특별행정심판례정보

【세목】

법인

【재결요지】

쟁점지붕공사 지출이 태양광 발전설비에 필수적으로 요구되는 지출인지, 공장건축물의 자본적 지출인지 명확하게 구분된다고 보기 어렵고, 쟁점지붕공사와 태양광 설비공사가 별도로 수행되었거나, 지붕공사 없이 설치된 태양광발전 설비가 다수 존재하는바, 청구주장은 받아들이기 어려움

【주문】

심판청구를 기각한다.

【이유】

1. 처분개요

가. 청구법인은 1992.11.27. 설립되어 2020년부터 태양광발전소 건설 등을 주요 사업으로 영위하고 있는 법인으로, 2021~2024사업연도에 태양광 발전설비를 설치하면서 태양광 발전설비가 설치되는 지붕에 대한 방수, 보강 등의 공사(이하 “쟁점지붕공사”라 하고, 쟁점지붕공사와 태양광 발전설비 설치 공사를 합하여 “쟁점공사”라 한다)를 실시하였는바, <표1>과 같이 쟁점공사 투자 내역을 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제24조의 통합투자세액공제 대상으로 보고 2025.9.30. 2021~2024사업연도의 법인세 세액공제에 반영하여 경정청구 하였다.

<표1> 청구법인의 쟁점공사 투자 내역

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나. 처분청은 2025.12.22. 태양광 발전설비 투자액에 대해서는 세액공제를 적용하는 한편, 쟁점지붕공사를 청구법인의 태양광 발전설비의 세액공제 대상으로 판단할 근거가 없음을 사유로 세액공제를 적용하지 아니한다는 경정청구 처리 결과를 청구법인에 통지하였다.

<표2> 청구법인 경정청구 내역 및 처분청 경정 내역

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* 전체 경정청구 내역 중 쟁점지붕공사 이월세액공제 합계 OOO원(2023사업연도 OOO원, 2024사업연도 OOO원) 차감

다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.3.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점지붕공사는 태양광 발전설비의 안정적 운영을 위한 핵심 요소로서 태양광 발전설비 설치 전 필수적으로 이행되어야 하므로 조특법 제24조의 통합투자세액공제 대상에 포함되어야 한다.

(가) 태양광 발전설비는 그 무게와 진동으로 인해 설치 위치에 보강 공사가 필수적인바, 보강 공사 없이 태양광 발전설비를 설치한 이후 지붕에 누수 또는 부식 등이 발생하면 태양광 발전설비를 제거하고 다시 설치함에 따라 소요되는 비용, 그간 태양광 설비를 운용하지 못함에 따라 발생하는 기회비용 등 경제적 손실이 막대하게 발생한다.

(나) 쟁점지붕공사가 필수적인 이유를 정리하면 <표3>과 같고, 태양광 설비업체가 설치 대상 현장을 사전 점검한 후 사업계획서를 제출하기 전에 제출하는 사전검토서에는 지붕 방수ㆍ보수ㆍ도색공사 등의 필요성이 포함되어 있는바, 이는 실무적으로도 쟁점지붕공사가 태양광 발전사업을 영위하기 위한 필수적 절차임을 뒷받침한다.

<표3> 쟁점 지붕공사가 태양광 발전설비 설치에 필수적인 이유

(다) 정부는 환경 파괴를 최소화하면서도 신재생에너지를 효율적으로 보급하기 위해 공장 등 유휴 설비나 기존 건축물을 활용해 태양광 발전사업을 영위하도록 유도하고 있는바, 쟁점지붕공사는 태양광 발전사업의 정책 취지와 경제적 효익을 실현하기 위한 전제조건이다.

(라) 쟁점지붕공사비는 「법인세법 시행령」 제72조 제2항에 따라 태양광 발전설비의 취득원가에 포함되며, 투자세액공제 적용 시 투자금액에 포함된다.

국세청은 ‘투자금액의 범위’를 자산 취득을 위해 직접 지출된 기타 비용 중 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 규정에 따라 취득가액으로 계상되는 금액을 포함하는 것으로 본다(서면-2015-법인-0139, 2015.10.1., 서면법규과-1385, 2013.12.20., 법인 46012-178, 2022.3.27., 같은 뜻임).

쟁점지붕공사비의 경우, 청구법인이 태양광 발전설비를 설치하지 않았다면 지출하지 않았을 비용이고 기업회계기준(한국채택국제회계기준)에 따라 쟁점지붕공사비를 태양광 발전설비의 취득원가에 포함하여 회계처리하고 있는바, 특별한 사정이 없는 한 법인세법상 자산의 취득가액은 기업회계기준과 동일하므로 쟁점지붕공사는 태양광 발전설비 취득을 위한 필수 부대공사임이 명확하다.

(2) 처분청 의견에 대한 항변 내용은 다음과 같다.

(가) 처분청은 청구법인이 쟁점지붕공사의 계약 주체이지 공사 완료시 이를 최종적으로 소유하고 감가상각할 업체가 아니라고 주장하나, 청구법인은 쟁점지붕공사 관련 지출액을 태양광 발전설비의 취득원가로 계상하고 매년 감가상각을 수행하고 있다.

청구법인은 2025년 코스닥에 상장된 법인으로 그동안 회계감사 결과 재무제표에 대한 적정의견을 받았는바, 쟁점지붕공사에 따른 지출액을 태양광 발전설비의 부대비용으로 계상한 회계처리는 기업회계기준에 부합한 것으로 외부감사를 통해 그 적격성은 공인되었다.

(나) 처분청은 타인 소유의 공장 지붕에 대해 청구법인이 관리 권한이 없고 해당 공장이 태양광 발전설비 전용으로 사용되는 건물이 아니므로 쟁점지붕공사와 관련한 지출액을 청구법인의 세액공제 대상 투자로 볼 수 없다고 주장하나, 조특법 등 관련 법령에서 사업자가 임차한 건물 등에 사업에 사용할 자산을 취득하는 경우 세액공제를 배제하는 규정은 존재하지 아니하고 임차시설에 투자를 한 경우에 세액공제를 적용받을 수 있다는 해석도 다수 존재한다.

청구법인이 임대인과 체결한 임대차계약서는 ① 임대인은 태양광 발전설비가 설치되는 목적물(지붕)을 제공하고 청구법인의 배타적 사용권리를 보장하고 있고 ② 청구법인은 태양광 발전설비에 대한 시공, 운영 및 유지ㆍ관리를 성실하게 이행하고 임대인에 손해를 입혔을 경우 청구법인이 발생한 모든 손해를 배상하도록 하고 있는바, 청구법인이 태양광 발전설비가 설치되는 공장 지붕에 대한 모든 권리를 부여받고 모든 의무를 부담한다.

또한, 청구법인의 태양광 발전설비는 공장 지붕에만 설치되는바, 공장 전체가 태양광 발전설비의 전용 건물일 필요가 없고 공장 전체에 대한 관리 권한을 청구법인이 소유할 필요도 없다.

(다) 처분청은 쟁점지붕공사는 공장 건물의 내구성을 강화하는 공정으로 건물의 가치 변동 등 그 효익이 임대인에게 귀속되어 세액공제 대상이 될 수 없다고 주장하나, 쟁점지붕공사는 태양광 발전설비의 구조적 안정성과 전기적 안정성을 확보하고 발전 효율을 상승시키므로 쟁점 지붕공사로 인한 효익은 태양광 발전설비를 설치하여 운용하는 청구법인에게 귀속됨은 명백하며, 쟁점지붕공사의 결과로 공장 건물 자체의 구조나 형태에 변화가 발생하지 않으므로 지붕이 속한 건물의 가치가 변동하는 것은 아니다.

(라) 처분청은 본 건으로 청구법인이 법인세를 환급받는 경우 이중세액공제 문제가 발생할 수 있다고 주장하나, 쟁점지붕공사에 대한 지출액은 회계기준과 법인세법에 의거하여 청구법인의 태양광 발전시설의 취득원가 포함되고 공장 임대인 또는 제3자의 자산을 구성하지 않는다.

조특법 시행령 제21조 제7항에 의해 투자세액공제의 투자금액은 실제로 지출한 금액을 기초로 산정되는바 청구법인이 쟁점지붕공사로 인한 비용을 전액 부담하는 상황에서 청구법인 외의 제3자가 세액공제를 적용받는 것도 원천적으로 불가능하다.

(마) 처분청은 청구법인이 쟁점지붕공사가 태양광 발전설비를 안정적으로 영위하기 위한 필수적인 공사라고 주장하면서도 2022년까지 쟁점지붕공사가 전혀 발생하지 않아 쟁점지붕공사가 필수적인 공사라고 볼 수 없다고 주장하나, 청구법인은 2013년부터 2022년까지는 공장 지붕이 노후화되지 아니한 양호한 구역에 우선적으로 태양광 발전설비를 설치하여 쟁점지붕공사가 불필요하였고 이후 동일 공장 내 잔여 구역에 추가로 태양광 발전설비를 설치하면서 쟁점지붕공사를 필수적으로 진행한 것이다.

(바) 처분청은 쟁점지붕공사 관련 지출액이 태양광 발전설비의 원가에 해당함은 인정하면서도 타법인 소유 공장의 가치가 변동될 뿐 태양광 발전설비의 필수적 공사가 아니므로 세액공제 대상 투자액으로 인정할 수 없다고 주장하나, 하나의 지출을 두고 법인세법상으로는 태양광 발전설비의 원가로 보아 감가상각을 허용하면서도 조특법상 투자세액공제 여부 판단 시에는 타인 소유 건물의 가치를 증대시키는 비용이라고 보는 것은 관련 법령을 오인한 판단이다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점지붕공사는 태양광 발전설비 설치의 부대공사로서 태양광 발전설비가 설치되는 타법인 소유 건물의 지붕 방수ㆍ보수ㆍ도색 공사는 태양광 발전설비의 직접적이고 필수적 공사로 볼 수 없으므로 세액공제 대상 투자액에서 제외한 처분청의 처분은 정당하다.

(가) 처분청이 청구법인에게 요청하여 제출받은 26개 계약업체와의 계약서를 검토한 결과, 계약의 주체는 청구법인이나 공사 완료시 이를 최종 소유하고 유형자산으로 감가상각할 업체는 청구법인이 아님을 확인하였다.

(나) 처분청이 청구법인의 쟁점지붕공사 관련 계약서, 세금계산서, 대금 증빙 등 관련 서류를 검토한 결과 태양광 발전설비가 설치되는 공장은 청구법인 소유가 아닌 타법인의 소유로서 청구인이 주장하는 노후화, 방수기능 저하 등의 문제가 발생하는 경우에도 공장 전체의 관리 권한을 청구법인이 소유하고 있다고 보기 어렵고, 태양광 발전설비가 설치되는 공장은 태양광 발전설비 전용으로 사용되는 공장으로 보기 어려워 어떤 설비가 가동 중인지 알 수 없고 그 소유권도 청구법인이 아닌 것으로 확인하였다.

(다) 쟁점지붕공사는 타법인 소유 공장 지붕에 대한 공사로 청구외 법인 소유 공장의 가치가 변동되는 사항에 불과하므로 이를 청구법인의 태양광 발전설비의 필수적인 공사에 해당하여 통합투자세액공제 대상 투자액으로 볼 근거가 없다.

(라) 청구법인이 세액공제를 통해 법인세를 환급받는 경우에도 관련 공사를 최종적으로 취득하는 법인도 통합투자세액공제 신청 및 환급을 받을 것이므로 거래 단계별 이중세액공제 문제도 발생할 우려가 있다.

(2) 청구법인 항변에 대한 처분청의 의견은 아래와 같다.

(가) 처분청은 청구법인에 경정청구에 대한 보정자료를 요구하면서 쟁점지붕공사를 통합투자세액공제를 신청한 구체적 사유를 요구하였으나, 청구법인은 쟁점지붕공사를 태양광 발전설비의 안정적 운영을 위한 필수적인 공사라고 주장하면서도 2022년까지 태양광 발전설비 공사에 쟁점지붕공사를 전혀 수행하지 않고 2023년 이후부터 쟁점지붕공사가 수행된 사유에 대해서 정확한 답변을 제시하지 못했다.

(나) 청구법인의 태양광 발전설비 설치공사에는 설계 및 대관업무, 재료비(직접 및 간접), 구조물 등 설치공사비, 보험료 등 기타 비용을 포함하고 있고 쟁점지붕공사는 이와 별도로 사전 또는 사후에 태양광 발전설비를 안정적으로 영위하기 위한 추가적 공사로 확인되는바, 쟁점지붕공사가 다른 발전설비 운영의 직접적이고 필수적인 설비에 해당하는 것으로 볼 근거가 없다.

(다) 처분청은 청구법인의 계열사가 소유한 공장 지붕에 설치하는 태양광 발전설비 설치와 관련하여 쟁점지붕공사를 필요한 공사로 보고 원가성을 인정하는 것에는 의견을 같이하나, 타법인 소유 공장 지붕에 대한 쟁점지붕공사는 타법인 소유 공장의 가치가 변동되는 사항일 뿐 청구법인이 전체 태양광 발전설비의 필수적 공사로서 통합투자세액공제 대상 투자액으로 볼 근거는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점지붕공사가 조특법 제24조의 통합투자세액공제 대상이 되는 투자에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등 : <별지> 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 처분청이 2025.12.17. 청구법인에 통지한 경정청구 처리 결과에는 청구법인이 세액공제를 신청한 부대공사비 부인 결정 사유로 “공장지붕의 도색, 보수, 방수공사 등은 지붕 재질의 부식방지와 내구성 강화를 위한 필수공정이나, 이를 청구법인 태양광발전설비의 세액공제 대상투자액으로 판단할 근거가 없음”으로 기재되어 있다.

(나) 청구법인은 아래 <표4>와 같이 2023~2024사업연도 쟁점지붕공사를 실시한 것으로 나타난다.

<표4> 2023~2024사업연도 쟁점지붕공사 내역

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(다) 청구법인은 쟁점지붕공사 관련 공급가액을 태양광발전설비 취득가액에 포함하여 감가상각을 하고 있고, 쟁점 지붕공사에 따른 지출액을 태양광발전설비의 부대비용으로 계상한 회계처리가 기업회계기준에 부합한다는 것을 입증하기 위한 자료로 2024년 감사보고서 유형자산 주석을 제출한 것으로 나타난다.

(라) 청구법인이 A 주식회사와 체결한 OOO에서 시행되는 태양광 발전사업 관련한 부동산 임대차 계약서에 따르면, 태양광 발전설비가 설치되는 목적물(건물지붕)에 대한 청구법인의 배타적 사용 권리가 보장되어 있고, 청구법인은 태양광 발전설비에 대한 시공, 운영 및 유지ㆍ관리를 성실하게 이행하며 임대인에 손해를 입혔을 경우 청구법인은 발생한 모든 손해를 배상하도록 하고 있는 것으로 나타난다.

(마) 처분청이 제시한 청구법인과 공사업체와의 계약서에 따르면 태양광 발전설비 설치공사에 설계 및 대관업무, 재료비, 구조물 등 설치공사비, 보험료 등을 포함하고 있으며, 쟁점지붕공사는 태양광 발전설비 설치공사와 별도로 추가 진행된 것으로 나타난다.

(2) 국세청에서 발간한 ‘2021 개정세법 해설’에는 종전 중소기업등 투자세액공제, 특정시설 투자세액공제 등 기업투자 관련 세액공제 제도를 통합투자세액공제로 통합ㆍ단순화하고 공제대상도 네거티브 방식으로 전환한다고 나타난다.

<사진> 2021년 개정세법 해설(통합투자세액공제 신설)

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(3) 신ㆍ재생에너지 설비의 지원 등에 관한 규정(기후에너지환경부고시)의 위임에 따라 한국에너지공단에서 제정한 신ㆍ재생에너지 설비의 지원 등에 관한 지침상 ‘태양광설비 시공기준’에는 다음과 같은 사항이 나타난다.

<표5> 신ㆍ재생에너지 설비의 지원 등에 관한 지침 일부 발췌

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(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

대법원은 2021년 조특법 개정으로 통합투자세액공제가 도입되기 전 생산성향상시설 투자세액 공제 적용 기준에 대해 세액공제 조항에 따른 생산성향상시설 투자세액 공제제도는 내국인이 생산성향상시설에 투자하는 경우 투자금액의 일부를 세액공제함으로써 생산성향상시설에 대한 기업의 투자를 촉진하여 기업의 생산성 및 경쟁력을 제고하고자 하는 데 그 취지가 있고, 이는 정책적 목적을 위하여 상당한 특혜를 주는 제도이므로 그 목적에 부합하는 범위에서 제한적으로 적용되어야 하며, 생산성향상시설의 취득에 직접적으로 대응하여 지출된 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 하고, 단지 취득 과정에 부수적으로 수반하여 지출된 비용이거나 취득에 간접적으로만 기여하는 비용은 이 사건 세액공제 조항에서의 투자금액에 포함되지 않는다고 보아야 하며, 세액공제 조항이 정한 투자세액공제 대상인 투자금액에 해당하는지 여부는, 주장되는 지출이 생산성향상시설에 속하는 자산의 취득을 위한 의도에서 이루어진 것이었는지, 이러한 지출이 자산의 취득을 위해 필수적으로 요구됨에 따라 만일 그와 같은 지출이 없었더라면 생산성향상시설에 속하는 자산을 취득하는 것이 곤란하였는지, 해당 지출이 신뢰성과 정확성이 구비된 계약서, 회계자료 등의 기초자료를 토대로 다른 목적의 지출과 객관적으로 구분되고 그 구분 기준이 합리적인지 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(OOO)고 판시한바, 이와 같은 법리는 통합투자세액공제 제도에도 동일하게 적용된다고 보는 것이 합리적이라 할 것이다.

청구법인은 쟁점지붕공사비는 태양광 발전설비의 설치 및 안정적 운영에 필요한 필수적 지출로서, 태양광 발전설비가 설치되지 않았으면 발생하지 않았을 비용이므로 조특법 제24조의 통합투자세액공제 대상에 해당한다고 주장하나, 쟁점지붕공사가 태양광 발전설비 설치의 안정성 및 효율성에 기여한다는 구체적이고 객관적인 입증자료를 제시하지 않아 쟁점지붕공사를 위한 지출이 태양광 발전설비의 취득을 위해 필수적으로 요구되는 지출인지, 태양광 발전설비가 설치된 공장 건축물의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비로서 해당 건축물의 자본적 지출인지 명확하게 구분된다고 보기 어려운 점, 쟁점지붕공사를 위한 지출을 태양광 발전설비 관련 비용으로 본다고 하더라도 쟁점지붕공사는 태양광 발전설비 설치 공사와 별도로 수행된 것이므로 그 지출액을 태양광 발전설비의 취득을 위해 지출된 직접 비용으로 보기 어려운 점, 쟁점지붕공사 없이도 태양광 발전설비가 설치된 경우가 다수 존재하는 사실에 비추어 쟁점지붕공사에 대한 지출이 없었더라면 태양광 발전설비를 취득하는 것이 곤란하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법

제24조(통합투자세액공제) ① 대통령령으로 정하는 내국인이 제1호 가목 또는 나목에 해당하는 자산(중고품 및 대통령령으로 정하는 임대용 자산은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 투자(대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액 또는 제3호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제2호 및 제3호를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 납세의무자의 선택에 따라 그 중 하나만을 적용한다.

1. 공제대상 자산

가. 기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

나. 가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산

(2) 조세특례제한법 시행령

제21조(통합투자세액공제) ② 법 제24조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령으로 정하는 자산”이란 토지와 건축물 등 재정경제부령으로 정하는 자산을 말한다.

(3) 조세특례제한법 시행규칙

제12조(사업용자산의 범위 등) ① 영 제21조 제2항에서 “건축물 등 재정경제부령으로 정하는 자산”이란 별표 1의 건축물 등 사업용 유형자산을 말한다.

[별표1] (건축물 등 사업용 유형자산)

(4) 법인세법

제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다) : 매입가액에 부대비용을 더한 금액

1의2. 내국법인이 외국자회사를 인수하여 취득한 주식등으로서 대통령령으로 정하는 주식등 : 제18조의4에 따라 익금불산입된 수입배당금액, 인수 시점의 외국자회사의 이익잉여금 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산 : 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 그 밖의 자산 : 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5) 법인세법 시행령

제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

8. 그 밖의 방법으로 취득한 자산：취득당시의 시가

【관련법령】

「조세특례제한법」 제24조