본문 바로가기

판례정보

법제처 국가법령정보센터

화면내검색 공유하기 관심법령추가 저장 인쇄

등록면허세부과처분취소

[대법원 2026. 1. 15. 2025두35131 처분청 승소]
[수원고등법원 2025. 9. 5. 2024누16403 처분청 승소]
[수원지방법원 2024. 11. 7. 2024구합595 처분청 승소]

■ 3심 2025두35131 (선고일자-20260115) 등록면허세

※ 2026년 8월 14일 지방세 법령정보시스템에서 수집하여 제공하고 있습니다.

【판결요지】

등록면허세의 형식주의 원칙상 회생계획에 따른 출자전환 등기행위 자체가 존재하므로, 주식 소각이 예정되었더라도 이를 비과세 대상으로 볼 수 없으며 과세 처분이 조세평등주의에 위배되지 않음


【전문】


【주문】

상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.

【이유】

이 유

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나 상고인의 상고이유에 관한 주장은「상고심절차에 관한 특례법」제4조 제1항 각 호에서 정한 사유를 포함하지 아니하거나 원심판결에 영향을 미치지 아니하는 때에 해당한다.

그러므로「상고심절차에 관한 특례법」제5조에 따라 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

2026. 1. 15.

■ 2심 2024누16403 (선고일자-20250905) 등록면허세

※ 2026년 8월 14일 지방세 법령정보시스템에서 수집하여 제공하고 있습니다.

【전문】


【주문】

 
1.  원고의 항소를 기각한다.
 
2.  항소비용은 원고가 부담한다.

【이유】

이 유

 
1.  제1심 판결의 인용

이 법원의 판결 이유는, 원고가 이 법원에서 하는 새로운 주장에 관한 판단을 아래와 같이 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어 및 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

 
2.  추가하는 부분

 
가.  원고의 주장 요지

지방세법과 채무자회생법 등 관련 법령의 입법 연혁, 형식적 출자전환에 대한 장기간의 비과세관행, 행정자치부(이후 정부조직법 개정으로 행정안전부로 변경)의 ‘2016년도 시행 지방세법령 적용요령’ 공표를 통한 공적 견해의 표명, 이 사건 조항에 의한 과세에 따른 논란의 발생으로 이 사건 조항이 결국 삭제된 점 등을 고려하면, 이 사건 처분은 회생절차에서 형식적 출자전환에 대한 비과세관행이 존재한다는 원고의 신뢰에 반하는 처분으로서 지방세기본법 제20조 제3항을 위반한 위법한 처분으로서 취소되어야 한다.

 
나.  판단

1) 관련 법리

지방세기본법 제20조 제3항에 규정된 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두7855 판결 등 참조). 그리고 그러한 비과세관행의 존재에 대한 증명책임은 그 주장자인 납세자에게 있다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 참조).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거들과 갑 제6호증의 기재, 이 법원의 이천시장에 대한 사실조회 결과와 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 회생절차에서의 출자전환에 따른 촉탁등기에 관하여 등록면허세를 부과하지 않겠다는 과세관청의 공적인 견해 표명이 있었음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

① 이 사건 조항의 시행에 따라 소관부처인 행정자치부가 작성한 ‘2016년도 시행 지방세법령 적용요령’(이하 ‘이 사건 적용요령’이라 한다)에는 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

<개정내용>

(종전) 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등록인 경우에는 촉탁의 실질적 내용을 고려하지 않고 등록면허세 일괄 비과세 적용(구 지방세법 제26조 제2항 제1)

- 법원촉탁에 따른 비과세는 신속한 정리절차의 수행을 지원하기 위해 정리절차 관련 등록면허세를 비과세 하고자 한 것임에도, 정리절차가 아닌 자본증자등기, 회사의 합병등기와 같은 실질적 재산권변동 등기까지 비과세하는 것은 취지에 불부합

대법 판례(201223382)의 경우 현 법 규정으로는 유상증자 등기도 비과세 대상이라고 판시

(개정) 회사정리에 관한 법원촉탁에 따른 비과세 대상을 회사정리 절차에 관한 것으로만 한정하도록 관련 규정 개정

- 자본금(출자금)의 납입, 증자 및 출자전환 등 재산권의 변동을 수반하는 법인 등기는 비과세 대상에서 배제

<적용요령>

구 채무자회생법과의 관계

- 구 채무자회생법 제25조 제4항에서 증자등기 등에 대하여 등록세를 비과세한다고 규정하고 있으나,

- 지방세특례제한법 제3조에서 지방세특례제한법, 지방세법, 조세특례제한법에 의하지 않고서는 지방세 특례를 정할 수 없도록 규정하고 있으므로,

- 구 채무자회생법상 등록세 면제에 관한 규정은 지방세특례제한법에 위배되는 규정이므로 적용 불필요

구 채무자회생법 제25조 제4항에도 불구하고 납입, 증자, 출자전환에 대하여는 등록면허세를 부과함



② 과세관청은 이 사건 적용요령에 따라 회생절차에서 출자전환에 따른 촉탁등기에 관하여 등록면허세가 신고ㆍ납부된 경우 이를 수령하였을 뿐만 아니라, 납세자가 비과세 결정을 구하는 취지로 경정청구를 제기하는 경우 이를 거부하고, 납세자가 제기한 거부처분 취소소송에서 위 촉탁등기는 이 사건 조항에 따라 비과세 대상에서 제외된다고 적극적으로 다투었던 것으로 보인다[춘천지방법원 2017. 3. 31. 선고 2016구합51526 판결 및 그 항소심 판결인 서울고등법원(춘천) 2017. 11. 15. 선고 2017누362 판결 참조].

③ 이 사건 조항의 시행 이후에도 회생절차에서 출자전환에 따른 촉탁등기에 관하여 등록면허세가 부과되지 않은 경우가 있었던 것으로 보이나, 이는 신고납부 방식의 조세인 등록면허세에 있어 무신고에 따른 과세누락에 해당할 뿐이다(이천시 소재 13개 회생법인들도 이 사건 조항의 시행 이후인 2016. 1. 1.부터 2023. 2. 16.까지 기간 동안 등록면허세를 신고 납부한 경우가 없었다). 피고가 구 지방세법 제33조 및 제22조의 규정에 따라 등기관서의 장으로부터 회생절차의 출자전환에 따른 촉탁등기에 관하여 등기자료의 통보를 받았다고 볼 만한 자료도 없다.

④ 피고를 비롯한 등록면허세 납세지 관할 지방자치단체장들이 회생절차에서의 출자전환에 따른 촉탁등기에 관하여 등록면허세를 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 만한 사정도 존재하지 않는다.

⑤ 경기도지사는 2023년 2월경 피고를 비롯한 등록면허세 납세지 관할 지방자치단체장들에게 ‘2016년부터 지방세법 개정으로 회생법인 자본금 증자 등에 따른 등기(법원 촉탁)는 등록면허세 비과세 대상에서 제외되었으나, 법원에서 구 채무자회생법 제25조 제4항에 따라 현재까지 비과세하고 있어 등록면허세가 누락되고 있으므로 회생법인들에 대하여 조사를 진행하여 누락 등록면허세를 추징할 계획’이라는 취지의 회생법인 등록면허세 과세누락 전수조사 계획을 통보하였고, 이에 따라 피고는 원고를 포함한 이천시 소재 13개 회생법인에 대하여 조사를 진행한 후 등록면허세 부과처분을 하였다.

 
3.  결론

그렇다면 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 기각한다.

■ 1심 2024구합595 (선고일자-20241107) 등록면허세

※ 2026년 8월 14일 지방세 법령정보시스템에서 수집하여 제공하고 있습니다.

【전문】


【주문】

 
1.  원고의 청구를 기각한다.
 
2.  소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

이 유

 
1.  처분의 경위

 
가.  원고는 2014. 10. 2. 서울중앙지방법원 2014회합100118호로 회생절차개시결정을 받고, 2015. 4. 17. 회생계획인가결정을 받았으며, 인가된 회생계획에 따라 2017. 7. 17. 기존 채무 6,523,450,000원을 13,046,900주로 출자전환하고(이하 ‘이 사건 출자전환’이라 한다) 같은 날 이 사건 출자전환된 주식을 포함한 발행주식 전부를 무상으로 소각하였다. 서울회생법원은 이 사건 출자전환에 따른 발행주식 총수 등에 관한 변경등기를 직권으로 촉탁했고 2017. 7. 27. 그에 따른 등기가 마쳐졌으며, 원고에 대한 회생절차는 2017. 8. 11. 종결되었다.

 
나.  피고는 2023. 5. 26. 이 사건 출자전환에 따른 등기를 과세대상으로 하여 등록면허세 26,093,800원과 이에 대한 무신고 가산세 5,218,760원, 납부지연 가산세 14,280,870원, 지방교육세 5,216,760원과 이에 대한 납부지연 가산세 2,856,170원 합계 53,668,360원을 부과ㆍ고지하였다(이중 아래와 같이 가산세 부분을 취소하고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

 
다.  원고는 과세처분에 불복해 심판청구를 했고, 조세심판원은 2023. 12. 19. 구 지방세법(2023. 12. 29. 법률 제19860호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제2항 제1호 단서(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)에 따라 출자전환에 따른 등기도 과세대상이 되므로 등록면허세 부과는 정당하다고 판단하면서도, 구 지방세법과 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」(이하 ‘채무자회생법’이라 한다)에서 등록면허세 과세 여부를 달리 정하고 있는 등 원고로서는 납세의무 존부를 오인할 만한 사유가 있다고 보아 가산세 부분을 취소했다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1, 7호증의 기재, 변론 전체의 취지

 
2.  원고의 주장

 
가.  지방세법과 채무자회생법의 연혁을 고려하면, 회생계획에 따라 무상소각이 예정된 출자전환(형식적 유상증자)은 일관되게 비과세 대상이었고 단지 실질적 유상증자에 대한 과세근거를 마련하기 위해 이 사건 조항이 도입된 것이므로, 이 사건 출자전환에 따른 등기는 이 사건 조항을 근거로 한 과세대상에 해당하지 않는다.

 
나.  과세관청은 2020년에 이르러 갑자기 이 사건 조항을 들어 형식적 유상증자에도 등록면허세를 부과하기 시작했고, 그러한 문제점 때문에 2023. 12. 29. 법률 제19860호로 개정된 지방세법에서 회생절차에서의 등기ㆍ등록은 과세하지 않는 것으로 명문화되었다. 이 사건 처분은, 위와 같은 법률 개정 전후로 납세 부담을 지지 않던 회생채무자와 원고를 특별한 이유 없이 차별하는 것으로서 조세평등원칙에 위반된다.

 
3.  이 사건 처분의 적법성에 관한 판단

 
가.  관련 법령(원문은 별지 기재와 같다)

구 지방세법(2015. 12. 29. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것) 제26조 제2항 제1호는 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 ‘법원의 촉탁으로 인한 등록‘을 비과세로 규정하였다. 지방세법이 2015. 12. 29. 법률 제10416호로 개정되면서 제26조 제2항 제1호에 ’다만 법인의 자본금 또는 출자금의 납입, 증자 및 출자전환에 따른 등기 또는 등록은 제외한다‘는 단서(이 사건 조항)가 신설되었다가, 2023. 12. 29. 법률 제19860호로 개정되면서 위 단서가 삭제되고 회생계획에 따른 신주발행을 사유로 법원이 촉탁한 등기에는 과세하지 않는 것으로 변경되었다.

 
나.  이 사건 출자전환에 따른 등기가 비과세 대상인지

아래와 같은 사정을 고려하면, 이 사건 출자전환에 따른 등기는 이 사건 조항에 따라 비과세 대상에서 제외된다고 봄이 타당하다. 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

① 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조).

② 이 사건 조항이 출자전환에 따른 등기를 비과세 대상에서 제외하고 있음은 그 문언상 명백하고 다른 해석의 여지가 없다.

③ 등록면허세는 재산권 기타 권리의 취득, 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우 그 등기 또는 등록행위 자체를 과세물건으로 하는 조세로서, 그 등기 또는 등록의 유·무효나 실질적인 권리귀속 여부는 등록면허세 과세대상이 되는 데에 아무런 영향이 없다(대법원 1996. 7. 26. 선고 95누14855 판결 참조). 비록 회생계획에 출자전환으로 인한 주식이 소각될 것이 예정되어 있다고 하더라도 출자전환에 따른 등기행위 자체는 존재하므로 이를 과세대상으로 삼는 것이 등록면허세의 본질에 어긋난다고 할 수 없다.

④ 개별적ㆍ구체적 사건에서 회생계획에 따라 기존 채권자들의 채권을 출자전환한 다음 이를 소각하는 경우가 있다고 하더라도, 일반적으로 채무자회생법이 출자전환으로 발행된 주식을 반드시 소각하는 것으로 예정하고 있지 않은 이상, 출자전환에 따른 등기를 비과세 대상으로 규정하여야 할 필연적인 이유는 없다.

 
다.  조세평등주의에 위배되는지

헌법 제11조가 규정한 평등의 원칙을 바탕으로 한 조세평등주의는 조세의 부과와 징수는 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하고, 합리적인 이유 없이 특정의 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 아니한다는 원칙이다(대법원 2013. 6. 27. 자 2013아24 결정 등 참조).

앞서 본 바와 같이 회생계획에 출자전환으로 인한 주식이 소각될 것이 예정되어 있다고 하더라도 출자전환에 따른 등기행위 자체는 존재하므로 이를 과세대상으로 삼는 것이 등록면허세의 본질에 어긋난다고 할 수 없는 점, 일반적으로 채무자회생법이 출자전환으로 발행된 주식을 반드시 소각하는 것으로 예정하고 있지 않은 이상 출자전환에 따른 등기를 비과세 대상으로 규정하여야 할 필연적인 이유는 없는 점 등을 고려하면 이를 과세할 것인지는 입법정책의 문제일 뿐이므로, 이 사건 조항이 도입된 후 삭제되기 전에 발생한 과세요건에 따라 등록면허세를 부과하는 것이 동등한 납세자를 합리적 이유 없이 차별해 조세평등주의에 위배된다고 볼 수 없다. 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

 
4.  결 론

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.

(별지)

관련 법령

■ 구 채무자 회생 및 파산에 관한 법률(2024. 2. 13. 법률 제20264호로 개정되기 전의 것)

제23조(법인에 관한 등기의 촉탁)

① 법인인 채무자에 대하여 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있는 경우에는 법원사무관등은 직권으로 지체 없이 촉탁서에 결정서의 등본 또는 초본 등 관련 서류를 첨부하여 채무자의 각 사무소 및 영업소(외국에 주된 사무소 또는 영업소가 있는 때에는 대한민국에 있는 사무소 또는 영업소를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 소재지의 등기소에 그 등기를 촉탁하여야 한다.

 
4.  제266조의 규정에 의한 신주발행, 제268조의 규정에 의한 사채발행, 제269조의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환, 제270조의 규정에 의한 주식의 포괄적 이전, 제271조의 규정에 의한 합병, 제272조의 규정에 의한 분할 또는 분할합병이나 제273조 및 제274조의 규정에 의한 신회사의 설립이 있는 경우

제25조(등기소의 직무 및 등록세 면제)

① 등기소는 제23조 또는 제24조의 규정에 의한 등기의 촉탁을 받은 때에는 지체 없이 그 등기를 하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 등기에 관하여는 등록세를 부과하지 아니한다.

제206조(주식회사 또는 유한회사의 신주발행)

② 주식회사인 채무자가 회생채권자ㆍ회생담보권자 또는 주주로 하여금 새로 납입 또는 현물출자를 하게 하고 신주를 발행하는 때에는 회생계획에 다음 각호의 사항을 정하여야 한다.

 
1.  제1항제1호 및 제3호의 사항

 
2.  납입금액 그 밖에 신주의 배정에 관한 사항과 신주의 납입기일

 
3.  새로 현물출자를 하는 자가 있는 때에는 그 자, 출자의 목적인 재산, 그 가격과 이에 대하여 부여할 주식의 종류와 수

제266조(납입 등이 있는 신주발행에 관한 특례)

① 제206조 제2항ㆍ제3항의 규정에 의하여 회생계획에서 채무자가 신주를 발행할 것을 정한 때에는 회생계획에 의하여 신주를 발행할 수 있다.

■ 구 지방세법(2023. 12. 29. 법률 제19860호로 개정된 것)

26조(비과세)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기ㆍ등록 또는 면허에 대하여는 등록면허세를 부과하지 아니한다.

 
1.  「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」 제6조제3항, 제25조제1항부터 제3항까지, 제26조제1항, 같은 조 제3항, 제27조, 제76조제4항, 제362조제3항, 제578조의5제3항, 제578조의8제3항 및 제578조의9제3항에 따른 등기 또는 등록

■ 구 지방세법(2023. 12. 29. 법률 제19860호로 개정되기 전의 것)

제26조(비과세)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기ㆍ등록 또는 면허에 대하여는 등록면허세를 부과하지 아니한다.

 
1.  회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록. 다만, 법인의 자본금 또는 출자금의 납입, 증자 및 출자전환에 따른 등기 또는 등록은 제외한다.

■ 구 지방세법(2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것)

제26조(비과세)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등록 또는 면허에 대하여는 등록면허세를 부과하지 아니한다.

 
1.  회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등록

 
끝.