【판결요지】

공공주택사업자가 무상취득한 기존 공공시설 토지 중 대체 공공시설 설치로 국가등에 귀속됨이 확정된 필지(전부 귀속 토지)는 취득세 비과세 대상이나, 귀속 면적이 특정되지 않은 나머지 토지는 비과세 요건 미충족이며, 취득세 과세표준 기준시점은 최초승인 고시일이 아닌 준공 후 관리청 통지일임

【전문】

【주문】

상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.

【이유】

「상고심절차에 관한 특례법」은 대법원이 법률심으로서의 기능을 효율적으로 수행하고 법률관계를 신속하게 확정하도록 제4조 제1항 각 호에서 원심판결에 중대한 법령위반에 관한 사항이 있는 경우 등으로 심리 사유를 한정하고, 상고이유에 관한 주장이 각 호의 어느 하나의 사유를 포함하지 아니하거나 위 사유를 포함하는 경우에도 같은 조 제3항 각 호에 해당할 때에는 판결로 상고를 기각한다고 규정한다.

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 「상고심절차에 관한 특례법」 제4조 제1항 각 호에서 정한 사유를 포함하지 아니하거나 같은 조 제3항 제2호에서 정한 원심판결에 영향을 미치지 아니하는 때에 해당한다.

「상고심절차에 관한 특례법」 제5조에 따라 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

【전문】

【주문】

 
1.  제1심판결을 다음과 같이 변경한다. 
가.  피고가 2020. 10. 15. 원고에 대하여 한 경정청구거부처분 중 취득세 합계 1,368,506,824원, 농어촌특별세 합계 117,300,585원, 지방교육세 합계 78,200,390원을 초과하는 부분을 취소한다.
나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
 
2.  소송총비용 중 제1심 소송비용은 피고가 부담하고, 항소비용은 그 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【이유】

 
1.  제1심판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 기재할 이유는 아래 제2항과 같이 일부 고쳐 쓰거나 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

 
2.  고쳐 쓰거나 추가하는 부분

○ 제1심판결 제7면 제13행의 “한시적으로” 부분을 “2018. 12. 31.까지(이후 2020. 12. 31.까지로 연장되었다) 한시적으로”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제13면 제2행부터 제14행까지 부분을 제13면 맨 아래의 각주 6)을 포함하여 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『위와 같이 원고가 정리하여 제출한 증거들에 의하면, 이 사건 토지 중 그 필지 전부가 대체 공공시설에 포함되는 별지 3 목록 기재 토지'1)는 ‘국가등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산’으로서 위치, 면적이 특정되어 있어 그 구체적 내용이 확인된다. 이는 원고가 정리한 것이기는 하지만 이 사건 각 고시의 기재 및 관련 지형도 등을 근거로 CAD 프로그램을 이용하여 정리한 것이어서 구체성, 신빙성이 있다고 볼 수 있으며, 비록 원고가 제1심 변론종결시까지 원고와 국가등에 중복되어 귀속되는 위치와 면적을 정확하게 특정하여 입증하지는 못하였다고 하더라도, 위와 같이 이 사건 토지 중 적어도 일부분이 원고와 국가등에 중복 귀속되는 것이 사실상 확정되어 있었다고 보이는 이상 해당 부분은 실질적으로 원고가 국가등에 귀속 등을 조건으로 취득한 것으로서 이를 국가등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하였다고 보이므로, 해당 부분에 대한 취득세를 원고에게 부담시키는 것은 구 지방세법 제9조 제2항 본문의 입법 취지에 반하는 것으로서 불합리하다.

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주1) (이 각주의 내용은 제1심 판결문 제13면 하단의 각주 6)에 해당한다) 별지 3 목록 기재 토지 중 순번 95, 101 토지의 면적과 관련하여, 원고는 갑 제17호증을 제출할 당시에는 CAD를 통해 산출한 면적이 94㎡, 20㎡라고 주장하였으나, 이후 2024. 5. 24. 자 참고서면을 통해 준공검사 신청서에 기재된 바에 따라 위 면적을 109㎡, 22㎡로 정정하였다.
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공공주택 특별법 제29조 제1항, 국토계획법 제65조 제1항에 따라 무상귀속의 대상이 되는 공공시설 부지는 도시개발구역 지정 이후 사업이 진행되면서 여러 가지 이유로 변동이 있을 수 있고, 실시계획인가가 이루어진 이후에도 최종적으로 기반시설이 설치되기 전까지는 그 변경인가 등을 통해 변동이 있을 수 있으므로, 그러한 변동 가능성만으로 일괄적으로 구 지방세법 제9조 제2항 본문의 취득세 비과세 대상에 해당하지 않는다고 보게 되면, 그 부동산의 취득의 실질이 ‘국가등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치’에 불과함에도 이를 반영하지 못하여 부당할 뿐만 아니라, 이 사건과 같은 공공주택 개발사업에서는 취득세 비과세 대상에 해당하는 경우가 거의 존재하지 않게 되어 불합리하다. 따라서 원고가 제1심 변론종결시까지 제출한 증거에 의하더라도 이 사건 토지 중 적어도 별지 3 목록 기재 토지는 ‘국가등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산’으로서 위치, 면적이 특정되어 있고, 앞서 본 비과세 요건도 충분히 증명되었다고 봄이 상당하다.

한편 피고는 제1심에서 원고가 제출한 위 증거들을 믿기 어렵다는 취지로 이를 다투었으나, 이 법원에 이르러 이 사건 토지 중 ‘국가등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산’에 해당하는 토지(일부 귀속 부분 포함)의 지번과 귀속면적 등을 특정하는 한편 그 부분에 대한 취득세 등 정당세액 자료를 이 사건 판결의 별지 4와 같은 내용으로 제출하였고(앞서 본 별지 3 목록 기재 비과세 대상 토지 내역도 여기에 포함되어 있다), 이에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없다.』

○ 제1심판결 제15면 제2행의 “제시한다.” 부분 다음에 “그러나 위 대법원 판결은 개정법 부칙에서 취득세 면제에 관한 규정이 장래의 한정된 기간까지 적용된다고 규정하였음에도 불구하고 그 기간이 도래하기 이전에 시행령 규정을 개정함으로써 과세면제의 혜택을 배제한 사안에 관한 것이므로, 아래에서 보는 바와 같이 이 사건 종전 조례 제8조 제1항에서 정한 지방공기업 등에 대한 취득세 등의 면제가 원고가 이 사건 토지를 취득하는 시점을 포함하여 일정 시점까지 계속 지속된다는 내용이 없는 이 사건에 그대로 적용된다고 보기 어렵다.”를 추가한다.

○ 제1심판결 제15면 제6행부터 제16행까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『(3) 원고가 이 사건 토지를 취득한 2020. 4.경 당시 시행되고 있던 구 서울특별시 시세 감면 조례(2018. 12. 31. 서울특별시조례 제6944호로 개정된 것)는 부칙 제3조를 통해 ‘이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 시세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.’는 경과규정을 두고 있었기는 하다. 그런데 2012. 3. 15. 서울특별시조례 제5277호로 개정되기 전 구 서울특별시 시세 감면 조례(이하 ‘이 사건 종전 조례’라 한다) 제8조 제1항은 지방공사가 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다고 규정하고 있었고, 이 사건 종전 조례 부칙 제3조는 이 사건 종전 조례 제8조 제1항의 경우 2012. 12. 31.까지 그 효력을 가진다고 규정하고 있었을 뿐이며, 위 2012. 12. 31.까지 일부개정이 이루어진 구 서울특별시 시세 감면 조례들에서도 이 사건 종전 조례 제8조 제1항'2)의 효력에 관한 별도의 경과규정을 두고 있지 않았다. 따라서 원고가 위와 같이 한시적 조항에 따라 이 사건 토지의 취득세가 면제된다고 신뢰한 것은 단순한 기대에 불과하다(이 사건 종전 조례가 그 제8조 제1항과 관련하여 장래에도 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우 특별히 이를 비과세 내지 감면한다는 취지를 포함하여 규정한 것이었다고 보기도 어렵다).』

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주2) 구 서울특별시 시세 감면 조례(2012. 3. 15. 서울특별시조례 제5277호로 개정되기 전의 것)

제8조(지방공사 등에 대한 감면)

① 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사 또는 지방공단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산과 궤도차량에 대하여는 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 「지방세법」 제112조 제1항 제2호에 따른 재산세와 같은 법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 면제하고, 주민세 재산분과 지방소득세 종업원분을 면제한다. 다만, 총자산 중 민간출자분 또는 민간출연분이 있는 경우 그 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.
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○ 제1심판결 제15면 제19행부터 제16행 제5행까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음의 사정을 종합하면, 원고가 주장하는 이 사건 최초승인 고시일이 아니라 ‘준공검사를 마친 후 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목을 통지한 날’인 2020. 4.경을 기준으로 이 사건 토지에 관한 취득세 과세표준을 산정하여야 한다고 봄이 옳다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

가) 앞서 본 바와 같이 구 공공주택 특별법 제29조 제1항, 국토계획법 제65조 제5항에 따라 사업시행자가 준공검사를 마치고 해당 시설의 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목(細目)을 통지한 날에 해당 시설을 관리할 관리청과 사업시행자에게 각각 그 공공시설이 귀속된 것으로 간주된다.

나) 구 지방세법 제7조 제2항 본문에 의하면, 국토계획법 제65조에 따라 무상양도 공공시설을 취득한 경우에 그 부동산을 사실상 취득하였다고 하기 위해서는 소유권 취득의 실질적 요건을 갖추었다고 평가되어야 한다. 국토계획법 제65조 제4항은 ‘특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수가 제3항에 따라 관리청의 의견을 듣고 개발행위허가를 한 경우 개발행위허가를 받은 자는 그 허가에 포함된 공공시설의 점용 및 사용에 관하여 관계 법률에 따른 승인ㆍ허가 등을 받은 것으로 보아 개발행위를 할 수 있다. 이 경우 해당 공공시설의 점용 또는 사용에 따른 점용료 또는 사용료는 면제된 것으로 본다.’고 규정하고 있는데, 위 규정은 사업시행자가 사업계획에 따라 무상양도 공공시설을 사용하여 공사를 수행하는 데에 장애가 없도록 승인·허가를 의제하는 규정일 뿐이고, 위 규정이 사업시행자에게 무상양도 공공시설에 대한 사실상 소유권을 인정하는 취지로 해석하기는 어렵다.

다) 국토계획법 제65조 제5항은 무상양도 공공시설은 준공검사를 마치고 관리청에 무상양도 공공시설의 종류와 토지의 세목을 통지한 날에 사업시행자에게 양도된 것으로 본다고 규정하고 있다. 사업시행자가 준공검사를 마치고 관리청에 무상양도 공공시설의 종류와 토지의 세목을 통지함으로써 공공시설의 소유권을 취득하는 것은 민법 제187조에서 정하는 법률의 규정에 의한 부동산 물권 취득에 해당하는데, 위와 같이 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목을 통지하는 것은 사실상의 취득행위 자체에도 해당한다고 보이므로, 위 시점을 취득세 과세표준 산정의 기준시점으로 보는 것이 ‘재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종’이라는 취득세의 본질에 부합하는 점, 지방세법령에 공공주택 특별법 제29조 제1항 등에 따라 사업시행자에게 귀속되는 공공시설의 취득시기에 관한 규정을 두고 있지 아니한 점 등을 고려해 보면, 공공주택사업자의 무상양도 공공시설 취득에 관한 취득세 부과에 있어 그 취득 시기는 공공주택 특별법 제29조, 국토계획법 제65조에 따라 ‘관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목을 통지한 때’로 봄이 타당하다.』

○ 제1심판결 제16면 제7행부터 제18행까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『가) 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사ㆍ확인할 의무가 있으므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적ㆍ절차적 위법 사유를 취소원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라 할 것이다(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 등 참조). 한편, 경정거부처분 취소소송에서 그 거부처분의 적법 여부는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고 이러한 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되는 때에는 감액을 구하는 세액 중 당초 신고한 세액에서 정당한 세액을 차감한 부분만 취소하여야 할 것이고 전체를 취소할 것이 아니다(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 등 참조).

나) 앞서 본 바와 같이 원고의 취득세 등 경정청구를 거부한 이 사건 처분에는 ‘국가등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산’으로서 취득세 비과세 요건을 갖춘 토지 부분까지 과세표준에 포함시킨 위법이 있고, 이 부분을 제외하여 이 사건 각 토지의 취득과 관련한 정당세액을 계산할 경우 별지 4 기재와 같이 취득세 합계 1,368,506,824원, 농어촌특별세 합계 117,300,585원, 지방교육세 합계 78,200,390원이 된다는 점에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없다.

다) 그렇다면 이 사건 처분 가운데 위 정당세액을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.』

○ 제1심판결 제34면 다음 면에 이 사건 판결의 별지 4를 추가한다.

 
3.  결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 주문과 같이 변경한다. '3)

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주3) 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제99조, 제100조, 제101조, 제105조에 따라 이 사건 처분의 경위, 원고의 실질적 승소 범위, 이 사건 처분 중 위법사유의 정도와 범위, 이 사건 소송의 전체적인 진행경과 등 제반 사정을 종합하여 소송비용의 부담을 정하기로 한다.
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【전문】

【주문】

 
1.  피고가 2020.?10.?15.?원고에게 한 취득세 등 합계 2,233,350,190원(지방교육세, 농어촌특별세 포함)의 경정청구 거부처분을 취소한다.
 
2.  소송비용은 피고가 부담한다.

【이유】

 
1.  처분의 경위

가. 원고는 공공주택 특별법 제4조 제1항 제3호에 따른 공공주택사업자이다.

나. 국토교통부장관'4)은 2009. 12. 3. 원고를 사업시행자로 하여 서울 강남구 수서동, 율현동, 자곡동 일대 771,121㎡를 ‘서울세곡2 보금자리주택지구’(이하 ‘이 사건 지구’라 하고, 이와 관련한 사업을 ‘이 사건 사업’이라 한다)로 지정·고시하였고, 2010. 4. 27. 이 사건 지구의 지구계획을 승인·고시하였다(이하 ‘이 사건 최초승인 고시’라 한다). 이후 관계 법령의 개정'5)및 수차례에 걸친 지구계획 변경의 승인ㆍ고시가 있었다(해당 각 고시 및 이 사건 최초승인 고시를 통칭하여 이하 ‘이 사건 각 고시’라 하고, 이하 이 사건 지구에 속하는 토지를 ‘이 사건 사업부지’라 한다).

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주4) 당시 명칭은 국토해양부장관이었으나 이하에서는 편의상 구분 없이 현재 명칭인 ‘국토교통부장관’으로 기재한다.

주5) ‘보금자리주택건설 등에 관한 특별법’에 따라 지정ㆍ고시된 이 사건 지구는 2014. 1. 14. 법률 제12251호로 개정된 ‘공공주택건설 등에 관한 특별법’에 의해 위 법에 따른 공공주택지구로 보게 되었다. 이후 ‘공공주택건설 등에 관한 특별법’은 2015. 8. 28. 법률 제13498호로 개정되면서 법명이 ‘공공주택 특별법’으로 변경되었다.
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다. 이 사건 각 고시에는 공공시설 부분과 관련하여, 원고에게 무상으로 귀속되어 용도폐지되는 기존 공공시설, 새로 설치되거나 기존 공공시설에 대체ㆍ설치되어 국가, 지방자치단체(이하 ‘국가등’이라 한다)에 귀속되는 대체 공공시설의 종류, 면적 등이 기재되어 있다.

라. 서울특별시장은 2020. 4. 20. 서울특별시공고 제2020-1205호로 이 사건 사업부지 중 1공구에 대한 준공을 알리는 공고를 하고, 2020. 4. 22. 원고에게 그 준공검사서를 교부하였다. 원고는 그 무렵 구 공공주택 특별법(2020. 6. 9. 법률 제17453호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 조문을 그대로 인용하는 경우를 제외하고는 ‘국토계획법’이라 한다) 제65조에 따라 이 사건 사업부지 중 서울 강남구 수서동 ○○○ 외 119필지 토지 27,392㎡ '6)(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 무상으로 취득하였다.

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주6) 국토교통부고시 제2020-497호로 고시된 이 사건 지구계획 변경 14차 승인ㆍ고시(갑 제3호증의 3, 38면, 전자소송 기록 면수를 말한다. 이하 같다)에 의하면, 원고에게 무상귀속되는 토지는 166필지 45,793㎡로 기재되어 있으나(원고는 소장에서 무상귀속되는 토지가 120필지, 45,929㎡라고 표현), 위 토지들은 1ㆍ2공구의 것이 모두 합쳐진 것이므로 갑 제4 내지 6호증의 각 기재(서울특별시 강남구 52필지 11,226㎡, 대한민국 4필지 120㎡, 서울특별시 64필지 16,046㎡)에 따라 합계 120필지, 27,392㎡로 본다.
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마. 원고는 2020. 6. 4. 구 지방세법(2021. 12. 28. 법률 제18655호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제2호에 따른 무상취득하는 경우의 취득세율 3.5% 및 구 지방세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제85조의2 제1항에 따른 지방공사의 목적사업을 위한 취득세 감면 50%를 적용하여 취득세 등 합계 2,233,350,190원(지방교육세, 농어촌특별세 포함)을 신고ㆍ납부하였다.

바. 원고는 2020. 8. 10. 이 사건 토지는 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항에 따라 국가등에 귀속·기부채납하는 부동산의 반대급부로서 국가등이 소유하고 있는 부동산을 양여받은 것으로 취득세가 면제되어야 한다고 주장하며 경정청구를 하였으나, 피고는 2020. 10. 15. 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 10, 13, 17, 18호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

 
2.  이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 이 사건 토지는 과거 공공시설이 설치되어 있던 토지로서 원고가 국가등에 새로 설치한 공공시설을 귀속시키는 것에 대한 반대급부로 국가등으로부터 취득한 부동산이므로, 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항 제1호에 따라 이 사건 토지 전부에 대하여 취득세가 면제되어야 한다(이하 ‘제1주장’이라 한다).

2) 설령 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항 제1호의 적용대상 부동산을 ‘국가등에 귀속등을 조건으로 취득한 부동산’에 한정된다고 보더라도, 원고에게 무상으로 귀속된 이 사건 토지 중 적어도 새로운 공공시설이 설치되어 국가등에 귀속된 부분은, 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항에 따라 취득세가 비과세되어야 한다(이하 ‘제2주장’이라 한다).

3) 원고는 이 사건 최초승인 고시 이후 이 사건 토지의 무상귀속에 관하여 협의를 하는 등의 원인행위를 하였고 그러한 행위 당시 구 서울특별시 시세 감면 조례(2012. 3. 15. 서울특별시조례 제5277호로 개정되기 전의 것)에 따라 추후 취득세를 면제받을 수 있다는 신뢰가 있었으므로, 이 사건 토지의 취득에 대하여 취득세를 부과하는 것은 신뢰보호원칙에 위배된다(이하 ‘제3주장’이라 한다).

4) 이 사건 최초승인 고시일(2010. 4. 27.)이 아닌 준공일(2020. 4. 22.)을 기준으로 한 과세표준은 잘못 산정되었다(이하 ‘제4주장’이라 한다).

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 규정 및 법리

가) 구 지방세법 제9조 제2항은 국가등에 귀속 또는 기부채납(이하 ’귀속등‘이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 제9조 제2항 단서 제2호는 ’국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우‘ 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.

나) 다만, 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항은 지방세법 제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 ’국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건’으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 2020. 12. 31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.

다) 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 부동산의 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 과세하지 않는 취지는, 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 것은 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 취득세 및 등록세를 비과세하겠다는 데에 있으므로, 취득세 및 등록세가 비과세되기 위해서는 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 할 당시에 취득자가 그 부동산을 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있어야 한다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2010두6977 판결 참조).

라) 비과세는 일반적으로 과세대상이 되는 과세물건 중 특정한 것을 조세정책의 필요에서 과세대상에서 제외시키는 것이고, 이는 납세자 측의 예외적이고 특수한 사실에 관한 것이므로, 비과세요건에 대한 증명책임은 비과세 사유를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2000. 7. 7. 선고 98두16095 판결 등 참조).

2) 제1주장에 대한 판단

위 법리에 비추어 살피건대, 앞서 인정한 사실, 을 제2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 종합해 보면, 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항은 ‘국가등에 귀속등을 조건으로 취득하는 부동산’에 대한 취득세 감면을 규정한 것이므로, ‘국가등에 귀속등을 조건으로 취득한 부동산’이라는 전제 조건의 충족 없이 ‘국가등에 귀속되는 대체 공공시설의 반대급부로 취득한 부동산’이라는 이유만으로는 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항에 따른 취득세 비과세 요건을 갖추었다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

가) 국가등에 귀속등을 조건으로 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 것은 그 부동산을 국가등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가등이 직접 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 취득세 등을 과세하지 않겠다는 취지에서 구 지방세법 제9조 제2항이 마련된 것임은 앞서 본 바와 같다. 다만 구 지방세법 제9조 제2항 단서 제2호는 ’국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우‘에는 취득세를 부과하도록 규정하고 있다.

따라서 구 지방세법 제9조 제2항은 ‘국가등에 귀속등을 조건으로 취득하는 부동산’의 비과세에 대하여 규정하면서도, 사업시행자가 귀속등의 반대급부로서 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 취득하는 경우 해당 부분에 대하여는 취득세를 부과한다는 점을 분명히 하고 있다.

나) 위와 같은 구 지방세법 제9조 제2항 단서 제2호가 도입된 경위에 관하여 보건대, 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받는 경우에까지 비과세하는 것은 입법취지에 반한다는 이유로, 지방세법이 2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되면서 제9조 제2항 단서 제2호가 신설되어 ‘국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우’에는 ‘국가등에 귀속등을 조건으로 취득하는 부동산’이라 하더라도 취득세를 부과할 수 있게 되었다. 다만 이러한 경우 민간투자가 위축될 것을 우려하여 위 지방세법의 개정에 맞추어 지방세특례제한법이 2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되면서 제73조의2 제1항이 신설되어 ‘국가등에 귀속등을 조건으로 취득한 부동산’의 경우 국가등으로부터 그 반대급부를 받는다고 하더라도 취득세를 한시적으로 비과세 하도록 하였다.

다) 위와 같은 구 지방세법 및 구 지방세특례제한법의 문언 및 개정 연혁에 비추어 보면, ‘국가등에 귀속등을 조건으로 취득한 부동산’의 요건을 갖추지 아니한 채 단지 국가등에 귀속되는 대체 공공시설의 반대급부로 취득한 부동산이라는 이유만으로는 취득세의 비과세 요건을 갖추었다고 보기 어렵다.

3) 제2주장에 대한 판단

가) 이 사건 사업에서 공공시설의 귀속 관련 법령

구 공공주택 특별법 제29조 제1항은 “공공주택사업자가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제2조 제13호에 따른 공공시설(주차장ㆍ운동장을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 새로 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 시설을 설치한 경우 그 귀속에 관하여는 같은 법 제65조를 적용한다. 이 경우 ‘행정청’은 ‘공공주택사업자’로 본다”고 규정하고 있고, 구 보금자리주택건설 등에 관한 특별법(2010. 4. 15. 법률 제10272호로 개정되기 전의 것) 제29조 제1항도 이와 동일하게 규정되어 있었다. 그리고 공공주택 특별법 제29조 제4항은 “제1항에 따른 공공시설과 재산의 등기에 있어서는 지구계획승인서, 주택건설사업계획승인서 또는 그 변경승인서와 준공확인서로서 부동산등기법에 따른 등기원인을 증명하는 서류에 갈음할 수 있다”고 규정하고 있다.

국토계획법 제65조 제1항은 “개발행위허가(다른 법률에 따라 개발행위허가가 의제되는 협의를 거친 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 받은 자가 행정청인 경우 개발행위허가를 받은 자가 새로 공공시설을 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 공공시설을 설치한 경우에는 국유재산법과 공유재산 및 물품 관리법에도 불구하고 새로 설치된 공공시설은 그 시설을 관리할 관리청에 무상으로 귀속되고, 종래의 공공시설은 개발행위허가를 받은 자에게 무상으로 귀속된다”고 규정하고 있다.

위 규정들을 종합해 보면, 공공주택 사업과정에서 새로 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 시설을 설치한 경우, 새로 설치된 공공시설은 그 시설을 관리할 관리청에 무상으로 귀속되고, 종래의 공공시설은 개발행위허가를 받은 자에게 무상으로 귀속되며, 지구계획승인서, 주택건설사업계획승인서 또는 그 변경승인서와 준공확인서가 부동산등기법에 따른 등기원인을 증명하는 서류가 된다.

나) 인정사실

(1) 원고는 2020. 4. 22. 법률 규정(구 공공주택 특별법 제29조 및 국토계획법 제65조에 의한 무상귀속)을 원인으로 이 사건 토지를 취득하였고, 국가등은 위 법률 규정 및 2020. 7. 8. 14차 지구계획 변경 승인서에 따라 대체설치된 합계 427,960.1㎡의 토지와 그 지상 시설물을 무상으로 취득하였다.

(2) 이 사건 사업이 완료됨에 따라 종전 토지의 지적공부가 전부 폐쇄되고, 새로 조성된 토지에 대하여 지적공부가 작성되었다.

원고는 이 사건 토지에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다가 지적공부가 폐쇄됨에 따라 새로 조성된 토지 일부에 관하여 소유권보존등기를 마치고, 그 토지 중 일부는 다시 공공시설 무상귀속을 원인으로 국가등에게 소유권이전등기가 마쳐쳤다.

예를 들어, 서울 강남구 수서동 ○-○ 도로 2㎡는 2020. 4. 22. 무상귀속을 원인으로 원고 명의로 소유권이전등기가 마쳐졌다가 2021. 3. 10. 토지개발사업시행으로 인하여 위 등기부가 말소된 뒤 2021. 3. 17. 서울특별시 강남구 수서동 ○ 도로 12,431.6㎡의 등기부가 개설되면서 같은 날 원고 앞으로 소유권보존등기가 마쳐졌다가 2022. 12. 6. 서울특별시 앞으로 ‘2020. 4. 20. 공공시설 무상귀속’을 원인으로 소유권이전등기가 마쳐졌다.

(3) 원고가 2020. 2.경 이 사건 지구 중 1공구에 관하여 작성한 준공검사신청서에는 ‘법 제29조에 따른 공공시설 등의 귀속조서 및 도면’(갑 제15호증 226면 이하), ‘신구 지적대조도’(갑 제15호증 253면 이하)가 첨부되어 있다. 위 ‘법 제29조에 따른 공공시설 등의 귀속조서 및 도면’에는 ‘종전의 공공시설 무상귀속조서 및 도면’과 ‘새로 설치된 공공시설 무상귀속조서 및 도면’이 포함되어 있고, ‘신구 지적대조도’에는 이 사건 사업 전ㆍ후의 지적에 관한 사항(가령, 이 사건 사업 전의 서울 강남구 수서동 ○○○ 부터 ○○○ 은 이 사건 사업 후 서울 강남구 수서동 ◎◎◎부터 ◎◎◎로 이동되었다)이 기재되어 있다. 위 첨부서류에는 원고가 각 지목별로 구분하여 표시된 기존 공공시설 용지 합계 166필지 45,793㎡를(1ㆍ2공구를 합한 것이다) 무상취득하고, 국가등이 이 사건 사업에 따라 새로 설치되어 각 용도별로 구분ㆍ표시된 공공시설 용지 합계 427,960.1㎡를 각 무상취득하는 것으로 기재되어 있다.

그리고 이와 같이 원고에게 무상귀속되는 공공시설과 국가등에 귀속되는 대체시설물에 관한 조서는 이 사건 최초승인 고시에 기재된 이후, 사업내용이 변경될 때마다 조서 내용도 일부 변경되어 왔다.

(4) 원고는 이 사건 변론과정에서 원고가 무상으로 취득한 이 사건 토지 중 다시 국가등으로 무상귀속된 부분을 특정하기 위해 해당 부분의 위치와 면적을 CAD(Computer Aided Design) 프로그램'8)을 이용하여 별지 2 기재와 같이 산출ㆍ제시하였다(갑 제17호증).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 10, 11, 15(253면 이하), 17, 19호증, 을 제5, 6호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지

다) 이 사건 토지가 국가등에 귀속등을 조건으로 취득한 부동산에 해당하는지 여부

앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거, 갑 제14, 16, 20호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음의 사정들을 종합해 보면, 이 사건 토지 중 그 필지 전부가 국가등에 귀속되는 별지 3 기재 목록 토지'9)는 원고가 이를 취득할 당시 국가등에 귀속시키는 것이 확정되었다고 인정할 수 있는 반면에, 그 이외의 토지는 앞서 든 증거만으로는 국가등에 귀속시키는 부분이 특정되었다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.

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주7) 원고가 이 사건 변론 종결 후에 제출한 참고서면에서 주장한 바와 같이, 국토교통부가 토지이용규제 기본법에 따른 토지이용규제정보, 국토계획법에 따른 도시계획정보를 통합하여 제공하는 부동산 공공 포털 ‘토지이음’(https://www.eum.go.kr)을 통해서도 지적 정리 전의 토지 정보를 조회하는 방법으로 확인이 가능할 것으로 보인다.

주8) 2022. 5. 18. 국토교통부고시 제2022-274호로 개정되기 전의 ‘지역ㆍ지구등의 지형도면 작성에 관한 지침’ 제9조 제3항에 의하면, “지형도면 전산파일 제작에 사용되는 소프트웨어는 GIS 데이터베이스 및 CAD 전산파일을 활용할 수 있다”고 규정하고 있다.

주9) 별지 3 목록 기재 토지 중 순번 95, 101 토지의 면적과 관련하여, 원고는 당초 갑 제17호증을 제출하면서는 CAD를 통해 산출한 면적이 94㎡, 20㎡라고 주장하였으나, 참고서면을 통해 준공검사 신청서에 기재된 바에 따라 109㎡, 22㎡로 정정을 하였는바, 준공검사 신청서에 기재된 면적을 따르기로 한다.

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(1) 구 공공주택 특별법 제31조, 공공주택 특별법 시행령 제23조 제1항에 의하면, 공공주택사업자가 준공검사를 받으려면 신청서에 ‘법 제29조에 따른 공공시설 등의 귀속조서 및 도면’(제4호), ‘신구 지적대조도’(제6호) 등을 첨부하여 국토교통부장관에게 제출하여야 한다.

그리고 구 공공주택 특별법 제29조 제1항, 국토계획법 제65조 제5항에 따라 사업시행자가 준공검사를 마치고 해당 시설의 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목(細目)을 통지한 날에 해당 시설을 관리할 관리청과 사업시행자에게 각각 그 공공시설이 귀속된 것으로 간주된다.

위 규정에 따라 사업시행자는 준공검사 신청서에 ‘새로 설치된 공공시설의 무상귀속조서 및 도면’, ‘신구 지적대조도’ 등을 첨부하여 국토교통부장관에게 제출하고, 준공검사를 마친 뒤 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목(細目)을 통지한 날에 관리청은 대체 공공시설을, 사업시행자는 기존 공공시설을 각각 취득하게 된다.

(2) 원고는 위 규정에 근거하여 준공검사 신청서에 기재된 내용대로 기존의 공공시설 부지인 이 사건 토지를 취득하였는데, 이 사건 토지 중에서 이 사건 각 고시 및 준공검사 신청서에 정해진 바에 따라 대체 공공시설이 설치되어 국가등에 귀속되는 것으로 함께 정해진 토지의 경우에는, 당해 토지의 취득은 공공시설을 설치한 후 그 부지를 구 공공주택 특별법 제29조 제1항, 국토계획법 제65조에 따라 국가등에 무상귀속하기 위한 것으로서 ‘부동산을 국가등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치’로 봄이 상당하다. 이 경우 ‘국가등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산’에 해당한다고 보아 취득세를 비과세하는 것이 구 지방세법 제9조 제2항, 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항의 입법취지에 부합한다.

(3) 이 사건 각 고시와 원고가 준공검사 신청서에 첨부한 ‘새로 설치된 공공시설 무상귀속조서 및 도면’에는 이 사건 사업으로 새로 설치되는 공공시설이 도면의 형태로 특정되어 있고, 일부는 조서에 특정되어 있으므로 원고가 취득한 이 사건 토지 중 대체 공공시설이 설치된 위치나 면적을 대강으로나마 확인할 수 있다. 예를 들어, 서울 강남구 율현동 247-9(갑 제15호증 237면), 서울 강남구 율현동 192-4(갑 제3호증의 3 45면, 갑 제15호증 238면)의 경우 대체 공공시설로서 도로, 공원에 편입된다는 사실이 확인되는데, 위 토지들은 원고가 무상으로 소유권을 취득한 이 사건 토지의 일부(갑 제15호증 232면 표의 연번 48, 37)이다.

(4) 한편, 이 사건 각 고시와 준공검사 신청서에는 ‘국가등에 귀속’된 토지가 구체적으로는 지형도면으로만 나타나 있을 뿐, 그 지번과 면적이 모두 기재되어 있지는 않으므로, 원고가 취득한 이 사건 토지 중 ‘국가등에 귀속’된 토지의 위치, 면적이 구체적으로 특정되었는지 문제가 되고, 피고도 이 부분을 지적하고 있다.

원고와 국가등이 무상으로 취득한 신ㆍ구 공공시설의 소유권 귀속에 관한 자료인 ‘새로 설치된 공공시설의 무상귀속조서 및 도면’, ‘신구 지적대조도’ 등'7)을 대조하여 보면 원고가 취득한 이 사건 토지 중 국가등에 귀속되는 토지의 위치와 면적을 구체적으로 특정할 수 있다고 할 것이고, 원고는 갑 제14, 16, 17호증과 같이 기존 지적도와 신규 지적도를 겹쳐 놓은 상태에서 CAD 프로그램을 이용하여 원고가 취득한 이 사건 토지 중 대체 공공시설이 설치되어 국가등에 귀속된 부분의 지번, 면적을 특정ㆍ제시하였다.

원고가 시행한 이 사건 사업에 의하여 지적공부가 정리되었던 점에 더하여 이 사건 토지 중 신규 지적도에 대비하여 보더라도 그 필지 전부가 대체 공공시설 용지에 포함되는 별지 3 목록 기재 토지는 ‘국가등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산’으로서 위치, 면적이 특정되어 있다고 할 것이나(갑 제14 내지 17, 20호증 참조), 그 나머지 토지들은 국가등에 귀속되는 면적을 원고가 임의로 산출한 것이어서 이를 그대로 신뢰하기 어렵고 이를 안분할 방법도 마땅치 않으므로 비과세 요건이 충분히 증명되었다고 보기 어렵다.

한편, 피고는 을 제4호증 등을 근거로 원고가 제출한 위 증거들을 믿기 어렵다는 취지로 주장을 하나, 을 제4호증은 인터넷 포털사이트에서 제공하는 지도 프로그램에 기존 지번과 이 사건 사업 후의 지번을 입력하여 위치ㆍ면적을 비교한 것으로 보이는데, 위 지도 프로그램의 출처가 불분명하고, 이 사건 사업과정에서 지적공부가 정리되어 기존 지번이 말소되었음에도 기존 지번으로 위치가 특정되었다는 점에서 을 제4호증에 기재된 이 사건 사업 전ㆍ후 토지의 위치ㆍ면적은 믿기 어렵다.

4) 제3주장에 대한 판단

가) 관련 법리

조세법령의 개정이 있는 경우 개정 전·후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이라 할 것이나, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령이 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’는 경과규정을 두고 있고, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있다면, 이러한 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용된다고 할 것이나, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과하므로, 원칙으로 돌아가 종전 규정이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원 2015. 9. 24. 선고 2015두42152 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

(1) 원고는 2010. 4. 27. 이 사건 최초승인 고시에 따라 이 사건 토지의 무상귀속에 관하여 협의를 하는 등의 원인행위를 하였고, 이와 같은 원인행위 당시 구 서울특별시 시세 감면 조례(2012. 3. 15. 서울특별시조례 제5277호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항'10)이 유효하게 존재하였으므로, 추후 취득세 등을 면제받을 수 있다는 원고의 신뢰가 보호되어야 한다고 주장하면서 대법원 1998. 11. 13. 선고 97누201 판결을 근거로 제시한다.

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주10) 제8조(지방공사 등에 대한 감면) ① 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사 또는 지방공단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산과 궤도차량에 대하여는 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 「지방세법」 제112조 제1항 제2호에 따른 재산세와 같은 법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 면제하고, 주민세 재산분과 지방소득세 종업원분을 면제한다. 다만, 총자산 중 민간출자분 또는 민간출연분이 있는 경우 그 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.
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(2) 살피건대, 원고가 이 사건 토지의 무상귀속에 관하여 협의를 한 시기(2010년 4.경)와 이 사건 토지를 취득한 시기(2020. 4.경) 사이에 10년 이상의 시간적 간격이 있는 바, 위 협의 등이 취득과 관련한 밀접한 원인행위로 보기 어렵다.

(3) 또한 원고 주장에 의하더라도 지방공사가 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다고 규정한 구 서울특별시 시세 감면 조례 제8조 제1항은 2012. 1. 1. 개정으로 삭제되었고, 2018. 12. 31. 위 조례가 개정되면서 부칙 제3조에서 “이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 시세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하였는데, 서울특별시 시세 감면 조례가 2018. 12. 31. 개정ㆍ시행될 당시 지방공사가 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다는 규정은 이미 2012. 1. 1. 개정으로 삭제되어 존재하지 않은 데다, 구 서울특별시 시세 감면 조례(2012. 3. 15. 서울특별시조례 제5277호로 개정되기 전의 것) 부칙 제3조는 “이 조례는 2012년 12월 31일까지 그 효력을 가진다”고 한시적 효력만을 규정하고 있었으므로, 원고가 위 조례에 따라 이 사건 토지의 취득세가 면제된다고 신뢰한 것은 단순한 기대에 불과하다.

(4) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

5) 제4주장에 대한 판단

가) 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액을 기준으로 산정한다(구 지방세법 제10조 제1항 참조).

나) 원고가 준공검사를 마친 뒤 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목(細目)을 통지한 날인 2020. 4.경에 기존 공공시설을 취득하였음은 앞서 본 바와 같고, 위 시점을 기준으로 이 사건 토지의 과세표준을 산정하여야 하므로, 이 사건 최초승인 고시가 있었던 시기를 기준으로 과세표준을 산정하여야 한다는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

6) 취소의 범위

앞서 본 바와 같이, 이 사건 처분에는 취득세 비과세 요건을 갖춘 별지 3 기재 목록 토지까지 과세표준에 포함시킨 위법이 있다.

한편 과세처분 취소소송에서 법원은 제출된 자료에 따라 적법하게 부과할 정당한 세액을 산출할 수 있는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 않은 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다. 이 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결, 대법원 2016. 7. 14. 선고 2015두4167 판결 등 참조).

이 사건에 제출된 자료만으로는 별지 3 기재 목록 토지의 취득가액을 알기 어려워 정당한 과세표준이나 세액을 산출할 수 없으므로(갑 제17호증에 2020년 공시지가가 기재되어 있기는 하나, 객관적인 증거라고 보기 어렵다), 이 사건 처분은 전부 취소되어야 한다.

 
3.  결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지

관계 법령

▣ 구 지방세법(2021. 12. 28. 법률 제18655호로 개정되기 전의 것)

제9조(비과세)

① 국가 또는 지방자치단체(다른 법률에서 국가 또는 지방자치단체로 의제되는 법인은 제외한다. 이하 같다), 「지방자치법」 제176조제1항에 따른 지방자치단체조합(이하 “지방자치단체조합”이라 한다), 외국정부 및 주한국제기구의 취득에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대한민국 정부기관의 취득에 대하여 과세하는 외국정부의 취득에 대해서는 취득세를 부과한다.

② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

 
1.  국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

 
2.  국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

제11조(부동산 취득의 세율)

① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

 
2.  제1호 외의 무상취득: 1천분의 35. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은 1천분의 28로 한다.

▣ 구 지방세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것)

제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면)

① 「지방세법」 제9조제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(이하 이 조에서 "귀속등"이라 한다)의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 감면한다.

 
1.  2020년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

 
2.  2021년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

② 제1항의 경우 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각·증여하거나 국가등에 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우에는 그 감면된 취득세를 추징한다.

제85조의2(지방공기업 등에 대한 감면)

① 「지방공기업법」 제49조에 따라 설립된 지방공사(이하 이 조에서 "지방공사"라 한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2022년 12월 31일까지 지방세를 감면한다.

 
1.  지방공사가 그 설립 목적과 직접 관계되는 사업(그 사업에 필수적으로 부대되는 사업을 포함한다. 이하 이 조에서 "목적사업"이라 한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50(100분의 50의 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 대통령령으로 정하는 지방자치단체 투자비율(이하 이 조에서 "지방자치단체 투자비율"이라 한다)을 곱한 금액을 경감한다.

▣ 구 공공주택 특별법(2020. 6. 9. 법률 제17453호로 개정되기 전의 것)

제29조(공공시설 등의 귀속)

① 공공주택사업자가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조제13호에 따른 공공시설(주차장ㆍ운동장을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 새로 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 시설을 설치한 경우 그 귀속에 관하여는 같은 법 제65조를 적용한다. 이 경우 “행정청”은 “공공주택사업자”로 본다.

② 제1항에 따라 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용함에 있어서 관리청이 불분명한 재산 중 도로ㆍ하천ㆍ구거(溝渠)에 대하여는 국토교통부장관을, 그 밖의 재산에 대하여는 기획재정부장관을 관리청으로 본다.

③ 제1항에 따라 공공주택사업자가 대체공공시설 등을 설치하고자 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제16조에 따른 지구계획 승인을 신청하는 때에 이를 명시하여야 한다. 다만, 제7조에 따라 주거지역 안에서 주택지구를 지정하는 경우에는 제35조에 따라 주택건설사업계획을 승인신청하는 때에 이를 명시하여야 한다.

④ 제1항에 따른 공공시설과 재산의 등기에 있어서는 지구계획승인서, 주택건설사업계획승인서 또는 그 변경승인서와 준공확인서로서 「부동산등기법」에 따른 등기원인을 증명하는 서류에 갈음할 수 있다.

제31조(준공검사)

① 공공주택사업자는 지구조성사업을 완료한 때에는 지체 없이 준공검사를 받아야 한다.

② 국토교통부장관은 지구조성사업이 지구계획대로 완료되었다고 인정하는 경우에는 준공검사서를 공공주택사업자에게 교부하고 이를 대통령령으로 정하는 바에 따라 관보에 공고하여야 한다.

③ 공공주택사업자는 지구조성사업을 효율적으로 시행하기 위하여 지구계획의 범위에서 주택지구 중 일부지역에 한하여 준공검사를 신청할 수 있다.

▣ 공공주택 특별법

제29조(공공시설 등의 귀속)

① 공공주택사업자가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조제13호에 따른 공공시설(주차장ㆍ운동장은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 새로 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 시설을 설치한 경우 그 귀속에 관하여는 같은 법 제65조를 적용한다. 이 경우 “행정청”은 “공공주택사업자”로 본다.

② 제1항에 따라 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용함에 있어서 관리청이 불분명한 재산 중 도로ㆍ구거(溝渠)에 대하여는 국토교통부장관을, 하천에 대하여는 환경부장관을, 그 밖의 재산에 대하여는 기획재정부장관을 관리청으로 본다.

③ 제1항에 따라 공공주택사업자가 대체공공시설 등을 설치하고자 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제16조에 따른 지구계획 승인을 신청하는 때에 이를 명시하여야 한다. 다만, 제7조에 따라 주거지역 안에서 주택지구를 지정하는 경우에는 제35조에 따라 주택건설사업계획을 승인신청하는 때에 이를 명시하여야 한다.

④ 제1항에 따른 공공시설과 재산을 등기할 때에는 지구계획승인서, 주택건설사업계획승인서 또는 그 변경승인서와 준공확인서로서 「부동산등기법」에 따른 등기원인을 증명하는 서류를 갈음할 수 있다.

▣ 구 보금자리주택건설 등에 관한 특별법(2010. 4. 15. 법률 제10272호로 개정되기 전의 것)

제29조(공공시설 등의 귀속)

① 시행자가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조제13호에 따른 공공시설(주차장ㆍ운동장을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 새로 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 시설을 설치한 경우 그 귀속에 관하여는 같은 법 제65조를 적용한다. 이 경우 “행정청”은 “시행자”로 본다.

② 제1항에 따라 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용함에 있어서 관리청이 불분명한 재산 중 도로ㆍ하천ㆍ구거(溝渠)에 대하여는 국토해양부장관을, 그 밖의 재산에 대하여는 기획재정부장관을 관리청으로 본다.

③ 제1항에 따라 시행자가 대체공공시설 등을 설치하고자 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제16조에 따른 지구계획 승인을 신청하는 때에 이를 명시하여야 한다. 다만, 제7조에 따라 주거지역 안에서 주택지구를 지정하는 경우에는 제35조에 따라 주택건설사업계획을 승인신청하는 때에 이를 명시하여야 한다.

④ 제1항에 따른 공공시설과 재산의 등기에 있어서는 지구계획승인서, 주택건설사업계획승인서 또는 그 변경승인서와 준공확인서로서 「부동산등기법」에 따른 등기원인을 증명하는 서류에 갈음할 수 있다.

▣ 공공주택 특별법 시행령

제23조(준공검사)

① 공공주택사업자는 법 제31조제1항에 따라 준공검사를 받으려면 신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 국토교통부장관에게 제출하여야 한다.

 
1.  준공조서

 
2.  시장ㆍ군수 또는 구청장이 인정하는 실측평면도와 구적평면도(求積平面圖)

 
3.  토지의 용도별 면적조서 및 평면도

 
4.  법 제29조에 따른 공공시설 등의 귀속조서 및 도면

 
5.  조성지의 소유자별 면적조서

 
6.  신구 지적대조도

② 법 제31조제2항에 따른 공사 완료의 공고는 다음 각 호의 사항을 관보에 공고하는 방법으로 한다.

 
1.  사업의 명칭

 
2.  공공주택사업자의 명칭, 소재지 및 대표자 성명

 
3.  사업시행지역의 위치

 
4.  사업시행지역의 전체 면적 및 용도별 면적

 
5.  준공일

 
6.  주요 시설물의 처분에 관한 사항

▣ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률

제65조(개발행위에 따른 공공시설 등의 귀속)

① 개발행위허가(다른 법률에 따라 개발행위허가가 의제되는 협의를 거친 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 받은 자가 행정청인 경우 개발행위허가를 받은 자가 새로 공공시설을 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 공공시설을 설치한 경우에는 「국유재산법」과 「공유재산 및 물품 관리법」에도 불구하고 새로 설치된 공공시설은 그 시설을 관리할 관리청에 무상으로 귀속되고, 종래의 공공시설은 개발행위허가를 받은 자에게 무상으로 귀속된다.

② 개발행위허가를 받은 자가 행정청이 아닌 경우 개발행위허가를 받은 자가 새로 설치한 공공시설은 그 시설을 관리할 관리청에 무상으로 귀속되고, 개발행위로 용도가 폐지되는 공공시설은 「국유재산법」과 「공유재산 및 물품 관리법」에도 불구하고 새로 설치한 공공시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 개발행위허가를 받은 자에게 무상으로 양도할 수 있다.

③ 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수는 제1항과 제2항에 따른 공공시설의 귀속에 관한 사항이 포함된 개발행위허가를 하려면 미리 해당 공공시설이 속한 관리청의 의견을 들어야 한다. 다만, 관리청이 지정되지 아니한 경우에는 관리청이 지정된 후 준공되기 전에 관리청의 의견을 들어야 하며, 관리청이 불분명한 경우에는 도로 등에 대하여는 국토교통부장관을, 하천에 대하여는 환경부장관을 관리청으로 보고, 그 외의 재산에 대하여는 기획재정부장관을 관리청으로 본다.

④ 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수가 제3항에 따라 관리청의 의견을 듣고 개발행위허가를 한 경우 개발행위허가를 받은 자는 그 허가에 포함된 공공시설의 점용 및 사용에 관하여 관계 법률에 따른 승인ㆍ허가 등을 받은 것으로 보아 개발행위를 할 수 있다. 이 경우 해당 공공시설의 점용 또는 사용에 따른 점용료 또는 사용료는 면제된 것으로 본다.

⑤ 개발행위허가를 받은 자가 행정청인 경우 개발행위허가를 받은 자는 개발행위가 끝나 준공검사를 마친 때에는 해당 시설의 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목(細目)을 통지하여야 한다. 이 경우 공공시설은 그 통지한 날에 해당 시설을 관리할 관리청과 개발행위허가를 받은 자에게 각각 귀속된 것으로 본다.

⑥ 개발행위허가를 받은 자가 행정청이 아닌 경우 개발행위허가를 받은 자는 제2항에 따라 관리청에 귀속되거나 그에게 양도될 공공시설에 관하여 개발행위가 끝나기 전에 그 시설의 관리청에 그 종류와 토지의 세목을 통지하여야 하고, 준공검사를 한 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수는 그 내용을 해당 시설의 관리청에 통보하여야 한다. 이 경우 공공시설은 준공검사를 받음으로써 그 시설을 관리할 관리청과 개발행위허가를 받은 자에게 각각 귀속되거나 양도된 것으로 본다.

⑦ 제1항부터 제3항까지, 제5항 또는 제6항에 따른 공공시설을 등기할 때에 「부동산등기법」에 따른 등기원인을 증명하는 서면은 제62조제1항에 따른 준공검사를 받았음을 증명하는 서면으로 갈음한다.

⑧ 개발행위허가를 받은 자가 행정청인 경우 개발행위허가를 받은 자는 제1항에 따라 그에게 귀속된 공공시설의 처분으로 인한 수익금을 도시ㆍ군계획사업 외의 목적에 사용하여서는 아니 된다.

⑨ 공공시설의 귀속에 관하여 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우에는 이 법률의 규정에도 불구하고 그 법률에 따른다.

 
끝.