특별행정심판례정보

【세목】

양도

【재결요지】

소득세법§104①4호가목을 적용함에 있어 중소기업이라 함은 중소기업기본법§2 규정에 의한 중소기업에 해당하는 기업이고 중소기업기본법상 중소기업의 해당인지 여부에 대한 법령해석은 당해 법령의 주관부처인 중소벤처기업부에 1차적 권한이 있다 할 것인바, 중소벤처기업부장관은 쟁점법인의 중소기업확인서 발급신청에 대하여 제반자료를 토대로 중소기업 해당 여부를 판단한 결과 쟁점법인을 중소기업기본법§2에 의한 중소기업임을 확인하고 중소기업확인서를 발급하여 중소기업임을 대외적으로 밝히고 있는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있음

【참조결정】

조심2016부4174

【주문】

삼성세무서장이 2023.1.5. 청구인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

【이유】

1. 처분개요 가. 청구인은 2018.7.4. ㈜AAA(이하 “쟁점법인”이라 한다) 발행주식 193,792주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 주당 25,000원, 총 OOO원에 양도한 후 쟁점주식을 대주주가 보유한 중소기업 주식으로 보아 20퍼센트의 세율을 적용하여 2019.2.21. 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다가 2019.5.27. 쟁점주식을 대주주가 보유한 중소기업 외의 법인의 주식으로 보아 25퍼센트의 세율을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 수정신고ㆍ납부하였다. 나. 이후, 청구인은 2022.11.17. 쟁점법인은 중소기업에 해당하므로 당초 수정신고시 추가 납부한 위 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점법인이 「중소기업기본법」 제2조 에 규정된 중소기업에 해당되지 아니한다고 보아 2023.1.5. 청구인의 경정청구를 거부통지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2023.3.7. 이의신청을 거쳐 2023.8.7. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 「중소기업기본법」상 중소기업 여부 판단에 대한 권한은 중소벤처기업부에 있고, 중소벤처기업부의 「중소기업기본법」상 중소기업 여부 확인은 국세청에 구속력(공정력)을 가진다(대법원 1991.4.23. 선고 90누8756 판결 참조). 기업은 중소기업으로 인정받는 경우 중소벤처기업부뿐만 아니라 중앙행정기관 및 지방자치단체로부터 사업과 관련된 각종 지원을 받을 수 있는바, 「중소기업기본법」은 중소기업 시책에 참여하려는 중소기업자는 중소기업자에 해당하는지 확인할 수 있는 자료를 중소기업 시책을 실시하는 중앙행정기관 및 지방자치단체에 제출해야 한다고 규정하고 있는데( 「중소기업기본법」 제27조 제1항), 중소기업 여부에 대한 확인은 단순히 해당 회사의 평균매출액만을 계산하는 것이 아니라 기업 간 지배ㆍ종속관계에 있는 관계기업에 해당하는 경우 다른 관계기업의 평균매출액도 고려해야 하므로 중소기업 시책을 실시하는 중앙행정기관이 중소기업 여부를 직접 판단하는 것이 어렵고, 행정기관마다 동일 회사에 대한 중소기업 여부 판단이 달라질 경우 법적 안정성에 반하는 결과를 초래할 수 있는 점을 고려하여 「중소기업기본법」의 주관부처인 중소벤처기업부는 중소기업의 범위 및 확인에 관한 규정에 따라 증빙자료의 확인 및 검토를 통해 신청기업이 중소기업에 해당하는 경우 ‘중소기업확인서’를 발급하는 제도를 운용하고 있다. 따라서 「중소기업기본법」상 중소기업 해당 여부에 대한 법령해석은 당해 법령의 주관부처인 중소벤처기업부에 그 권한이 존재한다고 볼 수 있고, 기획재정부의 예규(재산세제과-944, 2009.5.26.) 및 조세심판원의 결정례(조심 2016부4174, 2017.3.7.)에서도 ‘ 「소득세법」 제104조 등과 관련하여 해당 중소기업은 「중소기업기본법」 제2조 에 따른 중소기업이므로 해당 법령의 주무부처인 중소벤처기업부가 중소기업 여부에 관한 법령해석의 권한을 가지고 있다’고 판단한 바 있다. (2) 중소벤처기업부는 분할일 당일의 매출액을 기준으로 중소기업에 해당하는 경우, 이후 중소기업확인서 신청일에 중소기업 요건을 충족하지 못하더라도 중소기업 유예기간을 적용하여 중소기업임을 확인해 주고 있다. 쟁점법인은 분할하기 전부터 특허출원 비용 감면 및 CCC㈜ 등과 같은 고객사에 업체 등록을 하기 위해 산업통상자원부 산하 한국중견기업연합회로부터 중견기업확인서를 발급받아 왔다. 분할 전인 2017년 10월경 분할 후에도 중견기업확인서가 필요하여 한국중견기업연합회에 분할 이후 중견기업확인서 발급방법에 대하여 문의하였는데, 연합회 담당자가 분할신설법인은 중소기업확인서를 발급받아야 한다고 안내하여 중소벤처기업부에 문의한 결과, 중소벤처기업부로부터 ‘분할일 당일 매출액 기준으로 중소기업에 해당하는 경우 이후 중소기업확인서 신청일에 중소기업 요건을 충족하지 못하더라도 중소기업 유예기간을 적용하여 중소기업임을 확인한다는 내용의 답변을 들었다. 쟁점법인은 쟁점주식 양도 당시 중소기업 유예기간 중에 있었고, 국세청도 중소기업 주식의 세율 적용시 유예기간 중에 있는 중소기업을 포함하는 것으로 해석하고 있으며(서일 46014-11871, 2003.12.23.), 쟁점법인이 2022.9.16. 국세청의 국세상담센터에 질의한 결과, ‘ 「소득세법」 제104조 에 따른 중소기업은 「중소기업기본법」 제2조 에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말하는 것이며, 중소기업에는 「중소기업기본법」 제2조 제3항 본문의 규정에 의하여 유예기간 중에 있는 중소기업을 포함한다’는 내용의 회신을 받았다(서면-2022-자본거래-4577, 2022.11.16.). 따라서 양도인이 당해 법인의 주식을 양도하는 경우 그 법인이 중소기업 유예기간 중이라면 중소기업 주식에 대한 세율을 적용하여 양도소득세를 산정하여야 한다. (3) 처분청이 중소벤처기업부와 다르게 「중소기업기본법」상 중소기업 해당 여부를 판단하는 경우 중소벤처기업부의 중소기업 확인 결정의 공정력에 반하고, 이로 인해 기업 간 형평성과 법적 안정성에 반하는 결과가 초래된다. 처분청은 「중소기업기본법」상 중소기업 해당 여부를 판단하는 “산정일”을 중소기업확인서 신청일로 보아야 하고, 쟁점법인을 이에 따라 중소기업 해당 여부를 판단하면 중소기업에 해당하지 않는다고 보았으나, 중소벤처기업부는 분할일 당일 매출액 기준으로 중소기업에 해당하는 경우 이후 중소기업확인서 신청일에 중소기업 요건을 충족하지 못하더라도 중소기업 유예기간을 적용하여 중소기업임을 확인해 주었고 그 결과 쟁점법인은 2018.2.7. 중소기업확인서를 수령하였는바, 중소벤처기업부의 중소기업 여부 확인은 신청기업에게 법적 효력이 발생하는 행정행위의 성격을 가지고 있고 이로 인해 신청기업뿐만 아니라 다른 행정청에도 구속력이 발생한다. 따라서 처분청이 중소벤처기업부의 판단기준과 다르게 「중소기업기본법」상 중소기업 해당 여부를 판단하는 것은 공정력에 반한다 할 것이다. (4) 「소득세법 시행령」 제157조의2 에서 「소득세법」에서의 중소기업 세율을 적용함에 있어 판단기준은 「중소기업기본법」 제2조 라고 명시하고 있는바, 쟁점주식 양도일 현재 쟁점법인은 「중소기업기본법」 제2조 에 따른 중소기업에 해당한다. (가) 「중소기업기본법」에 따르면 중소기업에 해당하기 위해서는 평균매출액이 1천억원 이하에 해당되어야 하는데 관계기업의 경우 규모기준 및 독립성 기준으로 모두 평균매출액이 1천억원 이하에 해당되어야 한다. 규모기준 관련하여 「중소기업기본법 시행령」 제7조 제2항 제3호 나목에서 평균매출액 등은 창업일, 합병일 또는 분할일부터 12개월이 되지 아니한 경우 창업일이나 합병일 또는 분할일이 속하는 달의 다음 달부터 산정일이 속하는 달의 직전 달까지의 기간의 월 매출액을 합하여 해당 월수로 나눈 금액에 12를 곱한 금액으로 하나, 다만 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 창업일이나 합병일 또는 분할일부터 산정일까지의 기간의 매출액을 합한 금액을 해당 일수로 나눈 금액에 365를 곱한 금액으로 한다고 규정하고 있다. (나) 처분청은 “산정일”을 “중소기업확인서 신청일”로 보고 쟁점법인의 2017.11.1.부터 2017.12.31.까지의 매출액 OOO원을 기준으로 평균매출액을 OOO원(= OOO원÷2×12)으로 산정하여 쟁점법인이 중소기업 기준을 충족하지 못한다는 의견이나, 「중소기업기본법 시행령」 제7조 제2항 제3호 가목은 “산정일”을 “중소기업 해당 여부에 대하여 판단하는 날”로 규정하고 있을 뿐 판단하는 날이 언제인지는 명확히 규정하고 있지 않는바, 처분청과 같이 “산정일”을 “중소기업확인서 신청일”로 보아 단순히 이에 따라 중소기업 여부를 결정하면 중소기업확인서 신청일에 따라 중소기업 해당 여부가 달라질 수 있으므로 기업 간 형평성과 법적 안정성을 저해한다. (다) 한편, 처분청과 같이 산정일을 중소기업확인서 신청일로 보고 중소기업 여부를 판단하더라도 중소벤처기업부의 판단기준과 같이 중소기업확인서 신청일에 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우 분할일 당일의 매출액을 기준으로도 중소기업에 해당하는지 여부를 판단하여 만약 분할일 당일의 매출액을 기준으로 중소기업에 해당한다면 중소기업 유예기간을 적용하여 중소기업에 해당된다고 봄이 타당하다. 중소벤처기업부의 판단기준에 따를 경우 특정기간에 신청하였다면 중소기업으로 판단할 수 있었는데 해당기간에 신청하지 못하여 중소기업으로 판단할 수 없게 된 기업에 대해서도 분할일 당일 매출액을 기준으로 중소기업에 해당한다면 중소기업으로 판단할 수 있게 되어 산정일을 중소기업확인서 신청일로만 보는 경우에 발생할 수 있는 기업 간 형평성과 법적 안정성의 문제를 보완할 수 있게 된다. 이 건의 경우 중소벤처기업부의 판단기준과 같이 분할일 당일 매출액 기준으로 중소기업에 해당하는지 여부를 판단하면 쟁점법인의 2017.11.1. 매출액 OOO원을 기준으로 산정한 평균매출액은 약 OOO원(OOO원×365일)으로 중소기업의 규모기준을 충족한다. (라) 또한, 처분청은 쟁점법인의 2017사업연도 평균매출액 등을 OOO원으로 본다 하더라도 관계기업의 평균매출액 등 산정기준에 따르면 쟁점법인의 평균매출액이 OOO원으로 산정되어 중소기업에 대한 매출액 기준을 초과한다는 의견이나, 「중소기업기본법 시행령」 제3조의2 제2항에서 관계기업의 지배 또는 종속관계를 판단하기 위한 시점을 ‘분할일’로 판단할 수 있다고 규정하고 있으므로, 관계기업의 평균매출액 기준도 ‘분할일’로 보아야 하고, 이 경우에도 분할존속법인인 ㈜BBB(이하 “쟁점지배법인”이라 한다)의 2017.11.1. 현재 매출액은 OOO원이므로 쟁점법인의 평균매출액은 OOO원[OOO]이 되므로 독립성 요건 또한 충족하게 된다. 따라서 중소기업확인서 신청일에 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우 분할일 당일의 매출액 기준으로도 중소기업에 해당하는지 여부를 판단하여 그 결과 중소기업에 해당한다면 중소기업 유예기간을 적용하여 중소기업에 해당한다고 보는 것이 타당하다. 만약 처분청 의견과 같이 쟁점지배법인의 2017년 1월부터 12월까지의 매출액을 기준으로 한다면 2017.1.1.부터 2017.10.31.까지의 쟁점지배법인의 매출액에는 쟁점법인의 매출액도 포함되어 있으므로 종속기업의 전체 평균매출액 산정에 쟁점법인의 매출액이 이중 계상되는 문제가 발생하므로, 2017년 1월부터 12월까지의 평균매출액이 아닌 분할일 이후인 2017년 11월부터 12월까지의 매출액을 기준으로 함이 합리적이고, 이 경우에도 쟁점법인의 평균매출액은 OOO원[OOO]으로 산정되어 독립성 요건을 충족한다. 나. 처분청 의견 (1) 「중소기업기본법 시행령」 제7조 제2항 제3호 나목에서 ‘창업일, 합병일 또는 분할일부터 12개월이 되지 아니한 경우 창업일이나 합병일 또는 분할일이 속하는 달의 다음 달부터 산정일이 속하는 달의 직전 달까지의 기간의 월매출액을 합하여 해당 월수로 나눈 금액에 12를 곱한 금액으로 평균매출액 등을 산정한다’고 규정하고 있는바, 쟁점법인의 2017.11.1.부터 2017.12.31.까지의 매출액 OOO원을 기준으로 평균매출액을 산정하면 OOO원이 산정되는데, 이는 「중소기업기본법」 제2조 에 따른 중소기업 기준(OOO원 이하)을 충족하지 못하므로 쟁점법인을 중소기업으로 볼 수 없다. (2) 쟁점지배법인은 청구인과 특수관계자인 aaa가 쟁점법인 주식 등을 30% 이상 소유하여 최다출자자에 해당되므로 쟁점법인과 지배종속 관계가 성립되어 소유와 경영의 실질적인 독립이 이루어지고 있지 아니하다. 또한, 청구주장과 같이 쟁점법인의 평균매출액을 OOO원으로 본다 하더라도 쟁점지배법인의 2017사업연도 매출액 OOO원에 지분율 8.1%을 곱한 OOO원을 합산하면 지배종속기업 간 평균매출액 합계액이 OOO원으로 산정되므로 이는 관계기업의 매출액 합산규모가 중소기업 매출액 기준일인 OOO원을 초과한다. (3) 쟁점법인은 2018.2.7. 중소벤처기업부장관으로부터 중소기업확인서를 받았고(유효기간 : 2017.11.1.∼2018.3.31.까지), 이후 2018.4.11. 중소기업확인서를 추가로 발급받았으며(유효기간 : 2018.4.1.∼2019.3.31.), 「중소기업기본법」 제2조 제3항에서 ‘중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다’고 규정하고 있는데, 이는 중소기업 매출액 기준, 자산총액 OOO원 이상, 실질적인 독립성 기준 등으로 인하여 중소기업 요건을 충족하지 못하더라도 일정기간은 중소기업으로 간주한다는 것으로, 쟁점지배법인이 중소기업이 아닌 중견기업인 이상 쟁점법인은 쟁점지배법인으로부터 인적분할로 신설된 회사로 최초 사업연도 매출액을 연간으로 환산한 금액이 중소기업 기준을 초과하였다 하더라도 중소기업 유예규정을 적용받을 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점법인을 중소기업으로 보아 쟁점주식 양도차익에 중소기업에 해당하는 양도소득세율을 적용할 수 있는지 여부 나. 관련 법령 (1) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것) 제104조【양도소득세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다. 11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산 가. 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 아닌 자가 양도하는 주식 등으로서 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다)의 주식 등 : 양도소득 과세표준의 100분의 10 나. 대주주가 1년 미만 보유한 주식 등으로서 중소기업 외의 법인의 주식 등 : 양도소득 과세표준의 100분의 30 다. 그 밖의 주식 등 : 양도소득 과세표준의 100분의 20 (2) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것) 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 등의 양도로 발생하는 소득 나. 주권비상장법인의 주식 등. 다만, 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제283조에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조 제1항 제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식 등은 제외한다. 제104조【양도소득세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다. 11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산 가. 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 주식 등 1) 1년 미만 보유한 주식 등으로서 중소기업 외의 법인의 주식 등 : 양도소득 과세표준의 100분의 30 2) 1)에 해당하지 아니하는 주식 등

양도소득 과세표준	세율
3억원 이하	20퍼센트
3억원 초과	6천만원 + (3억원 초과액 × 25퍼센트)

부칙<제15225호, 2017.12.19.> 제1조(시행일) 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다. 4. 제104조 제1항 제11호 가목 2) (제94조 제1항 제3호 나목에 따른 중소기업의 주식 등에 한정한다)의 개정규정 : 2020년 1월 1일 (3) 소득세법 시행령 제157조의2【중소기업 및 중견기업의 범위】① 법 제94조 제1항 제3호 나목 단서에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 「중소기업기본법」 제2조 에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다. (4) 중소기업기본법 제2조【중소기업자의 범위】① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업 또는 조합 등(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제31조 제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 소속회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사는 제외한다. 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업 가. 업종별로 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것 나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것 ③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다. (5) 중소기업기본법 시행령 제3조【중소기업자의 범위】① 「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업으로 한다. 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것 가. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 "평균매출액등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것 나. 자산총액이 5천억원 미만일 것 2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것 가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단(이하 이 호에서 "상호출자제한기업집단"이라 한다)에 속하는 회사 또는 같은 법 제14조의3에 따라 공시대상기업집단의 소속회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사 중 상호출자제한기업집단에 속하는 회사 나. 자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 비영리법인 및 제3조의2 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식 등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식 등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식 등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식 등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조 제3항을 준용한다. 1) 주식 등을 소유한 자가 법인인 경우 : 그 법인의 임원 2) 주식 등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우 : 그 개인의 친족 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액 등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업 제3조의2【지배 또는 종속의 관계】① 관계기업에서 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 “지배기업”이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만,「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조 제3호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다. 1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인 나. 가목에 해당하는 개인의 친족 2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(괄호 생략)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 ② 제1항 각 호 외의 부분 본문에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 구분에 따른 날을 기준으로 제1항 각 호에 따른 지배 또는 종속의 관계를 판단할 수 있다. 1. 기업이 직전 사업연도 말일이 지난 후 창업, 합병, 분할 또는 폐업한 경우 : 창업일, 합병일, 분할일 또는 「부가가치세법 시행령」 제7조 에 따른 폐업일 2. 제3조 제1항 제2호 다목에 해당하여 중소기업에서 제외된 기업이 직전 사업연도 말일이 지난 후 주식 등의 소유현황이 변경된 경우 : 주식 등의 소유현황 변경일 제3조의3【중소기업 여부의 적용기간 등】① 제3조에 따른 중소기업 여부의 적용기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간으로 한다. 다만, 제3조 제1항 제2호 다목에 해당하여 중소기업에서 제외된 기업이 직전 사업연도 말일이 지난 후 주식 등의 소유현황이 변경되어 중소기업에 해당하게 된 경우 중소기업 여부의 적용기간은 그 변경일부터 해당 사업연도 말일에서 3개월이 지난 날까지로 한다. ② 중소벤처기업부장관은 제3조 제1항 제1호에 따른 기준의 실효성을 확보하기 위하여 5년마다 그 적정성을 검토하여야 한다. ③ 중소벤처기업부장관은 제2항에 따라 적정성을 검토하는 경우 중소기업에 관한 학식과 경험이 풍부한 외부 전문가의 의견을 들을 수 있다. ④ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 중소기업 여부의 판단 등에 관한 세부적인 사항은 중소벤처기업부장관이 정하여 고시한다. 제7조【평균매출액 등의 산정】① 제3조 제1항 제1호 가목 및 제8조 제1항에 따른 평균매출액 등을 산정하는 경우 매출액은 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 회계관행(이하 "회계관행"이라 한다)에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액을 말한다. 다만, 업종의 특성에 따라 매출액에 준하는 영업수익 등을 사용하는 경우에는 영업수익 등을 말한다. ② 평균매출액 등은 다음 각 호의 구분에 따른 방법에 따라 산정한다. 1. 직전 3개 사업연도의 총 사업기간이 36개월인 경우 : 직전 3개 사업연도의 총 매출액을 3으로 나눈 금액 2. 직전 사업연도 말일 현재 총 사업기간이 12개월 이상이면서 36개월 미만인 경우(직전 사업연도에 창업하거나 합병 또는 분할한 경우로서 창업일, 합병일 또는 분할일부터 12개월 이상이 지난 경우는 제외한다) : 사업기간이 12개월인 사업연도의 총 매출액을 사업기간이 12개월인 사업연도 수로 나눈 금액 3. 직전 사업연도 또는 해당 사업연도에 창업하거나 합병 또는 분할한 경우로서 제2호에 해당하지 아니하는 경우 : 다음 각 목의 구분에 따라 연간매출액으로 환산하여 산정한 금액 가. 창업일, 합병일 또는 분할일부터 12개월 이상이 지난 경우 : 제3조에 따른 중소기업 해당 여부에 대하여 판단하는 날(이하 “산정일”이라 한다)이 속하는 달의 직전 달부터 역산(逆算)하여 12개월이 되는 달까지의 기간의 월 매출액을 합한 금액 나. 창업일, 합병일 또는 분할일부터 12개월이 되지 아니한 경우 : 창업일이나 합병일 또는 분할일이 속하는 달의 다음 달부터 산정일이 속하는 달의 직전 달까지의 기간의 월 매출액을 합하여 해당 월수로 나눈 금액에 12를 곱한 금액. 다만, 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 창업일이나 합병일 또는 분할일부터 산정일까지의 기간의 매출액을 합한 금액을 해당 일수로 나눈 금액에 365를 곱한 금액으로 한다. 1) 산정일이 창업일, 합병일 또는 분할일이 속하는 달에 포함되는 경우 2) 산정일이 창업일, 합병일 또는 분할일이 속하는 달의 다음 달에 포함되는 경우 제7조의4【관계기업의 평균매출액 등의 산정】① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 평균매출액 등의 산정은 별표2에 따른다. 이 경우 평균매출액 등은 제7조에 따라 산정한 지배기업과 종속기업 각각의 평균매출액 등을 말한다. ② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식 등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다. ※ [별표1] 주된 업종별 평균매출액 등의 중소기업 규모기준(제3조 제1항 제1호 가목 관련)

※ [별표2] 1. 이 표에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 가. "형식적 지배"란 지배기업이 종속기업의 주식 등을 100분의 50 미만으로 소유하고 있는 것을 말한다. 2. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 형식적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 평균매출액 등으로 보아야 할 평균매출액 등(이하 "전체 평균매출액등"이라 한다)은 다음 각 목에 따라 계산한다. 가. 지배기업의 전체 평균매출액등은 그 지배기업의 평균매출액등에 지배기업의 종속기업에 대한 주식 등의 소유비율과 종속기업의 평균매출액등을 곱하여 산출한 평균매출액등을 합산한다. 나. 종속기업의 전체 평균매출액등은 그 종속기업의 평균매출액등에 지배기업의 종속기업에 대한 주식 등의 소유비율과 지배기업의 평균매출액등을 곱하여 산출한 평균매출액등을 합산한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 2018.7.4. 쟁점주식을 양도한 후 이를 대주주가 보유한 중소기업 주식으로 보아 20퍼센트의 세율을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다가 2019.5.27. 쟁점주식을 대주주가 보유한 중소기업 외의 법인의 주식으로 보아 25퍼센트의 세율을 적용하여 수정신고ㆍ납부하였으나, 이후 2022.11.17. 쟁점법인이 중소기업에 해당한다고 보아 아래 <표1>과 같이 당초 수정신고ㆍ납부한 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 쟁점법인을 중소기업으로 볼 수 없다는 이유로 청구인의 경정청구를 거부하였다. <표1> 청구인의 이 건 양도소득세 신고 및 경정청구 내역 ㅇㅇㅇ (2) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하여 확인되는 사실은 다음과 같다. (가) 쟁점법인은 2017.11.1. 쟁점지배법인으로부터 인적분할되어 반도체 부품 제조업 등을 영위하는 분할신설법인으로, 2017.12.5. 유가증권시장에 상장되었으며, 그 밖에 쟁점법인과 관련된 사항은 다음과 같다. 1) 쟁점법인의 2017사업연도 말 주주현황은 아래 <표2>와 같은바, 쟁점지배법인(8.16%)과 그 주주인 aaa(33.7%)와 청구인(5.1%, aaa의 배우자)은 쟁점법인의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우에 해당되어 쟁점법인과 쟁점지배법인은 지배기업과 종속기업의 관계에 있다. <표2> 쟁점법인의 주주현황(2017사업연도 말) ㅇㅇㅇ 2) 쟁점법인 및 쟁점지배법인 간의 지분구조를 정리하면 다음과 같다. ㅇㅇㅇ 3) 국세청의 국세통합시스템에 의하면 쟁점법인과 쟁점지배법인의 사업연도별 매출액 및 자산총액은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점법인 등의 매출액 및 자산총액 ㅇㅇㅇ (나) 중소벤처기업부장관은 쟁점법인에게 아래 <표4>와 같이 중소기업확인서를 발급한 것으로 나타난다. <표4> 쟁점법인에 대한 중소기업확인서 발급내역 ㅇㅇㅇ (다) 청구인이 쟁점법인을 중소기업으로 보아야 한다고 주장하며 제시한 증빙자료 등은 다음과 같다. 1) 청구인은 쟁점주식 양도와 관련하여 2022.11.16. 국세청에 한 질의ㆍ답변내용을 다음과 같이 제시하였다. ㅇㅇㅇ 2) 청구인은 2023.4.6. 중소벤처기업부 정책분석평가과 담당자로부터 수신한 이메일을 제시하였는데, 동 메일에 따르면 해당 담당자는 ‘산정일을 「중소기업기본법 시행령」 제7조 제2항 제3호에 따라 중소기업확인서 신청일인 2018년 1월로 보아 같은 항 같은 호 나목에 따라 평균매출액을 2017년 11월부터 산정일 직전달인 2017년 12월까지의 매출액을 합산한 후 2로 나누고 12를 곱한 금액으로 산정하여야 한다’고 답변하면서도, 중소기업 유예대상 여부는 ‘ 「중소기업기본법 시행령」 제7조 제2항 제3호 나목에 따라 기간이 아니라 시점에 따라 분할일 당시 매출액을 연환산한 금액으로 판단하여야 한다’고 답변한 것으로 나타난다. 3) 그 밖에 청구인은 쟁점법인이 중소벤처기업부장관으로부터 발급받은 중소기업확인서를 다음과 같이 제시하였다. ㅇㅇㅇ (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점주식을 양도할 당시 쟁점법인은 중소기업에 해당하지 아니한다고 보아 청구인의 경정청구를 거부하였으나, 「중소기업기본법 시행령」 제7조 제2항 제3호 나목에서 평균매출액 등은 ‘창업일, 합병일 또는 분할일부터 12개월이 되지 아니한 경우에는 창업일이나 합병일 또는 분할일이 속하는 달의 다음 달부터 산정일이 속하는 달의 직전 달까지의 기간의 월 매출액을 합하여 해당 월수로 나눈 금액에 12를 곱한 금액’으로 산정한다고 규정하고 있는바, 처분청 의견과 같이 산정일을 중소기업확인서 신청일로 본다고 가정하고 동 규정을 쟁점법인에 적용해 보면, 쟁점법인의 분할일이 2017.11.1.이므로 분할일이 속하는 달의 다음 달인 2017.12.1.부터 산정일(2018년 1월)이 속하는 달의 직전 달(2017.12.31.)까지의 매출액을 평균매출액으로 환산하여야 할 것인데, 처분청은 쟁점법인의 2017.11.1.부터 2017.12.31.까지의 매출액 OOO원을 기준으로 평균매출액을 OOO원(= OOO원÷2×12)으로 환산하여 그 판정기준이 적법하지 아니한 점, 「소득세법」 제104조 제1항 제4호 가목을 적용함에 있어서 ‘중소기업’이라 함은 「중소기업기본법」 제2조 의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 기업이고, 「중소기업기본법」상 중소기업의 해당인지 여부에 대한 법령해석은 당해 법령의 주관부처인 중소벤처기업부에 1차적 권한이 있다 할 것인바(특히, 2020.1.11. 개정된 「소득세법 시행령」 제157조의2 제3항에 따르면 중소기업 주식 판단시점을 「중소기업기본법」과 달리 규정하고 있으나, 부칙 제2조 및 제40조에 따라 그 시행일을 2020.2.11. 이후 양도분부터 적용하도록 하고 있어 위 법령 시행일 이전에 양도된 쟁점주식에는 적용되기 어려워 보임), 중소벤처기업부장관은 쟁점법인의 중소기업확인서 발급신청에 대하여 제반자료를 토대로 중소기업 해당 여부를 판단한 결과, 쟁점법인을 「중소기업기본법」 제2조 에 의한 중소기업(중소기업 유예기간 중에 있는 중소기업)임을 확인하고 중소기업확인서를 발급하여 중소기업임을 대외적으로 밝히고 있으므로 당해 확인서가 허위 또는 무효로 밝혀지지 아니한 이상 다른 행정기관에 구속력을 가진다 할 수 있는 점 등에 비추어 쟁점주식 양도 당시(2018.7.4.) 쟁점법인은 중소기업에 해당한다고 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점법인을 「중소기업기본법」 제2조 에 규정된 중소기업에 해당하지 아니한다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

【관련법령】

「소득세법」 제104조