【판결요지】

국토계획법과 그 관계 법령에서 지구단위계획구역을 지정하여 지구단위계획을 수립하여 그에 따라 토지를 개발하도록 하는 것은 토지를 체계적·계획적으로 관리하기 위한 것이지 개발을 금지하거나 제한하기 위한 것이 아니다. 특별계획구역으로 지정되어 있어서 세부개발계획이 수립되어야 토지 개발을 할 수 있고, 그에 상당한 기간이 소요될 수밖에 없다는 사정은, 원고가 대한○○부지에 대한 세부개발계획이 수립될 수 있도록 필요한 절차를 성실하게 이행하는 등 병원을 건축하기 위해 진지하게 노력하는 한, ’정당한 사유‘가 있었다고 볼 만한 사정이지, 피고 주장과 같이 정당한 사유를 부정할 사유로 볼 수 없다.

【전문】

【주문】

 
1.  제1심 판결을 취소한다.
 
2.  피고가 2020. 2. 10. 원고에 대하여 한 취득세 2,458,019,760원(과소신고가산세 366,240,000원, 납부불성실가산세 260,579,760원 포함), 지방교육세 313,766,960원(납부불성실가산세 39,086,960원 포함), 농어촌특별세 52,390,630원(납부불성실가산세 6,610,630원 포함)의 부과처분을 각 취소한다.
 
3.  소송총비용은 피고가 부담한다.

【이유】

▣청구취지 및 항소취지

주문과 같다.
▣이 유

 
1. 처분의 경위

 
가. 서울특별시장은2006. 6. 8.서울특별시고시 제2006-204호로 서울 금천구 시흥동(이하‘시흥동’이라 한다) 994일대636,393㎡를‘금천구심 제1종지구단위계획구역’으로 결정하고,위 구역에 속한 토지로서 대한○○공장부지로 사용되었던 시흥동113-1○○일대80,985㎡[당초 위 고시에는 그 면적이‘82,982㎡(금천로 면적 제외)’로 표시되었으나,이후 측량에 따라‘80,985㎡’로 변경되었다.이하 변경 전후를 불문하고‘대한○○부지’라 한다]를 특별계획구역(구역명‘대한○○부지 특별계획구역’)으로 지정하였다.대한○○부지는 왕복7차로인 금하로를 사이에 두고 북쪽 부지와 남쪽 부지로 구분되어 있다.
 
나. 주식회사 부○주택(이하‘부○주택‘이라 한다)은2013. 2. 26.대한○○부지를 매수하고 같은 날 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
 
다. 이후 서울특별시장은2015. 2. 26.서울특별시고시 제2015-52호’도시관리계획(금천구심 지구단위계획구역 및 계획)결정(변경)및 지형도면 고시‘로’대한○○부지 중20,000㎡내외‘를’의료시설(종합병원)‘용도로 지정하였다.
 
라. 부○주택이 속한 부영그룹은 피고의 제안에 따라 대한○○부지에서 종합병원을 설치·운영할 목적으로2017. 7. 6.원고를 설립하였고,부○주택은2017. 7. 18.원고에게 대한○○부지 중에서 남쪽 부지인 시흥동996공장용지32,402.4㎡중20,000/32,402.4지분(이하‘이 사건 토지’이라 한다)을 증여하고, 2017. 7. 19.이 사건 토지에 관하여 위 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었다.
 
마. 원고는 이 사건 토지에 관한 취득세,농어촌특별세,지방교육세(이하 통틀어‘취득세 등’이라 한다)에 관하여,이 사건 토지가‘의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당한다고 보아 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24.법률 제16057호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제38조 제1항을 적용하여 구 지방세법(2018. 12. 31.법률 제16194호로 개정되기 전의 것)제11조 제1항 제2호에서 정한1천분의35의 세율에서1천분의10을 감면한2.5%의 취득세율을 적용하였고,이 사건 토지의 과세표준45,780,000,000원에 감면한 취득세율을 적용하여 산정한 취득세 등을 신고·납부하였다.
 
바. 원고가 이 사건 토지를 취득한 이후1년 이상이 경과하였으나,종합병원은 건축되지 않았다.이에 피고는2020. 2. 10. ‘원고가 정당한 사유 없이 이 사건 토지의 취득일부터1년이 경과할 때까지 의료업에 직접 사용하지 아니하였다’는 이유로 구 지방세특례제한법 제178조 제1항 제1호에 따라 감면한 취득세 등을 추징하기로 하여 원고에게 취득세2,458,019,760원,지방교육세313,766,960원,농어촌특별세52,390,630원(각 가산세 포함)을 각 부과하였다(이하‘이 사건 처분’이라 한다).

【인정근거】

다툼 없는 사실,갑 제1, 7, 8호증,을 제2내지5호증의 각 기재,변론 전체의 취지

 
2. 이 사건 처분의 적법 여부

 
가. 원고의 주장

원고는 피고의 적극적인 제안에 따라 대한○○부지에서 종합병원을 설치·운영할 목적으로 설립된 비영리법인으로,부○주택으로부터 이 사건 토지를 증여받은 직후 종합병원 건축을 위한 설계계약,컨설팅계약을 체결한 이래 현재까지 종합병원을 건축하기 위한 노력을 다하였고,현재는 건축허가를 받아 그에 따른 건축절차를 진행하고 있다.다만,이 사건 토지는 하나의 특별계획구역인 대한○○부지에 속해 있는 까닭에 위 특별계획구역에 대한 세부개발계획이 수립되어야 건축허가를 받는 등 구체적인 건축절차에 나아갈 수 있었다.이에 원고는 부○주택과 함께 세부개발계획 작성권자이자 입안권자인 피고와의 협의,서울특별시의 사전검토 등 법령에서 정한 절차를 거쳐 세부개발계획안을 작성하는 등 종합병원 건축을 위해 부단히 노력하여 왔음에도 불구하고,행정절차의 지연,금천구민들의 민원(당초 부○주택이 추진하던 기업형임대주택 건설을 반대하고,분양주택 공급을 요구하는 등의 민원)과 그에 따른 피고와 서울특별시의 보완 요청,피고의 병원부지 확대 요구 등으로 인해 특별계획구역에 대한 세부개발계획 수립 절차가 지연되었다.원고와 부○주택은 세부개발계획이 수립된 이후에도 병원 설계,심의절차,보완 절차 이행 등 병원 건축에 필요한 절차를 순차적으로 진행하였으나 관련 절차를 진행하는 데에 상당한 기간이 걸렸다.더구나 원고가 건축할 병원은 대지면적7,478평,연면적54,600평,지하5층,지상18층 규모에800병상 이상을 갖춘 대규모 종합병원이라는 점에서도 건축에 상당한 시간이 걸릴 수밖에 없다.
이와 같이 원고는 이 사건 토지를 의료업에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나,원고의 책임으로 귀속시킬 수 없는 다양한 사유로 인해 이 사건 토지를 취득한 때부터1년이 경과한 때까지 의료업에 직접 사용하지 못한 것이므로,구 지방세특례제한법 제178조 제1호에서 정한‘정당한 사유’가 있다고 봄이 타당하다.따라서 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
 
나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.
 
다. 관련 법리

구 지방세특례제한법 제38조 제1항,제178조 제1호는 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 경감하되,정당한 사유 없이 그 취득일로부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있다.
위 규정에서 정하고 있는‘정당한 사유’에는 법령에 의한 금지,제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다.그리고 이러한 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는,납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않은 입법 취지를 충분히 고려하면서,그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단,목적사업에 사용할 수 없는 법령상,사실상의 장애사유 및 장애정도,납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원2017. 8. 18.선고2017두42293판결,대법원1996. 1. 26.선고95누13104판결 등 참조).
 
라. 인정사실

1)부○주택의 대한○○부지 취득 및 대한○○부지에 대한 도시관리계획(2003년~2013년)등

가)서울특별시장은2003. 12. 10.서울특별시고시 제2003-395호로 대한○○부지가 포함된 시흥동113-1○○일대249,790㎡를 제1종지구단위계획구역(‘시흥역주변 제1종지구단위계획구역’)으로 결정·고시하였다.
나)이후 서울특별시장은2006. 6. 8.서울특별시고시 제2006-204호로 위 구역을 포함한3개(시흥지구중심,시흥역주변,군부대주변)의 지구단위계획구역을 통합하여 시흥동994일대636,393㎡를‘금천구심 제1종지구단위계획구역’으로 결정하면서,위 구역에 속한 토지로서 대한○○공장 부지로 사용되었던 대한○○부지를 특별계획구역(구역명‘대한○○부지 특별계획구역’)으로 지정하는 도시관리계획(제1종지구단위계획구역 및 계획)결정을 고시하였다.
다)부○주택은2013. 2. 26.대한○○부지를 매수하고 같은 날 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
라)○주택이 대한○○부지를 취득할 당시 시행되던「서울특별시 도시계획 조례」(이하 달리 특정하지 않는 한 개정 전후를 불문하고 위 조례를‘도시계획조례’라고 줄여 표시한다)제35조는‘준공업지역 안에서 건축할 수 없는 건축물’과 관련하여 아래와 같이 규정하고 있었는바,같은 조 제2호에 의하면,준공업지역 안에서는 공동주택을 건축할 수 없으나,공동주택이라도 기숙사나 임대주택법(2015. 8. 28.법률 제13499호‘민간임대주택에 관한 특별법’으로 전부 개정되기 전의 것을 말한다)제16조 제1항 제1호에서 제3호까지의 규정에 의한 임대주택은 건축할 수 있었다.또한 지구단위계획을 수립하여[별표2]에서 정한’산업부지 확보비율‘이상을 확보하고 산업시설을 설치하는 경우에는 기숙사나 임대주택이 아닌 공동주택도 건축할 수 있었는데,위 도시계획조례[별표2]에 의하면,대한○○부지의 경우(사업구역 내 공장비율이50%이상인 경우)에 요구되는 산업부지 확보비율은40%이상이었다(이후[별표2]가2015. 7. 30.개정되면서 그 기준이50%이상으로 상향되었다).

▣ 구 서울특별시 도시계획 조례(2015. 7. 30. 서울특별시조례 제5981호로 개정되기 전의 것) 제35조(준공업지역안에서 건축할 수 없는 건축물) 준공업지역안에서는 영 별표 14 제1호의 각 목의 건축물과 영 별표 14 제2호에 따라 다음 각 호의 건축물을 건축할 수 없다. 1. 「건축법 시행령」 별표1 제1호의 단독주택 2. 「건축법 시행령」 별표 1 제2호의 공동주택[공장부지(이적지 포함)에는 기숙사 및 「임대주택법」제16조 제1항 제1호에서 제3호까지의 규정에 의한 임대주택을 제외한 공동주택을 건축할 수 없다. 다만, 도시환경정비계획 또는 지구단위계획을 수립하여 별표 2에서 정하는 비율 이상의 산업부지를 확보하고 산업시설을 설치하는 경우 그러하지 아니하다] [별표 2] 준공업지역내 공장부지(이적지 포함)에 대한 공동주택 허용기준 (제35조 제2호, 제7호 관련) 2. 산업부지 확보비율 가. 도시계획조례 제35조 제2호 및 제7호의 단서에서 정하는 산업부지 확보비율은 다음과 같다. 다만 사업구역내 공장비율이 10% 미만인 경우 이를 적용하지 않는다. 사업구역내 공장비율 (2008.1.31 기준) 사업구역 면적대비 산업 부지 확보비율 비고 10~30% 미만 10% 이상 사업구역은 준공업지역만을 대상으로 산정한다. 30~50% 미만 30% 이상 50% 이상 40% 이상 나. 산업부지에 설치하는 산업시설의 용적률은 공동주택 부지의 용적률 이상으로 한다. 다. 산업부지중 공공시설로 제공 또는 지방자치단체가 매입하는 부지는 산업시설을 설치한 것으로 볼 수 있다.

 
나. 산업부지에 설치하는 산업시설의 용적률은 공동주택 부지의 용적률 이상으로 한다.
 
다. 산업부지중 공공시설로 제공 또는 지방자치단체가 매입하는 부지는 산업시설을 설치한 것으로 볼 수 있다.
2))종합병원 용도지정(서울특별시고시 제2015-52호),원고의 설립 경위 등

가)관내에 종합병원을 유치하는 것은 금천구의 숙원사업이었다.피고는2013. 10. 15.대한○○부지 특별계획구역 내 기반시설로’종합의료시설(20,000㎡이상)‘을 포함시킨‘금천구심 지구단위계획 재정비계획안’을 열람공고하고, 2014. 1. 17.서울특별시에 주민청원을 제출하는 한편, 2013. 7.경부터 전국 종합병원에 안내 공문을 보내는 등 대한○○부지에 종합병원을 유치하기 위한 노력을 기울여 왔다.
나)그러나 부○주택은 피고가 열람공고한 위 재정비계획안에 관하여 피고와 서울특별시에‘피고가 열람공고한 위 재정비계획안은 부○주택의 사업계획과는 무관하게 종합의료시설을 도시계획시설로 결정하기 위한 일방적인 계획이고,종합병원을 건립하여 운영할 사업자 및 계획 없이 종합의료시설을 도시계획시설로 결정할 경우 장기 미집행시설이 될 우려가 있으며,부당한 토지의 이용제한 및 가치하락 등이 예상되므로,위 재정비계획안을 철회해 달라’는 취지로 이의신청을 하였다.
다)그럼에도 서울특별시장은2015. 2. 26.서울특별시고시 제2015-52호‘도시관리계획 결정(변경)및 지형도면 고시’로 아래와 같이‘대한○○부지 중20,000㎡내외’1)를 의료시설(종합병원)용도로 지정하였다.또한‘대한○○부지 특별계획구역 계획지침’을 변경하여 토지이용계획에“금천구 의료서비스 강화를 위하여 종합병원을 유치하고,구심 배후주거지로서의 기능 강화를 위해 공동주택 건설 등 복합건설 유도※종합병원은 산업부지/공동주택 부지에 상관없이 입지 가능하며,산업부지에 설치 가능한 용도로 인정”을 추가하고,건축물 용도계획 중 불허용도와 관련하여서는‘공동주택’을 불허용도로 그대로 둔 채‘준공업지역 종합발전계획2)에 의할 경우 제외하며,산업부지 개발이 우선하거나 병행되어야 함’이라는 단서를 추가하였다(을 제4호증12, 22면).


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주1)뒤에서 보는 바와 같이,서울특별시장이2020. 11. 12.서울특별시 고시 제2020-458호로 고시한 세부개발계획 결정을 통해 비로소 대한○○부지 내에 설치할 종합병원의 위치와 면적(24,720.6㎡)이 구체적으로 결정되었다.
주2)서울특별시의‘2030준공업지역 종합발전계획’을 의미하는 것으로 보인다.
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라)한편 피고(소관 금천구보건소)는2013. 7.경부터2017년 상반기까지 전국 대부분의 종합병원에 종합병원 유치 안내 공문을 보내는 등 대한○○부지에 종합병원을 유치하려 하였으나,이를 설치·운영하겠다는 대학이나 의료법인은 없었다.
마)그러자 피고는 부○주택에 직접 대한○○부지에 종합병원을 설치·운영할 것을 제안하였다.이에 부영그룹은 대한○○부지에 종합병원을 설치·운영하기 위해 대한○○부지 중 남쪽 부지인 시흥동996공장용지 중20,000㎡,현금450억 원(=건축비250억 원+의료장비 구입 및 운영자금200억 원)을 출연하여2017. 7. 6.원고를 설립하였는바,그중 토지와 건축비250억 원은 원고의 기본재산으로 편입되었다.또한 부영그룹[부○주택,㈜동광주택]은 원고에 대한 설립허가를 받을 당시 종합병원에 대한 설계와 인허가가 이루어진 후 최종 확정된 규모에 따른 건축비 금액에 맞추어 추가로 출연할 것임을 확인하는 내용의 건축비 추가출연 확인서도 제출하였다.
바)이에 따라 부○주택은2017. 7. 18.원고에게 대한○○부지 중 남쪽 부지인 시흥동996공장용지32,402.4㎡중20,000/32,402.4지분(이 사건 토지)을 증여하고, 2017. 7. 19.이 사건 토지에 관하여 위 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐 주었다[대한○○부지에서 종합병원을 설치·운영하기 위해서는 의료법인 설립이 필요했고,의료법인 설립허가를 받기 위해서는 그 법인이 개설하는 의료기관에 필요한 시설이나 시설을 갖추는 데에 필요한 자금을 보유하여야 한다(의료법 제48조).그런데 앞서 본 바와 같이 서울특별고시 제2015-52호로 결정·고시된 도시관리계획상‘대한○○부지 중20,000㎡내외’가 종합병원 용도로 지정되었을 뿐이고,병원부지의 구체적인 위치와 면적은 대한○○부지 특별계획구역에 대한 세부개발계획이 결정·고시되어야 비로소 특정된다.이에 따라 부○주택은 원고에게 위와 같이 지분의 형태로 이 사건 토지를 증여하였다].
3)특별계획구역에 대한 지구단위계획 수립 절차 등

가)대한○○부지는 서울특별시고시 제2005-52호로’금천구심 제1종지구단위계획구역‘내에서 특별계획구역(대한○○부지 특별계획구역)으로 지정된 부지이고,원고가 대한○○부지에 설치하려는 종합병원은 위 고시에 의해 대한○○부지에 설치하는 것으로 결정된 도시계획시설(기반시설)이다.
나)특별계획구역,지구단위계획(도시관리계획)수립에 관한 규정의 내용은 아래와 같다.
(1)국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하‘국토계획법’이라 한다)제49조 제2항의 위임에 따라 국토교통부장관이 정한 훈령인 지구단위계획수립지침은‘특별계획구역’을‘지구단위계획구역 중에서 현상설계 등에 의하여 창의적 개발안을 받아들일 필요가 있거나 계획의 수립 및 실현에 상당한 기간이 걸릴 것으로 예상되어 충분한 시간을 가질 필요가 있을 때에 별도의 개발안을 만들어 지구단위계획으로 수용 결정하는 구역’이라고 정의하고(3-15-1),특별계획구역 지정대상으로 공공사업의 시행,대형건축물의 건축 또는2필지 이상의 토지소유자의 공동개발 기타 지구단위계획구역의 지정목적을 달성하기 위하여 특별계획구역으로 지정하여 개발하는 것이 필요한 경우 등을 규정하고 있다(3-15-2).3)

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주3)국토계획법 시행령 제42조의3제2항은 지구단위계획의 수립기준을 정할 때 고려하여야 할 사항으로 제4호에서‘지구단위계획구역에서 공공사업의 시행,대형건축물의 건축 또는2필지 이상의 토지소유자의 공동개발 등을 위하여 필요한 경우에는 특정 부분을 별도의 구역으로 지정하여 계획의 상세 정도 등을 따로 정할 수 있도록 할 것’을 정하고 있다.
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(2)지구단위계획수립지침3-15-4는 특별계획구역에 대한 지구단위계획 작성절차와 관련하여 아래와 같이 정하고 있다.

⑴ 지구단위계획을 입안할 때 3-14-2의 조건에 해당하는 곳을 ‘특별계획구역’으로 반영하여 함께 지정한다. ⑵ 특별계획구역에 대한 계획내용은 지구단위계획에 포함하여 결정한다. 이 경우 특별계획구역의 지정목적, 전체 지구단위계획과의 관계, 개발방향 등에 대한 사항을 제시한다. ⑶ 결정된 특별계획구역의 계획내용을 기준으로 하여 지방자치단체 또는 토지소유자가 적절한 시기에 상세한 계획안을 작성하도록 한다. ⑷ 이렇게 작성한 계획내용을 별도의 계획 승인과정을 거쳐 도시·군관리계획으로 결정한다. 이 경우 당해부분에 대한 지구단위계획이 수립된 것으로 본다. ⑸ ⑷에서 도시·군관리계획으로 결정하는데 있어 건축물의 용도 등은 물론 건축물의 형태·색채 등 법령에서 지구단위계획으로 결정하도록 한 부분4)

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주4)지구단위계획에 포함되어야 하는 내용과 관련하여 당시 시행 중이던 국토계획법 제52조 제1항 및 같은 법 시행령 제45조 제4항은 다음과 같이 정하고 있다.
▣국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2021. 1. 12.법률 제17898호로 개정되기 전의 것)

제52조(지구단위계획의 내용)

①지구단위계획구역의 지정목적을 이루기 위하여 지구단위계획에는 다음 각 호의 사항 중 제2호와 제4호의 사항을 포함한 둘 이상의 사항이 포함되어야 한다.다만,제1호의2를 내용으로 하는 지구단위계획의 경우에는 그러하지 아니하다.
 
1. 용도지역이나 용도지구를 대통령령으로 정하는 범위에서 세분하거나 변경하는 사항

1의2.기존의 용도지구를 폐지하고 그 용도지구에서의 건축물이나 그 밖의 시설의 용도·종류 및 규모 등의 제한을 대체하는 사항

 
2. 대통령령으로 정하는 기반시설의 배치와 규모

 
3. 도로로 둘러싸인 일단의 지역 또는 계획적인 개발·정비를 위하여 구획된 일단의 토지의 규모와 조성계획

 
4. 건축물의 용도제한,건축물의 건폐율 또는 용적률,건축물 높이의 최고한도 또는 최저한도

 
5. 건축물의 배치·형태·색채 또는 건축선에 관한 계획

 
6. 환경관리계획 또는 경관계획

 
7. 교통처리계획

 
8. 그 밖에 토지 이용의 합리화,도시나 농·산·어촌의 기능 증진 등에 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항

▣국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령

제45조(지구단위계획의 내용)

④법 제52조제1항제8호에서"대통령령으로 정하는 사항"이란 다음 각 호의 사항을 말한다.
 
1. 지하 또는 공중공간에 설치할 시설물의 높이ㆍ깊이ㆍ배치 또는 규모

 
2. 대문ㆍ담 또는 울타리의 형태 또는 색채

 
3. 간판의 크기ㆍ형태ㆍ색채 또는 재질

 
4. 장애인ㆍ노약자 등을 위한 편의시설계획

 
5. 에너지 및 자원의 절약과 재활용에 관한 계획

 
6. 생물서식공간의 보호ㆍ조성ㆍ연결 및 물과 공기의 순환 등에 관한 계획

 
7. 문화재 및 역사문화환경 보호에 관한 계획

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(3)한편 지구단위계획(도시관리계획)은「입안을 위한 기초조사→입안의 제안,입안권자의 지구단위계획안 작성→주민의견청취→자치구의 건축위원회와 도시계획위원회(도시·건축공동위원회)의 자문→입안권자의 지구단위계획안 입안(결정신청)→시·도의 건축위원회와 도시계획위원(도시·건축공동위원회)의 공동심의→지구단위계획 결정 및 지형도면 고시」의 절차에 따라 수립되고(국토계획법 제24조 내지35조,제139조,도시계획조례 제6조,제7조,제17조 등),개발행위허가의 신청 내용이 도시관리계획의 내용에 어긋나지 않아야 개발행위허가를 할 수 있다(국토계획법 제58조).
(4)요컨대,특정 구역이 특별계획구역으로 지정된 경우,①지방자치단체 또는 토지소유자가 특별계획구역의 계획내용을 기준으로 상세한 계획안(세부개발계획안)을 작성하여 입안하면,②결정권자인 시·도지사의 승인(결정)을 거쳐 세부개발계획이 지구단위계획으로 결정·고시되고,③이후 개발행위허가나 건축허가 등 구체적인 개발행위에 나아갈 수 있다.
다)따라서 원고가 대한○○부지에 종합병원을 건축하기 위해서는,우선 그 부지의 위치와 면적뿐만 아니라 건축의 높이ㆍ깊이ㆍ배치 또는 규모,형태,색채 등에 관한 내용이 포함된 세부개발계획이 결정되어야 한다.5)이 있는 경우에는 이들 모두를 도시·군관리계획으로 결정하여야 한다.한편 원고는2017. 10.경 설계 및 도시계획 관련 전문업체로부터’대한○○부지는 국토계획법 시행령 제42조의3및 지구단위계획수립지침에 근거하여 도시관리계획으로 하나의 특별계획구역으로 결정된 구역이므로,세부개발계획 수립절차를 이행하여야 하고,특별계획구역 내에서의 모든 사업시행은 세부개발계획이 수립된 이후에만 가능하므로,별도로 병원부지만의 건축허가 및 착공 등의 이행은 불가능하다‘는 내용의 자문을 받기도 하였다.
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주5)뒤에서 보는 바와 같이 피고는,대한○○부지에 대한 세부개발계획이 결정되기 전이라도 건축허가를 받아 종합병원을 건축할 수 있었다는 취지로 주장하나,그 주장은 근거 없다.
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4)세부개발계획 수립 및 건축허가 절차 진행 경과

가)원고는 설립된 직후2017. 7. 31.종합병원 기획설계에 관한 설계용역계약과 종합병원 건립계획 수립에 관한 컨설팅 용역계약을 체결하는 등 종합병원 건축을 위한 준비에 착수하였다.또한 원고는2017. 8. 9.경부터 피고(금천구)와 종합병원 신축 및 이를 위한 제반 협력 사항에 관하여 수차례에 걸쳐 협의를 하여 왔다.
나)한편 부○주택이 피고에게 이 사건 토지를 증여할 당시 시행되던 도시계획조례(2019. 3. 28.서울특별시조례 제7093호로 개정되기 전의 것,이하‘개정 전 도시계획조례’라 한다)제35조 제1호 및[별표2]는 준공업지역 안에서‘공동주택’건축과 관련하여 아래와 같이 규정하고 있었다[민간임대주택에 관한 특별법이2018. 1. 16.법률 제15356호로 개정되면서’기업형임대주택‘이’공공지원민간임대주택‘으로, ’준공공임대주택‘이’장기일반민간임대주택‘으로 그 명칭이 변경되었다.그에 따라 도시계획조례도2019. 3. 28.서울특별시조례 제7093호로 개정되면서 제35조 제1호 나목의’기업형임대주택‘, ’준공공임대주택‘이’공공지원민간임대주택‘, ’장기일반민간임대주택‘으로 변경되었으나,위 개정으로 위 조항의 실질적인 내용이 변경되지는 않았다].

▣ 구 서울특별시 도시계획 조례(2019. 3. 28. 서울특별시조례 제7093호로 개정되기 전의 것) 제35조(준공업지역안에서 건축할 수 없는 건축물) 준공업지역 안에서는 영 별표 14 제1호의 각 목의 건축물과 영 별표 14 제2호에 따라 다음 각 호의 건축물을 건축할 수 없다. 1. 「건축법 시행령」 별표1 제2호의 공동주택 중 공장부지(이적지 포함)에 건축하는 공동주택. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 그러하지 아니하다. 가. 「건축법 시행령」 별표 1 제2호의 공동주택 중 기숙사 나. 「공공주택 특별법」 제2조 제1호 가목의 공공임대주택, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제4호의 기업형임대주택 및 제5호의 준공공임대주택(단, 임대주택이 아닌 시설이 포함된 경우는 제외한다) 다. 지구단위계획, 「도시 및 주거환경정비법」 제2조 제2호 각 목의 정비사업 또는 「도시개발법」 제2조제1항의 도시개발사업은 별표 2에서 정하는 비율 이상의 산업시설의 설치 또는 산업부지를 확보하고 산업시설을 설치하는 경우 [별표 2] 준공업지역내 공장부지(이적지 포함)에 대한 공동주택 허용기준 (제35조제1호 관련) 2. 산업부지 확보비율 가. 도시계획조례 제35조제1호의 단서에서 정하는 산업부지 확보비율은 다음과 같다. 다만 사업구역내 공장비율이 10% 미만인 경우 이를 적용하지 않는다. 사업구역내 공장비율 (2008.1.31 기준) 사업구역 면적대비 산업 부지 확보비율 비 고 10~20% 미만 10% 이상 사업구역은 준공업지역만을 대상으로 산정한다. 20~30% 미만 20% 이상 30~40% 미만 30% 이상 40~50% 미만 40% 이상 50% 이상 50% 이상 나. 산업부지에 설치하는 산업시설의 용적률은 공동주택 부지의 용적률 이상으로 한다. 다. 산업부지중 공공시설로 제공 또는 지방자치단체가 매입하는 부지는 산업시설을 설치한 것으로 볼 수 있다.

이와 같이 개정 전 도시계획조례 제35조 제1호에 의하면,①공동주택이라도 기숙사(가목)나 임대주택(공공임대주택,기업형임대주택,준공공임대주택)의 경우(나목), [별표2]에서 정하는 산업부지 확보비율과 관계없이,준공업지역 내 공장부지에서 건축할 수 있었고(한편 나목 괄호 규정은’임대주택이 아닌 시설이 포함된 경우는 제외한다‘고 규정하고 있는데,위 괄호 규정 및 도시계획조례 제35조의 문언과 체계,도시계획조례 제35조는 준공업지역에서 건축할 수 없는’건축물‘에 관하여 정한 규정인 점,위 괄호 규정에서 정한’임대주택이 아닌 시설이 포함되어 있는 경우‘는 해당 건축물 자체에 임대주택 용도가 아닌 시설이 포함되어 있는 경우’를 의미한다고 해석된다),②기숙사나 임대주택이 아닌 공동주택(임대주택 등과 구분하기 위해,이하’분양주택‘이라 한다)이라도 지구단위계획에 의해[별표2]에서 정한 비율(산업부지 확보비율)이상의 산업부지를 확보하면 건축이 가능하다.위 규정에 의하면,대한○○부지에서 임대주택이 아닌 분양주택을 건축하기 위해서는 지구단위계획에 의해 사업구역 면적(공공부지 면적 제외)대비50%이상을 산업부지로 확보하여야 했다.
다)이에 부○주택은 대한○○부지 중 병원부지와 공공부지를 제외한 나머지 부지(공동주택부지)6)에 구 민간임대주택에 관한 특별법(2018. 1. 16.법률 제15356호로 개정되기 전의 것,이하 같다)에 따른 기업형임대주택 공급촉진지구 지정 방식으로 기업형임대주택 건설사업을 할 계획으로2017. 11. 7.관련 용역계약을 체결한 후’기업형임대주택 공급촉진지구 지정 제안 및 기업형임대주택 공급촉진지구계획안‘(대한○○부지에 임대주택2,375세대, 700병상 이상 종합병원 건축을 골자로 한 지구계획안)을 마련하여2018. 2. 9.서울특별시에 이를 제출하면서’기업형임대주택 통합심의위원회‘7)의 사전자문을 신청하였다.
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주6)서울특별시고시 제2015-52호에 의하면,대한○○부지를 산업부지와 공동주택부지로 개발하는 방향으로 계획되었던 것으로 보인다.
주7)구 민간임대주택에 관한 특별법 제32조 제1항에서 정한‘기업형임대주택 통합심의위원회’(현행‘공공지원민간주임대주택 통합심의위원회’)를 말한다.위 조항의 내용은 아래와 같다.
제32조(기업형임대주택 통합심의위원회)

①지정권자는 도시계획·건축·환경·교통·재해 등 지구계획 승인과 관련된 다음 각 호의 사항을 검토 및 심의하기 위하여 기업형임대주택 통합심의위원회(이하"통합심의위원회"라 한다)를 둔다.
 
1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시·군관리계획 관련 사항

(이하 각호 생략)

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라)그런데 부○주택이 위와 같이 기업형임대주택 공급촉진지구 지정을 통한 임대주택 건설사업을 추진한다는 사실을 알게 된 금천구민들은 서울특별시와 피고에게 지속적으로 대한○○부지 내에서 임대주택 건설을 반대하고,분양주택 공급확대를 요구하는 취지의 민원을 제기하였다.이에 서울특별시(소관 주택정책과)는 부○주택에2018. 5. 28.위 민원사항을 알리면서’사업계획 추진에 참고하여 검토해 달라‘는 취지의 공문을 보내기도 하였다.
마)서울특별시는 부○주택이2018. 2. 9.에 한 위 기업형임대주택 공급촉진지구 지정 제안 및 관련 사전자문 신청에 대해, 2018. 3.경 부○주택에 주관부서가 기존의’역세권계획팀(임대주택과)‘에서’주택정택팀(주택정책과)‘으로 변경되었다는 취지의 통보를 한 후 기업형임대주택 통합심의위원회에 위 사전자문 신청 안건을 상정하지 않은 채 위 신청일부터5개월 이상 경과한2018. 7. 26.경에 이르러서야 부○주택에 관련부서의 의견을 취합한 검토의견을’보완 알림‘의 형식으로 회신하였다(갑 제9호증).
그 회신에는 아래와 같은 내용이 포함되어 있는바,관련부서가 든 이유는 다소 다양하나,결국①개정 전 도시계획조례 제35조 제1호 단서 각목의 규정과 관계없이 대한○○부지에 공동주택을 건축하기 위해서는 준공업지역 종합발전계획에 따라 부지면적의50%이상을 산업부지로 확보되어야 한다는 이유,②개정 전 도시계획조례 제35조 제1호 나목에 따르면 준공업지역이더라도 임대주택을 건축할 수는 있으나’사업부지 내에 임대주택이 아닌 시설이 포함되지 않은 경우‘에만 가능한데 대한○○부지에는 이미 의료시설이 포함되어 있으므로 위 규정에 따른 임대주택 건설은 불가하고,8)대한○○부지가 개정 전 도시계획조례[별표2]에서 정한 산업부지 확보 비율(50%)을 충족하지 못하여 공동주택 건축이 불가하다는 이유,③금천구민들이 대규모 임대주택 건설을 반대하고 있고,주거형태의 다양화가 필요하다는 등의 이유로 대한○○부지를 기업형임대주택 공급촉진지구로 지정할 수 없다거나 반대한다는 내용이다.

① [서울특별시 주택정책과] 촉진지구로 지정하더라도 지구단위계획이 변경되지 않는 한 도시계획조례 제35조 제1호 각목의 해석 및 적용 여부와 상관없이 기업형임대주택을 건축하기 위해서는 준공업지역 종합발전계획에 따라 부지면적의 50% 이상을 산업부지로 확보되어야 한다. 그런데 대한○○부지 전체(80,985㎡) 중에서 공공시설 부지(17,983㎡)를 제외하고 산정한 종합병원과 업무시설 부지에 해당하는 부분(26,134㎡)의 비율이 41.5%[= 종합병원 및 업무시설 26,134㎡/(전체 80,985㎡ - 공공시설 17,983.8㎡)]이므로 이 요건을 충족하지 못한다. ② [서울특별시 도시계획과] 도시계획조례 제35조 제1호, [별표2]에 따라 임대주택을 건축하기 위해서는 산업부지 50% 이상을 확보하여야 한다. ③ [서울특별시 도시관리과] 도시계획 조례 제35조 제1호 나목에 따르면, 준공업지역 내 공장부지에는 공동주택을 건축할 수 없고, 준공업지역이더라도 임대주택을 건축할 수는 있으나 ‘사업부지 내’에 임대주택이 아닌 시설이 포함되지 않은 경우에만 가능하다. 그런데 대한○○부지에는 이미 의료시설이 포함되어 있으므로 임대주택 건설은 관련 규정에 위배된다. 도시계획조례 [별표2]에 의하면 산업부지에 부지면적의 50% 이상 확보되어야 하는데, 산업부지로 병원부지만 계획되어 있어 50%에 미치지 못하여 산업부지 확보비율 규정에 위배된다. ④ [금천구청] 금천구민들이 대규모 임대주택 건설을 반대하고 있고, 주거형태의 다양화 등을 위하여 분양주택 등을 포함시킬 필요가 있다. 종합병원의 위치를 재검토하고, 그 면적 확대 검토가 필요하다.

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주8)개정 전 도시계획조례 제35조 제1호 나목의 괄호 규정“단,임대주택이 아닌 시설이 포함된 경우는 제외한다”를 근거로 한 것으로 보인다.그러나 앞서 본 바와 같이 위 규정의‘임대주택이 아닌 시설이 포함된 경우’는‘해당 건축물 안에 임대주택 용도가 아닌 다른 용도의 시설이 포함된 경우’라고 해석함이 타당하고, ‘지구단위계획구역 또는 사업부지 안에 임대주택이 아닌 다른 건축물이 포함된 경우’까지 포함하는 것으로 해석할 수는 없다.위 회신 내용은 위 규정을 잘못 해석한 것에 기인한 것으로 보인다.
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바)피고도2018. 9. 7.원고와의 면담 시 금천구민들이 임대주택보다는 분양주택을 선호하고,분양주택을 건설할 경우 용적률 상향이 가능하다고 하면서 대한○○부지에 분양주택(아파트)건설을 제안하며,기업형임대주택 공급촉진지구 지정 제안 및 사전검토 신청을 취하하고,지구단위계획 구역분리 절차를 통해 대한○○부지에서 종합병원 부지를 분리하여 세부개발계획안 수립 절차를 별도로 진행하되 동시에 진행하는 방식으로 진행할 것을 제안하기도 하였다.나아가 피고는2018. 10. 11.경 공문으로 원고에게 종합병원의 부지를 당초 계획된20,000㎡규모에서 대한○○부지 특별계획구역의 남측 토지 전체(32,400㎡)로 확장할 것을 요구하기도 하였다.
사)이에 부○주택은 원고와 협의를 거쳐 진행하던 사업계획을 전면 재검토한 후2018. 12. 18.기업형임대주택 건설촉진지구 지정 관련 사전검토 신청을 취하하는 한편,원고와 협의 하에 서울특별시와 피고의 보완요구 사항 등을 반영하여 대한○○부지에 건축할 공동주택에 분양주택을 포함시키고,병원부지 면적을 종전20,000㎡에서 약25,000㎡로 확대하는 등의 내용을 골자로 한 대한○○부지 세부개발계획안(제안서)을 피고에게 제출하였다.
그런데 위 세부개발계획안에 따르면,대한○○부지(80,965㎡)중 공동주택 부지가 북측 토지 중36,867㎡,산업부지(의료시설 및 업무시설 부지)가 남쪽 부지 중26,134㎡,공공시설부지가17,983.8㎡로,개정 전 도시계획조례[별표2]에서 요구하는 산업부지 확보비율50%에 미치지 못하는 약41.48%[= 26,134㎡/ 63,001.2㎡(80,985㎡-17,983.8㎡)]에 불과하였고,위 요건을 총족하려면 북쪽 부지를 추가로 산업부지(병원 또는 산업시설 용도)로 조성하여야 하는 상황이었다.
아)이에 원고와 부○주택은 도시계획조례[별표2]에서 정한 산업부지 확보비율 요건을’50%이상‘에서 종래9)와 같이’40%이상‘으로 낮추는 방향으로 조례 개정을 추진하기로 하고,시의원 등에게 조례 개정을 청원하였다.원고는2019. 3.서울특별시에 조례 개정 요청 공문을 보내기도 하였다.
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주9)부○주택이 대한○○부지를 취득할 당시 시행되던 도시계획조례(2015. 7. 30.서울특별시조례 제5981호로 개정되기 전의 것) [별표2]에 의하면,대한○○부지의 경우 산업부지 확보비율40%를 확보하면,임대주택이 아닌 공동주택을 건축할 수 있었다.
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이에 따라 서울특별시는2019. 5. 16.서울특별시조례 제7198호로 도시계획조례를 개정하여 아래와 같이[별표2]제2호 라목에“산업시설 중 의료법 제3조의3의 종합병원 또는 초ㆍ중등교육법 제2조의 학교를 설치하는 경우에는 산업부지 확보비율을1단계(10%)하향하여 조정할 수 있다”는 규정을 신설하였다.

▣ 서울특별시 도시계획 조례(2019. 5. 16. 서울특별시조례 제7198호로 개정된 것) [별표 2] 준공업지역내 공장부지(이적지 포함)에 대한 공동주택 허용기준 (제35조제1호 관련) 2. 산업부지 확보비율 가. 도시계획조례 제35조제1호의 단서에서 정하는 산업부지 확보비율은 다음과 같다. 다만 사업구역내 공장비율이 10% 미만인 경우 이를 적용하지 않는다. 사업구역내 공장비율 (2008.1.31 기준) 사업구역 면적대비 산업 부지 확보비율 비 고 10~20% 미만 10% 이상 사업구역은 준공업지역만을 대상으로 산정한다. 20~30% 미만 20% 이상 30~40% 미만 30% 이상 40~50% 미만 40% 이상 50% 이상 50% 이상 나. 산업부지에 설치하는 산업시설의 용적률은 공동주택 부지의 용적률 이상으로 한다. 다. 산업부지중 공공시설로 제공 또는 지방자치단체가 매입하는 부지는 산업시설을 설치한 것으로 볼 수 있다. 라. 제3호 다목에 따른 산업시설 중 「의료법」제3조의3의 종합병원 또는「초ㆍ중등교육법」제2조의 학교를 설치하는 경우에는 가목의 산업부지 확보비율을 1단계(10%) 하향하여 조정할 수 있다.

자)원고와 부○주택은 도시계획조례 개정 추진과 별도로 서울특별시장에 입안할 세부개발계획안 확정을 위한 절차를 진행하였는바,피고와 세부개발계획안에 대한 사전협의(2018. 12. ~ 2019. 3.),주민열람공고(2019. 4. 19. ~ 2019. 5. 2.),피고 도시·건축공동위원회 사전자문(2019. 5. 17.),재열람공고 및 열람의견에 대한 조치계획 수립(2019. 6. ~ 2019. 11.)등의 절차를 거쳤다.피고는2019. 12. 13.서울특별시장에게 위와 같은 절차를 거쳐 확정된 세부개발계획안을 제출하여 세부개발계획 결정을 신청하였다.
차)이후 서울특별시장은2020. 1. 16.부터2020. 10.경까지 교통영향평가위원회 심의,도시·건축공동위원회 심의,열람공고,심의 결과 보완사항에 조치계획 수립 등의 절차를 거쳐2020. 11. 12.서울특별시고시 제2020-458호로 대한○○부지 특별계획구역 세부개발계획 결정 및 지형도면을 고시하였다(갑 제42호증).
카)원고는 도시계획조례가 개정된 이후 서울특별시장에 제출할 세부개발계획안이 확정될 무렵인2019. 10. 21.종합병원 건축을 위한 설계용역계약을 용역대금60억600만 원에 체결하였다.
타)원고와 부○주택은 위와 같이 대한○○부지에 대한 세부개발계획이 결정·고시된 직후인2020. 11. 23.부터 교통영향평가보고서,환경영향평가서,지하안전영향평가서 및 소규모재해영향평가서,교육환경영향평가서 등 건축허가를 받기 위한 제반 서류를 제출하는 등 건축허가에 필요한 절차를 순차적으로 진행한 후2021. 7. 19.피고에게 건축허가 신청[지하5층,지상18층 연면적175,818.02㎡,건물용도:의료시설(종합병원),공공청사 등]을 하여, 2022. 2. 24.건축허가를 받고,병원 건축에 착수한 상태이다.

【인정근거】

다툼 없는 사실,갑 제2내지60호증,을 제1내지8호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함)의 각 기재,변론 전체의 취지

 
마. 구체적 판단

위 인정사실,앞서 채택한 증거나 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 관련 법리에 비추어 살펴보면,원고가 이 사건 토지를 취득한 때(2017. 7. 19.)부터1년이 경과할 때까지 종합병원을 건축하지 못하여 의료업에 직접 사용하지 못한 데에는 구 지방세특례제한법 제178조 제1호에서 정한’정당한 사유‘가 있다고 판단된다.따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
1)구 지방세특례제한법 제38조가 의료법인 등이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서 취득세를 감면하는 취지는 국민의 보건복지증진과 의료시설이 열악한 지역의 의료 환경 개선을 위한 것이다.피고는 금천구의 숙원사업인 종합병원 유치를 위해 특별계획구역으로 지정된 대한○○부지 중20,000㎡정도가 종합병원 용도로 지정되도록 하였으나,종합병원을 설치·운영하겠다는 의료법인 등은 전혀 없는 상황에서,부○주택에 직접 종합병원을 설치·운영할 것을 제안하였다.이에 따라 부○주택은 이 사건 토지와 막대한 현금을 출연하여 비영리법인인 원고를 설립하였다.부○주택이 이 사건 토지를 출연하여 원고를 설립하는 데에 의료업 외의 다른 목적을 찾을 수 없다.이 사건 토지는 원고의 기본재산에 편입되었을 뿐만 아니라 이미 대한○○부지 중20,000㎡내외가 도시관리계획에 의해 종합병원 용도로 지정되어 있는 까닭에 원고가 이 사건 토지를 의료업이 아닌 다른 목적이나 용도로 사용하는 것은 사실상 불가능하다.
2)대한○○부지에 종합병원을 건축하기까지는 상당한 시간이 걸릴 수밖에 없다.
①대한○○부지는 하나의 특별계획구역으로 지정된 부지이고,원고가 건축하려는 종합병원은 도시계획시설로,이를 건축하기 위해서는 우선 대한○○부지에 대한 세부개발계획이 지구단위계획으로 수립되어야 하고,그 세부개발계획에는 종합병원의 부지,위치,규모뿐만 아니라 건축물의 용도·배치·형태 등에 관한 계획,환경관리계획,교통처리계획 등 국토계획법 등에서 지구단위계획으로 결정하도록 정한 모든 사항이 포함되어야 한다.그런데 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시에는’대한○○부지 중20,000㎡내외‘를 의료시설(종합병원)용도로 지정한다는 등의 계획지침만 정해져 있었을 뿐 병원부지의 구체적 위치와 면적도 확정되지 않은 상태였다.
②세부개발계획안을 입안하기 위해서는 사업시행자와 입안권자와의 협의,열람공고와 의견청취 절차 등의 절차를 거쳐야 하고,세부개발계획 입안 이후에도 도시계획위원회의 심의절차 등의 절차를 거쳐 비로소 세부개발계획으로 결정된다.그런데 반드시 그 이해관계가 일치한다고 볼 수 없는 부○주택과 원고뿐만 아니라 입안권자로서 주민들의 민원을 반영하고,행정수요를 최대한 충족하고자 하는 피고의 요구나 의견까지 반영하여 면적이80,000㎡가 넘는 대한○○부지에 대한 세부개발계획안을 작성하고,주민열람공고 등 제반 절차를 거쳐 세부개발계획을 입안하는 데만 해도 상당한 시간이 소요되리라는 점은 어렵지 않게 예상할 수 있다.
④세부개발계획이 수립된 이후에도,세부설계는 물론 도시계획위원회의 심의,교통영향평가,환경영향평가 등의 절차를 거쳐야 건축허가 또는 개발행위허가를 받아 건축행위에 나아갈 수 있는데,원고가 건축하고자 하는 병원은 그 대지 면적이20,000㎡가 넘고,병상 규모가800병상 이상인 대규모 종합병원으로,그 건축허가 절차 진행에 상당한 시간이 소요될 수밖에 없다.
3)원고는 종합병원을 건축하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나,다만 사업의 규모,행정절차의 지연 등 원고가 그 뜻대로 할 수 없는 다양한 사유로 그 유예기간을 경과하였다고 봄이 타당하다.
앞서 본 바와 같이 원고가 건축허가를 받아 착공하기까지는 세부개발계획 수립 등 상당한 기간이 소요되는 여러 절차를 순차적으로 진행하여야 한다.
원고는 이 사건 토지를 취득한 직후부터 종합병원 건축 준비에 착수하여 부○주택 및 피고와의 협의를 진행하여 세부개발계획안이 작성되도록 하였다.원고는 세부개발계획이 조속히 확정될 수 있도록 도시계획조례 개정을 추진하는 한편,피고의 병원부지 확대 요구,병원 설계에 관한 의견 등을 수용하여 부○주택과의 협의를 거쳐 세부개발계획안에 반영하기도 하였다.
대한○○부지에 대한 세부개발계획안은 부○주택은 물론 피고의 의견도 반영하여 작성되어야 하는바,우선 부○주택의 사업계획이 확정되어야 작성될 수 있다.그런데 부○주택으로서는 우선적으로 추진하던 기업형임대주택 건설촉진지구 지정을 통한 사업 시행이 가능한지가 확정된 이후에야 세부개발계획안 작성 절차에 나아갈 수 있었다.부○주택은 위와 같은 사업 추진을 위해 우선 서울특별시에 기업형임대주택 공급촉진지구 지정 제안과 함께 그 계획안을 제출하면서 사전검토를 신청하였는데,서울특별시는 그로부터5개월이나 지난 후에야 금천구 주민들의 임대주택 건설 반대,도시계획조례상의 제한,지구단위계획상의 용도 제한 등의 이유를 들어 사실상 위 제안을 거부하는 취지의 회신을 하였다.그 회신내용이 타당한지 여부를 떠나,서울특별시는 합리적인 기간을 훨씬 경과하여 회신하였다.
한편 개정 전 도시계획조례에 의하더라도 대한○○부지에서 기업형임대주택 건축은 가능하였고,또한 당시의 대한○○부지 특별계획구역에 대한 계획지침에 의하더라도 서울특별시의 준공업지역 종합발전계획에 따라 지구단위계획을 수립하는 경우 공동주택 건축이 가능하였다.따라서 부○주택이 당초 계획한 기업형임대주택 공급촉진지구 지정을 통한 사업 시행이 불가능한 것이었다고 단정하기 어렵고,부○주택이 서울특별시로부터 기업형임대주택 공급촉진지구 지정 제안을 거부당하리라는 점을 예상하면서도 그러한 제안을 하였다고 보기 어렵다.게다가 원고는 부○주택과 별도의 법인격을 가지는 비영리법인이므로,부○주택이 결과적으로 무산된 기업형임대주택 공급촉진지구 지정을 통한 사업을 시도하는 바람에 세부개발계획 수립 절차가 지연되었다 하더라도,이에 대해 원고에게 어떤 책임이 있다고 볼 수 없다.
원고와 부○주택은,서울특별시로부터 기업형임대주택 공급촉진지구 지정 관련 사전자문 신청에 대하여 부정적인 회신을 받은 이후 서울특별시와 피고의 요구 사항 등을 반영하여 세부개발계획 제안서를 다시 작성하여 피고에게 제출하고,피고와의 협의 절차를 거쳐 세부개발계획안을 작성하는 등 종합병원 건축을 위한 행정적 절차를 순차로 진행하여 그 결과2022. 2. 24.건축허가를 받고 공사에 착수하였다.
4)피고는 다음과 같은 사정을 들면서 원고가 이 사건 토지를 취득한 때부터1년의 유예기간 내에 이 사건 토지를 의료업에 직접 사용하기 위한 성실한 노력을 한 것으로 볼 수 없다거나,위 유예기간 내에 의료업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 없다고 주장한다.
①부○주택의 주택개발사업과 원고의 종합병원 신축사업은 별개 사업이므로,반드시 대한○○부지에 대한 하나의 세부개발계획이 수립되어야 하는 것은 아니다.원고는 세부개발계획이 수립되기 전이라도 독자적으로 종합병원 건축을 위한 건축허가를 받을 수 있었다.그런데도 부○주택이나 피고와 협의만 진행하였을 뿐 이 사건 토지를 취득한 때부터1년이 넘는 기간 동안 건축허가 신청조차 하지 않았다.
②국토계획법 제26조 제1항 제2호 및 제5항,국토계획법 시행령 제19조의2제2항 제2호에 따르면,원고는 대한○○부지의2/3이상을 소유하고 있는 부○주택의 동의를 받기만 하면 단독으로 도시관리계획 입안을 제안할 수 있으므로,부○주택의 동의를 받아 독자적으로 대한○○부지에 대한 세부개발계획안을 작성하거나 특별계획구역 분리를 제안하여 부○주택의 사업 시행과 무관하게 종합병원 건축만을 추진할 수 있었는데도 부○주택의 기업형임대주택 촉진지구 지정 제안 및 사전검토 신청 결과를 기다리기만 하였다.
③부○주택과 원고는 대한○○부지가 특별계획구역으로 지정되어 있어 그에 대한 세부개발계획이 수립되어야 부○주택과 원고가 대한○○부지를 개발하거나 병원을 건축할 수 있다는 사실을 잘 알고 있었다.
④원고는 결국 부○주택의 공동주택 건설사업 추진을 위해 종합병원 건축 절차를 진행하지 않은 것인데,부○주택이 대한○○부지를 취득할 때부터 대한○○부지에 공동주택을 건축할 수 없는 제한이 있었고,부○주택은 물론 원고도 이 사건 토지를 취득할 당시부터 그와 같은 장애사유를 잘 알고 있었으므로’정당한 사유‘를 인정할 수 없다.
5)그러나 피고의 위와 같은 주장은,아래와 같은 이유에서 받아들일 수 없다.
①앞서 본 바와 같이 국토계획법,국토계획법 시행령 등 관계 법령에 따르면,대한○○부지에 대한 세부개발계획이 결정·고시되지 않은 이상 원고가 종합병원에 대한 건축허가나 개발행위허가를 받을 수 없다.이와 다른 전제에 선 피고 주장은 받아들일 수 없다[피고는 금천구 홈페이지에 종합병원 건축 경과와 관련하여’부영그룹이 원고를 설립한 후2018년2월 기업형임대주택 공급촉진지구 지정과 지구단위계획 추진을 위해 서울특별시에 사전자문을 신청하였다.대한○○부지 내 대형 종합병원 사업 추진을 위해서는 지구단위계획 세부개발계획 수립·결정이 선행되어야 하기 때문이다.현재 토지소유자가 종합병원과 임대주택 등이 포함된 개발계획(안)을 서울특별시에 사전자문 신청하는 등 관련 절차를 진행하고 있다‘는 내용을 게시한 바도 있다(갑 제16호증의2)].
②부○주택과 원고의 관계,원고의 설립 경위,부○주택의 사업계획이나 추진 경과,개정 전 도시계획조례 제35조 제1호 다목 및[별표1]의 내용,부○주택이 기업형임대주택 촉진지구 지정을 제안하거나 이를 취하한 이유나 경위 등에 비추어 볼 때,부○주택이 대한○○부지 특별계획구역을 분리하는 것에 동의할 리는 없어 보이고,서울특별시장이 그러한 취지의 제안을 수용하였을지도 의문이다.원고로서는 부○주택과 협의하여 대한○○부지에 대한 세부개발계획안을 수립할 수밖에 없었다고 보인다.
③국토계획법과 그 관계 법령에서 지구단위계획구역을 지정하여 지구단위계획을 수립하여 그에 따라 토지를 개발하도록 하는 것은 토지를 체계적·계획적으로 관리하기 위한 것이지 개발을 금지하거나 제한하기 위한 것이 아니다.특별계획구역으로 지정되어 있어서 세부개발계획이 수립되어야 토지 개발을 할 수 있고,그에 상당한 기간이 소요될 수밖에 없다는 사정은,원고가 대한○○부지에 대한 세부개발계획이 수립될 수 있도록 필요한 절차를 성실하게 이행하는 등 병원을 건축하기 위해 진지하게 노력하는 한, ’정당한 사유‘가 있었다고 볼 만한 사정이지,피고 주장과 같이 정당한 사유를 부정할 사유로 볼 수 없다.
④원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 부○주택이 대한○○부지에서 공동주택을 건축하는 데에는 도시계획조례나 도시관리계획상 제한이 있었고,원고가 그러한 사실을 알았다 하더라도 다음과 같은 점에 비추어 볼 때,그러한 사정만으로 지방세특례제한법 제178조 제1호의’정당한 사유‘를 부정할 수 없다.㉠우선 원고는 부○주택과 별개의 법인격을 가지는 비영리법인이고,부○주택의 동의 없이 독자적으로 세부개발계획안을 작성할 수 없다.㉡도시계획조례상으로는 산업부지 확보비율과 관계없이 대한○○부지에서 기업형임대주택을 건축할 수 있었고,도시관리계획(서울특별시고시 제2015-52호)상으로도 도시계획조례[별표2]에서 정한 비율 이상의 산업부지 확보비율 요건만 충족하면 대한○○부지에서 임대주택은 물론 분양주택도 건축할 수 있었다.㉢원고와 부○주택은 병원부지 면적을 종래 지구단위계획에서 정해진 면적(20,000㎡내외)보다 확대하는 한편 도시계획조례[별표2]에서 정한 산업부지 확보비율 요건이 완화되도록 하여 금천구민과 피고가 원하는 대로 분양주택을 건축할 수 있게 하였다.㉣이후에도 원고와 부○주택은 종합병원 건축을 위해 필요한 절차를 별다른 공백 없이 계속 진행하였고,현재 건축허가를 받아 공사절차가 진행 중에 있다.
⑤한편 원고가 이 사건 토지를 취득한 때부터1년 내에 대한○○부지에 종합병원을 건축하지 못할 수 있음을 예상하였거나 예상할 수 있었더라도,다음과 같은 사정,즉㉠종합병원 건축 사업을 진행하기 위해서는 그 사업을 진행할 의료법인이 설립되어 있어야 하는데,의료법인 설립허가를 받기 위해서는 그 법인이 개설하는 의료기관이 필요한 시설이나 시설을 갖추는 데에 필요한 자금을 보유하여야 하는 점(의료법 제48조),㉡피고는 부영그룹에 금천구의 숙원사업인 종합병원 유치를 위해 종합병원을 설치·운영할 것을 제안하였고,부영그룹(부○주택)은 그 제안에 따라 종합병원을 개설·운영할 의료법인을 설립하기 위해 원고에게 이 사건 토지를 증여한 점 등의 사정에 비추어 보면,피고가 주장하는 위 사정만으로 위 유예기간 내에 의료업에 직접 사용하지 못한 데 대한‘정당한 사유’를 부정할 수 없다.
 
3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다.제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소는 이유 있다.제1심 판결을 취소하고,원고의 청구를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지]

관계 법령

▣구 지방세특례제한법(2018. 12. 24.법률 제16057호로 개정되기 전의 것)

제38조(의료법인 등에 대한 과세특례)

① 「의료법」제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는2016년12월31일까지 취득세의100분의75(2017년1월1일부터2018년12월31일까지는100분의50)를 경감[특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는2016년12월31일까지「지방세법」제11조제1항의 세율에서1천분의15(2017년1월1일부터2018년12월31일까지는「지방세법」제11조제1항의 세율에서1천분의10)를 경감하는 것을 말한다]하고,과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는2016년12월31일까지 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)의100분의75(2017년1월1일부터2018년12월31일까지는100분의50)를 경감한다.
제178조(감면된 취득세의 추징)

부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
 
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

▣구 지방세법(2018. 12. 31.법률 제16194호로 개정되기 전의 것)

제11조(부동산 취득의 세율)

①부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
 
1. 상속으로 인한 취득

 
가. 농지: 1천분의23

 
나. 농지 외의 것: 1천분의28

 
2. 제1호 외의 무상취득: 1천분의35.다만,대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은1천분의28로 한다.

【판결요지】

의료법인이 종합병원을 위해 취득한 토지에 대해 취득세 감면을 받고 2개월 동안 개략적인 건축계획과 컨설팅 계약을 체결한 뒤 종합병원을 위한 요구사항을 구청과 시청에 협의하였으나, 취득일로부터 1년 10개월 뒤에야 구체적인 설계계약을 체결하였다. 이는 의료법인의 설립이 인접한 부○주택의 토지에 대한 공동주택 신축과 관련 있는 것으로 결국 조례를 개정하여 공동주택을 신축할 수 있게 되어서야 의료법인이 본격적인 종합병원 설계계약을 체결하였다. 하지만 부○주택과 의료법인은 별개의 법인으로 부○주택이 공공주택을 신축해야만 반드시 의료법인이 종합병원을 신축할 수 있는 것은 아니므로 추징을 제외해야 할 정당한 사유가 있는 것으로 보기에 어렵다. 따라서 의료법인에 대한 추징은 타당함

【전문】

【주문】

 
1.  원고의 청구를 기각한다.
 
2.  소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

▣청 구 취 지

피고가2020. 2. 10.원고에 대하여 한 취득세2,458,019,760원(과소신고가산세366,240,000원,납부불성실가산세260,579,760원 포함),지방교육세313,766,960원(납부불성실가산세39,086,960원 포함),농어촌특별세52,390,630원(납부불성실가산세6,610,630원 포함)의 부과처분을 각 취소한다.
▣이 유

 
1. 처분의 경위

 
가. 주식회사 부○주택(이하‘부○주택‘이라 한다)은2013. 2. 26.대한○○공장 부지로 사용되었던 서울 금천구 시흥동113-1○○포함80,985㎡(이하‘대한○○부지’라 한다)에 관하여 같은 날 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
 
나. 서울특별시장은2015. 2. 26.서울특별시고시 제2015-52호로 지구단위계획구역 및 계획을 변경하는 고시를 하면서,대한○○부지 중20,000㎡를 종합병원 용도로 지정하였다.
 
다. 이에 부영그룹은 이 부분에서 종합병원을 설치·운영하기 위하여2017. 7. 6.원고를 설립하였고,부○주택은2017. 7. 18.원고에게 대한○○부지의 일부인 서울 금천구 시흥동996공장용지32,402.4㎡중20,000/32,402.4지분(이하‘이 사건 토지’라 한다)을 증여하였으며,원고는2017. 7. 19.이 사건 토지에 관하여 위 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
 
라. 원고는 이 사건 토지에 관한 취득세,농어촌특별세,지방교육세(이하 통틀어‘취득세 등’이라 한다)에 관하여,이 사건 토지가‘의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당한다고 보아 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24.법률 제16057호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제38조 제1항을 적용하여 구 지방세법(2018. 12. 31.법률 제16194호로 개정되기 전의 것)제11조 제1항 제2호에서 정한1천분의35의 세율에서1천분의10을 감면한2.5%의 취득세율을 적용하였고,이 사건 토지의 과세표준45,780,000,000원에 감면한 취득세율을 적용하여 산정한 취득세 등을 신고·납부하였다.
 
마. 그러나 원고는 이 사건 토지를 취득한 이후 상당한 기간이 경과하였음에도 종합병원을 건축하지 않았고,이에 피고는2020. 2. 10. ‘원고가 이 사건 토지를 정당한 사유 없이 그 취득일로부터1년이 경과할 때까지 의료업에 직접 사용하지 아니하였다’라는 이유로 구 지방세특례제한법 제178조 제1항 제1호에 따라 감면한 취득세 등을 추징하기로 하여 원고에게 취득세2,458,019,760원,지방교육세313,766,960원,농어촌특별세52,390,630원(각 가산세 포함)을 각 부과하였다(이하‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1, 7호증,을 제3, 4, 5호증의 각 기재,변론 전체의 취지

 
2. 이 사건 처분의 적법 여부

 
가. 원고의 주장

원고는 오로지 종합병원 설치·운영을 목적으로 설립된 비영리법인으로 이 사건 토지를 증여받은 직후 종합병원 건축을 위한 설계계약,컨설팅계약을 체결하고 피고와 종합병원 건축에 관하여 지속적으로 협의하는 등 이 사건 토지를 의료업에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였고,현재도 종합병원 건축을 위한 절차를 지속적으로 진행하고 있다.다만,이 사건 토지가 속한 대한○○부지 전체가 하나의 사업지구로 지정되어 있는 관계로 원고는 이 사건 토지를 제외한 나머지 대한○○부지에 아파트를 건설할 계획인 부○주택과 협조하여 종합병원 건축 계획을 진행하였는데,이와 관련한 서울특별시의 심의 등 행정적인 절차가 지연됨에 따라 원고에게 책임 없는 사유로 종합병원 착공이 함께 지연된 것에 불과하다.따라서 원고에게는 이 사건 토지의 취득일부터1년이 경과할 때까지 이 사건 토지를 의료업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있으므로,이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
 
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
 
다. 관련 법리

구 지방세특례제한법 제38조 제1항,제178조 제1호는 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 경감하되,정당한 사유 없이 그 취득일로부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있다.
위 규정에서 정하고 있는‘정당한 사유’에는 법령에 의한 금지,제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다.그리고 이러한 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는,납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않은 입법 취지를 충분히 고려하면서,그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단,목적사업에 사용할 수 없는 법령상,사실상의 장애사유 및 장애정도,납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원2017. 8. 18.선고2017두42293판결 등 참조).다만 납세의무자가 부동산 취득 당시에 이미 그 유예기간 내에 고유한 업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애 사유가 있음을 알았거나 알 수 있었던 경우에는 그에 대한 취득세 등을 면제받을 수 없다(대법원2012. 2. 23.선고2011두27223판결 등 참조).
 
라. 인정사실

앞서 든 증거들과 갑 제2내지4, 6, 8내지14, 8내지26호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함),을 제1, 2, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실이 인정된다.
1)서울특별시장은2003. 12. 10.난개발을 방지하고 종합적인 토지이용계획을 수립하기 위한 목적에서 서울특별시고시 제2003-395호로 대한○○부지를 제1종 지구단위계획구역으로 지정하였다.
2)서울특별시장은2006. 6. 8.서울특별시고시 제2006-204호로 대한○○부지를 특별계획구역으로 지정하면서,대한○○부지에‘공동주택’용도 건축물을 불허하고,기준 용적률을300%로,허용 용적률을400%이하로 한다고 정하였다(을 제2호증 제57, 58면 참조).
3)부○주택은2013. 2. 26.대한○○부지의 소유권을 취득하였다.
4)금천구 내에 종합병원을 건축하기 위한 피고의 지속적인 노력과 금천구 주민들의 청원에 의하여,서울특별시장은2015. 2. 26.서울특별시고시 제2015-52호로 대한○○부지의 용도지역을‘준공업지역’으로 명시하면서 대한○○부지 중20,000㎡를 종합병원 용도로 지정하였고, ‘공동주택’용도 건축물에 대하여는 여전히 불허하되 다만‘준공업지역 종합발전계획에 의할 경우 제외하며,산업부지 개발이 우선하거나 병행되어야 한다’라는 단서를 기재하였다(을 제4호증 제21, 22면 참조).
5)부영그룹은2017. 7. 6.대한○○부지 중20,000㎡에 종합병원을 설치·운영하기 위하여 원고를 설립하였고,원고는2017. 7. 19.부○주택으로부터 이 사건 토지를 증여받아 그 소유권을 취득하였다.
6)원고는2017. 7. 31.주식회사 디앤디그룹건축사사무소와 사이에 이 사건 토지에 신축할 종합병원의 기획설계(건축물의 규모,현장조사,개략적인 설계개요 및 배치계획 등의 설계)에 관하여 용역대금을9,500만 원으로 하는 설계용역계약을 체결하였고,같은 날 주식회사 코리아엑스포와 사이에 종합병원 건립계획 수립에 관하여 컨설팅 비용을1억 원으로 하는 컨설팅 용역계약을 체결하였다.
7)원고는2017. 8. 9.개최된 간담회에서 피고에게‘이 사건 토지 용적률을500%로 상향 조정할 것,종합병원 지원을 위하여 대한○○부지 일부를 준공업지역에서 일반상업지역으로 변경할 것,종합병원 주출입구 진입도로에4차선 이상의 도로를 확보 및 개설할 것,철도변 도시계획도로 및 완충녹지를 폐지할 것,시흥대로 측변 및 하부에 병원 진입을 위한 좌회전 및 유턴 차로를 개설할 것,서해안고속도로,철도변,고가도로에 방음벽을 설치할 것’을 요구하였다.
8)이에 대하여 피고는 같은 날 원고에게 용도지역 변경 등 지구단위계획 변경의 결정권자는 피고가 아니라 서울특별시장이므로,피고가 독자적으로 결정할 사안이 아니라는 취지의 답변을 하였고, 2017. 8. 31.개최된 실무협의회에서‘서울특별시 준공업지역 관리정책상 일반상업지역으로의 변경은 곤란하고,시흥대로 양측에6m도로 확보 예정이며,철도변 완충녹지 부분 이동으로 도로 개설을 검토하고,방음벽 설치와 관련하여 국회 등과 협력하여 예산에 반영할 예정이다’라는 취지의 답변을 하였다.
10)원고는2017. 9. 12.개최된 간담회에서 다시 피고에게‘이 사건 토지 용적률을500%로 상향 조정할 것,종합병원 주출입구 진입도로에4차선 이상의 도로를 확보할 것,서해안고속도로,철도변,고가도로 방음벽을 설치할 것’을 요구하였고,이에 대하여 피고는 같은 날 원고에게 요구사항에 대하여 최대한 협조하겠다고 답변하면서,종합병원의 세부 개발계획안을 조속히 서울특별시에 상정할 것을 요청하였다.
11)이후 원고는2018. 1. 11.부터2018. 3. 28.까지 금천구청과 수차례 업무협의를 하여 종합병원 건축을 위한 진행상황을 설명하거나 주민설명회 등의 일정에 대한 의견을 교환하였고, 2018. 9. 7.금천구청과 업무협의를 하여 종합병원 신축공사에 착공할 수 있는 방안에 대하여 검토하였다.
12)한편,구 서울특별시 도시계획 조례(2019. 5. 16.서울특별시조례 제7198호로 개정되기 전의 것,이하‘개정 전 도시계획 조례’라 한다)제35조 제1호 본문은‘준공업지역 안에서는 공동주택을 건축할 수 없다’라고 규정하면서,다만 그 단서(다)목에서‘[별표2]에서 정하는 비율 이상의 산업부지를 확보하고 산업시설을 설치하는 경우에는 그러하지 아니하다’라고 규정하고, [별표2]제2호는2008. 1. 31.기준 사업구역 내 공장비율이50%이상인 경우에는 사업구역 면적대비 산업부지 확보비율이50%이상에 이르러야 공동주택 건축이 허용된다고 규정하고 있었다.위 기준에 따를 경우 대한○○부지는 산업부지 확보비율이50%이상에 이르러야 공동주택 건축이 허용되는데,전체 사업구역 면적(공공시설 부지 제외)중 이 사건 토지를 포함한 의료·업무시설 용도의 산업부지가 차지하는 비율이41.48%에 불과하여 개정 전 도시계획 조례상 공동주택을 건축할 수 없는 상태였다.
13)이에 대한○○부지에 공동주택을 신축할 계획을 가지고 있었던 부○주택은2018. 2. 9.서울특별시에 대한○○부지에 기업형 임대주택을 건축하는 것에 대한 사전 자문을 요청하였으나,서울특별시는2018. 7. 26.부○주택에‘지구단위계획이 변경되지 않는 한 개정 전 도시계획 조례에 따라 사업구역 면적의50%이상을 산업부지로 확보하여야 한다’라는 의견을 회신하였다.
14)원고는2019. 3.서울특별시에‘대한○○부지 내 종합병원이 건축될 수 있도록 개정 전 도시계획 조례에서 정한 산업부지 확보 비율을“50%이상”에서“40%이상”으로 개정하여 주기 바란다’는 조례개정 요청 공문을 보냈다.
15)서울특별시는2019. 5. 16.서울특별시조례 제7198호로 개정 전 도시계획 조례를 개정하여[별표2]제2호(라)목에‘산업시설 중 의료법 제3조의3의 종합병원 또는 초ㆍ중등교육법 제2조의 학교를 설치하는 경우에는 산업부지 확보비율을1단계(10%)하향하여 조정할 수 있다’라는 규정을 신설하였다.
16)이후 원고는2019. 10. 21.주식회사 간삼건축종합건축사사무소와 사이에 이 사건 토지에 신축할 예정인 지하5층,지상18층의 종합병원 건축물에 관하여 용역대금을60억600만 원으로 하는 설계용역계약을 체결하였고, 2019. 10. 1.부터2019. 12. 20.까지 위 건축사사무소와 수차례에 걸쳐 종합병원 신축공사의 설계용역에 관한 회의를 진행하였다.
17)원고는 피고에게2020. 11. 23.교통영향평가 보고서를, 2020. 12. 8.환경영향평가서를, 2021. 2. 2.지하안전영향평가서 및 소규모재해영향평가서를 각 제출하고,같은 날 서울특별시 남부교육지원청 교육장에게 교육환경영향평가서를 제출하는 등 건축허가를 받기 위한 제반 서류를 제출하고 이를 보완하는 절차를 진행하고 있으나,현재까지 이 사건 토지에 정작 종합병원을 신축하기 위한 건축허가를 신청하거나 공사에 착공하지는 않고 있다.
 
마. 판단

위 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면,원고가 이 사건 토지의 취득일로부터1년이 경과할 때까지 이 사건 토지를 의료업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.이와 다른 전제에서 한 원고의 주장은 이유 없다.
①원고는2017. 7. 19.이 사건 토지를 취득한 후2017. 7. 31.개략적인 건축계획에 대한 설계용역계약과 컨설팅 용역계약을 체결하고, 2017. 8.및9.경 피고에게 종합병원의 건축을 위한 요구사항을 제기하고 이에 대한 답변을 듣는 등 협의과정을 거쳤으나,이후에는 금천구청과 일반적인 일정에 관한 회의 등을 진행하는 것 외에는 이 사건 토지에 종합병원을 건축하기 위한 별다른 절차를 진행하지 아니하였다.이후 개정 전 도시계획 조례가 개정되자2019. 10. 21.경에 종합병원 신축공사에 대한 구체적인 설계용역계약을 체결하였으나,이후 다시 별다른 절차를 진행하지 않다가2020. 11.경에서야 종합병원 건축을 위한 제반 서류를 제출하기 시작하였다.
②이처럼 원고는 약2년 이상의 기간 동안 부○주택이 대한○○부지 중 이 사건 토지를 제외한 나머지 토지에 공동주택을 신축할 수 있도록 개정 전 도시계획 조례가 개정되기를 기다렸을 뿐이고,위 조례가 개정되고 설계용역계약을 체결한 후에도 약1년간 이 사건 토지에 종합병원을 신축하기 위한 별다른 절차를 진행하지 아니하였다.결국 원고는 약3년 이상의 기간 동안 이 사건 토지를 의료업에 직접 사용하기 위한 절차를 진행하지 아니하였는바,이는 종합병원의 신축에 필요한 합리적인 준비기간을 현저히 초과한 것에 해당한다.
③원고가 부○주택으로부터 이 사건 토지를 증여받은 것은 사실이나,원고와 부○주택이 별개의 법인이고,원고가 이 사건 토지의 소유자인 이상 부○주택의 공동주택 신축과 원고의 종합병원 신축이 반드시 동시에 진행되어야 하는 것은 아니다.따라서 부○주택이 개정 전 도시계획 조례에 따를 경우 대한○○부지에 공동주택을 신축할 수 없었다는 사정은 원고가 이 사건 토지에 종합병원을 신축할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유에 해당하지 않고,그 밖에 원고가 약3년 이상의 기간 동안 종합병원 건축을 위한 절차를 거의 진행할 수 없을 정도로 심각한 장애사유가 있었다고 볼 만한 사정은 없다.
④더욱이 대한○○부지는2006. 6. 8.이미 특별계획구역으로 지정되어 공동주택 건축이 불가하였는데,부○주택은 그 이후인2013. 2. 26.대한○○부지를 취득하였고,원고는2017. 7. 19.대한○○부지 내의 이 사건 토지를 취득하였으므로,원고와 부○주택은 그 취득 당시 이미 지구단위계획이 변경되거나 관련 규정이 개정되지 않는 한 대한○○부지에 공동주택을 건축하는 것이 허용되지 않는다는 사정을 잘 알고 있었다고 할 것이다.이러한 점에서도 원고가 부○주택의 공동주택 건축을 위하여 종합병원 신축 절차를 진행하지 않은 것에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.
⑤원고가2020. 11.경부터 행정기관에 종합병원 건축을 위한 다수의 서류를 제출하고 있고,그 과정에서 행정기관의 서류보완 요구나 대한○○부지 내 멸종위기야생생물 발견 등 사정으로 종합병원 건축 절차가 더욱 지연되고 있음은 인정된다.그러나 이는 이 사건 토지 취득일로부터1년의 기간이 훨씬 경과하여 발생한 사정으로서 이미 구 지방세특례제한법 제178조 제1항 제1호에서 정한 취득세의 추징 요건을 충족하고 난 후의 사정에 불과하므로,그러한 사정만으로는 이 사건 처분이 위법하다고 보기 어렵다.
 
3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지]

관계 법령

▣구 지방세특레제한법(2018. 12. 24.법률 제16057호로 개정되기 전의 것)

제38조(의료법인 등에 대한 과세특례)

① 「의료법」제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는2016년12월31일까지 취득세의100분의75(2017년1월1일부터2018년12월31일까지는100분의50)를 경감[특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는2016년12월31일까지「지방세법」제11조제1항의 세율에서1천분의15(2017년1월1일부터2018년12월31일까지는「지방세법」제11조제1항의 세율에서1천분의10)를 경감하는 것을 말한다]하고,과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는2016년12월31일까지 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)의100분의75(2017년1월1일부터2018년12월31일까지는100분의50)를 경감한다.
제178조(감면된 취득세의 추징)

부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
 
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

▣구 지방세법(2018. 12. 31.법률 제16194호로 개정되기 전의 것)

제11조(부동산 취득의 세율)

①부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
 
1. 상속으로 인한 취득

 
가. 농지: 1천분의23

 
나. 농지 외의 것: 1천분의28

 
2. 제1호 외의 무상취득: 1천분의35.다만,대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은1천분의28로 한다.
▣구 서울특별시 도시계획 조례(2019. 5. 16.서울특별시조례 제7198호로 개정되기 전의 것)

제35조(준공업지역안에서 건축할 수 없는 건축물)

준공업지역안에서는 영 별표14제1호의 각 목의 건축물과 영 별표14제2호에 따라 다음 각 호의 건축물을 건축할 수 없다.
 
1. 「건축법 시행령」별표1제2호의 공동주택 중 공장부지(이적지 포함)에 건축하는 공동주택.다만,다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 그러하지 아니하다. 
가. 「건축법 시행령」별표1제2호의 공동주택 중 기숙사

 
나. 「공공주택 특별법」제2조제1호가목의 공공임대주택,「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제4호의 공공지원민간임대주택 및 제5호의 장기일반민간임대주택(단,임대주택이 아닌 시설이 포함된 경우는 제외한다)

 
다. 지구단위계획,「도시 및 주거환경정비법」제2조제2호 각 목의 정비사업 또는「도시개발법」제2조제1항의 도시개발사업은 별표2에서 정하는 비율 이상의 산업시설의 설치 또는 산업부지를 확보하고 산업시설을 설치하는 경우

[별표2]

준공업지역내 공장부지(이적지 포함)에 대한 공동주택 허용기준(제35조제1호 관련)

 
2. 산업부지 확보비율

 
가. 도시계획조례 제35조제1호의 단서에서 정하는 산업부지 확보비율은 다음과 같다.다만 사업구역내 공장비율이10%미만인 경우 이를 적용하지 않는다.

사업구역내 공장비율 (2008.1.31 기준)	사업구역 면적대비 산업 부지 확보비율	비 고
10~20% 미만	10% 이상	사업구역은 준공업지역만을 대상으로 산정한다.
20~30% 미만	20% 이상
30~40% 미만	30% 이상
40~50% 미만	40% 이상
50% 이상	50% 이상

 
나. 산업부지에 설치하는 산업시설의 용적률은 공동주택 부지의 용적률 이상으로 한다.
 
다. 산업부지중 공공시설로 제공 또는 지방자치단체가 매입하는 부지는 산업시설을 설치한 것으로 볼 수 있다.
▣서울특별시 도시계획 조례(2019. 5. 16.서울특별시조례 제7198호로 개정된 것)

[별표2]

준공업지역내 공장부지(이적지 포함)에 대한 공동주택 허용기준(제35조제1호 관련)

 
2. 산업부지 확보비율

 
가. 도시계획조례 제35조제1호의 단서에서 정하는 산업부지 확보비율은 다음과 같다.다만 사업구역내 공장비율이10%미만인 경우 이를 적용하지 않는다.

사업구역내 공장비율 (2008.1.31 기준)	사업구역 면적대비 산업 부지 확보비율	비 고
10~20% 미만	10% 이상	사업구역은 준공업지역만을 대상으로 산정한다.
20~30% 미만	20% 이상
30~40% 미만	30% 이상
40~50% 미만	40% 이상
50% 이상	50% 이상

 
나. 산업부지에 설치하는 산업시설의 용적률은 공동주택 부지의 용적률 이상으로 한다.
 
다. 산업부지중 공공시설로 제공 또는 지방자치단체가 매입하는 부지는 산업시설을 설치한 것으로 볼 수 있다.
 
라. 제3호다목에 따른 산업시설 중「의료법」제3조의3의 종합병원 또는「초ㆍ중등교육법」제2조의 학교를 설치하는 경우에는 가목의 산업부지 확보비율을1단계(10%)하향하여 조정할 수 있다.