【판결요지】

비영리내국법인(학교법인)이 법정 신고기한 내에 특별징수된 이자소득을 법인지방소득세 과세표준에 포함하여 신고하지 않은 경우, 그 미신고가 의도적 선택이든 담당직원 질병 등 불가피한 사유로 인한 단순 누락이든 불문하고 지방세법 제103조의32 제1항에 따른 분리과세방식을 선택한 것으로 간주되어 과세 절차가 분리 확정되므로, 신고기한 경과 후 기한 후 신고나 경정청구를 통해 해당 이자소득을 과세표준에 사후 포함시켜 기납부 특별징수세액의 환급을 구할 수 없음

【전문】

【주문】

상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.

【이유】

「상고심절차에 관한 특례법」은 대법원이 법률심으로서의 기능을 효율적으로 수행하고 법률관계를 신속하게 확정하도록 제4조 제1항 각 호에서 원심판결에 중대한 법령위반에 관한 사항이 있는 경우 등으로 심리 사유를 한정하고, 상고이유에 관한 주장이 각 호의 어느 하나의 사유를 포함하지 아니하거나 위 사유를 포함하는 경우에도 같은 조 제3항 각 호에 해당할 때에는 판결로 상고를 기각한다고 규정한다.

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나 상고인의 상고이유에 관한 주장은 「상고심절차에 관한 특례법」 제4조 제1항 각 호에서 정한 사유를 포함하지 아니하거나 같은 조 제3항 제2호에서 정한 원심판결에 영향을 미치지 아니하는 때에 해당한다.

「상고심절차에 관한 특례법」 제5조에 따라 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

【전문】

【주문】

 
1.  원고의 항소를 기각한다.
 
2.  항소비용은 원고가 부담한다.

【이유】

 
1.  제1심판결의 인용

원고의 항소이유 주장은 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심에 제출된 증거를 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다. 이에 이 법원이 이 사건에 관하여 기재할 이유는 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 것 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어 및 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 5쪽 3행의 괄호 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

【만약 특별징수된 이자소득에 관하여 기한 내에 과세표준 신고를 하지 않았음에도 사후에 이를 다시 자유롭게 과세표준에 포함시킬 수 있도록 허용한다면 분리과세 제도의 취지가 몰각되는 결과에 이르게 된다.】

○ 제1심판결문 5쪽 6행의 “불과하므로,”를 아래와 같이 고쳐 쓴다.

【불과하다. 나아가 지방세법 제103조의32 제1항이 비영리내국법인에게 특별징수된 이자소득에 대하여 과세표준 신고를 하지 않을 수 있다는 선택권을 부여하고 있고, 동조 제2항이 ‘과세표준 신고와 징수에 필요한 사항’을 하위 법령으로 정하도록 위임하고 있는바, ‘과세표준 신고에 필요한 사항’에는 신고의 방법 및 절차뿐만 아니라, 신고의 효력 및 신고를 하지 않았을 경우의 효력, 신고 후 변경 가능성 등 신고 제도의 운영에 필요한 전반적인 사항이 포함된다고 충분히 해석할 수 있다. 따라서】

○ 제1심판결문 5쪽 11행의 “이고,”부터 12행의 “없으므로,”까지의 내용을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

【이다. 즉, 지방세법 제103조의32 제1항이 특별징수된 이자소득에 대하여 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다고 규정한 것은 ‘신고를 하지 않는다’는 선택을 허용한다는 의미일 뿐이고, 법령의 문언상 ‘적극적으로 신고를 하지 않을 것을 선택한 것’과 ‘신고하는 것을 누락한 것’을 구별할 아무런 근거가 없다. 납세의무자가 특정 소득을 신고에서 누락한 경우 그것이 의도적이든 과실에 의한 것이든 해당 소득을 신고하지 않은 것으로 취급되는 것이지, 납세의무자의 주관적 의도나 동기를 기준으로 신고의 효력을 달리 판단할 수는 없다. 납세의무자의 주관적 의도나 동기에 따라 법령의 적용을 달리하는 것은 과세의 공평성을 해칠 수 있고, 신고기한이 경과한 후에도 기존에 과세표준 신고를 하지 않아 분리확정된 특별징수된 이자소득을 다시 과세표준에 포함시킬 수 있다고 한다면 납세의무자가 사후적으로 자신에게 유리한 선택을 할 수 있게 되어 과세의 예측가능성과 안정성을 훼손할 우려도 크다.】

○ 제1심판결문 6쪽 8행 아래에 다음과 같은 내용을 추가한다.

【원고는 지방세법 시행령 제100조의22 제2항이 과잉금지원칙에 위배되어 헌법에 위반된다는 취지로도 주장한다.'1) 지방세법 시행령 제100조의22 제2항은 비영리내국법인에게 특별징수된 이자소득에 대한 과세표준 신고 여부를 선택할 수 있는 권리를 부여함으로써 비영리내국법인이 일단 특별징수된 이자소득을 신고하지 않기로 선택한 이상 그에 따른 조세법률관계를 최종적으로 확정하고 과세관청과 납세의무자 모두에게 예측가능성을 부여하기 위한 것으로 목적의 정당성이 인정된다. 비영리내국법인이 신고하지 않기로 선택한 이자소득에 대한 사후적 변경을 제한하는 것은 과세관청으로 하여금 해당 법인의 과세표준이 최종 확정되었음을 신뢰하고 다른 행정업무를 수행할 수 있게 하여 조세행정의 효율성을 제고하고, 신고납세제도의 실효성을 확보하기 위한 적합한 수단이다. 납세의무자는 신고기한 내에 충분한 시간을 가지고 특별징수된 이자소득을 신고할 것인지 여부를 자유롭게 결정할 수 있으므로 애초에 납세의무자가 신고하지 않기로 선택한 사항에 대하여 사후 변경을 제한하는 것이 사후적 권리구제 수단을 원천적으로 봉쇄하는 것이라고 평가할 수는 없는바, 침해의 최소성의 원칙에도 부합한다. 나아가 지방세법 시행령 제100조의22 제2항은 조세법률관계의 신속한 확정, 조세행정의 효율성 제고, 신고납세제도의 실효성 확보 등의 공익을 달성하기 위한 것으로 그 중요성이 매우 큰 반면, 비영리내국법인이 특별징수된 이자소득을 신고하지 않기로 선택한 경우 해당 소득은 이미 특별징수 단계에서 과세가 완료된 것이므로 ‘환급액을 받지 못하는 불이익’이 발생한다는 원고의 주장은 그 전제 자체로 이유 없으며, 설령 납세의무자가 특별징수된 이자소득을 신고하지 않기로 선택한 후 사후적으로 이를 신고했더라면 더욱 유리했을 것이라는 점을 깨달았다고 하더라도 이는 납세의무자 스스로의 선택에 따른 결과일 뿐 그에게 어떠한 사익 침해가 발생하였다고 볼 수는 없는바, 법익균형성 또한 인정된다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 모두 받아들일 수 없다.】

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주1) 원고는 변론종결 후 제출한 2026. 1. 14. 자 참고서면에서 이와 같은 취지의 주장을 하였다.
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2.  결론

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

【전문】

【주문】

 
1.  원고의 청구를 기각한다.
 
2.  소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

 
1.  처분의 경위

가. 원고는 고유목적사업이 교육사업인 비영리내국법인으로, 2021. 5. 31. 관할 세무서장인 종로세무서장에게 2020 사업연도 귀속 법인세의 과세표준 및 세액을 신고하였으나, 지방세법 제103조의23 제1항에서 정한 기한(2021. 6. 30.까지) 내에 관할 지방자치단체의 장인 피고에게 2020 사업연도 귀속 법인지방소득세의 과세표준 및 세액을 신고하지는 않았다.

나. 원고는 지방세법 제103조의29 제1항에 따라 2020 사업연도에 발생한 이자소득에 대한 법인지방소득세로 126,996,660원을 특별징수 당하였는데(이하 ‘이 사건 기납부세액’이라 한다), 2022. 8. 8. 피고에게 2020 사업연도 귀속 법인지방소득세의 과세표준 및 세액에 관한 기한 후 신고를 하면서, 구 법인세법(2022. 12. 31. 법률 제19193호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제1항 제1호 (가)목에 따라 이자소득이 고유목적사업준비금으로 손금에 산입되었음을 이유로, 이 사건 기납부세액(126,996,660원)을 환급하여 달라고 신고하였다(이하 ‘이 사건 기한 후 신고’라 한다).

다. 원고는 2024. 1. 5. 피고에게 이 사건 기한 후 신고가 이루어졌음을 이유로 이 사건 기납부세액을 환급해달라는 내용의 경정청구를 하였으나, 피고는 2024. 2. 29. 지방세법 제103조의32, 같은 법 시행령 제100조의22에 근거하여 ‘비영리내국법인이 과세표준 신고를 하지 않은 특별징수된 이자소득에 대해서는 기한 후 신고 등을 통하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다’는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

 
2.  관계 법령

별지 기재와 같다.

 
3.  이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 지방세법 제103조의32 제1항은 비영리내국법인의 이자소득으로서 특별징수된 이자소득에 대하여는 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다고 정하고 있을 뿐이고, 이 경우 과세표준 신고를 하지 않은 이자소득에 대하여 기한 후 신고를 할 수 없다고 정하고 있지 않으므로, ‘과세표준 신고를 하지 않은 이자소득에 대해서는 기한 후 신고 등을 통하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다‘고 규정한 지방세법 시행령 제100조의22 제2항은 모법의 위임이 없거나 위임의 범위를 벗어나 무효이다(이하 ’제1 주장‘이라 한다).

2) 2019. 12. 31. 개정된 지방세법 제103조의19 제1항은 법인지방소득세의 과세표준은 법인세의 과세표준과 동일한 금액으로 한다고 정하고 있으므로, 법인지방소득세에 관하여 ‘과세표준 신고를 하지 않은 이자소득에 대해서는 기한 후 신고 등을 통하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다‘고 규정한 지방세법 시행령 제100조의22 제2항은 지방세법 제103조의19 제1항에 반하여 무효이다(이하 ’제2 주장‘이라 한다).

3) 지방세법 제103조의32 제1항은 특별징수된 이자소득에 대하여 과세표준 신고를 하지 않기로 적극적으로 선택한 경우에만 적용되고 과세표준 신고를 누락한 경우에는 적용되지 않는다고 봄이 타당한데, 원고는 특별징수된 이자소득에 대하여 과세표준 신고를 누락하였을 뿐이므로, 지방세법 제103조의32, 같은 법 시행령 제100조의22가 적용되지 않고 기한 후 신고를 할 수 있다고 보아야 한다(이하 ’제3 주장‘이라 한다).

나. 판단

1) 제1, 3 주장에 관한 판단

가) 지방세법 제103조의23 제1항에 따르면, 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내에 당해 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 신고하여야 하는데, 지방세법 제103조의32 제1항에 따르면, 비영리내국법인은 특별징수된 이자소득에 대하여 과세표준 신고를 하지 않을 수 있고, 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 않는다.

나) 앞서 본 지방세법의 규정에 따르면, 비영리내국법인은 특별징수된 이자소득을 당해 사업연도의 소득에 포함시켜 법인지방소득세의 과세표준 신고를 하고 이미 납부한 특별징수세액을 환급받거나(합산과세방식), 특별징수된 이자소득에 관하여 지방세법 제103조의23 제1항이 정한 기한 내에 법인지방소득세의 과세표준 신고를 하지 않고 별도의 절차 없이 이미 납부한 특별징수세액으로써 법인지방소득세 납세의무의 이행을 완료할 수 있다(분리과세방식).

다) 비영리내국법인이 지방세법 제103조의23 제1항이 정한 기한 내에 법인지방소득세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우, 특별징수된 이자소득에 대하여 지방세법 제103조의32 제1항의 규정에 의한 분리과세방법을 선택한 것으로 되어 특별징수된 이자소득에 대한 법인지방소득세 과세 절차는 분리 확정된다고 할 것이고, 법정신고기한 후에 법인지방소득세의 과세표준 신고를 하였다고 하더라도 달리 볼 수 없다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2004다4218 판결 참조).

라) 그렇다면, ‘과세표준 신고를 하지 않은 이자소득에 대해서는 기한 후 신고 등을 통하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다‘고 규정한 지방세법 시행령 제100조의22 제2항은 앞서 본 법리를 주의적으로 규정한 것에 불과하므로, 위 시행령 조항이 모법의 위임이 없거나 위임의 범위를 벗어나 무효라는 제1 주장은 받아들이기 어렵다.

앞서 본 법리에 따르면, 비영리내국법인이 지방세법 제103조의23 제1항이 정한 기한 내에 법인지방소득세의 과세표준 신고를 하지 않으면 지방세법 제103조의32 제1항의 규정에 의한 분리과세방법을 선택한 것으로 되어 과세 절차가 분리 확정되는 것이고, 비영리내국법인이 과세표준 신고를 하지 않은 주관적인 이유 내지 동기에 따라 지방세법 제103조의32 제1항의 적용 여부가 달라진다고 볼 수는 없으므로, 과세표준 신고를 단순 누락한 경우에는 지방세법 제103조의32 제1항이 적용되지 않는다는 제3 주장 역시 받아들이기 어렵다.

이에 대하여 원고는, 원고가 법정 신고기한(2021. 6. 30.까지) 내에 법인지방소득세 신고를 하지 못한 데에는 불가피한 사유(담당 직원의 코로나19 바이러스 감염)가 있어 이 사건 처분이 가혹하다고 주장하나, 원고가 2021. 5. 31. 법인세를 신고하였음을 고려할 때, 갑 제7호증의 기재만으로는 원고가 2021. 6. 30.까지 법인지방소득세를 신고하지 못한 데에 불가피한 사유가 있었다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정하기 어렵다.

2) 제2 주장에 관한 판단

가) 지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되면서, 종전에 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수되고 있었던 법인지방소득세가 독립세 방식으로 전환되었고, 지방세법은 구 법인세법 제62조(비영리내국법인의 이자소득에 대한 신고 특례) 제1항과 별도로 제103조의32(비영리내국법인에 대한 과세특례) 제1항의 규정을 둠으로써 특별징수된 이자소득에 대한 법인지방소득세 신고 여부에 따라 법인세와 법인지방소득세의 과세표준이 달라질 수 있음을 인정하고 있다.

나) 따라서 지방세법 시행령 제100조의22 제2항이 지방세법 제103조의19 제1항에 반하여 무효라는 제2 주장 역시 받아들이기 어렵다.

 
4.  결론

다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지

관계 법령

▣ 구 법인세법(2022. 12. 31. 법률 제19193호로 개정되기 전의 것)

제13조(과세표준)

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. (단서 생략)

제14조(각 사업연도의 소득)

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 뺀 금액으로 한다.

제29조(비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입)

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(괄호 생략)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

 
1.  다음 각 목의 금액

 
가.  「소득세법」 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. (후문 생략)

제60조(과세표준 등의 신고)

① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(괄호 생략) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

제62조(비영리내국법인의 이자소득에 대한 신고 특례)

① 비영리내국법인은 제4조제3항제2호에 따른 이자소득(「소득세법」 제16조제1항제11호의 비영업대금의 이익은 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조 및 제73조의2에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

제73조(내국법인의 이자소득 등에 대한 원천징수)

① 내국법인(괄호 생략)에 다음 각 호의 금액을 지급하는 자(이하 이 조에서 “원천징수의무자”라 한다)는 그 지급하는 금액에 100분의 14(괄호 생략)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세(괄호 생략)를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다. (단서 생략)

 
1.  「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득의 금액(괄호 생략)

▣ 지방세기본법

제50조(경정 등의 청구)

① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[괄호 생략]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(괄호 생략)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

 
1.  과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(괄호 생략)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

 
2.  과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(괄호 생략)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때

제51조(기한 후 신고)

① 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 자는 지방자치단체의 장이 「지방세법」에 따라 그 지방세의 과세표준과 세액(이 법 및 「지방세법」에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전에는 납기 후의 과세표준 신고서(이하 “기한후신고서”라 한다)를 제출할 수 있다.

④ 기한후신고서의 기재사항 및 신고절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

▣ 지방세법

제103조의19(과세표준)

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준(괄호 생략)과 동일한 금액으로 한다.

제103조의23(과세표준 및 세액의 확정신고와 납부)

① 「법인세법」 제60조에 따른 신고의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 신고하여야 한다.

제103조의29(특별징수의무)

① 「법인세법」 제73조 및 제73조의2에 따른 원천징수의무자가 내국법인으로부터 법인세를 원천징수하는 경우에는 원천징수하는 법인세(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이를 적용한 법인세)의 100분의 10에 해당하는 금액을 법인지방소득세로 특별징수하여야 한다.

제103조의32(비영리내국법인에 대한 과세특례)

① 비영리내국법인은 「법인세법」 제4조제3항제2호에 따른 이자ㆍ할인액 및 이익(「소득세법」 제16조제1항제11호의 비영업대금의 이익은 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제103조의29에 따라 특별징수된 이자소득에 대하여는 제103조의23에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 제103조의19에 따라 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

② 제1항에 따른 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준 신고와 징수에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

▣ 지방세법 시행령

제100조의22(비영리내국법인의 과세표준 신고의 특례)

① 법 제103조의32제1항을 적용할 때에 비영리내국법인은 특별징수된 이자소득 중 일부에 대해서도 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제103조의32제1항에 따라 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대해서는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등을 통하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.

 
끝.