【판결요지】

도시개발사업 시행자가 법인장부를 통해 지목변경 간주취득세 과세표준을 다시 산정하여 경정청구한 사안에서, 공구별 공사원가 집계가 불가능하고 지출 비용이 이 사건 토지의 조성 완료 이후 기간까지 포함되어 있어 법인장부에 의한 지목변경비용 증명이 불충분하며, 산업단지 감면 적용 기한 내 취득 사실도 증명되지 않아 경정청구 거부처분이 적법하다고 판단함

【전문】

【주문】

상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.

【이유】

「상고심절차에 관한 특례법」은 대법원이 법률심으로서의 기능을 효율적으로 수행하고 법률관계를 신속하게 확정하도록 제4조 제1항 각 호에서 원심판결에 중대한 법령위반에 관한 사항이 있는 경우 등으로 심리 사유를 한정하고, 상고이유에 관한 주장이 각 호의 어느 하나의 사유를 포함하지 아니하거나 이를 포함하는 경우에도 같은 조 제3항 각 호에 해당할 때에는 판결로 상고를 기각한다고 규정한다.

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나 상고인의 상고이유에 관한 주장은 「상고심절차에 관한 특례법」 제4조 제1항 각 호에서 정한 사유를 포함하지 아니하거나 같은 조 제3항 제2호에서 정한 원심판결에 영향을 미치지 아니하는 때에 해당한다.

「상고심절차에 관한 특례법」 제5조에 따라 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

【전문】

【주문】

 
1.  원고의 항소를 기각한다.
 
2.  항소비용은 원고가 부담한다.

【이유】

 
1.  이 법원의 심판범위

원고는 제1심에서 피고가 2019. 10. 10. 원고에게 한 경정청구 거부처분의 취소를 구하였는데, 제1심법원은 이 사건 소 중 보통징수 방식으로 취득세와 농어촌특별세가 납부된 부분에 대한 경정청구 거부처분 취소 청구 부분은 각하하였다. 위 각하된 부분에 대하여는 원고가 항소하지 아니하였으므로, 이와 같이 각하된 부분은 이 법원의 심판범위에서 제외된다.

 
2.  제1심판결의 인용

원고가 항소하면서 당심에서 주장하는 사유는 제1심에서 원고가 주장한 내용과 크게 다르지 않고, 제1심에서 제출된 증거들에다가 이 법원에 제출된 증거(갑 제20호증)를 보태어 원고의 주장들을 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다고 인정된다.

이에 이 법원이 이 사건에 관하여 기재할 이유는 다음과 같이 일부 고쳐 쓰는 것 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다(별지 ‘관계 법령’ 포함).

○ 제1심판결문 14쪽 12행부터 20행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『⑤ 이 사건 토지는 이 사건 사업부지 중 2018. 12. 31.까지 토지조성공사 및 분양절차가 완료된 부분으로서 그 토지조성공사 최종 완료일(2018. 12. 31.)이 1공구 준공완료일(2019. 12. 30.) 이전이고, 앞서 본 바와 같이 서울특별시장은 2019. 8. 22. △△지구의 공사 완료 부분과 미완료 부분을 구분하기 위하여 이 사건 사업부지를 1공구(완료 부분)와 2공구(미완료 부분)로 공구분할하는 공고를 하였음을 고려하면, 이 사건 토지는 위 공구분할 고시 당시 공사 완료 부분인 1공구에 위치한 것으로 보인다(따라서 이 사건 토지가 1, 2, 3공구에 걸쳐서 위치한다는 원고의 주장은 받아들이기 어렵다). 그런데 원고는 공구별 공사원가 집계가 불가능하다고 하므로, 이 사건 토지에 대한 공사원가 집계 역시 불가능에 가깝다.

⑥ 원고는 이 사건 토지에 대한 단위당 과세표준을 산정하면서, 이 사건 토지조성공사 시작일부터 1공구 준공 무렵인 2020. 1. 19.까지의 기간인 A기간 동안 △△지구 전체 토지조성공사에 지출된 지목변경비용을 이 사건 사업부지 전체 면적으로 나누어 1m2당 조성원가(단위당 과세표준)를 산정하는 방식을 취하였고, 이와 같은 방법으로 산정된 단위당 과세표준에 근거하여 이 사건 거부처분이 위법하다고 주장한다. 그러나 위 단위당 과세표준은 이 사건 토지의 조성에 지출된 지목변경비용 및 이 사건 토지의 면적을 기준으로 산정한 것이 아닐뿐더러, 이러한 방식은 적어도 A기간을 기준으로 이 사건 토지의 지목 변경에 소요된 단위면적당 비용이 그때까지 이 사건 사업부지 전체에 소요된 단위면적당 비용과 같거나 차이가 거의 없다는 점이 전제되어야만 타당성을 갖는다고 할 것인데, 그러한 전제가 성립한다고 볼 수 없다. 즉, A기간의 종기인 1공구 준공 무렵에는 이 사건 토지의 경우 예정 비용의 대부분이 투입되었을 것인 반면, 당시 공사 미완료 부분인 2공구 부분 중 상당수는 아직 예정된 비용이 모두 투입되지 않은 상태일 것이기 때문이다. 그리고 원고 주장과 같이 계산할 경우 이 사건 토지들의 1m2당 조성원가(단위당 과세표준)가 부당하게 과소 산정될 가능성이 매우 높다. 따라서 피고가 원고가 주장하는 단위당 과세표준을 받아들이지 않았더라도 이 사건 거부처분이 위법하다고 할 수는 없다.

⑦ 한편 원고가 제시하는 서울고등법원 2023. 5. 11. 선고 2021누56352 판결은, 법인장부 작성 무렵에 사업대상 토지 대부분의 준공이 완료되어 추가 투입 비용이 미미할 것으로 보였던 사안으로서, 이 사건과는 서로 전제하는 구체적 사실관계가 다르므로(이 사건에서는 원고 법인장부상 A기간의 종기인 위 2020. 1. 19.을 기준으로 할 때 공사가 미완료된 부분의 면적이 상당하였다) 그 결론을 이 사건에 원용하기 적절하지 않다(더욱이 위 판결의 사안에서는 원고가 문제된 토지에 대하여 택지조성원가를 기준으로 과세표준을 산정하여 먼저 취득세를 신고한 적도 없어서 과세관청이 해당 토지에 대해 특정 택지조성원가를 취득세 과세표준으로 삼을 별다른 법적 근거도 없었다).』

 
3.  결론

원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인데, 제1심판결은 이와 결론이 같아 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.

별지

세액 재계산 내역

(단위: 원)
구 분	기 신고	재산정	미환급
취득세 결정세액	7,848,059,840	4,305,415,110	3,542,644,730
취득세 가산세 등	462,085,830	12,067,410	450,018,420
농어촌특별세	1,130,298,230	1,481,215,710	-350,917,480
농어촌특별세 가산세 등	807,720	361,760,380	-360,952,660
합계	9,441,251,620	6,160,458,610	3,280,793,010

【전문】

【주문】

 
1.  이 사건 소 중 보통징수 방식으로 취득세와 농어촌특별세가 납부된 부분을 각하한다.
 
2.  원고의 나머지 청구를 기각한다.
 
3.  소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

 
1.  처분의 경위

가. 원고는 도시개발법에 따른 도시개발사업 등을 목적으로 설립된 지방공사로, 서울 강서구 △△동 일원의 △△도시개발구역(이하 ‘△△지구’라 한다)의 사업시행자이다.

나. 원고는 △△지구 내 토지(이하 ‘이 사건 사업부지’라 한다)에 대한 토지조성공사(이하 ‘이 사건 토지조성공사’라 한다)를 시행하여, 2014. 4. 18.경부터 위 사업부지 중 사용승인을 받은 일부 토지에 대하여 토지의 지목변경에 따른 간주취득세를 신고ㆍ납부하거나 보통징수(고지납부)방식에 따른 세액을 납부하였다. 원고는 그 때부터 2018. 12. 31.까지 이 사건 사업부지 중 분양절차가 완료된 토지 1,524,319㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 대하여, 위 간주취득세 합계 10,189,450,210원(농어촌특별세 및 가산세 포함, 이하 ‘이 사건 간주취득세’라 한다)을 납부하였다. 이 사건 간주취득세 신고ㆍ납부(보통징수 방식에 따른 납부분 포함) 완료 필지 현황은 다음과 같다.



이 사건 간주취득세 납부 완료 필지 중 일부 필지(74,253㎡)에 대하여는 보통징수(고지납부)방식으로 취득세 및 농어촌특별세(이하 ‘취득세 등’이라 한다)가 납부되었다(이하 ‘이 사건 보통징수 부분’이라 한다). 그 납부 내역은 다음과 같다.



다. 원고는 2019. 8. 12. 피고에게, ‘① 이 사건 간주취득세의 과세표준은 원고가 당초 신고한 추정택지조성원가(734,486원/1㎡)가 아닌 법인장부상 입증되는 실제 투입비용을 기준으로 산출된 택지조성원가(504,488원/1㎡)로 산정해야 한다(제① 주장). ② 이 사건 사업부지 중 △△일반산업단지 내 기타시설용지(주차장용지, 위험물저장 및 처리시설용지, 보육시설용지) 총 11,766㎡ 중 원고가 취득세 등을 신고ㆍ납부한 10,603㎡(이하 ’이 사건 기타시설용지‘라 한다)에 대하여는 2014년 시행 중이던 지방세특례제한법 제78조 제1항에 따라 산업단지 감면이 적용되어야 한다(제② 주장)’는 등의 주장을 하며, 이 사건 간주취득세를 아래와 같이 경정하여 줄 것을 청구하였다(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다).



라. 이에 대하여 피고는 2019. 10. 10. 원고의 제① 주장은 ‘부적합’, 제② 주장은 ‘적합’, 이 사건 경정청구 대상 토지 중 피고가 2014. 8.경부터 10.경까지 보통징수의 방법으로 부과ㆍ고지하여 납부한 취득세 등에 해당하는 납부세액은 지방세기본법 제50조에 규정된 경정청구의 대상에 해당하지 않는다는 이유로, 이 사건 경정청구 중 일부만 받아들이고 나머지는 받아들이지 않았다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다). 이 사건 거부처분 내역은 다음과 같다.

경정청구세액	과세표준(원)	산출세액(A)	비과세/감면세액(B)	환급세액
취득세 등	당초신고	1,112,264,079,456	9,726,556,660
결정·경정	1,112,264,079,456	9,666,713,000
증감액		△59,843,660		59,843,660

마. 이에 원고는 2020. 1. 3. 이의신청을 거쳐, 같은 해 6. 23. 조세심판원에 심판청구를 제기하였다. 조세심판원은 2023. 6. 15. 폐기물처리시설부담금 31,500,000,000원을 과세표준에서 제외하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

 
2.  본안전 항변에 대한 판단

가. 피고의 본안전 항변 요지

이 사건 보통징수 부분에 대하여는 2014. 8.경부터 2015. 1.경까지 부과·고지 및 납부가 이루어졌으므로 이미 쟁송기간이 도과하여 불가쟁력이 발생하였다. 또한, 이 사건 경정청구 중 보통징수 부분은 경정청구기간이 도과한 후에 제기된 경정청구로서 부적법하여 피고가 이 부분에 대한 경정을 거부하였더라도 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 보통징수 부분에 대한 경정거부처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

나. 관련 법리

1) 구 지방세기본법(2015. 5. 18. 법률 제13293호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세본법’이라고만 한다) 제51조 제1항은 경정청구 기간에 관하여, ‘이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 3년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초 신고 및 수정신고한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다. 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때, 2. 과세표준신고서에 기재된 환급세액(「지방세법」에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때’라고 정하고 있다.

2) 경정청구기간이 도과한 후에 제기된 경정청구는 부적법하여 과세관청이 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 거부처분을 할 의무가 없으므로, 과세관청이 경정을 거절하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다(대법원 2017. 8. 23. 선고 2017두38812 판결 등 참조).

 
다.  판단

앞서 본 법리에 앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들, 즉 ① 이 사건 보통징수 부분에 대한 취득세 등 부과·고지 및 납부는 2014. 8.경부터 2015. 1.경'1)까지 이루어진 점, ② 원고가 위 보통징수 부분에 대한 취득세 등 부과처분에 대하여 경정을 청구하려면 구 지방세기본법 제51조 제1항에 따라 그 결정이 있음을 안 날로부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내로 한정)에 그 결정된 과세표준 및 세액의 경정을 청구하여야 하는 점, ③ 그런데 원고가 이 사건 경정청구를 한 것은 2019. 8. 12.로 이 사건 보통징수 부분에 대한 최종 부과·고지 및 납부가 이루어진 2015. 1.경부터 90일이 지난 것이 역수상 명백한 점 등에 비추어, 이 사건 보통징수 부분에 대한 경정청구는 경정청구 기간이 도과한 후에 제기된 것으로서 부적법하여 피고가 그 경정을 거부하였더라도 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다. 따라서 이 부분 소는 부적법하다.

-----------------------------------------------------------------------------------------------

주1) 이 사건 보통징수 부분에 대하여는, 피고는 이 사건 거부처분에서 2014. 8.경부터 같은 해 10.경까지 부과·고지 및 납부가 이루어졌다고 보았으나, 피고는 2023. 12. 4.자 준비서면(5면)에서 2014. 8.경부터 2015. 1.경까지 부과·고지 및 납부가 이루어졌다고 하고, 원고가 이에 대하여 다투지 않고 있으므로, 2014. 8.경부터 2015. 1.경까지 부과·고지하여 납부된 것으로 본다.
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3.  이 사건 거부처분의 위법여부에 대한 판단

가. 원고 주장 요지

원고의 아래 주장에 따라 이 사건 간주취득세에 대한 과세표준 및 세액을 재계산하면, 환급세액 총액은 4,890,109,220원이 된다. 그럼에도 피고가 59,843,660원만을 환급세액으로 인정하여 이 사건 거부처분을 한 것은 위법하다.

1) 제1 주장(취득세 과세표준 산정기준)

이 사건 간주취득세 과세표준은 원고가 당초 신고한 추정택지조성원가(734,486원/1㎡)가 아닌 구 지방세법 시행령(2018. 12. 31. 대통령령 제29437호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법 시행령’이라 한다) 제17조 단서에서 정한 법인장부상 입증되는 실제 투입비용을 기준으로 산출된 택지조성원가로 산정하여야 한다. 그럼에도 피고가 원고의 법인장부가 아닌 추정택지조성원가를 기준으로 과세표준을 산정하여 이 사건 거부처분을 한 것은 구 지방세법(2018. 12. 31. 법률 제16113호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제10조와 같은 법 시행령 제17, 18조 및 실질과세 원칙에 위반한 것이다.

2) 제2 주장(산업단지 감면)

① 원고가 이 사건 사업부지 내 △△지구 1공구에 대하여는 2009. 9. 30.경, △△지구 2공구에 대하여는 2010. 2. 1.경 각 토지조성공사를 착공하였으므로, 이 사건 기타시설용지에 대하여는 2024. 12. 31.까지 취득하는 산업단지 내 부동산에 대한 취득세 면제를 규정한 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정된 것, 이하 ‘2014년 지방세특례제한법’이라 한다) 제78조 제1항이 적용되어야 한다(제2-1 주장).

② 원고는 2009. 9. 30. 이 사건 사업부지 내 단지조성공사에 착공하였는데 당시 시행된 지방세법에서 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세와 등록세 부과를 면제하고 있었고, 위 면제조항은 2015년경 감면비율이 인하될 때까지 장기간 지속되어 원고는 이 사건 기타시설용지에 대하여도 취득세가 감면될 것으로 신뢰하였다(제2-2 주장). 따라서 위와 같은 이유로 이 사건 기타시설용지에 대한 취득세는 감면되어야 한다.

3) 제3 주장(취득세 과세표준 산정 관련 건설자금이자)

이 사건 사업부지 매입 등을 위한 비용(용지비, 보상비, 이주대책비 등)에 대한 건설자금이자 1,347,253,650원은 이 사건 사업부지의 지목변경을 위한 비용에 해당하지 않으므로 지방세법 시행령 제18조 제1항에 따라 과세표준에서 제외되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 제1 주장에 대한 판단

1) 관련 규정 및 법리

가) 구 지방세법에 따르면, 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 하고(제10조 제1항), 취득 당시의 가액은 원칙적으로 취득자가 신고한 가액에 의하되(제10조 제2항 본문), 그 신고가액이 구 지방세법 제4조가 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 시가표준액을 과세표준으로 하며(제10조 제2항 단서), 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득에 대하여는 구 지방세법 제10조 제2항에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다(제10조 제5항 3호). 위 규정의 취지는 취득자가 사실상 취득가액으로 신고한 금액을 취득세의 과세표준으로 하되, 구 지방세법 제10조 제5항의 요건이 충족된 경우에는 납세의무자의 신고 유무나 금액 등과 관계없이 증명된 사실상의 취득가격으로 과세표준이 정하여진다는 의미이다(대법원 2006. 7. 6. 선고 2005두11128 판결 등 참조).

한편 구 지방세법은 토지의 지목변경의 경우 그 지목을 사실상 변경함으로써 가액이 증가한 경우를 ‘취득’으로 보고(제7조 제4항), 지목변경으로 인하여 증가한 가액을 과세표준으로 하되(제10조 제3항 전문), 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 시가표준액을 과세표준으로 한다고 정하고 있다(제10조 제3항 후문). 지목변경으로 인하여 증가한 가액의 구체적인 산정 방법에 관하여는 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액에서 지목변경 전의 시가표준액을 뺀 가액으로 하되(구 지방세법 시행령 제17조 본문), 판결문 또는 법인장부로 지목변경에 든 비용이 증명되는 경우에는 그 비용으로 한다(구 지방세법 시행령 제17조 단서).

이처럼 토지의 지목변경의 경우 구 지방세법 제10조 제3항에 따라 시가표준액을 적용하여야 할 때에도 법인장부에 의하여 취득가격이 증명되는 경우에는 시가표준액이 아닌 사실상의 취득가격을 과세표준으로 하는데(구 지방세법 제10조 제5항 제3호, 구 지방세법 시행령 제18조 제3항 제2호), 이는 토지의 지목변경에 따른 가액 증가분을 원칙적으로 토지의 시가표준액을 기준으로 산정하되, 판결문이나 법인장부 등에 의하여 그 비용이 객관적으로 증명되는 경우에는 시가표준액을 기준으로 한 산정방식에 우선하여 위와 같이 증명된 가액으로서 과세표준을 산정하여야 함을 규정한 것이다. 이때 ‘취득가격’이란 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 구 지방세법 시행령 제18조 제1항 각 호에 열거된 금융비용 등 간접비용의 합계액으로 산정한다(구 지방세법 시행령 제18조 제1항). 결국 토지의 지목변경으로 인한 취득세의 경우 법인장부에 의하여 토지의 지목변경에 든 비용(직접비용과 간접비용의 합계액)이 증명되는 경우에는 그 비용을 과세표준으로 하고, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 시가표준액보다 적을 때에는 시가표준액을 기준으로 과세표준을 산정하여야 한다.

나) 구 지방세법령이 법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이다. 따라서 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니지만(대법원 1993. 4. 27. 선고 92누15895 판결 등 참조), 법인의 장부가액이 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 신빙성이 있는 경우에는 이를 기준으로 과세표준을 산정하여야 한다(대법원 2017. 1. 12. 선고 2015두45380 판결 등 참조). 반면, 납세자가 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 지목변경에 든 비용을 증명하지 못하는 경우에는 이를 과세표준으로 삼을 수 없다고 할 것이므로 이러한 증명 불가로 인한 불이익은 납세자가 부담할 수밖에 없다.

2) 인정사실

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제5, 8, 10, 14, 19호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

가) 이 사건 사업 진행 현황



⑴ 서울특별시장은 2007. 12. 28. 서울특별시고시 제2007-491호로 원고를 사업시행자로 하여 △△ 도시개발구역 지정 및 개발계획수립을 고시하였다. 2023. 9. 14. 현재 이 사건 사업부지는 현황은 다음과 같다.

⑵ 서울특별시장은 2019. 8. 22. 서울특별시공고 제2019-278호로 도시개발법 제50조(준공검사)에 의거하여 △△ 도시개발구역의 공사완료부분(1공구)과 공사미완료부분(2공구)를 구분하기 위한 공구분할을 공고하였다.

⑶ 서울특별시장은 2020. 1. 9. 서울특별시공고 제2020-12호로 △△ 도시개발사업(1공구) 2,545,026.1㎡와 △△일반산업단지(1공구) 880,048.4㎡가 2019. 12. 30. 준공되어 1공구 공사가 완료되었음을 공고하였다. 이후 서울특별시장은 2022. 3. 31. 서울특별시공고 제2022-906호로 △△ 도시개발사업(2공구) 355,274㎡와 △△일반산업단지(2공구) 73,413.2㎡가 2022. 3. 25. 준공되어 2공구 공사가 완료되었음을 공고하였다.

⑷ 이 사건 사업은 현재 3공구 공사가 완료되지 않았으며, 서울특별시고시 제2024-578호에 의하여 사업시행기간이 2007. 12. 28. ~ 2024. 12. 31.에서 2007. 12. 28. ~ 2026. 12. 31.로 연장되었다.

나) 원고의 법인장부 내역

⑴ 원고가 이 사건 토지조성공사에 관하여 작성한 법인장부(갑 제4호증)에 따르면, 원고는 다음과 같은 방식으로 지목변경에 따른 취득세 과세표준 관련 직접비와 간접비를 산정하였다.





⑵ 즉, 원고는 각 공구별 지목변경 취득세 과세표준을 다음과 같은 논리로 산출하였다. 비용지출기간을 공구별 준공시점에 따라 A, B, C 3개의 기간으로 나누어, ① A는 이 사건 토지조성공사 시작일부터 1공구 준공 무렵인 2020. 1. 19.까지, ② B는 2020. 1. 20.부터 2공구 준공 무렵인 2022. 3. 31.까지, ③ C는 2022. 4. 1.부터 3공구가 준공될 때까지로 하고, ① A기간에 지출된 법인장부상 직접비와 간접비를 △△지구 전체 토지조성공사에 사용된 비용으로, ② B기간에 지출된 법인장부상 직접비와 간접비를 이미 준공된 1공구를 제외한 2, 3공구의 토지조성공사에 사용된 비용으로, ③ C기간에 지출된 법인장부상 직접비와 간접비를 이미 준공된 1, 2공구를 제외한 3공구의 토지조성공사에 사용되는 비용으로 전제하였다.

⑶ 원고는 원고 법인장부에 A기간 동안 지출한 것으로 기재되어 있는 직접비 1,881,804,540,234원, 간접비 55,523,438,187원을 비용으로 하고, 직접비 중 지목변경으로 인한 부가가치세 110,645,784,284원은 사실상 취득가액에 해당하지 않는다는 이유로 과세표준에서 제외하여, A기간의 지목변경비용을 1,826,682,194,137원으로 산정하고, 사업대상면적을 이 사건 사업부지 전체인 3,668,796㎡로 보아, 위 지목변경비용을 위 사업대상면적으로 나누어 단위당 과세표준을 497,897원/1㎡로 산정하였다. 그에 따라 1공구에 대한 단위당 과세표준이 497,897원/1㎡로 산출되었다(갑 제5호증 17면).

3) 구체적 판단

앞서 본 법리에, 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거들, 을 제3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 더하여 보면, 원고의 법인장부에 의하여 이 사건 토지의 지목변경에 든 비용이 증명되었다고 보기 어려워, 법인장부에 기재된 비용에 따라 과세표준을 산정할 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

① 이 사건 간주취득세의 과세대상인 이 사건 토지는 이 사건 사업부지 중 2014. 4. 18.경부터 2018. 12. 31.까지 사용승인을 받거나 분양절차가 완료된 토지들이다.

② 원칙적으로, 이 사건 토지의 지목변경에 든 비용을 정확하게 산정하려면 개별 토지별로 사용승인일을 기준으로 해당 토지의 조성공사에 든 비용을 확인한 후 이를 합산하여야 한다. 그러나 원고의 법인장부로는 이 사건 토지의 개별 토지별 조성공사에 든 비용을 확인할 수 없다.

③ 다만, 이 사건 사업과 같은 대규모 도시개발사업의 경우 개별 토지별로 지목변경 비용을 일일이 산정하는 것은 불가능하므로, 원고의 법인장부상 비용이 합리적인 것으로 수긍할 수 있는 경우에는 이를 간주취득세 과세표준 산정에 반영할 수 있다. 이 사건 간주취득세는 2014. 4. 18.경부터 2018. 12. 31.까지 토지조성공사가 완료된 부분에 대한 것으로, 원고가 위 토지조성을 위하여 지출한 직접비와 간접비가 법인장부에 의해 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 입증되려면 적어도 위 기간 동안 지출된 직접비와 간접비가 법인장부를 통해 확인될 수 있어야 한다.

④ 원고가 법인장부에 의하여 산정한 직접비와 간접비는 A기간, 즉 이 사건 토지조성공사 시작일 부터 1공구 준공 무렵인 2020. 1. 19.까지 지출된 것으로, 이 사건 토지의 최종 조성일 이후로도 무려 1년 이상 더 지출된 금액이어서 이 사건 토지조성을 위하여 지출한 직접비와 간접비로는 볼 수 없다.

⑤ 이 사건 토지의 토지조성공사 최종 완료일이 1공구 준공완료일 이전이므로 위 토지는 1공구에 위치한 것으로 보이는데, 원고는 공구별 공사원가 집계가 불가능하다고 하므로, 이 사건 토지에 대한 공사원가 집계 역시 불가능한 것으로 보인다.

⑥ 원고는 A기간 1공구에 대한 단위당 과세표준을 산정하면서, 그 기간 지출된 지목변경비용을 이 사건 사업부지 전체 면적으로 나누는 방식을 취하였고, 위와 같은 방법으로 산정된 단위당 과세표준에 근거하여 이 사건 거부처분이 위법하다고 주장한다. 그러나 위 단위당 과세표준은 이 사건 토지의 조성에 지출된 지목변경비용 및 이 사건 토지 면적을 기준으로 산정한 것이 아니므로, 피고가 원고가 주장하는 단위당 과세표준을 받아들이지 않았더라도 이 사건 거부처분이 위법하다고 할 수 없다.

라. 제2 주장에 대한 판단

1) 제2-1 주장에 대한 판단

가) 관련 법령 및 법리

⑴ 2014년 지방세특례제한법 의하면,「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세가 면제된다(제78조 제1항, 이하 ‘산업단지 감면’이라 한다).

그런데 이후 개정된 구 지방세특례제한법(2015. 1. 1. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 ‘2015년 지방세특례제한법’이라 한다)은 위 산업단지 감면제도를 폐지하는 대신 취득세의 100분의 35를 2016년 12월 31일까지 경감하고(제78조 제1항), 위 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다는 경과규정을 두었다(부칙 제14조).

⑵ 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2020. 6. 11. 선고 2017두36953 판결 등 참조). 또한 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 감면요건, 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다고 할 것이다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거들의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들 즉, ① 이 사건 기타시설용지가 이 사건 사업부지 내에 위치하고 있고, 이 사건 사업부지가 산업입지 및 개발에 관한 법률에서 정한 산업단지(제2조 제8호)에 해당하는 점에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없는 점, ② 2014년 지방세특례제한법에 따르면, 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014. 12. 31.까지 취득세를 면제한다고 정하고 있으므로 위 산업단지 감면을 받기 위해서는 2014. 12. 31.까지 과세대상 물건을 취득하여야 하는 점, ③ 그럼에도 원고가 2014. 12. 31.까지 이 사건 기타시설용지를 취득하였음을 인정할 아무런 증거가 없는 점 등을 앞서 본 법리에 더하여 보면, 이 사건 기타시설용지가 2014년 지방세특례제한법이 정한 산업단지 감면대상이 된다고 할 수 없다. 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

2) 제2-2 주장에 대한 판단

가) 관련 법리

조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세ㆍ재정정책을 탄력적ㆍ합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼, 조세에 관한 법규ㆍ제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수 없다. 따라서 조세법령의 개정이 있는 경우 개정 전ㆍ후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이다. 그러나 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령이 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’는 경과규정을 두고 있고, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있다면, 이러한 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용되나, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과하므로, 원칙으로 돌아가 종전 규정이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다(대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결, 대법원 2013. 9. 12. 선고 2012두12662 판결, 대법원 2015. 9. 24. 선고 2015두42152 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

앞서 본 법리에 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거들의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사실 및 사정들 즉, ① 2014년 지방세특례제한법에서 산업단지 감면제도 적용기한을 2014. 12. 31.로 명시하고 있어 원고로서는 위 감면규정의 효력 상실을 예상할 수 있었던 점, ② 2015년 지방세특례제한법에서 산업단지 감면제도를 폐지한 것은 2014. 12. 31.로 일몰이 도래하는 지방세 감면사항들에 대하여 취약계층 등 저소득층 민생경제와 관련된 분야는 기존 수준으로 감면을 유지하고, 감면의 목적을 달성한 경우에는 감면을 종료하는 등 지방세 감면제도를 재설계하기 위한 정책적 목적이 있었던 점, ③ 2015년 지방세특례제한법에서는 산업단지 감면제도를 폐지하였고 원인행위가 산업단지 감면 폐지 이전에 있었던 경우에는 특별히 취득세를 감면한다는 규정을 두지 않은 점 등을 더하여 보면, 이 사건 기타시설용지 취득에 대하여는, 취득일 당시 시행되었던 법령이 아닌 2014년 지방세특례제한법이 적용될 수는 없고, 추후 취득세를 감면 받으리라는 원고의 신뢰는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없어, 이 사건 거부처분이 신뢰보호의 원칙에 위배된다고 할 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

마. 제3 주장에 대한 판단

살피건대, 원고는 이 사건 사업부지 매입 등을 위한 비용(용지비, 보상비, 이주대책비 등)에 대한 건설자금이자는 이 사건 사업부지의 지목변경을 위한 비용에 해당하지 않으므로 이 사건 간주취득세 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하나, 원고가 제출한 갑 제4, 10호증의 각 기재만으로는 원고가 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하는 금액이 이 사건 간주취득세 대상인 이 사건 토지의 지목변경을 위한 비용이 아닌 매입 등을 위한 비용(용지비, 보상비, 이주대책비 등)으로 실제 지출되었다는 사실을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이지 않는다.

바. 소결론

그렇다면 원고가 주장하는 바에 따라 이 사건 간주취득세 과세표준이 산정되어야 한다거나 산업단지 감면이 적용되어야 한다고 볼 수 없어, 피고가 원고의 위와 같은 주장을 받아들이지 않고 이 사건 거부처분을 하였더라도 위 거부처분이 위법하다고 볼 수 없다.

 
5.  결론

이 사건 소 중 보통징수 방식으로 취득세가 납부된 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지

관계 법령

■ 구 지방세법(2018. 12. 31. 법률 제16113호로 개정되기 전의 것)

제7조(납세의무자 등)

① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 "부동산등"이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다.

제10조(과세표준)

① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조제1항 또는 「법인세법」 제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

 
3.  판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

■ 구 지방세법 시행령(2018. 12. 31. 대통령령 제29437호로 개정되기 전의 것)

제17조(토지의 지목변경에 대한 과세표준)

법 제10조제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다. 다만, 제18조제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.

 
1.  지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 산정한 가액을 말한다)

 
2.  지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사착공일 현재 공시된 법 제4조제1항에 따른 시가표준액을 말한다)

제18조(취득가격의 범위 등)

① 법 제10조제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

 
1.  건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

③ 법 제10조 제5항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

 
1.  판결문: 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해ㆍ포기ㆍ인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다)

 
2.  법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서. 다만, 법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변, 화재, 교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.

■ 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정된 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면)

① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

■ 구 지방세특례제한법(2015. 1. 1. 법률 제12955호로 개정된 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면)

① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. 끝.