【전문】

【원 고】

○○○ 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 해광 담당변호사 장정연 외 1인)

【피 고】

인천광역시장 외 1인 (소송대리인 법무법인 새얼 담당변호사 최영식)

【변론종결】

2022. 9. 2.

【주 문】

1. 이 사건 소 중 원고의 피고 인천광역시에 대한 소를 각하한다.
2. 피고 인천광역시장이 원고에 대하여 한, 2020. 9. 9. 별지1 표준연료비 초과 지급액 173,808,910원의 4개월(2020. 9.부터 2020. 12.까지) 분할공제처분과 2021. 4. 26. 별지2 표준연료비 초과 지급액 153,749,500원의 4개월(2021. 5.부터 2021. 8.까지) 분할차감처분을 각 취소한다.
3. 원고와 피고 인천광역시장 사이에 생긴 소송비용은 피고 인천광역시장이, 원고와 피고 인천광역시 사이에 생긴 소송비용은 원고가 각 부담한다.

【청구취지】

주위적으로, 주문 제2항과 같은 판결을 구하고, 예비적으로, 피고 인천광역시가 원고에 대하여 한 1) 2020. 9. 9. 별지1 표준연료비 초과 지급액 173,808,910원의 4개월 분할 공제정산계획과 2) 2021. 4. 26. 별지2 표준연료비 초과 지급액 153,749,500원의 4개월 분할차감계획은 각 무효임을 확인한다.

【이 유】

1. 처분의 경위
 
가.  피고 인천광역시는 2009. 8.부터 원고를 포함한 인천광역시 시내버스 운송사업자(이하 ‘버스운송사업자’라 한다)들과 사단법인 인천광역시 시내버스수입금공동관리위원회(이하 ‘공동관리위원회’라 한다)를 설립하여 아래와 같은 ‘인천광역시 시내버스 수입금공동관리 준공영제’(이하 ‘이 사건 준공영제’라 한다)를 시행하고 있다.
1) 피고 인천광역시는 시내버스 노선, 운행계통에 대한 조정, 관리 권한을 가지고, 버스운송사업자들은 시내버스 운행, 노무, 차량 관리 등을 담당한다.
2) 공동관리위원회는 버스운송사업자들로부터 운송수입금의 관리 등에 관한 권한을 버스운송사업자들로부터 위임받은 법인으로서, 버스운송사업자들의 노선운행으로 발생하는 운송수입금을 공동 관리하면서 각 버스운송사업자의 운행실적에 표준운송원가를 적용하여 배분하되, 운송수입금 배분결과 부족분이 발생할 경우 피고 인천광역시에 재정지원을 신청하고, 피고 인천광역시는 이를 재정지원금으로 보전한다.
 
나.  원고는 이 사건 준공영제에 참여한 버스운송사업자로서, 노선번호 (노선번호 1 생략), (노선번호 2 생략), (노선번호 3 생략), (노선번호 4 생략), (노선번호 5 생략), (노선번호 6 생략) 등 6개의 노선을 운영하고 있다.
 
다.  피고 인천광역시는 이 사건 준공영제에 따라 각 버스운송사업자들에게 실제 지출한 연료비를 재정지원금으로 정산해 주었는데, 2015. 4.경 연료비 절감을 위하여 표준연비를 적용하여 연료비를 정산하는 내용의 ‘표준연비제 시행계획’을 마련하고, 2015. 6. 26.경 원고를 비롯한 버스운송사업자들, 인천광역시 버스운송사업조합(이하 ‘버스운송사업조합’이라 한다), 공동관리위원회(이하 ‘원고 등’이라 한다)에게 이를 통지하였다.
 
라.  피고 인천광역시는 2015. 11. 13. 버스운송사업조합과 이 사건 준공영제 운영에 필요한 사항을 정하기 위하여 ‘인천광역시 버스 준공영제 이행을 위한 합의’를 체결하였고, 2016. 11. 21. 위 합의에 기하여 2009. 8.경 마련된 ‘수입금 공동관리 준공영제 운영지침’을 ‘인천광역시 버스준공영제 이행협약서’로 변경하여 체결하였다(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다. 이 사건 협약은 2019. 3. 22. 개정되었다).
 
마.  피고 인천광역시는 표준연비제 시행을 위하여 소외 회계법인에 표준연비 산정용역(이하 ‘이 사건 표준연비 산정용역’이라 한다)을 의뢰하였고, 소외 회계법인은 2017. 10. 25.경 이 사건 준공영제에 참여하는 시내버스의 노선별·차량형태별 표준연비를 산정하였다.
 
바.  피고 인천광역시는 2018. 8.경 원고 등에게 ‘2018. 준공영제 시내버스 표준연비제 시행계획’(이하 ‘이 사건 시행계획’이라 한다)을 통지하였는데, 이 사건 시행계획에 기재된 표준연비제의 주요 내용은 아래와 같다.
Ⅱ. 추진개요 - 시행일시: 2018. 10. 1.부터 - 시행기간: 3년(표준연비제 정산적용 월부터 기산) - 대상: 준공영제 버스운송업체 32개사 - 방법 ○ ‘시내버스 경영 및 서비스 평가 용역’을 통해 산정한 ‘17년도 노선별 표준연비 적용 ○ 표준연비를 기준으로 ‘18년도 연료비를 정산하되, 정산 시 노선별 표준연료비 한도 내 재정지원 ○ 표준연비 시행과 동시 친환경 경제운전관리시스템 도입 운영Ⅲ. 세부추진계획 2. 연료비 정산체계 1) 정산시기: 반기, 연간(최종 정산) 2) 정산방법: 노선별로 표준연료비 한도 내 업체별 통합 정산 지급 ○ 표준연료비: (표준이동거리÷표준연비)×경유·CNG 단가 3) 적용단가 ○ CNG: 해당 월의 각 충전소 소비자단가 3. 페널티 및 인센티브 적용 1) 페널티: 표준연료비 기준. 초과액은 업체 미 지원(업체 부담) 2) 인센티브: 표준연료비 기준 절감 성과에 따라 업체별 성과금 지급 - 지급시기: 2019. 2. - 성과금: 절감액의 50%[배분 및 사용은 업체 자율 결정하되, 운전기사에게도 일정부분(50%이하) 허용토록 협의] - 절감액 산정: 표준연료비-실연료비=절감액 4. 정산기준 1) 기준근거 ○ 2017. 시내버스 표준연비 산정용역 결과 2) 표준연비 ○ 표준연비 산정: 실제연비×[1+가산비율(%)] ○ 표준연비: 노선별 표준연비(붙임1) 3) 표준이동거리 ○ 표준이동거리 산정: 평균 노선운행거리+평균 공차거리 ○ 표준이동거리: 노선별 표준이동거리(붙임1)(붙임) 노선별 표준연비(이하 ‘이 사건 표준연비’라 한다)회사명노선번호노선유형노선거리(왕복, km)표준연비CNG중형CNG대형원고(노선번호 4 생략)간선32.30?2.22원고(노선번호 5 생략)간선29.90?2.16원고(노선번호 2 생략)지선33.102.231.83원고(노선번호 1 생략)간선63.70?2.38원고(노선번호 6 생략)간선23.50?2.3원고(노선번호 3 생략)지선27.802.231.96?
 
사.  피고 인천광역시장은 그 후 원고 등에게 2018. 8. 31.자 ‘표준연비제 시행에 따른 협조 및 제출자료 안내’, 2018. 9. 14.자 ‘표준연비 조사표제출 및 신규·변경 노선에 대한 표준연비 적용 기준통보’, 2019. 4. 22.자 ‘여객자동차 운송사업 개선명령 등에 따른 신규·변경 노선 표준연비 재산정을 위한 자료 제출요청’ 등을 보내어 신규노선과 변경노선에 대한 표준연비 산정 및 재산정을 위한 자료제출을 요청하였고, 2019. 11. 18. 원고 등에게 2019. 11. 20.까지 표준연비 및 표준이동거리 재조정 요청을 마감한다는 ‘표준연비 및 표준이동거리 재조정 요청 마감 안내’를 보냈다.
 
아.  피고 인천광역시는 2009. 8.경부터 이 사건 준공영제 시행에 따라 ‘시내버스 표준운송원가에 따른 운송비용 정산지침’(이하 ‘이 사건 정산지침’이라 한다)을 제정하여 적용하여 왔는데, 위 표준연비제 추진에 따라 2019. 7.경 이 사건 정산지침을 아래와 같이 개정하였다.
[개정 전]실제 노선을 운행한 연료비의 지급 카드결제 명세서를 적용하여 정산한다.[개정 후]□ 차량 연료비○ 차량연료비 정산은 표준연비제를 적용하여 노선별 표준연비와 표준 이동거리로 계산한 표준연료비 한도 내에서 정산·지급하며, 노선별 표준연비와 표준이동거리는 전문기관의 용역을 통해 산정한 책정기준을 적용한다.○ 정산방법: 실제 연료비를 정산·지급하되 표준연료비 한도 내 정산지급 - 표준연료비: (표준이동거리÷표준연비)×경유·CNG 단가 - 실제연료비: 실주유량·충전량×경유·CNG 단가
 
자.  원고는 2020. 1. 7. 피고 인천광역시장에게 원고가 운행하는 노선의 운행 관련 자료를 제출하면서 표준연비 및 표준이동거리의 재조정을 요청하였고, 2020. 7. 23.과 2020. 10. 29.에도 표준연비 산정에 있어 이동거리와 관련한 오류가 있다는 이유로 이 사건 표준연비의 재산정을 요청하였다.
 
차.  피고 인천광역시장은 위와 같은 원고의 이 사건 표준연비 재산정 요청에 대한 답변을 하지 않은 채, 2020. 9. 9. 원고 등에게 ‘표준연비 연정산 세부계획을 통보하니 공동관리위원회에서는 2020. 9.부터 2020. 12.월 준공영제 재정지원금 지급 시 반영하여 달라’는 내용의 ‘표준연비 연정산 세부계획 통보’를 하였다(이하 위 통보 중 원고에 대한 부분을 ‘제1차 통보’라 한다). 위 통보서에 첨부된 ‘표준연비 연정산 세부계획(이하 위 세부계획을 중 원고에 대한 부분을 ‘제1차 계획’이라 한다)’ 중 원고 부분에는 이 사건 표준연비를 그대로 적용하여 별지1 기재와 같이 2018. 10.부터 2019. 9.까지에 대한 원고의 표준연료비 초과지급액을 173,808,910원으로 계산하고, 위 초과지급액을 2020. 9.부터 2020. 12.까지 4개월 간 원고에게 지급하여야 할 피고 인천광역시의 재정지원금에서 분할 공제하여 정산하도록 정하고 있다.
 
카.  공동관리위원회는 제1차 통보에 따라 2020. 9.부터 2020. 12.까지 원고에게 지급할 재정지원금 중 월 43,455,250원을 차감하여 지급하였다.
 
타.  피고 인천광역시장은 2021. 2. 3. 원고 등에게 ‘표준연비제 2차 정산 관련 기초자료 제출’을 보내어, ‘2019. 10.부터 2020. 12.까지’ 노선 신설, 변경, 차량 대·폐차 등으로 인해 표준연비가 없거나 이동거리 변경이 있는 경우 표준연료비 산정을 위한 기초자료 제출을 요청하였다.
 
파.  피고 인천광역시장은 2021. 4. 26. 원고 등에게 ‘표준연비제 2차 표준연료비 정산 시행계획을 통보하니 2021. 5.부터 2021. 8.월 준공영제 재정지원금 지급 시 반영하여 달라’는 내용의 ‘표준연비제 2차 표준 연료비 정산 시행계획 알림’을 하였다(이하 위 알림 중 원고에 대한 부분을 ‘제2차 통보’라 한다). 위 통보서에 첨부된 ‘표준연비제 2차 표준연료비 정산 시행계획(이하 위 시행계획 중 원고에 대한 부분을 ‘제2차 계획’이라 한다)’ 중 원고 부분에는 이 사건 표준연비를 그대로 적용하여 별지2 기재와 같이 2019. 10. 1.부터 2020. 12. 30.까지에 대한 원고의 표준연료비 초과지급액을 153,749,500원으로 계산하고, 위 초과지급액을 2021. 5.부터 2021. 8.까지 4개월 간 원고에게 지급하여야 할 피고 인천광역시의 재정지원금에서 분할 차감하여 정산하도록 정하고 있다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 6, 10, 11, 12, 33호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 5, 7, 8, 10, 11, 14, 16, 17호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 원고의 주장 요지
가. 피고 인천광역시장에 대한 주위적 청구
1) 절차상 하자
원고는 제1, 2차 통보로 인하여 기존에 지급받은 연료비 중 표준연료비를 초과한 금액을 반환하는 중대한 불이익을 입게 된다. 그럼에도 피고 인천광역시장은 원고에게 제1, 2차 통보의 전제가 된 이 사건 표준연비의 결과값만을 통보하였을 뿐, 노선별 표준연비 및 표준이동거리의 산정 근거와 이유를 적법하게 제시하지 않았다. 따라서 제1, 2차 통보는 이유를 제시하지 않은 절차상의 위법이 있다.
2) 재량권 일탈·남용
피고 인천광역시장은 제1, 2차 통보를 하면서 2016. 4.부터 2017. 3.까지의 자료를 기초로 산정한 이 사건 표준연비를 2018년부터 2020년 연료비 정산에 적용하였는데, 연도별 차령 변동에 따른 연비 절하가 반영되지 않은 점, 기존에 효율적으로 연료비를 조정하고 있던 업체들에게 손해를 입게 하는 결과가 발생하는 점, 원고의 노선변경, 공차운행거리 등을 제대로 반영하지 않은 점에 비추어 보면 위와 같은 이 사건 표준연비는 부적절하게 산정되었다. 따라서 이 사건 표준연비를 기초로 산정한 표준연료비를 초과한 연료비를 원고에게 부담하게 하는 제1, 2차 통보는 비례원칙에 위반하여 재량권을 일탈·남용한 것이다.
나. 피고 인천광역시에 대한 예비적 청구
제1, 2차 계획은 피고 인천광역시가 공법상 계약인 이 사건 협약의 당사자로서 행한 의사표시로 보아야 한다. 위 가.항 기재와 같이 이 사건 표준연비에는 중대한 오류가 있고 피고 인천광역시가 일방적으로 연료비를 지급하지 않은 것이어서 위 각 계획은 모두 무효이다.
3. 2021. 5. 27.자 청구취지 변경으로 추가된 청구의 적법 여부
 
가.  원고는 이 사건 소제기 당시 주위적으로 제1차 통보의 취소를, 예비적으로 제1차 계획의 무효를 청구하였다가, 2021. 5. 27. 청구취지 변경신청을 하면서 주위적으로 제2차 통보의 취소를, 예비적으로 제2차 계획의 무효를 각 추가하였다. 피고들은 위와 같은 청구취지 변경신청으로 추가한 청구와 기존의 청구 사이에 청구기초의 동일성이 인정되지 않으므로, 2021. 5. 27.자 청구취지 변경이 허용될 수 없다고 주장한다.
 
나.  청구의 변경은 소송절차를 지연함이 현저한 경우가 아닌 한 청구의 기초에 변경이 없는 한도에서 사실심의 변론종결 시까지 할 수 있는 것이고(행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제262조 제1항), 이때 청구의 기초에 변경이 없다함은 동일한 생활 사실 또는 동일한 경제적 이익에 관한 분쟁에 있어서 그 해결 방법에 차이가 있음에 불과한 경우를 의미한다.
 
다.  살피건대, 앞서 인정한 사실에 비추어 보면 제1차 통보 및 제1차 계획과 제2차 통보 및 제2차 계획은, 정산기간(2018. 10.부터 2019. 9.까지와 2019. 10.부터 2020. 12.까지)만 다를 뿐 모두 이 사건 표준연비에 따라 산정한 표준연료비를 기준으로 원고가 초과 지급받은 연료비를 이후 원고에게 지급할 재정지원금에서 공제하는 것을 내용으로 한다. 따라서 원고가 추가한 청구는 기존의 청구와 동일한 경제적 이익에 관한 것으로, 단지 정산기간에 따라 분쟁의 해결방법을 달리하는 경우로서 청구기초에 동일성이 있는 경우에 해당한다. 따라서 원고의 청구취지 변경신청을 허가하기로 한다.
4. 피고들의 본안전항변에 대한 판단
가. 피고 인천광역시장에 대한 소의 적법 여부
1) 피고 인천광역시장의 본안전항변
원고가 피고 인천광역시에 재정지원을 신청하여 피고 인천광역시장으로부터 재정지원 결정을 받음으로써, 원고에게 재정지원금으로 연료비를 지급받을 구체적 권리가 발생한다. 제1, 2차 통보는 그 자체로 원고의 재정지원신청에 대하여 거부하거나 일부 금액을 인정하는 결정으로서 원고에게 권리의 설정이나 의무의 부담을 명하는 등 권리의무에 직접 영향을 미치는 행위에 해당한다고 볼 수 없다.
2) 관련 법리
항고소송의 대상이 되는 행정처분이란 원칙적으로 행정청의 공법상 행위로서 특정 사항에 대하여 법규에 의한 권리 설정 또는 의무 부담을 명하거나 기타 법률상 효과를 발생하게 하는 등으로 일반 국민의 권리의무에 직접 영향을 미치는 행위를 가리키는 것이지만, 어떠한 처분의 근거가 행정규칙에 규정되어 있다고 하더라도, 그 처분이 상대방에게 권리 설정 또는 의무 부담을 명하거나 기타 법적인 효과를 발생하게 하는 등으로 상대방의 권리의무에 직접 영향을 미치는 행위라면, 이 경우에도 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당한다고 보아야 한다. 한편 행정청의 어떤 행위가 항고소송의 대상이 될 수 있는지는 추상적·일반적으로 결정할 수 없고, 구체적인 경우 행정처분은 행정청이 공권력 주체로서 행하는 구체적 사실에 관한 법집행으로서 국민의 권리의무에 직접적으로 영향을 미치는 행위라는 점을 염두에 두고, 관련 법령의 내용과 취지, 행위의 주체·내용·형식·절차, 그 행위와 상대방 등 이해관계인이 입는 불이익과의 실질적 견련성, 그리고 법치행정 원리와 당해 행위에 관련한 행정청 및 이해관계인의 태도 등을 참작하여 개별적으로 결정해야 한다(대법원 2010. 11. 18. 선고 2008두167 전원합의체 판결, 대법원 2012. 9. 27. 선고 2010두3541 판결 등 참조).
3) 구체적 판단
가) 위 법리에 기초하여, 앞서 든 사실 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, ① 「여객자동차 운수사업법」(이하 ‘여객자동차법’이라 한다) 제50조 제2항, 「인천광역시 여객자동차 운수사업 등에 관한 조례」(이하 ‘이 사건 조례’라 한다) 제3조 제2항은 재정지원 대상을 ‘여객자동차 운수사업자’라고 규정하고 있어, 원고를 포함한 이 사건 준공영제에 참여하는 버스운송사업자들은 피고 인천광역시에 대한 재정지원신청권이 있는 점(공동관리위원회가 버스운송사업자들로부터 위와 같은 재정지원신청권을 위임받아 피고 인천광역시에 재정지원 신청을 할 뿐이다), ② 원고는 공동관리위원회에 매월 시내버스 운송비용을 청구하여 실제 지출한 연료비를 지급받아 왔는데, 이는 공동관리위원회가 원고를 포함한 버스운송사업자들로부터 위임받은 연료비 상당의 재정지원 신청을 하고 그에 따른 재정지원금으로 받아 버스운송사업자들에게 지급한 것으로 볼 수 있는 점, ③ 피고 인천광역시장은 원고를 비롯한 버스운송사업자에게 표준연비제를 적용하여 표준연료비와 버스운송사업자가 지출한 실연료비와의 차액에 관하여 절감액 중 일부를 성과금 명목으로 정산·지급하거나 초과액을 차후 재정지원금 지급 시 공제하는 방법으로 재정지원금을 실질적으로 차등지원하되 노선별 표준연비와 표준이동거리는 전문기관의 용역을 통해 산정한 책정기준을 적용하겠다는 계획을 수차례 원고에게 통지하였으나, 피고 인천광역시장이 제1, 2차 통보로서 구체적으로 계산한 버스운송사업자별 연료비 연정산 현황(절감액 또는 초과액 현황)과 지급시기 또는 공제시기를 정하여 버스운송사업자들과 공동관리위원회에 알림으로써 비로소 공동관리위원회는 운송수입금과 피고 인천광역시장으로부터 받은 재정지원금을 배분·정산하면서 버스운송사업자들에 대하여 연료비 절감에 따른 일정금액 상당을 재정지원금으로 추가 지급하거나 초과액 상당을 차후 재정지원금 지급 시 공제하게 되는 점 등에 비추어 보면, 제1, 2차 통보는 버스운송사업자들에게 추가 재정지원금을 지급받거나 감액된 재정지원금을 받게 하는 구체적이고 직접적인 효과가 발생하게 하는 것으로, 항고소송의 대상인 행정처분에 해당한다고 할 것이다(이하 제1차 통보를 ‘이 사건 제1처분’, 제2차 통보를 ‘이 사건 제2처분’이라 하고, 이를 묶어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
나) 피고 인천광역시장은, 설령 이 사건 제1처분이 행정처분에 해당한다고 하더라도, 그 전에 통보된 피고 인천광역시장의 2020. 8. 26.자 연정산 계획과 내용이 동일하고 단지 원고에 대한 초과액을 일시 전액공제에서 4개월 분할공제로 변경한 점이 다를 뿐이므로, 이 사건 제1처분은 새로운 행정처분으로 볼 수 없고, 원고는 위 2020. 8. 26.로부터 90일 경과하였음이 역수상 명백한 2020. 12. 7. 이 사건 소를 제기하였으므로 이 사건 소는 제소기간 도과로 부적법하다는 취지로 주장한다.
앞서 본 사실 및 증거 및 갑 제9호증의 기재에 의하면, 이 사건 제1처분의 내용 중 주요 부분 대부분(연정산 현황, 절감액 및 초과액 총액 등)이 2020. 8. 26.자 연정산 계획 통보에 이미 반영되어 있는 사실은 인정된다. 그러나 위 2020. 8. 26.자 연정산 계획 통보에는 향후계획으로 ‘□연정산 현황 통보: 2020. 8. 24.’, ‘□2018. 10. ~ 2019. 9. 1년간 연정산 실시: 2020. 9. 10.’라고 하여 추후 구체적 정산내역을 통보할 것을 예정하고 있고, 원고에 대한 초과액의 공제 시기 및 액수가 구체적으로 나타나 있지 않으며, 이 사건 제1처분에서 비로소 2020. 9.부터 2020. 12.까지 4개월에 걸쳐 재정지원금 지급 시 매월 43,452,220원씩을 공제하기로 확정한 사실을 인정할 수 있다. 따라서 원고에 대한 재정지원금 공제 시기 및 액수가 이 사건 제1처분으로서 확정된 이상 이 사건 제1처분은 원고의 권리의무에 직접적이고 구체적으로 영향을 미친 새로운 행정처분으로 볼 수 있으므로, 이와 다른 전제에 선 피고 인천광역시장의 위 주장은 이유 없다.
다) 따라서 피고 인천광역시장의 본안전 항변은 모두 이유 없다.
나. 피고 인천광역시에 대한 소의 적법 여부
1) 피고 인천광역시의 본안전항변
피고 인천광역시가 버스운송사업자들에게 지급하는 재정지원금은 여객자동차법 제50조 제2항에 정한 보조금에 해당하고 피고 인천광역시와 버스운송사업자들 사이에 체결된 공법상 계약에 따른 대가라고 볼 수 없다. 따라서 피고 인천광역시의 이 사건 협약에 따른 의사표시로서 제1, 2차 계획의 무효 확인을 구하는 원고의 피고 인천광역시에 대한 소는 부적법하다.
나. 판단
1) 관계 법령의 내용 및 앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 피고 인천광역시가 버스운송사업자들에게 지급하는 재정지원금은 이 사건 준공영제의 시행에 따라 버스운송사업자들에게 발생할 수 있는 적자를 메워주고 이들에게 적정이윤을 보장해주어 위 준공영제가 잘 정착될 수 있도록 하기 위하여 반대급부 없이 지급하는 금원으로서, 여객자동차법 제50조 제2항이 규정하고 있는 보조금에 해당한다고 봄이 타당하다(대법원 2010. 7. 8. 선고 2009다54676 판결 참조).
① 여객자동차법 제50조 제2항은 ‘시·도가 대중교통을 활성화하기 위하여 버스교통체계를 개선하는 경우 여객자동차 운수사업자에게 필요한 자금의 일부를 보조할 수 있고, 이 경우 보조의 대상 및 방법과 보조금의 상환에 관하여 필요한 사항은 해당 시·도의 조례로 정한다.’라고 규정하고 있고, 이 사건 조례는 ‘버스운송수입금공동관리에 의한 운송수입금 부족액’이 재정지원(재정보조) 대상에 해당한다고 규정하면서(제3조 제2항), 피고 인천광역시장이 사업의 타당성, 신청자금의 적정성, 지원가능한 자금의 규모 등을 종합적으로 검토하여 그 지원여부를 결정하고(제5조 제1항), 여객자동차 운수사업자에 대한 경영 및 서비스 등의 평가결과에 따라 재정지원금을 우선지원하거나 차등지원할 수 있다(제5조의2)고 규정하고 있다.
② 이 사건 조례 제3조 제2항 제2호, 제4조, 제5조 제1, 2항, 이 사건 협약, 이 사건 시행계획, 이 사건 정산지침 등에 의하면, 공동관리위원회는 버스운송사업자들의 수입금을 공동관리하고 그 운행실적에 따라 수입금을 배분한 후 그 부족분이 발생할 경우 피고 인천광역시에 재정지원을 신청하고, 피고 인천광역시장은 사업의 타당성, 신청자금의 적정성, 지원가능한 자금의 규모 등을 종합적으로 검토하여 그 지원여부를 결정하는 점, 버스운송사업자들의 정산 대상이 되는 운송비용에는 운전직 인건비 등 실비 정산적 비용뿐만 아니라 적정이윤까지 포함하고 있는 점까지 고려하여 보면, 위 재정지원금의 법적 성격은 여객자동차법 제50조 제2항이 규정하고 있는 보조금에 해당한다고 할 것이고, 위 재정지원금 속에 실비 정산적 비용이 포함되어 있다고 하여 그 비용 부분의 법적 성격을 달리 볼 것은 아니다.
2) 한편, 제1, 2차 계획은 이 사건 각 처분에 첨부되어 실질적으로 위 각 처분과 동일한 것으로 보인다. 그렇다면 제1, 2차 계획은 위 제4. 가. 3). 가)항에서 본 바와 같이 피고 인천광역시장이 원고 등 버스운송사업자들에 대하여 보조금인 재정지원금을 차등지원하는 처분으로 봄이 상당하고, 원고의 주장과 같이 피고 인천광역시와 버스운송사업자들 사이에 체결된 공법상 계약에 따른 의사표시라고 보기 어렵다. 결국 원고와 피고 인천광역시 사이의 공법상 계약관계를 전제로 한 원고의 피고 인천광역시에 대한 소는 확인의 이익이 없어 부적법하다. 따라서 피고 인천광역시의 본안전항변은 이유 있다.
5. 관계 법령
별지3 기재와 같다.
6. 판단
가. 이 사건 각 처분에 절차상 하자가 존재하는지 여부
1) 행정청은 처분을 하는 때에는 원칙적으로 당사자에게 그 근거와 이유를 제시하여야 한다(행정절차법 제23조 제1항). 당사자가 신청하는 허가 등을 거부하는 처분을 하면서 당사자가 그 근거를 알 수 있을 정도로 이유를 제시한 경우에는 처분의 근거와 이유를 구체적으로 명시하지 않았더라도 그로 말미암아 그 처분이 위법하다고 볼 수는 없다(대법원 2002. 5. 17. 선고 2000두8912 판결 참조). 이때 ‘이유를 제시한 경우’는 처분서에 기재된 내용과 관계 법령 및 당해 처분에 이르기까지의 전체적인 과정 등을 종합적으로 고려하여, 처분 당시 당사자가 어떠한 근거와 이유로 처분이 이루어진 것인지를 충분히 알 수 있어서 그에 불복하여 행정구제절차로 나아가는 데 별다른 지장이 없었다고 인정되는 경우를 뜻한다(대법원 2009. 12. 10. 선고 2007두20362 판결, 대법원 2017. 8. 29. 선고 2016두44186 판결 참조).
2) 앞서 본 사실 및 앞서 든 증거, 갑 제3, 5, 6, 9, 19호증, 을 제17호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음의 사정을 종합하면, 원고로서는 이 사건 각 처분이 어떠한 근거와 이유에서 이루어진 것인지 충분히 짐작할 수 있었을 것으로 보이고, 달리 이 사건 각 처분의 효력을 다투어 행정구제절차로 나아가는 데 지장을 받았으리라고 볼 만한 사정은 발견할 수 없으므로, 이 사건 각 처분에 원고가 주장하는 바와 같은 절차상의 위법이 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
가) 피고 인천광역시장은 2015. 4.경 이 사건 준공영제를 시행함에 있어 연료비 정산과 관련하여 표준연비제를 도입하기로 계획한 후, 2015. 6. 26. 원고 등에 ‘표준연비제 시행 및 표준연비 산정 용역 협조 요청’을 보내면서 위와 같은 계획을 통지하였다. 이러한 표준연비제 시행계획에는 연료비 절감을 위하여 전문용역을 실시하여 합리적인 노선별 표준연비를 산정하고, 연료비 절감 성과에 따른 업체별 인센티브 및 페널티를 적용하겠다는 표준연비제의 기본적인 시행 방향이 기재되어 있다.
나) 이후 피고 인천광역시장은 표준연비 산정용역 과정에서 원고를 비롯한 버스운송사업자들의 참석 하에 2017. 3. 22. 착수보고회, 2017. 6. 19. 중간보고회를 개최하면서 표준연비 산정 방법과 산정용역 진행 경과를 설명하고, 표준연비제 및 표준연비 산정에 관하여 버스운송사업자들의 질의를 받고 이에 답변하기도 하였다.
다) 피고 인천광역시장은 2018. 8.경. 원고 등에게 이 사건 시행계획을 송부하면서, 표준연비제의 시행일시(2018. 10.부터) 및 시행기간(3년) 등 표준연비제의 세부내역과 함께 이 사건 표준연비 산정용역 결과 산정된 노선별 표준연비와 노선거리를 고지하였다. 원고를 비롯한 버스운송사업자들은 이 사건 표준연비 산정용역 과정에서 표준연비 산정의 기초자료를 직접 제공하였고, 위 착수 및 중간보고회를 통하여 표준연비가 어떤 방법으로 산정되는지 알 수 있었으므로, 이를 기초로 2018. 8.경 통지받은 노선별 표준연비와 노선거리가 적합하게 산정되었는지 검토할 수 있었던 것으로 보인다.
라) 이후 피고 인천광역시장은 원고들에게 수차례에 걸쳐 표준연비 및 표준이동거리 재산정을 위한 자료 제출 기회를 부여하기도 하였다(위 제1항 처분의 경위 사.항 참조).
마) 피고 인천광역시장은 이 사건 각 처분에 앞서 원고 등에게 2020. 8. 26. ‘2020년 표준연비 연정산 계획 통보’, 2021. 3. 17. ‘준공영제 시내버스 표준연비제 제2차 연정산 계획 알림’을 보내 이 사건 각 처분에 적용한 노선별 표준연료비 내역, 표준이동거리, 표준연비, 사용단가, 총이동거리를 다시 한 번 고지하였다.
나. 이 사건 각 처분에 실체적 하자가 존재하는지 여부
1) 여객자동차법 제50조 제2항에 의하면 시·도는 대중교통을 활성화하기 위하여 버스교통체계를 개선하는 경우 등의 사유가 있으면 여객자동차 운수사업자에게 필요한 자금의 일부를 보조할 수 있고, 이 경우 보조의 대상 및 방법과 보조금의 상환 등에 관하여 필요한 사항은 해당 시·도의 조례로 정하게 된다. 위 법령의 위임에 따라 제정된 이 사건 조례 제3조 제2항 제2호, 제5조 제1항, 제5조의2에 의하면 피고 인천광역시장은 버스운송수입금공동관리에 의한 운송수입금 부족액에 대하여 여객자동차운수사업자에게 재정보조를 할 수 있고, 피고 인천광역시장은 사업의 타당성, 신청자금의 적정성, 지원가능한 자금의 규모 등을 종합적으로 검토하여 그 지원여부를 결정하며, 여객자동차운수사업자에 대한 경영 및 서비스 등의 평가결과에 따라 보조 또는 융자 등 지원금을 우선지원하거나 차등지원 할 수 있다. 이 사건 협약 제12조 제1항, 2항, 제13조 제2항, 이 사건 정산지침도 위와 같은 법령에 근거하여 재정지원금에 관한 세부사항을 구체적으로 정하고 있다. 따라서 재정지원금을 지급할 것인지, 재정지원금을 어떠한 방법으로, 얼마나 지급할 것인지에 대한 최종 결정은 피고 인천광역시장의 재량에 속하는 것으로 보아야 한다. 결국 이 사건 각 처분에 대한 사법심사는 재량의 여지를 감안하여 원칙적으로 재량권의 일탈·남용이 있는지 여부만을 대상으로 하고, 사실오인과 비례·평등원칙 위반 여부 등이 판단 기준이 된다.
2) 여객자동차법이나 그 시행령, 시행규칙은 시·도가 하는 보조의 대상 및 방법 등에 관하여 필요한 사항을 해당 시·도의 조례로 정하도록 규정하고 있을 뿐이고, 시내버스의 수입금공동관리 준공영제를 시행함에 있어 그 운송비용 산정의 기본 구조를 실비정산 구조로 할 것인지, 표준운송원가 구조로 할 것인지, 그리고 표준운송원가를 구성하는 여러 비용항목들 중 어떤 비용항목에 실비정산적 요소를 어느 범위에서 반영하고 기준 비용은 얼마로 정할 것인지 등 제반 사항은 해당 지방자치단체가 결정할 정책적인 사항에 해당한다. 따라서 피고 인천광역시장이 연료비 항목에 있어 표준연비제를 도입한 것 자체를 법적 근거가 없다거나 재량권 일탈·남용에 해당한다고 볼 수는 없다.
이에 관하여 원고는, 2019. 3. 개정되기 전 이 사건 협약 제14조 제1항에서 ‘표준운송원가는 인천광역시와 버스운송사업조합이 각각 전문기관을 선정하여 매년 정하여 이를 익년도에 운용함을 원칙으로 한다’고 정하고 있으므로, 2016. 4.부터 2017. 3.까지의 자료를 기반으로 정한 이 사건 표준연비를 2018. 10.부터 2020. 12.까지 연료비 정산에 적용한 이 사건 각 처분은 위 협약에 위반되어 위법하다고 주장한다. 그러나 ① 피고 인천광역시장이 2018. 8.경 이 사건 시행계획을 통지하면서 ‘표준연비제의 시행일시, 시행기간, 대상, 방법, 정산기준 및 기준 근거’ 등 구체적인 내용을 알린 점(위 제1항 처분의 경위 바.항), ② 버스운송사업자별로 다양하게 지급되는 인건비, 복리후생비, 차고지 임차료 등 다른 운송원가 구성항목과 달리 표준연비의 경우 노선변경이 없는 한 특별한 변수가 발생하지 않는 점, ③ 위 협약 제14조 제1항의 규정에도 ‘원칙으로 한다’고 정하고 있으므로 표준연비의 경우 전체적 노선개편 시에 표준연비를 산정하고, 이후 개별 노선변경을 반영하는 방법으로 적용하는 것이 잘못되었다고 보기 어려운 점 등을 종합하면, 피고 인천광역시가 이 사건 표준연비 산정용역 결과 산정한 표준연비를 다음 노선개편 시까지 적용하는 것이 위법하다고 보기는 어렵다.
3) 한편, 표준연비제는 노선별 표준연비 및 표준이동거리로 계산한 표준연료비와 버스운송사업자가 지출한 실연료비와의 차액에 관하여 절감액 중 일부를 성과금 명목으로 정산·지급하거나 초과액을 차후 재정지원금 지급 시 공제하는 방법으로 재정지원금을 실질적으로 차등지원하는 것을 내용으로 하므로, 표준연료비 산정의 전제가 되는 노선별 표준연비의 정확성은 위 제도의 목표 달성과 재정지원금 배분의 공정성을 위한 핵심요소에 해당한다. 살피건대, 앞서 본 사실과 앞서 든 증거, 갑 제6, 9, 11, 13 내지 18, 20, 26, 27, 33, 34호증, 을 제2, 3, 6, 9, 10호증의 각 기재, 이 법원의 소외 회계법인에 대한 사실조회회신결과에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 등을 종합하면, 이 사건 각 처분은 원고에 대한 표준연비 및 표준이동거리를 적정하게 산정하지 않음으로써 재량을 일탈·남용한 것으로 위법하다. 따라서 이 부분 원고의 주장은 이유 있다.
가) 이 사건 각 처분의 전제가 되는 표준연비는 다음과 같은 방법으로 산정되었다.
 
1.  노선별 실제 평균연비 산정 원고를 비롯한 버스사업자들이 제출한 2016. 4.부터 2017. 3.까지의 노선별 운행기록을 검토하여 차량별 운행거리 및 연료사용량을 이용하여 노선별 실제연비 산정2. 노선별 가산비율 산정 가. 동일노선을 운행하는 동일 연식차량의 연비차이로 인한 연비차이비율[(차량별 연비-평균연비/평균연비]을 산정. 단, 연비차이비율은 평균을 상회하는 연비에 대해서만 분석하여 연비개선의 여지를 반영. 나. 연비차이비율을 차량별 월평균승객수로 가중평균하여 노선별 가산비율을 산정 노선별(유형별) 가산비율(%) = ∑[연비차이비율×가중평균비율(차량별 월평균승객수 기준으로 산정한 가중평균비율)]3. 노선별 표준연비 산정 노선별 실제연비에 가산비율을 가산하여 산정 노선별 표준연비=노선별 실제연비× [1+노선별 가산비율]
위와 같은 표준연비 산정 과정에서 ① 노선별 지형적 요인은 노선별 실제 평균연비 산정 과정에서 반영되고, ② 각 노선의 월별 평균승객수는 노선별 가산비율에 반영되어, 노선별 표준연비가 산정된다. 이러한 산정 과정의 특성상 표준연비 산정 후 노선이 변경된 경우(특히 연비가 낮은 정체 구간이 추가되거나 전체 운행거리에서 차지하는 비율이 증가되는 등 연비 감소 요소가 있는 경우) 노선별 실제 평균연비 산정에 반영되는 개별 노선의 지형적 요인이 바뀌게 됨으로써 노선별 실제연비가 바뀔 수밖에 없고, 여기에 가산비율을 가산하여 산정되는 노선별 표준연비도 바뀌게 된다. 결국 노선별 표준연비가 산정된 후 변경된 노선에 대하여는 노선 변경의 내용을 반영하여 기존에 산정된 표준연비를 수정하여야 하고, 기존의 표준연비를 그대로 적용하는 것은 적절하지 않다.
나) 또한 피고 인천광역시장은 노선별 표준연료비를 월별로 ‘(표준이동거리÷표준연비)×사용단가×월 운행횟수’의 방식으로 계산하였다. 원고가 사용한 연료(CNG)의 사용단가는 각 충전소의 소비자단가를 적용하고, 월 운행횟수는 인정된 운행횟수가 적용되나, 표준이동거리가 실제 이동거리보다 적거나, 표준연비가 과도하게 산정된 경우 노선별 표준연료비가 과소하게 산정되는 결과가 발생하게 된다.
다) 이 사건 표준연비 산정용역을 수행한 소외 회계법인은 2016. 4.부터 2017. 3.까지의 노선별, 차량별, 월별 운행기록을 기초로 노선별 표준연비를 산정하였다(을 제2호증의3 제8면). 한편, 위 2017. 3. 이후 원고가 운행하는 버스 노선은 아래와 같이 변경되었다.
순번변경일노선번호운행거리(km)비고변경 전변경 후주1)12017. 3. 5.(노선번호 1 생략)63.758.0운행구간 단축22017. 3. 5.(노선번호 6 생략)24.623.5운행구간 일부 변경32017. 7. 22.(노선번호 1 생략)58.063.7동춘동 운행구간 연장42017. 7. 22.(노선번호 3 생략)2327.8동춘동 운행구간 연장52018. 5. 26.(노선번호 1 생략)63.767.4운행구간 일부 변경62019. 3. 30.(노선번호 2 생략)33.1036.50운행구간 일부 변경
원고가 운행하는 6개의 버스 노선 중 위와 같이 노선이 변경된 4개 노선은 운행구간이 변경됨으로써 노선별 지형적 요인이 변화되었는데, 아래와 같은 사정을 종합해보면 위와 같은 노선별 지형적 요인의 변경이 이 사건 표준연비 산정용역에 제대로 반영되지 않은 것으로 보인다. 그럼에도 피고 인천광역시장은 이 사건 각 처분 시 이 사건 표준연비 산정용역 결과에 따라 산정된 표준연비를 그대로 적용하였다.
① 순번 1 내지 4 변경내역의 경우, 소외 회계법인은 2017. 4.부터 2017. 9.까지의 (노선번호 1 생략), (노선번호 6 생략), (노선번호 3 생략) 노선에 대하여 추가로 조사하였다는 취지로 사실조회회신을 하였다. 그러나 2016. 4.부터 2017. 3.까지의 운행자료를 기초로 산정한 표준연비 및 표준이동거리를 위와 같은 노선 변경내역을 반영하여 재산정한 사실이 있는지에 관하여는, 원고의 사실조회요청에도 불구하고 명확한 답변을 하지 않고 있다(이 법원의 소외 회계법인에 대한 사실조회회신결과 마.항). 결국 노선 변경 이후 추가 조사된 운행자료가 표준연비 산정에 어떻게 반영되었는지 알 수 없고, 소외 회계법인으로부터 최종 결과물을 받은 피고 인천광역시장이 그 결과물과 이 사건 표준연비의 산정과정을 구체적으로 밝히고 있지 않아 그 적정성을 확인할 수도 없다.
② 순번 5, 6 변경내역은, 노선변경 후 운행자료에 대한 추가조사가 이루어지지 않아 노선 변경내역에 따른 지형적 요인의 변경이 해당 노선의 표준연비 산정에 반영되지 않은 것으로 보인다.
③ 순번 6의 (노선번호 2 생략) 노선의 경우 2019. 3. 30.부터 운행거리가 36.50km로 연장되었음에도 2019. 3. 30. 이후 계속하여 표준이동거리(왕복)를 33.15km로 적용하여 표준연료비를 과소 산정하였다(갑 제9호증의5, 제19호증의3).
라) 피고 인천광역시장은 2019. 4. 22. 원고 등에게 신규·변경 노선 발생 시 조사표를 작성하여 제출하면 재산정 후 소급적용하겠다는 취지의 ‘여객자동차운송사업 개선명령 등에 따른 신규·변경노선 표준연비 재산정을 위한 자료 제출 요청’을 보냈고, 2019. 7. 19. 원고 등에게 원고가 운행하는 일부 노선[(노선번호 4 생략), (노선번호 5 생략)]을 비롯한 노선들의 실제연료비와 표준연료비 편차가 커 표준연비를 재산정할 필요가 있다는 취지의 ‘준공영제 시내버스 표준연비제 반기정산(2018. 10. ~ 2019. 3.) 현황 통보’를 보내기도 하였다. 원고도 이 사건 제1처분 전인 2020. 1. 7., 2020. 7. 23.과 이 사건 제2처분 전인 2020. 10. 29.에 피고 인천광역시장에게 표준연비 산정에 있어 이동거리와 관련한 오류가 있다는 이유로 이 사건 표준연비의 재산정을 요청하였다. 그럼에도 피고 인천광역시장은 원고 등에게 고지한 표준연비 재조정 요청 마감 시한인 2019. 11. 20.이 도과하였다는 이유로 이를 반영하지 않았고, 변경된 원고의 노선들의 표준연비 산정과정에서의 오류를 검토하거나 재산정하기 위한 조치를 취하지 않은 것으로 보인다.
마) 위와 같이 잘못 산정된 표준연비 및 표준이동거리는, 노선개편에 따른 표준연비 및 표준이동거리 재산정 시까지 계속하여 원고의 표준연료비 산정에 적용되었다. 그 결과 원고는, 표준연료비가 적정하게 산정되었을 경우 재정지원금으로 지원받을 수 있는 연료비를 계속 직접 부담하게 되고, 이는 다른 버스준공영제 참여 버스운송사업자와의 형평에도 반한다.
7. 결론
그렇다면, 이 사건 소 중 원고의 예비적 피고 인천광역시에 대한 소는 부적법하여 각하하고, 원고의 주위적 피고 인천광역시장에 대한 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.