특별행정심판례정보

【세목】

양도

【재결요지】

① 쟁점부동산의 매매계약은 쟁점거래에 적용되는 평가기간 내에 특수관계인이 아닌 자와 체결된 것으로, 쟁점매매가격은 상증세법령에 따른 시가에 해당하는 점, ㅇㅇㅇ은 매매당사자들을 상대로 제기한 민사소송 1심에서 패소하였고, 청구인들은 소송결과를 확인할 수 있는 판결문을 제시하지 아니하여, 달리 쟁점매매가격을 시가로 보기 어려운 사정도 나타나지 아니한 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨② 청구법인의 발행주식 1주당 순자산가치를 산정함에 있어 쟁점부동산의 시가를 쟁점매매가격이 아닌 기준시가로 반영한 데에 달리 정당한 사유가 없어 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

【주문】

심판청구를 기각한다.

【이유】

1. 처분개요

가. 주식회사 A(이하 “청구법인”이라 한다)은 OOO 및 그 지상 10층 근린생활시설(위 토지ㆍ건물을 합하여, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 소유하면서 각종 지류의 제조ㆍ도소매업과 부동산 개발ㆍ임대업을 영위하는 비상장법인으로, 청구인 AㆍBㆍC(이하 청구인 AㆍBㆍC을 각 이름으로 표기하고, 이들 모두와 청구법인을 합하여 이하 “청구인들”이라 한다) 등이 그 발행주식을 소유하고 있다.

나. A은 2022.6.27. 그 자녀인 B과 C에게 청구법인의 발행주식 각각 30,000주를 1주당 OOO원에 양도(이하 “쟁점거래①”이라 한다)한 후, 2022.7.4. 청구법인에게 청구법인의 발행주식 40,000주를 1주당 OOO원에 양도(이하 “쟁점거래②”라 한다)하였고, 청구 외 D은 2022.7.27. 그 조카인 B과 C에게 청구법인의 발행주식 각각 10,000주를 증여(이하 “쟁점거래③”이라 하고, 쟁점거래①, 쟁점거래②, 쟁점거래③을 모두 합하여 이하 “쟁점거래”라 한다)하였다.

<표1> 청구법인의 발행주식 거래내역

ㅇㅇㅇ

* BㆍC은 1주당 OOO원으로 평가하여 증여세를 신고하였음

다. 청구법인은 2022.8.31. 쟁점부동산(장부가액 약 OOO원)을 B㈜[구 C㈜]에게 OOO원(총 매매가격 OOO원에서 건물분 부가가치세를 뺀 금액으로, 이하 “쟁점매매가격”이라 한다)에 양도하는 매매계약을 체결한 후 2023.4.26. 소유권을 이전하였다.

라. 서울지방국세청장은 2024.8.5.∼2024.9.13. 기간 동안 청구인들에 대한 세무조사를 실시하여, 쟁점거래의 평가기간 내에 발생한 쟁점매매가격이 쟁점부동산의 시가에 해당하고, 쟁점매매가격을 반영하여 청구법인의 발행주식을 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 보충적 평가방법(순자산가치)에 따라 산정하면, 쟁점거래① 및 쟁점거래②에서의 가액은 1주당 OOO원으로, 쟁점거래③에서의 가액은 1주당 OOO원으로 각각 계산되므로, 청구인들에게 아래와 같이 과세하여야 한다는 내용의 조사결과를 통보하였다.

(1) 쟁점거래①과 관련하여, A이 특수관계인인 BㆍC에게 1주당 시가 OOO원인 주식을 저가(1주당 OOO원)에 양도하였으므로, 「소득세법」 제101조 제1항의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 저가양도액 OOO원[OOO]을 양도가액에 더해 A에게 양도소득세 및 증권거래세를 각 과세하여야 한다.

또한, A으로부터 청구법인 발행주식을 저가양수한 BㆍE에게 각각 상증세법 제35조 제1항에 따라 저가양수에 따른 증여이익 OOO원[OOO]에 대한 증여세를 과세(무신고)하여야 한다.

(2) 쟁점거래②와 관련하여, A이 특수관계인인 청구법인에게 1주당 시가 OOO원인 주식을 저가(1주당 OOO원)에 양도하였으므로, 저가양도액 OOO원[OOO]을 양도가액에 더하여 A에게 양도소득세 및 증권거래세를 각 과세하여야 한다.

또한, 「법인세법」 제15조 제2항에 따라 특수관계인인 A으로부터 유가증권을 저가에 매입한 청구법인에게 OOO원[OOO]을 익금산입하여 법인세를 과세하여야 한다.

한편, 쟁점거래②로 인하여, BㆍC은 상증세법 제45조의5에 따른 특정법인과의 거래를 통한 이익을 증여받았으므로, B에게 증여의제이익 OOO원, C에게 증여의제이익 OOO원에 대한 증여세를 각각 과세(무신고)하여야 한다.

(3) 쟁점거래③과 관련하여, 과소신고한 증여재산가액 OOO원[OOO]에 대한 증여세를 BㆍC에게 각각 과세하여야 한다.

마. 이에 따라 처분청들은 <별지2> 기재와 같이 청구인들에게 양도소득세 등을 각각 과세하였다.

바. 청구인들은 이에 불복하여 2025.1.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 청구인들이 청구법인의 발행주식을 거래하게 된 경위와 청구법인이 쟁점부동산을 양도하게 된 경위는 아래와 같다.

(가) 쟁점거래①의 거래경위는 아래와 같다.

A과 B 및 C은 특수관계인 사이의 거래에 따른 세무상 이슈 등을 방지하기 위해 쟁점거래①의 대상 주식의 가격에 대하여 상증세법상 비상장주식의 보충적 평가방법에 의하여 1주당 시가를 산정하되, 해당 시가에서 상증세법 제35조의 특수관계인 간에 저가 양수에 따른 이익의 증여에 해당하지 않는 범위(그 대가와 시가의 차액이 시가의 30% 이내) 내인 15%를 할인한 금액을 1주당 매매대금으로 정하기로 합의하였다.

이에 따라 A과 B 및 C은 세무법인이 상증세법상 보충적 평가방법으로 평가한 1주당 가액인 OOO원에서 15%를 할인한 금액인 OOO원을 1주당 매매대금으로 정하여, 2022.6.27. A이 B, C에게 청구법인 발행주식 각 30,000주를 각 OOO원(1주당 금액 OOO원×30,000주)에 매도하는 주식매매계약을 체결하였으며, BㆍC은 2022.6.27. 주식매수대금을 지급하였다.

(나) 쟁점거래②의 거래경위는 아래와 같다.

A은 2022년 6월경 청구법인의 발행주식 중 40,000주를 청구법인에게 양도하기로 합의하였고, 이에 따라 청구법인은 2022.6.28. 임시주주총회를 개최하여 그 주식 양수에 따른 자기주식 취득을 의결하였으며, 거래당사자들은 향후 발생할 수 있는 세무상의 문제를 예방하기 위하여 상증세법에서 정하는 비상장주식의 보충적 평가방법에 따라 계산한 금액을 기준으로 1주당 매매대금을 정하기로 합의하였다.

이에 매수인인 청구법인은 해당 주식을 상증세법상 보충적 평가방법으로 계산하기 위하여 세무법인에게 그 평가를 의뢰하였고, 해당 세무법인은 해당 주식의 1주당 가액을 OOO원으로 산정하였으며, A과 청구법인은 2022.6.29. 그 가액에 맞추어 해당 주식을 총 OOO원(OOO원×40,000주)에 매매하기로 하는 주식매매계약을 체결하였고, 청구법인은 2022.7.4. 주식매수대금을 지급하였다.

(다) 쟁점거래③의 거래경위는 아래와 같다.

B과 C의 이모인 D은 자신이 보유하던 청구법인 발행주식 20,000주(지분율 3.7%)를 2022년 7월경 BㆍC에게 각 10,000주씩 증여하였고, B과 C은 상증세법에서 정하는 비상장주식의 보충적 평가방법에 의하여 1주당 평가액(OOO원) 및 1주당 증여재산가액을 산정하여 증여세를 신고ㆍ납부하였다.

(라) 청구법인의 쟁점부동산 양도 경위는 아래와 같다.

OOO에서는 ‘OOO 도시환경정비사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)’이 2016년 10월 지구단위고시(서울 제2016-310호)에 의거 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다)에 따라 총 13개 구역으로 지정되어 진행되고 있었고, 쟁점부동산은 그 13개 구역 중 제2지구 도시환경정비사업구역에 속하고 있었다.

그 당시 제1지구 정비사업의 시행자인 C 주식회사가 제1지구 사업구역을 매입하여 인ㆍ허가 절차를 진행하고 있었는데, 그 진행과정에서 사업의 인허가를 담당하는 서울특별시 도시활성화과가 제1지구와 제2지구를 통합하여 개발할 것을 권고하였고, 결국 당초 예상과는 달리 제1지구 및 제2지구의 통합이 추진되게 되었으며, 그에 따라 청구법인의 의사와 관계 없이 제2지구에 위치한 쟁점부동산이 도시정비법 제63조 및 제65조에 따라 시세보다 훨씬 낮은 가격에 수용될 우려가 있었고, 그러한 과정에서 불가피하게 청구법인은 쟁점부동산을 매각할 수밖에 없었다.

이에 따라 청구법인은 2022.8.31. 쟁점부동산을 사업시행자에게 OOO원에 양도하기로 하는 매매계약을 체결하였고, 그 매수인은 2022.8.31. 계약금 OOO원 및 중도금 OOO원을, 2023.4.26. 잔금 OOO원을 청구법인에게 각 지급한 후 2023.4.26. 소유권이전등기를 경료하였다.

(2) 청구인들은 청구법인 발행주식을 거래하면서 상증세법에 따라 적법하게 산정한 보충적 평가방법에 따른 평가액 등으로 적법하게 거래하였고, 이후 A은 발행주식의 매매당사자들을 상대로 민사소송을 제기하였으므로, 그 소송결과를 반영하여 이 건 처분의 적법 여부를 다투어야 한다.

위에서 본 바와 같이 청구인들은 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 산정한 1주당 가액을 기준으로 적법하게 거래하였으나, 사후적으로 불가피하게 쟁점부동산의 거래가 발생한 것이다.

이에 따라 A은 청구법인 및 BㆍC을 상대로 청구법인 발행주식의 1주당 가액인 OOO원을 기준으로 한 매매대금에서 이미 지급한 매매대금을 제외한 금액 및 지연손해금을 청구하는 민사소송(OOO)을 제기하였고, 현재 소송이 계속 중이다.

위 민사소송의 결과에 따라, 이 건 처분의 적법 여부가 달라질 수 있으므로, 그 소송결과를 반영하여 이 건 처분을 경정하는 것이 타당하다.

(3) 이 건 처분은 납세자가 객관적으로 예견할 수 없었던 사후적인 사정변경으로 인하여 의무를 이행하지 못한 것으로, 「국세기본법」 제48조 제1항 제2호의 정당한 사유가 인정된다.

청구법인은 쟁점부동산의 임대업으로 약 OOO원의 매출이 발생하는 등 상당한 수익이 창출되고 있었고, 쟁점거래 당시에는 쟁점부동산을 매각할 계획이 전혀 없었다.

쟁점부동산은 2016.10. 지구단위고시(서울 제2016-310호)에 의거한 이 건 정비사업 대상 지역 중 제2지구에 속하였고, 당초 이 건 정비사업의 시행자는 제1지구 도시환경정비사업구역만을 매입하여 인허가절차를 진행하였으나, 서울특별시 도시활성화과장의 갑작스러운 사업계획변경으로 인해 이 건 정비사업지역의 제1지구 및 제2지구 간 통합이 추진되었다.

청구법인은 끝까지 쟁점부동산을 보유하고자 하였으나, 도시정비법 제63조 및 제65조에 의하여 청구법인의 의사와 무관하게 수용될 우려가 있었기에, 이 건 정비사업의 시행자 제안에 따라 쟁점부동산을 불가피하게 매각할 수밖에 없었다.

처분청은 쟁점부동산의 매각이 임박해지자 청구인들이 청구법인 발행주식을 저가에 양수도하였을 가능성이 높다는 의견이나, 청구법인은 해당 거래로 인해 향후 발생할 수 있는 세무상 이슈를 방지하기 위하여 세무법인에 의뢰하였고, 비상장주식의 보충적 평가방법에 따라 1주당 가액을 산정한 후 2022.6.27., 2022.7.4. 청구법인의 주식을 양도하였으며, 이 건 정비사업 대상지역의 통합이 빠르게 진행될 것이라는 것을 전혀 예측하지 못한 상황에서 주식양도일로부터 2개월이 경과한 2022.8.31.에 쟁점부동산의 매매계약을 체결한 것이다.

만일 처분청의 의견과 같은 사유로 청구법인의 발행주식을 저가에 양수도하기로 마음먹었다면 사전에 세무전문가의 조언을 받아 주식의 양도거래 시점을 쟁점부동산의 매매 및 증여시점으로부터 3개월 이전으로 계약을 체결하였을 것이다.

(4) 이 건 처분의 경우, 상증세법상 보충적 평가방법에 따른 평가액의 차이로 인한 것으로서, 세무전문가의 도움까지 받아가며 세무상 이슈를 방지하려고 노력했던 청구인들에게 가산세를 부과한 것은, 「국세기본법」 제47조의3 제4항 제1호 다목 및 대법원 판결(OOO)의 취지에 반하는 것이다.

대법원 판결(OOO)에 따르면, 상속세 신고시점에서 평가방법의 차이나 어려움으로 인하여 상속재산가액을 정확하게 확정하는 것이 현실적으로 곤란한 점을 감안하여 가산세 부과 예외사유를 허용하고 있는 바, 납세자가 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 평가한 재산 등을 기초로 성실하게 납세의무를 이행하였음에도 사후적으로 그 평가의 기초가 되는 개별 자산의 평가방법의 차이로 인해 과세처분이 이루어지는 경우, 납세자가 신고 당시 예견하거나 통제할 수 없었던 사정에 기인한 것이므로 과소신고가산세를 부과할 수 없다.

나. 처분청 의견

쟁점매매가격은 상증세법에서 규정한 평가기간 내에 발생한 당해 재산의 거래가격으로서 시가에 해당하는바, 그 매매가격을 쟁점부동산의 시가로 하여 청구법인 발행주식을 보충적 평가방법에 따라 평가하고, 그 평가액에 따라 과세한 이 건 처분은 적법하다.

(1) 쟁점매매가격은 평가기간 내에 특수관계 없는 자와 매매계약한 가격으로, 쟁점부동산의 시가에 해당한다.

상증세법 제60조에서 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일 현재의 시가에 따르며(제1항), 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고, 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함(제2항)하는 것으로 규정하고 있다.

같은 법 시행령 제49조에서는 “수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것”이란 증여재산의 경우 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월(이하 “평가기간”이라 한다) 이내의 기간 중 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액을 시가로 보도록 규정(제1항)하고 있고, 그 거래가액이 평가기간 이내에 해당하는지는 매매계약일을 기준으로 판단(제2항)하되, 예외적으로 특수관계인과의 거래 등으로 그 거래가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 재산 매매가액을 시가로 보지 않도록 규정하고 있다.

청구법인이 2022.8.31. B㈜와 체결한 쟁점부동산의 매매거래는 평가기간 이내의 거래로, 특수관계가 없는 불특정 당사자 사이에서 자유로운 의사를 통해 형성된 가액이며 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있으므로, 쟁점매매가격은 정상적인 시가에 해당한다.

(2) 처분청이 쟁점부동산의 쟁점매매가격을 반영하여 산정한 청구법인 발행주식의 1주당 순자산가치는 상증세법에 따라 산정한 적정한 시가이다.

상증세법 제63조에서 비상장주식의 경우 대통령령으로 정하는 방법으로 평가하도록 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제54조 및 제55조에서 비상장주식 순자산가치 계산 시 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가하도록 규정하고 있다.

처분청은 상증세법 제60조에 따라 쟁점매매가격을 시가로 보았고, 같은 법 제63조에 따라 평가기준일 현재 청구법인이 발행한 비상장주식의 1주당 평가액을 계산하였으므로 처분청의 청구법인 발행주식 1주당 평가액은 상증세법에 따른 정상적인 시가이다.

(3) 처분청이 산정한 청구법인 발행주식의 1주당 순자산가치는 「소득세법」상 양도소득 부당행위계산부인 규정의 적용 시 적용되는 적정한 시가이다.

「소득세법」제101조에서 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있고(제1항), 같은 법 시행령 제167조에서 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도할 때 시가와 거래가액의 차액이 OOO원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우 부당행위계산 대상으로 규정(제3항)하고 있으며, 여기서 시가는 상증세법 제60조부터 제66조까지와 같은 법 시행령 제49조, 제50조부터 제52조까지, 제53조부터 제58조까지, 제58조의2부터 제58조의4까지, 제59조부터 제63조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액에 따르도록 규정하고 있다.

따라서 앞서 본 바와 같이 상증세법에 따라 산정한 청구법인 발행주식의 1주당 평가액은 상증세법상 시가에 해당하므로, 그 가액은 위 「소득세법」을 적용함에 있어 시가에 해당한다고 보는 것이 타당하다.

(4) 처분청이 산정한 청구법인 발행주식의 1주당 순자산가치는 「법인세법」상 시가에 해당한다.

「법인세법」 제15조에서 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 같은 법 제52조 제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액을 법인의 익금으로 본다고 규정하고 있다.

한편, 「법인세법」제52조 제2항 및 같은 법 시행령 제89조에서 시가는 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따르고, 이때 주식의 경우 제3자 거래가격 등의 시가가 불분명할 때에는 상증세법 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액을 적용하여 계산한 금액에 따르도록 규정하고 있다.

쟁점거래②와 관련하여, 그 당시 청구법인의 발행주식에 대하여 제3자 사이에 일반적으로 거래된 가격이 없어 그 주식의 시가가 불분명한 경우에 해당하므로, 그 주식의 시가는 상증세법 제63조의 규정을 준용하여 평가하여야 하고, 앞서 본 바와 같이 처분청이 산정한 청구법인 발행주식의 1주당 평가액은 상증세법 제63조에 따른 시가에 해당하므로 그 가액은 「법인세법」상 시가에 해당한다.

(5) 쟁점부동산의 매수법인인 B㈜는 2021.2.8. 개업한 이 건 정비사업의 사업시행자로서,

2021년 3월부터 쟁점부동산 주변 부동산들을 매입하고 있었고, 청구인들은 주변 부동산들이 매매되는 것을 알게된 후 쟁점부동산의 매매계약이 임박해지자 청구인들 간 청구법인의 발행주식을 저가에 양수도하였을 가능성이 농후하며,

쟁점부동산은 평가기간 및 신고기한 내 매매계약되어 청구인들은 이 건 증여세 등의 신고 당시에 쟁점매매가격을 알고 있었던 것으로 보이므로, 이 건 가산세 감면에 정당한 사유가 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점부동산의 시가를 평가기간 내에 매매계약된 당해 부동산의 매매가격으로 하고, 청구법인의 발행주식을 순자산가치로 평가하여 과세한 처분의 당부

② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 등 : <별지1> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인들은 서울고등법원에 2025.12.10. 접수된 계류 중인 사건(OOO)에 대한 진행경과를 조회하여 제출하였고, 전심인 서울지방법원 2025.11.14. 선고 OOO 판결(패소)에 관한 판결문은 제출하지 아니하였다.

(나) 처분청은 쟁점부동산 인근 부동산의 지적도와 매매거래내역(아래 <표2> 참조)을 증빙으로 제출하였다.

<쟁점부동산 인근 부동산의 지적도>

ㅇㅇㅇ

(다) 청구법인의 2022사업연도 주주 변동 현황은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 2022사업연도 주주 변동 현황

ㅇㅇㅇ

(라) A은 2022.8.31. 쟁점거래①에 따른 2022년 귀속 양도소득세를 OOO원으로 예정신고한 후 2022.12.9. 쟁점거래②와 합산하여 2022년 귀속 양도소득세를 OOO원으로 확정신고하였고, B과 C은 2022.10.31. 쟁점거래③에 따른 2022.7.27. 증여분 증여세를 각각 OOO원으로 신고한 것으로 나타난다.

(마) 2022.8.31.자 쟁점부동산 매매계약서에 따르면, 청구법인은 특수관계 없는 B㈜와 매매대금 OOO원(건물분 부가가치세 OOO원이 포함된 금액)에 쟁점부동산을 매매하기로 계약하였고, 등기사항전부증명서에 따르면, 2023.4.26. B㈜로 소유권이전등기가 경료된 것으로 나타난다.

(바) 쟁점부동산의 매매계약일(2022.8.31.)은 아래 <표4>와 같이 쟁점거래의 「소득세법」 및 상증세법상 평가기간 내에 해당한다.

<표4> 쟁점거래의 평가기준일, 평가기간 및 매매계약일

*1 : 「소득세법 시행령」 제167조 제5항에서 규정한 기간임

*2 : 상증세법 시행령 제49조 제1항에서 규정한 기간임

(사) 청구인들과 처분청 모두 상증세법 시행령 제54조 제4항 제3호에 따라 비상장법인인 청구법인의 발행주식을 상증세법상 보충적 평가방법 중 순자산가치에 따라 산정하여야 한다는 점에 대하여 이견이 없다.

(아) 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 청구법인의 발행주식의 순자산가치를 산정함에 있어, 쟁점부동산의 시가를 청구인들은 기준시가(약 OOO원)로, 처분청은 쟁점매매가격(OOO원)으로 각 평가한 것으로 나타나고, 양 측이 적용한 청구법인의 발행주식 1주당 평가액은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 쟁점거래의 평가기준일 및 1주당 평가액

ㅇㅇㅇ

* BㆍF이 신고한 1주당 증여재산가액임

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인들은 청구법인의 발행주식을 상증세법상 보충적 평가방법에 따른 평가액으로 거래한 것이고, A이 그 매매당사자들을 상대로 제기한 민사소송결과를 반영하여 이 건 처분을 경정하여야 한다고 주장하나,

상증세법 제60조 제1항에서 증여세가 부과되는 재산의 가액은 평가기준일 현재의 시가에 따르도록 규정하고 있고, 그 제2항에서 시가에 관하여 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제49조 제1항 제1호에서 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액을 시가로 인정되는 가액으로 열거하고 있으며, 제2항 제1호에서 그 거래가액이 평가기간 이내에 해당하는지는 매매계약일을 기준으로 판단하도록 규정하고 있는바,

쟁점부동산의 매매계약은 쟁점거래에 적용되는 평가기간(쟁점거래①의 경우 2022.3.27.∼2022.9.27., 쟁점거래②의 경우 2022.4.4.∼2022.10.4., 쟁점거래③의 경우 2022.1.27.∼2022.10.27.) 내에 특수관계인이 아닌 자와 체결(2022.8.31.)된 것으로, 쟁점매매가격은 상증세법 제60조 제2항 및 같은 법 시행령 제49조 제1항 제1호에 따른 시가에 해당하는 점,

A은 청구법인의 발행주식 매매당사자들을 상대로 제기한 민사소송 1심에서 2025.11.14. 패소하였고, 청구인들은 소송결과를 확인할 수 있는 판결문을 제시하지 아니하여, 달리 쟁점매매가격을 시가로 보기 어려운 사정도 나타나지 아니한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점매매가격을 쟁점거래 당시 청구법인 소유의 쟁점부동산의 시가로 보아 청구법인의 발행주식 1주당 순자산가치를 산정하여 청구인들에게 한 이 건 양도소득세 등의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인들은 가산세 감면에 정당한 사유가 있다고 주장하나,

청구인들은 쟁점거래에 따른 양도소득세 및 증여세를 쟁점부동산의 매매계약일 이후(2022.8.31., 2022.10.31., 2022.12.9.) 신고한 것으로 나타나고, 신고 당시 쟁점부동산의 매매계약이 체결되어 쟁점매매가격이 평가기간 내에 있음을 알 수 있었음에도 청구법인의 발행주식 1주당 순자산가치를 산정함에 있어 쟁점부동산의 시가를 쟁점매매가격(약 OOO원)이 아닌 기준시가(약 OOO원)로 반영한 데에 달리 정당한 사유가 없어 보이는 점, 쟁점매매가격을 쟁점거래 당시 쟁점부동산의 시가로 반영하지 아니함에 따라 증여세 등을 무신고한 경우에까지 「국세기본법」 제47조의3 제4항의 규정에 따른 과소신고가산세 감면사유에 해당한다고 보기는 어려워 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 관련 법령

(1) 국세기본법

제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ④ 제1항 또는 제2항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이와 관련하여 과소신고하거나 초과신고한 부분에 대해서는 제1항 또는 제2항의 가산세를 적용하지 아니한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 상속세ㆍ증여세 과세표준을 과소신고한 경우

가. 신고 당시 소유권에 대한 소송 등의 사유로 상속재산 또는 증여재산으로 확정되지 아니하였던 경우

나. 「상속세 및 증여세법」 제18조, 제18조의2, 제18조의3, 제19조부터 제23조까지, 제23조의2, 제24조, 제53조, 제53조의2 및 제54조에 따른 공제의 적용에 착오가 있었던 경우

다. 「상속세 및 증여세법」 제60조 제2항ㆍ제3항 및 제66조에 따라 평가한 가액으로 과세표준을 결정한 경우(부정행위로 상속세 및 증여세의 과세표준을 과소신고한 경우는 제외한다)

라. 「법인세법」 제66조에 따라 법인세 과세표준 및 세액의 결정ㆍ경정으로 「상속세 및 증여세법」 제45조의3부터 제45조의5까지의 규정에 따른 증여의제이익이 변경되는 경우(부정행위로 인하여 법인세의 과세표준 및 세액을 결정ㆍ경정하는 경우는 제외한다)

(2) 상속세 및 증여세법

제35조(저가 양수 또는 고가 양도에 따른 이익의 증여) ① 특수관계인 간에 재산(전환사채 등 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 시가보다 낮은 가액으로 양수하거나 시가보다 높은 가액으로 양도한 경우로서 그 대가와 시가의 차액이 대통령령으로 정하는 기준금액(이하 이 항에서 "기준금액"이라 한다) 이상인 경우에는 해당 재산의 양수일 또는 양도일을 증여일로 하여 그 대가와 시가의 차액에서 기준금액을 뺀 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다.

제45조의5(특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제) ① 지배주주와 그 친족(이하 이 조에서 "지배주주등"이라 한다)이 직접 또는 간접으로 보유하는 주식보유비율이 100분의 30 이상인 법인(이하 이 조 및 제68조에서 "특정법인"이라 한다)이 지배주주의 특수관계인과 다음 각 호에 따른 거래를 하는 경우에는 거래한 날을 증여일로 하여 그 특정법인의 이익에 특정법인의 지배주주등이 직접 또는 간접으로 보유하는 주식보유비율을 곱하여 계산한 금액을 그 특정법인의 지배주주등이 증여받은 것으로 본다.

1. 재산 또는 용역을 무상으로 제공받는 것

2. 재산 또는 용역을 통상적인 거래 관행에 비추어 볼 때 현저히 낮은 대가로 양도ㆍ제공받는 것

3. 재산 또는 용역을 통상적인 거래 관행에 비추어 볼 때 현저히 높은 대가로 양도ㆍ제공하는 것

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 거래와 유사한 거래로서 대통령령으로 정하는 것

제60조(평가의 원칙 등) ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다.

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

제61조(부동산 등의 평가) ① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 토지

「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지(구체적인 판단기준은 대통령령으로 정한다)의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다.

2. 건물

건물(제3호와 제4호에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액

3. 오피스텔 및 상업용 건물

건물에 딸린 토지를 공유(共有)로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도ㆍ면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 오피스텔 및 상업용 건물(이들에 딸린 토지를 포함한다)에 대해서는 건물의 종류, 규모, 거래 상황, 위치 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정ㆍ고시한 가액

4. 주택

「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(같은 법 제18조제1항 단서에 따라 국세청장이 결정ㆍ고시한 공동주택가격이 있는 때에는 그 가격을 말하며, 이하 이 호에서 “고시주택가격”이라 한다).(단서 이하 생략)

제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(이하 이 호에서 "상장주식"이라 한다)은 평가기준일(평가기준일이 공휴일 등 대통령령으로 정하는 매매가 없는 날인 경우에는 그 전일을 기준으로 한다) 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 거래소허가를 받은 거래소 최종 시세가액의 평균액(괄호 및 단서 생략)

나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

(3) 상속세 및 증여세법 시행령

제26조(저가 양수 또는 고가 양도에 따른 이익의 계산방법) ② 법 제35조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 기준금액"이란 다음 각 호의 금액 중 적은 금액을 말한다.

1. 시가(법 제60조부터 제66조까지의 규정에 따라 평가한 가액을 말한다. 이하 이 조에서 "시가"라 한다)의 100분의 30에 상당하는 가액

2. 3억원

제49조(평가의 원칙 등) ① 법 제60조 제2항에서 "수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것"이란 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다. 이하 이 항에서 "평가기간"이라 한다) 이내의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조 및 제49조의2에서 "매매등"이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 않는 기간으로서 평가기준일 전 2년 이내의 기간 중에 매매등이 있거나 평가기간이 경과한 후부터 제78조 제1항에 따른 기한까지의 기간 중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 고려하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 상속세 또는 증여세 납부의무가 있는 자(이하 이 조 및 제54조에서 "납세자"라 한다), 지방국세청장 또는 관할세무서장이 신청하는 때에는 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다.

1. 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 특수관계인과의 거래 등으로 그 거래가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우

나. 거래된 비상장주식의 가액(액면가액의 합계액을 말한다)이 다음의 금액 중 적은 금액 미만인 경우(제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 그 거래가액이 거래의 관행상 정당한 사유가 있다고 인정되는 경우는 제외한다)

1) 액면가액의 합계액으로 계산한 해당 법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 1에 해당하는 금액

2) 3억원

② 제1항을 적용할 때 제1항 각 호의 어느 하나에 따른 가액이 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다) 이내에 해당하는지는 다음 각 호의 구분에 따른 날을 기준으로 하여 판단하며, 제1항에 따라 시가로 보는 가액이 둘 이상인 경우에는 평가기준일을 전후하여 가장 가까운 날에 해당하는 가액(그 가액이 둘 이상인 경우에는 그 평균액을 말한다)을 적용한다. 다만, 해당 재산의 매매등의 가액이 있는 경우에는 제4항에 따른 가액을 적용하지 아니한다.

1. 제1항 제1호의 경우에는 매매계약일

제54조(비상장주식등의 평가) ① 법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 "비상장주식등"이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(「소득세법」 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.

②제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다.

3. 법인의 자산총액 중 「소득세법」 제94조 제1항 제4호 다목 1) 및 2)의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등

제55조(순자산가액의 계산방법) ① 제54조 제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. 이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조 제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

(4) 소득세법

제101조(양도소득의 부당행위계산) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

(5) 소득세법 시행령

제167조(양도소득의 부당행위계산) ③ 법 제101조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우로 한정한다.

1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때

2. 그 밖에 특수관계인과의 거래로 해당 연도의 양도가액 또는 필요경비의 계산시 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때

④제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 있어서 토지등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다.

⑤ 제3항 및 제4항을 적용할 때 시가는 「상속세 및 증여세법」 제60조부터 제66조까지와 같은 법 시행령 제49조, 제50조부터 제52조까지, 제52조의2, 제53조부터 제58조까지, 제58조의2부터 제58조의4까지, 제59조부터 제63조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액에 따른다. 이 경우 「상속세 및 증여세법 시행령」 제49조 제1항 각 호 외의 부분 본문 중 "평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다) 이내의 기간"은 "양도일 또는 취득일 전후 각 3개월의 기간"으로 본다.

(6) 법인세법

제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

1. 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 제52조 제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액

제52조(부당행위계산의 부인) ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

(7) 법인세법 시행령

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2 제2항에 따른 거래소(이하 “거래소”라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우(해당 주식이 「상속세 및 증여세법 시행령」 제53조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식인 경우는 제외한다)에는 그 가액의 100분의 20을 가산한다.

1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2 제4항 제1호에 따른 증권시장 외에서 거래하는 방법

2. 대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액.(후문 생략)

<별지2> 심판청구 현황

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