특별행정심판례정보

【세목】

종합소득

【재결요지】

이 건의 경우 처분청은 원천징수신고납부의 원인이 된 쟁점퇴직급여를 가공퇴직급여로 보아 종합소득세를 경정하였으므로 당초 청구인이 쟁점퇴직급여와 관련하여 원천징수신고납부한 금액은 초과납부한 것으로 확정되었고, 이는 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 처분청이 경정한 것으로 그 경정고지일인 202x.x.xx.이 초과납부금에 대한 소멸시효 기산일이 되며, 청구인은 202x.xx.x. 쟁점신청서를 제출하였으므로 소멸시효 내에 국세환급금을 청구하였으므로 쟁점퇴직급여와 관련된 원천징수분 퇴직소득세는 「국세기본법」 제51조 제1항에 따라 국세환급금으로 결정하여 지급하는 것이 타당하다고 판단됨

【따른결정】

조심2023지0518

【참조결정】

조심2014중1681 / 조심2013서3588 / 조심2019서1669 / 조심2012전3802

【주문】

OOO서장이 2021.2.1. 청구인의 2015년 8월분ㆍ9월분ㆍ12월분 원천징수세액환급신청에 대하여 한 부작위 처분은 이를 취소한다.

【이유】

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO에서 AAA(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 운영하는 개인사업자이다.

나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.10.27.~2020.12.2. 기간 동안 청구인에 대하여 2015년~2018년 과세기간에 대한 개인사업자 일반통합조사를 실시한 결과, 청구인이 2015년 귀속 종합소득세 신고시 쟁점사업장의 필요경비로 계상한 직원퇴직급여 OOO원(이하 “쟁점퇴직급여”라 한다)을 가공퇴직급여로 보아 필요경비 불산입하여 2015년 귀속 종합소득세 OOO원을 부과하겠다는 세무조사 결과통지를 2020.12.8. 하였고, 청구인이 2020.12.9. 조기결정을 신청하여 청구인의 주소지 관할세무서장인 OOO서장은 2021.1.11. 2015년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 쟁점사업장 관할세무서인 처분청에 쟁점퇴직급여와 관련하여 2015년 8월분ㆍ9월분ㆍ12월분 원천징수이행상황 수정신고서ㆍ원천징수세액환급신청서(이하 “쟁점신청서”라 한다)를 2021.2.1. 제출하였으나, 처분청은 환급결정을 하지 아니하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2021.8.6. 이의신청을 거쳐, 2021.12.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 환급사유가 발생하였음에도 즉시 국세환급금을 결정하지 아니한 잘못이 있다.

(가)

「국세기본법」 제51조

제1항에 따르면, 세무서장은 납세의무자가 국세 및 강제징수비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다.

(나) 납세의무자의 국세환급청구권은 잘못 납부한 금액의 경우에는 처음부터 법률상 원인이 없으므로 납부 또는 징수시에 이미 확정되어 있고, 초과납부액의 경우에는 신고 또는 부과처분의 취소 또는 경정에 의하여 조세채무의 전부 또는 일부가 소멸한 때에 확정된다(“국세기본법 집행기준” 51-0-2).

(다) 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소하는 경우에는 경정결정일 또는 부과취소일을 국세환급금의 소멸시효기산일로 한다(“국세기본법 기본통칙” 54-0…1).

쟁점신청서의 제출은 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고를 경정하는 경우에 해당하므로 국세환급금은 경정결정일OOO에 확정되고 국세환급금의 소멸시효기산일도 위 경정결정일로 보아야 한다.

처분청은 필요경비로 계상된 쟁점퇴직급여를 부인하면서 단순실수로 경정결정사항을 통보하지 않았다고 하여 국세환급금을 결정할 수 없다는 것은 납득이 되지 않으며, 이는 쟁점신청서 제출에 따라 즉시 환급금결정을 해야 할 의무를 해태하는 것이다.

(2) 쟁점신청서의 제출은 적법한 경정청구에 해당한다.

(가) 경정청구란 당초신고ㆍ납부한 세액이 과다하여 과세관청이 경정ㆍ결정해줄 것을 청구하는 제도로 과세관청은 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 경정ㆍ결정을 하거나 경정ㆍ결정할 이유가 없다는 뜻을 청구를 한 자에게 통지를 하여야하며 결정 또는 경정이 곤란한 경우에는 진행상황 및 불복절차안내를 청구인에게 하여야 한다OOO.

(나) 과세표준과 세액을 정부에 신고했을 때에 확정되는 소득세 등은 수정신고(증액사유) 또는 경정결정(경정청구, 감액수정신고, 환급신청 등 감액사유발생)으로 확정된 납세의무가 변경된다.

반면에 원천징수ㆍ납부하는 퇴직소득세 등은 퇴직소득 등을 지급하는 때에 납세의무가 성립ㆍ확정되며 관할세무서에 원천징수이행상황신고서를 제출하면 되고, 후에 확정된 납세의무 변경사유(감액사유)가 발생하면 원천징수이행상황신고서의 신고구분란에 수정ㆍ환급신청을 표기하고 원천징수세액환급신청서 부표를 제출하면 통상적(일반적, 관행적)으로 과세관청은 경정청구로 보고 경정결정을 하여 확정된 납세의무를 변경시킨다.

(다) 세법해석이나 국세행정관행이 납세자에게 받아들여진 경우에는 그 해석이나 관행에 의한 행위나 계산은 정당한 것으로 봐야 하므로 환급청구를 경정청구로 보아야한다. 조세심판결정례를 보면 환급신청을 경정청구로 보는 사례OOO를 쉽게 찾을 수 있고 환급신청, 경정청구, 감액수정신고가 같은 의미로 혼재되어 사용되는 것도 자주 보인다. 따라서 제출된 원천징수이행상황(환급신청)신고서 및 원천징수세액 환급신청서 부표의 실질내용이 세액의 환급에 대한 것이므로 적법한 경정청구가 있었던 것으로 보아야 한다.

(라) 세무조사결정으로 OOO 등의 퇴직소득세가 청구인의 종합소득세로 소득의 귀속이 변경되었으므로 후발적 경정청구사유(

「국세기본법」 제45조의2

제2항 제2호)에 해당한다. 후발적사유에 의하여 다른 것으로 확정된 때에 부과제척기간이 경과한 후라도 경정청구에 따른 적정성 여부를 판단함이 타당하다.

(마) 조사청은 쟁점퇴직급여에 대하여 필요경비를 부인하면서 사기나 그 밖의 부정한행위로 보아 부정과소신고가산세를 부과하였으므로 조세를 환급받은경우에도 국세부과제척기간을 10년으로 봐야한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점사업장의 원천징수납부액에 대한 환급신청은 해당 세목의 법정신고기한 만료일인 2016.1.10.로부터 5년 이내인 2021.1.10.까지 환급신청하였어야 하나, 청구인은 5년이 지난 2021.2.1. 쟁점신청서를 제출하여 경정청구의 기한을 도과하였다.

(2) 청구인은 쟁점퇴직급여가 가공퇴직급여인 것은 세무조사 결과통지 및 환급금충당통지서를 통해 알았다고 주장하면서, 안 날로부터 3개월 이내에 쟁점신청서가 제출되었으므로 경정청구가 적법하게 이루어졌다고 주장하나,

(가) 조사당시 청구인이 제출한 금융거래내역을 확인한바, 2015.12.30. 및 2015.12.31. 이틀 동안 쟁점퇴직급여를 근로자인 OOO 외 2인에게 지급하고 당일 또는 7일 이내에 청구인의 계좌가 아닌 OOO의 계좌를 통해 전액을 회수받아 다시 청구인의 계좌로 입금 받는 비정상적인 거래형태가 확인되고, 처분청이 사기나 그 밖의 부정한 행위로 판단한 것에 대해 청구인이 이의가 없었던 것으로 볼 때, 쟁점퇴직급여가 필요경비 불산입될 경우 기신고ㆍ납부한 원천세를 환급받아야 한다는 것은 이미 인지하였을 것으로 판단된다.

(나) 또한

「국세기본법」 제45조의2

제2항 제2호의 “소득의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때”의 의미는 당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하고 예측하기 어려웠던 감액사유가 나중에 발생한 것을 알게 됨에 따라 납세자에게 그 시정을 요구할 수 있는 권리를 보장하고자 도입된 규정이며, 여기서 “제3자”는 자기 자신 이외의 다른 자를 의미하는 것으로 봄이 타당하여 해당사유는 적용되지 않는 것으로 판단된다OOO.

(3)

「국세기본법」 제45조의2

, 같은 법 시행령 제25조의3, 같은 법 시행규칙 제12조의2의 규정은 경정청구를 하고자 하는 자는 과세표준 및 세액결정(경정)청구서에 결정 또는 경정 전의 과세표준 및 세액, 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액, 결정 또는 경정의 청구를 하는 이유 등을 반드시 기재하여 제출하도록 규정되어 있는바, 청구인이 쟁점신청서를 제출한 것은 통상적(일반적, 관행적)인 경정청구로 볼 수 없다OOO.

(4) 원천징수하는 법인세 및 소득세는 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때에 특별한 절차 없이 납세의무가 성립되고 확정되는 세목으로 부과처분이 아닌 징수처분으로 보아 부과제척기간이 아닌 징수권소멸시효 5년이 적용되는 것이며, 이 심판청구건은 「국세기본법」상 경정청구요건(청구기한 및 청구형식 등)을 충족하지 못하였기에 부과제척기간 논의의 실익은 없으나, 부과제척기간을 적용한다 하여도 신고ㆍ납부한 원천세는 사기나 그 밖의 부정한 행위에는 해당하는 것으로 판단되지만 종합소득세를 탈루한 것이지

「국세기본법」 제26조의2

규정에 따른 국세(원천세)를 포탈하거나 환급ㆍ공제를 받은 사실은 없기에 제척기간 10년 적용도 불가한 것으로 판단된다OOO.

「국세기본법」 제54조

제1항에 따라 국세환급금에 관한 권리는 행사할 수 있을 때로부터 5년간 행사하지 않으면 소멸시효가 완성되어 환급을 청구할 권리가 소멸되는 것이며, 청구인이 당초 신고ㆍ납부한 원천세는 납세의무가 없음이 외관상 명백하고, 신고행위에 명백한 하자가 있었다고 보기 어려워 착오납부에 의한 과오납금으로 볼만한 사정이 존재하지 않으며, 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소사실 또한 없으므로 소멸시효기산일은

「국세기본법 시행령」 제43조의3

제1항 따른 해당세목의 법정신고기한 만료일인 2016.1.10.로 보아 5년이 경과한 것으로 보는 것이 타당하다OOO.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

처분청이 쟁점퇴직급여를 가공퇴직급여로 보아 필요경비를 불산입하고 2015년 귀속 종합소득세를 부과하였으므로 이와 관련된 2015년 귀속 원천징수분 퇴직소득세를 환급해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 조사청의 2020.12.8.자 세무조사 결과 통지 공문에 따르면, 2015년 귀속 종합소득세 예상 고지세액은 OOO원이고, 쟁점퇴직급여가 가공퇴직급여로 필요경비 불산입되었다는 내용이 확인된다.

처분청은 금융거래내역 조사결과, 퇴직 의사에 대한 퇴직급여를 금융이체로 지급하고 재입금 받는 방법으로 퇴직급여를 가공으로 계상한 OOO원OOO을 적출하였다.

(나) 국세통합전산망에 따르면, 청구인이 2021.2.1. 접수한 (수정)원천징수이행상황신고서ㆍ원천징수세액환급 신청서(2015년 8월분, 2015년 9월분, 2015년 12월분 귀속)는 정상 신고로 입력되어 있다. 처분청이 국세청 전산관리 담당자와 유선 통화하여 확인한바, 원천세와 관련한 신고납부 사유규명 중 OOO는 당연경정결의 명단대상자로 통보되지 않는다.

(다) 청구인은 2020월 11월경 쟁점퇴직급여를 가공 필요경비로 계상하였음을 확인한다는 내용의 확인서를 작성하여 조사청에 제출하였다.

(라) 청구인은 2021.2.1. 아래 OOO와 같이 원천징수이행상황신고서, 원천징수세액환급신청서, 원천징수세액환급신청서 부표를 처분청에 제출하였다.

(마) 청구인은 2021.1.14. OOO서장으로부터 국세환급금 충당통지서를 수령하였으며, 이 통지서에는 쟁점퇴직급여와 관련된 국세환급금 충당내역은 확인되지 않는다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

쟁점신청서의 제출은 초과납부한 국세환급금에 대한 환급신청에 해당하는 것으로 보이며, “국세기본법 기본통칙” 55-0…3은 처분청이 국세의 환급을 명시적 또는 묵시적으로 거부하는 것을

「국세기본법」 제55조

제1항의 필요한 처분을 받지 못한 경우에 해당하는 것으로 규정하고 있다. 또한

「국세기본법」 제51조

제1항은 납세의무자가 국세 등으로 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액 등이 있는 경우에는 즉시 그 과오납금 등을 국세환급금으로 결정하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제54조 제1항은 납세자의 국세환급금 등에 관한 권리는 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 않으면 소멸시효가 완성된다고 하고 있으며, 국세환급금 등의 소멸시효 기산일에 대하여 “국세기본법 기본통칙” 54-0…1은 같은 법 시행령 제43조의3 각 호의 날로 하되, 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소하는 경우에는 경정결정일 또는 부과취소일을 말한다고 규정하고 있다.

이 건의 경우 처분청은 원천징수신고납부의 원인이 된 쟁점퇴직급여를 가공퇴직급여로 보아 종합소득세를 경정하였으므로 당초 청구인이 쟁점퇴직급여와 관련하여 원천징수신고납부한 금액은 초과납부한 것으로 확정되었고, 이는 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 처분청이 경정한 것으로 그 경정고지일인 2021.1.11.이 초과납부금에 대한 소멸시효 기산일이 되며, 청구인은 2021.2.1. 쟁점신청서를 제출하였으므로 소멸시효 내에 국세환급금 청구를 하였다. 따라서 쟁점퇴직급여와 관련된 원천징수분 퇴직소득세는

「국세기본법」 제51조

제1항에 따라 국세환급금으로 결정하여 지급하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 국세기본법(2021.12.21. 법률 제18586호로 개정되기 전의 것)

제21조(납세의무의 성립시기) ③ 다음 각 호의 국세를 납부할 의무의 성립시기는 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 원천징수하는 소득세ㆍ법인세: 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때

제22조(납세의무의 확정) ④ 다음 각 호의 국세는 제1항부터 제3항까지의 규정에도 불구하고 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차 없이 그 세액이 확정된다.

2. 원천징수하는 소득세 또는 법인세

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. (단서 생략)

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우: 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여

「법인세법」 제67조

에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.

제27조(국세징수권의 소멸시효) ① 국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리(이하 이 조에서 “국세징수권”이라 한다)는 이를 행사할 수 있는 때부터 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다. 이 경우 다음 각 호의 국세의 금액은 가산세를 제외한 금액으로 한다.

1. 5억원 이상의 국세: 10년

2. 제1호 외의 국세: 5년

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지(제4항에 따른 통지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다.

④ 제1항과 제2항에 따라 청구를 받은 세무서장은 제3항 본문에 따른 기간 내에 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정이 곤란한 경우에는 청구를 한 자에게 관련 진행상황 및 제3항 단서에 따라 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다는 사실을 통지하여야 한다.

⑤

「소득세법」 제73조

제1항 각 호에 해당하는 소득이 있는 자,

「소득세법」 제119조

제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제8호까지, 제8호의2 및 제10호부터 제12호까지의 규정에 해당하는 소득이 있는 자 또는

「법인세법」 제93조

제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 “원천징수대상자”라 한다)의 경우에는 제1항부터 제3항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 및 제2항 각 호 외의 부분 중 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제 1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자”는 “연말정산 또는 원천징수하여 소득세 또는 법인세를 납부하고

「소득세법」 제164조

, 제164조의2 및

「법인세법」 제120조

, 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자(

「소득세법」 제1조의2

제1항 제2호에 따른 비거주자 및

「법인세법」 제2조

제3호에 따른 외국법인은 제외한다. 다만, 원천징수의무자의 폐업 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하여 원천징수의무자가 경정을 청구하기 어렵다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다)”로, 제1항 각 호 외의 부분 중 “법정신고기한이 지난 후”는 “연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후”로, 제1항 제1호 중 “과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액”은 “원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액”으로, 제1항제2호 중 “과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액”은 “원천징수영수증에 기재된 환급세액”으로 본다.

제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며,

「교육세법」 제9조

에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액

나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액

제51조(국세환급금의 충당과 환급) ① 세무서장은 납세의무자가 국세 및 강제징수비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

② 세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 국세 및 강제징수비에 충당하여야 한다. 다만, 제1호(

「국세징수법」 제9조

에 따른 납부기한 전 징수 사유에 해당하는 경우는 제외한다) 및 제3호의 국세에의 충당은 납세자가 그 충당에 동의하는 경우에만 한다.

1. 납부고지에 의하여 납부하는 국세

2. 체납된 국세 및 강제징수비(다른 세무서에 체납된 국세 및 강제징수비를 포함한다)

3. 세법에 따라 자진납부하는 국세

③ 제2항 제2호에의 충당이 있는 경우 체납된 국세 및 강제징수비와 국세환급금은 체납된 국세의 법정납부기한과 대통령령으로 정하는 국세환급금 발생일 중 늦은 때로 소급하여 대등액에 관하여 소멸한 것으로 본다.

④ 납세자가 세법에 따라 환급받을 환급세액이 있는 경우에는 그 환급세액을 제2항 제1호 및 제3호의 국세에 충당할 것을 청구할 수 있다. 이 경우 충당된 세액의 충당청구를 한 날에 해당 국세를 납부한 것으로 본다.

⑤ 원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 세액에서 환급받을 환급세액이 있는 경우 그 환급액은 그 원천징수의무자가 원천징수하여 납부하여야 할 세액에 충당(다른 세목의 원천징수세액에의 충당은 「소득세법」에 따른 원천징수이행상황신고서에 그 충당ㆍ조정명세를 적어 신고한 경우에만 할 수 있다)하고 남은 금액을 환급한다. 다만, 그 원천징수의무자가 그 환급액을 즉시 환급해 줄 것을 요구하는 경우나 원천징수하여 납부하여야 할 세액이 없는 경우에는 즉시 환급한다.

⑥ 국세환급금 중 제2항에 따라 충당한 후 남은 금액은 국세환급금의 결정을 한 날부터 30일 내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세자에게 지급하여야 한다.

제52조(국세환급가산금) ① 세무서장은 국세환급금을 제51조에 따라 충당하거나 지급할 때에는 대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융회사 등의 예금이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.

제54조(국세환급금의 소멸시효) ① 납세자의 국세환급금과 국세환급가산금에 관한 권리는 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다.

② 제1항의 소멸시효에 관하여는 이 법 또는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 「민법」에 따른다. 이 경우 국세환급금과 국세환급가산금을 과세처분의 취소 또는 무효확인청구의 소 등 행정소송으로 청구한 경우 시효의 중단에 관하여

「민법」 제168조

제1호에 따른 청구를 한 것으로 본다.

③ 제1항의 소멸시효는 세무서장이 납세자의 환급청구를 촉구하기 위하여 납세자에게 하는 환급청구의 안내ㆍ통지 등으로 인하여 중단되지 아니한다.

(2) 국세기본법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31452호로 개정되기 전의 것)

제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란

「조세범 처벌법」 제3조

제6항에 해당하는 행위를 말한다.

제12조의3(국세 부과제척기간의 기산일) ② 다음 각 호의 날은 제1항에도 불구하고 국세를 부과할 수 있는 날로 한다.

1. 원천징수의무자 또는 납세조합에 대하여 부과하는 국세의 경우 해당 원천징수세액 또는 납세조합징수세액의 법정 납부기한의 다음 날

제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우

제25조의3(경정 등의 청구) ① 법 제45조의2 제1항ㆍ제2항 및 제4항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 하려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 결정 또는 경정 청구서를 제출(국세정보통신망을 활용한 제출을 포함한다)하여야 한다.

1. 청구인의 성명과 주소 또는 거소

2. 결정 또는 경정 전의 과세표준 및 세액

3. 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액

4. 결정 또는 경정의 청구를 하는 이유

5. 그 밖에 필요한 사항

③ 원천징수대상자는 법 제45조의2 제4항에 따라 준용되는 같은 조 제1항 및 제2항에 따라 경정을 청구하려는 경우에는 제1항에 따른 경정 청구서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 원천징수의무자의 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다.

1. 제2항 각 호의 사유를 입증하는 자료

2. 국내원천소득의 실질귀속자임을 입증할 수 있는 해당 실질귀속자 거주지국의 권한 있는 당국이 발급하는 거주자증명서

제43조의3(국세환급가산금) ① 법 제52조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일"이란 다음 각 호의 구분에 따른 날의 다음 날로 한다.

1. 착오납부, 이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정(제5호에 해당하는 경우는 제외한다)하거나 취소함에 따라 발생한 국세환급금: 국세 납부일. 다만, 그 국세가 2회 이상 분할납부된 것인 경우에는 그 마지막 납부일로 하되, 국세환급금이 마지막에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액이 될 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세의 각 납부일로 하며, 세법에 따른 중간예납액 또는 원천징수에 의한 납부액은 해당 세목의 법정신고기한 만료일에 납부된 것으로 본다.

2. 적법하게 납부된 국세의 감면으로 발생한 국세환급금: 감면 결정일

3. 적법하게 납부된 후 법률이 개정되어 발생한 국세환급금: 개정된 법률의 시행일

4. 「소득세법」ㆍ「법인세법」ㆍ「부가가치세법」ㆍ「개별소비세법」ㆍ「주세법」, 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」 또는 「조세특례제한법」에 따른 환급세액의 신고, 환급신청, 경정(제5호에 해당하는 경우는 제외한다) 또는 결정으로 인하여 환급하는 경우: 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 해당 법정신고기일) 또는 신청을 한 날부터 30일이 지난 날. 다만, 환급세액을 법정신고기한까지 신고하지 않음에 따른 결정으로 인하여 발생한 환급세액을 환급할 때에는 해당 결정일부터 30일이 지난 날로 한다.

5. 법 제45조의2에 따른 경정의 청구에 따라 납부한 세액 또는 환급한 세액을 경정함으로 인하여 환급하는 경우: 경정청구일(경정청구일이 국세 납부일보다 빠른 경우에는 국세 납부일)

(3) 국세기본법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31452호로 개정된 것)

제43조의3(국세환급가산금) ① 법 제52조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일”이란 다음 각 호의 구분에 따른 날의 다음 날로 한다.

5. 삭제 <2021. 2. 17.>

※ 부 칙

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제63조의13의 개정규정은 2021년 4월 1일부터 시행한다.

제4조(국세환급가산금 기산일에 관한 적용례) ① 제43조의3 제1항 제1호 본문, 같은 항 제4호 본문(같은 항 제5호를 삭제하는 개정사항에 한정한다) 및 같은 항 제5호의 개정규정은 이 영 시행 전에 경정청구되어 이 영 시행 이후 그 경정에 따라 산정하는 국세환급가산금에 대해서도 적용한다.

② 제43조의3 제1항 제4호 본문의 개정규정(세법에서 환급기한을 정하고 있는 경우와 관련한 개정사항에 한정한다)은 이 영 시행 이후 환급세액을 신고, 신청, 경정 또는 결정을 하는 경우부터 적용한다.

(4) 국세기본법 시행규칙(2021.3.16. 기획재정부령 제833호로 개정되기 전의 것)

제12조의2(경정 등의 청구) 영 제25조의3에 따른 결정 또는 경정의 청구는 별지 제16호의2서식의 과세표준 및 세액의 결정(경정) 청구서에 최초의 과세표준 및 세액신고서 사본과 경정청구 사유를 객관적으로 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 하여야 한다.

[별지 제16호의2서식]

(5) 조세범처벌법(2015.12.29. 법률 제13627호로 개정되기 전의 것)

제3조(조세 포탈 등) ① 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 조세를 포탈하거나 조세의 환급ㆍ공제를 받은 자는 2년 이하의 징역 또는 포탈세액, 환급ㆍ공제받은 세액(이하 "포탈세액등"이라 한다)의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 3년 이하의 징역 또는 포탈세액등의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. 포탈세액등이 3억원 이상이고, 그 포탈세액등이 신고ㆍ납부하여야 할 세액(납세의무자의 신고에 따라 정부가 부과ㆍ징수하는 조세의 경우에는 결정ㆍ고지하여야 할 세액을 말한다)의 100분의 30 이상인 경우

2. 포탈세액등이 5억원 이상인 경우

② 제1항의 죄를 범한 자에 대해서는 정상(情狀)에 따라 징역형과 벌금형을 병과할 수 있다.

③ 제1항의 죄를 범한 자가 포탈세액등에 대하여

「국세기본법」 제45조

에 따라 법정신고기한이 지난 후 2년 이내에 수정신고를 하거나 같은 법 제45조의3에 따라 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 기한 후 신고를 하였을 때에는 형을 감경할 수 있다.

④ 제1항의 죄를 상습적으로 범한 자는 형의 2분의 1을 가중한다.

⑤ 제1항에서 규정하는 범칙행위의 기수(旣遂) 시기는 다음의 각 호의 구분에 따른다.

1. 납세의무자의 신고에 의하여 정부가 부과ㆍ징수하는 조세: 해당 세목의 과세표준을 정부가 결정하거나 조사결정한 후 그 납부기한이 지난 때. 다만, 납세의무자가 조세를 포탈할 목적으로 세법에 따른 과세표준을 신고하지 아니함으로써 해당 세목의 과세표준을 정부가 결정하거나 조사결정할 수 없는 경우에는 해당 세목의 과세표준의 신고기한이 지난 때로 한다.

2. 제1호에 해당하지 아니하는 조세: 그 신고ㆍ납부기한이 지난 때

⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6.

「조세특례제한법」 제24조

제1항 제4호에 따른 전사적 기업자원관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

(6) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것)

제7조(원천징수 등의 경우의 납세지) ① 원천징수하는 소득세의 납세지는 다음 각 호에 따른다.

1. 원천징수하는 자가 거주자인 경우: 그 거주자의 주된 사업장 소재지. 다만, 주된 사업장 외의 사업장에서 원천징수를 하는 경우에는 그 사업장의 소재지, 사업장이 없는 경우에는 그 거주자의 주소지 또는 거소지로 한다.

제127조(원천징수의무) ① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

7. 퇴직소득. 다만, 제4호 각 목의 어느 하나에 해당하는 근로소득이 있는 사람이 퇴직함으로써 받는 소득은 제외한다.

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따라 원천징수를 하여야 할 자를 “원천징수의무자”라 한다.

제128조(원천징수세액의 납부) ① 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

② 상시고용인원 수 및 업종 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 원천징수의무자는 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 원천징수세액 외의 원천징수세액을 그 징수일이 속하는 반기(半期)의 마지막 달의 다음 달 10일까지 납부할 수 있다.

1.

「법인세법」 제67조

에 따라 처분된 상여ㆍ배당 및 기타소득에 대한 원천징수세액

2. 「국제조세조정에 관한 법률」 제9조 및 제14조에 따라 처분된 배당소득에 대한 원천징수세액

3. 제156의5 제1항 및 제2항에 따른 원천징수세액

제146조(퇴직소득에 대한 원천징수시기와 방법 및 원천징수영수증의 발급 등) ① 원천징수의무자가 퇴직소득을 지급할 때에는 그 퇴직소득과세표준에 원천징수세율을 적용하여 계산한 소득세를 징수한다.

(7) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것)

제185조(원천징수세액의 납부) ① 법 제127조의 규정에 의한 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 법 제128조의 규정에 의한 기한내에 「국세징수법」에 의한 납부서와 함께 원천징수 관할세무서ㆍ한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 하며, 기획재정부령이 정하는 원천징수이행상황신고서를 원천징수 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

(8) 소득세법 시행규칙(기획재정부령 2021.3.16. 제848호로 개정되기 전의 것)

제100조(일반서식) 일반서식은 다음 각 호의 어느 하나에 따른다.

20. 영 제185조 제1항의 규정에 의한 원천징수이행상황신고서는 별지 제21호 서식에 의한다.

[별지 제21호 서식] 원천징수이행상황신고서, 원천징수세액환급신청서