【판결요지】

조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세·재정정책을 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼, 조세에 관한 법규·제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 구법질서에 의거한 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다든지 하는 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없다. 특히 구 조특법상의 연구·인력개발비 세액공제 및 이월공제 규정은 정책적 목적에 의한 특혜로서 이러한 제도는 사회환경이나 경제여건의 변화에 따라 탄력적으로 운용되는 성격이 더욱 강하다. 원고는 이 사건 연구비 등에 대하여 2014~2017 사업연도 법인세에서 세액공제 혜택을 받았고, 약 4년에 걸쳐서 개정 지방세법에 따라 산출된 2014~2017 사업연도 법인지방소득세를 이미 신고·납부하였다. 개정 지방세법의 취지는 소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과·징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환하여 재원을 확보하고 지방자치발전에 기여하려는 것이다. 그에 반해 납세의무자가 받는 불이익은 기대했던 세액공제액이 11분의 1 만큼 줄어드는 정도에 불과하다.

이러한 사정들을 종합하여 볼 때, 위와 같은 기대는 법적으로 보호할 필요성이 있는 신뢰에 해당한다고 보기 어렵다.」

【전문】

【주문】

 
1.  원고의 항소를 기각한다.
 
2.  항소비용은 참가로 인한 부분을 포함하여 모두 원고가 부담한다.

【이유】

▣청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다.피고가2018. 11. 16.원고에 대하여 한 별지‘이 사건 거부처분 목록’기재 법인지방소득세 경정거부처분을 모두 취소한다.
▣이 유

 
1. 제1심판결의 인용

이 법원이 적을 이유는 아래 제2항과 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 외에는 제1심판결의 이유와 같으므로,행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.
 
2. 고쳐 쓰거나 추가하는 부분

 
가.  8면3행의“개정 지방세법은”앞에 아래「」내용을 추가한다.
「특히 지방소득세가2010. 1. 1.지방세법 개정을 통해 신설된 이후2010. 3. 31.지방세에 관한 기본적 사항과 부과ㆍ징수에 필요한 사항 및 위법 또는 부당한 처분에 대한 불복절차,지방세 범칙행위에 대한 처벌에 관한 사항 등을 규정한 지방세기본법과 과세면제 및 경감에 관한 규정,각 세목별로 감면적 성격이 강한 비과세 규정 및 지방자치단체의 감면에 관한 조례 중에서 전국 공통으로 적용되는 감면사항을 일괄 규정한 지방세특례제한법이 지방세법으로부터 분리 제정됨으로써,지방세 관련 규정이 체계화되고 법인세와의 구별도 보다 명확해졌다.」

 
나.  9면9행과10행 사이에 아래「」내용을 추가한다.
「가사 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 위와 같은 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도,납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다(대법원2001. 5. 29.선고98두13713판결 등 참조).이 사건에서의 종전 규정인 지방세법 제89조 제1항,제94조제1항은 법인지방소득세의 세액 산출방식만을 규정하였지 직접 부과(비과세)내지 감면을 규정한 것은 아니다.세액공제 및 이월공제를 규정한 구 조특법 제10조,제144조는 연구·인력개발비 등을‘법인세’에서 공제한다고 규정하고 있을 뿐이다.구 지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 과세표준으로 삼고 있었다고 하더라도,앞서 본 지방세와 법인세의 관계,규정의 체계 및 내용 등에 비추어 볼 때,위 구 조특법 규정을 통해 법인지방소득세에 대하여도 비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기는 어렵다.
결국 이 사건 연구비 등의 이월공제에 관하여 개정 지방세법 부칙 제15조에 따라 구 지방세법 및 구 조특법이 적용된다고 볼 수 없다.」

 
다.  9면 하단1행부터10면6행까지“마)앞서 본 것과 같이…취급할 수는 없다.”를 아래「」내용으로 고쳐 쓴다.
「마)구 지방세법상 법인지방소득세는 법인세액을 과세표준으로 하고 있어서,납세의무자로서는 연구비 등을 지출함에 있어 최저한세 적용에 따른 제한 등으로 당해에 감면받지 못할 연구비 등도 추후5년간 이월하여 법인세와 마찬가지로 법인지방소득세에서도 공제받을 수 있으리라 기대하였을 수 있다.
그렇지만 이는 구 조특법에서 직접 이월공제의 대상으로 명시한‘법인세’에 대한 이월공제가 향후5년 동안 유지될 것을 신뢰한 것과는 다르다. ‘법인지방소득세’에 관한 납세의무자의 기대는 법인지방소득세의 과세표준이 향후5년 동안 그대로 유지되어 법인세에 대한 이월공제의 혜택을 법인지방소득세에 대하여도 계속해서 누릴 수 있다고 기대한 것에 불과하다.법인세는 당해 사업연도의 수익이 발생하여야 부과되고 그에 대한 공제도 이루어질 수 있는 것이므로,원고가 이 사건 연구비 등을 지출할 당시 법인지방소득세의 과세요건 내지는 공제요건이 모두 충족되었다고 보기 어렵다.또한 이 사건 연구비 등의 지출로 인하여 원고가 일정한 법적 지위를 취득하였다거나 법률관계를 형성하였다고 볼만한 사정도 없다.원고가 이 사건 연구비 등을 지출한 것은 기술개발을 통한 경쟁력을 확보하기 위한 목적에서 이루어진 것이고,법인세에 관하여는 세액공제 및 이월공제가 유지되고 있는바,구 지방세법에 따른 법인지방소득세액에 대하여도 이월공제의 효과를 누릴 수 있다고 신뢰한 것이 이 사건 연구비 등 지출의 직접적인 유인이나 동기가 되었다고 보기 어렵다.
조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세·재정정책을 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼,조세에 관한 법규·제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 구법질서에 의거한 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다든지 하는 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없다.특히 구 조특법상의 연구·인력개발비 세액공제 및 이월공제 규정은 정책적 목적에 의한 특혜로서 이러한 제도는 사회환경이나 경제여건의 변화에 따라 탄력적으로 운용되는 성격이 더욱 강하다.원고는 이 사건 연구비 등에 대하여2014~2017사업연도 법인세에서 세액공제 혜택을 받았고,약4년에 걸쳐서 개정 지방세법에 따라 산출된2014~2017사업연도 법인지방소득세를 이미 신고·납부하였다.개정 지방세법의 취지는 소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과·징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환하여 재원을 확보하고 지방자치발전에 기여하려는 것이다.그에 반해 납세의무자가 받는 불이익은 기대했던 세액공제액이11분의1만큼 줄어드는 정도에 불과하다.
이러한 사정들을 종합하여 볼 때,위와 같은 기대는 법적으로 보호할 필요성이 있는 신뢰에 해당한다고 보기 어렵다.」

 
라.  16면 지방세법 부칙<제12153호, 2014. 1. 1.>에“제2조(일반적 적용례)이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.다만,제8장 지방소득세(제103조의29의 개정규정은 제외한다)에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.”를 추가한다.
 
3. 결론

그렇다면 원고의 청구를 기각한 제1심판결은 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

【판결요지】

구 지방세법 하에서 연구비 등이 법인지방소득세에서 세액공제 및 이월공제를 받을 수 있었던 것은 법률상 보호되는 권리가 아니라 일종의 반사적 이익에 불과하므로, 개정 지방세법에 의하여 원고가 법인지방소득세와 관련하여 연구비 등에 대한 세액공제의 이익을 누릴 수 없게 되었다고 하더라도, 그러한 이익을 받는 자들과 비교할 때 불합리한 차별이라고 볼 수는 없다.

【전문】

【주문】

 
1.  원고의 청구를 모두 기각한다.
 
2.  소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

▣청 구 취 지

피고가2018. 11. 16.원고에 대하여 한 별지‘이 사건 거부처분 목록’기재 법인지방소득세 경정거부처분을 모두 취소한다.
▣이 유

 
1. 처분의 경위

 
가. 원고는1983. 2.경 반도체 생산업 등을 목적으로 설립된 법인이다.
 
나. 원고는2009사업연도부터2013사업연도 기간 동안 연구·인력개발비 등(이하‘이 사건 연구비 등’이라 한다)을 지출하였고,이는 구 조세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12173호로 개정되기 전의 것,이하‘구 조특법’이라 한다)제10조에 따라 세액공제의 대상에 해당하였으나, 2009사업연도까지2013사업연도에 원고에게 결손(缺損)이 발생함에 따라 최저한세액 제한 등으로 인하여 원고는 해당 연도 동안 이 사건 연구비 등에 대하여 세액공제를 받지 못하였다.
 
다. 원고는 위와 같이 최저한세액 제한 등으로 공제받지 못한 이 사건 연구비 등에 관하여,구 조특법 제144조 제1항의 이월공제 규정에 따라 세액공제를 하여2014사업연도부터2017사업연도까지의 법인세를 신고·납부하였다.
 
라. 한편 지방세법이2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정되면서(이하 법률 제12153호로 개정되기 전 지방세법을‘구 지방세법’,법률 제12153호로 개정된 지방세법을‘개정 지방세법’이라 한다),법인지방소득세의 산정방식이‘법인세액’을 과세표준으로 하던 부가세 방식에서‘법인세 과세표준’을 과세표준으로 삼는 독립세 방식으로 변경되었다.
이에 따라 원고는2014사업연도부터2017사업연도까지의‘법인세 과세표준‘을 과세표준으로 적용하여 산출한 법인지방소득세를 신고·납부하였고,당시 원고는 이 사건 연구비 등에 대하여 구 조특법 제144조 제1항에 따른 이월공제를 적용하지 않았다.
 
마. 그 후 원고는2018. 10. 8.피고에게 법인지방소득세에 대하여도 구 조특법 제10조,제144조 제1항에 따라 이 사건 연구비 등이 이월공제되어야 한다고 주장하면서, 2014사업연도부터2017사업연도까지 별지‘이 사건 거부처분 목록’표의‘세액’란 기재 각 금액 상당의 법인지방소득세를 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였다.
 
바. 피고는2018. 11. 16.원고에게‘지방세법이2014. 1. 1.개정됨에 따라 지방소득세가 독립세 방식으로 전환되었으므로, 2014년 이후 소득에 대한 법인지방소득세는 개정된 과세체계를 적용하여야 하고,개정 지방세법 제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항을 지방세특례제한법에서 정하도록 하였으나,현행 지방세특례제한법에는 관련 규정이 없다’는 이유로 이 사건 경정청구를 거부하는 처분(이하‘이 사건 각 처분’이라 한다)을 하였다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1, 2호증(가지번호 각 포함,이하 같다),을 제1호증의 각 기재,변론 전체의 취지

 
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부에 관한 판단

 
가. 원고의 주장

이 사건 각 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.
1)구 지방세법은 법인지방소득세를 법인세액에 일정한 비율을 곱하여 산출하는 방식을 취하고 있었는데,지방세법이2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정되면서 종전에 위와 같이 소득세나 법인세의 부가세 형태로 부과·징수되었던 지방소득세가 독립세 방식으로 전환되었다.
한편 원고가2009사업연도부터2013사업연도까지 지출한 이 사건 연구비 등은 구 조특법 제10조에 따라 법인세 세액공제의 대상이나,결손에 의한 최저한세액 제한으로 인하여 구 조특법 제144조 제1항에 따라2014사업연도부터2017사업연도까지 이월하여 법인세액에서 공제되었다.
그런데 앞서 본 바와 같이 구 지방세법상 법인지방소득세는 법인세의 부가세 형식으로 규정되어 있었으므로,이와 같이 법인지방소득세를 부가세 방식으로 규정한 구 지방세법 제94조 제1항,제89조 제1항을 포함한 구 지방세법의 체계는 개정 지방세법 부칙 제15조의'지방세 부과 또는 감면에 관한 종전 규정‘에 해당하고,그 연장선에서 구 지방세법에 따라 법인세의 공제세액만큼 구 지방소득세도 함께 감면되는 것이 단지 예정되어 있었다고 볼 것이 아니라,개정 지방세법 시행 전 이미 확정되었다고 보아야 한다.
즉,이 사건 연구비 등이 지출된2009사업연도부터2013사업연도 당시 이미 구 조특법 제10조에 따른 세액공제의 요건이 충족되어 있었으므로,개정 지방세법 시행 이전에 이미 법인세의 공제세액은 확정된 것이고,그에 비례하여 지방소득세 역시 감면되는 것으로‘확정’된 것이다.
따라서 이 사건 법인지방소득세는 개정 지방세법 부칙 제15조의‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’에서의‘종전의 규정에 따라 감면하였거나 감면하여야 할 지방세’로서 위 경과규정의 적용을 받는다.
바꾸어 말하면,지방소득세가 부가세에서 독립세로 변경된 것은 과세방식에 관한 입법기술 상의 차이일 뿐 본질적인 차이를 갖는 것은 아니므로,개정 지방세법 부칙 제15조에서 규정하고 있는‘종전의 규정에 따라 감면하였거나 감면하여야 할 지방세’에는 이 사건 법인지방소득세와 같이 법인세가 감면됨으로써 구 지방세법 제94조 제1항,제89조 제1항에 의하여 감면되는 법인지방소득세도 포함된다고 해석하여야 한다.
2)원고는 법인지방소득세에 대하여2014사업연도부터2017사업연도까지 총4년간 이 사건 연구비 등의 세액공제(이월공제)를 받는다는 점에 대하여 구체적인 신뢰를 가지고 있었으므로,이러한 신뢰는 보호되어야 한다.
3)구 지방세법이 개정되면서,개인지방소득세와 관련한 특례조항은 지방세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12175호로 개정된 것,이하‘지특법’이라 한다)제93조 내지 제176조로 규정된 반면,법인지방소득세와 관련된 특례조항은 배제되었다.위와 같은 개정 내용에 따라 법인지방소득세와 관련하여 개정 지방세법에 따를 경우 구 지방세법 시행 당시에 비하여 세액 부담이 증가하게 되었는데,이와 같이 세액 부담이 증가하게 되면,그 동전의 양면과 같이 종전의 구 지방세법에서는 증가한 세액만큼의 감면규정이 존재하였다고 해석할 수밖에 없으므로,이러한 측면에서 보더라도 개정 지방세법 부칙 제15조가 적용되어야 한다.
4)나아가 이 사건 연구비 등에 대한 법인지방소득세 이월공제를 부정한다면, “결손금이 발생하여 해당 사업연도에 연구비 등의 지출에 관한 세액공제를 받지 못한 납세자”와“당기순이익이 발생하여 해당 사업연도에 연구비 등 지출에 관한 세액공제를 받은 납세자”를,연구비를 지출한 해당 사업연도에 수익이 악화되었는지 여부와 같은 우연한 사정에 따라 불합리하게 차별하는 결과를 가져 온다.
 
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
 
다. 이 사건 각 처분의 적법(適法)

1)관련 법리

가)구 지방세법에 관하여

구 지방세법 제89조 제1항,제94조 제1항은 법인지방소득세에 관하여‘법인세액의10/100’을 세율로 하여 산정하도록 규정하고 있고,한편 법인세액은 법인세 과세표준에서 법인세 세율을 곱하고 세액 등을 공제하여 산출한다.
구 지방세법 당시 시행 중이던 구 조특법 제10조는 일정한 요건을 충족한 연구·인력개발비는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있고,구 조특법 제144조는 위 제10조에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은,해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 법인세에서 공제할 수 있도록 규정하고 있다.
위 각 규정을 종합하여 보면,구 지방세법에서는 법인지방소득세가 법인세액을 기초로 산출됨으로써 법인세액 산정 시 반영된 구 조특법 제10조,제144조에 따른 연구비 등의 세액공제 및 이월공제의 효과를 함께 누리는 구조로 규정되어 있었다.
나)개정 지방세법에 관하여

그런데 지방세법이2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정되면서 종전에 소득세나 법인세의 부가세 방식으로 부과·징수하고 있었던 지방소득세가 독립세 방식으로 전환되었다.이에 따라 개정 지방세법 제103조의19에서 법인지방소득세의 과세표준을‘법인세법 제13조에 따라 계산한 금액’으로 정하고,제103조의20에서 법인지방소득세의 표준세율을 규정함으로써,법인지방소득세는 법인세 과세표준에 지방소득세 표준 세율을 곱하여 산출되게 되었고,한편 지방세법 제103조의22에 따라 지방소득세에 대한 세액공제ㆍ감면 등은 지특법 등에 의하여 별도로 규정되게 되었다.
그런데 지특법은 개인지방소득세에 관하여는 연구비 등에 대한 세액 특례조항을 두고 있으나,법인지방소득세에 대하여는 연구비 등의 세액공제에 관한 감면규정을 두고 있지 않다.
요약하면,개정 지방세법 시행 후에는 법인세에 관하여는 여전히 구 조특법 제10조,제144조에 따라 지출한 연구비 등의 세액공제 및 이월공제가 가능하나,법인지방소득세에 관하여는 더 이상 세액공제 및 이월공제를 받을 수 없게 되었다.
다)조세법률주의의 원칙

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며,특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원2003. 1. 24.선고2002두9537판결).그리고 과세대상이 된 재산이 비과세 혹은 감면대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 증명책임이 있다(대법원1996. 4. 26.선고94누12708판결 참조).
2)판단

위와 같은 조세엄격해석주의의 법리,구 지방세법,구 조특법,지특법 등의 문언에 갑 제3호증,을 제1, 2호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면,원고의 주장을 받아들일 수 없다.
가)지방세와 법인세는 전체적인 구조와 목적에 차이가 있고,구 지방세법상 법인지방소득세는 비록 법인세액을 그 과세표준으로 하지만 법인세의 부가세가 아니라 엄연한 독립세로서 그 부과주체,부과요건,부과절차 등이 서로 다른 별개의 조세이며(대법원2000. 10. 27.선고2000다25590판결 등 참조),개정 지방세법은 법인지방소득세에 관하여 개별적인 사유에 의한 세액공제나 감면 등은 지특법 등에서 법인세와 별도의 규정을 마련하도록 하고 있다.한편 구 조특법 제10조는 소득세법에 따른 소득세,법인세법에 따른 법인세에 관한 특례조항임을 그 문언상 명백하게 하고 있을 뿐,법인지방소득세를 그 적용대상으로 하고 있지 않다.
나)구 지방세법 시행 당시 법인지방소득세에 관하여도 소득세나 법인세를 대상으로 한 구 조특법 제10조,제144조의 세액공제 및 이월공제의 혜택이 있었던 것은,법인지방소득세가 위 세액공제 및 이월공제의 적용을 받는‘법인세’를 과세표준으로 하였기 때문에 받은 혜택에 불과할 뿐이고,이를 넘어 법인지방소득세가 구 조특법 제10조,제144조의 직접 적용을 받음으로써 조세를 감면받았다고까지 볼 수는 없다.
즉,지방세법 개정 전 법인지방소득세에 관하여 연구비 등의 세액공제 및 이월공제 효과가 발생한 것은,구 지방세법이 법인세를 기초로 법인지방소득세를 산정하는 방식을 채택하였기 때문에 발생한 반사적 이익에 해당할 뿐이다.그리고 이와 같은 해석이‘명백한 특혜규정’인 감면요건 규정을 엄격하게 해석하여야 한다는 조세엄격해석주의의 법리에도 부합한다.
다)개정 지방세법 부칙 제15조는‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있다.
그런데 앞서 본 바와 같이 법인지방소득세는 구 조특법 제10조,제144조에 따른 세액공제 및 이월공제 효과를 반사적으로 누렸을 뿐이므로,이 사건 연구비 등이 개정 지방세법 부칙 제15조에서 규정하고 있는‘감면하였거나 감면하여야 할 지방세’에 해당한다고 볼 수 없다.또한 법인지방소득세에 관한 구 지방세법 제89조 제1항,제94조 제1항은 법인지방소득세의 세액 산출방식을 규정하였을 뿐이므로,개정 지방세법 부칙 제15조에서 정하고 있는‘종전의 규정’에 해당한다고 볼 수 없다.1)

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주1)원고가 구 지방세법 제89조 제1항,제94조 제1항과 같은 전체적인 체계가 감면조항에 해당한다고 보아야 한다는 근거로 주장하는 대법원1985. 4. 9.선고83누453판결은 감면규정의‘준용규정’을 삭제한 경우 이에 대한 납세의무자의 신뢰를 보호하여야 한다는 것으로,이 사건과 달리 감면규정을 준용하는 명문의 규정이 있었던 사안으로 이 사건에 그대로 원용할 수 없다.나아가 원고가 원용하는 대법원2015. 9. 24.선고2015두42152판결 역시 별도의 특례규정이 존재하였던 사안에 관한 것이므로,법인지방소득세에 관하여 명문의 감면규정이 존재하지 않는 이 사건에 그대로 원용할 수 없다.
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나아가 이 사건 연구비 등에 대한 세액공제 및 이월공제 규정은 구 지방세법이 아닌 별개의 법률인 구 조특법 제10조,제144조에 각 규정되어 있는데,위와 같이 구 지방세법과 구별되는 구 조특법의 규정이 개정 지방세법 부칙 제15조에서 정한‘종전의 규정’에 해당한다고 볼 수도 없다.
라)개정 지방세법이 시행됨에 따라 법인지방소득세에 관하여 이 사건 연구비 등이 공제되지 않게 되어 구 지방세법 시행 당시보다 개정 지방세법에 의할 때 부담할 법인지방소득세가 증가하기는 하였으나,이러한 사정만으로 구 지방세법에서 법인지방소득세에 대하여 감면규정을 두고 있었다는 결론이 당연히 도출되는 것은 아니다.오히려 개정 지방세법의 시행으로 법인지방소득세에 관하여 연구비 등에 상응하는 세액이 증가하는 결과가 발생하는 것은,구 지방세법에 법인지방소득세에 대한 감면규정을 두고 있었기 때문이 아니라,법인지방소득세의 과세표준을 법인세를 기준으로 하여 반사적으로 적용받던 연구비 등의 세액 공제의 혜택을 더 이상 누릴 수 없게 되었을 뿐이기 때문이다.
마)앞서 본 바와 같이①구 조특법 제10조,제144조가 법인지방소득세를 대상으로 하고 있지 않은 점,②그럼에도 불구하고 구 지방세법 하에서 법인지방소득세가 구 조특법 제10조,제144조에서 정한 세액공제 및 이월공제의 효과를 누릴 수 있었던 것은 법인세를 기초로 세액을 산정하는 방식을 채택함으로써 얻은 반사적 이익에 해당하는 점 등에 비추어 볼 때,설령 원고가 법인지방소득세에서 이 사건 연구비 등을 이월공제받을 수 있다는 데 어떠한 신뢰를 가졌다고 하더라도,이를 보호되어야 할 적법한 신뢰라고까지 취급할 수는 없다.
바)개정 지방세법 및 지특법의 개정안이 발의되었을 당시 국회 행정안전위원회2)전문위원이 위 개정안에 대하여 작성한 검토보고서(갑 제3호증)에 의하면, “구 지방세법 하에서 법인세 세액 공제 및 감면에 연동하여‘부가적으로’법인지방소득세도 세액공제·감면을 받았으나,3)지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다.법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로,지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 지특법 등에 옮겨 규정하였던 반면,법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다4)”는 취지로 기재하고 있다.
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주2)국회법 제37조 제1항 제9호에 따라 설치된 국회 산하 상임위원회이다.
주3)갑제3호증의41쪽 중29쪽 참조.
주4)갑제3호증의41쪽 중18, 20쪽 참조.
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이와 같은 보고서의 내용에 의할 때,입법자들도 법인지방소득세가 법인세 세액 공제 및 감면에‘연동하여 부가적으로’감면혜택을 받았다고 봄으로써 이를 반사적 이익으로 파악하고 있었음을 알 수 있다.나아가 입법자들이 법인에 대한 지방소득세 강화라는 입법정책적 목적을 달성하기 위하여 의도적으로 개인지방소득세와 법인지방소득세를 달리 취급하였음도 충분히 알 수 있다.
즉,지방세법 개정 당시 입법자들은 법인지방소득세에 구 조특법 제10조,제144조의 세액공제 및 이월공제를 적용하는 규정을 두거나,구 지방세법에 따른 혜택을 일정기간 동안 유예하여 부여하는 경과규정을 두는 것이 법률의 개정 취지에 부합하지 않는다고 보아 입법정책적인 목적 아래 위와 같은 규정들을 배제하였다고 해석된다.
사)정리한 바와 같이 구 지방세법 하에서 연구비 등이 법인지방소득세에서 세액공제 및 이월공제를 받을 수 있었던 것은 법률상 보호되는 권리가 아니라 일종의 반사적 이익에 불과하므로,개정 지방세법에 의하여 원고가 법인지방소득세와 관련하여 연구비 등에 대한 세액공제의 이익을 누릴 수 없게 되었다고 하더라도,그러한 이익을 받는 자들과 비교할 때 불합리한 차별이라고 볼 수는 없다.5)

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주5)원고가 원용하는 서울고등법원2018. 11. 28.선고2018누52817판결은 조세특례제한법상의 규정이 직접 적용되는 사안에 관한 것이므로,감면규정이 존재하지 않는 이 사건에 그대로 적용할 수 없다.
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3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여,주문과 같이 판결한다.
별지

관련 법령

■구 조세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정되기 전의 것)

제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제)

①내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다)또는 법인세에서 공제한다.이 경우 제1호 및 제2호는2015년12월31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
 
1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서"신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에100분의20(중소기업의 경우에는100분의30)을 곱하여 계산한 금액

 
2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서"원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에100분의20(중소기업의 경우에는100분의30)을 곱하여 계산한 금액

 
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서"일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액.다만,해당 과세연도의 개시일부터 소급하여4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

 
가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의100분의40(중소기업의 경우에는100분의50)에 상당하는 금액

 
나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액1)중소기업인 경우: 100분의25 2)중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우:다음의 구분에 따른 비율 가)최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의15나)가)의 기간 이후부터2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의10 3)대통령령으로 정하는 중견기업이2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의8 4) 1)부터3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우:다음 계산식에 따른 비율(100분의6을 한도로 한다) 100분의3 +해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율× 2분의1

②제1항제3호에 따른4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
④제1항제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력연구개발비,원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(구분경리)하여야 한다.
제144조(세액공제액의 이월공제)

①제5조,제7조의2,제8조의3,제10조,제11조,제12조제2항,제24조,제25조,제25조의2부터 제25조의4까지,제26조,제29조의2,제30조의2,제30조의4,제94조,제104조의5,제104조의8,제104조의14,제104조의15,제104조의18,제104조의22,제104조의25,제126조의6및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는「소득세법」제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다]또는 법인세에서 공제한다.
■구 지방세법(2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정되기 전의 것)

제85조(정의)

지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
 
1.  "소득분"이란 소득세분 및 법인세분을 총칭하는 것을 말한다.
 
3.  "소득세분"이란「소득세법」에 따라 납부하여야 하는 소득세액(소득세 과세표준 예정신고자 또는 확정신고자로서 해당 신고세액의 전부 또는 일부를 납부하지 아니한 데 대한 납부불성실가산세는 제외한다)을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다.
 
4.  "법인세분"이란「법인세법」에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다.
제89조(세율)

①소득분의 표준세율은 다음과 같다.

구분	세율
소득세분 법인세분	소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10

②지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 소득분의 세율을 제1항의 표준세율의100분의50의 범위에서 가감할 수 있다.
제94조(소득분의 계산방법)

①소득분은「소득세법」과「법인세법」에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조제1항의 세율을 적용하여 계산한다.다만,제87조제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다.
■지방세법(2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정된 것)

제94조(세액공제 및 세액감면)

종합소득 또는 퇴직소득에 대한 개인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정한다.다만,종합소득 또는 퇴직소득에 대한 개인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
제103조의19(과세표준)

내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.
제103조의20(세율)

①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다.


②지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세율을 제1항에 따른 표준세율의100분의50의 범위에서 가감할 수 있다.
제103조의22(세액공제 및 세액감면)

①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정한다.이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다.이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.
②제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
부칙<제12153호, 2014.1.1>

제15조(일반적 경과조치)

이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
■지방세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12175호로 개정된 것)

제3장 지방소득세 특례<신설2014.1.1>

제102조(연구·인력개발비에 대한 세액공제)

①내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의100분의10을 해당 과세연도의 개인지방소득세(사업소득에 대한 개인지방소득세만 해당한다)에서 공제한다.이 경우 제1호 및 제2호는2015년12월31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
 
1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서"신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에100분의20(중소기업의 경우에는100분의30)을 곱하여 계산한 금액

 
2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서"원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에100분의20(중소기업의 경우에는100분의30)을 곱하여 계산한 금액

 
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서"일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액.다만,해당 과세연도의 개시일부터 소급하여4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

 
가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의100분의40(중소기업의 경우에는100분의50)에 상당하는 금액

 
나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1)중소기업인 경우: 100분의25

2)중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우:다음의 구분에 따른 비율

가)최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의15

나)가)의 기간 이후부터2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의10

3)대통령령으로 정하는 중견기업(이하"중견기업"이라 한다)이2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의8

4) 1)부터3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우:다음 계산식에 따른 비율(100분의6을 한도로 한다) 100분의3 +해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율× 2분의1

제174조(세액공제액의 이월공제)

①제99조,제102조,제103조,제104조제2항,제109조부터 제115조까지,제117조,제118조,제137조,제150조,제151조,제162조,제165조 및 제166조에 따라 지방소득세 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제172조에 따른 개인지방소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터5년(제99조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터7년)이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 개인지방소득세[사업소득(「조세특례제한법」제126조의6을 적용하는 경우에는「소득세법」제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 개인지방소득세만 해당한다]에서 공제한다.
■법인세법

제13조(과세표준)

①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.다만,제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의100분의60[「조세특례제한법」제5조제1항에 따른 중소기업(이하"중소기업"이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는100분의100]을 한도로 한다.
 
1. 제14조제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액

 
가. 각 사업연도의 개시일 전10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것

 
나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나「국세기본법」제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것

 
2. 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득

 
3. 이 법과 다른 법률에 따른 소득공제액

②제1항의 과세표준을 계산할 때 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 이후로 이월하여 공제할 수 없다.
 
1. 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 비과세소득 및 소득공제액

 
2. 「조세특례제한법」제132조에 따른 최저한세의 적용으로 인하여 공제되지 아니한 소득공제액

■국회법

제37조(상임위원회와 그 소관)

①상임위원회와 그 소관은 다음과 같다.
 
9. 행정안전위원회

 
가. 행정안전부 소관에 속하는 사항

 
나. 인사혁신처 소관에 속하는 사항

 
다. 중앙선거관리위원회 사무에 관한 사항

 
라. 지방자치단체에 관한 사항