【판결요지】

지방소득세가 독립세 방식으로 전환되었으나, 이는 법인세법상의 과세표준을 그대로 적용하라는 것이 아니라 그 산정방식을 준용한다는 것으로 해석하여야 함

【전문】

【주문】

상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.

【이유】

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나,상고이유에 관한 주장은 상고심절차에 관한 특례법 제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로,위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여,관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

【판결요지】

지방소득세가 독립세 방식으로 전환되었으나, 이는 법인세법상의 과세표준을 그대로 적용하라는 것이 아니라 그 산정방식을 준용한다는 것으로 해석하여야 함

【전문】

【주문】

 
1.  피고의 항소를 기각한다.
 
2.  항소비용은 피고가 부담한다.

【이유】

 
1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 이유란 기재와 같으므로,행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.
 
2. 결론

그렇다면,원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있어 인용할 것인바,제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여,주문과 같이 판결한다.

【판결요지】

지방소득세가 독립세 방식으로 전환되었으나, 이는 법인세법상의 과세표준을 그대로 적용하라는 것이 아니라 그 산정방식을 준용한다는 것으로 해석하여야 함

【전문】

【주문】

 
1.  피고가 2016. 10. 24. 원고에 대하여 한 2014 사업연도 법인지방소득세 175,069,090원, 2015 사업연도 법인지방소득세 225,590,720원의 각 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.
 
2.  소송비용은 피고가 부담한다.

【이유】

 
1.  처분의 경위

 
가.  원고는 1989. 12. 29. 설립되어 국내외 자회사 지배 및 부동산 임대업 등을 주요 사업으로 하는 법인이다.

 
나.  원고는 2014 사업연도 법인세를 신고하며 과세표준을 313,730,296,360원으로 신고하였는데, 원고는 직접외국납부세액 1,030,233,286원과 간접외국납부세액 6,927,452,939원을 합한 7,957,686,225원(이하 ‘이 사건 2014 외국납부세액’이라 한다)에 관하여 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제57조 제1항 제1호에 따른 세액공제방법과 제2호에 따른 손금산입방법 중 세액공제방법을 선택하여 구 법인세법 제15조 제2항 제2호, 제21조 제1호에 따라 직접외국납부세액을 손금불산입하고, 간접외국납부세액을 익금산입하여 과세표준을 산정한 후, 이 사건 2014 외국납부세액에 대한 세액공제를 받았다.

 
다.  원고는 2015 사업연도 법인세를 신고하며 과세표준을 240,041,027,390원으로 신고하였는데, 원고는 직접외국납부세액 859,274,765원과 간접외국납부세액 9,394,848,555원을 합한 10,254,123,320원(이하 ‘이 사건 2015 외국납부세액’이라 하고, 이 사건 2014 외국납부세액과 이 사건 2015 외국납부세액을 합하여 ‘이 사건 외국납부세액’이라 한다)에 관하여도 구 법인세법 제57조 제1항 제1호에 따른 세액공제방법을 선택하여 구 법인세법 제15조 제2항 제2호, 제21조 제1호에 따라 직접외국납부세액을 손금불산입하고, 간접외국납부세액을 익금산입하여 과세표준을 산정한 후, 이 사건 2015 외국납부세액에 대한 세액공제를 받았다.

 
라.  원고는 피고에게, ① 2015. 4. 30. 2014 사업연도 법인지방소득세 6,860,066,510원, ② 2016. 4. 30.경 2015 사업연도 법인지방소득세 4,614,094,044원을 신고ㆍ납부하면서 구 지방세법(2016. 12. 27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제103조의19에 따른 과세표준을 산정하며 법인세 신고와 마찬가지로 이 사건 외국납부세액 중 직접외국납부세액(이하 ‘이 사건 직접외국납부세액’이라 한다)을 손금불산입하고, 이 사건 외국납부세액 중 외국자회사로부터 받은 이익배당금에 대응하는 법인세액에 해당하는 간접외국납부세액(이하 ‘이 사건 간접외국납부세액’이라 한다)을 익금산입하였다.

 
마.  원고는 2016. 10. 10. 피고에 대하여 이 사건 직접외국납부세액을 손금에 산입하고, 이 사건 간접외국납부세액을 익금에 불산입하는 것으로 법인지방소득세 과세표준을 재산정하여 아래 표 기재와 같은 돈의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2016. 10. 24. 원고의 위 경정청구를 모두 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

		2014년도 (단위: 원)	2015년도 (단위: 원)
당초신고	과세표준	313,730,296,360	240,041,027,390
세액	6,860,066,510	5,238,902,600
경정청구	과세표준	305,772,610,135	229,786,904,070
세액	6,684,997,420	5,013,311,880
차액	과세표준	7,957,686,225	10,254,123,320
세액	175,069,090	225,590,720

 
바.  원고는 이 사건 처분에 불복하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2018. 1. 18. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1~3, 7~10호증, 을 1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

 
2.  이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

 
가.  원고의 주장

1) 법인지방소득세 과세표준의 해석 관련(주위적 주장)

지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되면서 종전에 소득세나 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있었던 지방소득세가 독립세 방식으로 전환되었는데, 법인지방소득세의 경우 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액인바, 그 의미는 법인세법상의 과세표준을 그대로 적용하라는 것이 아니라 그 산정방식을 준용한다는 것으로 해석하여야 한다. 즉 법인세 과세표준의 신고에 있어서 이 사건 직접외국납부세액이나 이 사건 간접외국납부세액을 외국에 납부하였음에도 불구하고 손금으로 불산입하거나 익금에 산입한 것은 이후 위 금액이 세액으로 공제되는 것이 전제된 것이나, 지방세법이나 지방세특례제한법은 법인세법과 같은 세액공제규정을 두고 있지 않으므로, 법인세법상의 산정방식을 준용하여 이 사건 직접납부외국세액을 손금에 산입하고, 이 사건 간접납부외국세액을 익금에 불산입하여 법인지방소득세가 산정되어야 한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하다.

2) 조세조약에 따른 외국납부세액 공제 관련(예비적 주장)

설령 법인지방소득세의 과세표준과 법인세 과세표준을 동일하게 보아야 한다고 하더라도, 조세조약은 국내법의 특별법으로 국내법보다 우선하여 적용되어야 하고, 대한민국 정부와 일본 정부간의 조세조약 제23조 제1항에 따라 일본 내의 원천으로부터 발생하는 소득에 대하여 조세를 납부할 경우 세액공제가 허용되는바, 위와 같은 조약의 취지에 따라 법인지방소득세의 산정단계에서 외국납부세액을 공제하여야 한다.

 
나.  관계 법령

별지 기재와 같다.

 
다.  판단

1) 과세표준 산정에서 외국납부세액에 관한 법인세법 규정 등

구 법인세법 제57조 제1항, 제4항에 의하면 내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액이나 외국자회사로부터 받는 이익의 배당이나 잉여금의 분배액(이하 ‘수입배당금액’이라 한다)이 포함되어 있는 경우에 있어서는, 위 외국법인세액(이하 ‘직접납부외국세액’이라 한다)이나 외국자회사의 소득에 대하여 부과된 외국법인세액 중 그 수입배당금액에 대응하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 ‘간접납부외국세액’이라 한다)은 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법(구 법인세법 제57조 제1항 제1호) 또는 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법(구 법인세법 제57조 제1항 제2호) 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다. 한편 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제3항에 의하면, 구 법인세법 제57조 제1항에 따른 외국납부세액은 국외원천소득이 과세표준에 산입되어 있는 사업연도의 산출세액에서 공제하거나 필요경비에 산입하고, 제94조 제8항에 의하면, 구 법인세법 제57조 제4항의 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액의 계산식은 ‘외국자회사의 해당 사업연도의 법인세액 × 수입배당금액 ÷ (외국자회사의 해당사업연도 소득금액 - 외국자회사의 해당사업연도 법인세액)’이다.

그리고 구 법인세법 제13조에 따른 과세표준의 기준이 되는 내국법인의 사업연도 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액인바(구 법인세법 제14조 제1항), 구 법인세법 제57조 제1항에 따른 직접납부외국세액은 손금으로 산입되지 않고(구 법인세법 제21조 제1호), 구 법인세법 제57조 제4항에 따라 세액공제된 외국법인세액에 상당하는 금액은 익금으로 본다(구 법인세법 제15조 제2항 제2호).

한편 구 지방세법 제103조의19는 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있다.

2) 주위적 주장에 관한 판단

위 관계 법령의 규정과 위 인정 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정을 종합하여 보면, 법인지방소득세 과세표준에 이 사건 직접외국납부세액은 손금으로 산입하고, 이 사건 간접외국납부세액은 익금으로 불산입되는 것으로 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다. 원고의 주위적 주장은 이유 있다.

가) 내국법인의 외국납부세액공제의 취지 및 방법

내국법인은 전세계소득에 관하여 납세의무를 지는데(구 법인세법 제2조), 내국법인의 국외원천소득의 경우에 있어서는 원천지국에 세금을 납부하는 이외에 우리나라에 세금을 납부하여야 하므로 이중과세 등의 문제가 발생한다. 이러한 불합리를 시정하기 위하여 구 법인세법 제57조 제1항은 내국법인의 국외원천소득에 부과된 직접외국납부세액에 대하여 국외원천소득을 과세표준에 산입한 후 해당 사업연도의 법인세액에서 외국법인세액을 공제하거나(제1호), 외국법인세액을 해당 사업연도의 손금에 산입하여 과세표준을 산출하는 방법(제2호)으로 공제를 허용하고 있다. 이와 더불어 내국법인이 외국자회사를 통하여 투자를 한 후 수입배당금액을 받는 경우에 있어서 수입배당금액에 대응하는 외국법인세액(간접외국납부세액)도 내국법인이 직접 부담한 외국납부세액과 실질에 있어서 차이가 없으므로 위와 같은 방법으로 공제를 허용하고 있다(구 법인세법 제57조 제4항). 위와 같이 외국법인세액을 법인세액에서 공제할 수 있도록 하는 법인세법 제57조 제1항, 제4항은 동일한 소득에 대한 국가 간의 중복과세를 방지하여 내국법인의 조세부담을 감경하려는 데에 그 취지가 있다(대법원 1987. 2. 24. 선고 85누651 판결 등 참조).

한편 법인세의 기초가 되는 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로(구 법인세법 제14조), 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 법인세법에서 규정하고 있는 것을 제외하고, 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액이며(구 법인세법 제15조 제1항), 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 법인세법에서 규정한 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액이다(구 법인세법 제19조 제1항). 그런데 내국법인의 직접외국납부세액은 손금에 산입되지 않고(구 법인세법 제21조 제1호, 제57조 제1항 제1호), 다만 내국법인이 세액공제방법을 선택한 경우 위 직접외국납부세액은 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 한도로 해당 사업연도의 법인세액에서 공제되며(구 법인세법 제57조 제1항 제1호), 손금산입방법을 선택한 경우 위 금액은 필요경비에 산입되어 과세표준을 구성하지 않게 된다(구 법인세법 제57조 제1항 제2호). 한편, 간접외국납부세액은 원칙적으로는 익금에 산입되지 않아야 하나 세액공제방법을 선택한 경우 간접외국납부세액을 익금에 산입한 다음(구 법인세법 제15조 제2항 제2호), 산출된 법인세액에서 공제된다(구 법인세법 제57조 제1항 제1호, 제4항).

나) 이 사건 직접외국납부세액에 관한 판단

우선 이 사건 직접외국납부세액에 관하여 보면, 원고는 법인세를 신고ㆍ납부함에 있어 이 사건 직접외국납부세액에 대한 세액공제방법을 선택하였고, 이후 지방소득세를 신고ㆍ납부함에 있어서 위 금액이 법인지방소득세의 과세표준 중 손금에 불산입되었다. 그런데 구 법인세법 제21조 제1호가 제57조에 따른 직접외국납부세액을 손금에 산입하지 않는 취지는 앞서 본 바와 같이 직접외국납부세액을 법인세액에서 공제하거나 필요경비에 산입하기 때문이다. 그렇다면, 원고가 법인세의 신고ㆍ납부에 있어서 세액공제 방법을 선택한 이 사건 사안에 있어서는, 법인지방소득세에 있어 외국법인세액의 세액공제를 허용하거나 손금에 산입한다는 규정이 없으므로 이를 손금에 산입하지 않는 경우 법인세법 제57조 제1항의 규정 취지에 반하여 내국법인의 조세부담을 가중시키는 결과를 초래하게 된다. 나아가 직접외국납부세액이 과세표준 중 손금에 불산입된 것은 세액공제를 전제한 것인바, 이를 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액이라고도 볼 수 없어 이에 대한 과세가 이루어진다면 이는 응능부담의 원칙에도 반하게 된다. 아울러, 원고는 법인세 과세표준을 신고할 때에는 이 사건 직접외국납부세액을 법인세액에서 공제 받을지 손금에 산입할지 선택할 수 있었으나, 법인지방소득세의 과세표준을 신고할 때에는 위와 같은 선택 권한이 없었을 뿐 아니라, 법인세 과세표준 신고 당시 법인지방소득세에서 이 사건 직접외국납부세액이 세액공제 없이 익금에 포함된다는 것까지 가정하여 전체적인 과세표준을 산정하였어야 한다고 볼 합리적인 이유도 없는바, 이 사건 직접외국납부세액을 손금으로 산입하여 법인지방소득세의 과세표준을 산정하는 것이 타당하다고 할 것이다.

다) 이 사건 간접외국납부세액에 관한 판단

다음으로 이 사건 간접외국납부세액에 관하여 보면, 원고는 법인세 신고ㆍ납부에 있어 세액공제방법을 선택하였고, 이후 법인지방소득세를 신고ㆍ납부함에 있어서 위 금액이 법인지방소득세의 과세표준 중 익금에 산입되었다. 그런데 앞서 본 바와 같은 사정에다가 구 법인세법 제15조 제2항 제2호는 ‘제57조 제4항에 따른 외국법인세액(세액공제된 경우만 해당한다)을 익금으로 산입한다’고 규정하고 있는바, 이는 국가 간의 중복과세를 방지하고 내국법인의 조세부담을 감경하기 위하여 구 법인세법 제57조 제4항에 따라 세액공제되는 외국법인세액을 일단 내국법인의 소득으로 익금산입한 후 외국세액 납부에 따른 세액공제의 수순을 밟도록 한 것이므로, 구 법인세법 제57조 제4항에 따른 간접외국납부세액을 익금으로 보는 데에는 이에 대한 세액공제가 뒤따른다는 점이 당연히 전제되어 있다. 그러므로 내국법인이 이 사건 간접외국납부세액에 관하여 세액공제 방법을 선택하였으나 외국법인세액의 공제 규정 등이 없는 이상 이를 익금에 포함시킬 수 없다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 간접외국납부세액을 익금으로 불산입하여 법인지방소득세의 과세표준을 산정하는 것이 타당하다고 할 것이다.

라) 피고의 주장에 관한 판단

피고는 구 지방세법 제103조의19의 “법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액으로 한다”는 의미는 구 법인세법 제13조에 따른 과세표준과 법인지방소득세의 과세표준이 동일하다는 의미로 해석해야 한다고 주장한다. 그러나 아래와 같은 이유로 구 지방세법 제103조의19의 위 문언은 그 과세표준 계산방법을 법인세법에 따르라는 뜻이라고 해석하는 것이 타당하다. 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다.

① 법해석의 목표는 어디까지나 법적 안정성을 저해하지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 데 두어야 한다. 그리고 그 과정에서 가능한 한 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하여야 하고(대법원 2010. 12. 23. 선고 2010다81254 판결 참조), 특히 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석해야 한다(대법원 2001. 3. 15. 선고 2000두7131 전원합의체 판결 등 참조).

② 그런데 구 법인세법 제13조는 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다”고 규정하면서, 소득의 범위에서 공제할 금액을 이월결손금, 비과세소득, 소득공제액으로 구체화하고 있을 뿐, ‘각 사업연도의 소득’이 무엇인지에 대해 규정하고 있지 않아 위 제13조만으로는 과세표준을 확정적이고 구체적으로 계산할 수 없다. 구 법인세법 제13조는 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 부분의 ‘제1절 과세표준과 그 계산’에 관한 ‘제1관 통칙’ 규정으로서 그 계산을 위해서는 같은 절에 속해있는 각 사업연도의 소득(제14조), ‘제2관’에서 규정한 익금의 범위 및 계산방법, ‘제3관’에서 정하는 손금의 범위 및 계산방법 등 구체적인 과세표준 산정을 위한 정의 규정, 범위에 관한 규정 등의 취지에 따를 수밖에 없다. 즉 구 지방세법 제103조의19의 문언에 따르면 ‘법인세법 제13조에 따라 계산한 금액’이란 법인지방소득세의 과세표준 계산방법을 법인세법 제13조에 따르라는 것이고, 그와 달리 ‘법인세법 제13조에 따라 신고하거나 결정ㆍ경정된 법인세 과세표준’이라고 보기는 어렵다.

이와 같이 법인세의 과세표준을 확정하기 위해서는 과세표준에 관한 통칙인 구 법인세법 제13조만이 아니라 익금 또는 손금의 계산방법 등에 관하여 규정한 취지도 따라야 할 것인데, 특히 세액이 공제된 경우에만 익금에 산입하도록 한 법인세법 제15조 제2항 제2호의 취지에 비추어 보면, 세액이 공제되지 않은 경우에도 법인지방소득세의 과세표준을 산정함에 있어 익금에 산입한다면 이는 실제 소득이 아닌 것에 과세하는 결과가 되어 부당하다.

③ 피고는 법인지방소득세의 과세표준과 법인세의 과세표준을 일치시키는 것이 입법자의 결단이라고 주장하나, 피고가 그 논거로 들고 있는 을 5호증(검토보고서)의 기재를 보더라도 “법인지방소득세 과세표준은 ‘법인세법’과 동일 또는 공유”(9쪽, 17쪽, 23쪽)한다고 기재하는 한편 “지방소득세에 대한 독자적인 과세표준”(22쪽)을 갖게 된다고 기재한 점이나, “개정안(지방세법 제103조의19)에 따르면 지방소득세는 소득세법 및 법인세법상 과세표준을 공유”하게 되는데, “이러한 과세표준을 도출하는 과정에서 반영되는 근로소득공제, 종합소득공제, 손금 및 익금의 산입·불산입 등은 소득세법 및 법인세법과 같은 국세 관련법의 개정을 통해 변경될 수 있는 것들이며, 이에 따라 지방소득세의 과세표준이 영향을 받을 수 있으므로 지방소득세가 국세에서 완전히 독립되었다고 보기는 어려운 측면이 있음”이라고 기재하고 있는 점 등에 비추어보면, 법인지방소득세의 과세표준을 언제나 ‘법인세의 과세표준’ 그대로 사용하는 것이 아니고 ’법인세법‘에 따라 계산한 독자적인 과세표준을 갖게 되는 것으로 해석함이 상당하다.

④ 또한 피고는 법인세 단계에서 외국납부세액에 대한 국제적 이중과세는 완전히 조정된다고도 주장한다. 그런데 원천지국의 법인세율이 우리나라의 법인세율보다 높은 경우 법인지방소득세에 있어서 이중과세의 문제가 존재하게 되고, 외국납부세액에 대한 공제는 앞서 본 바와 같이 이중과세를 조정하기 위한 것으로서 직접외국납부세액을 손금에 불산입하거나 간접외국납부세액을 익금에 산입하여 과세표준을 산정하는 것으로서 이중과세가 조정되는 것이 아니고 그 이후 세액공제를 통해 이중과세가 조정되는 것이므로, 세액공제가 없는 법인지방소득세에서는 법인세 과세표준을 그대로 사용하기 어렵다. 즉 지방소득세의 과세표준을 계산함에 있어 세액공제가 없는 경우에도 외국납부세액을 손금에 불산입하거나 익금에 산입하는 것은 외국납부세액에 대한 공제를 허용하는 구 법인세법 제57조의 취지에 반한다.

⑤ 직접외국납부세액은 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입, 즉 익금이라고 볼 수 없는 것이 명백하고, 구 법인세법 제21조 제1호의 손금불산입 대상으로 법인세법 제57조에 따른 외국법인세액을 포함한다는 의미 역시 세액공제나 적어도 손금산입을 전제로 하는 것이다.

⑥ 구 법인세법 제15조 제2항 제2호는 ‘제57조 제4항에 따른 외국법인세액(세액공제된 경우만 해당한다)에 상당하는 금액’만, 즉 세액공제방법을 선택한 경우에만 익금에 산입하도록 명시하고 있다. 즉 세액이 공제되지 아니한 경우에는 위 의제익금 규정이 적용될 여지가 없다고 할 것이므로, 법인지방소득세에 관하여 공제규정이 없는 이상, 의제익금규정 역시 적용되지 않아야 하고, 따라서 법인지방소득세 과세표준에는 익금으로 산입되지 않아야 한다.

⑦ 피고는, 구 지방세법에서는 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하도록 하고, 지방세특례제한법은 법인지방소득세의 세액공제ㆍ감면을 배제하여 실질적으로 조세를 증가시키기 위해 세액공제 및 감면에 관한 사항을 규정하지 않았다고 주장한다. 그러나 외국납부세액에 대한 세액공제는 동일한 소득에 대한 국제적 이중과세 등 불합리를 시정하기 위해 이루어지는 것으로서, 그 목적이 국내기업의 이중과세를 방지하여 기업의 대외진출을 촉진하고 조세부담면에서 기업의 국내투자와 해외투자 간에 중립성을 보장하는 것이므로, 재해손실세액공제(법인세법 제58조)나 투자세액공제(조세특례제한법 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2, 제25조의3, 제25조의4, 제26조, 제29조의3, 제29조의4, 제94조 등) 등 정책적으로 이루어지는 개별사유로 인한 세액공제와 같이 보기는 어려운 면이 있다.

3) 소결

따라서 이 사건 외국납부세액이 법인지방소득세의 과세표준에 산입됨을 전제로 한 이 사건 처분은 원고의 예비적 주장에 대하여 더 나아가 살필 필요 없이 위법하다.

 
3.  결론

원고의 청구는 이유 있어 모두 인용한다.

관계 법령

▣ 구 지방세법(2016. 12. 27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것)

제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.

제103조의20(세율)

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다.

과세표준	세율
2억 원 이하	과세표준의 1000분의 10
2억 원 초과 200억 원 이하	2백만 원 + (2억 원을 초과하는 금액의 1000분의 20)
200억 원 초과	3억 9천 8백만 원 + (200억 원을 초과하는 금액의 1000분의 22)

② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세율을 제1항에 따른 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다.

제103조의22(세액공제 및 세액감면)

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.

② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

▣ 구 지방세법(2014. 1. 1. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것)

제89조(세율)

① 소득분의 표준세율은 다음과 같다.

구분	세율
소득세분 법인세분	소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10

▣ 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것)

제1조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 
1.  "내국법인"이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다.

 
6.  "연결납세방식"이란 둘 이상의 내국법인을 하나의 과세표준과 세액을 계산하는 단위로 하여 제2장의3에 따라 법인세를 신고·납부하는 방식을 말한다.

 
7.  "연결법인"이란 연결납세방식을 적용받는 내국법인을 말한다.

 
8.  "연결집단"이란 연결법인 전체를 말한다.

 
9.  "연결모법인"이란 연결집단 중 다른 연결법인을 완전 지배하는 연결법인을 말하고, "연결자법인"이란 연결모법인의 완전 지배를 받는 연결법인을 말한다.

제2조(납세의무)

① 다음 각 호의 법인은 이 법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.

 
1.  내국법인

 
2.  국내원천소득이 있는 외국법인

제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 80으로 한다.

 
1.  각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

 
2.  이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

 
3.  이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액

제14조(각 사업연도의 소득)

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

제15조(익금의 범위)

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

 
1.  제52조 제1항에 따른 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 같은 조 제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액

 
2.  제57조 제4항에 따른 외국법인세액(세액공제된 경우만 해당한다)에 상당하는 금액

 
3.  조세특례제한법 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 소득금액

③ 제1항에 따른 수익의 범위와 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제19조(손금의 범위)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 조세특례제한법 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

 
1.  각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조에 따른 외국법인세액을 포함한다) 또는 법인지방소득세와 각 세법에 규정된 의무 불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우의 세액은 제외한다)

제57조(외국 납부 세액공제 등)

① 내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서 "외국법인세액"이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조 제1호에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다.

 
1.  제55조에 따라 산출한 해당 사업연도의 법인세액(토지등 양도소득에 대한 법인세액과 제56조에 따른 미환류소득에 대한 법인세액은 제외한다)에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율(조세특례제한법이나 그 밖의 법률에 따라 면제되거나 세액 감면을 적용받는 경우에는 대통령령으로 정하는 비율)을 곱하여 산출한 금액을 한도(이하 이 조에서 "공제한도"라 한다)로 외국법인세액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법

 
2.  국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법

② 외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 공제한도를 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도 범위에서 공제받을 수 있다.

③ 국외원천소득이 있는 내국법인이 조세조약의 상대국에서 해당 국외원천소득에 대하여 법인세를 감면받은 세액 상당액은 그 조세조약으로 정하는 범위에서 제1항에 따른 세액공제 또는 손금산입의 대상이 되는 외국법인세액으로 본다.

④ 내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 외국자회사로부터 받는 이익의 배당이나 잉여금의 분배액(이하 이 조에서 "수입배당금액"이라 한다)이 포함되어 있는 경우 그 외국자회사의 소득에 대하여 부과된 외국법인세액 중 그 수입배당금액에 대응하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액은 제1항에 따른 세액공제 또는 손금산입되는 외국법인세액으로 본다.

⑤ 제4항에서 "외국자회사"란 내국법인이 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 25(조세특례제한법 제22조에 따른 해외자원개발사업을 하는 외국법인의 경우에는 100분의 5를 말한다) 이상을 출자하고 있는 외국법인으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 법인을 말한다.

⑥ 내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 외국법인으로부터 받는 수입배당금액이 포함되어 있는 경우로서 그 외국법인의 소득에 대하여 해당 외국법인이 아니라 출자자인 내국법인이 직접 납세의무를 부담하는 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우에는 그 외국법인의 소득에 대하여 출자자인 내국법인에게 부과된 외국법인세액 중 해당 수입배당금액에 대응하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액은 제1항에 따른 세액공제 또는 손금산입의 대상이 되는 외국법인세액으로 본다.

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 국외원천소득의 계산방법, 세액공제 또는 손금산입에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

▣ 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것)

제94조(외국납부세액의 공제)

③ 법 제57조 제1항에 따른 외국납부세액은 해당 국외원천소득이 과세표준에 산입되어 있는 사업연도의 산출세액에서 공제하거나 필요경비로 산입한다. 이 경우 법 제57조 제1항을 적용받으려는 내국법인은 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 외국납부세액공제세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑧ 법 제57조 제4항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 다음의 계산식에 따라 계산한 금액을 말한다. 이 경우 외국자회사의 해당 사업연도 법인세액은 다음 각 호의 세액으로서 외국자회사가 외국납부세액으로 공제받았거나 공제받을 금액 또는 해당 수입배당금액이나 제3국(본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소 등을 둔 국가 외의 국가를 말한다) 지점 등 귀속소득에 대하여 외국자회사의 소재지국에서 국외소득 비과세·면제를 적용받았거나 적용받을 경우 해당 세액 중 100분의 50에 상당하는 금액을 포함하여 계산하고, 수입배당금액(외국자회사가 외국손회사로부터 지급받는 수입배당금액을 포함한다)은 이익이나 잉여금의 발생순서에 따라 먼저 발생된 금액부터 배당되거나 분배된 것으로 본다.

외국자회사의 해당 사업연도 법인세액	×	수입배당금액
외국자회사의 해당 사업연도 소득금액 - 외국자회사의 해당 사연연도 법인세액

 
1.  외국자회사가 외국손회사로부터 지급받는 수입배당금액에 대하여 외국손회사의 소재지국 법률에 따라 외국손회사의 소재지국에 납부한 세액

 
2.  외국자회사가 제3국의 지점 등에 귀속되는 소득에 대하여 그 제3국에 납부한 세액

▣ 대한민국과 일본국간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약

제2조

 
1.  이 협약의 적용대상이 되는 조세는 다음과 같다.

 
가.  대한민국의 경우

(1) 소득세

(2) 법인세

(3) 소득세 또는 법인세를 과세표준으로 하여 직접 또는 간접으로 부가되는 농어촌특별세 및

(4) 주민세

(이하 "한국의 조세"라 한다)

 
나.  일본의 경우

(1) 소득세

(2) 법인세 및

(3) 주민세

(이하 "일본의 조세"라 한다)

 
2.  이 협약은 또한 이 협약의 서명일이후 국세든 지방세든 이 조 제1항에서 언급한 조세에 추가 또는 대체하여 부과되는 동일하거나 실질적으로 유사한 조세에 대하여도 적용한다. 양 체약국의 권한있는 당국은 자국세법의 실질적인 개정사항을 그러한 개정후 적당한 기간내에 개정사항을 상호 통보한다.

제23조

 
1.  대한민국외의 국가에서 납부하는 조세에 대한 대한민국의 조세로부터의 세액공제허용에 관한 대한민국 세법의 규정에 따를 것을 조건으로

 
가.  대한민국의 거주자가 이 협약의 규정에 의하여 일본법상 일본에서 과세되는 소득을 일본에서 취득하는 경우에, 당해 소득과 관련하여 납부할 일본의 조세는 당해 거주자에게 부과되어 납부하는 대한민국의 조세로부터 세액공제가 허용된다. 그러나, 세액공제 금액은 당해 소득에 대하여 세액공제전에 적절하게 산출된 대한민국의 조세액을 초과하지 아니한다.

 
나.  일본에서 취득하는 소득이 일본의 거주자인 법인이 배당고지일 직전에 계속하여 6월이상 그 법인의 총 발행주식의 20퍼센트이상을 소유하고 있는 대한민국의 거주자인 법인에게 지급하는 배당인 경우, 세액공제를 함에 있어서 그 배당이 지급되는 이윤과 관련하여 일본법인이 납부하는 일본의 조세를 고려한다.

 
2.  일본 외의 국가에서 납부하는 조세에 대한 일본의 조세로부터의 세액공제 허용에 관한 일본법의 규정에 따를 것을 조건으로

 
가.  일본의 거주자가 이 협약의 규정에 의하여 대한민국에서 과세되는 소득을 취득하는 경우에, 당해 소득과 관련하여 납부할 대한민국의 조세는 당해 거주자에게 부과되어 납부하는 일본의 조세로부터 세액공제가 허용된다. 그러나, 세액공제 금액은 당해 소득에 대하여 적절하게 산출되는 일본의 조세액을 초과하지 아니한다.

 
나.  대한민국에서 취득하는 소득이 대한민국의 거주자인 법인이 이윤의 분배가 발생하는 회계기간의 종료직전 6월동안 배당지급 법인에 의하여 발행된 의결권 있는 주식 또는 당해 법인의 총발생주식의 25퍼센트이상을 소유하고 있는 일본의 거주자인 법인에게 지급하는 배당인 경우, 세액공제를 함에 있어서 그 배당이 지급되는 이윤과 관련하여 대한민국법인이 납부하는 대한민국의 조세를 고려한다.

 
3.  제2항에서 언급한 세액공제의 목적상, 본 협약 서명일 현재 유효한 대한민국에서 경제개발을 촉진하기 위하여 고안된 특별유인조치 또는 현행 조치를 대체하거나 또는 이에 추가하여 장래에 도입할 수 있는 특별유인조치에 따라서 대한민국에서 감면되지 아니하였다면 납부하였을 대한민국의 조세는 대한민국의 법률상 납세자가 이 협약에 따라서 동 액수만큼의 대한민국의 조세를 납부한 것으로 본다. 다만, 상기 조치에 의하여 납세자에게 부여되는 혜택의 범위에 관하여는 양 체약국 정부간에 합의한다.

 
4.  제3항의 규정은 2003년 12월 31일후에 개시되는 과세연도에 일본의 거주자가 취득하는 소득에 대하여 효력이 중지된다.