쟁점아파트 양도 시 그 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가가 취득 당시의 기준시가보다 낮아 양도소득세 감면대상소득금액이 없는 것으로 보아 조특법 제99조의2 적용을 부인한 처분의 당부
【세목】
양도
【재결요지】
쟁점아파트의 ‘취득일부터 5년이 되는 날’의 기준시가가 취득당시의 기준시가보다 작아 공제할 양도소득금액은 ‘0원’으로 산정되므로 처분청이 해당 감면세액을 배제하여 양도세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨
【주문】
심판청구를 기각한다.
【이유】
1. 처분개요
가. 청구인은 2016.1.29. 세종특별자치시 OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 취득하였고, 2021.4.30. 양도가액을 OOO원으로 하여 양도하면서 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의2에 따른 감면세액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
나. 처분청은 2023.10.4.부터 2023.10.23.까지 쟁점아파트 양도와 관련하여 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점아파트는 조특법 제99조의2에 따른 양도소득세의 과세특례 대상에 해당되나, 쟁점아파트의 취득일로부터 5년이 되는 날 기준시가가 취득 당시 기준시가보다 높아 공제되는 양도소득금액이 ‘0’원이므로 청구인이 신고한 감면세액을 배제하여 2024.1.3. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 2024.3.11. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 청구인은 2013.8.1. 세종특별자치시에서 5년간 양도세 감면대상에 해당한다고 하여 미분양아파트인 쟁점아파트를 계약하였다. 쟁점아파트를 2016.1.29. 취득하였고, 2021.4.30. 양도하였다. 청구인은 쟁점아파트의 양도와 관련하여 조특법 제99조의2에 따른 과세특례를 적용하여 2021.6.21. 양도소득세를 신고하였는데, 2년 5개월이 지난 2023년 11월에 처분청으로부터 양도소득세 신고가 잘못되었다는 통보를 받았다.
(2) 처분청은 쟁점아파트의 기준시가가 취득 당시는 OOO원이고, 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가는 OOO원이므로, 취득 당시의 기준시가보다 취득일부터 5년이 되는 날의 공시가격이 낮아 조특법 제99조의2에 따른 공제되는 양도소득금액을 ‘0원’이라고 보았다.
(3) 쟁점아파트를 양도소득세가 감면된다고 하여 구입을 하였는데, 5년이 경과하였다고 하여 양도소득세 감면을 받지 못하고 102백만원의 세금을 납부하여야 하는 것은 매우 억울하다.
나. 처분청 의견
(1) 쟁점아파트의 취득일은 2016.1.29.(대금완납일)이고, 양도일은 2021.4.30.인 사실이 쟁점아파트 대금완납증명서와 등기사항증명서 및 매매계약서에 의해 확인된다.
(2) 쟁점아파트의 최초 고시 기준시가는 OOO원(2016.4.29.고시)이고, 「소득세법 시행령」 제164조 제7항에 따른 쟁점아파트의 취득 당시(2016.1.29.) 기준시가는 OOO원이며, 취득일부터 5년이 되는 날(2021.1.28.) 기준시가는 OOO원(2020.4.29.고시)이다.
(3) 쟁점아파트는 조특법 제99조의2에 따른 신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에는 해당하나, 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면받기 위해서는 쟁점아파트를 취득일부터 5년 이내에 양도하여야 하는데, 청구인은 취득일부터 5년이 경과한 후 양도하였다.
(4) 쟁점아파트의 기준시가는 취득일부터 5년이 되는 날(2021.1.28.) 기준시가(OOO원)가 취득 시 기준시가(OOO원)보다 낮아, 공제되는 양도소득금액은 ‘0원’이므로 청구인이 신고한 감면세액을 배제하여 이 건 양도소득세를 고지한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점아파트 양도 시 그 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가가 취득 당시의 기준시가보다 낮아 양도소득세 감면대상소득금액이 없는 것으로 보아 조특법 제99조의2 적용을 부인한 처분의 당부
나. 관련 법령 등
(1) 조세특례제한법
제43조(구조조정대상 부동산 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) ① 제40조 제1항에 따라 양도소득세의 감면대상이 되는 부동산(이하 이 조에서 “구조조정대상부동산”이라 한다)을 1999년 12월 31일 이전에 취득한 자가 그 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하며, 그 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 뺀다.
② 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.
③ 제1항에 따른 구조조정대상부동산의 확인 및 부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
③ 제1항은 전국 소비자물가상승률 및 전국 주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에는 적용하지 아니한다.
④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다.
⑤ 제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 조세특례제한법 시행령
제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) ① 법 제43조 제1항에 따른 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은 「소득세법」 제95조 제1항에 따른 양도소득금액 또는 「법인세법」 제55조의2 제1항에 따른 양도소득(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)으로서 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 취득일부터 5년이 되는 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.
② 법 제43조 제2항에 따라 양도소득세의 감면신청을 하려는 자는 해당 구조조정대상부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
③ 제2항에 따라 감면신청을 받은 납세지 관할 세무서장은 제37조 제25항에 따른 채무상환(예정)명세서 및 세액감면신청서를 통하여 해당 구조조정대상부동산을 확인하여야 한다.
제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ⑦ 법 제99조의2 제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항을 준용하여 계산한 금액으로 한다.
(3) 소득세법
제99조(기준시가의 산정) ① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.
라. 주택
「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에 같은 법 제18조제1항 단서에 따라 국세청장이 결정ㆍ고시한 공동주택가격이 있을 때에는 그 가격에 따르고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다.
(4) 소득세법 시행령
제164조(토지ㆍ건물의 기준시가 산정) ⑦「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지를 포함한다)이 공시되기 전에 취득한 주택의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 당해 주택에 대하여 국토교통부장관이 최초로 공시한 주택가격 공시당시 또는 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 나목의 가액이 없는 경우에는 제5항의 규정을 준용하여 계산한 가액에 의한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인은 쟁점아파트를 2016.1.29. 취득(대금완납일)하였고, 2021.4.30. 양도한 것으로 나타난다.
(2) 청구인의 양도소득세 신고내역 및 처분청의 경정내역은 <표1>와 같다.
<표1> 양도소득세 신고 및 경정내역
(단위 : 원, %)
OOO
(3) 쟁점아파트의 공동주택확인서 및 국토교통부 공동주택 공시가격 등에 따르면, 쟁점아파트의 최초 고시 기준시가는 OOO원(2016.4.29.고시)이고, 「소득세법 시행령」 제164조 제7항에 따른 쟁점아파트의 취득 당시(2016.1.29.) 기준시가는 OOO원이며, 취득일부터 5년이 되는 날(2021.1.28.)의 기준시가는 OOO원(2020.4.29.고시)으로 확인된다(<표2> 참고).
<표2> 쟁점아파트의 기준시가(공동주택가격)
OOO
(4)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
조특법 제99조의2 제1항에 따르면, 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다고 규정하고 있는바, 쟁점아파트는 취득일부터 5년이 지난 후 양도하였으므로 조특령 제40조 제1항의 계산식에 따라 계산된 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제하여야 하는데, 쟁점아파트의 ‘취득일부터 5년이 되는 날’의 기준시가가 OOO원이고, 취득당시의 기준시가가 OOO원이므로, 공제할 양도소득금액은 ‘0원’으로 산정되는 점 등에 비추어, 처분청이 해당 감면세액을 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.