【판시사항】

[1] 사용자가 "사용자 명의로 '등록된 특허권'을 양도 또는 기타의 방법으로 처분하였을 때 '직무발명심의위원회의 심의를 거쳐' 보상금을 지급하도록" 규정한 사내 직무발명규정을 근거로
특허법 제40조 제1항에 정한 직무발명에 대한 보상청구권의 행사를 거부할 수 있는지 여부(소극)

[2] 제약회사의 연구원이 항진균성 화합물인 '이트라코나졸(itraconazole)'의 제제(製劑) 연구에 참여하여 경구용 이트라코나졸정제의 제조방법에 대한 발명을 완성하는 데 중요한 역할을 한 사안에서, 위 발명으로 인하여 제약회사가 얻을 이익에 발명자 보상률과 위 연구원 개인의 기여율을 참작하여 직무발명에 대한 보상금의 범위를 산정한 사례

【판결요지】

[1] 사용자의 직무발명규정 중 "사용자 명의로 '등록된 특허권'을 양도 또는 기타의 방법으로 처분하였을 때 '직무발명심의위원회의 심의를 거쳐' 보상금을 지급하도록" 한 규정은, 이를 특허권 설정등록이 마쳐지기 전에는 보상의무가 없다는 취지로 해석할 경우 발명자인 종업원을 보호하기 위한 강행규정으로서 직무발명에 대하여 특허 받을 권리를 사용자로 하여금 승계하게 한 때에 곧바로 종업원의 보상금청구권이 발생함을 규정하고 있는
특허법 제40조 제1항에 위반되어 무효이고, 위 직무발명규정이 요구하는 '직무발명심의위원회의 심의' 역시 사용자가 자발적으로 직무발명보상을 행하는 경우 그 보상절차를 규정한 것일 뿐이므로, 이로써 이미 직무발명으로 인한 보상청구권을 취득한 종업원의 보상금청구를 거부할 수는 없다.

[2] 제약회사의 연구원이 항진균성 화합물인 '이트라코나졸(itraconazole)'의 제제(製劑) 연구에 참여하여 경구용 이트라코나졸정제의 제조방법에 대한 발명을 완성하는 데 중요한 역할을 한 사안에서, 위 발명으로 인하여 제약회사가 얻을 이익에 발명자 보상률과 위 연구원 개인의 기여율을 참작하여 직무발명에 대한 보상금의 범위를 산정한 사례.

【참조조문】

[1]

특허법 제40조 제1항

[2]

구 특허법(2001. 2. 3. 법률 제6411호로 개정되기 전의 것) 제40조 제2항

【전문】

【원고,피항소인겸부대항소인】

왕훈식 (소송대리인 변호사 김준효)

【피고,항소인겸부대피항소인】

동아제약 주식회사 (소송대리인 법무법인 아주 담당변호사 정은섭 외 1인)

【제1심판결】

서울북부지법 2003. 7. 3. 선고 2002가합3727 판결

【변론종결】

2004. 9. 14.

【주문】

 
1.  제1심판결 중 아래에서 지급을 명하는 금원을 초과한 피고 패소 부분을 취소하고, 그 부분 원고의 청구를 기각한다. 피고는 원고에게 176,106,895원 및 이에 대한 2002. 8. 8.부터 2004. 11. 16.까지는 연 5%, 2004. 11. 17.부터 완제일까지는 연 20%의 각 비율에 의한 금원을 지급하라.
 
2.  원고의 부대항소와 피고의 나머지 항소를 모두 기각한다.
 
3.  소송총비용은 이를 2분하여 그 1은 원고가, 나머지는 피고가 부담한다.

【청구취지및항소취지】

1. 청구취지
피고는 원고에게 350,000,000원 및 이에 대한 이 사건 소장 부본 송달일 다음날부터 제1심판결 선고일까지는 연 5%, 그 다음날부터 완제일까지는 연 20%의 각 비율에 의한 금원을 지급하라.
 
2.  항소취지
제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 부분 원고의 청구를 기각한다.
 
3.  부대항소취지
제1심판결 중 다음에서 추가 지급을 명하는 금원에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다. 피고는 원고에게 50,000,000원 및 이에 대한 2002. 8. 8.부터 이 사건 부대항소장 부본 송달일까지는 연 5%, 그 다음날부터 완제일까지는 연 20%의 각 비율에 의한 금원을 지급하라.

【이유】

1. 기초사실
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑4, 5호증의 각 1 내지 3, 갑6, 7, 9, 10호증, 갑8호증의 1, 2, 을1, 2호증의 각 1 내지 3, 을3, 4, 6, 9 내지 12, 15, 17호증, 을18호증의 1, 2의 각 기재, 당원의 주식회사 한국얀센, 주식회사 중외제약, 한미약품 주식회사, 주식회사 대유신약, 코오롱제약 주식회사에 대한 각 사실조회 결과, 제1심에서의 원고본인신문 결과, 변론 전체의 취지
 
가.  당사자의 지위와 의약품 연구·개발의 경위
(1) 피고는 1949. 8. 9. 의약품과 의약부외품의 제조 및 판매를 사업목적으로 하여 설립된 국내 매출액 1위의 제약회사로서, 무좀 등 피부진균증 치료에 탁월한 효과를 지닌 항진균성 화합물 '이트라코나졸(itraconazole)'에 대한 외국 제약회사 얀센(Janssen)사의 국내 물질특허가 1994. 6.경 존속기간 만료로 소멸될 것이 예상되자 1991. 10.경부터 이를 제품화하기 위한 연구에 착수하였다가, 1994. 10.경 위 특허를 기초로 국내에서 경구용(經口用) 이트라코나졸 함유 제품 "스포라녹스(Sporanox)"를 제조·판매하고 있던 소외 주식회사 한국얀센(이하 '한국얀센'이라고만 한다)과 사이에, 보상금 200,000,000원을 지급받는 대신, 1997. 6. 30.까지 제품개발을 포기하기로 합의함에 따라 잠정적으로 위 연구를 중단하였으나, 다시 위 기한만료에 즈음하여 위 연구를 재개하였다.
(2) 이트라코나졸은 그 뛰어난 약효에도 불구하고 다른 항진균제와 달리 물에 잘 녹지 않는 특성이 있는 까닭에 이를 경구용 고형 제제로 만들어 인체에 투약하는 데 어려움이 있고, 이러한 문제점을 해결하고자 그 용해도 및 용해속도를 향상시킴으로써 체내 흡수를 촉진시킬 수 있는 제조방법에 관하여 수많은 연구가 시도되어 왔으며, 피고 역시 그 산하 연구소의 제품개발연구팀 소속 연구원들로 하여금 위 문제점을 극복할 수 있는 경구용 이트라코나졸 함유 정제(tablet) 혹은 캡슐(capsule)의 제제(製劑) 방법에 관한 연구를 수행하게 하여 1997. 6.경 유동층과립건조기를 이용한 분무건조를 통해서 정제 형태의 시제품 개발에 성공하는 등 일부 성과를 거두기도 하였으나, 1998. 3.경 2회에 걸쳐 위 시제품에 대한 생물학적 동등성(Bioequivalence) 시험을 시행한 결과 대조약품인 한국얀센의 스포라녹스보다 식전 상태의 용해도에서 기대치인 80~120%에 훨씬 못 미치는 20% 이하의 낮은 체내 흡수율을 보이는데 그쳐 식품의약품안전청으로부터 품목허가를 받기 어렵게 되는 등 그 연구가 답보상태에 빠져서 1999. 3. 초까지도 돌파구를 찾지 못하고 있었다.
(3) 한편, 원고는 중앙대학교 약학과를 졸업하고 같은 학교 대학원에서 물리약학과 석사학위를 취득한 뒤 병역특례대상인 전문연구요원으로 편입됨에 따라 1997. 1. 1. 피고 회사에 배치되어 2001. 5.경 퇴사하기 전까지 제품개발연구팀 소속 연구원으로 의무종사하던 자로서, 피고의 위 이트라코나졸 제제연구에 대한 연구개발인력 보강조치에 따라 1999. 3. 중순경 위 연구팀에 본격적으로 합류하게 되었고, 그 직후 새로운 용해도 시험평가법을 제시함으로써 이제까지의 연구진행 방향에 문제가 있었음을 명확히 함과 아울러, 이트라코나졸을 위(胃)내 수소지수(pH)의 변동에 영향을 받지 않는 특정 분자량의 수용성 고분자와 함께 일정한 조건하에서 분무건조시키는 제조방법을 제안하였는데, 그에 따른 시제품이 한국얀센의 스포라녹스보다 높은 체내 흡수율을 기록하자 위 연구가 급진전되었고, 이어서 원고와 다른 연구원들이 위 실험결과를 발전·보완시키는 후속 연구를 계속함으로써, 결국 한국얀센의 스포라녹스 제품과 생물학적으로 동등하면서도 제조원가 대비 약 38%의 저렴한 가격에 대량 생산이 가능하고 안전성이 확보된 경구용 이트라코나졸정제의 제조방법에 관한 발명이 완성되게 되었다.
 
나.  피고의 직무발명에 관한 특허권 승계와 출원 및 등록 등
피고는 위 연구개발 과정에서 수시로 원고를 비롯한 제품개발팀 연구원들로부터 그들의 직무발명에 관한 특허 받을 권리를 승계하여 피고 명의로 특허출원을 함으로써, 현재 출원중이거나 그 설정등록까지 마쳐진 발명은 다음에서 보는 바와 같이 총 6가지인데, 그 중 위 연구개발의 핵심이 되는 분무건조 기술과 관련이 있는 것은 아래의 특허발명 1, 4, 6이고, 원고가 직접 연구개발과정에 참여하여 발명자로 등재된 것은 특허발명 4 내지 6이며, 위 이트라코나졸 제품의 생물학적 동등성 시험이나 초도 생산에 직접적으로 사용된 것은 특허발명 4, 6이다(이하 편의상 아래의 특허발명 1 내지 6을 '이 사건 의약발명', 원고가 관여한 특허발명 4 내지 6을 '이 사건 발명'이라 한다).
(1) 특허발명 1(을1호증의 1)
(가) 발명의 명칭 : 용해도를 개선한 아졸계 항진균제 및 이를 함유하는 제제
(나) 출원일/출원번호 : 1997. 6. 16./특1997-024938호
(다) 발명자 : 소외 차봉진, 오준교, 김수언
(라) 발명의 요지 : 통상의 이트라코나졸을 유기용매에 녹인 다음 이를 분무건조기, 유동층과립건조기 등으로 분무건조시켜 일정한 수치범위 내의 입자도와 평균입자크기를 갖도록 함으로써 이트라코나졸의 용해도 및 용해속도를 증가시키는 방법
(2) 특허발명 2(을1호증의 2)
(가) 발명의 명칭 : 항진균제와 유기산류의 공융(共融)혼합물 및 이를 함유하는 약학적 제제
(나) 출원일/등록일/등록번호 : 1997. 6. 16./2002. 1. 9./제321,617호
(다) 발명자 : 위 차봉진, 오준교, 김수언
(라) 발명의 요지 : 이트라코나졸과 유기산류를 공융시켜 공융혼합물을 생성함으로써 이트라코나졸의 용해도 및 용출속도를 증가시키는 방법과 그 공융혼합물
(3) 특허발명 3(을1호증의 3)
(가) 발명의 명칭 : 당류를 이용하여 용해도 및 용해속도를 증가시킨 이트라코나졸 경구용 조성물 및 그 제조방법
(나) 출원일/등록일/등록번호 : 1997. 12. 19./2002. 12. 26./제367,483호
(다) 발명자 : 소외 김정훈
(라) 발명의 요지 : 당류를 이용하여 난용성 약물인 이트라코나졸의 입자경을 감소시키고 결정성을 변화시켜, 용해도 및 용해속도를 증가시키는 방법으로 제조된 용융혼합물을 주성분으로 함유하는 이트라코나졸 경구제제 및 그 제조방법
(4) 특허발명 4(을2호증의 1)
(가) 발명의 명칭 : 이트라코나졸을 함유하는 항진균성 제제 및 그의 제조방법
(나) 출원일/등록일/등록번호 : 1999. 8. 23./ 2002. 2. 28./제328,481호
(다) 발명자 : 원고, 위 김정훈, 소외 권종원
(라) 발명의 요지 : 무정형화된 이트라코나졸을 함유하는 제제에 있어서 시간 경과와 수분의 존재로 말미암아 재결정화되는 현상을 억제하기 위하여 이트라코나졸과 건조제를 혼합하여 제조함을 특징으로 한 이트라코나졸 함유-항진균성 제제와 그 제조방법
(5) 특허발명 5(을2호증의 3)
(가) 발명의 명칭 : 생체 내 이용률 향상과 개인 간 및 개인 내 흡수 편차를 감소시킨 이트라코나졸 함유 항진균성 제제
(나) 출원일/출원번호 : 1999. 12. 8./특1999-55802호
(다) 발명자 : 원고, 위 권종원, 김정훈, 소외 장선우, 배웅탁
(라) 발명의 요지 : 이트라코나졸을 수용성 고분자 및 가용화제와 함께 용매에 녹여 분무건조시킴으로써 용해도를 향상시킴과 아울러, 산성도의 변동에 관계없이 거의 균일한 용해도를 나타내도록 하는 것을 특징으로 한 이트라코나졸 함유조성물
(6) 특허발명 6(을2호증의 2)
(가) 발명의 명칭 : 위산도 비의존성 고용해도를 갖는 이트라코나졸 함유 약학적 조성물 및 그 제조방법
(나) 출원일/출원번호 : 2000. 4. 21./특2000-21137호
(다) 발명자 : 원고, 위 장선우, 배웅탁, 김정훈, 권종원
(라) 발명의 요지 : 이트라코나졸을 수소지수(pH)에 영향을 받지 않는 수용성 고분자와 함께 용매에 녹여 분무건조기로 건조시킴으로써 이트라코나졸의 용해도를 향상시키고 수소지수의 변동에 따른 용해도 저하 현상을 제거하며, 개인 내 혹은 개인 간 고유한 위(胃)내 산성도의 변화와 음식물 섭취 여부에 따른 이트라코나졸의 체내 흡수율 차이를 없애는 등의 효과를 가진 이트라코나졸 약학적 조성물 및 그 제조방법
 
다.  피고의 기술이전 및 실시료 수입 등
(1) 피고는 이 사건 의약발명에 기초해서 경구용 100mg 이트라코나졸정제의 시제품을 생산하여 1999. 8. 3.경 식품의약품안전청으로부터 제조·판매허가를 받은 다음, 1999. 8. 초순경 이트라코나졸정제 300,000개 가량을 초도 생산하고 "이타졸(Itazol)"이라는 상표를 붙여 국내 판매를 계획하고 있던 중, 그 동안 스포라녹스 제품으로 국내 이트라코나졸 함유 항진균제 시장을 독점하고 있던 한국얀센으로부터 기술이전 제의를 받게 되자, 3,000,000,000원 상당의 분무건조기 등 추가설비에 대한 부담을 덜고 개발 및 영업활동 비용을 절감할 수 있겠다는 판단 아래, 한국얀센과 이 사건 의약발명 관련 기술이전 협상을 벌인 결과, 2000. 1. 7. 피고가 장차 이타졸 제품의 국내 생산·판매 시도를 중단하고, 한국얀센에 이 사건 의약발명에 관한 노하우를 전수함과 아울러 해당 특허에 대한 전용실시권을 부여함으로써 한국얀센으로 하여금 국내시장을 계속 독점할 수 있도록 하고, 그 대신 금전적인 보상을 받기로 하는 "License Agreement"(을6호증, 이하 '이 사건 실시계약'이라 한다)를 체결하였는바, 그 주요 내용은 아래와 같다.
(가) 전문
피고는 피고의 노하우를 개발함과 아울러 그 실시권을 부여할 권리를 갖고, 한국얀센은 이 계약의 기간과 조건에 의거 피고의 노하우에 관한 실시권을 얻기를 원한다. 피고는 허가제품을 생산하는 공정에 관한 다수의 한국 특허를 출원한 바 있고, 지금까지의 연구에 기초하여 피고는 그 노하우를 이용해서 제조한 실시제품이 현존하는 스포라녹스 정제 및 캡슐과 생물학적으로 동등한 제조기술이라고 믿는다.
(나) 정의(제1조 제2, 5, 7, 9항)
① '허가제품(Approved Product)'이란 피고가 개발하고 계약일 현재 판매가 허가된 100mg 이트라코나졸정제를 말한다.
② '노하우(Know-How)'란 계약기간 동안 피고 또는 그 계열사가 소유·지배하거나 그 재실시(sublicense)를 허락할 수 있는 것으로서, 한국얀센이 허가제품을 개발, 등록, 생산, 판매, 사용, 수입하는 데 필요하거나 유용한 모든 공개되지 않고 중요하며 확인된 정보와 자료를 의미하고, 이는 특허 가능 여부를 불문하고 발견, 공정, 공식, 데이터, 발명, 노하우, 영업비밀, 지침, 기술, 기타 지적재산을 포함한다.
③ 실시제품(Licensed Product[s])'이란 허가제품 및 한국얀센이 피고의 노하우나 특허 및 그 파생, 개량 기술에 의해서 생산하게 될 다른 제품을 뜻한다.
④ '특허(Patent[s])'란 피고가 이 계약 당시 출원한 특허발명 1 내지 3에 관한 특허와 피고가 계약기간 중 그 노하우와 관련하여 장차 출원할 모든 특허 및 그 연장, 분할, 재분할에 의해서 취득하게 되는 특허를 포함한다.
(다) 실시권의 허여(제2조 제1항)
피고는 한국얀센에 그 계열사와 모회사의 계열사를 포함하는 제3자에게 재실시를 허락할 권한과 실시제품을 개발, 등록, 생산, 판매, 사용, 수입하기 위하여 노하우와 특허를 사용할 권한을 포함한 전용실시권을 허여한다. 이는 피고에 대해서도 독점적인 권리이어서, 피고는 계약기간 동안 실시제품을 생산, 판매, 사용, 기타 다른 거래를 하지 않고, 그와 같은 권한을 제3자에게 부여하지 않는다.
(라) 계약금, 대가, 로열티(제3조 제1, 2항)
한국얀센은 피고에게, ① 초회 계약금(Initial Commitment Fee)으로 미합중국 통화 4,000,000달러를 지급하고, 피고는 그 대가로 3개월 내에 실시제품의 상품화 및 마케팅을 중단하며, ② 또 실시권 허여 대가(Licensing Fee)로 피고에게서 정보와 자료를 인수받은 후 7일 이내에 2,000,000달러를 추가 지급하고, ③ 실시료(Royalty)로써 반 년 단위(매해 6. 30.과 12. 31.에 끝나는 연속 6개월의 기간)로 순매출액(기존의 스포라녹스 제품과 실시제품의 완제품 및 반제품의 국내 순매출액 합계)에 따라 20,000,000달러 이하이면 그 3%, 20,000,000달러를 초과하면 그 5%를 지급한다.
다만, 위 실시료의 지급에 있어 국내에서 제3자에 의해 다른 이트라코나졸 제품이 출시, 유통, 판매되고 그 연간 판매량이 1,000,000달러에 달할 경우{이하 '제네릭 제품'(Generic Products, 원조약물을 개량하여 만든 의약품)이라 한다} 제네릭 제품이 3개 이상이면 실시료 비율을 1%로 조정함과 아울러, 계약 체결 7년차 이후에도 같은 상황일 때는 한국얀센의 선택에 따라 서면 통지만으로 전용실시권을 실시료 1%의 비독점적 실시권(sole license, 피고는 다른 상표로 제품 생산·판매가 가능함)으로 변경하거나 일방적으로 계약을 해지할 수 있고, 또 이트라코나졸 시장에서 실시료 지불대상 제품의 시장점유율이 50% 이하로 떨어진다면 그 해당 연도의 실시료율을 1%로 한다.
(마) 계약기간(제7조 제1항)
이 계약은 별도의 조항에 의하여 종료되지 않는 한 실시제품의 특허기간 동안 유효하다.
(2) 그 후 피고는 이 사건 실시계약에 따라 한국얀센으로부터, 2000. 1. 14. 초회 계약금으로 미합중국 통화 4,000,000달러 상당의 4,540,400,000원(부가가치세 제외, 이하 같다), 실시권 허여 대가로 2,000,000달러 상당의 2,265,400,000원, 합계 6,805,800,000원을 각 지급받음과 아울러, 2000. 9.부터 2003. 12.까지의 40개월간의 실시료로 실시료율 3~5%에 의하여 산정된 합계 2,380,965,140원을 수령한 바 있다.
(3) 한편, 현재 한국얀센의 스포라녹스 외에 국내에서 판매중인 이트라코나졸 함유 항진균제는 모두 4종류이고, 그 제조사, 출시시기, 연도별 매출액은 아래 표 기재와 같은데, 한국얀센은 2003년도 들어 경쟁대상 제네릭 제품이 3개 이상이 되는 상황에 처하게 되자, 2004. 2. 24. 피고에게 이 사건 실시계약의 실시료 조정 조항에 따라 1%의 실시료율이 적용되어야 하고 그 경우 2003년도분 실시료 지급액 중 72,105,548원이 초과 지급되었다면서 그 정산·반환을 요구한 뒤, 2004. 8. 30. 2004년도 1월부터 6월까지의 실시료에 관하여 아예 실시료율 1%를 적용한 108,346,859원을 지급하겠다고 통보한 후, 위 72,105,548원을 차감한 나머지 36,241,311원만을 지급한 바 있다. 더욱이 국내 이트라코나졸 함유 항진균제 중 스포라녹스의 시장점유율은 2000년부터 2003년까지 각각 100%, 80.58%, 67.58%, 53.85%로 급감하는 추세여서 이대로라면 가까운 장래에 50%에도 못 미칠 것이 예상되기는 하나, 한국얀센은 현재 이 사건 실시계약상의 계약해지 조항에 따라 7년차가 되는 2007년도에 이 사건 실시계약을 해지할 것인지 여부와 그 시기에 관하여 아무런 결정을 내리지 못한 상태라는 입장을 밝힌 바 있다.
순번제 조 사제 품 명출시시기연 도 별 매 출 액2001년도2002년도2003년도1한미약품(주)이트라정2001. 5.경6,570,000,0007,670,000,0008,120,000,0002(주)중외제약히트라졸정2001. 6.경1,200,000,0001,800,000,0003,000,000,0003코오롱제약(주)코니트라캡슐2002. 8.경- 246,000,0003,275,000,0004(주)대유신약오니코나졸정2002. 11.경--7,200,000,000 라. 피고의 직무발명보상규정 및 보상실시의 내용
(1) 피고는 1976. 4. 1. 종업원의 직무발명을 장려·보호·육성하여 발명 또는 연구의욕을 고취시키며, 산업재산권의 합리적인 관리를 도모하여 회사의 발전에 기여하게 함을 목적으로 '직무발명규정'을 마련함으로써 사내 직무발명 보상제도를 실시하고 있는데, 이 사건 의약발명 당시 시행중이던 직무발명규정에 의하면, 보상의 종류는 출원보상, 등록보상, 실시보상, 처분보상 및 특별보상으로 구분되고, 1건당 100,000원에서 300,000원이 지급되는 출원보상 외의 나머지 보상금은 회사 내에 설치된 직무발명심의위원회의 보상금 결정 후에 지급하며, 보상금 등에 관하여 동의하지 않는 발명자는 보상금 결정통지 후 30일 이내에 소위원회에 이의를 제기할 수 있고, 보상금을 받을 권리는 전직 또는 퇴직 후에도 존속한다고 규정되어 있으며, 한편 회사 명의로 등록된 특허권을 양도 또는 기타의 방법으로 처분하였을 때 실시하는 처분보상 가운데 산업재산권의 실시를 유상으로 타인에게 허여한 경우에는 그 실시료의 5~10%에 해당하는 금액을 보상금으로 지급하도록 하고 있다.
(2) 한편, 원고는 피고 회사의 연구소장인 권종원 상무, 제품개발연구팀장인 김정훈 책임연구원, 원고보다 연구경력이 낮은 연구원 장선우, 배웅탁과 함께, 피고 산하 직무발명심의소위원장 앞으로, 1999. 7. 12.경부터 2000. 1. 24.경까지 사이에 이 사건 발명에 관한 직무발명 신고를 하면서 각각 직무발명명세서와 양도증을 첨부하는 방법으로 피고에게 그 특허 받을 권리를 승계시켜 주었으나, 피고는 1999. 12. 17.경 특허기술개발, 제품·판매허가 획득 및 한국얀센과의 협상 등에 공로가 있다는 이유로 위 권종원, 차봉진 및 소외 홍성하, 이상득 등 간부들에 대한 개인포상과 제품개발연구팀 전체에 대한 15,000,000원의 상금수여 등 특별보상과 이 사건 발명에 대한 출원보상만을 시행한 채, 이 사건 실시계약의 체결로 막대한 이익을 보고서도 이 사건 의약발명과 관련하여 원고를 비롯한 제품개발연구팀의 발명자들에게 아무런 처분보상을 실시하지 않았음은 물론, 이 사건 의약발명 중 특허발명 1, 5, 6의 등록 여부가 결정되지 아니하였다는 등의 이유를 들어 그 보상금 결정을 위한 직무발명심의위원회도 개최하지 않고 있다가, 당심 소송 계속중인 2003. 9. 27. 직무발명심의소위원회를 개최하여 회계법인의 산정 결과에 따라 지급대상 기준수익(초회 계약금 제외)을 정하고 그 5%에 해당하는 금액을 특허발명 1 내지 6에 관련된 발명자 8명 앞으로 안분 지급하되, 그 지급시기는 이 사건의 판결이 확정된 이후로 한다는 결의를 한 바 있을 뿐이다.
 
2.  직무발명보상금청구권의 발생 여부에 관한 판단 
가.  보상금청구권의 발생
특허법 제40조 제1항은 "종업원은 직무발명에 대하여 특허를 받을 수 있는 권리 또는 직무발명에 대한 특허권을 계약 또는 근무규정에 의하여 사용자로 하여금 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다."고 규정하고 있고, 위 인정 사실에 의하면 원고는 피고의 종업원으로서 직무발명에 해당하는 이 사건 발명에 대하여 그 각 특허받을 권리를 사용자인 피고로 하여금 승계하여 그 명의로 특허출원이나 설정등록을 마치게 한 바 있으므로, 피고는 특별한 사정이 없는 한 위 특허법 규정에 의하여 원고에게 정당한 보상금을 지급할 의무가 있다.
 
나.  피고의 반론에 관한 판단
(1) 주장 요지
피고는 사내 직무발명 보상제도를 실시하기 위하여 자체적으로 직무발명규정을 마련하여 시행하고 있으며, 이는 고용관계에 있는 당사자 사이의 사적 자치의 영역에 속하는 것이어서 마땅히 존중되어야 할 것인바, 위 직무발명규정에 의하면 피고는 '등록된 특허권'을 처분하였을 경우에 한하여 '직무발명심의위원회의 심의'를 거쳐서만 해당 발명자에게 보상금을 지급하도록 규정되어 있다. 그런데 원고의 경우 이 사건 발명 중 특허발명 5, 6은 출원만 되어 있을 뿐 등록이 이루어지지 않았을 뿐만 아니라, 그 외 예상수익에 대한 정확한 평가가 곤란하다거나 이 사건 의약발명 전체에 대한 보상금 산정이 어렵다는 점 등 여러 가지 사정으로 인하여 원고의 직무발명 보상액의 결정을 위한 직무발명심의위원회가 개최된 바 없다. 따라서 아직 위 직무발명규정에 의한 보상금 지급시기가 도래했다고 볼 수 없으니, 원고의 청구에 응할 수 없다.
(2) 당원의 판단
그러므로 살피건대, 피고의 직무발명규정 중 처분보상 관련 조항에 피고 명의로 '등록된 특허권'을 양도 또는 기타의 방법으로 처분하였을 때 '직무발명심의위원회의 심의를 거쳐' 보상금을 지급하도록 규정되어 있음은 앞에서 본 바이나, 먼저 내부규정에 불과한 위 직무발명규정을 '등록된 특허권'의 처분을 전제로 피고가 종업원인 원고로부터 이미 직무발명인 이 사건 발명의 특허받을 권리를 승계받아 특허출원 또는 등록까지 마치고, 나아가 이 사건 실시계약을 체결하여 이를 처분함으로써 막대한 이익을 얻은 경우라도 그 직무발명 전부에 대한 특허권 설정등록이 마쳐지기 전에는 보상의무가 없다는 취지라고 본다면, 이는 발명자인 종업원을 보호하기 위한 강행규정으로서 직무발명에 대하여 특허받을 권리를 사용자로 하여금 승계하게 한 때에 곧바로 종업원의 보상금청구권이 발생함을 규정하고 있는 위 특허법 제40조 제1항에 위반되어 무효인 것이고, 다음 위 직무발명규정이 요구하는 '직무발명심의위원회의 심의' 역시 피고가 자발적으로 직무발명보상을 행하는 경우 그 보상절차를 규정한 것일 뿐, 이로써 이미 직무발명으로 인한 보상청구권을 취득한 원고의 이 사건 청구를 거부할 수는 없다 하겠으니, 결국 이 부분 피고의 주장은 모두 받아들일 수 없다.
 
3.  보상금지급의무의 범위에 관한 판단 
가.  보상금산정의 기준
원고가 위 보상금청구권을 취득할 당시 적용되던 구 특허법 제40조 제2항(2001. 2. 3. 법률 제6411호로 개정되기 전의 것)은 직무발명에 대한 보상액을 결정함에 있어 그 발명에 의하여 사용자가 얻을 이익의 액과 그 발명의 완성에 사용자가 공헌한 정도를 고려하여야 하며, 종업원이 정당한 결정방법을 제시한 때에는 이를 참작하여야 한다고 규정하고 있는바, 이에 의할 때 피고가 원고에게 지급하여야 할 정당한 보상금의 액수는 이 사건 발명으로 인하여 피고가 얻을 이익에다가, 발명자 보상률(내지 피고의 공헌도) 및 원고의 기여율(다수의 발명자가 관련된 경우 원고가 주장 가능한 기여도)을 감안하여 산정하는 것이 합리적이라 하겠으므로, 이하 차례로 따져 보기로 한다.
 
나.  이 사건 발명으로 인하여 피고가 얻을 이익
(1) 위 인정 사실에 의하면, 피고는 이 사건 실시계약의 체결로써 새로 개발한 이타졸 제품의 생산 및 판매를 포기하여 한국얀센으로 하여금 국내 시장에서의 독점적 지위를 유지할 수 있도록 함과 아울러, 한국얀센에 이 사건 발명을 포함한 이 사건 의약발명 전체의 특허에 관한 전용실시권을 부여하고, 관련 정보 및 자료 등 노하우 일체를 넘겨주는 대신, 한국얀센으로부터 그 대가로 초회 계약금 및 실시권 허여 대가 합계 6,805,800,000원을 지급받는 한편, 2000. 9.부터 2003. 12.까지 40개월 동안 실시료 합계 2,308,859,592원(당초 3~5%의 실시료율에 의거하여 지급받은 2,380,965,140원에서 한국얀센의 2003년도분 실시료율 조정 요청에 따라 환급된 72,105,548원을 공제한 금액임)을 수령하고, 다시 2004. 1.부터 2004. 6.까지의 기간에 대하여 실시료율 1%를 적용한 실시료 108,346,859원(실제 지급액 36,241,311원에다가 위 72,105,548원을 합산한 금액이다.)을 지급받았는바, 이후 피고가 한국얀센으로부터 이 사건 실시계약에 따라 지급받게 될 이후 6개월분 실시료도 같은 액수일 것으로 추인된다{이에 대하여 피고는, 초회 계약금은 순수하게 피고의 시장포기에 대한 대가이므로 이 사건 발명으로 인한 수입에 가산되어서는 아니된다거나, 위와 같은 수입금에서 피고가 이 사건 의약발명과 관련하여 8년 남짓 기간 동안 투입한 60억 원 상당의 연구개발비를 공제한 순이익을 피고의 수익으로 보아야 한다는 취지로 주장하나, 초회 계약금 역시 이 사건 실시계약의 대가 중 일부로서 넓은 의미의 실시료 수입에 포함된다고 하겠고, 이 사건 실시계약 내용에 비추어 보더라도 당사자 사이에 이를 시장포기의 대가로 한정하여 지급한 것이라고 볼 수 없으며, 다음 연구개발비의 경우 직무발명 보상금 산정의 기초가 되는 사용자의 이익은 사용자가 그로 인하여 '얻을 이익'인 것이지, 수익과 비용의 정산을 거쳐서 실제 '얻은 이익'을 의미하는 것이라고 볼 수 없고, 더욱이 피고가 지출한 위와 같은 연구개발비는 아래에서 살펴볼 발명자 보상률 부분에 따로 반영함이 타당하다 하겠으니, 결국 피고의 위 주장은 받아들이지 않는다}.
(2) 또한, 비록 한국얀센의 이트라코나졸 제품에 대한 국내 시장점유율이 감소 추세에 있고, 경쟁대상 제네릭 제품이 3개 이상 국내 시판되고 있는 까닭에 이 사건 실시계약 체결 당시에 비하여 한국얀센의 수익성이 많이 떨어진 것은 부인할 수 없지만, 이와 같은 사정만으로 한국얀센이 반드시 이 사건 실시계약의 관련 조항에 의거 7년차가 되는 2007년도 이후 그 권한을 행사함으로써 전용실시권의 내용을 변경하거나 계약 자체를 종료시킬 것이라고 단정하기 어렵고, 한국얀센 역시 현재 이에 관한 어떠한 확정적인 입장도 밝히지 않고 있는 이상, 이 사건 실시계약은 위 계약기간 조항에 따라 실시제품의 특허기간, 즉 이 사건 의약발명 중 가장 늦게 2000. 4. 21. 출원된 특허발명 6의 특허를 기준으로 그 때로부터 20년의 특허권 존속기간이 만료되는 2020. 4. 20.까지 그대로 존속하게 될 것이라고 봄이 옳다.
(3) 한편, 앞서 본 바와 같이 한국얀센이 피고와 이 사건 실시계약을 체결하게 된 결정적인 동기는, 피고가 이 사건 발명 중 특허발명 4, 6을 실시하여 생산한 시제품으로 생물학적 동등성 시험을 통과하고 그 제조·판매허가를 받아 가까운 시일 내에 국내 항진균제 시장에 진입할 수 있었던 때문이라는 점을 감안한다 하더라도, 이 사건 실시계약은 이 사건 발명 외에 원고가 직접 참여하지 않아서 따로 그에 대한 권리를 주장할 수 없는 특허발명 1 내지 3을 포함한 이 사건 의약발명 전체를 전용실시권 부여의 대상으로 하는 것이고, 이에 더하여 이 사건 의약발명의 특허출원 명세서에 기재되지 아니한 비공개의 유용한 정보 및 자료 등 피고의 제품생산 관련 노하우 일체와 국내 항진균제 시장진출의 포기까지를 위와 같은 금원 지급의 반대급부로 하였던바, 이들은 모두 이 사건 발명과 함께 이 사건 실시계약의 다른 중요한 구성요소가 되었던 것으로 판단되고, 이와 달리 볼 만한 증거도 없다. 따라서 이 사건 실시계약에 따른 피고의 수입액 전부를 원고가 발명자로 참여한 이 사건 발명으로 인한 수익이라고 할 수는 없고, 상당인과관계 있는 범위 내로 이를 제한하여야 할 것인바, 위 인정에 드러난 이 사건 실시계약의 체결경위와 당사자의 의도, 이 사건 의약발명 전체의 내용과 각각의 특허출원 및 등록 결과, 이 사건 실시계약의 약정내용과 실시료 수입액, 계약 당시 이트라코나졸 제품의 국내시장 상황, 이 사건 의약발명 중 이 사건 발명이 차지하는 비중 및 그 우수성, 의약품 생산에서 노하우가 차지하는 중요도, 피고의 제품생산 및 영업능력과 그에 기초한 대외 협상력 등 제반 사정에 비추어 볼 때, 그 비율은 전체 수입액의 50%로 정함이 상당하다.
(4) 이상의 판단을 기초로 이 사건 발명으로 인하여 피고가 얻을 이익을 계산하여 보면 합계 5,870,229,841원이 된다
(가) 초회 계약금 및 실시권 허여 대가 : 6,805,800,000원
(나) 2000. 9.부터 2004. 6.까지의 실시료 수령액
: 2,417,206,451원(= 2,308,859,592 + 108,346,859)
(다) 2004. 7.부터 이 사건 변론종결일에 가까운 2004. 9.까지의 실시료 예상액
: 54,173,429원(= 108,346,859/6 × 3, 원 미만은 버린다, 이하 같다)
(라) 2004. 10.부터 계약기간 만료일에 가까운 2020. 3.경까지의 추정 실시료
: 2,463,279,803원(위 기간에 대한 추정 실시료 수입액을 호프만식 계산법에 의하여 이 사건 변론종결일이 속한 2004. 9. 당시의 현가로 환산한 것이고, 다만 이 사건 실시계약에 의할 때 매년 6. 30.과 12. 31.에 그 때까지의 6개월분 실시료를 지급받도록 되어 있으나, 계산의 편의상 그 지급시기를 매년 9월과 3월로 하였다. 구체적인 계산내역은 아래 표와 같다.)
회차지급시기지 급 액현 가회차지급시기지 급 액현 가12005. 3.108,346,859105,704,252172013. 3.108,346,85976,032,88322005. 9.108,346,859103,187,484182013. 9.108,346,85974,721,97132006. 3108,346,859100,787,775192014. 3.108,346,85973,455,49742006. 9.108,346,85998,497,144202014. 9108,346,85972,231,23952007. 3.108,346,85996,308,319212015. 3.108,346,85971,047,12062007. 9.108,346,85994,214,660222015. 9.108,346,85969,901,19972008. 3108,346,85992,210,092232016. 3.108,346,85968,791,65682008. 9.108,346,85990,289,049242016. 9108,346,85967,716,78692009. 3108,346,85988,446,415252017. 3.108,346,85966,674,990102009. 9.108,346,85986,677,487262017. 9108,346,85965,664,763112010. 3.108,346,85984,977,928272018. 3.108,346,85964,684,691122010. 9.108,346,85983,343,737282018. 9.108,346,85963,733,446132011. 3.108,346,85981,771,214292019. 3.108,346,85962,809,773142011. 9.108,346,85980,256,932302019. 9.108,346,85961,912,490152012. 3.108,346,85978,797,715312020. 3.108,346,85961,040,483162012. 9.108,346,85977,390,613합 계2,463,279,803 ※ [계산식] 현가 = 지급액 / (1 + n × 5% × 1/2), n = 회차
(마) 소 계 : 11,740,459,683원{= (가) + (나) + (다) + (라)}
(바) 수익액의 결정 : 5,870,229,841원{= (마) × 50%}
 
다.  발명자 보상률(피고의 공헌도)
다음, 이 사건 발명에 있어서 사용자인 피고와 원고를 비롯한 발명자들이 어느 정도의 비율로 공헌하였는지에 관하여 보건대, 위 인정 사실에 의하면, 피고는 국내 굴지의 제약회사로서 그 동안 축적된 연구경험과 노하우를 바탕으로 1997.경 소속 연구원들로 하여금 이 사건 의약발명을 위한 연구작업을 재개하여 이후 2년 남짓 동안 우수한 연구인력과 막대한 연구비를 동원하는 등 지속적인 인적·물적 투자를 해 온 결과, 이 사건 발명이 완성되게 된 것이라 하겠고, 여기에다가 위 인정과 같이 피고의 직무발명규정에는 처분보상의 발명자 보상률을 5~10%로 정하고 있는 점, 나아가 피고는 한국얀센과의 이 사건 실시계약 체결과정에서 그 협상을 주도하여 추가 설비투자의 위험부담 없이 안정적인 실시료 수입을 확보함으로써 앞서 본 11,740,459,683원 상당의 큰 수익을 거둘 수 있었던 점 등 이 사건 변론에 드러난 제반 사정을 종합하면, 이 사건 발명에 대한 사용자인 피고의 공헌도는 90% 정도에 이른다고 봄이 상당하므로, 발명자들에 대한 보상률은 10%가 된다고 할 것이다.
 
라.  원고의 기여율
한편, 보상금을 지급받을 수 있는 권리를 가진 발명자가 수인인 경우에는 발명자 개개인의 기여율에 따라 보상금을 안분 지급하여야 할 것인바, 이 사건 발명에 참여한 발명자들 중 원고의 기여율에 관하여 보건대, 위 인정 사실에 의하면 원고는 이 사건 발명의 각 특허출원 당시 특허발명 4의 발명자 3인 중 1인, 특허발명 5, 6의 각 발명자 5인 중 1인으로 등재되어 있고, 위 이트라코나졸 제제연구가 상당 부분 진행된 뒤인 1999. 3.경 연구팀의 일원으로 참여하였음에도 그 직후 종전의 연구성과를 뛰어 넘는 결정적인 아이디어를 제공하여 답보상태에 빠져있던 위 연구에 돌파구를 마련해 줌으로써, 피고로 하여금 불과 몇 개월만에 생물학적 동등성 시험을 통과하고 식품의약품안전청으로부터 의약품 제조·판매허가를 받게 하는 데 크게 기여하였으며, 이타졸 생산에 직접 사용된 제제기술은 이 사건 발명 중 원고의 위 제안을 토대로 한 특허발명 4, 6이었음을 알 수 있는데, 여기에다가 원고의 경력 및 연구참여 기간, 이 사건 발명의 다른 발명자나 이 사건 의약발명의 연구개발에 참여한 제품개발연구팀 연구원들의 구성, 연구기간, 담당업무, 직책 및 노력 정도, 이 사건 발명의 내용, 원고가 내놓았던 제안의 우연성과 중요성 등 제반 사정을 더하여 보면, 이 사건 발명의 발명자 총 5인 중 원고의 기여율은 30% 정도라고 봄이 상당하다.
 
마.  소결론
따라서 피고가 원고에게 지급하여야 할 정당한 보상금은 176,106,895원(= 이 사건 발명으로 피고가 얻을 이익 5,870,229,841원 × 발명자 보상률 10% × 원고의 기여율 30%)이 된다 하겠으므로, 결국 피고는 원고에게 위 176,106,895원 및 이에 대하여 원고가 구하는 바에 따라 이 사건 소장 부본 송달 다음날인 2002. 8. 8.부터 이 판결 선고일인 2004. 11. 16.까지는 민법 소정의 연 5%, 그 다음날인 2004. 11. 17.부터 완제일까지는 소송촉진등에관한특례법 소정의 연 20%의 각 비율에 의한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.
 
4.  결 론
그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소 중 일부를 받아들여 제1심판결 중 위 인정 금원을 초과한 피고 패소 부분을 취소하고, 그 부분 원고의 청구를 기각하며, 피고의 나머지 항소와 원고의 부대항소는 각 이유 없어 이들을 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.