【판결요지】

부동산 양도 당시 기준시가가 7억원 이상임에도 3억원을 실지거래가액이라 주장하였으며 일반적이지 않은 저렴한 가격으로 거래할 만한 특별한 사정이 있었다고 볼 수 없는 점 등을 종합할 때 신뢰할 수 없는 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의해 취득가액 및 양도가액을 산정하여야 하나, 종전 건물은 멸실되어 무허가 신축된 해당 건물이 이미 존재하고 있었던 이상 부동산의 대지 및 종전 건물의 지분을 대상으로 삼아 기준시가를 적용하고 양도소득세를 부과한 처분은 취소되어야 한다.

【전문】

【주문】

 
1.  제1심 판결을 취소한다.
 
2.  피고가 1999. 4. 9. 원고에 대하여 한 양도소득세 158,753,400원의 부과처분을 취소한다.
 
3.  소송비용은 제1, 2심 모두 피고의 부담으로 한다.

【이유】

 
1.  양도소득세부과처분의 경위

【증거】

다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제12호증의 1, 2, 갑 제22호증, 갑 제25호증, 갑 제26호증의 2, 갑 제27호증의 1, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 1, 2, 을 제6호증, 을 제7호증의 1 내지 4, 을 제10호증의 1, 2, 을 제21호증, 을 제22호증의 1, 2의 각 기재, 갑 제19호증의 14의 일부 기재, 제1심 증인김형구의 일부 증언, 제1심 감정인김명환의 시가감정결과, 변론의 전취지

 
가.  원고는 1988. 8. 30.김종건과함께유준향,김영남,오병국으로부터 서울 중구남창동 46-32대 90.6㎡(이하 ‘이 사건 대지’라고 한다) 및 그 지상 목조함석지붕 단층 영업소 204.73㎡ 내 63.04㎡(이하 ‘종전건물’이라고 한다)를 매수하였고, 같은 해 9. 20. 위 각 부동산 중 각 2분의 1 지분에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤다.
 
나.  이 사건 대지의 인접 토지들인 서울 중구남창동 46-10, 36, 37(이 3필지는 후에46-10으로 합필되었다) 위에는 원래 목조 함석지붕 2층 영업소가 있었는데, 원고와김종건은1989년경 종전건물을 철거한 후 위 인접 토지의 소유자들과 함께 이 사건 대지를 포함한 4필지의 토지 위에 세멘벽돌조 스라브즙 판넬마감 지하 1층 지상 4층 층당 면적 약 272.34㎡의 상가건물 1동(명칭: 윙스타운)을 신축하여(그에 따라 종전건물과 종전 2층 영업소 건물은 현존하지 않는다, 이하 신축된 건물을 ‘이 사건 건물’이라고 한다) 그 내부를 수백 개의 점포로 나눈 다음 상인들에게 이를 분양하였으며, 위 신축행위에 관하여 건축허가를 받지 못하였기 때문에 이 사건 건물의 지분권에 관한 거래는 편의상 종전건물과 종전 2층 영업소 건물의 등기부를 이용하여 이루어지고 있다.
 
다.  원고는 1996. 5. 3.홍성수에게 이 사건 대지와 건물 중 자신의 지분을 양도한 다음(같은 해 6. 21. 이 사건 대지와 종전건물 중 각 2분의 1 지분에 관하여홍성수명의로 소유권이전등기가 경료되었다), 1997. 5. 31.경 피고에게 양도소득세 과세표준 확정신고를 하면서 이 사건 대지와 종전건물 중 각 2분의 1 지분을 350,000,000원에 매수한 뒤 이를 300,000,000원에 매도함으로써 양도차손 50,000,000원이 발생하였으므로 납부할 세액이 없다고 신고하였다.
 
라.  그러나 피고는, 원고가 실지거래가액으로 신고한 취득가액 및 양도가액이 신빙성이 없다고 보고, 이 사건 대지와 종전건물 중 각 2분의 1 지분의 기준시가에 의하여 양도차익을 계산한 다음 그에 따라 1999. 4. 9. 원고에게 양도소득세 158,753,400원의 부과고지처분(이하 ‘이 사건 과세처분’이라고 한다)을 하였다.
 
2.  이 사건 과세처분의 적법 여부

 
가.  원고의 주장

원고는, 첫째 양도소득세의 과세통지에 있어서는 납세고지서에 과세연도, 세목, 과세표준, 세율, 세액 및 그 산출근거 등 필요한 사항을 기재하여 통지하도록 되어 있음에도 이 사건 과세처분에 있어서는 토지, 건물별로 양도가액과 취득가액의 산정 근거와 금액을 구체적으로 밝히지 않았으므로 이 사건 과세처분은 절차상 위법하며, 둘째 원고가 신고한 취득가액 및 양도가액이 진정한 것임에도 이 사건 과세처분은 이를 무시하고 기준시가를 토대로 양도소득세를 산출하였으므로 위법하다고 주장한다.
 
나.  원고의 첫 번째 주장에 대한 판단

(1) 관계법령

별지 [1]과 같다.
(2) 판단

을 제15호증(결정전조사결과통지서, 갑 제5호증과 같다)의 기재 및 변론의 전취지에 의하면 피고는 이 사건 과세처분시 납세고지서에 과세연도, 세목, 과세표준, 세액 및 그 산출근거 등을 명시하여 원고에게 통지한 사실을 인정할 수 있는바, 그렇다면 피고는 국세징수법, 소득세법 소정의 통지를 다한 것이라고 할 것이고, 나아가 원고가 주장하는 바와 같은 토지, 건물별 양도가액과 취득가액의 산정 근거와 금액은 밝히지 않았다고 하더라도 이는 위 법률들이 요구하는 통지사항이라고 볼 수 없어 이 사건 과세처분이 절차상 위법하다고 할 수 없으므로 이에 관한 원고의 주장은 이유 없다.
 
다.  원고의 두 번째 주장에 대한 판단

(1) 관계법령

별지 [2]와 같다.
(2) 판단

(가) 부동산의 양도로 인하여 발생하는 양도소득 금액은 취득 및 양도 당시의 기준시가에 의하여 산정하되, 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지관할세무서장에게 신고하는 경우에는 실지거래가액에 의하여 산정하도록 되어 있으며, 다만 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우에는 실지거래가액 적용대상에서 제외할 수 있다.
(나) 한편, 양도차익을 산정함에 있어 양도가액을 실지거래가액에 의할 때에는 취득가액도 실지거래가액에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의할 때에는 취득가액도 기준시가에 의하여야 한다.
(다) 그러므로 먼저, 원고가 그 주장과 같이 이 사건 대지와 건물 중 자신의 지분을 300,000,000원에홍성수에게 양도하였는지 여부에 관하여 보건대(원고는 처음에 이 사건 대지와 건물 중 자신의 지분을홍성수에게 양도하였다고 주장하였다가 그 후 이를 번복하여 자신은 이 사건 건물에 대해서는 아무런 권리가 없고홍성수에게 양도한 것은 이 사건 대지에 관한 자신의 지분만이라고 주장하고 있으나 위에서 본 사실관계에 비추어 볼 때 위와 같은 원고의 새로운 주장은 이를 그대로 믿기 어렵다), 이에 부합하는 증거로서 원고가 양도소득세 과세표준 확정신고 당시 제출한 서류로는 갑 제2호증(매매계약서, 을 제2호증의 4와 같다), 갑 제4호증(거래사실확인원, 을 제2호증의 5와 같다)이 있으나 위 증거들은 을 제17호증, 을 제18호증의 1 내지 3의 각 기재와 서로 부합하지 않을 뿐 아니라 ① 원고가홍성수에게 자신의 지분을 양도할 당시 이 사건 대지와 종전건물 중 원고 지분에 관하여는홍성수을근저당권자로 하는 채권최고액 300,000,000원의 1990. 11. 20.자 근저당권이 설정되어 있었고, 그 외에도 이 사건 대지 중 원고 지분에 관하여 서울특별시 중구청 명의의 1992. 3. 9.자 압류등기가 경료되어 있었음에도(갑 제3호증의 1, 2, 을 제3호증) 위 매매계약서(갑 제2호증)상 근저당권의 피담보채권, 압류집행채권을 어떻게 처리정산할 것인지에 관하여 아무런 특약을 두고 있지 않은데 이는 통상적인 거래관행에 비추어 쉽게 납득하기 어려운 점, ② 이 사건 건물은 앞에서 본 바와 같이 이 사건 대지와 인접 3필지 토지에 걸쳐 건축된 무허가 상가건물로서 비록 편의상 그 소유자들의 권리관계를 종전건물 등기부를 이용하여 표시하여 왔다 하더라도 그 등기부의 표제부와 실제 현황이 서로 부합하지 않으므로 원고와 양수인인홍성수사이에 이 사건 건물 중 원고의 지분에 상응하는 점포수를 확정하는 절차가 필요하였을 것으로 보이는데 위 매매계약서에는 이에 관한 아무런 언급이 없는 점, ③ 기준시가는 통상적으로 실지거래가액보다 낮음에도 원고가 주장하는 이 사건 대지 및 건물 중 원고 지분의 실지거래가액은 이 사건 대지 중 원고 지분의 기준시가인 724,800,000원의 41.39% 정도에 불과할 뿐인데(을 제14호증, 을 제16호증) 원고가 이 사건 대지 및 건물 중 원고 지분을 그와 같이 저렴한 가격으로 양도할 만한 특별한 사정이 보이지 않는 점, ④ 제1심 감정인김명환의 시가감정결과에 의하더라도 이 사건 대지 중 원고 지분의 시가는 443,668,200원에 이르고, 이 사건 건물 중 원고 지분의 재산적 가치 또한 이 사건 건물이 남대문 주변 상가지대 내에 위치하고 있는 점을 감안하면 상당할 것으로 추측되는 점, ⑤홍성수는원고 지분을 포함하여 이 사건 대지 전부와 이 사건 건물 일부를 양수한 후 1999. 11. 3.경부터 2000. 2. 10.경까지 사이에최혜란외 53인에게 이 사건 대지 및 건물의 지분을 잘게 나누어 양도하였는데(물론 이 사건 건물 지분의 양도를 위해서는 종전건물의 등기부를 이용하였다) 그 양도한 지분이 원고로부터 양수한 지분과 크게 다르다고 볼 아무런 자료가 없음에도 그 양도대금의 합계는 1,104,000,000원으로서(을 제11호증의 1 내지 54) 원고가 주장하는 거래대금의 3.5배 이상에 달하는 점 등 제반 사정에 비추어 볼 때 이를 그대로 믿기 어렵다고 할 것이고, 위와 같이 원고가 양도소득세 과세표준 확정신고 당시 피고에게 제출한 증빙서류만으로는 이 사건 대지 및 건물 중 원고 지분의 실지양도가액이 확인되지 아니하는 이상 피고가 이를 실지거래가액 적용대상에서 제외한 것은 적법하다고 할 것이다.
(라) 다만, 피고는 이 사건 과세처분을 위해 기준시가에 따라 취득가액 및 양도가액을 산출함에 있어 이 사건 대지 중 원고 지분과 함께 종전건물 중 원고 지분을 그 대상으로 삼았는데, 원고가 자신의 지분을홍성수에게 양도할 당시 이 사건 대지 위에는 종전건물은 이미 현존하지 않고 대신 무허가로 신축된 이 사건 건물이 존재하고 있었고, 비록 등기부상으로는 원고가 종전건물에 관한 자신의 지분을홍성수에게 양도한 것으로 처리하였지만 실제로는 이 사건 건물에 관한 자신의 지분을 양도한 것임은 위에서 본 바와 같으므로 실질과세의 원칙상 피고로서는 마땅히 멸실된 종전건물이 아닌 이 사건 건물 중 원고의 지분이 거래의 대상으로 된 것으로 보아 그 취득가액 및 양도가액을 산출하였어야 할 것인바, 이를 간과하고 이미 멸실된 종전건물을 대상으로 한 이 사건 과세처분은 결국 위법하다고 할 것이다(덧붙여 살피건대, 이 사건 건물 중 원고 지분의 양도차익을 산정함에는 종전건물의 철거 및 이 사건 건물의 신축 등에 소요된 비용의 산출이 선행되어야 할 것인데 이 사건 과세처분에는 이 점이 전혀 고려되지 않았고, 원고와 사정이 동일한 공유자김형구에 대하여는 양도소득세가 부과조차 되지 않았을 뿐 아니라, 원고로부터의 양수인인홍성수에 대한 취득세액은 위 신고된 300,000,000원의 거래가액을 그대로 인정한 것인바, 이러한 제반 사정을 감안할 때 이 사건 과세처분은 형평의 원칙 등 과세의 적정성을 심히 결하였다 할 것이다).
 
3.  결론

그렇다면, 이 사건 과세처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고 이 사건 과세처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다

【판결요지】

부동산 매매계약에 즈음하여 원고의 지분(점포수)를 확정하였다고 볼 만한 아무런 자료가 없으며 양도 당시 기준시가가 7억원 이상에 달하는 데 비해 원고는 3억원을 실지거래가액이라 주장하나 통상적인 경우와는 반대로 거래할 만한 특별한 사정이 있었다고 볼 수 없는 점 등을 종합할 때, 신뢰할 수 없는 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의해 취득가액 및 양도가액을 산정하여 소득세를 부과한 처분은 정당하다.

【전문】

【주문】

 
1.  원고의 청구를 기각한다.
 
2.  소송비용은 원고의 부담으로 한다.

【이유】

 
1.  과세처분의 경위

 
가.  원고는 1988. 8. 30.김종건과 함께유준향외 2인으로부터 서울 중구남창동 46-32대 90.6㎡(이하 ‘이 사건 대지’라 한다) 및 그 지상 목조함석지붕 단층 영업소 204.73㎡(이하 ‘종전건물’이라 한다)를 매수하였고, 같은 해 9. 20. 위 각 부동산 중 각 2분의 1 지분에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤다.
 
나.  원고는 1989.경 인접 3필지 토지의 소유자들과 함께 이 사건 대지를 포함한 4필지의 토지 위에 세멘 벽돌조 스라브즙 판넬마감 지하 1층 지상 4층 규모의 상가건물 1동을 증축한 후(그에 따라 종전건물은 현존하지 않는다, 이하 증축된 건물을 ‘이 사건 건물’이라 한다),윙스타운이라는 이름을 붙여 건물 내부를 수백 개의 점포로 나눈 다음 개별 상인들에게 이를 분양하였는데 위 증축행위에 관하여 건축허가를 받지 못하였기 때문에 종전건물에 대한 등기부는 그대로 남아 있게 되었고, 이 사건 건물의 지분권 등 소유관계는 등기부를 통하여 공시되지 않고 있다.
 
다.  원고는 1996. 5. 3.홍성수에게 이 사건 대지와 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다) 중 자신의 지분을 양도한 다음(같은 해 6. 21. 이 사건 대지와 종전건물 중 2분의 1 지분에 관하여홍성수명의로 소유권이전등기가 경료되었다), 1997. 5. 31.경 피고에게 양도소득세 과세표준 확정신고를 하면서 이 사건 대지 및 종전건물을 금 350,000, 000원에 매수하여 이 사건 부동산을 금 300,000,000원에 매도함으로써, 오히려 양도차손 금 50,000,000원이 발생하였으므로 납부할 세액이 없다고 신고하였다.
 
다.  그러나 피고는, 원고가 실지거래가액으로 신고한 취득가액 및 양도가액의 내용이 신빙성이 없다고 보고, 기준시가에 의하여 양도차익을 계산한 다음 그에 따라 1999. 4. 9. 원고에게 양도소득세 금 158,753,400원을 부과고지하는 이 사건 처분을 하였다.
[증거]다툼없는 사실, 갑3의 1, 2, 을1의 1, 2, 을2의 1을6, 을7의 1 내지 4, 을8의 1, 2, 감정인김명환의 시가감정결과, 변론의 전취지

 
2.  과세처분의 적법 여부

 
가.  원고의 주장

원고의 신고 내용은 모두 진정한 것으로서 신빙성이 있으므로, 이를 부인하고 기준시가에 의하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
 
나.  관계법령

구 소득세법(1998. 12. 28. 법률 제5580호로 개정되기 전의 것) 제96조 제1호, 제97조 제1항 제1호 가목, 제100조 제1항 본문, 구 소득세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15969호로 개정되기 전의 것) 제166조 제4항 제3호의 규정을 종합하면, 부동산의 양도로 인하여 발생하는 양도소득 금액은 취득 및 양도 당시의 기준시가에 의하여 산정하되, 양도차익을 산정함에 있어서는 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 기준기사에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 하며, 다만 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지관할세무서장에게 신고하는 경우에는 실지거래가액에 의하여 산정하도록 규정하면서 이 경우 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우에는 실지거래가액 적용대상에서 제외할 수 있다고 규정하고 있다.
 
다.  판단

먼저 원고가 그 주장과 같이 이 사건 부동산을 금 300,000,000원에 양도하였는지 여부에 관하여 보면, 이에 부합하는 갑2(매매계약서), 갑4(거래사실확인원)는 그 진정성립을 인정할 만한 자료가 없는 데다가 ① 이 사건 부동산에 관하여는 양도 당시민병철에 대한 금 300,000,000원의 1990. 11. 20.자 근저당권,홍성수에 대한 금 300,000,000원의 1996. 5. 9.자 근저당권이 각 설정되어 있고, 서울특별시중구청장 명의의 1992. 3. 9.자 압류등기가 경료되어 있었음에도(갑3의 1, 2) 위 매매계약서(갑2)상 근저당권의 피담보채무, 가압류채무를 어떻게 처리정산할 것인지에 관하여 아무런 특약을 두고 있지 않는데 이는 통상적인 거래관행에 비추어 쉽게 납득하기 어려운 점, ② 이 사건 건물은 앞서 본 바와 같이 이 사건 대지와 인접 3필지 토지에 걸쳐 건축된 상가건물로서 그 소유자들의 권리관계가 명확히 공시되고 있지 않았음에도 원고와 양수인인홍성수사이에 매매계약에 즈음하여 이 사건 건물에 대한 원고의 지분, 즉 원고가 보유하는 점포수를 확정하였다고 볼 만한 아무런 자료가 없는 점, ③ 위 매매계약서상홍성수의 주소는 서울 서초구방배동 929-10대아빌라 301호로 기재되어 있으나홍성수의 주민등록초본(을4)에 의하면홍성주는위 주소지에 거주한 사실이 없는 것으로 확인되는 점, ④ 이 사건 부동산의 양도 당시의 기준시가가 금 725,272,800원임에 반하여 원고가 주장하는 실지거래가액은 기준시가의 41.44% 정도에 불과할 뿐만 아니라 기준시가는 통상적으로 실지거래가액보다 낮음에도 위와 같이 기준시가의 50%에도 미치지 못하는 가격으로 이 사건 부동산을 양도할 만한 특별한 사정이 있었다고 볼 수 없는 점, ⑤ 위 감정결과에 의하더라도 이 사건 대지의 시가는 금 443,668, 200원에 이르고, 이 사건 건물은 남대문주변 상가지대 내에 위치하고 상업지역 중심과의 접근성이 매우 양호하며 교통시설의 이용이 편리하기 때문에 그 재산적 가치가 상당하리라고 쉽게 추측할 수 있는 점, ⑤홍성수는이 사건 부동산을 양수한 후 1999. 11.경부터 2000. 2.경까지 사이에최혜란외 53인에게 이 사건 대지 및 건물의 지분을 나누어 합계 금 1,103,000, 000원에 양도하였는데(을11의 1 내지 55) 이는 원고가 주장하는 종전 매매대금의 3.5배 이상에 달하는 점 등 제반 사정에 비추어 볼 때 원고가 주장하는 이 사건 부동산의 실지 양도가액은 이를 그대로 믿기 어렵다 할 것이고, 달리 이를 인정할 만한 뚜렷한 증거가 없다.
따라서 위와 같이 원고가 양도소득세 과세표준 확정신고 당시 피고에게 제출한 증빙서류만으로는 이 사건 부동산의 실지 양도가액이 확인되지 아니하는 이상, 피고가 이를 실지거래가액 적용대상에서 제외하고 취득가액 및 양도가액을 기준시가에 따라 계산하여 양도소득세를 부과한 것은 적법하다 할 것이다.
 
3.  결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 주문과 같이 판결한다.