사건 처분의 과세표준액은 위 단서조항에 따른 이 사건 부동산에 관한 과세표준액보다 적은 금액이어서 결과적으로 원고에게 유리한 점 등에 비추어 볼 때 원고의 신고·납부에 따라 이 사건 부동산 전체에 관한 취득세 등 납세의무의 범위 내에서 이루어진 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수는 없다.
(4) 네 번째 주장에 관하여

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조).
「지방세법」제109조제3항은 도시정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지(이하 ‘체비지 등’이라 한다)에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.
그런데 구 도시재개발법(2002. 12. 30. 법률 제6852호 도시정비법 부칙 제2조로 폐지된 것, 이하 같다. 도시정비법 부칙 제6조, 제7조는 구 도시재개발법에 의하여 사업시행인가를 받아 시행 중인 도심재개발사업은 도시정비법에 의한 도시환경정비사업으로 본다고 규정하고 있다) 제34조 제1항, 제4항, 제9항, 제38조, 제39조 제2항, 같은 법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호 도시정비법 시행령 부칙 제2조로 폐지된 것) 제41조는 재개발사업의 시행자로 하여금 원칙적으로 체비지 등의 명세와 추산가액 및 처분방법 등을 관리처분계획으로 정하여 시장·군수 또는 구청장의 인가를 받고(다만, 구 도시재개발법 제34조 제1항 단서는 사업시행자 외의 토지 등 소유자가 없는 경우에 대해서는 관리처분계획의 작성 및 인가절차를 면제하고 있다), 재개발사업이 완료되어 공사완료의 공고가 있은 때에는 관리처분계획대로 분양처분을 하도록 규정하면서, 위와 같이 지정된 체비지 등을 구 토지구획정리사업법(이 법이 2000. 1. 28. 법률 6252호로 폐지된 후로는 도시개발법)의 규정에 의한 체비지 등으로 보도록 규정하고 있다. 그리고 도시개발법(2007. 4. 11. 법률 제8376호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제1항 제4호, 제28조 제1항, 제33조 제1항, 제41조 제5항은 도시개발사업의 시행자로 하여금 도시개발사업에 필요한 경비에 충당하거나 규약·정관·시행규정 또는 실시계획이 정하는 목적을 위하여 환지계획에서 일정한 토지를 환지로 정하지 아니하고 이를 체비지 등으로 정할 수 있도록 규정하면서, 체비지는 사업시행자가, 보류지는 환지계획에서 정한 자가 각각 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날에 그 소유권을 취득한다고 규정하고 있다.
위와 같은 구 도시재개발법 및 도시개발법의 관련 규정에 의하면, 체비지 등은 환지계획이나 관리처분계획에서 미리 정해지는 것으로서, 그에 따른 환지처분의 공고나 분양처분의 고시가 있어야 비로소 사업시행자 등의 소유권취득이 확정되므로 환지계획이나 관리처분계획에서 정하지 아니한 체비지 등의 취득은 있을 수 없는 점, 구 도시재개발법 제20조, 제42조 등의 규정에 비추어 보면, 재개발사업의 경비를 반드시 체비지의 지정을 통하여 충당하여야 하는 것은 아니고 토지 등 소유자가 부담하는 청산금 등으로 충당할 수도 있는데, 사업시행인가 당시부터의 토지 등 소유자와 승계취득자에 대해서도 청산금에 상당하는 부동산에 해당하는 부분은 과세하는 점, 따라서 관리처분계획에서 체비지 등을 정하지 아니한 채 재개발사업이 시행되어 완료된 경우에는 위 비과세조항에 의하여 취득세가 비과세되는 범위를 확정할 객관적인 기준이 없게 되는 점 등을 종합하면, 위 비과세조항에 의하여 취득세가 비과세되는 체비지 등은 사업시행자가 미리 환지계획이나 관리처분계획에서 체비지 등으로 정하여 환지처분의 공고나 분양처분의 고시가 있은 후에 취득하는 것만을 의미한다고 봄이 타당하다.
따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.
(5) 다섯 번째 주장에 관하여

갑 제15호증의 1 내지 6, 갑 제19호증, 갑 제20호증의 1, 2, 3, 갑 제21호증의 1 내지 4의 각 기재만으로는 이 사건 처분이 형평과세의 원칙에 위배되는 것이라고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.
 
3.  결론

그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
-------------------------------------------------------

【하급심-서울고등법원 2007. 1. 10. 선고 2006누547 판결】

【주문】

처분청일부승소

 
1.  제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다.
원고가 피고에게, 2004. 11. 10. 신고납부한 취득세 414,301,580원 중 65,794,511원을 초과하는 부분의, 농어촌특별세 41,430,150원 중 6,579,451원을 초과하는 부분의 처분을, 2004. 11. 16. 신고납부한 등록세 165,720,630원 중 26,317,804원을 초과하는 부분의, 지방교육세 33,144,120원 중 5,263,560원을 초과하는 부분의 처분을 각 취소한다.
 
2.  원고의 나머지 항소를 기각한다.
 
3.  소송총비용은 이를 5분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

【이유】

 
1.  처분 경위

 
가.  ○ ○ 장관은 1979. 9. 21. 건설부고시 제345호로 서울 **구 00동 435-3 외 6필지(이하 이 사건 토지라 한다) 일대를 도심지 도시재개발사업구역으로 지정하였다.
 
나.  00생명보험 주식회사는 구 도시재개발법(2002. 12. 30. 법률 제6852호로 폐지되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항에 의하여 사업시행계획서 및 규약을 작성하여 1997. 6. 24. 피고로부터 이 사건 토지를 사업시행구역으로 하는 마포로 제1구역 제21지구 재개발사업(이하 이 사건 재개발사업이라 한다) 시행인가를 받았다.
 
다.  원고는 2002. 4.경 00생명보험 주식회사로부터 이 사건 토지를 9,726,134,000원에 취득한 후 2002. 4. 18. 마포구 고시 제2002-31호로 사업시행자를 원고로 변경하는 사업시행변경인가를 받았다.
 
라.  원고는 사업시행자 외의 토지소유자가 없는 경우 관리처분계획을 작성하지 않도록 되어 있는 구 도시재개발법 제34조 제1항 단서의 규정에 따라 관리처분계획을 작성·인가받지 아니한 채 이 사건 재개발사업을 시행하여 2004. 10. 7. 이 사건 토지 위에 지상 19층, 지하 4층 건축연면적 24,441.25㎡의 건물(이하 이 사건 건물이라 한다)을 완공한 후, 2004. 10. 26. 피고로부터 도시 및 주거환경정비법(이하 도시정비법이라 한다) 제52조, 같은 법 시행령 제55조에 의하여 준공인가를 받고, 2004. 11. 10. 이 사건 건물에 관하여 대지권등기 및 소유권보존등기를 경료하였으며, 2004. 11. 15. 공사완료고시를 마치고, 2004. 11. 20. 도시정비법 제54조에 의한 이전고시를 하였으며, 한편 이 사건 토지는 서울 마포구 00동 461외 1필지(대지 1942.4㎡, 공공용지 344.㎡)로 환지되었다. 또한 원고는 이 사건 건물(이 사건 토지에 대한 지분 포함)을 분양받은 일반인에 대하여 개별적으로 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하여 주었다.
 
마.  원고는 이 사건 건물이「지방세법」제109조제3항에 의하여 지방세 및 취득세 등이 비과세되는 것으로 판단하여 2004. 11. 10. 지방세 비과세 신청을 하였으나, 피고는 위 조항 단서(사업시행 인가 후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자의 취득 부동산 가액이 종전 부동산 합계액을 초과하는 부분에 대한 과세)에 의하여 지방세 비과세 대상이 아니라는 회신을 하였고, 이에 원고는 가산세가 부과되는 것을 피하기 위하여 2004. 11. 10. 이 사건 건물의 공사비를 취득가액으로 보아 이를 기준으로 계산한 취득세 414,301,580원, 농어촌특별세 41,430,150원을 각 신고납부하고, 2004. 11. 16. 이 사건 건물의 소유권보존등기와 관련하여 등록세 165,720,630원, 지방교육세 33,144,120원을 각 신고납부하였다(이하「지방세법」제72조제1항에 의하여 원고가 한 각 신고, 납부일시에 처분이 있었던 것으로 보고, 이들 전체에 대하여 이 사건 처분이라고 한다).
 
바.  원고가 2004. 10.경 ○○ 평가법인과 ○○평가법인에 감정평가를 의뢰하여 도출된 감정결과를 기초로 하여 작성한 관리처분계획에 의하면, 이 사건 건물 중 78.45%에 해당하는 19,175.227/24,441.45 지분은 체비지에 해당하고, 21.54%인 5,266.223/24,441.45 지분만이 관리처분계획에 의하여 취득하는 부동산에 해당한다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제8호증의 1, 2, 갑 제12호증의 1, 2, 갑 제13호증의 1, 2, 갑 제14호증, 을 제1호증, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지.
 
2.  이 사건 처분의 적법 여부

 
가.  원고의 주장 요지

(1) 이 사건 건물은 도시재개발사업 구역 내의 토지의 소유자인 원고가 재개발사업의 시행으로 인하여 관리처분계획에 의하여 취득하는 건축물에 해당하므로,「지방세법」제109조제3항, 제127조의2 제2항에 의하여 취득세 등이 비과세되어야 한다. 피고는 위 조항의 적용을 시인하면서도 원고가 사업시행인가 후 이 사건 토지를 승계취득한 자이어서「지방세법」제109조제3항 단서 제2호에 의하여 이 사건 건물 취득에 대해 과세되어야 한다고 주장하나, 원고는 이 사건 토지를 단순 승계취득한 자가 아니고 사업시행자로서 토지를 승계취득한 자이며 그와 같은 경우에는 투기 목적이 있다고 볼 수 없으므로 위 예외 규정이 적용될 수 없다.
(2) 가사, 원고가「지방세법」제109조제3항 단서 제2호에 해당하는 승계취득자가 된다 하더라도, 원고의 이 사건 건물의 취득에는 이 사건 토지의 소유자로서의 취득과 사업시행자로서의 체비지 취득이 포함되어 있고, 체비지는 사업시행자가 사업경비를 충당하기 위하여 정하는 것이며, 원고가 2004. 10.경 적법한 감정평가기관의 감정결과를 기초로 하여 작성한 관리처분계획에 의하면, 이 사건 건물 중 78.45%에 해당하는 19,175.227/24,441.45 지분은 체비지에 해당하고, 21.54%인 5,266.223/24,441.45 지분만이 관리처분계획에 의하여 취득하는 부동산에 해당되는바, 이 사건 처분의 과세표준은 위 관리처분계획에 의하여 취득하는 부동산가액 13,015,859,587{1,593.03평(5,266.223㎡x 0.3025) x 8,170,505(평당 평균 분양가)}원 중 이 사건 토지의 당초 취득가액인 9,726,134,000원을 공제한 3,289,725,587원이 되어야 하고, 사업시행자의 체비지에 해당하는 이 사건 건물 중 19,175.227/24,441.45 지분은「지방세법」제109조제3항 본문의 규정에 의하여 비과세되어야 한다. 따라서 이 사건 처분 중 취득세 65,794,511원(=3,289,725,587원×2%), 농어촌특별세 6,579,451원(=65,794,511원×10%), 등록세 26,317,804원(=3,289,725,587원×0.8%), 지방교육세 5,263,560원(=26,317,804원×20%)을 초과하는 부분은 위법하다(원고는 취득세, 등록세 등의 세율을 모두 합친 3.16%의 세율에 과세표준액을 곱하여 산출한 세액을 초과하는 부분의 취소를 구하고 있으나, 위와 같이 나누어 주장하는 것으로 선해하여 그 주장의 당부에 관하여 판단하기로 한다).
(3) 피고 외의 다른 지방자치단체에서는 원고와 마찬가지로 도심지 재개발사업을 완료한 자에 대하여 신축건물과 대지를 관리처분계획에 의하여 취득한 부동산과 체비지로 구별한 후 체비지에 대하여 무조건 비과세하고, 관리처분계획에 의하여 취득한 부동산의 경우에도 그 가액의 합계액이 종전 부동산 가액보다 적다는 이유로 비과세하고 있는 점 등에 비추어, 이 사건 처분은 형평의 원칙에 반하여 위법하다.
 
나.  관련 법령

지방세법(2004.12.31 법률 제7311호로 개정되기 전의 것)

제109조 (토지수용등으로 인한 대체취득에 대한 비과세)③ 도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다)가 환지계획 및 토지상환채권에 의하여 취득하는 토지, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 "환지계획등에 의한 취득부동산"이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과한다.1. 환지계획등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하여 도시및주거환경정비법등 관계 법령에 의하여 청산금을 부담하는 경우 그 청산금에 상당하는 부동산2. 환지계획등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산(사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자에 한한다)④ 제3항 제2호의 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.
제111조 (과세표준)① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 년부로 취득하는 경우에는 년부금액으로 한다.② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.
⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규

제127조의2 (대체취득등기에 대한 비과세)② 제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산등의 등기·등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.
지방세법 시행령

제79조의3 (수용시의 초과액 산정기준)

③ 법 제109조 제3항 제2호의 규정에 의한 초과액은 환지계획 등에 의한 취득부동산의 과세표준액(사실상 취득가액이 입증되는 경우에는 사실상 취득가액을 말한다)에서 환지 이전의 부동산의 과세표준액(승계취득할 당시의 취득세 과세표준액을 말한다)을 공제한 금액으로 한다.
 
다.  판단

(1)「지방세법」제109조제3항 단서의 적용 여부에 관한 판단

(가)「지방세법」제109조제3항 단서가 적용되기 위한 전제로서 이 사건에 있어서 위 조항 본문이 적용될 수 있는지에 관하여 본다.
먼저,「지방세법」제109조제3항이 도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시정비법에 의한 도시환경정비사업 및 주택재개발사업의 시행으로 인하여 당해 사업 구역 내의 부동산 소유자가 환지계획(도시개발법상 환지방식에 의한 사업시행의 경우와 이를 준용하는 도시정비법상 사업), 토지상환채권(도시개발법상 수용방식에 의한 사업시행의 경우), 관리처분계획(도시정비법상 사업)에 의하여 대지 및 건축물을 취득하는 경우에 취득세를 부과하지 않는 이유를 보면, ① 위와 같은 취득은 종전의 토지 또는 건축시설에 대한 권리변환으로 종전의 권리와 동일성이 있는 것으로 취급될 수 있다는 법적 성질과 ② 계획적이고 체계적인 도시개발과 도시환경의 정비를 위한 위 각종 사업의 원활한 수행을 세제적으로 뒷받침하고자 하는 정책 목적을 함께 고려한 데에 있다 할 것이다(대법원 1994. 4. 26. 선고 93누9170 판결 참조).
살피건대, 이 사건의 경우와 같이 사업시행자 이외의 토지 등의 소유자가 없어 구 도시재개발법 제34조 제1항 단서에 따라 관리처분계획을 작성하지 않고서 사업시행자이자 토지 등의 소유자가 소유권 취득의 일반 법리에 따라 원시취득하는 경우, 비록 관리처분계획이 작성된 바 없어 ‘환지계획’, ‘토지상환채권’, ‘관리처분계획’에 의하여 취득한다는「지방세법」제109조제3항 본문의 문언에 그대로 부합하는 것은 아니지만, 위와 같은 입법 목적에 비추어 보거나 위와 같은 토지 등의 소유자를 굳이 다른 토지 등의 소유자와 달리 취급할 합리적 이유가 없다는 점을 고려하면,「지방세법」제109조제3항 본문의 적용을 받는다고 보아야 할 것이다.
(나)「지방세법」제109조제3항 단서 제2호의 적용 여부

살피건대,「지방세법」제109조제3항 단서 제2호의 규정에 의하면, 사업시행인가 이후 이전고시(도시개발법상 환지처분 등) 이전에 부동산을 승계취득한 자에 대하여는 관리처분계획(도시개발법상 환지계획 등)에 의하여 취득한 부동산 가액의 합계액이 종전의 부동산 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 상당하는 부동산에 대하여 취득세를 부과하도록 규정하고 있는바, 위 규정의 취지는 사업시행인가 이후에 사업구역 내의 부동산을 승계취득하는 자도 사업시행인가 당시의 소유자와 마찬가지로 비과세 혜택을 부여하되, 이러한 자는 기존의 부동산보다는 사업시행으로 인하여 재산적 가치가 증가될 새로운 부동산의 취득에 그 목적이 있으므로 사업시행자의 청산금 부과처분이 없다 하더라도 실질적으로 취득하게 되는 부동산의 가액 중 기존 부동산보다 증가된 재산적 가치에 대하여는 조세평등의 원칙에 따라 취득세를 과세하는데 있는 것이고, 투기목적의 존부와는 무관하다.
따라서 앞서 본 바와 같이, 원고가 이 사건 재개발사업 시행인가 이후 이 사건 건물 준공 이전인 2002. 4.경 이 사건 토지를 00생명보험 주식회사로부터 승계취득한 이상, 위 규정 소정의 승계취득자에 해당하므로, 사업시행자 겸 토지소유자로서 투기 목적이 없는 이상 위 조항 단서 제2호에 해당되지 않는다는 원고의 위 주장은 이유 없다.
(2)「지방세법」제109조제3항 본문의 ‘체비지 또는 보류지’ 해당 여부

(가)「지방세법」제109조제3항 본문은 "도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 … 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여 취득세를 과세하지 아니한다."라고 규정하면서 ‘체비지 또는 보류지’에 대한 별도의 정의 규정을 두고 있지 않으므로, 우선 도시개발법 등에 의하여 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여 살펴보기로 한다.
① 도시개발법상 체비지 또는 보류지

도시개발법상 도시개발사업은 시행자가 도시개발구역 안의 토지 등을 수용 또는 사용하는 방식이나 환지방식 또는 이를 혼용하는 방식으로 시행할 수 있는데(도시개발법 제20조), 환지방식으로 사업을 시행하는 경우, 시행자는 환지계획을 작성함에 있어 조성된 일정한 토지를 환지하지 아니하고 도시개발사업에 필요한 경비에 충당할 목적으로 체비지로 정하거나 규약·정관·시행규정 또는 실시계획이 정하는 목적을 위하여 보류지로 정할 수 있고(도시개발법 제33조), 위와 같이 환지계획에 체비지 또는 보류지로 정해진 토지는 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날에 체비지는 시행자가, 보류지는 환지계획에서 정하는 자가 소유권을 취득하게 된다(도시개발법 제41조 제5항).
② 도시정비법상 체비지 또는 보류지

도시정비법상 도시환경정비사업은 정비구역 안에서 인가받은 관리처분계획에 따라 건축물을 건설하여 공급하는 방법 또는 환지로 공급하는 방법이 있는데(도시정비법 제6조), 우선 환지로 공급하는 방법의 경우에는 도시개발법상 환지절차를 준용하고 있으므로(도시정비법 제43조 제2항), 위에서 본 바와 같이 사업시행자는 인가된 환지계획에 따른 환지처분에 의하여 체비지 또는 보류지를 취득하게 된다. 한편 관리처분계획에 따라 건축물을 건설하여 공급하는 방법의 경우에는, 사업시행자는 사업시행인가의 고시가 있은 날부터 21일 이내에 분양신청기간을 정하여 분양 공고를 하여야 하고, 분양신청기간이 종료된 때에는 기존의 건축물을 철거하기 전에 분양신청을 기초로 관리처분계획을 작성하여야 하는데(주거환경개선사업은 제외한다), 분양신청 후 잔여분이 있는 경우 정관 등 또는 사업시행계획이 정하는 목적을 위하여 보류지(건축물을 포함한다)로 정하거나, 조합원 외의 자에게 분양할 수 있고(도시정비법 제48조 제3항), 보류지 또는 조합원 외의 자에게 분양할 것(이하 일반 분양분이라 한다)을 정한 경우 보류지 또는 일반 분양분의 명세와 추산가액 및 처분방법을 관리처분계획에 포함시켜 인가를 받아야 하며(도시정비법 시행령 제50조 제3호), 사업시행자는 정비사업(주거환경개선사업은 제외한다)의 시행으로 건설된 건축물을 인가된 관리처분계획에 따라 토지 등 소유자에게 공급하여야 하는데, 위와 같은 관리처분계획은 이전고시가 있기 전까지는 변경이 가능하므로 사업자는 이전고시가 있기 전까지 관리처분계획변경을 통하여 보류지 또는 일반 분양분을 정할 수 있으며, 한편 위와 같이 인가된 관리처분계획에 보류지 또는 일반 분양분으로 정해진 대지 또는 건축물은 이전고시에 의하여 보류지는 관리처분계획에서 정하는 자가, 일반 분양분은 사업시행자가 각 소유권을 취득하게 되고, 위 보류지 또는 일반 분양분은 도시개발법상 보류지 또는 체비지로 간주 된다(도시정비법 제55조 제2항).
③ 구 도시재개발법상 체비지 또는 보류지

이 사건 재개발사업은, 구 도시재개발법상 도심재개발사업으로 사업시행인가를 받아 시행하던 중 구 도시재개발이 폐지되고 도시정비법이 제정됨에 따라 도시정비법 부칙 제3조의 종전 법률에 의하여 행하여진 처분·절차 그 밖의 행위는 이 법의 규정에 의하여 행하여진 것으로 본다는 규정과 같은 부칙 제6조의 종전 법률에 의하여 사업계획승인이나 사업시행인가를 받아 시행중인 도심재개발사업은 이 법에 의한 도시환경정비사업으로 본다라는 규정에 의하여 도시정비법 규정에 따라 준공인가를 받은 것이므로, 구 도시재개발법상 체비지 또는 보류지를 살펴 볼 필요가 있다.
구 도시재개발법상 사업시행자는 분양신청기간이 종료된 때에는 관리처분계획을 작성하여 인가를 받아야 하는데(다만, 사업시행자 외의 토지 등의 소유자가 없는 경우에는 그러하지 아니하다), 분양신청 후 잔여분이 있는 경우 정관 등 또는 사업시행계획이 정하는 목적을 위하여 보류지(건축물을 포함한다)로 정하거나, 일반에게 분양할 수 있고(구 도시재개발법 제34조 제9항), 보류지 또는 일반에게 분양할 것(이하 일반 분양분이라 한다)을 정한 경우 보류지 또는 일반 분양분의 명세와 추산가액 및 처분방법을 관리처분계획에 포함시켜 인가를 받아야 하며(구 도시재개발법 시행령 제41조), 위와 같은 관리처분계획은 분양처분이 있기 전까지는 변경이 가능하므로 사업자는 분양처분이 있기 전까지 관리처분계획변경을 통하여 보류지 또는 일반 분양분을 정하고, 위와 같이 인가된 관리처분계획에 보류지 또는 일반 분양분으로 정해진 대지 또는 건축물은 분양처분에 의하여 보류지는 관리처분계획에서 정하는 자가, 일반 분양분은 사업시행자가 각 소유권을 취득하게 되며, 위 보류지 또는 일반 분양분은 구 토지구획정리사업법(2000. 1. 28. 법률 제6252호로 폐지되기 전의 것)상 보류지 또는 체비지로 간주 된다(구 도시재개발법 제39조 제2항).
(나) 이상의 도시개발법 등 관련 법 규정에 의하여 사업시행자가 체비지 또는 보류지를 취득하는 경우를 종합하여 보면, ① 도시개발법의 사업시행자는 환지방식으로 도시개발사업을 시행하는 경우에 한하여 인가된 환지계획에 따른 환지처분에 의하여 체비지 또는 보류지를 취득하고, ② 도시정비법의 사업시행자는 사업시행방식을 환지방식에 의할 경우는 위 도시개발법의 경우와 동일하게 체비지 또는 보류지를 취득할 수 있고, 관리처분계획에 따라 건축물을 건설하여 공급하는 방식에 의할 경우는 인가된 관리처분계획에 따른 이전고시에 의하여 보류지 또는 일반 분양분(보류지 또는 체비지)을 취득하며, ③ 구 도시재개발법의 사업시행자는 인가된 관리처분계획에 따른 분양처분에 의하여 보류지 또는 일반 분양분(보류지 또는 체비지)을 취득할 수 있다. 사업시행자가 위와 같은 방법으로 체비지 또는 보류지를 취득하는 경우에 있어서「지방세법」제109조제3항 본문의 규정에 의하여 취득세 등이 비과세된다는 점에 대해서는 이론의 여지가 없다.
(다) 그런데 이 사건의 경우와 같이 사업시행자 이외의 토지소유자가 없어서 도시재개발법 제34조 제1항 단서의 규정에 따라 관리처분계획의 작성이나 그 인가받는 절차가 면제된 채 이 사건 재개발사업을 시행한 경우에「지방세법」제109조제3항 본문의 규정에 의하여 취득세 등이 면제되는 체비지 또는 보류지를 인정할 수 있는지에 관하여 보건대, ① 원고가 관리처분계획을 작성하여 그 인가를 받지 않은 이유는 사업시행자 이외의 토지 등 소유자가 없는 경우에는 재개발사업의 시행 결과 건립될 건축물에 대한 이해관계인을 남기지 않아 개발사업의 결과에 이해관계를 갖는 자의 권리배분에 관한 사항을 구속적으로 확정하는 관리처분계획이 불필요하다는 점을 감안한 위 도시재개발법의 규정에 따른 것이고, 달리 여타 법령에서 원고가 사전에 체비지를 지정하는 절차나 그 방법에 관하여 규정하고 있지 않음에도, 법령의 규정에 따라 제반절차를 진행한 원고를 사업시행자 이외의 토지 등의 다른 소유자가 있어 역시 법령의 규정에 따라 관리처분계획의 작성 및 그 인가를 받은 사업시행자와 구분하여 별도로 그가 취득한 체비지 등에 대하여 과세를 하는 것은 형평에 반하여 부당하다고 보이는 점, ② 굳이 1인 사업시행자의 사업경비에 해당하는 체비지에 과세한다면 이는 재개발사업에 착수하고 이를 원활하게 진행함에 있어 세제상 혜택을 주고자하는「지방세법」제109조제3항의 입법취지에도 반하는 점, ③「지방세법」제109조제3항은 ‘사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 부과하지 않는다’라고만 규정하고 있을 뿐 ‘관리처분계획을 작성한 사업시행자라’든가 ‘사업시행자가 관리처분계획에 의하여 취득한 체비지’라고 특정하고 있지 않아 그에 따른 과세 등의 법적 효력을 달리할 특별한 이유가 없다고 보이는 점, ④ 만약 피고의 주장과 같이 1인 사업사행자가 취득한 체비지 등에 대하여 과세하여야 한다면, 사업시행자로서는 사업 초기에 가상의 토지소유자를 만들어 내어 다른 이해관계인이 있는 것처럼 외관을 조작하는 등 무용한 절차를 반복하게 하여 오히려 탈법을 조장할 우려가 있는 점 ⑤ 사업시행자가 재개발사업에 지출한 비용에 충당하기 위해 법상 인정된 체비지의 존재가 관리처분계획의 작성 여부에 따라 좌우된다고 보기에는 곤란한 점, ⑥ 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니 된다 할 것이나, 앞서 본 바와 같이 합리적 이유가 있는 경우에는 이 원칙의 적용에 있어서의 예외가 허용될 수 있는 점 등의 제반사정을 감안하면, 1인 사업시행자가 취득한 체비지 등에 대하여도 비과세는 인정되어야 할 것이다.
(라) 나아가 이 사건에 있어서 과세범위에 관하여 살피건대, 원고는 사업시행인가 이후에 사업구역 내의 부동산을 승계취득하는 자로서 사업시행인가 당시의 소유자와 마찬가지로 비과세 혜택을 부여받되, 사업시행으로 인하여 재산적 가치가 증가될 새로운 부동산의 취득에는 취득세를 납부하여야 하는「지방세법」제109조제3항 단서 제2호의 입법취지와 이 사건 건물 중 78.45%에 해당하는 19,175.227/24,441.45 지분에 한하여 자신이 지출한 사업경비에 상응한 체비지로 원고가 자인하고 있는 점에 비추어 볼 때, 원고는 사업시행으로 인하여 재산적 가치가 증가된 부동산 중 사업비에 해당하는 체비지를 제외한 나머지 부분에 대한 취득세 및 농어촌특별세와 그 소유권보존등기와 관련된 등록세와 지방교육세를 납부하여야 할 것이다.
그런데 앞서 본 바와 같이 원고가 2004. 10.경 적법한 감정평가기관의 감정결과를 기초로 하여 작성한 관리처분계획에 의하면, 이 사건 건물 중 78.45%에 해당하는 19,175.227/24,441.45 지분은 체비지에 해당하고, 21.54%인 5,266.223/24,441.45 지분만이 관리처분계획에 의하여 취득하는 부동산에 해당되므로, 이 사건 처분의 과세표준은 위 관리처분계획에 의하여 취득하는 부동산가액 13,015,859,587원(원래 원고가 분양한 1,593.03평에 평당 평균 분양가 8,170,505원을 곱하면 13,015,859,580원이 되나 어느 것을 기준으로 하던 원미만을 버리는 각종 세액의 계산에 있어 차이가 없으므로 원고가 주장하는 바에 따르기로 한다) 중 이 사건 토지의 당초 취득가액인 9,726,134,000원을 공제한 3,289,725,587원이 되어야 하고, 사업시행자의 체비지에 해당하는 이 사건 건물 중 19,175.227/24,441.45 지분은「지방세법」제109조제3항 본문의 규정에 의하여 비과세되어야 한다. 따라서 이 사건 처분 중 취득세 65,794,511원(=3,289,725,587원×2%), 농어촌특별세 6,579,451원(=65,794,511원×10%), 등록세 26,317,804원(=3,289,725,587원×0.8%), 지방교육세 5,263,560원(=26,317,804원×20%)을 초과하는 부분은 위법하다.
 
3.  결론

그렇다면 제1심 판결 중 원고가 피고에게, 2004. 11. 10. 신고납부한 취득세 414,301,580원 중 65,794,511원을 초과하는 부분의, 농어촌특별세 41,430,150원 중 6,579,451원을 초과하는 부분의 처분과 2004. 11. 16. 신고납부한 등록세 165,720,630원 중 26,317,804원을 초과하는 부분의, 지방교육세 33,144,120원 중 5,263,560원을 초과하는 부분의 처분은 각 취소되어야 할 것이므로, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로, 제1심 판결 중 위에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소하고 원고의 나머지 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
-------------------------------------------------------

【하급심-서울행정법원 2005. 12. 7. 선고 2005구합21804 판결】

【주문】

처분청승소

 
1.  원고의 청구를 기각한다.
 
2.  소송비용은 원고의 부담으로 한다.

【이유】

 
1.  처분 경위

 
가.  ○ ○ 장관은 1979. 9. 21. 건설부고시 제345호로 서울 마포구 00동 435-3 외 6필지(이하 이 사건 토지라 한다) 일대를 도심지 도시재개발사업구역으로 지정하였다.
 
나.  소외 00생명보험주식회사는 구 도시재개발법(2002. 12. 30. 법률 제6852호로 폐지되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항의 규정에 의하여 사업시행계획서 및 규약을 작성하여 1997. 6. 24. 피고로부터 이 사건 토지를 사업시행구역으로 하는 마포로 제1구역 제21지구 재개발사업(이하 이 사건 재개발사업이라 한다) 시행인가를 받았다.
 
다.  원고는 2002. 4.경 위 00생명보험주식회사로부터 이 사건 토지를 취득한 후 2002. 4. 18. 마포구 고시 제2002-31호로 사업시행자를 원고로 변경하는 사업시행변경인가를 받았다.
 
라.  원고는 사업시행자 외의 토지소유자가 없는 경우 관리처분계획을 작성하지 않도록 되어 있는 도시재개발법 제34조 제1항 단서의 규정에 따라 관리처분계획을 작성·인가받지 아니한 채 이 사건 재개발사업을 시행하여 2004. 10. 7. 이 사건 토지 위에 지상 19층, 지하 4층 건축연면적 24,441.25㎡의 건물(이하 이 사건 건물이라 한다)을 완공한 후, 2004. 10. 26. 피고로부터 도시 및 주거환경정비법(이하 도시정비법이라 한다) 제52조, 같은 법 시행령 제55조에 의하여 준공인가를 받고, 2004. 11. 10. 이 사건 건물에 관하여 대지권등기 및 소유권보존등기를 경료하였으며, 2004. 11. 15. 공사완료고시를 마치고, 2004. 11. 20. 도시정비법 제54조 규정에 의한 이전고시를 하였으며, 한편 이 사건 토지는 서울 마포구 00동 461외 1필지(대지 1942.4㎡, 공공용지 344.㎡)로 환지되었다. 또한 원고는 이 사건 건물(이 사건 토지에 대한 지분 포함)을 분양받은 일반인에 대하여 개별적으로 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하여 주었다.
 
마.  원고는 이 사건 건물이「지방세법」제109조제3항에 의하여 지방세 및 취득세 등이 비과세되는 것으로 판단하여 2004. 11. 10. 지방세 비과세 신청을 하였으나, 피고는 위 조항 단서(사업시행 인가 후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자의 취득 부동산 가액이 종전 부동산 합계액을 초과하는 부분에 대한 과세)에 의하여 지방세 비과세 대상이 아니라는 회신을 하였고, 이에 원고는 2004. 11. 10. 이 사건 건물의 공사비를 취득가액으로 보아 이를 기준으로 계산한 취득세 414,301,580원, 농어촌특별세 41,430,150원을 각 신고납부하고, 2004. 11. 16. 이 사건 건물의 소유권보존등기와 관련하여 등록세 165,720,630원, 지방교육세 33,144,120원을 각 신고납부하였다(이하「지방세법」제72조제1항에 의하여 원고가 한 각 신고, 납부일시에 처분이 있었던 것으로 보고, 이들 전체에 대하여 이 사건 처분이라고 한다).
[인정근거] 갑 제1호증 내지 갑 제4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제8호증의 1, 2, 을 제1호증, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지.
 
2.  이 사건 처분의 적법 여부

 
가.  원고의 주장 요지

(1) 이 사건 건물은 도시재개발사업 구역 내의 토지의 소유자인 원고가 재개발사업의 시행으로 인하여 관리처분계획에 의하여 취득하는 건축물에 해당하므로「지방세법」제109조제3항, 제127조의2 제2항에 의하여 취득세 등이 비과세되어야 한다. 피고는 위 조항의 적용을 시인하면서도 원고가 사업시행인가 후 이 사건 토지를 승계취득한 자이어서「지방세법」제109조제3항 단서 및 제2호에 의하여 이 사건 건물 취득에 대해 과세되어야 한다고 주장하나, 원고는 이 사건 토지를 단순 승계취득한 자가 아니고 사업시행자로서 토지를 승계취득한 자이며 그와 같은 경우에는 투기 목적이 있다고 볼 수 없으므로 위 예외 규정이 적용될 수 없다.
(2) 가사, 원고가「지방세법」제109조제3항 단서 제2호에 해당하는 승계취득자가 된다 하더라도, 원고의 이 사건 건물의 취득에는 이 사건 토지의 소유자로서의 취득과 사업시행자로서의 체비지 취득이 포함되어 있고, 체비지는 사업시행자가 사업경비를 충당하기 위하여 정하는 것이며, 원고가 2004. 10.경 적법한 감정평가기관의 감정결과를 기초로 하여 작성한 관리처분계획에 의하면, 이 사건 건물 중 78.45%에 해당하는 19,175.227/24,441.45 지분은 체비지에 해당하고, 21.54%인 5,266.223/24,441.45 지분만이 관리처분계획에 의하여 취득하는 부동산에 해당되는바, 이 사건 처분의 과세표준은 위 관리처분계획에 의하여 취득하는 부동산가액 13,015,859,587원 중 이 사건 토지의 당초 취득가액인 9,726,134,000원을 공제한 3,289,725,587원이 되어야 하고, 사업시행자의 체비지에 해당하는 이 사건 건물 중 19,175.227/24,441.45 지분은「지방세법」제109조제3항 본문의 규정에 의하여 비과세되어야 한다. 따라서 이 사건 처분 중 취득세 65,794,511원(=3,289,725,587원×2%), 농어촌특별세 6,579,451원(=65,794,511원×10%), 등록세 26,317,804원(=3,289,725,587원×0.8%), 교육세 5,263,560원(=26,317,804원×20%)을 초과하는 부분은 위법하다.
(3) 피고 외의 다른 지방자치단체에서는 원고와 마찬가지로 도심지 재개발사업을 완료한 자에 대하여 신축건물과 대지를 관리처분계획에 의하여 취득한 부동산과 체비지로 구별한 후 체비지에 대하여 무조건 비과세하고, 관리처분계획에 의하여 취득한 부동산의 경우에도 그 가액의 합계액이 종전 부동산 가액보다 적다는 이유로 비과세하고 있는 점 등에 비추어 이 사건 처분은 형평의 원칙에 반하여 위법하다.
 
나.  관련 법령

지방세법(2004.12.31 법률 제7311호로 개정되기 전의 것)

제111조 (과세표준)① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 년부로 취득하는 경우에는 년부금액으로 한다.② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.
⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득제109조 (토지수용등으로 인한 대체취득에 대한 비과세)③ 도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다)가 환지계획 및 토지상환채권에 의하여 취득하는 토지, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 "환지계획등에 의한 취득부동산"이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과한다.1. 환지계획등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하여 도시및주거환경정비법등 관계 법령에 의하여 청산금을 부담하는 경우 그 청산금에 상당하는 부동산2. 환지계획등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산(사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자에 한한다)④ 제3항 제2호의 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.
제127조의2 (대체취득등기에 대한 비과세)② 제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산등의 등기·등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.
지방세법 시행령

제79조의3 (수용시의 초과액 산정기준)

③ 법 제109조 제3항 제2호의 규정에 의한 초과액은 환지계획 등에 의한 취득부동산의 과세표준액(사실상 취득가액이 입증되는 경우에는 사실상 취득가액을 말한다)에서 환지 이전의 부동산의 과세표준액(승계취득할 당시의 취득세 과세표준액을 말한다)을 공제한 금액으로 한다.
 
다.  판단

(1)「지방세법」제109조제3항 단서의 적용 여부에 관한 판단

(가)「지방세법」제109조제3항 단서가 적용되기 위한 전제로서 이 사건에 있어서 위 조항 본문이 적용될 수 있는지에 관하여 본다.
먼저,「지방세법」제109조제3항이 도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시정비법에 의한 도시환경정비사업 및 주택재개발사업의 시행으로 인하여 당해 사업 구역 내의 부동산 소유자가 환지계획(도시개발법상 환지방식에 의한 사업시행의 경우와 이를 준용하는 도시정비법상 사업), 토지상환채권(도시개발법상 수용방식에 의한 사업시행의 경우), 관리처분계획(도시정비법상 사업)에 의하여 대지 및 건축물을 취득하는 경우에 취득세를 부과하지 않는 이유를 보면, ① 위와 같은 취득은 종전의 토지 또는 건축시설에 대한 권리변환으로 종전의 권리와 동일성이 있는 것으로 취급될 수 있다는 법적 성질과 ② 계획적이고 체계적인 도시개발과 도시환경의 정비를 위한 위 각종 사업의 원활한 수행을 세제적으로 뒷받침하고자 하는 정책 목적을 함께 고려한 데에 있다 할 것이다(대법원 1994. 4. 26. 선고 93누9170 판결 참조).
살피건대, 이 사건의 경우와 같이 사업시행자 이외의 토지 등의 소유자가 없어 도시재개발법 제34조 제1항 단서에 따라 관리처분계획을 작성하지 않고서 사업시행자이자 토지 등의 소유자가 소유권 취득의 일반 법리에 따라 원시취득하는 경우, 비록 관리처분계획이 작성된 바 없어 ‘환지계획’, ‘토지상환채권’, ‘관리처분계획’에 의하여 취득한다는「지방세법」제109조제3항 본문의 문언에 그대로 부합하는 것은 아니지만, 위와 같은 입법 목적 및 위와 같은 경우의 토지 등의 소유자를 굳이 다른 토지 등의 소유자와 차별할 합리적 이유가 없다는 점을 고려하면,「지방세법」제109조제3항 본문의 적용을 받는다고 보아야 할 것이다.
(나)「지방세법」제109조제3항 단서 제2호의 적용 여부

살피건대,「지방세법」제109조제3항 단서 제2호의 규정에 의하면, 사업시행인가 이후 이전고시(도시개발법상 환지처분 등) 이전에 부동산을 승계취득한 자에 대하여는 관리처분계획(도시개발법상 환지계획 등)에 의하여 취득한 부동산 가액의 합계액이 종전의 부동산 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 상당하는 부동산에 대하여 취득세를 부과하도록 규정하고 있는바, 위 규정의 취지는 사업시행인가 이후에 사업구역 내의 부동산을 승계취득하는 자도 사업시행인가 당시의 소유자와 마찬가지로 비과세 혜택을 부여하되, 이러한 자는 기존의 부동산보다는 사업시행으로 인하여 재산적 가치가 증가될 새로운 부동산의 취득에 그 목적이 있다 할 것이므로 사업시행자의 청산금 부과처분이 없다 하더라도 실질적으로 취득하게 되는 부동산의 가액 중 기존 부동산보다 증가된 재산적 가치에 대하여는 조세평등의 원칙에 따라 취득세를 과세하기 위한 것이고, 투기목적 존부와는 무관하다 할 것이다.
따라서 앞서 본 바와 같이, 원고가 이 사건 재개발사업시행인가 이후 이 사건 건물 준공 이전인 2002. 4.경 이 사건 토지를 주식회사 00생명보험으로부터 승계취득한 이상, 위 규정 소정의 승계취득자에 해당하는 것이며, 사업시행자 겸 토지소유자로서 투기 목적이 없어 위 조항 단서 제2호에 해당되지 않는다는 원고의 위 주장은 이유 없다.
(2)「지방세법」제109조제3항 본문의 ‘체비지 또는 보류지’ 해당 여부

(가)「지방세법」제109조제3항 본문은 "도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 … 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여 취득세를 과세하지 아니한다."라고 규정하면서 ‘체비지 또는 보류지’에 대한 별도의 정의 규정을 두고 있지 않으므로, 우선 도시개발법 등에 의하여 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여 살펴보기로 한다.
① 도시개발법상 체비지 또는 보류지

도시개발법상 도시개발사업은 시행자가 도시개발구역안의 토지 등을 수용 또는 사용하는 방식이나 환지방식 또는 이를 혼용하는 방식으로 시행할 수 있는데(도시개발법 제20조), 환지방식으로 사업을 시행하는 경우, 시행자는 환지계획을 작성함에 있어 조성된 일정한 토지를 환지하지 아니하고 도시개발사업에 필요한 경비에 충당할 목적으로 체비지로 정하거나 규약·정관·시행규정 또는 실시계획이 정하는 목적을 위하여 보류지로 정할 수 있고(도시개발법 제33조), 위와 같이 환지계획에 체비지 또는 보류지로 정해진 토지는 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날에 체비지는 시행자가, 보류지는 환지계획에서 정하는 자가 소유권을 취득하게 된다(도시개발법 제41조 제5항). 수용 또는 사용 방식으로 사업을 시행하는 경우에는 개발사업의 준공 이후 토지에 대한 이해관계인이 남지 않아 개발사업의 결과에 이해관계를 갖는 자의 권리배분에 관한 사항을 구속적으로 확정하는 환지계획이 불필요하고 체비지 또는 보류지가 발생하지 아니한다.
② 도시정비법상 체비지 또는 보류지

도시정비법상 도시환경정비사업은 정비구역안에서 인가받은 관리처분계획에 따라 건축물을 건설하여 공급하는 방법 또는 환지로 공급하는 방법이 있는데(도시정비법 제6조), 우선 환지로 공급하는 방법의 경우에는 도시개발법상 환지절차를 준용하고 있으므로(도시정비법 제43조 제2항), 위에서 본 바와 같이 사업시행자는 인가된 환지계획에 따른 환지처분에 의하여 체비지 또는 보류지를 취득하게 된다. 한편 관리처분계획에 따라 건축물을 건설하여 공급하는 방법의 경우에는, 사업시행자는 사업시행인가의 고시가 있은 날부터 21일 이내에 분양신청기간을 정하여 분양 공고를 하여야 하고, 분양신청기간이 종료된 때에는 기존의 건축물을 철거하기 전에 분양신청을 기초로 관리처분계획을 작성하여야 하는데(주거환경개선사업은 제외한다), 분양신청 후 잔여분이 있는 경우 정관 등 또는 사업시행계획이 정하는 목적을 위하여 보류지(건축물을 포함한다)로 정하거나, 조합원 외의 자에게 분양할 수 있고(도시정비법 제48조 제3항), 보류지 또는 조합원 외의 자에게 분양할 것(이하 일반 분양분이라 한다)을 정한 경우 보류지 또는 일반 분양분의 명세와 추산가액 및 처분방법을 관리처분계획에 포함시켜 인가를 받아야 하며(도시정비법 시행령 제50조 제3호), 사업시행자는 정비사업(주거환경개선사업은 제외한다)의 시행으로 건설된 건축물을 인가된 관리처분계획에 따라 토지 등 소유자에게 공급하여야 하고, 위와 같은 관리처분계획은 이전고시가 있기 전까지는 변경이 가능하다 할 것이므로 사업자는 이전고시가 있기 전까지 관리처분계획변경을 통하여 보류지 또는 일반 분양분을 정할 수 있다 할 것이며, 한편 위와 같이 인가된 관리처분계획에 보류지 또는 일반 분양분으로 정해진 대지 또는 건축물은 이전고시에 의하여 보류지는 관리처분계획에서 정하는 자가, 일반 분양분은 사업시행자가 각 소유권을 취득하게 되고, 위 보류지 또는 일반 분양분은 도시개발법상 보류지 또는 체비지로 간주 된다(도시정비법 제55조 제2항).
③ 구 도시재개발법상 체비지 또는 보류지

이 사건 재개발사업은, 구 도시재개발법상 도심재개발사업으로 사업시행인가를 받아 시행하던 중 구 도시재개발이 폐지되고 도시정비법이 제정됨에 따라 도시정비법 부칙 제3조의 종전 법률에 의하여 행하여진 처분·절차 그 밖의 행위는 이 법의 규정에 의하여 행하여진 것으로 본다는 규정과 같은 부칙 제6조의 종전 법률에 의하여 사업계획승인이나 사업시행인가를 받아 시행중인 도심재개발사업은 이 법에 의한 도시환경정비사업으로 본다라는 규정에 의하여 도시정비법 규정에 따라 준공인가를 받은 것이므로, 구 도시개발법상 체비지 또는 보류지를 살펴 볼 필요가 있다.
구 도시재개발법상 사업시행자는 분양신청기간이 종료된 때에는 관리처분계획을 작성하여 인가를 받아야 하는데(다만, 사업시행자 외의 토지 등의 소유자가 없는 경우에는 그러하지 아니하다), 분양신청 후 잔여분이 있는 경우 정관 등 또는 사업시행계획이 정하는 목적을 위하여 보류지(건축물을 포함한다)로 정하거나, 일반에게 분양할 수 있고(구 도시재개발법 제34조 제9항), 보류지 또는 일반에게 분양할 것(이하 일반 분양분이라 한다)을 정한 경우 보류지 또는 일반 분양분의 명세와 추산가액 및 처분방법을 관리처분계획에 포함시켜 인가를 받아야 하며(구 도시재개발법 시행령 제41조), 위와 같은 관리처분계획은 분양처분이 있기 전까지는 변경이 가능하다 할 것이므로 사업자는 분양처분이 있기 전까지 관리처분계획변경을 통하여 보류지 또는 일반 분양분을 정할 수 있다 할 것이고, 위와 같이 인가된 관리처분계획에 보류지 또는 일반 분양분으로 정해진 대지 또는 건축물은 분양처분에 의하여 보류지는 관리처분계획에서 정하는 자가, 일반 분양분은 사업시행자가 각 소유권을 취득하게 되며, 위 보류지 또는 일반 분양분은 구 토지구획정리사업법(2000. 1. 28. 법률 제6252호로 폐지되기 전의 것)상 보류지 또는 체비지로 간주 된다(구 도시재개발법 제39조 제2항).
(나) 이상의 도시개발법 등 관련 법 규정에 의하여 사업시행자가 체비지 또는 보류지를 취득하는 경우를 종합하여 보면, ① 도시개발법의 사업시행자는 환지방식으로 도시개발사업을 시행하는 경우에 한하여 인가된 환지계획에 따른 환지처분에 의하여 체비지 또는 보류지를 취득할 수 있고, ② 도시정비법의 사업시행자는 사업시행방식을 환지방식에 의할 경우는 위 도시개발법의 경우와 동일하게 체비지 또는 보류지를 취득할 수 있고, 관리처분계획에 따라 건축물을 건설하여 공급하는 방식에 의할 경우는 인가된 관리처분계획에 따른 이전고시에 의하여 보류지 또는 일반 분양분(보류지 또는 체비지)을 취득할 수 있으며, ③ 구 도시재개발법의 사업시행자는 인가된 관리처분계획에 따른 분양처분에 의하여 보류지 또는 일반 분양분(보류지 또는 체비지)를 취득할 수 있다. 사업시행자가 위와 같은 방법으로 체비지 또는 보류지를 취득하는 경우에 있어서「지방세법」제109조제3항 본문의 규정에 의하여 취득세 등이 비과세된다는 점에 대해서는 이론의 여지가 없다.
(다) 한편 구 도시개발법상 관리처분계획의 작성 및 인가 의무가 면제된 이 사건 재개발사업과 같이 사업시행자 외의 토지 등의 소유자가 없는 경우에 있어서「지방세법」제109조제3항 본문의 규정에 의하여 취득세 등이 면제되는 체비지 또는 보류지를 인정할 수 있는지에 관하여 보건대, ① 도시정비법상 관리처분계획의 작성 및 인가가 면제된 주거환경개선사업의 경우 위 비과세 조항에서 제외되어 있는 점, ② 도시개발법상 수용방식에 의한 사업시행의 경우 체비지 또는 보류지가 발생하지 아니하여 결국 이 사건 비과세 조항에서 제외되는 점, ③ 토지 등의 소유자가 도시환경정비사업을 단독으로 시행하는 경우는 개발사업의 준공 이후 토지 및 건축물에 대한 이해관계인을 남기지 않아 개발사업의 결과에 이해관계를 갖는 자의 권리배분에 관한 사항을 구속적으로 확정하는 관리처분계획 또는 환지계획이 불필요한 점에서 도시개발법상 수용방식에 의한 사업시행이나 주거환경개선사업과 동일하다 할 수 있는 점, ④ 위 비과세 규정의 입법취지가 도시 및 주거 환경의 개선이 필요한 사업구역 내에 토지 등의 소유자가 다수인 경우 부득이 원활한 사업추진을 위하여 조합 등의 사업시행자에게 사업비용조달 등의 어려움을 고려하여 세제상 해택을 줄 필요가 있고, 분양신청 후 잔여분에 한하고 관리처분계획 및 환지계획에 의하여 그 처분방법이 규정되어 있으며 사업시행을 위하여 일시적으로 보유함이 명백하여 이에 대하여 취득세 등을 비과세하더라도 크게 남용될 여지가 없는 부분에 한하여 조합 등의 사업시행자에게 취득세 등을 비과세하고 있는 것으로 보이는 점, ⑤ 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원·2003. 1. 24.·선고·2002두9537·판결·참조), 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여 취득세를 비과세하는 위 규정은 그 입법취지가 토지 등의 소유자가 취득하는 토지에 대하여 비과세하는 것과는 달리 단지 사업의 원활한 수행을 세제적으로 뒷받침하려는 것으로서 명백히 특혜규정이라 할 수 있어 엄격하게 해석하여야 하는 점 등을 고려해 보면,「지방세법」제109조제3항 본문의 사업시행자가 취득하는 ‘체비지 또는 보류지’는 도시개발법 등의 관련 규정에 따라 사업시행자가 관리처분계획 및 환지계획에 따른 이전고시 및 환지처분에 의하여 취득하는 ‘체비지 또는 보류지(보류지 또는 일반 분양분)’에 한한다 할 것이다.
이 사건의 경우, 앞서 본 바와 같이, 원고는 재개발사업 대상 토지인 이 사건 토지의 소유자로서 이 사건 재개발사업시행으로 인하여 준공된 이 사건 건물을 준공시점에 원고가 임의로 작성한 관리처분계획 및 2004. 11. 20.자 이전고시와는 무관하게 원시적으로 취득하였을 뿐이고, 이 사건 재개발사업의 시행자로서 관할 관청의 인가를 받은 관리처분계획 또는 환지계획에 의하여 이 사건 건물의 일부를 보류지 또는 일반 분양분으로 취득한 사실은 없다 할 것이므로, 이 사건 건물 중 일부는「지방세법」제109조제3항 본문의 ‘체비지 또는 보류지’에 해당한다는 원고의 위 주장은 이유 없다.
이와 관련하여 원고는,「지방세법」제109조제3항 본문에서 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여 취득세 등을 비과세하는 것은 사업완료 후의 대지 및 건축물의 가액 중 사업비 해당 부분에 대하여 취득세를 비과세하겠다는 취지라고 주장하나, 도시정비법 관련 규정을 종합하여 보면, 사업시행자는 관리처분계획에 의하여 분양을 받은 자가 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 대지 또는 건축물의 가격 사이에 차이가 있는 경우에는 이전고시가 있은 후 그 차액에 상당하는 청산금을 분양받은 자로부터 징수하거나 분양받은 자에게 교부하여야 하고(도시정비법 제57조 제1항), 위 토지 및 건축물의 가격을 평가함에 있어 그 토지 및 건축물의 규모·위치·용도·이용상황·정비사업비 등을 참작하여야 하며(도시정비법 제57조 제2항), 청산금을 징수당한 토지 등 소유자들은「지방세법」제109조제3항 단서 제1호에 의하여 분양받은 부동산 가액 중 그 청산금에 한하여 취득세 납세의무가 발생하는데, 청산금의 구체적 산정과정을 보면, 사업완료 후의 대지 및 건축물의 총 추산액(P)에서 총 사업비(B)를 공제한 금액을 종전 부동산 가액의 총 평가액(A)으로 나누어 비례율을 구한 다음, 개별 토지소유자별로 종전 부동산 가액의 평가액에 비례율을 곱하여 분양기준가액을 구하고, 분양받은 대지 및 건축물의 추산액에서 위 분양기준가액을 초과하는 부분이 청산금이 되는바, 결국 일반 분양이 없을 경우 총 사업비는 모두 청산금이 되어[청산금 : P-A×{(P-B)/A}=B] 토지 등 소유자들에게 그 부분에 대하여 취득세 납세의무가 발생하게 되므로, 도시정비법에 의한 도시환경정비사업(주택재개발사업)과 도시개발법에 의한 도시개발사업의 시행으로 인하여 사업시행자가 취득하는 체비지(또는 일반 분양분) 또는 보류지에 대하여「지방세법」제109조제3항 본문에서 취득세를 비과세하는 것은, 사업완료 후의 대지 및 건축물의 가액 중 사업비 해당 부분에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하겠다는 취지가 아니라, 관할 관청에 의하여 인가된 관리처분계획 및 환지계획 등에 따라 이전고시 및 환지처분에 의하여 일시적으로 사업시행자의 취득하게 되지만, 사업시행을 위하여 일시적으로 사업시행자에게 귀속된다는 것이 명확히 예정된 체비지 또는 보류지에 대해서만은 취득세 등을 부과하지 않음으로써 사업시행을 원활하게 하려는 데에, 그 입법취지가 있다 할 것이다.
(라) 결국 이 사건 건물 중 19,175.227/24,441.45 지분은 이 사건 재개발사업의 사업비에 해당하므로 일반 분양분 즉 체비지에 해당하여「지방세법」제109조제3항 본문에 의하여 취득세 등이 비과세 되어야 한다는 원고의 위 주장은 이유 없다.
(3) 형평의 원칙 위반 여부에 대한 판단

갑 제15호증의 1 내지 6의 각 기재만으로는 이 사건 처분이 형평과세의 원칙에 위배되는 것이라고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.
 
3.  결론

그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.