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쟁점매입액을 대표자 상여로 소득처분하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분의 당부 등

[조세심판원 조심 2025중0412 (2025. 4. 8)]
※ 2025년 11월 13일 조세심판원에서 수집하여 제공하고 있습니다.

【세목】

종합소득

【재결요지】

쟁점매입액은 사외 유출되었으나 그 귀속이 불분명하다는 점에 대해서는 청구인과 처분청 사이에 서로 다툼이 없는 점, 「법인세법 시행령」 제106조 제1항 제1호는 익금에 산입한 금액이 그 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보도록 명시하고 있는 점 등에 비추어 청구인에게 대표자 상여로 소득처분하여 종소세를 부과한 처분은 잘못이 없음

【참조결정】

조심2010부2419 / 조심2011중2894 / 조심2012서1502

【주문】

심판청구를 기각한다.

【이유】

1. 처분개요

가. 주식회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 건설업을 목적으로 2006.2.8. 설립되어 2017.11.17. 폐업한 법인으로, 청구인은 2011.12.6.∼2016.12.6. 기간 동안 쟁점법인의 대표이사로 재직하였다.

나. 처분청은 쟁점법인의 매출거래처인 주식회사 B(이하 “쟁점매출거래처”라 한다)의 심판청구에 관한 우리원의 재조사 결정(조심 2020중1991, 2021.7.29.)에 따라 재조사를 실시한 결과, 쟁점매출거래처가 발급한 세금계산서를 가공세금계산서로 보아 쟁점매출거래처의 매출세액을 감액하고, 거래상대방인 쟁점법인에 대한 과세자료를 쟁점법인의 소재지를 관할하는 파주세무서장에게 통보하였다.

다. 파주세무서장은 쟁점법인의 가공매입 OOO원(공급대가, 이하 “쟁점매입액”이라 한다)에 대하여 법인세 및 부가가치세를 경정하고, 익금산입된 쟁점매입액을 대표자 상여로 소득처분하였으며, 이에 처분청은 2024.10.15. 청구인에게 2015년∼2016년 귀속 종합소득세 합계 OOO원(2015년 귀속분 OOO원, 2016년 귀속분 OOO원)을 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.12.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 이 건 납세의무자는 청구인이 아닌 쟁점법인이므로, 쟁점매입액을 대표자 상여로 소득처분하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분은 부당하다.

(가) 청구인과 처분청은 쟁점매입액을 대표자 상여로 소득처분한 이유는 귀속자가 불분명하다는데 서로 다툼이 없다.

(나) 상여와 관련한 소득처분의 납세자(원천징수의무자)와 납세의무자는 귀속여부에 따라 아래 <표1>과 같이 구분되어야 한다.

<표1> 상여 소득처분의 납세자와 납세의무자

납세자는 외형적으로 세금을 납부하는 자이고, 납세의무자는 그 세금을 실제로 부담하는 자로서, 근로소득의 경우 근로자 개인이 근로소득세를 직접 납부하지 않고 법인이 근로소득세를 취합하여 납부하고 있다.

납세자가 원천징수세액에 대하여 구상권을 행사하여 회수할 수 있다면 납세의무자가 별도로 있다는 것이고, 원천징수세액에 대하여 구상권을 행사하여 회수할 수 없다면 납세의무자가 별도로 있는 것이 아니라 납세자와 납세의무자가 동일한 것이다.

대법원은 귀속이 불분명한 소득이면 법인이 대표자의 소득세 등을 대납한 경우 대표자에 대하여 구상권을 행사할 수 없다고 판시하고 있고(대법원 1988.9.27. 선고 87누519 판결), 청구인과 처분청은 쟁점법인이 원천징수세액을 납부하였다고 하더라도 청구인에게 구상권을 행사하여 회수할 방법이 없다는데 서로 다툼이 없으므로, 납세자와 납세의무자가 동일하다는데 서로 다툼이 없는 것으로 연결된다.

「법인세법 시행령」 제106조 제1항 제3호 아목은 귀속이 불분명한 경우의 인정상여에 대하여 법인이 소득세를 대납하였다면 이를 상여가 아닌 기타사외유출로 소득처분하도록 규정하고 있는바, 이 건 납세의무자는 쟁점법인이다.

처분청 또한 법인이 귀속불분명한 소득에 대한 소득세를 대납한 금액을 기타사외유출로 소득처분한다는 의미는 대표자가 원천징수세액(소득세)을 직접 납부할 의무가 없다는 것이라고 보아야 한다.

(다) 따라서, 이 건의 납세의무자는 쟁점법인이고, 청구인은 쟁점법인이 납부할 소득세를 대신 납부할 의무가 없음에도 불구하고 처분청은 납세의무자를 청구인으로 착오하여 청구인에게 종합소득세를 부과하였으므로, 이 건 종합소득세 부과처분은 취소되어야 한다.

(2) 사외유출된 금액의 귀속자가 분명한 경우 부과제척기간을 10년, 귀속자가 불분명한 경우 5년으로 서로 달리 적용하고 있는바, 이 건의 경우 귀속자가 불분명한 경우에 해당하므로 부과제척기간 5년이 적용되어야 한다.

과세관청은 종전에는 국세청 유권해석(재조세-5, 2011.1.3.)과 같이 사외유출된 금액의 귀속자가 분명한 경우에는 10년, 귀속자가 불분명한 경우에는 5년의 부과제척기간을 적용하였으나, 법원은 귀속자가 분명한 경우에도 5년의 부과제척기간을 적용하는 것으로 판결하였다(대법원 2010.1.28. 선고 2007두20959 판결).

기획재정부는 귀속자가 분명한 경우에도 5년의 부과제척기간을 적용하도록 판결한 위 대법원 판례는 과세 형평성에 어긋난다고 판단하고 「법인세법」을 개정(2011.12.31. 법률 11245호로 일부 개정된 것)하여 귀속이 분명한 경우 종전과 같이 부과제척기간 10년이 적용되도록 환원시킨 것이다.

즉, 위 「법인세법」 개정 취지는 귀속자가 분명한 경우에 한하여 부과제척기간을 10년을 적용하겠다는 것으로 보이고, 조세심판원도 위 「법인세법」 개정 이후에도 귀속이 불분명한 소득처분에 대한 소득세 부과제척기간은 5년이라는 결정(조심 2010부2419, 2011.2.24., 조심 2011중2894, 2012.2.28., 조심 2012서1502, 2012.7.17.)을 한 바 있다.

나. 처분청 의견

(1) 관련 법령 및 판례 등에 따라 사외유출된 금액의 귀속이 불분명한 경우에는 대표자가 사외유출된 금액의 귀속을 분명하게 증명하지 못하는 한 대표자에게 귀속된 것으로 보는 것이다.

(가) 「법인세법 시행령」제106조 제1항 제1호는 “익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 상여, 기타소득, 기타사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다”고 명시하고 있다.

(나) 대법원은 “「법인세법」상의 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대하여 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는 것이므로, 이 경우 대표자는 위 익금산입액의 귀속이 분명하다는 점을 증명하지 못하는 한 그 금원이 현실적으로 자신에게 귀속되었는지 여부에 관계없이 갑종근로소득세를 납부할 의무가 있다”고 판시한 바 있다(대법원 2008.9.18. 선고 2006다49789 판결).

(다) 따라서, 이 건은 사외유출된 금액의 귀속이 불분명한 경우에 해당하고, 대표자가 사외유출된 금액의 귀속을 분명하게 증명하고 있지 못하므로 대표자(청구인)에게 귀속된 것으로 보아 대표자 상여로 처분한 것이다.

(2) 사기 기타 부정한 행위로 사외유출한 금액은 부과제척기간 10년을 적용하여야 한다.

(가) 쟁점법인이 사실과 다른 세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받고 비용으로 계상한 행위는 사기 기타 부정한 행위에 해당하므로 부과제척기간 10년을 적용하여야 한다.

「국세기본법」(2011.12.31. 법률 제11124호로 일부 개정된 것, 이하 “개정법률”이라 한다) 제26조의2 제1항 제1호 후단(이하 “개정규정”이라 한다)은 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 등의 부과제척기간을 10년으로 규정하고 있고, 개정법률 부칙 제2조 제1항은 개정규정은 2012.1.1. 이후 최초로 「법인세법」 제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다고 명시하고 있는바, 청구인에 대한 상여 처분은 2012.1.1. 이후에 이루어져 개정규정이 적용되므로, 이 건 종합소득세에 대한 부과제척기간은 10년이 적용되어야 한다.

(나) 청구인은 사외유출된 금액의 귀속자가 불분명한 경우 5년의 부과제척기간을 적용하여야 한다고 주장하나, 이는 개정법률 개정 이전의 유권해석 및 결정례를 근거로 주장하는 것으로, 청구인의 주장은 이유없다.

청구인이 청구주장의 근거로 제시하고 있는 국세청 유권해석 및 조세심판원 결정례는 개정법률 전의 법령에 대한 해석에 관한 것으로, 이 건에 원용할 수 없는 해석 및 결정례이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점매입액을 대표자 상여로 소득처분하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분의 당부

② 부과제척기간 10년을 적용한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고

(2) 법인세법 시행령

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

3. 제1호에도 불구하고 다음 각 목의 금액은 기타 사외유출로 할 것

아. 제1호 각 목 외의 부분 단서 및 제2항에 따라 익금에 산입한 금액이 대표자에게 귀속된 것으로 보아 처분한 경우 당해 법인이 그 처분에 따른 소득세 등을 대납하고 이를 손비로 계상하거나 그 대표자와의 특수관계가 소멸될 때까지 회수하지 아니함에 따라 익금에 산입한 금액

(3) 국세기본법(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 것)

제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다.

3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

부칙 제2조(국세 부과의 제척기간에 관한 적용례) ① 제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 「법인세법」 제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다.

(4) 국세기본법(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것)

제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

(5) 국세기본법 시행령

제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항에 해당하는 행위를 말한다.

(6) 조세범 처벌법

제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 쟁점매출거래처는 쟁점매출거래처가 쟁점법인에게 발급한 세금계산서는 쟁점법인의 가공원가 및 비자금 조성을 위한 가공세금계산서이므로 기 납부한 부가가치세 과세표준에서 차감하여 달라는 취지로 2020.5.18. 우리원에 심판청구를 제기하였으며, 우리원은 2021.7.29. 아래 <표2>와 같이 재조사 결정(조심 2020중1991)을 한 것으로 확인된다.

<표2> 심판청구 결정문(2020중1991, 주요내용 발췌)

(나) 2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호는 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우에는 국세부과제척기간 10년을 적용하는 것으로 규정하고 있었고, 2011.12.31. 법률 제11124호로 「국세기본법」이 개정되면서 아래 <표3>과 같이 같은 호에 후단(이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다)이 추가된 것으로 확인된다.

<표3> 쟁점규정 개정연혁

<이전 국세기본법>

(2011.12.31. 법률 제11124호로 일부 개정되기 전의 것)

<이 건 적용 국세기본법>

(2011.12.31. 법률 제11124호로 일부 개정된 것)

제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다.

<부칙 >

제2조(국세 부과의 제척기간에 관한 적용례) ① 제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 「법인세법」 제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점매입액을 대표자 상여로 소득처분하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나,

「법인세법 시행령」 제106조 제1항 제1호는 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 하나, 그 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보도록 명시하고 있는바, 쟁점매입액은 사외유출되었으나 그 귀속이 불분명한 사실에 대해서는 청구인과 처분청 사이에 서로 다툼이 없는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점매입액을 청구인에게 대표자 상여로 소득처분하여 종합소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 10년의 국세부과제척기간을 적용한 이 건 부과처분은 부당하다고 주장하나,

「국세기본법」(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 것) 제26조의2 제1항 제1호는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우 국세부과제척기간은 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년으로 규정하면서, 같은 호 후단에서 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세에 대해서도 10년의 국세부과제척기간을 적용하도록 명시하고 있는바,

쟁점매출거래처가 우리 원에 제기한 심판청구에 대한 재조사 결정(조심 2020중1991, 2021.7.29.)에 따라 처분청이 재조사를 실시한 결과 쟁점매출거래처가 발급한 이 건 세금계산서는 가공세금계산서로 밝혀졌고, 쟁점법인이 가공세금계산서를 수수함으로써 가공거래에 대한 결제 증빙이나 계약서 등을 실제 거래인 것처럼 조작하는 행위는 과세관청의 조세부과 및 징수를 불가능하게 하거나 현저하게 곤란하게 하는 적극적인 부정행위에 해당하는 점 등에 비추어, 위 청구주장도 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

【관련법령】

「법인세법 시행령」 제106조