【전문】

【원 고】

주식회사 ○○○ (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 장성두 외 1인)

【피 고】

강남세무서장

【변론종결】

2022. 5. 12.

【주 문】

 
1.  피고가 2017. 8. 9. 원고에 대하여 한 2014사업연도 법인세 482,604,780원(가산세 126,754,037원 포함) 증액경정처분 중 144,182,880원(가산세 37,869,005원 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.
 
2.  피고가 2017. 10. 24. 원고에 대하여 한 2013사업연도 법인세에 관한 결손금 727,735,587원 감액경정처분 중 395,905,212원 부분을 취소한다.
 
3.  원고의 각 나머지 청구를 기각한다.
 
4.  소송비용 중 1/5은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지】

피고가 2017. 8. 9. 원고에 대하여 한 2014사업연도 법인세 482,604,780원 증액경정처분 및 2017. 10. 24. 원고에 대하여 한 2013사업연도 법인세에 관한 결손금 727,735,587원의 감액경정처분을 각 취소한다.

【이 유】

1. 처분의 경위
 
가.  원고는 경영컨설팅업 등을 영위하는 법인으로, 대표이사 소외 3이 30%, 소외 2가 40%, 소외 4가 30%씩 원고 지분을 보유하고 있다. 2012년 말 기준으로, 원고는 벽지 및 인조피혁 제조·판매업 등을 영위하는 상장법인 △△△ 주식회사(이하 ‘△△△’이라 하고, △△△의 대표이사는 소외 2이다) 발행 주식의 5.44%인 1,693,479주를, 소외 2는 13.1%인 4,077,797주를, 소외 3, 소외 4는 각 11.39%인 3,545,490주를 각 소유하였다.
 
나.  △△△은 2012. 9. 21. 권면 총액 70억 원의 분리형 신주인수권부사채(이하 ‘이 사건 사채’라 하고, 해당 신주인수권을 가리켜 ‘이 사건 신주인수권’이라 한다)를 발행하였는데(표면이자율 2%, 만기이자율 6%, 만기 3년, 1주당 행사가액 958원), △△△의 특수관계인인 원고와 특수관계인이 아닌 소외 5 회사, 소외 6 조합, 소외 7 회사가 아래와 같이 이 사건 사채를 인수하였다.
인수자이 사건 사채 인수 권면액(원)특수관계인 해당 여부소외 5 회사786,000,000해당없음소외 6 조합2,214,000,000해당없음소외 7 회사2,000,000,000해당없음원고2,000,000,000특수관계인합계7,000,000,000?
 
다.  원고를 비롯한 이 사건 사채 인수인들은 아래 표 ‘① 신주인수권 배정’ 란 기재와 같이 이 사건 신주인수권을 배정받았고, △△△과 특수관계인이 아닌 위 인수인들은 2012. 9. 21. 소외 2, 소외 3, 소외 4에게 아래 표 ‘② 신주인수권 양도’ 란 기재와 같이, 자신들이 배정받은 이 사건 신주인수권의 50%씩(총 2,609,603주)을 1주당 47.9원에 각 양도하였다. 이에 따라 소외 2는 1,043,841주를, 소외 3, 소외 4는 각 782,881주의 신주인수권을 취득하였고, 2015. 4. 23. 각 이를 행사하였다.
인수인이 사건 사채 권면 총액(원)①신주인수권 배정②신주인수권 양도③보유주식수(①-②)신주인수권 행사일계7,000,000,0007,306,890(-) 2,609,603??소외 5 회사786,000,000820,459(-) 410,230410,2292014. 8. 12.소외 6 조합2,214,000,0002,311,065(-)1,155,5321,155,5332014. 8. 12.소외 7 회사2,000,000,0002,087,683(-)1,043,8411,043,8422014. 7. 24.원고2,000,000,0002,087,683?2,087,6832013. 9. 26. 및 2014. 9. 22.
 
라.  이후 이 사건 신주인수권의 조정 후 행사가액이 1주당 955원이 됨에 따라, 이 사건 신주인수권 행사로 인해 원고 주주들이 인수한 최종 신주의 수는 아래 ‘신주인수권 행사 지분’ 란 기재와 같이 되었고, 신주인수권 행사 전·후의 지분 변동에 관한 세부 내역은 아래 표 기재와 같다.
주주명변동전신주인수권 행사 지분변동후기존 지분율 초과 주식수주식수지분율주식수지분율주식수지분율소외 24,077,79713.10%1,047,12014.29%5,124,91713.33%86,952소외 33,545,49011.39%785,34010.71%4,330,83011.26%?소외 43,545,49011.39%785,34010.71%4,330,83011.26%?원고1,693,4795.44%2,094,24028.57%3,787,7199.85%1,695,496기타18,267,29158.68%2,617,80035.71%20,885,09154.30%?계31,129,547100%7,329,840100%38,459,387100%?
 
마.  위 표에서 보는 바와 같이, 이 사건 신주인수권을 보유한 원고는 2013. 9. 26. 및 2014. 9. 22.에 1주당 955원을 납입하고 이 사건 신주인수권을 행사하여 △△△ 주식을 각 1,047,120주씩 합계 2,094,240주를 새로이 인수하였다[이 사건 사채 발행 당시의 기존 지분율에 비례하여 배정받을 수 있는 수를 초과하여 원고가 인수한 주식 수는 2013. 9. 26. 및 2014. 9. 22. 각 847,748주(합계 1,695,496주)이다. 이하 이 사건 신주인수권 행사로 인하여 인수한 신주를 가리켜 ‘이 사건 신주’라 한다].
 
바.  서울지방국세청장은 2017. 4. 5.부터 2017. 6. 19.까지 원고의 2013사업연도 및 2014사업연도 법인세 통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하였는데, 원고가 이 사건 신주인수권에 관하여 기존 지분에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 시가보다 낮은 가액으로 이를 취득하였다고 전제한 다음, 원고의 기존 지분율(5.44%)을 초과하여 취득한 신주 1,695,496주에 대하여 1주당 행사가액 955원과 권리락 효과를 반영한 시가(2013. 9. 26. 행사분 847,748주에 대하여는 1,481원, 2014. 9. 22.자 행사분 847,748주에 대하여는 2,019원이다)와의 차액을 1주당 증여이익(2013년 행사분 526원, 2014년 행사분 1,064원)으로 삼은 다음, 여기에 2013년 및 2014년 초과배정주식 각 847,748주을 곱하여 2013년 초과배정이익을 446,166,972원으로, 2014년 초과배정이익을 902,040,887원으로 산정하였다. 피고는 위 각 초과배정이익에서 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제6항 및 구 상속세 및 증여세법 시행령(2015. 12. 15. 법률 제13557호로 개정되기 전의 것) 제58조의2 제2항 제1호 가목에 따른 이자손실분 각 50,261,760원을 공제하여, 신주인수권 행사로 인하여 원고가 얻은 2013년 분여이익을 395,905,212원으로, 2014년 분여이익을 851,779,127원으로 각 산정하였다.
 
사.  피고는 위 각 금액을 구 법인세법 시행령 제11조 제9호에 따라 익금산입하는 것을 전제로 하여, 2017. 8. 9. 원고의 2014사업연도 법인세 482,604,780원을 증액경정하고, 2017. 10. 24. 원고의 2013사업연도 법인세에 관한 결손금 727,735,587원을 감액하는 내용의 처분을 하였다(이를 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 
아.  원고는 2017. 10. 30. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. 11. 9. 이를 기각하였다.
 
자.  한편, 이 사건 세무조사에 앞서 서울지방국세청장은 2016. 5. 2. △△△ 주식변동조사 차원에서 ‘원고가 2013년 및 2014년 신주인수권 행사를 통해 이 사건 사채 발행시점의 원고 지분을 초과하여 이 사건 신주를 인수한 부분’에 대한 혐의에 대하여 조사한다며 원고에게 2013년 및 2014년 신주인수권 행사 관련 서류 일체를 2016. 5. 13.까지 제출할 것을 명하는 내용의 통지를 하였다. 서울지방국세청이 원고에게 송부한 ‘주식 등 변동에 관한 해명자료 제출 안내문’에는 ‘미비 또는 불분명한 사항’ 란에 ‘2013년, 2014년 신주인수권 행사시 저가 신주를 사채발행시점 자기지분을 초과하여 인수한 혐의’라 기재되어 있고, ‘해명(보완)을 요하는 사유 및 제출할 자료’ 란에는 ‘2013년, 2014년 신주인수권증권 행사 관련 서류 일체’라 기재되어 있다(이하 이 부분 조사를 가리켜 ‘이 사건 1차 조사’라 한다).
서울지방국세청장은 원고로부터 제출받은 이 사건 사채 발행 내역, 이 사건 신주인수권의 인수 및 행사 내역 등에 관한 서류 등을 검토한 후 2016. 5.경 원고에게 ‘원고가 2013년, 2014년에 행사한 △△△의 신주인수권 관련하여 발생할 수 있는 증여(수증)혐의에 대하여 서면 확인한 결과 무혐의 처리되었음을 알려드립니다’라고 기재된 ‘주식변동에 관한 소명자료 검토결과 안내문’(갑 제7호증)을 송부하였는데(이하 ‘이 사건 통지’라 한다), 위 안내문의 ‘주식거래사실’ 란에는 ‘2013년, 2014년 신주인수권 행사 관련’이라 기재되어 있고, ‘소명자료 분석내용’ 란에는 ‘신주인수권 행사관련 이익신고 누락 혐의없음’이라 기재되어 있으며, ‘분석결과’ 란에는 ‘무혐의’라고 기재되어 있다(한편, 이 사건 1차 조사에 따라 △△△의 대주주인 소외 2는 2016. 6.경 자신의 지분을 초과하여 신주인수권을 행사한 86,952주에 대하여 얻은 증여 이익을 120,532,862원으로 하여 산정한 증여세 14,106,572원을 자진신고·납부하였다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 10, 13, 14호증, 을 제1 내지 7호증(가지번호 있는 것은 이를 각 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 
2.  이 사건 처분의 적법 여부 
가.  관계 법령
별지 관계 법령 기재와 같다.
 
나.  원고의 주장
1) 피고는 이 사건 세무조사 이전에 원고의 △△△ 신주인수권 행사와 관련하여 이 사건 1차 조사를 실시하였고, 그 결과 원고에게 ‘무혐의’ 통지를 한 사실도 있으므로, 이 사건 세무조사는 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4에서 금지하는 재조사에 해당하고, 이에 근거한 이 사건 처분도 위법하다.
2) 이 사건 세무조사가 위법한 재조사에 해당하지 않는다고 하더라도, 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제8호의2에서 규정하는 이익분여의 당사자에 주식발행 법인은 포함될 수 없고, 원고의 이 사건 신주인수권 인수 및 행사에 경제적 합리성도 인정된다 할 것이어서, 원고가 자신의 지분율을 초과하여 이 사건 신주를 저가로 인수한 것이 부당행위계산 부인의 대상에 해당하지 않는다.
 
다.  이 사건 세무조사가 중복세무조사에 해당하는지 여부
1) 피고의 주장 요지
이 사건 1차 조사는 납세자에게 질문, 조사에 대한 수인의무를 부담시키는 세무조사에 해당하지 않으므로, 이 사건 세무조사 또한 금지되는 재조사에 해당하지 않는다.
2) 관련 법리
가) 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부·서류 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 ‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다.
나) 이러한 세무조사의 성질과 효과, 중복세무조사를 금지하는 취지 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 구 조사사무처리규정에서 정한 ‘현지확인’의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 보아야 한다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다.
다) 그리고 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 참조).
3) 구체적 판단
가) 이 사건 1차 조사가 ‘세무조사’에 해당하는지 여부
앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 1차 조사는 세무조사에 해당한다고 봄이 타당하다.
(1) 서울지방국세청장은 원고에게 증빙자료 등을 제출하라고 서면통지하면서 이 사건 1차 조사의 목적이 원고가 자신의 △△△ 지분율을 초과하여 이 사건 신주를 저가로 인수함에 따른 과세대상 여부를 검토하고자 함에 있음을 분명하게 밝혔고, 정해진 기한까지 증빙자료를 제출하지 않거나 제출된 자료가 미비한 경우 실지조사를 받게 될 수 있음을 예고하였다.
(2) 과세관청으로부터 위와 같은 문구가 기재된 제출 안내를 받은 납세자로서는 비록 자율적인 협조를 구하는 형식을 취하였더라도 그 제출을 거절하기가 어려울 것으로 보이고, 실제로 원고도 이에 따라 관련 자료 일체를 제출하였는바[원고는 이 법원에, 원고의 이사 소외 1이 ‘이 사건 통지를 받고 그 무렵 서울지방국세청 1층에서 담당 조사관에게 이 사건 사채 인수계약서, 예상발행가액 산정표, 이 사건 신주인수권 매매계약서 및 매매보고서, 신주인수권 행사 청구서, 행사가액 결정 및 행사결과에 관한 자료 등 이 사건 사채 및 신주인수권 관련 자료 일체를 전달하고 관련 내용을 직접 설명하였다’는 내용을 기재한 사실확인서(갑 제15호증)를 제출하였다], 위와 같은 기재가 관용적으로 사용하는 문구에 불과한 것이라고 볼 수는 없다.
(3) (피고의 주장과는 달리) 구 국세기본법 및 국세청 훈령인 ‘조사사무처리규정’상 세무조사가 반드시 납세자의 사무실 등에 출장하여 직접 납세자를 상대로 조사를 실시하는 경우만을 뜻한다고 볼 수 없고 과세관청이 증빙자료를 제출받는 경우도 포함되는 것으로 해석함이 타당하며, 앞서 살펴 본 이 사건 1차 조사의 경위나 서울지방국세청의 요구에 따라 결국 원고가 제출한 자료의 내용에 비추어 보아도 이 사건 1차 조사로 인해 원고의 영업의 자유가 상당한 정도로 제한되었을 것으로 보인다.
(4) 조사사무처리규정 제3조 제17호에 따르면, ‘주식변동은 출자, 증자, 감자, 매매, 상속, 증여, 신탁, 주식배당, 합병, 전환사채·신주인수권부사채·교환사채·기타 유사한 사채의 출자전환(전환·인수·교환 등) 등에 따라 주주 또는 출자자가 회사에 대하여 갖는 법적지위권 또는 소유지분율 및 소유주식수·출자지분이 변동되는 것’을 말하고, 주식변동조사는 주식변동 과정에서 관련 주주 및 해당 법인의 제세 탈루 여부를 확인하는 세무조사를 말하는바(제32호), 이 사건 1차 조사는 이와 같은 주식변동조사에 해당한다고 할 수 있다.
(5) 결국 피고의 주장과는 달리, 이 사건 1차 조사는 단순한 해명 안내에 그치는 것으로 보기 어렵고 실질적으로 원고로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인할 의무를 부담하도록 하고 있다.
나) 이 사건 처분이 금지되는 재조사에 따른 것으로서 위법한지 여부
관계 법령 및 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 처분은 이 사건 1차 조사와 같은 세목 및 같은 기간에 대한 재조사에 따른 것으로서 위법하다고 봄이 타당하다.
(1) 이 사건 1차 조사와 이 사건 세무조사는 모두 원고가 자신의 지분을 초과하여 이 사건 신주를 저가 인수한 자본거래에 관하여 원고의 2013사업연도 및 2014사업연도 법인세 과세대상 여부를 판단하기 위한 것으로, 기본적으로 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 이루어진 세무조사로 봄이 타당하고, 구 국세기본법 제81조의4 제2항과 구 국세기본법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28644호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의2에서 정하고 있는 중복조사가 허용되는 예외적인 경우에 해당한다고 볼 자료도 없다. 따라서 이 사건 세무조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당한다고 할 것이다. 그렇다면 위법한 이 사건 세무조사에 기초한 이 사건 처분은 위법하고 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
(2) 이와 관련하여 추가로 살펴보면, 이 사건 1차 조사는 구 국세기본법 시행령 제63조의12에서 정한 일종의 부분조사로서의 성질을 띠는데, 위 법령 시행 당시 대법원은, "세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다."고 판시하였고(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결 참조), 이 사건 1차 조사 당시 위에서 언급한 특별한 사정이 있었음을 인정할 증거가 없다.
 
라.  (가정적 판단) 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2 적용 여부 판단
1) 피고의 주장 요지
이 사건 신주 발행은 기존 주주들에게 지분비율에 따라 우선적으로 인수할 기회를 부여하지 않았으므로 제3자 배정방식에 해당하고, 이에 관하여는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2가 적용되는데, 원고는 기존의 지분율을 초과하여 저가 발행된 신주를 취득하는 방법으로 주식발행 법인인 ‘△△△의 이익’을 분여받았다고 볼 수 있으므로, 이와 같은 전제에 있는 이 사건 처분은 적법하다.
2) 구체적 판단
설령, (1) 이 사건 세무조사가 재조사가 금지되지 아니하는 세무조사에 해당하거나, (2) 이 사건 1차 조사는 △△△의 특수관계인인 다른 주주 등으로부터 원고가 분여받은 이익에 대한 것이고(피고는 2회 변론기일에 진술된 2022. 3. 8.자 준비서면에서 원고가 특수관계에 있는 △△△ 주주로부터 이익을 분여받았다는 것을 처분사유로 추가하고 있으나, 이는 이 사건 1차 조사의 대상과 직접적으로 중복되는 것이어서, 이에 관하여는 더 나아가 살펴볼 필요 없이 피고의 위 주장은 이유 없다), 이 사건 세무조사는 이 사건 사채 및 신주 발행 법인인 △△△으로부터 원고가 이익을 분여받은 이익에 대한 것으로서 재조사가 금지되지 아니하는 세무조사라고 하더라도, 아래와 같은 이유에서 피고의 위 주장은 이유 없다.
가) 구 법인세법 시행령 제11조 제9호는 "시행령 제88조 제1항 제8호 각 목의 어느 하나 및 같은 항 제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 ‘특수관계인’으로부터 분여받은 이익"을 익금의 범위에 포함하고 있다.
이에 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호는 ‘다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계인인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우’를 부당행위계산 부인 대상의 유형으로 들면서, 그중 나목에서 ‘법인의 자본(출자액 포함)을 증가시키는 거래에 있어서 신주(전환사채·신주인수권부사채 또는 교환사채 등 포함)를 배정·인수받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우’를 들고 있다.
그리고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2는 "제8호 외의 경우로서 증자·감자, 합병·분할, 상속세 및 증여세법 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환·인수·교환 등 법인의 자본(출자액 포함)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 ‘법인의 이익’을 분여하였다고 인정되는 경우"를 부당행위계산의 한 유형으로 정하고 있다.
나) 위 규정을 체계적으로 살펴보면, 구 법인세법 시행령 제11조 제9호상의 이익분여 주체인 ‘특수관계인’에 신주발행 법인이 포함되어 있다고 해석하기는 어렵다. 또한 제8호의2 규정의 서두에 ‘제8호 외의 경우로서’라는 문구를 포함시킨 것은 기본적으로 제8호의2는 제8호의 성격을 가지고 있음을 전제로 하고 있다고 볼 수 있는데, 제8호는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계인인 다른 주주에게 이익을 분여하거나 그로부터 이익을 분여받는 경우를 전제로 한다.
다) 제8호의2 규정은 2007. 2. 28. 법인세법 시행령 개정으로 인해 신설된 이른바 유형적 포괄주의 규정으로서 제8호이든 제8호의2이든 모두 신주인수인과 실권주주 사이의 이익분여를 그 규제대상으로 하는 것으로 봄이 타당하고, 제8호 이외에 제8호의2를 별도로 둔 것은 자본거래의 유형을 포괄적으로 규정함으로써 제8호를 보완하여 여기에서 규정되지 않은 새로운 유형의 행위에 대처하기 위한 것이지 신주인수인과 신주발행 법인과의 관계에서 부당행위계산 부인을 할 여지를 남겨두기 위한 것으로 볼 수는 없다.
라) 대법원 2020. 12. 10. 선고 2018두56602 판결은 비록 신주의 고가인수 사안에 대한 판결이기는 하지만, 대법원은 위 판결에서 ‘제8호의2는 신주를 고가로 인수한 주주가 신주발행 법인에게 이익을 분여한 것으로 보아 적용할 수 있는 규정으로 보기 어렵다’고 판시하며, 제8호의2는 신주발행 법인과 신주인수인 사이의 부당행위계산 부인을 적용하는 규정이 아니라는 취지의 판시를 한 바 있다.
마) 또한 부분세무조사의 사유에 관한 규정으로서 2018. 2. 13. 개정된 구 국세기본법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31452호로 개정되기 전의 것) 제63조의12 제1항 제1호는 "법인이 주식 또는 출자지분을 시가보다 높거나 낮은 가액으로 거래하거나 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 각 목 및 같은 항 제8호의2의 자본거래로 인하여 해당 법인의 특수관계인인 다른 주주 등에게 이익을 분여(分與)하거나 분여받은 구체적인 혐의가 있는 경우로서 해당 혐의에 대한 확인이 필요한 경우"를 부분조사 사유의 하나로 들고 있는데, 위 규정에 비추어 보면, 법인세법 시행령 제8호의2는 자본거래로 인하여 ‘특수관계인인 다른 주주로부터 이익을 분여받은 경우’를 전제로 하고 있을 뿐, 신주발행 법인으로부터 이익을 분여받은 것을 전제로 삼고 있지 않음을 알 수 있다.
바) 더욱이 신주 발행 등의 자본거래를 통하여, 신주발행 법인 자체가 그와 특수관계에 있는 주주인 법인 등에게 제8호의2 소정의 ‘(신주발행) 법인의 이익’을 분여한다는 개념은 기본적으로 자본거래가 가지는 성격과도 부합하지 않는다.
 
마.  취소의 범위
1) 과세처분 취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 사실심 변론종결 시까지 제출된 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되는 경우에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하고 그 전부를 취소할 것은 아니라 할 것이다(대법원 1997. 3. 28. 선고 96누15022 판결 등 참조).
2) 이 사건 처분에는 원고가 이 사건에서 다투는 이 사건 신주인수권 행사 관련 부분 이외에 원고가 다투지 아니하는 나머지 부분까지 포함되어 있는바, 이 사건 신주인수권 행사로 인하여 원고가 얻은 2013년 분여이익 395,905,212원, 2014년 분여이익 851,779,127원 상당의 익금산입 부분을 취소함으로써 이 사건 처분 중 취소의 범위를 특정할 필요가 있다.
3) 먼저 원고의 2013사업연도 법인세에 관하여 보건대, 피고는 395,905,212원을 부당행위계산 부인하고 이를 익금산입함으로써 2013사업연도 ‘각 사업연도소득금액’을 32,383,109원으로 산정하였으므로, 이 사건 처분 중 위 395,905,212원 상당의 결손금을 감액한 처분은 취소되어야 한다.
4) 다음으로 원고의 2014사업연도 법인세에 관하여 보건대, 2014년 원고의 분여이익으로서 피고가 익금산입한 851,779,127원을 취소하면, 원고의 정당한 2014사업연도 ‘각 사업연도소득금액’은 아래 표 ‘정당세액’ 란 기재와 같이 1,296,376,082원이 되고, 2013사업연도 이월결손금 중 395,905,212원을 감액한 부분이 위와 같이 취소되었음을 전제로 할 때, 공제가능한 이월결손금은 664,806,663원이며, 이에 따른 과세표준 631,569,419원(1,296,376,082원 － 664,806,663원)에 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것) 제55조에 따른 법인세율을 적용하여 산출한 정당한 법인세 본세는 106,313,883원, 이에 대한 가산세는 37,869,005원이 된다(합계액 144,182,880원).
(단위: 원)?피고 산정 법인세액(이 사건 처분 반영)2013년 분여이익 익금산입 취소2014년 분여이익 익금산입 취소정당세액각사업연도소득금액2,148,155,209?851,779,1271,296,376,082이월결손금268,901,451395,905,212?664,806,663과세표준1,879,253,758??631,569,419산출세액(본세)355,850,751??106,313,883주6)과소신고가산세35,585,075주7)??10,631,388주8)납부불성실가산세91,168,962주9)??27,237,617주10)가산세 소계126,754,037??37,869,005총결정세액주11)482,604,780??144,182,880
 
바.  소결
따라서 피고가 2017. 8. 9. 원고에 대하여 한 2014사업연도 법인세 482,604,780원 증액경정처분 중 144,182,880원(가산세 37,869,005원 포함)을 초과하는 부분을 취소하고, 피고가 2017. 10. 24. 원고에 대하여 한 2013사업연도 법인세에 관한 결손금 727,735,587원의 감액경정처분 중 395,905,212원을 취소함이 타당하다.
 
3.  결론
그렇다면 원고의 각 청구는 위 인정범위에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]