【전문】

【원고, 항소인】

○○금융지주 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 전영준 외 4인)

【피고, 피항소인】

남대문세무서장

【제1심판결】

서울행정법원 2020. 5. 8. 선고 2018구합82267 판결

【변론종결】

2021. 8. 26.

【주 문】

1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.
피고가 2015. 12. 10. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 345,377,810원의 경정거부처분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.
3. 소송총비용 중 40%는 원고가, 60%는 피고가 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2015. 12. 10. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 345,377,810원, 2014 사업연도 법인세 238,928,660원의 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

【이 유】

1. 처분의 경위
 
가.  원고는 2012. 3. 2. △△△중앙회로부터 금융사업이 물적 분할되어 설립된 금융지주회사로, 법인세법 제76조의8 제1항 등의 규정에 따라 연결납세방식의 적용을 승인받아 원고의 연결자회사인 ○○생명보험 주식회사(이하 ‘○○생보’라 한다)의 손익을 합쳐 법인세를 신고·납부하고 있다.
 
나.  ○○생보는 금융보험회사로 2012년 7월경부터 2014년 1월경까지 약 15개월에 걸쳐 주식회사 ○○정보시스템 등 별지 1 표 ‘수탁업체’란 기재 전담부서를 보유한 수탁업체들에 대한 위탁개발방식으로, 상품·서비스 개발 및 전산화, 서버 안정화, 다양한 채널 확보, 고객정보 관리 및 맞춤형 서비스 제공 등의 업무를 효율적으로 운영하여 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위한 차세대 전산시스템(이하 ‘이 사건 시스템’이라 한다)을 개발하면서(이하 ‘이 사건 시스템의 위탁개발’이라 한다), 수탁업체들에게 개발비용으로 약 576억 원을 지급하였다. 이 사건 시스템의 기본 구조는 별지 1과 같다.
 
다.  원고는 별지 2와 같이 위 개발비용에서 범용 소프트웨어 및 하드웨어 구입비, 임차료 등의 비용을 제외한 운영 소프트웨어 개발비 및 인건비의 합계 30,246,657,650원(이하 ‘이 사건 연구개발비’라 한다)을 구분 산정한 다음, 2015. 7. 31. 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 달리 특정하지 않는 한 ‘구 조특법’이라 하고, 조세특례제한법을 ‘조특법’이라 한다) 제10조 제1항 제3호 가목에 따른 연구·인력개발비(이하 ‘연구개발비’라고도 한다) 세액공제(구 조특법 제9조 제2항, 제5항에 의한 연구개발비를 세액공제하는 것으로서 이하 ‘이 사건 세액공제’라 한다)를 적용하여, 피고에게 2013 사업연도 법인세 345,377,810원, 2014 사업연도 법인세 238,928,660원의 각 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
 
라.  피고는 2015. 6. 4. 이 사건 연구개발비가 구 조특법 제9조 제2항 제1호, 제5항의 위임에 따른 구 조특법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것, 이하 달리 특정하지 않는 한 ‘구 조특법 시행령’이라 한다) 및 구 조특법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것) 각 제8조 제1항 [별표 6] 1. 나. 1) 본문의 괄호규정(이하 ‘이 사건 제외규정’이라 한다)의 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’에 해당하여 이 사건 세액공제의 대상에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하 2013 사업연도 법인세 경정거부처분과 2014 사업연도 법인세 경정거부처분을 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 
마.  원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 10. 29. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2018. 7. 27. 기각되었다.

【인정 근거】

다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 13, 14, 15, 17 내지 32, 35, 36호증, 을 제7, 8호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2.  당사자들의 주장 
가.  피고 주장의 요지
1) 이 사건 연구개발비는 다음과 같은 이유에서 이 사건 세액공제의 적용 대상에 해당하지 않는다.
가) 이 사건 세액공제는 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 연구개발 활동’을 대상으로 하는데, 위탁연구개발의 경우 이에 해당하기 위해서는 연구개발을 수행하는 수탁자를 기준으로 ‘국제적 지식 또는 기술 수준’이나 적어도 ‘국내 산업 내에서 축적된 지식 또는 기술의 수준’을 넘는 정도의 발전을 이루는 등 기존 기술과 본질적으로 다른 차별성이 인정되어야 한다. 그러나 이 사건 시스템은 이미 국내 정보시스템 개발업 분야에서 상용화된 정보기술(Information Technology)을 응용 또는 개선하는 방식으로 개발된 전산시스템에 불과하므로, 구 조특법 제9조 제5항의 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’의 결과물에 해당하지 않는다.
나) 이 사건 시스템은 구 조특법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제9조 제5항의 ‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’에 해당하여, 같은 법 제9조 제2항의 괄호규정(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다)에 따라 자체연구개발에 필요한 비용만 이 사건 세액공제의 적용 대상에 해당하므로, 이 사건 연구개발비 중 위 규정이 시행된 이후에 발생한 연구개발비는 위탁연구개발로 인한 것으로서 이 사건 세액공제의 적용 대상에 해당하지 않는다.
다) 이 사건 시스템의 위탁개발은 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서’를 수탁자로 하지 않고 ‘전담부서를 보유한 기업’을 수탁자로 하였고, 전담부서에서 직접 위탁받은 연구개발용역을 수행하지 않았으므로, 이 사건 연구개발비는 이 사건 세액공제의 적용 대상에 해당하지 않는다.
2) 이 사건 시스템의 위탁개발은 다음과 같은 이유에서 이 사건 제외규정에서 정한 이 사건 세액공제의 제외 대상에 해당한다.
가) 이 사건 제외규정은 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템’을 이 사건 세액공제의 대상에서 제외하고 있는데, ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템’에는 협의의 전사적 자원관리(Enterprise Resource Planning, 이하 ‘ERP’라고도 한다) 시스템뿐만 아니라 이른바 확장형 전사적 자원관리(Extended Enterprise Resource Planning, 이하 ‘확장형 ERP’라고도 한다) 시스템도 포함되는 것으로 해석해야 한다.
나) 이 사건 시스템은 기업 전체에 걸쳐 업무를 전자적으로 효율화하기 위한 도구로서 전사적 기업자원 관리설비 시스템에 해당하거나 적어도 이와 유사한 설비에 해당하므로 이 사건 제외규정의 적용 대상에 해당한다.
3) 설령 이 사건 연구개발비가 이 사건 세액공제의 적용 대상에 해당하더라도, 원고는 이 사건 연구개발비가 이 사건 시스템의 위탁개발에 대응하여 지출된 비용으로서 발생주의 원칙에 따라 적정하게 산정되었음을 증명하여야 한다.
 
나.  원고 주장의 요지
1) 이 사건 시스템의 위탁개발은 다음과 같은 이유에서 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 연구개발 활동에 해당하므로, 이 사건 연구개발비는 이 사건 세액공제의 적용 대상에 해당한다.
가) 위탁연구개발의 경우 이 사건 세액공제의 대상인 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 연구개발 활동’에 해당하기 위해서는 연구개발비용을 부담하는 위탁자를 기준으로 기존의 지식 또는 기술 수준을 넘는 발전을 이루는 것으로 충분하고, 수탁자가 속한 사업 분야의 지식 또는 기술적 진전이 있어야 하는 것은 아니다. 원고는 장기간에 걸쳐 다수의 인원을 투입하고 고액의 비용을 들여 이 사건 시스템을 구축하였고, 그 저작권을 보유하고 있다. 이 사건 시스템은 정보기술에 의하여 금융보험기술을 구현한 것으로, 기존 기술을 기반으로 새로운 기술을 통합, 발전시켜 새로운 서비스를 제공할 수 있도록 하였다. 따라서 이 사건 시스템의 위탁개발은 금융보험업의 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당한다.
나) 이 사건 시스템의 위탁개발이 기술적 진전을 이루기 위한 연구 활동에 해당하여 이 사건 세액공제의 대상에 해당하는 이상, ‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’에 해당하는지와 관계없이 이 사건 연구개발비는 이 사건 세액공제의 적용 대상에 해당한다.
다) 이 사건 세액공제의 요건으로 ‘전담부서를 보유한 기업’에 연구개발을 위탁하는 것으로 충분하고, 전담부서에 위탁하여 전담부서가 직접 연구개발을 수행할 것까지 요구하는 것은 아니다.
2) 이 사건 제외규정은 모든 시스템 위탁개발에 대한 비용이 아니라 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템’을 단순 취득하는 비용을 이 사건 세액공제의 대상에서 제외하는 규정이다. 이 사건 시스템은 원고가 위탁개발한 연구개발의 결과물로서 단순한 전사적 자원관리 시스템과는 본질적으로 다르기 때문에, 이 사건 제외규정의 적용 대상에 해당하지 않는다.
3) 원고는 이 사건 시스템의 위탁개발에 소요된 비용 중 이 사건 세액공제의 적용 대상에 해당하는 운영 소프트웨어 개발비 및 인건비를 발생주의 원칙에 따라 적정하게 산정하였다.
 
3.  관계 법령
별지 3 기재와 같다.
 
4.  판단 
가.  일반론(전사적 자원관리 시스템 및 프라스카티 매뉴얼 등)
1) 전사적 자원관리 시스템의 개념 및 구축방법 등
가) 전사적 자원관리(全社的 資源管理) 시스템의 개념과 발전과정
⑴ 전사적 자원관리 시스템이란 생산, 자재, 구매, 영업, 인사, 회계 등 일련의 기업 활동을 위해 쓰여지고 있는 기업 내의 모든 인적, 물적 자원을 하나의 체계로 통합하여 운영하고 효율적으로 관리하여 궁극적으로 기업의 경쟁력을 강화시켜 주는 역할을 하는 통합정보시스템을 의미한다.
⑵ 이러한 시스템은 여러 단계를 거쳐 발전되어 왔는데, 제1단계로서 1970년대 MRP(자재소요계획: Material Requirement Planning), 제2단계로서 1980년대 MRP II(제조자원계획: Manufacture Resource Planning), 제3단계로서 1990년대 이후 협의의 ERP, 제4단계로서 2000년대 이후 확장형 ERP로 발전되었다.
⑶ 1970년대 MRP는 제조업체의 재고 감소 등 생산부분의 효율적 관리를 위하여 자재소요계획에 중점을 두고 제품을 구성하는 원자재, 중간모듈, 완제품 등에 대한 자재수급계획과 생산관리를 통합시킨 최초의 체계적인 제조정보 관리기술이다. 1980년대 MRP II는 MRP를 확대하여 생산자재뿐만 아니라 생산에 필요한 모든 요소를 생산계획 수립에 반영하고 공정 데이터 수집, 수주관리, 재무관리, 판매관리 등의 기능까지 제공하는 시스템으로 실현 가능한 생산계획을 제시함으로써 제조활동을 더욱 효과적으로 관리할 수 있도록 하였다.
⑷ 협의의 ERP는 1990년대 이후 MRP II에 부족함을 느낀 기업들이 업무재설계(Business Process Re-engineering, BPR) 기법을 적용하여 기업의 업무를 개선함과 동시에 새로운 정보시스템을 구축할 수 있도록 개발되었는데, 기업 내의 생산, 회계, 인사 등의 업무프로세스들을 지원하고 이를 통해 모든 정보들을 서로 공유하고 새로운 정보 생성 및 신속한 의사결정을 지원하는 시스템이다.
⑸ 확장형 ERP는 2000년대 이후 협의의 ERP에 기능적, 기술적 사항이 추가되어 발전된 개념이다. 추가되는 사항으로는 ① 공급망 관리(Supply Chain Management, SCM, 협의의 ERP가 기업 내의 전사적 자원을 효율적으로 관리하는 것인 반면, SCM은 이해관계에 있는 기업들을 최적으로 관리하는 것으로서, 기업이 제품 생산을 위하여 원재료의 수급부터 고객에게 제품을 전달하기까지의 공급망에서 일어나는 구매, 조달, 생산, 영업, 물류, 재고관리 등의 정보를 관리하는 시스템이다), ② 고객관계관리(Customer Relationship Management, CRM, 과거에는 고객 정보의 분석 없이 홍보 및 광고에 의해 마케팅을 하였으나, 다양한 채널을 통한 고객과의 커뮤니케이션으로부터 수집된 정보를 기반으로 고객의 요구나 욕구를 충족시킴으로써 고객과의 신뢰관계를 구축, 유지, 발전하는 시스템이다), ③ 제품수명주시(Product Life Management, PLM), ④ 영업인력지원(Sales Force Automation), ⑤ 의사결정지원시스템(Decision Support System), ⑥ 중역정보시스템(Executive Information System), ⑦ 데이터웨어하우스(Data Warehouse), ⑧ 제품데이터관리(Product Data Management), ⑨ 제조실행시스템(Manufacturing Execution System) 등이 있다.
나) 전사적 자원관리 시스템의 구축 방법
⑴ 기업의 ERP의 구축 방식은 ① 전문 소프트웨어 업체가 이미 개발한 ERP 패키지를 구매하여 도입하는 방식(ERP 패키지 도입 방식)과 ② 처음부터 개별 기업의 요구에 적합하도록 ERP 시스템을 개발하는 방식(맞춤 개발 방식)으로 구분된다. ERP 패키지를 활용하는 방식의 경우 오라클, SAP 등 소프트웨어 업체에서 개발한 ERP 패키지를 구입하여 모듈 선택, 파라미터 설정 등을 수행하고, 기업의 경영환경이나 업무환경에 맞게 조정하는 커스터마이징(Customizing)의 과정을 거치는데, 이러한 커스터마이징의 유형으로는 변경(Modify), 추가(Add-on), 확장(Extension) 등이 있다(커스터마이징의 범위가 확대될수록 ERP 시스템 맞춤 개발 방식에 근접하게 된다). ERP 패키지 도입 방식의 경우 일반적으로 기업은 소프트웨어 업체가 제공하는 소프트웨어를 구입하여 사용하는 것으로서, 그 소프트웨어의 사용권을 이전받을 뿐 그 소프트웨어의 저작권은 개발업체에 유보되어 있기 때문에 기업의 소스코드에 대한 접근은 허용되지 않는다. 반면 맞춤 개발 방식의 경우 일반적으로 기업은 시스템 통합(System Integration, SI) 업체가 개발한 소프트웨어의 저작권을 보유하게 되고, 장래에 시스템을 개선하거나 다른 시스템을 추가하는 경우 그 소스코드를 활용할 수 있다.
⑵ ERP는 기존의 업무를 개선하는 업무재설계(BPR)와 밀접한 관련이 있는데, 일반적으로 착수(Preparation), 분석(Analysis), 설계(Design), 구축(Construction), 구현(Implementation) 등 5단계의 과정을 거쳐 구축된다. ① 착수 단계에서는 ERP 도입의 목적을 명확히 결정하고 추진조직의 구성, 세부 추진일정의 수립, 경영전략 및 비전 수립 등을 수행하며 소프트웨어, 외부 컨설턴트를 선정하고, ② 분석 단계에서는 기업의 현재 업무 흐름을 파악하고 이에 대한 문제점을 발견하는 현황파악(As-Is 분석), 목표와 범위 설정 등을 수행하며, ③ 설계 단계에서는 분석한 결과를 바탕으로 향후 업무프로세서(To-Be 프로세스)의 도출, 개발 설계, 인터페이스 설계 등을 수행하고, ④ 구축 단계에서는 설계 단계에서 도출된 결과를 시스템적으로 구축하기 위하여 파라미터 조합화 및 프로그램 개발, 단위 테스트(Unit Test), 수정·보완 프로그램 개발, 통합테스트, 사용자 교육 등을 수행하며, ⑤ 구현 단계에서는 본격적인 시스템 가동에 앞서 시험적으로 시스템을 운영하면서, 프로토타이핑, 데이터 전환, 시스템 평가 등을 수행한다.
다) 우리나라 금융기관의 전산시스템 구축 등
⑴ 신속하고 편리한 금융서비스의 선호 경향에 따라 365일 중단 없는 고객서비스 등을 제공할 수 있는 금융시스템에 대한 요구가 증대된 반면, 관련 소프트웨어의 부분적인 업그레이드만으로는 급변하는 환경을 따라잡기 어렵게 되자, 2000년대 이후 금융기관들은 신속한 의사결정의 지원이 가능하고 적시에 신상품을 출시하고 효율적인 마케팅을 지원할 수 있는 전산시스템의 도입을 시작하였는데, 그 당시 이를 ‘차세대시스템’이라고 지칭하였다.
⑵ 기업은행이 2002년 차세대시스템 구축에 착수하여 2004년 개통한 것을 비롯하여 은행권에서 먼저 차세대시스템의 구축이 진행되었고, 차세대시스템을 개통한 은행들이 비용이나 고객관리 측면에서 여러 가지 긍정적인 효과를 나타내자, 제2금융권에서도 차세대시스템을 구축하기 시작하였으며, 보험회사들도 메인시스템을 개방형 유닉스시스템으로 전환하여 구축하는 등 차세대시스템을 도입하였고, 증권회사들도 한국증권전산 주식회사로부터 원장을 이관하고 자산관리 기능, 홈트레이딩 시스템 등을 정비하기 위해 차세대시스템을 구축하여 급변하는 금융환경에 대응하여 경쟁력을 갖추려고 하였다.
⑶ 이와 같이 은행권에서 2004년부터 2009년경까지 이루어진 차세대시스템의 구축 사업와 관련하여, “매년 약 15~24%의 경우 ‘프로젝트가 중단되거나 개발되었으나 사용되지 않은 문제점’이 있었고, 매년 약 44~51%의 경우 ‘프로젝트 오픈은 하였으나 일정 지연, 비용 초과 또는 초기 요구사항 구현이 미흡한 문제점’이 있었는데, 이러한 실패의 원인으로는 ① 기술적인 요인보다는 ② 프로젝트 범위와 요건의 불명확, 투입자원의 부족, 범위 및 요건의 잦은 변경, 경영진과 비즈니스 부서의 관심 및 협업 부족, 프로젝트 관리 체계 및 통제 체계의 미흡, 이해관계자간 의사소통 부재 및 갈등 등이 더 큰 원인이었다”는 취지의 분석 결과가 제시되기도 하였다.
2) 프라스카티 매뉴얼(Frascati Manual, 2015년 제7판)
가) 경제협력개발기구(OECD)는 1963년 6월 국제적으로 통용될 수 있는 과학기술통계로서 ‘연구개발(R＆D)’ 통계에 관한 지침으로 ‘연구개발조사를 위한 표준지침(Proposed Standard Practice for Surveys of Research and Development)’을 발간하였는데, 이를 프라스카티 매뉴얼이라 한다.
나) 프라스카티 매뉴얼에 따르면, 연구개발의 측정에 대한 관심은 연구개발이 경제성장과 번영에 주요한 기여를 할 수 있다는 잠재력에 기인하였고, 연구개발에서 창출된 새로운 지식은 국가의 요구와 글로벌 도전과제 해소에 사용될 수 있고, 전반적인 사회적 복지의 개선에 활용될 수 있다(1.2). 프라스카티 매뉴얼은 강제적 구속력을 지니지 않고 많은 논의와 합의를 통해 제안된 지침의 집합체이다(1.3). 프라스카티 매뉴얼의 지침하에 수집된 정보는 의사결정자, 특히 정책결정자를 지원하는 것을 목적으로 하고 있다(1.87).
다) 프라스카티 매뉴얼은 제2장에서 연구개발의 개념을 정의하고 있는데, 이에 따르면, 연구개발은 ‘지식의 집적을 향상시키기 위해, 그리고 지식을 통한 새로운 응용을 창출하기 위한 창의적이고 체계적인 작업’을 의미하고(2.5), 특정 활동이 연구개발 활동으로 정의되기 위해서는 신규성(Novel), 창의성(Creative), 불확실성(Uncertain), 체계성(Systematic), 이전가능성 또는 재현가능성(Transrerable and/or Reproducible)의 5가지 기준을 충족해야 한다(1.33, 2.7). 그리고 연구개발은 ① 기초연구(어떤 특정한 응용이나 사용을 계획하지 않고 현상들이나 관찰 가능한 사실들의 근본 원리에 대한 새로운 지식을 얻기 위해 행해진 실험적 또는 이론적 작업), ② 응용연구(새로운 지식을 확보하기 위해 수행된 독창적인 탐구), ③ 개발연구(새로운 제품 또는 공정의 생산이나 기존 제품과 프로세스의 개선을 위해 연구와 실제적 경험으로부터 얻어진 지식을 이용하거나 추가 지식을 생산하는 체계적인 작업) 등 3가지 유형으로 분류할 수 있다(2.24 등). 이 사건과 관련된 소프트웨어 개발 부문과 서비스 활동 부문에 관하여 프라스카티 매뉴얼은 다음과 같이 설명하고 있다.
⑴ 연구개발과 소프트웨어 개발(R＆D and software development, 2.68~2.74)
㈎ 정보기술은 모든 혁신 활동에 핵심적인 역할을 하며 연구개발 활동에 대한 의존도가 높다. 소프트웨어 개발 프로젝트가 연구개발로 분류되기 위해서는 해당 프로젝트의 종결이 과학적 또는 기술적 진보를 이룰 수 있어야 하고, 프로젝트의 목적이 과학적 또는 기술적 불확실성의 체계적인 해소이어야 한다.
㈏ 소프트웨어 개발의 특성 때문에 소프트웨어 개발의 연구개발 요소를 파악하는 것은 쉽지 않다. 기존 소프트웨어 프로그램이나 체계에 대한 업그레이드, 추가 또는 수정작업도 해당 작업이 과학적, 기술적 진보를 통한 지식축적의 증가를 야기하면 연구개발로 분류될 수 있다. 그러나 새로운 응용이나 목적을 위해 소프트웨어를 사용하는 것은 기술적 진보가 아니기 때문에 연구개발로 분류되지 않는다.
㈐ 소프트웨어 내의 연구개발로 분류될 수 있는 활동들로는 ① 신규 운영시스템이나 프로그래밍 언어 개발, ② 기존 기술을 바탕으로 새로운 검색엔진 구축 및 실행, ③ 시스템이나 네트워크의 리엔지니어링을 통한 하드웨어나 소프트웨어의 문제 해결, ④ 신기술을 통해 더 새롭거나 더 효율적인 알고리즘 개발, ⑤ 새로운 또는 독창적인 암호화 기법이나 보안 기법 개발이 있다.
㈑ 이미 공공연하게 알려진 시스템이나 프로그램의 개선은 연구개발이 아닌데, 연구개발에서 배제되는 소프트웨어 활동들로는 ① 이미 알려진 방법들이나 기존 소프트웨어 도구를 이용한 기업용 소프트웨어나 정보시스템의 개발, ② 기존 응용프로그램에 사용자 기능 추가(기초적인 데이터 입력 기능 포함), ③ 기존 도구를 이용한 웹사이트 또는 소프트웨어 개발, ④ 표준방법을 사용한 암호화, 보안검증, 데이터무결성 시험, ⑤ 기본 프로그램을 상당히 개선시킬 추가적인 지식의 창출이 없는 특정 목적을 위한 맞춤 제작, ⑥ 일상적인 기존 시스템이나 프로그램 디버깅(실험개발 프로세스가 종료되기 전에 실행된 경우는 제외)이 있다.
⑵ 서비스 활동에서의 연구개발(R＆D in service activities, 2.79~2.87)
㈎ ‘서비스’는 소비단위의 조건을 바꾸거나 금융자산 또는 제품의 교환을 촉진하는 생산 활동의 결과라고 정의하고 있다. 서비스 활동에서 연구개발의 경계를 정의하는 일은 다음의 두 가지 원칙적 이유로 어렵다. 첫째, 서비스에 해당되고 재화나 지식기반 제품에는 내재되지 않는 연구개발 프로젝트를 판정하기가 어렵다. 둘째, 연구개발과 기타 혁신 활동 간의 경계선이 명확하지 않을 때가 많다. 서비스 내의 많은 프로젝트 중 연구개발로 분류되는 프로젝트는 새로운 지식을 창출하거나 지식의 사용으로 새로운 응용이 창출된 프로젝트이다.
㈏ 은행과 보험의 연구개발 사례로는 ① 재무위험도 분석과 관련된 수학적 연구, ② 신용정책을 위한 리스크 모델 개발, ③ 홈뱅킹을 위한 신규 소프트웨어의 개발연구, ④ 신규 유형의 계좌 및 은행 서비스 창출을 목적으로 한 소비자 행위 조사기법 개발, ⑤ 보험계약에서 고려되어야 하는 신규 위험이나 위험의 새로운 특징을 파악하기 위한 연구, ⑥ 새로운 유형의 보험(건강, 연금 등)에 영향을 미치는 사회현상 연구, ⑦ 전자뱅킹, 보험, 인터넷 서비스 및 전자상거래 응용에 대한 연구개발(예를 들어 비흡연자에 대한 보장내역에 영향을 미치는 사회현상 탐구), ⑧ 새로운 혹은 근본적으로 개선된 금융서비스와 관련된 연구개발(예를 들어 계좌, 대출, 보험, 저축상품의 새로운 개념 등)이 있다.
라) 프라스카티 매뉴얼은 제13장에서 연구개발지출에 대한 정부조세지원(Government tax relief for R＆D, GTARD)에 대해 국제적으로 비교 가능한 지표들을 수립하기 위해 세제지원을 통한 연구개발지원에 관한 측정 지침을 제시하고 있는데(1.78), 연구개발에 부합하는 적격연구개발에 대한 조세우대조치에 관한 자료의 수집과 관련하여 ‘조세지원 대상이 되는 연구개발 또는 지출 유형에 대한 정의는 사법권역마다 다를 수 있으며, 프라스카티 매뉴얼의 정의와 설명 지침도 마찬가지다. 연구개발 조세지원의 대상이 되는 연구개발 정의는 각 국가별 조세당국에 의한 지속적인 변화와 재해석이 이루어지게 되며, 이는 연구개발 수행자들이 보유한 기록에도 영향을 미치게 된다. 따라서 혁신 관련 분야에 제공되는 정부의 조세지원은 실질적인 연구개발 내용을 신중하게 검토해야 한다. 세무기록(Tax Record)에서 연구개발과 기타 비용들이 충분한 정보를 바탕으로 적절히 분류되지 않으면 계수를 사용하지 않는 방식을 권장한다(13.16)’고 설명하고 있다.
마) 한편, 이른바 프라스카티 패밀리에 속하는 오슬로 매뉴얼(Oslo Manual)은 기업부문의 혁신(Innovation)을 개념화하고 측정하는 방법에 관한 것으로 혁신 관련 데이터의 수집·보고·활용을 위한 지침(Guidelines for Collecting, Reporting and Using Data on Innovation)이다. 오슬로 매뉴얼(2018년, 제4판)에 따르면, 혁신은 ‘제도단위의 기존 상품이나 프로세스 대비 새롭거나 획기적으로 개선된 상품이나 프로세스로 해당 제도단위가 잠재적 사용자들에게 제공하거나 해당 제도단위가 직접 활용하고자 도입하는 상품이나 프로세스’를 지칭하고(2.99), 기업이 혁신 달성을 위해 수행하는 모든 종류의 개발 활동, 재정 활동 및 상업 활동을 포함하여 혁신 활동(Innovation activities)이라 하며, 기존 상품 혹은 비즈니스프로세스(Business process) 대비 새롭거나 획기적으로 개선된 상품 혹은 비즈니스프로세스를 기업이 시장에 출시하였거나 활용하는 경우를 기업혁신(Business Innovation)이라 한다(1.30).
이는 프라스카티 매뉴얼의 ‘연구개발’ 지표보다 상대적으로 측정이 수월한 지표에 의하여 정책을 입안하기 위해 고안된 측면이 있다. 오슬로 매뉴얼은 ‘소프트웨어가 새로운 혹은 개선된 상품 혹은 비즈니스프로세스(컴퓨터 게임, 물류시스템, 비즈니스 통합 소프트웨어 등) 개발에 활용될 때 스프트웨어 개발을 혁신 활동으로 간주할 수 있고, 데이터베이스 활동 역시 원자재 특성 데이터 분석이나 고객 선호도 분석 등과 같이 혁신을 위해 데이터베이스를 활용하는 경우에는 혁신 활동으로 간주한다(4.28)’고 설명하고 있다.

【인정 근거】

다툼 없는 사실, 앞서 든 증거, 갑 제5, 33, 34, 42, 43, 45, 46, 47호증, 을 제4, 5, 6, 9 내지 14호증의 각 기재, 공지의 사실, 변론 전체의 취지
 
나.  이 사건 시스템의 위탁개발이 연구개발 활동에 해당하는지
1) 관련 규정 및 개정 경과 등
가) 조특법상 연구·인력개발비에 대한 조세특례는 당초 ‘기술개발준비금의 손금산입’과 ‘기술 및 인력개발비 세액공제’로 그 대상을 구분하여 규정하다가, ‘연구·인력개발준비금의 손금산입’, ‘연구·인력개발비 세액공제’로 그 대상을 연구·인력개발로 통합하여 규정하는 등 양자의 조세특례는 상호 밀접하게 관련되어 있다.
나) ⑴ 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 조특법 제9조 제1항은 ‘제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 기술의 개발 또는 혁신에 소요되는 비용에 충당하기 위한 기술개발준비금’에 관하여 기술개발준비금 손금산입 특례를 규정하고, 같은 법 제10조 제1항은 ‘제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용’에 관하여 기술 및 인력개발비 세액공제 특례를 규정하였다.
⑵ 그리고 2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 조특법 시행령 제8조 제1항은 기술개발준비금 손금산입 특례에 관하여 “법 제9조 제1항 본문에서 ‘대통령령이 정하는 사업’이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 말한다’고 규정하면서, 그 각 호에서 금융·보험업(제14호) 등을 규정하였고, 같은 조 제3항은 “법 제9조 제2항 제1호에서 ‘대통령령이 정하는 비용’이라 함은 ‘재료·제품·기계장치 또는 공정을 개선하거나 새로운 생산방법을 탐구하기 위한 기술개발비·기술정보비 등의 비용’으로서 [별표 5]의 비용을 말한다”고 규정하여 기술개발준비금의 의미를 일부 구체화하였다. 한편 같은 법 시행령 제9조 제1항은 기술 및 인력개발비 세액공제 특례에 관하여 “법 제10조 제1항 본문에서 ‘대통령령이 정하는 사업’이라 함은 제8조 제1항 제1호 내지 제14호의 규정에 의한 사업을 말한다”고 규정하여 기술개발준비금 손금산입 특례와 동일하게 규정하면서, 같은 조 제2항에서 “법 제10조 제1항 본문에서 ‘대통령령이 정하는 비용’이라 함은 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 [별표 6]의 비용을 말한다”고 규정하여 기술 및 인력개발비의 의미에 관하여는 따로 규정하지 않았다.
⑶ 기술개발준비금 손금산입 대상인 위 [별표 5]의 비용과 기술 및 인력개발비 세액공제 대상인 위 [별표 6]의 비용은 그 범위가 일부 상이하나, 기술개발(자체기술개발, 위탁 및 공동기술개발)에 관한 내용은 동일하다. 한편 2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정되기 전의 조특법 시행령 제8조 제3항 [별표 5]의 말미에 있는 ‘비고’란은 ‘금융·보험업을 영위하는 자의 경우에는 신기술사업 금융업자에의 출자금(제9호)에 한하여 기술개발준비금 손금산입 대상 비용에 해당하는 것으로 한다’는 취지로 규정하여 그 적용 대상을 제한하고 있었다(기술 및 인력개발비에 관하여도 일정한 요건을 갖춘 정보시스템 등의 문제를 해결하기 위하여 지출한 비용만을 그 적용 대상으로 제한하고 있었다). 그런데 위 대통령령으로 개정된 [별표 5]의 ‘비고’란은 위 출자금 외에 ‘기술개발 및 도입기술의 소화개량비 중 위탁 및 공동기술개발 비용’을 포함하는 것으로 규정하였다. 그 개정취지에 관하여 ‘간추린 개정세법’에서는 ‘금융보험업의 전산시스템 개발 등 기술개발을 위한 연구용역비를 기술개발준비금 사용대상에 포함하여 금융보험업의 연구개발을 지원하기 위함’이라고 설명하고 있다. 이는 금융보험사의 전산시스템 위탁개발이 기술개발준비금 손금산입 특례의 ‘기술의 개발 또는 혁신’ 활동에 해당함을 전제한 것으로 볼 수 있다.
다) ⑴ 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정된 조특법 제9조 제1항은 ‘내국인(대통령령이 정하는 부동산업 및 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 연구 및 인력개발 등에 소요되는 비용에 충당하기 위한 연구 및 인력개발준비금’에 관하여 연구 및 인력개발준비금 손금산입 특례를 규정하고, 같은 법 제10조 제1항은 ‘내국인(대통령령이 정하는 부동산업 및 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용’에 관하여 연구 및 인력개발비 세액공제 특례를 규정함으로써 각 조세특례의 범위를 확대하는 동시에 그 적용 대상을 ‘연구 및 인력개발’로 통합하였다. 이는 조세특례의 대상을 ‘제조업·광업 등 사업을 영위하는 내국인’에서 부동산업 및 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한 대부분의 내국인으로 확대하여 연구 및 인력개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 연구 및 인력개발을 장려·촉진하려는 데에 그 취지가 있다(대법원 2001. 1. 19. 선고 99두8718 판결, 대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115 판결, 대법원 2014. 3. 13. 선고 2013두24310 판결 등 취지 참조).
⑵ 이와 같이 조특법이 종전 ‘기술개발준비금’을 ‘연구 및 인력개발준비금’으로 변경하였음에도, 조특법 시행령은 여전히 ‘연구 및 인력개발준비금’의 의미에 관하여 ‘재료·제품·기계장치 또는 공정을 개선하거나 새로운 생산방법을 탐구하기 위한 연구 및 인력개발비·기술정보비 등의 비용’으로 규정하였다.
⑶ 한편 위와 같이 조세특례의 대상이 확대되면서, ‘금융·보험업을 영위하는 자’에 대하여 기술개발준비금(내지 연구 및 인력개발준비금) 손금산입, 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 비용을 제한하던 [별표 5], [별표 6] 비고란의 규정도 삭제되었다.
라) ⑴ 이후 조특법이 2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되고, 조특법 시행령이 2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 개정되면서 연구 및 인력개발준비금에 관한 규정이 삭제되었다가, 조특법이 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되고, 조특법 시행령이 2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되면서 다시 연구 및 인력개발준비금의 손금산입에 관한 규정이 신설되었다.
⑵ 2008. 12. 26. 개정된 조특법 제9조 제1항은 ‘내국인이 연구개발 및 인력개발에 필요한 비용에 충당하기 위하여 적립한 연구·인력개발준비금’에 관하여 연구·인력개발준비금 손금산입 특례를 규정하면서, 제5항에서 “제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다”고 규정하여 연구·인력개발에 관한 정의규정을 두었는데, 이는 연구·인력개발비 세액공제 특례의 대상인 연구·인력개발에 관하여도 그대로 적용됨으로써 양자의 과세특례의 적용 대상이 연구·인력개발로 동일하게 규정되었다.
⑶ 위 개정 취지에 관하여 개정세법 해설은 ‘연구개발의 정의 및 세액공제 적용대상 비용의 범위를 국제적인 기준[OECD의 연구개발(R＆D) 개념]에 맞게 정비하고자 한 것’이라고 설명하고 있다.
⑷ 그리고 2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정된 조특법 시행령 제8조 제1항은 “법 제9조 제2항 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비용’이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 활동 및 인력개발 활동을 위한 비용으로서 [별표 6]의 비용을 말한다”고 규정하고, 제2항은 “제1항의 연구개발 활동에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다”고 규정하면서, 그 각 호에서 ① 일반적인 관리 및 지원 활동(제1호), ② 시장조사와 판촉 활동 및 일상적인 품질시험(제2호), ③ 반복적인 정보수집 활동(제3호), ④ 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동(제4호), ⑤ 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무(제5호), ⑥ 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동(제6호), ⑦ 위탁받아 수행하는 연구 활동(제7호)을 규정하여 연구개발 활동에서 제외되는 활동을 규정하는 형식을 취하였다.
2) 이 사건 시스템의 위탁개발이 연구개발에 해당하는지
앞서 든 증거, 갑 제6 내지 12, 16, 37, 38, 39, 41호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정 등을 종합하여 보면, 이 사건 시스템의 위탁개발은 금융보험회사인 원고가 정보기술에 의하여 구현되는 금융보험업에 관한 기술의 진전을 이루기 위한 활동으로서 구 조특법 제9조 제5항의 ‘기술적 진전을 이루기 위한 활동’에 해당한다고 봄이 타당하다.
가) 앞서 본 관련 규정의 문언 및 체계에 의하면, ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’으로서 구 조특법 시행령 제8조 제2항의 ‘연구개발에서 제외되는 활동’에 해당하지 않는 경우에는 구 조특법 제9조 제5항의 ‘연구개발’에 해당하여 이 사건 조세특례의 적용 대상에 해당한다.
나) ① ‘과학적 또는 기술적 진전’의 사전적 의미는 ‘과학(보편적인 진리나 법칙의 발견을 목적으로 한 체계적인 지식) 또는 기술(과학 이론을 실제로 적용하여 사물을 인간 생활에 유용하도록 가공하는 수단)의 진보 내지 발전’을 의미하는 점, ② 이 사건 세액공제 규정은 그 적용 대상에 관하여 당초 ‘… 사업을 영위하는 내국인이 … 기술(연구) 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 …이 있는 경우’로 규정되다가 그 범위가 확대되어 ‘내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우’로 개정되었는데, 이는 내국인이 사업을 영위하는 과정에서 연구개발을 위하여 비용을 지출한 경우에 조세특례를 부여함으로써 연구개발에 대한 투자를 장려·촉진하기 위한 것인 점, ③ 구 조특법 시행령 제8조 제1항 [별표 6] 1. 나.는 위탁연구개발(공동연구개발)에 따른 비용에 대한 세액공제를 인정하는 한편, 구 조특법 시행령 제8조 제2항 제7호에서 ‘위탁받아 수행하는 연구 활동’을 연구개발 활동에서 제외하고 있는데, 이는 연구개발비를 부담한 위탁자에게 연구개발비 세액공제를 적용하고 수탁자를 세액공제 대상에서 제외하는 취지로 볼 수 있는 점, ④ 연구개발에 대한 조세특례가 ‘연구개발투자의 불확실성으로 인한 시장실패를 교정하여 기업의 연구개발에 대한 투자를 유도’하는 데에 그 정책적 근거가 있는 것으로 볼 수는 있으나, 국가 간 경쟁이 심화되고 모든 국가들이 연구개발에 대한 각종 지원을 경쟁적으로 하는 상황에서 자국 기업의 경쟁력 유지를 위해 연구개발에 대한 정부지원이 필수적인 측면도 존재하는 등 연구개발에 대한 조세특례는 다양하고 복합적인 사정을 고려하여 시행되는 것으로 보일 뿐, 반드시 ‘그 성공 여부가 불확실한 연구개발투자’에 한정하여 조세특례가 시행되는 것으로 보기는 어려운 점, ⑤ 만일 조세특례의 적용 대상을 ‘산업 내에서 축적된 지식 또는 기술의 수준을 넘는 정도의 발전을 이룬 경우’ 등으로 제한하는 경우에는 후발 주자나 투자 여력이 부족한 자들에 대한 연구개발의 장려·촉진 효과가 감소할 것으로 보이고, 이와 같이 조세특례의 적용 대상 내지 범위를 제한하는 사항은 조세특례의 요건으로 구체적이고 명확하게 규정하여야 할 사항으로 봄이 타당한데, 구 조특법은 ‘과학적 또는 기술적 진전’의 구체적인 의미나 판단 기준에 관하여 별도로 규정하고 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 위탁연구개발의 경우 이 사건 세액공제 규정의 ‘과학적 또는 기술적 진전’ 여부는 연구개발투자를 하여 연구개발비를 부담한 위탁자를 기준으로 하여 위탁자의 사업에 관한 기존의 지식 또는 기술의 수준이 당해 연구개발을 통하여 진보·발전하였는지에 의하여 판정함이 타당하고, 수탁자를 기준으로 하여 수탁자가 속한 산업 내에서 축적된 지식 또는 기술의 수준을 넘는 정도로 수탁자의 사업에 관한 지식 또는 기술의 수준이 진보·발전하였는지를 고려할 것은 아니라고 할 것이다.
다) 따라서 구 조특법 제9조 제5항이 규정하고 있는 ‘연구개발’에 해당하기 위하여 특허의 요건인 ‘신규성’과 ‘진보성’까지 갖추어야 한다거나 기존의 제품이나 기술과 획기적인 차별성이 인정되는 새로운 제품이나 기술의 개발을 목적으로 하는 연구 활동이어야 한다고 보기는 어렵고, 기초연구나 응용연구로 알려진 기존 지식을 바탕으로 새로운 물질, 상품을 생산하거나 새로운 절차, 시스템, 서비스를 수립하는 경우뿐만 아니라 이미 생산된 물질, 상품 또는 수립된 절차, 시스템, 서비스의 주요한 개선을 이루는 경우에도 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로서 연구개발에 해당한다고 봄이 타당하다.
라) 한편 프라스카티 매뉴얼은 연구개발 활동에 관하여 새롭고, 창의적이고, 불확실하고, 체계적이고, 이전 가능하거나 재현 가능한 활동으로 규정하면서, ‘이미 알려진 방법들이나 기존 소프트웨어 도구를 이용한 기업용 소프트웨어나 정보시스템의 개발’ 등 불확실성이 결여된 활동을 연구개발 활동에서 제외하고 있고, 구 조특법은 프라스카티 매뉴얼에 기재된 내용을 이 사건 세액공제 관련 규정에 일부 반영하는 취지로 보인다.
그러나 ① 프라스카티 매뉴얼은 기본적으로 과학기술통계의 조사분석에 관한 통계 매뉴얼로서, 논의와 합의를 통해 제안된 지침의 집합체일 뿐이고 강제적 구속력을 지니지 않는 점, ② 연구개발은 새로운 지식을 창출하여 경제성장 등을 가져올 수 있으므로, 국가가 연구개발에 자원을 집중하기 위한 과학기술정책이나 조세정책 등을 수립할 수 있고, 이러한 정책 수립과정에서 다양한 고려요소 중 하나로서 프라스카티 매뉴얼의 일부 개념이나 내용을 반영할 수 있는 점, ③ 그런데 국가가 조세정책을 수립하는 과정에서 프카스카티 매뉴얼의 연구개발 개념 등을 그대로 반영하는 경우, 외관상 동일한 형태의 활동이더라도 그 목적이 과학적 또는 기술적 불확실성의 해소에 있는지에 따라 연구개발 활동에 해당하는지가 달라질 수 있는 등 지원 대상을 확정하거나 파악하는 데에 어려움이 있을 수 있고, 아울러 ‘신규성, 창의성, 불확실성, 체계성, 이전가능성 또는 재현가능성’과 같은 불확정개념에 의하여 조세특례의 요건을 규정하는 경우 관련 법령이 과세요건 명확주의의 원칙 등에 위배된다는 논란이 발생할 수 있으며, 실무적으로 과다한 행정비용 등이 소요되는 등 조세행정의 편의성이 저해될 수 있으므로, 그 연구개발 개념 중 일부만을 반영하여 조세정책을 수립할 수도 있는 점, ④ 이에 관하여 프라스카티 매뉴얼에서도 ‘조세지원 대상이 되는 연구개발에 대한 정의는 사법권역마다 다를 수 있고, 조세지원의 대상이 되는 연구개발 정의는 각 국가별 조세당국에 의한 지속적인 변화와 재해석이 이루어지게 된다’고 밝히고 있는 점, ⑤ 기업의 ‘혁신’을 지표로 하는 오슬로 매뉴얼에 의하는 경우 ‘소프트웨어가 개선된 비즈니스프로세스 개발에 활용되는 경우 스프트웨어 개발을 혁신 활동으로 간주’할 수 있는데, 국가는 앞서 살펴본 문제점 등을 고려하여 프라스카티 매뉴얼의 연구개발 개념에서 다소 완화된 ‘혁신’의 개념을 반영하여 조세정책을 수립할 수도 있고, 앞서 본 바와 같이 기술개발준비금 손금산입에 관한 특례의 경우 ‘기술의 개발 또는 혁신에 소요되는 비용’을 그 적용 대상으로 규정하기도 한 점, ⑥ 이 사건 세액공제 관련 규정의 개정 과정을 살펴보면, 프라스카티 매뉴얼의 내용을 일부 반영하면서도, 프라스카티 매뉴얼의 연구개발 개념 자체를 그대로 입법에 반영하지는 않은 점(예컨대, 이 사건 세액공제의 적용 대상인 인력개발비 중 위탁훈련비의 경우 대부분 창의성 등을 요건으로 하지 않아 프라스카티 매뉴얼의 연구개발 개념에 부합하지 않을 것으로 보인다) 등에 비추어 보면, 프라스카티 매뉴얼에 기재된 ‘불확실성’ 등 연구개발에 관한 개념이 이 사건 세액공제의 대상인 연구개발에 그대로 적용된다고 볼 수는 없으므로, 이 사건 시스템의 위탁개발이 반드시 과학적 또는 기술적 불확실성의 해소를 전제로 하여야 한다고 보기는 어렵다.
나아가 앞서 본 바와 같이 전사적 자원관리 시스템의 구축은 착수, 분석, 설계, 구축, 구현의 단계로 순차 진행되고, 실제로 우리나라 금융권에서 진행된 차세대시스템의 개발과정에서 프로젝트 범위와 요건의 불명확, 프로젝트 관리 체계 및 통제 체계의 미흡 등을 원인으로 하여 차세대시스템 개발이 실패한 경우가 상당한 정도에 이르는데, 이와 같은 분석 단계에서의 문제 등도 차세대시스템 연구개발 과정에서의 실패 요인에 해당하는 점을 고려할 때, 이러한 차세대시스템 연구개발의 하나로 진행된 이 사건 시스템의 위탁개발의 경우에도 상당한 정도의 불확실성이 존재하였다고 평가할 수도 있다.
마) 그리고 이 사건 시스템 등 금융보험회사의 전산시스템의 경우, 통상적으로 시스템 통합(SI) 업체 등이 그 당시의 정보기술(IT) 등을 활용하여 개발하고, 이와 같이 개발된 금융보험회사의 전산시스템에 의하여 새로운 금융보험업에 관한 기술이 구현되거나 기존 금융보험업에 관한 기술의 진전이 이루어지므로, 일종의 기술융합을 통한 기술의 진전이 이루어지는 것으로 볼 수 있다. 따라서 이 사건 시스템의 위탁개발 과정에서 전산시스템 구축에 관한 소프트웨어 개발 기술 등 정보기술의 진전이 이루어지지 않고 그 당시의 정보기술에 의하여 개발이 이루어졌다는 사정만으로 금융보험업에 관한 기술의 진전이 없었다고 볼 수는 없다.
아울러 연구개발 위탁계약은 그 연구개발의 목적, 내용, 성격 등을 반영하여 그 계약의 형식, 내용 등이 결정될 것인데, 앞서 본 사정에 비추어 볼 때, 이 사건 시스템 등 전산시스템의 위탁개발에 관한 계약이 전산시스템을 개발하여 인도하는 도급계약의 형식을 취하였다는 사정만으로 이 사건 시스템의 위탁개발이 연구개발 활동에 해당하지 않는다거나 그 과정에서 개발 실패의 위험이 존재하지 않았다고 볼 수도 없다.
바) 다음과 같은 사정 등에 비추어 보면, 이 사건 시스템에 의하여 구현된 금융보험기술은 위탁자인 원고의 기존 금융보험기술의 수준보다 상당한 정도로 진전되어 기존의 업무 절차, 시스템, 서비스의 주요한 개선을 이룬 것으로서 구 조특법 제9조 제5항의 기술적 진전이 있었다고 볼 수 있다.
⑴ 원고의 연결자회사인 ○○생보는 과거 △△△중앙회의 공제사업부문으로 존재하다가 2012. 3. 2. 물적분할되어 설립된 회사로서, 원고의 사업구조 개편, 2003년경 도입한 기존 시스템의 노후화, 시장 및 제도변화 등에 대응한 경쟁력 확보 필요 등으로 인한 새로운 시스템이 필요한 상황이었다. 이 사건 시스템은 그 개발 계획이 2008~2009년경 발의된 이후 2010. 10.경부터 2011. 7.경까지 운영구조설계 컨설팅을 거친 후 2012. 7.경 개발에 착수한 다음 2013. 6.경 개발이 완료되어 테스트 등을 거쳐 2013. 10.경부터 가동되는 등 그 개발 과정에 수백 명의 인원이 투입되어 약 12개월이 소요되었고, 개발을 위한 준비과정까지 포함하면 약 3년이 소요되었다. 이 사건 시스템은 ① 보험전산의 선진화를 통한 시장 경쟁력 확보, ② 현장지원 강화를 통한 고객서비스 향상, ③ 최신 기술의 시스템 구축으로 경쟁력 우위 확보라는 목표 아래 ㉮ 사업구조개편 방향에 부합하는 시스템, ㉯ 종합보험사를 지향하는 선진 보험시스템, ㉰ 법규 등 제도 개선사항을 반영한 시스템, ㉱ 효율적인 업무 프로세스 지원 시스템의 구축을 주요 전략으로 하여 단순히 자산 관리의 효율성을 제고하는 수준을 넘어 핵심 금융보험업의 수행 및 서비스의 확대를 통한 경쟁력 확보 등 업무 영역의 확대를 위한 시스템 구축을 목표로 하였다.
⑵ 구체적으로 이 사건 시스템은 고객 분야와 관련하여 ① 개인정보 보호법, 신용정보의 이용 및 보호에 관한 법률 등에 고객정보의 등록, 변경, 보호 등 관리 체계를 구축하였고, ② 기존에는 보험계약 중심의 고객정보가 관리되는 수준에 그쳤으나, 이를 고객 중심의 다양한 싱글 뷰(Single View) 제공, 실명인증 기능, 개인정보 수집·이용·제공 동의·철회 기능, 고객 정보의 통합에 의한 마케팅 활용 기반 제공 등을 지원하는 통합고객시스템을 구축하였으며, 영업지원 분야와 관련하여 ③ 가입설계의 경우 고객 선택 및 가입설계 방식의 간편화, 해지환급금 계산 속도 개선, 중도 인출 및 추가 납입 시물레이션 기능 추가, 보장내역·해지환급금·연금액 예시 조회 간편화, 선납보험료 및 납입 주기별 보험료 변화 시물레이션 기능 추가 등의 개선이 이루어졌고, ④ 청약의 경우 청약 프로세스의 간편화, ‘모집자 보고’ 입력 절차 이관, 청약서 발행 건을 자동으로 보험시스템에 전송 등의 개선이 이루어졌으며, ⑤ 마케팅의 경우 고객 접근 자료 강화, 고객 및 계약 이벤트의 적기 노출, 종합자산관리 서비스 제공 등의 개선이 이루어졌고, 재무설계 분야와 관련하여 ⑥ 재무정보 입력, 고객 상황 분석, 상품설계·제안 등의 절차에 의하여 고객의 재무설계를 지원하는 행복자산플랜 기능 등이 추가되었으며, 영업관리 분야와 관련하여 ⑦ 수수료 분류기준을 다양화하고 영업실적 관리를 통한 수수료 예측 기능을 제공하며, 영업실적 및 통계정보 관리 기능을 개선하였고, 신계약 분야와 관련하여 ⑧ 일반청약과 정책보험의 분리, 통합심사화면 구축, 증권보장내용의 통합관리, 증권번호 체계 등을 개선하였으며, 지급 분야와 관련하여 ⑨ 사고지급의 경우 접수 채널의 확대, 접수시 예상보험금 조회 기능, 통합안내로 원 스톱 서비스 제공, 통합심사시스템 등 구축, 사고유형 자동 선택, 연관보험금 자동생성, 저 리스크·소액 청구건 자동심사, 실손보험금 지급내역 상세 안내, 분할보험금 자동송금 등의 기능을 추가하거나 업무를 개선하고, 일반지급의 경우 고객별 일괄지급처리, 처리시 영수증 발행, 중도인출 화면 제공, 제지급금 계산 및 처리, 자동송금 서비스, 보험계약대출 계약 처리시 자동상계 등의 기능을 부가하거나 업무를 개선하였으며, 계약변경 등 분야와 관련하여 ⑩ 고객별 일괄계약 조회, 계약사항 변경 일괄처리, 수금 일괄처리, 특약 중도부가, 계약 마감 프로세스 등의 기능을 추가하거나 업무를 개선하였고, 입금 분야에서 ⑪ 고객별 통합입금처리, 무전표 처리, 자동이체 및 납입유예·일시중지 처리화면 제공, 연체·정상 동시 청구, 일별·납입방법별 입금 현황 비교를 통한 일일 마감, 고객별 가상계좌 운영, 자동대출 제도 등의 기능을 추가하거나 업무를 개선하였다. 이를 통하여 업무의 효율 증대 및 처리시간 단축, 직접비용(외주 인건비, 우편료 등) 등의 절감, 상품 출시기간 단축 등의 효과가 발생하였다.
⑶ 특히 이 사건 시스템은 룰 베이스 시스템(Rule Base System, 경영활동에 내재된 경영규칙을 체계적으로 시스템화하여 전사적 업무의 일관성을 확보하고 경영규칙의 유지관리를 쉽고 신속하게 하는 시스템)으로 개발되어 고객의 기존 계약정보, 성향 등을 바탕으로 맞춤형 보험상품을 추천하고, 상품 개발에 소요되는 기간을 획기적으로 단축하였다. 이 사건 시스템을 통하여 보험상품을 개발·유지하는 경우 보험 신상품 추가 및 변경시 규칙 데이터의 추가 및 변경 방식으로 전환이 가능하여 시스템의 유지보수성, 신뢰성 및 신속성 등이 향상되고, 궁극적으로 신상품 반영 작업을 전산실이 아닌 현업에서 시스템을 통하여 처리할 수 있어 보험상품 개발 업무의 효율성을 개선하였다. 또한 원고가 보험업을 영위하면서 축적한 데이터베이스를 바탕으로 구상한 보험상품이 실제 판매되는 경우 어떤 결과가 발생하는지에 대한 시나리오를 구상하여, 실제 상품을 판매하기 전에 비교·분석할 수 있는 시나리오 시스템, 상품·테스트 기능이 추가되었다.
⑷ 또한 이 사건 시스템은 기존에 나뉘어 있던 개별 업무 프로세스를 고객에 대한 유기적인 서비스를 제공할 수 있도록 사고보험금 처리 기능, 예상보험금 산정, 고객에 대한 재무설계 기능 등을 통합하였다. 이를 통하여 고객들에게는 고객이 요구하는 보장항목과 자산상황을 세부적으로 분석하여 어떤 보험이 고객에게 유리한지에 관한 정보를 제공하고, 그 보험의 실납입보험료를 실시간으로 계산하여 제공할 수 있게 되었다. 그리고 원고의 직원들은 이 사건 시스템 도입으로 화면을 이동하지 않고도 하나의 화면에서 보험료, 수금이동, 해약 등 보험계약에 관한 모든 내용을 손쉽게 확인할 수 있게 되어 고객과 직접 대면 상담 없이도 해당 고객에게 맞춤형 보험상품을 추천할 수 있게 되었다. 나아가 원고는 이 사건 시스템을 이용하여 신규 변액상품 도입, 상속·증여세 컨설팅, 고객 인생 이벤트별 재무 설계 등 다양한 금융서비스를 추가로 제공할 수 있게 되었다.
사) 앞서 본 바와 같이 금융기관들은 2002년경부터 차세대시스템의 도입을 시작하였고, 그 과정에서 소요된 비용이 이 사건 세액공제의 적용 대상에 해당하는지에 관한 다수의 소송이 제기되었는데, 그 소송에서 ‘금융기관들이 위탁한 용역이 대형 금융업의 실현, 핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고, 정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축함으로써 기술적 진전을 이루기 위한 활동’이라고 보아 이 사건 세액공제의 적용 대상에 해당한다는 판결이 선고·확정되었다(대법원 2014. 9. 4. 자 2014두7459 판결 등 참조). 이 사건 시스템의 위탁개발도 ‘기술적 진전을 위한 활동’에 해당하는 것으로서 위 선행 사건들과 같은 법리가 적용된다고 봄이 타당하고, 이와 다른 전제에 기초한 피고의 주장 부분은 받아들일 수 없다(위 선행 사건들의 판결은 ‘수탁자가 속한 산업 내에서 축적된 지식 또는 기술의 수준을 넘는 정도의 발전을 이룬 경우’ 등에 해당하는 경우에만 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당한다는 취지의 피고의 주장과 조화되기 어렵다).
3) 이 사건 시스템의 위탁개발이 ‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’에 해당하여 이 사건 세액공제의 적용 대상에서 제외되는지
2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정된 조특법 제9조는 제5항에서 ‘연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’을 말한다고 규정하여 ‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’을 연구개발에 포함하는 것으로 개정하면서, 제2항에서 이 사건 세액공제의 적용 대상인 연구개발비에 관하여 ‘연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용’으로 규정하였는데, 그 개정취지는 ‘현행 과학기술분야 중심의 연구개발비 세액공제를 서비스분야로 확대하여 서비스산업의 선진화 및 경쟁력 강화를 지원하되, 제도 시행 초기인 점을 감안하여 자체연구개발에 필요한 비용에 대하여만 세제 지원을 하고자 한 것’이다.
이들 규정의 문언, 이들 규정은 연구개발의 범위를 넓혀 이 사건 세액공제의 적용 대상을 확대하는 취지로 개정된 것인 점 등에 비추어 보면, ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’의 경우에는 자체연구개발, 위탁연구개발(공동연구개발)을 불문하고 그에 필요한 비용에 대하여 이 사건 세액공제를 적용하되, 이러한 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’에 이르지 못한 ‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’의 경우에는 자체연구개발에 필요한 비용에 대하여만 이 사건 세액공제를 적용하는 것으로 해석함이 타당하다.
따라서 앞서 본 바와 같이 이 사건 시스템의 위탁개발이 ‘기술적 진전을 이루기 위한 활동’에 해당하는 이상, 이 사건 시스템의 위탁개발이 ‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’에 해당하는지와 관계없이 이 사건 세액공제의 적용 대상에 해당한다.
4) 전담부서가 직접 이 사건 시스템의 개발용역을 수행하여야 하는지
가) 2013 사업연도 부분
구 조특법 시행령 제8조 제1항 [별표 6]의 1. 나. 1) 마)는 이 사건 세액공제를 적용받는 비용의 하나로 ‘국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서’에 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용을 들고 있는데, 이는 ‘전담부서를 보유한 국내외 기업’에게 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용을 이 사건 세액공제의 적용 대상으로 규정한 것일 뿐 그 전담부서에 연구개발용역을 위탁하거나 전담부서가 직접 위탁받은 연구개발용역을 수행하여야 하는 것은 아니라고 해석함이 타당하다(대법원 2014. 5. 29. 선고 2014두2348 판결 등 취지 참조). 앞서 본 바와 같이 원고가 전담부서를 보유한 소외 회사에 이 사건 시스템의 개발용역을 위탁하였으므로, 이 사건 연구개발비 중 2013 사업연도에 발생한 부분은 이 사건 세액공제의 적용 대상에 해당한다.
나) 2014 사업연도 부분
⑴ 한편 이 사건 세액공제의 적용 대상과 관련하여 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정된 조특법 시행령 제8조 제1항 [별표 6] 1. 나. 1) 마)(이하 ‘이 사건 위탁비용 규정’이라 한다)는 종전의 ‘국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서에 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용’이라는 규정 부분을 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등(전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)에 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용’으로 개정하였고, 위 개정 규정은 구 조특법 시행령 부칙(대통령령 제24368호, 2013. 2. 15.) 제2조 제1항 등에 따라 원고의 2014 사업연도 분부터 적용되므로, 이 사건 연구개발비 중 2014 사업연도에 발생한 부분은 수탁업체들의 전담부서에서 직접 수행한 부분에 한정하여 이 사건 세액공제의 적용 대상에 해당한다고 봄이 타당하다.
⑵ 이에 대해 원고는, 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2015. 3. 11. 대통령령 제26137호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 기초연구법 시행령’이라 한다) 제17조 제1항은 “전담부서의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 ‘연구전담요원 등’이라 한다)은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다”고 규정하여 수탁업체의 전담부서는 애당초 위탁받은 연구개발용역을 직접 수행하는 것이 불가능하므로, 전담부서에 연구개발을 위탁하는 경우 위 규정을 위반하게 되는 점, 이 사건 위탁비용 규정으로 개정되기 전에는 ‘전담부서에 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용’의 의미를 ‘전담부서를 보유한 기업에 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용’으로 해석하였고, 위탁개발에 대한 세액공제 자체를 위축시키거나 사실상 불가능하게 규정하는 것은 모법인 구 조특법 제9조 제5항의 위임 취지나 위임 범위에 반하는 점 등을 고려할 때, 이 사건 위탁비용 규정의 ‘전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다’는 부분은 사실상 별다른 의미가 없는 문구이거나 수탁업체가 연구개발을 재위탁한 경우 그 재수탁업체도 전담부서를 보유해야 한다는 의미를 가진 것에 불과하므로, 원고가 전담부서를 보유한 수탁업체 내지 재수탁업체에 연구개발용역을 위탁함에 따른 이 사건 연구개발비는 이 사건 세액공제의 적용 대상에 해당한다는 취지로 주장한다.
그러나 ① 이 사건 위탁비용 규정은 그 문언상 국내외 기업에 대한 위탁연구개발의 경우 이 사건 세액공제의 적용 대상을 ‘전담부서 등에서 직접 수행한 연구개발용역’을 위탁함에 따른 비용으로 한정하는 의미임이 분명하고, 이와 달리 그 적용 대상을 ‘전담부서를 보유한 국내외 기업이 수행한 연구개발용역’을 위탁함에 따른 비용으로 확대하여 해석하는 것은 법문의 통상적인 의미를 벗어나는 점, ② 이 사건 위탁비용 규정은 위탁연구개발의 경우 국내외 기업의 전담부서가 직접 연구개발용역을 수행할 것을 세액공제의 요건으로 하는 점을 명확하게 하기 위하여 개정되었고, 국내외 기업의 전담부서와 달리 대학, 국공립연구기관, 정부출연 연구기관, 국내외 비영리법인 등의 경우에는 종전과 마찬가지로 전담부서에서 연구개발용역을 직접 수행할 것을 요건으로 하지 않는 점, ③ 구 기초연구법 시행령 제17조 제1항은 전담부서의 연구전담요원 등이 자체연구업무를 전담하도록 하여 위탁받은 연구개발용역을 수행하는 것을 제한하고 있으나(구 기초연구법 시행령 제16조 등은 전담부서에서 의무적으로 확보하여야 하는 연구전담요원의 수를 특정하고 있다), 전담부서의 다른 직원들이 위탁받은 연구개발용역을 수행하는 것을 명시적으로 제한하고 있지는 않는 점, ④ 이와 달리 국내외 기업의 전담부서에 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용이 이 사건 세액공제의 적용 대상에서 실질적으로 제외된다고 하더라도, 구 조특법 제9조 제2항 제1호에서 이 사건 세액공제의 대상을 ‘연구·인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용’으로 규정하여 하위법령에 이 사건 세액공제의 대상이 되는 연구개발비에 관하여 구체적으로 정하도록 위임하고 있는바, 연구개발에 대한 세제지원의 필요성, 국가의 재정부담능력 등을 고려하여 대학, 국공립연구기관, 정부출연 연구기관, 국내외 비영리법인에 연구개발용역을 위탁하는 경우와 국내외 기업의 전담부서에 연구개발용역을 위탁하는 경우를 구분하여 세액공제의 적용 범위를 달리 정한 것이 모법의 위임 취지나 위임 범위를 벗어나는 것으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.
⑶ 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 제출한 자료만으로는 이 사건 연구개발비 중 2014 사업연도에 발생한 부분이 수탁업체들의 전담부서에서 직접 수행한 부분에 해당한다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 자료가 없다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 이유 있다.
 
다.  이 사건 시스템이 이 사건 제외규정의 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템’에 해당하는지
구 조특법 제9조 제2항 제1호는 이 사건 세액공제의 적용 대상인 연구개발비를 ‘연구·인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용’으로 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 조특법 시행령(2010. 3. 26. 대통령령 제22085호로 개정된 것) 제8조 제1항 [별표 6] 1. 나. 1)은 위탁연구개발(공동연구개발)의 연구개발비에 관하여 ‘연구개발용역을 위탁함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다)‘으로 규정하여 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템’의 위탁개발비용을 이 사건 세액공제의 적용 대상에서 제외하였다.
앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정 등을 종합하여 보면, 이 사건 제외규정의 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템’이란 구 조특법 제5조의2 제1호의 ‘전사적 기업자원 관리설비 시스템’ 및 이와 유사한 시스템을 의미하는 것으로서, 기업 부문에서 이미 상용화된 소프트웨어로 거래되는 ‘협의의 ERP 시스템’ 및 이와 유사한 시스템 등이 이에 포함될 뿐, ‘확장형 ERP 시스템’ 및 이와 유사한 시스템은 특별한 사정이 없는 한 이에 포함되지 않는다고 해석함이 타당하고, 이 사건 연구개발비 중 2013 사업연도에 발생한 부분은 ‘확장형 ERP 시스템’ 내지 이와 유사한 시스템의 위탁개발비용에 해당하므로, 이 사건 세액공제의 적용 대상에 해당한다고 봄이 타당하다.
1) 이 사건 제외규정이 신설될 당시의 구 조특법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제24조 제1항은 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제의 적용대상으로 ① 전자적 기업자원 관리설비(제4호), ② 전자상거래설비(제5호), ③ 자재조달·생산계획·재고관리 등 공급망을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비 등의 공급망관리 시스템설비(제6호), ④ 고객자료의 통합·분석, 마케팅 등 고객관계를 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비 등의 고객관계관리 시스템설비(제7호), ⑤ 구매·주문관리·수송·생산·창고운영·재고관리·유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비 등의 물류관리정보 시스템설비(제8호), ⑥ 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인이 보유하고 있는 지식을 체계화하고 공유하기 위한 지식관리시스템 등(제9호) 등을 규정하고 있었다.
그중 ‘전자적 기업자원 관리설비’란 같은 법 제5조의2 제1호에서 규정한 ‘구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비’인 ‘전사적 기업자원 관리설비’를 의미하는데, 이는 ‘협의의 ERP 시스템’에 해당하는 것으로 볼 수 있고, 그 밖의 공급망관리 시스템설비(SCM), 고객관계관리 시스템설비(CRM), 물류관리정보 시스템설비, 지식관리시스템 등은 ‘확장형 ERP 시스템’에 해당하는 것으로 볼 수 있다.
2) 이 사건 제외규정의 신설 취지에 관하여 ‘개정세법 해설’에서는 ‘ERP 등 시스템개발 위탁비용이 제외된다는 것을 명문화’한 것으로 설명하고 있고, 기획재정부의 ‘2010년 개정세법 설명자료’에서는 “종전에는 ‘ERP 등 시스템개발을 위한 위탁비용에 대해서는 명확한 규정 없음. 다만 ERP 도입비용에 대하여 실무상으로는 위탁 R＆D 비용의 일종으로 해석하여 운용’. ERP 위탁 도입비용은 소프트웨어 구입비용의 일종인 단순 자산취득비용으로서 R＆D 비용으로 보기 곤란하고, ERP 위탁비용은 생산성향상시설 투자세액 공제의 적용 대상이므로 R＆D 세액공제 대상으로 보는 경우 중복지원 결과를 초래하게 되어 ERP 도입비용에 대하여는 명확하게 명문으로 규정하여 R＆D 세액공제 대상에서 제외한다”는 취지로 설명하고 있다.
위 개정자료의 설명 등에 의하면, 이 사건 제외규정의 ‘전사적 기업자원 관리설비’가 구 조특법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제24조 제1항 제4호의 ‘전자적 기업자원 관리설비’에 해당함을 전제로 하여 그 도입비용이 ‘소프트웨어 구입비용’으로서 단순 자산취득비용에 해당함을 이유로 이를 이 사건 세액공제의 적용 대상에서 제외하고 있는데, 이는 결국 ‘협의의 ERP 시스템’으로서 상용화된 소프트웨어로 거래되는 ERP 패키지 등을 이 사건 세액공제의 적용 대상에서 제외하고자 한 것으로 볼 수 있다. 반면에 이 법원에 이르기까지 제출된 모든 자료들을 살펴보더라도, 이 사건 제외규정의 신설 과정에서 구 조특법 제24조 제1항 제5호 내지 제9호의 공급망관리 시스템설비, 고객관계관리 시스템설비, 물류관리정보 시스템설비, 지식관리시스템 등을 이 사건 세액공제의 적용 대상에서 제외한다는 입법취지로 이 사건 제외규정이 신설되었음을 뒷받침할 수 있는 뚜렷한 자료를 발견할 수 없다.
3) 이 사건 제외규정은 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템’이라고 규정하고 있는데, 이때 “등”의 사전적 의미는 ‘그 밖에도 같은 종류의 것이 더 있음을 나타내는 말’이므로 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템’이란 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 이와 유사한 시스템’으로 해석할 수 있다. 기획재정부도 ‘전사적 기업자원 관리설비 등’이란 조특법 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비 및 이와 유사한 설비를 의미한다고 회신하였다(조세특례제도과-671, 2016. 5. 31).
4) 한편 협의의 ERP인 ‘전사적 기업자원 관리설비’에 공급망관리 시스템설비, 고객관계관리 시스템설비 등을 추가한 확장형 ERP의 경우도 강학상 또는 실무상 단순히 ERP로 통칭되기도 하고, 이러한 확장형 ERP는 기업의 업무를 효율적으로 개선하는 시스템이라는 점 등에서 협의의 ERP와 유사한 측면이 있기는 하다.
그러나 ① 앞서 본 바와 같이 전사적 자원관리 시스템은 MRP(1970년대) → MRPⅡ(1980년대) → 협의의 ERP(1990년대) → 확장형 ERP(2000년대)의 단계로 순차적으로 발전하였고, 그 과정에서 조특법은 2000. 12. 9. 법률 제6297호로 개정되면서 생산성향상시설 투자세액공제의 적용 대상 설비로 ‘전자적 기업자원 관리설비’를 먼저 규정한 다음 이후 공급망관리 시스템설비, 고객관계관리 시스템설비 등을 순차적으로 추가하였는바, 조특법상 ‘전자적 기업자원 관리설비’는 협의의 ERP를 지칭하고 있음이 분명하고, 만일 이를 확장형 ERP를 의미하는 것으로 보아 장래 개발될 새로운 기능의 프로그램까지 포함하는 것으로 해석하게 되면, 납세자의 입장에서 과세 대상 또는 조세특례 대상 여부를 예견하기 어렵게 되는 등 과세요건 명확주의에 위배되는 결과를 초래하는 점, ② 협의의 ERP는 일반적으로 기업 내부에서 자원의 효율적 관리에 관한 시스템으로 이해되는 반면, 확장형 ERP는 협의의 ERP에 기업 외부(원재료 공급업체, 물류업체, 고객 등)를 포함한 자원의 효율적 관리 등에 관한 기능을 추가하고 있는 등으로 그 기능상의 차이점이 존재하고, 그 도입 시기나 상용화의 단계에서도 차이가 있으며, 이를 고려하여 조특법이 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되면서 ‘전자적 기업자원 관리설비’를 생산성향상시설 투자세액공제의 대상에서 제외하면서도 공급망관리 시스템설비, 고객관계관리 시스템설비 등 확장형 ERP에 대한 조세 혜택은 일정 기간 유지하는 등으로 그 과세상 취급에서도 차이를 두고 있는 점, ③ 2019. 2. 12. 대통령령 제29527호로 개정되어 2020. 1. 1.부터 시행된 조특법 시행령은 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템”을 “전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영·관리·지원 활동과 관련된 시스템”으로 개정하였는데, 이는 종래 세액공제 제외 대상에 포함되지 않았던 확장형 ERP를 ‘기업의 사업운영·관리·지원 활동과 관련된 시스템’ 등의 문언에 의하여 명확히 규정하는 방식으로 그 제외 대상을 추가한 것으로 보이고, 나아가 이와 같이 확장형 ERP에 대한 명확한 규율이 가능하였음에도, 이 사건 제외규정에서 구 조특법에 규정된 ‘전사적 기업자원 관리설비’의 문언을 사용하여 이 사건 세액공제의 제외 대상을 특정한 것이므로, 위와 같은 시행령 개정이 이루어지지 않은 상태에서 임의로 그 제외 대상의 범위를 확대하기는 어려운 점 등을 종합하여 보면, 위와 같은 확장형 ERP를 ERP로 통칭하는 사례가 있다는 사정 등을 고려하더라도 이 사건 제외규정에 확장형 ERP가 포함되는 것으로 해석하기는 어렵다.
5) 위 4. 나. 2) 바)에서 살펴본 이 사건 시스템의 구축 경위, 목표, 전산시스템의 구성 및 금융보험서비스의 개선 및 제공 내용 등에 비추어 보면, 이 사건 시스템은 확장형 ERP 시스템과 유사한 시스템에 해당한다고 할 것이고, 그 개발비용에서 범용 소프트웨어 및 하드웨어 구입비, 임차료 등의 비용을 제외한 운영 소프트웨어 개발비 및 인건비에 의하여 이 사건 연구개발비를 산정함으로써 단순 자산취득비용에 해당할 여지가 있는 비용 등을 제외한 사실은 앞서 본 바와 같다.
 
라.  이 사건 연구개발비가 적정하게 산정되었는지
앞서 든 증거에 의하면, 원고는 이 사건 시스템의 위탁개발계약서 및 각종 계획서, 세금계산서, 이 사건 연구개발비 산정 내역을 비롯한 회계자료 등의 검증, 분석을 통해 발생주의 원칙에 따라 적정하게 소프트웨어 개발비 및 인건비를 산정한 것으로 보이고, 피고도 구체적인 내역을 특정하여 다투지 않는 등 그 산정이 부적정한 것으로 의심할 만한 뚜렷한 사정을 발견할 수 없다.
 
마.  소결
1) 이 사건 연구개발비 중 2013 사업연도에 발생한 부분의 경우에는, 이 사건 시스템의 위탁개발이 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로서 연구개발에 해당하고, 위탁업체들의 전담부서에서 직접 위탁받은 연구개발용역을 수행하여야 하는 것은 아니며, 이 사건 시스템은 이 사건 제외규정의 적용 대상에 해당하지 않으므로, 이 부분 연구개발비는 이 사건 세액공제의 적용 대상에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에 기초한 이 사건 처분 중 2013 사업연도 법인세 경정거부처분은 위법하다.
2) 한편 이 사건 연구개발비 중 2014 사업연도에 발생한 부분의 경우에는, 위탁업체들의 전담부서에서 직접 위탁받은 연구개발용역을 수행하여야 하는데, 이에 해당한다고 인정할 만한 자료가 없으므로, 이 사건 세액공제의 적용 대상에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 처분 중 2014 사업연도 법인세 경정거부처분은 적법하다.
 
5.  결론
그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 하는데, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중 위에서 취소를 명한 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소하고, 이 사건 처분 중 2013 사업연도 법인세 경정거부처분을 취소하며, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각한다.
[별지 1 이 사건 시스템 구성도 생략]
[별지 2 원고의 수탁업체에 대한 연구개발비 지급 내역 생략]