특별행정심판례정보

【세목】

양도

【재결요지】

청구인이 신규주택을 취득하고 1년 이내에 전입신고를 하지 못하였으나, 종전주택 양도 후 10일만에 신규주택에 이사하고 25.0.00. 전입신고 후 신규주택을 담보로 주택연금을 수취하고 있음을 감안하면 신규주택을 실거주 목적으로 취득하였다 할 것이며, 종전주택 양도 후 신규주택 전입 전까지 기간에는 지역농협 조합원 자격을 유지하면서 쟁점외경작지를 경작하기 위해 쟁점외상속주택에 주소를 두었는바, 전입신고를 기한내에 하지 못한 부득이한 사유가 인정됨

【참조결정】

조심2023서7545 / 조심2023부9792 / 조심2023중0220

【주문】

동대구세무서장이 2025.8.8. 청구인에게 한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

【이유】

1. 처분개요

가.청구인은 1996.12.9. 상속을 원인으로 대구광역시 동구 OOO 단독주택(이하 “쟁점외상속주택”이라 한다)을, 2007.3.7. 매매를 원인으로 같은 시 수성구 OOO(이하 “쟁점종전주택”이라 한다)를, 2021.12.27. 매매를 원인으로 같은 시 동구 OOO(이하 “쟁점외신규주택”이라 한다)를 각 취득하였다가, 2022.1.7. 쟁점종전주택을 OOO원에 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)하고, 2022.1.26. 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 나목 및 같은 법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 일부개정되기 전의 것) 제155조 제1항(이하 “쟁점시행령조항”이라 한다) 및 제2항에 따른 일시적 2주택 양도소득세 비과세 특례(이하 “일시적 2주택 비과세”라 한다)를, 양도가액 OOO원 초과분 양도차익에 대하여 장기보유특별공제 및 같은 법 제104조 제1항 제1호에 따른 세율(이하 “기본세율”이라 한다)을 각 적용하여 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고ㆍ납부하였다.

나.대구지방국세청장은 2025.5.27.∼2025.6.15. 기간 중 쟁점거래에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점시행령조항 제2호 가목(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 쟁점외신규주택의 취득일로부터 1년 이내인 2022.12.27.까지 「주민등록법」 제16조에 따른 전입신고를 마치지 않았다는 이유로 일시적 2주택 비과세 특례를 배제하고, 이에 따라 쟁점종전주택이 그 양도일 현재 「소득세법」 제104조 제7항 제3호 및 같은 법 시행령 제167조의3 제1항에 따른 조정대상지역 내의 1세대3주택에 해당한다고 보아 「소득세법」 제95조 제2항에 따라 장기보유특별공제를 배제하고 같은 법 제104조 제7항에 따른 세율(기본세율에 100분의 30을 더한 세율이고, 이하 “중과세율”이라 한다)을 적용하여, 2025.8.8. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2025.9.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점규정은 훈시규정이므로 쟁점종전주택의 양도에 대하여 일시적 2주택 비과세 및 장기보유특별공제를 적용하고 기본세율로 과세하여야 한다.

(1) 쟁점규정은 훈시규정이므로 쟁점시행령조항의 취지에 따라 종전주택과 신규주택의 중복보유기간이 단기일 경우 일시적 2주택 비과세를 적용하여야 한다.

쟁점규정은 비록 신규주택의 취득 후 1년 이내에 「주민등록법」상 전입신고를 한 경우에만 일시적 2주택 비과세를 적용하도록 규정하고 있으나 아래와 같은 1세대1주택 양도소득세 비과세의 의의와 기능, 쟁점시행령조항의 개정 연혁, 관련 법률과의 체계적 해석 등을 감안할 때 쟁점규정은 훈시규정으로서 단지 실수요자의 주택취득 여부를 확인하는 보조수단으로 보아야 한다.

①1세대1주택 양도소득세 비과세의 취지는 주택이 국민의 주거생활의 기초가 되고 1개 주택의 양도가 소득을 얻거나 단기적인 투기목적이 아닌 한 양도소득세를 부과하지 않음으로써 국민들의 안정된 주거생활과 거주이전의 자유를 보장하는데 있고, 일시적 2주택 비과세의 취지는 실생활에서 먼저 신규주택을 취득하고 기존주택을 양도하는 경우가 빈번하여서 이러한 일시적 2주택에 대하여 1세대1주택과 동일하게 비과세를 적용하는 것이다.

②쟁점시행령조항은 종전의 주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 신규주택을 취득하여 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택 양도에 대하여 양도소득세를 비과세하는 것으로, 아래 <표> 기재와 같이 부동산 경기의 과열기에는 종전주택의 양도기한을 단축하고 그 침체기에는 해당 양도기한을 확대하여 부동산 경기를 조절하는 정책적 기능을 수행하였다.

<표> 쟁점시행령조항의 개정연혁

그런데 쟁점규정은 2020.2.11. 쟁점시행령조항의 일부개정시 전국의 주요 도시에서 주택가격이 급등함에 따라 주택시장의 안정화를 위하여 도입되었고, 2021.8.30. 국토교통부장관이 조정대상지역을 추가로 고시하는 등의 대응조치를 취하였는바, 그 도입 취지가 ‘실수요자의 주택 취득 및 투기수요 억제’임이 분명하다.

③또한 쟁점규정의 문언을 보면 조정대상지역 내의 경우 “신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사하고 「주민등록법」 제16조에 따라 전입신고를 마친 경우”에만 일시적 2주택 비과세를 적용한다고 규정하고 있는데, 이사는 ‘생활근거지를 옮긴다’는 의미이고 ‘전입신고를 마친 경우’는 「주민등록법」상 전입신고 절차를 거치는 것으로, ‘이사’라는 하나의 사실관계에 ‘전입’이라는 행정절차가 뒤따르는 것으로, 양자는 문언의 의미가 동일하다. 결국 쟁점규정의 전입신고 요건은 ‘실수요자가 실제로 이사하였는지 여부를 확인’하는 절차적 목적의 훈시규정으로 봄이 타당하다.

④한편 쟁점시행령조항 제2호 단서에서 신규주택의 취득일 현재 기존 임차인이 거주 중인 경우로서 그 임대차기간의 종료일이 위 취득일부터 1년 후인 경우 그 이사와 전입신고의 기한을 그 임대차기간의 종료일로 보도록 규정하고 있는데, 해당 규정도 실제 이사에 필요한 기간(집수리, 이사업체 섭외 등)을 감안하지 않는 것이어서 강행규정으로 볼 경우 국민의 현실생활을 감안하지 않게 된다. 결국 국민의 재산권에 관한 법률 규정은 현실성을 감안하여 해석하여야 한다. 이는 세법을 합목적적으로 해석한 법원의 판례 및 심판결정례 등을 통해 뒷받침된다(㉠법원은 ‘대법원 1987.9.11. 선고 84누194 판결, 대법원 1986.1.21. 선고 85누618 판결, 대법원 2010.3.25. 선고 2009두22874 판결’에서 「소득세법 시행령」 제154조 제6항의 ‘주민등록표 등본에 의한 거주지간 계산’ 요건에도 불구하고 다른 방법으로도 거주일을 산정할 수 있다고 보았다. ㉡기획재정부는 ‘조세법령-592, 2021.7.6.’의 유권해석에서 조정대상지역의 신규주택 취득 후 1년 내 이사 및 전입신고 후 즉시 퇴거시에도 일시적 2주택 비과세 적용이 가능한지에 관한 질의에 대해 ‘전입신고시 30일 이상 거주목적이 있었는지 등을 종합하여 고려하여 판단하라’고 회신함으로써 쟁점규정의 전입신고가 실수요자의 확인을 위한 것임을 분명히 하였다. ㉢조세심판원은 ‘조심 2023서7545, 2023.12.13.’의 결정에서 쟁점규정의 해석시 임대차기간의 종료일보다 1개월 정도 늦게 전입신고한 것에 대하여 그 문언해석시 과세함이 마땅하나 실거주목적의 신규주택 취득목적이 인정되고 위 임대차기간 종료일에 전입신고시 임차보증금의 대항력상 문제가 생기며 내부공사로 기한 내 위 임대차기간 종료일에 입주를 하지 못하였음 등을 감안하여 일시적 2주택 비과세를 적용함이 타당하다고 판단하였고, ‘조심 2023부9792, 2024.1.18.’의 결정에서 쟁점규정의 전입신고를 하지 않은 사안에 대하여 신규주택과 종전주택의 중복보유기간이 42일에 불과하여 사회통념상 일시적으로 인정된다는 이유로 일시적 2주택 비과세를 인정하였으며, ‘조심 2024인4770, 2024.11.27.’의 결정에서 쟁점규정에 따른 이사 및 전입신고 후 20일이 경과한 시점에서 신규주택을 임대한 사안에 대하여 실거주 목적이 없었다는 이유로 일시적 2주택 비과세를 적용할 수 없다고 판단하는 등 쟁점규정의 전입신고를 실수요자의 신규주택 취득사실 입증을 위한 수단으로 보았다).

처분청은 쟁점규정을 엄격해석의 원칙에 따라 강행규정으로 보아야 한다는 의견이나, 처분청 의견대로 단지 전입신고를 하지 않았다 하여 실수요자에 해당하지 않는다고 단정한다면 ①단순히 세법지식의 부족이나 거주형편에 따라 실제로 이사하고 전입신고를 하지 않은 실수요자에 대한 과세로 실수요자에 대한 1세대1주택 비과세 또는 일시적 2주택 비과세의 취지가 몰각되는 점(처분청의 해석은 문언의 자구에 얽매여 쟁점규정의 입법취지에서 벗어난 해석에 해당한다), ②납세자의 양도에 따른 소득은 납세자의 재산상의 권리임에도 과세관청이 무리한 해석에 따라 이에 대해 과세한다면 마치 그 양도소득을 납세자에 대한 급부 또는 시혜를 회수하는 것처럼 납세자의 재산권을 침해하는 것인 점(행정편의만 도모하고 실효성 있는 정책수단이 아니다) 등을 감안할 때 위 처분청의 의견은 부당하다.

(2)청구인이 쟁점규정의 전입신고를 하지 않은 것은 근무상 형편(농지경작)이라는 불가피한 사정에 따른 것이므로 쟁점종전주택의 양도에 대하여 일시적 2주택 비과세 및 장기보유특별공제를 적용하고 기본세율로 과세하여야 한다.

앞서 제시한 쟁점규정의 해석상 전입신고는 실수요자의 신규주택 취득사실의 입증을 위한 수단에 해당하므로 청구인이 쟁점신규주택의 실수요자에 해당함이 입증된다면 그 전입신고 미이행을 이유로 일시적 2주택 비과세를 배제할 수 없다 할 것이다. 나아가 쟁점규정 및 「소득세법 시행규칙」 제71조 제3항에 따르면 신규주택의 취득일부터 1년 이내 그 신규주택으로 세대전원 이사하고 전입신고를 마친 경우에는 일시적 2주택 비과세를 적용하되, ‘근무상 형편으로 세대의 구성원 중 일부 또는 세대전원이 이사하지 못하는 경우’에도 해당 비과세가 포함되는데 이는 근무상 형편에 따라 다른 시ㆍ군으로 주거를 이전하는 경우로서 광역시의 경우 그 안의 구지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 것을 의미한다. 청구인은 아래와 같은 사유로 실수요 목적상 쟁점외신규주택을 취득하였으나 단지 근무상의 형편상 그 전입신고를 하지 못하였으므로 쟁점규정에 따른 일시적 2주택 비과세를 적용하여야 한다.

(가)청구인은 농학박사로서 평생 농업연구개발에만 종사하여 왔고, 2012년 9월부터 지금까지 농업연구소에서 종자연구(블루베리, 아로니아 등)를 해 오다가, 2017.6.23. 농업경영체 등록을 하고 경작지인 대구광역시 동구 OOO 외 5필지(면적은 8,144㎡이고 이하 “쟁점외경작지”라고 한다)에서 농작물(블루베리, 아로니아 등)을 경작하고 쟁점외상속주택과 쟁점외신규주택를 오가면서 거주하고 있다. 그런데 농업경영체의 유지 및 농자재의 염가구매를 위해서는 지역농협의 조합원 자격을 유지하여야 하고(「농업협동조합법」 제19조) 이를 위해서는 앞서 제시한 실제 거주방식(쟁점외상속주택과 쟁점외신규주택을 오가면서 거주한 것)과 다르게 쟁점외경작지가 소재한 쟁점외상속주택에 주소를 두어야 했다.

청구인 세대는 배우자의 사망, 자녀들의 분가로 인한 1인 세대인데, 쟁점규정에 따라 청구인은 쟁점외신규주택의 취득일(2021.12.27.)부터 1년 이내인 2022.1.6. 쟁점외신규주택에 이사하였으나(처분청과 다툼이 없다), 앞서 제시하였듯이 ‘농업경영체 및 농자재 염가구매를 위한 지역농협의 조합원 자격 유지’라는 근무상의 형편에 따라 쟁점외신규주택의 전입신고만을 하지 못하였던 것이다. 비록 쟁점외상속주택의 소재지가 행정구역상 광역시 내의 읍ㆍ면에는 해당되지 않지만 1981.7.1. 전에는 면(경상북도 달성군 OOO)에 소재하였음(그 이후에 대구광역시에 편입되었다)을 감안하면 사실상 읍ㆍ면 소재로 보아야 한다. ‘조심 2023중220, 2023.8.22.’의 선결정례는 청구인의 사례와 사실상 같음(청구인처럼 전입신고를 하지 못하였으나 납세자 외의 세대원 전원이 이사하여 ‘이사 요건’을 충족하였고 해당 납세자만 농업경영체 및 지역농협의 조합원 자격 유지를 위해 농지 소재지에 주소를 두는 등 위 전입신고에 부득이한 사유가 있었음이 인정되었다)을 감안하면 청구인의 쟁점외종전주택의 양도에 대해서도 쟁점규정의 해석상 전입신고 미이행에 대한 부득이한 사유가 인정되어야 한다.

설령 쟁점외종전주택의 양도에 대하여 일시적 2주택 비과세를 적용할 수 없다 하더라도, 장기보유특별공제는 자산의 장기보유에 따른 물가상승률을 반영하는 것이 그 취지인데, 이를 배제하는 「소득세법」 제95조 제2항 본문 괄호 부분, 같은 법 제104조 제7항 제1호 제3호, 같은 법 시행령 제167조의10 제1항 제8호 및 제167조의3 제1항 제13호를 종합하면 장기보유특별공제 요건은 일시적 2주택 비과세의 요건상 신규주택 취득 요건(종전주택 취득 후 1년 내 취득)과 종전주택 양도요건(신규주택 취득 후 1년 내 양도) 및 1세대1주택의 보유요건(2년 이상)과 거주요건을 충족하면 족하다 할 것이고, 주민등록법상 전입신고를 하지 않았다고 하여 장기보유특별공제를 배제한다는 문언이 없으므로 전입신고를 하지 않은 경우도 장기보유특별공제는 인정되어야 하며, 신규주택이 투기목적이 없고 중복 소유기간이 일시적인 경우에는 장기보유특별공제 및 기본세율을 각 적용하여야 한다(청구인은 실제 이사를 하였고 중복보유기간은 11일에 불과하다).

나. 처분청 의견

쟁점규정은 강행규정이므로 쟁점주택의 양도에 대하여 일시적 2주택 비과세 및 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율로 과세하여야 한다.

(1) 쟁점규정은 강행규정이므로 쟁점시행령조항의 취지에 따라 종전주택과 신규주택의 중복보유기간이 단기인지에 불구하고 일시적 2주택 비과세가 배제되고, 이에 따라 장기보유특별공제의 적용도 배제되며 중과세율이 적용된다.

조세평등주의 및 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확정ㆍ유추해석하는 것이 허용되지 않으며, 특히 감면요건 중 명백히 특혜규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다. 2020.2.11. 쟁점시행령조항 제2호에 일시적 2주택 비과세의 요건으로 종전에 없던 여러 요건(취득 후 1년 이내에 신규주택에 이사하고 전입신고를 하되 일정한 요건을 충족한 경우 이사 요건에 한정하여 예외를 둔 것)에 관한 쟁점규정을 신설한 것은 쟁점시행령조항 제2호가 쟁점규정과 합하여 엄격한 해석을 요하는 특혜규정으로서 강행규정임을 뒷받침하는 것이다.

또한 「소득세법」 제104조 제7항 제3호 및 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 제7호 및 제13호에서 쟁점시행령조항을 포함한 같은 영 제155조에 따른 일시적 2주택 비과세가 적용되는 경우의 주택 및 상속일로부터 5년이 경과하지 않은 상속주택 등 일정한 요건을 갖춘 주택에 한정하여 주택 수 계산에서 제외하고(종전주택과 신규주택의 중복보유기간의 장단에 따른 기준은 없다) 3주택 이상인 경우 중과세율을 적용하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제95조 제2항에서 같은 법 시행령 제104조 제7항에 따른 자산, 1세대3주택에 대해서는 장기보유특별공제를 배제하도록 규정하고 있다.

(2)청구인은 쟁점규정의 전입신고 요건을 충족하지 못하였으므로 쟁점종전주택의 양도에 대하여 일시적 2주택 비과세를 배제하고, 이에 따라 장기보유특별공제의 배제 후 중과세율로 과세하여야 한다.

청구인이 쟁점외신규주택을 취득(2021.12.27.)한 후 1년 이내인 2022.1.6. 이사한 사실은 쟁점거래에 대한 조사 당시 제출받은 증빙(이사업체 견적서, 입주자명부 작성 내역)을 통해 추정가능하나, 쟁점규정은 이사 외에 전입신고도 완료해야 충족되므로 청구인이 현재까지 쟁점신규주택에 전입신고를 하지 않은 것은 결국 쟁점규정을 충족하지 못한 것이다.

한편 청구인은 쟁점규정에 따른 전입신고 요건을 충족하지 못한 사유로 ‘농업경영체 및 지역농협 자격의 유지’를 제시하고 그 사유가 ‘근무상 형편’이라고 주장하나, ①근무상의 형편은 임금 등의 대가를 받는 경우에 해당하고, 양도소득세 비과세의 요건 판정시 근무상 형편을 감안하는 이유는 통상 근로자는 사용자의 정당한 전근명령 등에 대해 주거지를 이전하는 불이익을 감수하고라도 이를 따를 수밖에 없을 것이므로 그와 같은 부득이한 경우에는 주택의 양도에 따른 소득세를 비과세하여 근로자의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하려는 데에 양도소득세 비과세 규정의 입법취지가 있다 할 것이므로, 사업상의 형편으로 인한 경우를 비과세로 정하지 않거나 근무상의 형편에 사업상의 형편이 포함되는 것으로 해석하지 않는다고 하여 사업자를 합리적인 이유없이 과도하게 차별하는 것으로 볼 수 없다 할 것인바(서울고등법원 2009.9.3. 선고 2009누7372 판결, 같은 뜻임), 청구인과 같이 농업을 경영하는 하는 경우를 근로자로 볼 수 없다. ②또한 설령 청구인의 경우를 ‘근무상 형편’에 포함할 수 있다 하더라도, ‘부득이한 사유’로 인정받으려면 「소득세법 시행규칙」 제71조 제3항에 따라 근무상 형편으로 다른 시ㆍ군으로, 광역시의 경우 구지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우에 해당되어야 하는데, 청구인은 구지역 간에 주거를 이전(2020.4.20. 대구광역시 수성구의 쟁점종전주택에서 같은 시 동구로 이전하였다)하였으므로 해당 요건을 충족하지 못하였다.

또한 청구인은 설령 쟁점규정에 따라 쟁점종전주택의 양도에 대하여 일시적 2주택 비과세를 적용받을 수 없더라도 장기보유특별공제를 적용하여 기본세율로 과세하여야 한다고 주장하나, 장기보유특별공제의 적용과 기본세율의 적용은 쟁점시행령조항의 적용을 전제로 하므로 쟁점종전주택의 양도에 대하여 쟁점규정의 요건 미충족으로 쟁점시행령조항을 적용할 수 없다고 보는 이상, 청구인이 쟁점종전주택의 양도 당시 쟁점외상속주택과 쟁점외신규주택을 보유하여 3주택자에 해당되는 것으로 보아야 하므로 쟁점종전주택의 양도에 대하여 「소득세법」 제95조 제2항에 따라 장기보유특별공제를 배제하고, 제104조 제7항 제3호, 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 제7호 및 제13호에 따라 중과세율로 과세하여야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 구「소득세법 시행령」 제155조 제1항 제2호 가목에 따른 신규주택 전입요건을 미충족한 것으로 보아 종전주택의 양도에 대하여 1세대1주택 비과세 및 1세대1주택자에 대한 장기보유특별공제를 배제하고 1세대3주택자(상속주택 포함)에 대한 중과세율(30%p)을 적용한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다.

(가)청구인은 1996.12.9. 쟁점외상속주택을, 2007.3.7. 쟁점종전주택을, 2021.12.27. 쟁점외신규주택을 각 취득하였다가, 2022.1.7. 쟁점종전주택을 양도하고, 2022.1.26. 쟁점시행령조항 및 제2항에 따른 일시적 2주택 비과세를, 양도소득 OOO원 초과분 양도차익에 대하여 장기보유특별공제 및 기본세율을 각 적용하여 2022년 귀속 양도소득세를 예정신고ㆍ납부하였다.

(나)청구인은 2020.4.20. 전에는 쟁점종전주택에 주소를 두었다가 그 이후에 쟁점외상속주택에 주소를 이전하였고 쟁점외신규주택의 취득일(2021.12.27.) 이후 1년 이내 기간의 종료일인 2022.12.27.까지 쟁점외신규주택에 전입신고를 하지 않았다.

(2) 청구인이 제출한 심리자료는 아래와 같다.

(가)청구인 세대는 배우자의 사망, 자녀들의 분가로 인한 1인 세대로, 쟁점시행령조항 제2조 가목에 따라 청구인은 쟁점외신규주택의 취득일(2021.12.27.)부터 1년 이내인 2022.1.6. 쟁점외신규주택에 이사하였다고 주장하면서, 이사업체 계약서(견적서) 및 쟁점외신규주택의 입주자명부ㆍ도시가스 사용내역서ㆍ관리비 납부확인서를 제출하였다.

(나)청구인은 농학박사로서 평생 농업연구개발에만 종사하여 왔고, 2012년 9월부터 지금까지 농업연구소에서 종자연구를 해 오다가, 2017.6.23. 농업경영체 등록을 하고 쟁점외경작지에서 농작물(블루베리, 아로니아 등)을 경작하면서 쟁점외상속주택과 쟁점외신규주택에서 거주하고 있는데 농업경영체의 유지 및 농자재의 염가구매를 위해서는 지역농협의 조합원 자격을 유지하여야 하고 이를 위해서는 앞서 제시한 실제 거주방식과 다르게 쟁점외경작지가 소재한 쟁점외상속주택에 주소를 두어야 했다고 주장하면서, 청구인의 이력서, 쟁점외상속주택의 공과금(상하수도요금, 물이용부담금, 전기요금) 납부확인서(또는 계약정보), 농자재 구입내역(지역농협 및 소매점)을 제출하였다.

(나)청구인은 쟁점규정의 입법취지가 실수요자 주택 취득 및 투기소요 억제라고 주장하면서 쟁점규정의 도입 당시 기획재정부의 정부안 내용을 제출하였고, 쟁점외상속주택이 속한 행정구역이 대구광역시에 편입되기 전에 면지역이었다고 주장하면서 관련 연혁을 제출하였다.

(3)기획재정부가 발간한 ‘2019간추린 개정세법’을 보면, 조정대상지역 내 일시적 2주택 보유자(조정대상지역 내에 종전주택이 있는 상태에서 조정대상지역에 신규주택 취득시)에 대하여 종전에는 2년 이내에 종전 주택을 양도하면 일시적 2주택 비과세를 적용하였는데, 신규주택 취득 후 1년 이내에 전입하고 1년 이내에 종전주택을 양도한 경우에만 해당 비과세를 적용하도록 하되, 세대구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우에도 세대전원이 이사한 것으로 보는 부득이한 사유를 두는 등 비과세 요건을 추가하는 개정을 하였으며, 개정이유는 ‘실수요 중심 주택 구입 유도 및 투기 수요 억제’인 것으로 나타난다.

(4)청구인과 처분청은 2025.12.23. 개최된 조세심판관회의에 참석하여, 당초 청구주장과 이에 대한 답변과 같은 취지로 진술하였고, 청구인은 추가로 현재 고령임에도 평생 종사한 종자 연구와 선대(부모)에 이어서 쟁점외경작지의 경작을 하면서 연금소득과 더불어 쟁점외경작지에서 수확하는 농작물로 생계를 유지하고 있으며, 쟁점신축주택을 실수요 목적으로 취득하였다는 취지로 진술하면서, 2025.8.22. 청구인이 쟁점외신규주택에 주소를 이전한 내용이 기재된 주민등록초본, 2025.9.9. 한국주택금융공사가 발급한 등기완료통지서(청구인이 쟁점외신규주택을 한국주택금융공사에 담보로 제공한 사실이 기재되어 있고, 청구인은 이를 통해 청구인이 쟁점외신규주택을 담보로 주택연금을 받고 있다고 주장한다), 호트팜연구소의 재직증명서(사업자등록증 및 청구인의 명함 포함), 소득금액증명(2022년 귀속 연금소득 OOO원 상당이 기재되어 있다), OOO농헙협동조합장이 2025.12.15. 발급한 조합원증명서를 각 제출하였다.

(5)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점규정에 따라 쟁점신규주택에 전입신고를 하지 않아서 쟁점시행령조항에 따른 일시적 2주택 비과세 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과하였으나, 아래와 같은 이유 등에 비추어, 쟁점종전주택의 양도에 대하여 쟁점시행령조항에 따른 일시적 2주택 비과세를 적용(그 적용에 따른 장기보유특별공제 및 기본세율의 적용 포함)하는 것이 타당하다 할 것이므로, 처분청이 그 적용을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(2023중220, 2023.8.22., 같은 뜻임).

(가)쟁점규정에서 전입신고요건을 둔 것은 실거주하지 않고 투기목적으로 주택을 구입할 경우에는 1세대1주택 특례규정을 배제하기 위한 강화된 주택정책에 따른 것이라 할 것인바, 비록 청구인이 2021.12.27. 쟁점외신규주택을 취득하고 1년 이내에 쟁점외신규주택에 전입신고를 하지 못하였으나 그 취득 후 10일 후인 2022.1.6. 쟁점외신규주택에 이사한 사실에 대해서는 처분청과 청구인 간에 다툼이 없는바 쟁점규정에 따른 ‘이사’ 요건을 충족한 것으로 보이고, 그 취득 후 11일 후인 2022.1.7. 쟁점종전주택을 양도하고 2025.8.22. 쟁점외신규주택에 전입신고를 한 후 쟁점외신규주택을 담보로 주택연금을 수취하고 있음을 감안하면 청구인이 투기 목적 없이 쟁점외신규주택을 실제 거주목적으로 취득하였다 할 것이다.

(나)비록 청구인이 쟁점외신규주택의 취득일인 2021.12.27.로부터 1년이 경과한 2025.8.22. 쟁점외신규주택에 대한 전입신고를 하였으나 청구인이 제출한 농업경영체등록확인서, 지역농협의 조합원 증명서, 농자재 구입증명서 등을 보면 위 기간 중에는 청구인의 부모가 거주하면서 쟁점외경작지를 경작하고 청구인이 성장한 쟁점외상속주택에 주소를 두고 쟁점외상속주택과 쟁점외신규주택을 오가면서 거주하였고 이는 농업경영체등록 및 지역농협의 조합원 자격을 유지하면서 선대에 이어서 쟁점외경작지를 경작하기 위한 목적으로 보이며, 청구인이 제출한 소득금액증명 등을 보면 소액의 연금소득(쟁점종전주택의 양도일이 속한 2022년 귀속 939만원 상당이다) 외에 다른 소득이 없어서 쟁점외경작지에서 수확한 농작물과 그 판매소득은 청구인의 생계유지에 필요한 것으로 보이는바, 쟁점외신규주택으로 이사한 후 전입신고를 기한 내에 하지 못한 것에 부득이한 사유가 있다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 국세기본법

제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

(2) 소득세법(2022.12.31. 법률 제19196호로 일부개정되기 전의 것)

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가.1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나.1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. (표 생략)

제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산

제55조 제1항에 따른 세율(분양권의 경우에는 양도소득 과세표준의 100분의 60)

⑦다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. (후단 생략)

1.「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2.조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3.조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

4.조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

(3) 소득세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 일부개정되기 전의 것)

제154조(1세대1주택의 범위) ①법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

1.「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택 또는 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의2에 따른 공공건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 건설임대주택의 임차일부터 해당 주택의 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년 이상인 경우

2.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. (후단 생략)

가.주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우

나.「해외이주법」에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우. (단서 생략)

다.1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 취학 또는 근무상의 형편으로 세대전원이 출국하는 경우. (단서 생략)

3.1년 이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우

⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다.

제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (후단 생략)

1.신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

2.ㆍ종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우. 다만, 신규 주택의 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 명백한 증명서류에 의해 확인되고 그 임대차기간이 끝나는 날이 신규 주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 다음 각 목의 기간을 전 소유자와 임차인간의 임대차계약 종료일까지로 하되, 신규 주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규 주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다.

가.신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고 「주민등록법」 제16조에 따라 전입신고를 마친 경우

나.신규 주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

② 상속받은 주택[조합원입주권 또는 분양권을 상속받아 사업시행 완료 후 취득한 신축주택을 포함하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택{상속받은 1주택이 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업(이하 "재개발사업"이라 한다), 재건축사업(이하 "재건축사업"이라 한다) 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업(이하 "소규모재건축사업"이라 한다)의 시행으로 2 이상의 주택이 된 경우를 포함한다}을 소유한 경우에는 다음 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다]과 그 밖의 주택(상속개시 당시 보유한 주택 또는 상속개시 당시 보유한 조합원입주권이나 분양권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택만 해당하며, 상속개시일부터 소급하여 2년 이내에 피상속인으로부터 증여받은 주택 또는 증여받은 조합원입주권이나 분양권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택은 제외한다. 이하 이 항에서 "일반주택"이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (단서 및 각호 생략)

제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

1.수도권 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 「지방자치법」 제3조 제3항ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」 제6조제3항에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 않는 주택

7.제155조 제2항에 해당하는 상속받은 주택(상속받은 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)

13. 제155조 또는 「조세특례제한법」에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택

제167조의10(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

8.1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택[다른 주택을 취득한 날부터 3년이 지나지 아니한 경우(3년이 지난 경우로서 제155조 제18항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함한다)에 한정한다]

(4) 소득세법 시행규칙

제71조(1세대1주택의 범위) ③ 영 제154조 제1항 제1호 및 제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유"란 세대의 구성원 중 일부(영 제154조 제1항 제1호의 경우를 말한다) 또는 세대전원(영 제154조 제1항 제3호의 경우를 말한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시(특별시, 광역시, 특별자치시 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조, 제72조 및 제75조의2에서 같다)ㆍ군으로 주거를 이전하는 경우(광역시지역 안에서 구지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우와 특별자치시, 「지방자치법」 제7조 제2항에 따라 설치된 도농복합형태의 시지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시 안에서 동지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우를 포함한다. 이하 이 조, 제72조 및 제75조의2에서 같다)를 말한다.

1.「초ㆍ중등교육법」에 따른 학교(초등학교 및 중학교를 제외한다) 및 「고등교육법」에 따른 학교에의 취학

2. 직장의 변경이나 전근등 근무상의 형편

3. 1년 이상의 치료나 요양을 필요로 하는 질병의 치료 또는 요양

4.「학교폭력예방 및 대책에 관한 법률」에 따른 학교폭력으로 인한 전학(괄호 생략)

(5) 주민등록법

제16조(거주지의 이동) ①하나의 세대에 속하는 자의 전원 또는 그 일부가 거주지를 이동하면 제11조나 제12조에 따른 신고의무자가 신거주지에 전입한 날부터 14일 이내에 신거주지의 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 전입신고(轉入申告)를 하여야 한다.

(6) 농업협동조합법

제19조(조합원의 자격) ①조합원은 지역농협의 구역에 주소, 거소(居所)나 사업장이 있는 농업인이어야 하며, 둘 이상의 지역농협에 가입할 수 없다.

【관련법령】

「소득세법」 제89조,「같은 법 시행령」 제155조