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청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하여 납부고지한 처분의 당부

[조세심판원 조심 2026중1890 (2026. 6. 17)]
※ 2026년 7월 27일 조세심판원에서 수집하여 제공하고 있습니다.

【세목】

기타

【재결요지】

ㅇㅇㅇ이 직접 작성한 진술서에는 청구인은 명의만 빌려주었을 뿐 체납법인 주식의 실질적인 소유주는 ㅇㅇㅇ 본인이며, 청구인이 보유한 주식 전부를 양수하면서 청구인에게 주식 대금 명목으로 지급한 돈은 전혀 없다고 기재되어 있는 점, 청구인이 체납법인에 재직했다고 주장하는 직원 또한 ㅇㅇㅇ이 체납법인의 실질적인 소유자이자 사용자였다는 내용의 확인서를 작성한 점, 청구인은 체납법인 자금을 ㅇㅇㅇ이 개인적으로 사용하였다고 주장하며 체납법인 계좌 거래내역을 정리하여 제출한 점 등에 비추어 청구인이 체납법인의 과점주주로서 체납법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 지위에 있다고 단정하기 어려운 측면이 있다.따라서 처분청이 체납법인 설립 시 실제 주금의 납입자 및 청구인이 실제 주주라고 주장하는 ㅇㅇㅇ에 대한 확인 등을 통해 납세의무 성립일 현재 과점주주를 재조사하여 그 결과에 따라 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단됨

【주문】

동안양세무서장이 2025.12.16. 청구인에게 <별지1> 기재와 같이 한 ㈜A의 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 처분은 ㈜A 설립 시 실제 주금의 납입자 및 A에 대한 확인 등을 통해 청구인이 각 납세의무 성립일 현재 과점주주에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 세액을 경정한다.

【이유】

1. 처분개요

가. ㈜A(이하 “체납법인”이라 한다)는 2023.11.20. 가공식품, 공산품, 농수축산물 등의 도소매업을 목적으로 설립된 법인으로 2024사업연도 법인세, 2024년 제1기 부가가치세, 2025년 제1기 부가가치세, 2025년 6월ㆍ7월 귀속분 근로소득세를 포함하여 합계 OOO원(이하 “쟁점체납세액”이라 한다)을 체납하였다.

나. 처분청은 위 체납 국세의 각 납세의무 성립일 현재 체납법인의 사내이사인 청구인이 체납법인 발행주식(10,000주)의 100%를 보유하여 체납법인의 과점주주에 해당하는 것으로 보아, 2025.12.16. 청구인을 쟁점체납세액의 제2차 납세의무자로 지정하고, 그 납부고지를 하였다(쟁점체납세액 및 제2차 납부의무 지정내역은 <별지1> 기재와 같다).

다. 청구인은 이에 불복하여 2026.3.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 체납법인의 형식적 주주에 불과한 자로서 체납법인의 경영에 일체의 영향력을 행사한 사실이 없으므로, 처분청이 청구인을 체납법인의 과점주주로 보고 제2차 납세의무자로 지정하여 쟁점체납세액을 납부고지한 이 사건 처분은 위법ㆍ부당하다.

(가) 청구인은 명의상 체납법인의 주주로 등재되어 있을 뿐 실제 주주는 A으로, 청구인은 체납법인 설립 당시 A의 요청으로 대표이사와 주주 명의를 대여한 것이다.

A이 체납법인의 인수ㆍ설립에 필요한 모든 절차를 주도하고, 체납법인 인수 대금도 전액 지급한바, 청구인은 인수에 필요한 자금을 일절 부담한 바 없고, A의 부탁으로 명의만 대여해준 것이다.

A은 체납법인 운영과 관련하여 발생하는 모든 법적ㆍ경제적 책임을 본인이 부담하겠다고 공공연히 주장하였는바, 이는 A이 체납법인의 실질적 주주라는 명백한 증거이다.

(나) 청구인은 단지 A의 지시를 받아 서류 발급 등 단순한 행정업무만 수행하는 직원으로 근무하였고, A이 인사(직원 채용, 업무 분담, 급여 관리), 결제 수단(법인인감, 공인인증서, OTP 등) 관리, 회계 및 장부 관리, 체납법인 세금의 신고 및 납부 관리, 수익 배분 등 체납법인의 경영과 관련한 일체의 활동을 수행하였다.

(2) 「국세기본법」 제39조 제2호는 법인의 미납부 국세에 대해 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주를 “해당 법인의 발행 주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들”이라 하는바, 청구인이 체납법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자가 아님에도 처분청은 법적 취지를 잘못 해석하여 청구인에게 체납법인에 대한 제2차 납세의무를 부당하게 부담시켰다.

(가) 법원은 「국세기본법」 제39조 제2호의 입법취지를 “회사의 경영을 사실상 지배하는 실질적인 운영자인 과점주주는 회사의 수익은 자신에게 귀속시키고 손실은 회사에 떠넘김으로써 회사의 법인격을 악용하여 이를 형해화시킬 우려가 크므로 이를 방지하고 실질적인 조세평등을 이루려는 데 목적이 있다”(OOO)는 입장인바, 청구인은 체납법인의 수익을 자신에게 귀속시키거나 비용을 체납법인에 전가할 어떠한 권한과 요령이 없으므로 체납법인의 납세 불이행에 대한 직접적이고 일차적인 책임이 전혀 없다.

(나) 헌법재판소는 제2차 납세의무를 부과함이 상당하다고 인정되는 과점주주의 범위에 대해 “주식회사를 실질적으로 운영하면서 이를 조세회피의 수단으로 이용할 수 있는 지위에 있는 자, 즉 법인의 경영을 사실상 지배하거나 과점주주로서의 요건, 즉 당해 법인의 발행 주식총액의 100분의 51 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자로 제한함이 상당하다”(OOO)는 입장이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인이 체납법인의 체납 국세에 대한 각 납세의무 성립일 당시 체납법인의 주식 전부를 소유한 사실은 객관적으로 확인되나, 청구인은 체납법인의 명의상 주주라고 주장할 뿐 구체적이고 객관적인 증거를 제출하지 못하고 있으므로 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 이 사건 처분은 정당하다.

(2) 법원은 “구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 그것만으로 과점주주가 아니라고 판단할 수 없으며, 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다고 할 것이다”(OOO)라는 입장이다.

(가) 청구인은 2023.12.4. 본인이 직접 체납법인 사업자등록 신청을 위해 관할 세무서에 방문하였고, 법인등기사항전부증명서상 체납법인의 사내이사이며, 주주명부상 체납법인 발행주식을 100% 소유한 사실이 확인되고 2023사업연도 법인세 신고시 제출한 주식등변동상황명세서에도 청구인이 체납법인 발행주식의 100%를 보유한 것으로 확인된다.

(나) 청구인은 2026.1.6. 양도소득세 신고서 및 증권거래세 신고서를 제출하면서 청구인이 보유한 체납법인의 지분 전부를 A에게 양도한다는 주식양도ㆍ양수계약서를 첨부하여 제출한 바 있고, 체납법인은 2026.3.19. 원천징수의무자로서 청구인에 대한 2024년ㆍ2025년 귀속 근로소득지급명세서를 제출한 사실이 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하여 납부고지한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주 또는 제3호에 따른 과점조합원의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주 또는 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액(제3호 단서의 경우 그 부족한 금액과 과점조합원 간에 정한 손익분배비율을 곱한 금액으로 한다)을 한도로 한다.

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

가. 합자회사의 유한책임사원

나. 유한책임회사의 사원

다. 유한회사의 사원

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 2023.11.20. 체납법인 설립 등기 당시 청구인을 체납법인의 사내이사로 등기하였고, 2023.12.4. 체납법인 설립 및 사업자등록 신고(아래 <표1> 참조)시 청구인을 체납법인의 대표자로 기재하였으며, 체납법인 등기사항전부증명서(아래 <표2> 참조)에는 체납법인 설립일부터 2025.9.17. 사임하기 전까지 체납법인의 사내이사로 재직한 것으로 나타나고, 청구인의 체납법인 사내이사 사임과 동시에 A이 체납법인 사내이사로 취임한 것으로 나타난다.

<표1> 체납법인 사업자등록신청서

ㅇㅇㅇ

<표2> 체납법인 등기사항전부증명서

ㅇㅇㅇ

(나) 체납법인이 제출한 주식등변동상황명세서(아래 <표3> 참조)에 의하면 청구인은 체납법인 설립일(2023.11.20.)부터 A에게 주식을 양도한 날(2025.8.27.)까지 체납법인 발행주식 10,000주의 100%를 보유한 것으로 나타난다.

<표3> 주식등변동상황명세서

ㅇㅇㅇ

(다) 청구인은 2025.8.27. A과 체납법인 발행주식 전부를 OOO원에 A에게 양도하기로 하는 주식양도ㆍ양수계약서(아래 <표4> 참조)를 작성한바, 계약서상 부속합의서(아래 <표5> 참조)에는 A이 2023.12.27. 청구인으로부터 차용한 원금 OOO원을 2025.9.30.까지 상환하고, 체납법인의 법인 관련 경영, 주식양수도, 자산, 부채, 세금 등 모든 법적 책임을 포함한 일체의 의무를 2025.9.30.까지 완료 처리할 것을 믿고 위 부속합의서를 작성한다고 기재되어 있으며, 청구인은 2026.1.6. 위 주식에 대한 양도소득세 신고서와 증권거래세 신고서(아래 <표6> 참조)를 제출한 것으로 나타난다.

<표4> 주식양도ㆍ양수계약서

ㅇㅇㅇ

<표5> 주식양수도 계약 부속합의서

ㅇㅇㅇ

<표6> 양도소득세 신고서 및 증권거래세 신고서

ㅇㅇㅇ

(라) 청구인은 본인이 작성한 진술서(아래 <표7> 참조)와 체납법인에 재직하였던 직원 B(청구인과 동명이인)이 작성한 사실확인서(아래 <표8> 참조)를 제출하였는바, 청구인 본인이 작성한 진술서에는 청구인은 A의 부탁으로 대표와 주주 명의만 제공한 것이고, A이 체납법인의 경영과 관련된 모든 일을 결정하고 수행하였으며, 청구인은 A에게 주식양도 시 아무 대가를 받지 않았다고 기재되어 있고, B(청구인과 동명이인)의 사실확인서에는 A이 실질적인 사용자임을 확인하는 내용이 기재되어 있는 것으로 나타난다.

<표7> 청구인이 제출한 진술서(본인)

ㅇㅇㅇ

<표8> 체납법인 직원 B(청구인과 동명이인)이 작성한 확인서

ㅇㅇㅇ

(마) 체납법인은 원천징수의무자로서 <표9>와 같이 청구인에 대한 2024년ㆍ2025년 귀속 근로소득지급명세서(급여액 : 2024년 OOO원, 2025년 OOO원)를 제출한 것으로 나타난다.

<표9> 체납법인이 제출한 청구인에 대한 근로소득지급명세서

ㅇㅇㅇ

(2) 청구인과 청구인의 심판청구 대리인은 2026.6.10. 조세심판관회의에 참석하여, 청구인은 A에게 단순히 명의만 대여한 것으로 체납법인의 실질적인 과점주주에 해당하지 않고, 청구인은 체납법인 설립 시 주금 납입을 한 사실이 없다는 등의 내용을 진술하였으며, 이를 입증하기 위한 증빙자료로 A이 작성한 진술서(별지2), 체납법인의 자금을 A이 사용하였다고 주장하며 체납법인 계좌 거래내역을 정리한 내역 등을 추가로 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 체납법인의 체납 국세에 대한 각 납세의무 성립일 당시 체납법인 주식 전부를 소유하였고, 청구인이 체납법인의 명의상 주주에 해당한다는 객관적인 증거를 제출하지 못하고 있으므로 청구인은 체납법인의 제2차 납세의무자에 해당한다는 의견이나, 청구인은 이 건 조세심판관회의에 출석하여 청구인이 체납법인의 실질적인 주주라고 주장하는 A이 직접 작성한 진술서를 제출하였는바, 위 진술서에는 청구인은 명의만 빌려주었을 뿐 체납법인 주식의 실질적인 소유주는 A이며, 청구인이 보유한 주식 전부를 2025년에 양수하면서 청구인에게 주식 대금 명목으로 지급한 돈은 전혀 없다고 기재되어 있는 점, 청구인이 체납법인에 재직했다고 주장하는 직원 또한 A이 체납법인의 실질적인 소유자이자 사용자였다는 취지로 작성된 확인서를 제출한 점, 청구인은 체납법인 자금을 A이 개인적으로 사용하였다고 주장하며 체납법인 계좌 거래내역을 정리하여 제출한 점 등에 비추어 청구인이 체납법인의 과점주주로서 체납법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 지위에 있다고 단정하기 어려운 측면이 있다.

따라서 처분청이 체납법인 설립 시 실제 주금의 납입자 및 청구인이 실제 주주라고 주장하는 A에 대한 확인 등을 통해 납세의무 성립일 현재 과점주주를 재조사하여 그 결과에 따라 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 체납세액 및 제2차 납세의무 납부고지 내역

ㅇㅇㅇ

<별지2> A 진술서

ㅇㅇㅇ