본문 바로가기

특별행정심판례정보

법제처 국가법령정보센터

화면내검색 공유하기 즐겨찾기 저장 인쇄

과세전적부심사의 결정을 번복한 위법한 처분이라는 청구주장의 당부

[조세심판원 조심 2025전4269 (2026. 6. 17)]
※ 2026년 7월 27일 조세심판원에서 수집하여 제공하고 있습니다.

【세목】

기타

【재결요지】

과세전적부심사는 과세처분 이전 단계의 행위이므로 법적구속력이 있는 것이 아니고 채택결정이 있었다 하더라도 그 결정의 판정오류가 납세자가 제시한 자료에 의한 것이라면 그 책임이 과세관청에게만 있다고 보기 어려운바, 과세전적부심사 채택결정을 번복하고 다시 과세하는 것이 가능하고청구법인의 前대표이사는 감사기간 중 자금대여사실이 없음에도 가수금을 정리하기 위해 금전차용형식을 빌린 것이라 진술한 바, 과세전적부심사의 부당한 결정에 청구법인이 기여한 것으로 보여 청구주장은 받아들이기 어려움

【참조결정】

조심2018부2483 / 조심2023전9866 / 조심2013중0442

【주문】

심판청구를 기각한다.

【이유】

1. 처분개요

가. 청구법인은 2011.9.28. 부동산 공급, 매입, 분양업 등을 영위하기 위하여 설립된 법인으로, 2016.1.4. 청구법인의 대표이사로 재직했던 A(이하 “대표자”라 한다) 명의로 등록된 서비스표(이하 “쟁점상표권”이라 한다)를 OOO원에 취득하되, 그 대가를 5년간 지급하기로 하고 이를 무형자산으로 계상한 후, 쟁점상표권의 대가(OOO원)를 대표자의 2016∼2020년 귀속 기타소득(아래 <표1> 기재)으로 원천징수하여 신고ㆍ납부하였다.

나. 대전지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2021.4.26.부터 2021.5.14.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시한 후, 청구법인이 쟁점상표권을 대표자 명의로 출원한 후 재취득하는 방법으로 자금을 부당유출한 것으로 보는 등의 내용을 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2021.12.1. 청구법인이 인식한 쟁점상표권의 상각비 등 합계 OOO원을 손금부인하여 2016∼2020사업연도 법인세 합계 OOO원을 부과ㆍ고지하는 한편, 대표자의 기타소득으로 원천징수한 쟁점상표권의 대가(OOO원)를 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

한편, 청구법인은 이에 불복하여 2022.2.15. 조사청에 이의신청을 제기하였으나 기각되었다.

다. 청구법인은 2022.5.9. 2016∼2020년 귀속 대표자 상여로 소득처분된 금액을 실제 사외유출된 금액(OOO원)으로 산정하여야 한다는 취지 등으로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2022.7.19. 이를 일부 인용하여 아래 <표1>과 같이 2017∼2020년 귀속 대표자 상여로 소득처분된 금액을 감액 경정하면서, 2021사업연도에 대표자에게 지급된 OOO원을 대표자 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지(이하 “이 건 소득금액변동통지”라 한다)를 하였다.

<표1> 청구법인의 경정청구에 따른 처분청의 경정 결의내역

ㅇㅇㅇ

라. 처분청은 청구법인이 이에 대한 원징수이행상황신고의무를 이행하지 아니하자 2022.9.8. 청구법인에 2021년 귀속 원천징수분 근로소득세 OOO원에 대한 과세예고통지를 하였고,

청구법인은 이에 대해 2022.10.5. 과세전적부심사청구를 제기한 결과, 쟁점금액이 쟁점상표권의 대가가 아닌 대표자 가수금 변제로 지급된 것이라는 청구인의 주장이 채택되었으며, 이에 따라 처분청은 이 건 소득금액변동통지를 취소하였다.

마. 한편, 감사원장은 2024.11.15.부터 2024.12.13.까지 조사청에 대한 종합감사를 실시한 후, 과세전적부심사청구 결정과 달리 이 건 소득금액변동통지가 적법하다는 내용의 감사결과를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2025.7.28. 다시 청구법인에게 2021년 귀속 대표자 상여(OOO원)에 대한 소득금액변동통지(이하 “이 건 처분”이라 한다)를 하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 제기한 과세전적부심사는 이 건 소득금액변동통지에 대한 것으로 심사청구대상에 해당하므로, 종전 처분청의 과세전적부심사결정은 적법하다.

(가) 소득금액변동통지의 법적 성질에 따라, 「국세기본법」 제81조의15 제1항 각 호에 해당하는 경우에는 납세자에게 미리 과세예고통지하여야 하고, 각 호가 요구하는 과세예고통지의 시기는 달리 해석된다.

<「국세기본법」 제81조의15 제1항 각 호에 따른 과세예고통지기간>

img167448365

(나) 「국세기본법」 제81조의15 제1항 제1호 및 제2호에 해당하는 경우, 소득금액변동통지 전에 과세예고 통지하여야 하고, 제3호에 해당하는 경우에는 소득금액변동통지 전ㆍ후와 무관하게 최종적으로 납부고지 전에 과세예고 통지가 이루어지면 되는 것이다.

<표2> 관련 판례

적용조항

관련 판례 등

판단 내용

제1호 및

제2호

대법원 2016.12.27. 선고 2016두49228 판결, 청주지방법원 2023.3.23. 선고 2022구합50637 판결

소득금액변동통지 전

제3호

대법원 2021.4.29. 선고 2020두52689 판결, 조심 2018부2483, 2018.11.16

소득금액변동통지 후에 하여도 적법함

처분청은 이 건 소득금액변동통지가 항고소송의 대상이 되는 행정 처분성이 있는지 여부에 대한 대법원 판례(OOO)를 근거로, 처분성이 인정되는 소득금액변동통지 이후 과세예고통지는 징수절차에 불과하여 과세전적부심사 청구대상이 아니라는 의견이나,

이는 과세 전까지 과세예고통지하는 경우에 관한 것으로, 「국세기본법」 제81조의15 제1항 제3호의 적용을 받는 이 건 과세예고통지 및 과세전적부심사청구와는 무관하다.

이 건 과세예고통지의 적법성은 징수절차 해당 여부가 아니라, 소득금액변동통지가 납부고지에 해당하는지 여부를 전제로 하여, 과세예고통지가 납부고지 전 적법한 시점에 이루어졌는지를 보아야 한다.

대법원 판례(OOO)는 소득금액변동통지는 납부고지에 해당한다고 볼 수 없다고 판시하였고, 나아가 처분청이 소득금액변동통지 이후에 한 과세예고통지를 적법하게 이행한 것이라 판단하였다.

청구법인은 당초 소득금액변동통지 이전 2021년 귀속 처분에 대하여 과세예고통지를 받지 아니하였고, 소득금액변동통지 이후 수령한 과세예고통지로 과세전적부심사를 적법하게 청구하였으므로 이 건 과세전적부심사는 “심사제외” 대상이 아니다.

(2) 과세전적부심사 결정이 명백히 위법ㆍ부당하고 그 결정에 납세자가 적극적으로 기여했다는 사정없이, 그 결정을 번복한 처분은 위법하다.

(가) 과세전적부심사 채택 결정을 번복하여 과세처분을 하기 위해서는 ① 해당 결정이 명백히 위법ㆍ부당하고, ② 그 위법ㆍ부당한 결정에 납세자가 적극적으로 기여해야 한다는 2가지 기준을 모두 충족해야 한다.

납세자는 과세전적부심사 결정을 신뢰하고 경제적ㆍ법적 행위를 결정함에도 과세관청이 사후적으로 결정을 번복한다면, 과세전적부심사는 실질적인 권리구제절차로 기능하지 못하는 형식적 절차에 그쳐 제도의 가치를 상실하게 되고, 납세자의 신의를 훼손하며, 과세관청 스스로 행한 시정 의지와 책임이 퇴색되어 반복된 불복청구로 인한 권리구제 비용 가중 및 행정력 낭비를 초래되는 문제가 발생한다.

따라서 과세전적부심사 결정을 번복하는 처분은 신중하게 이루어져야 하고, 국세심사결정례(심사양도 2013-36, 2013.6.20., 심사부가 2012-137, 2012.12.3.)에서 제시된 아래의 2가지 기준을 모두 충족하는 경우에 한하여 허용되어야 하며, 다수의 판례가 이를 실증하고 있다.

① 과세전적부심사 결정 내용이 명백히 위법ㆍ부당함(이하 “기준1”이라 한다)

② 그 위법ㆍ부당한 결정 내용의 형성에 납세자가 적극적으로 기여함(이하 “기준2”라 한다)

<표3> 과세전적부심사 채택 결정을 번복한 처분 관련 판례 요약

사건번호

기준1 충족여부

기준2 충족여부

적법여부

대법원 2022두46336, 2022.10.14.

적법

부가가치세가 면세되는 경우가 아님에도 과적에서는 영세율 대상 거래로 결정하여 위법ㆍ부당함

납세자가 과적에서 원문 계약서와 상이한 내용의 번역을 제출함으로써 위법ㆍ부당한 결정에 기여함

대법원 2013두26286, 2014.3.27.

적법

선의의 거래당사자에 해당된다는 과적 결정이 명백히 위법ㆍ부당함

청구인이 증빙 및 진술을 거짓으로 꾸민 것으로 과적 결정이 위법ㆍ부당하도록 기여함

대법원 2010두2555, 2010.5.13.

×

-

위법

산정기준에서 정하고 있는 최고 거래한도액보다 높은 가격으로 산정할 수는 없는 것으로 과적 결정 내용은 타당함

내용없음

부산지방법원 2018구합21447, 2018.8.10.

적법

사업소득임에도 양도소득이라 판단하여 그 결정 내용이 위법ㆍ부당함

과적에서 납세자는 실제 취득 및 양도 횟수를 사실과 다르게 기재함으로써 위법ㆍ부당한 결정형성에 기여함

조심 2023전9866, 2023.11.6.

×

-

위법

과적과 동일하게 신의성실의 원칙에 반하는 처분으로서 위법함

내용없음

조심 2013중442, 2013.4.11.

적법

항공사진 확인 결과, 양도 당시 농지라고 볼 수 없는 것이므로 과적결정은 명백히 위법ㆍ부당함

농지외 다른 용도로 사용할 수 없다는 등의 진술로 양도일 현재 농지로 사용된 것으로 오인하도록 청구인이 위법ㆍ부당한 과적 결정에 기여함

심사양도2013-36, 2013.6.20.

×

×

위법

항공사진은 이미 과적에서 심의된 내용으로서, 그 결정내용에 위법함이 없음

납세자가 위법ㆍ부당한 결정내용의 형성에 적극적으로 관여하였다고 볼만한 자료 없음

심사부가2012-137, 2012.12.3.

×

×

위법

심리생략

납세자가 위법ㆍ부당한 결정내용의 형성에 관여하였다고 볼만한 자료 없음

(나) 이 건 처분은 위 2가지 기준을 충족하지 못하여 위법ㆍ부당한 처분에 해당한다.

1) 기준1 충족 여부

이 건 과세전적부심사는 쟁점금액이 쟁점상표권의 양도대가가 아닌 가수금 반제에 해당하는지 여부에 대한 것으로, 사실판단에 관한 사항이다.

청구법인은 형식(각 계약서, 원장 등)과 실질(가수금 반제)이 동일하다는 증거로 쟁점상표권 이전을 위한 계약서, 금융이체내역, 금전차용계약서, 2015∼2021사업연도 대표자에 대한 가수금 원장, 2016∼2020사업연도 대표자에 대한 미지급금 원장 등을 제출한 반면,

처분청은 청구법인이 제출한 쟁점상표권 이전을 위한 계약서 및 금전차용계약서 내용이 사회통념 및 상거래관행상 용인되지 않다거나 혹은 신빙성을 지적하면서, 청구법인이 제출한 증거라는 형식(가수금 반제)에도 불구하고, 쟁점상표권의 대가에 해당한다는 실질과세를 주장한 것으로 보인다.

실질과세는 이를 주장하는 자가 입증하는 것이 원칙으로, 장부 등 형식과 다른 실질에 근거한 과세요건 입증책임은 과세관청에게 있는 것임에도 처분청은 그러한 입증 없이 의견만을 피력하였고, 국세심사위원회는 청구법인의 의견을 채택한 것으로 보이므로, 앞서 제시한 판례 등과는 달리 쟁점금액이 쟁점상표권 대가에 해당한다는 증거가 단 하나도 없으므로 종전 과세전적부심사 결정이 명백히 위법ㆍ부당하다고 보기 어렵다.

2) 기준2 충족 여부

과세전적부심사 채택 결정 취지에 의하면, 청구법인이 제출한 2015∼2021사업연도 대표자 가수금 원장, 2016∼2020사업연도 대표자 미지급금 원장과 서비스표등록증 이전을 위한 계약서, 금전차용계약서를 근거로 하여 쟁점금액이 상표권 대가가 아닌 가수금 반제로 판단한 것으로 보이고,

설령 기준1에 해당하더라도, 청구법인은 과세전적부심사 결정에 지대한 영향을 끼친 증거들을 허위로 제출하는 등의 방법으로 위법ㆍ부당한 결정을 형성하는 데 기여한 바가 없다.

3) 이와 같이 이 건 처분은 2가지 기준에 충족한 채 처분청이 과세전적부심사 채택 결정을 번복한 처분이므로 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 「국세기본법」 제81조의15와 ‘과세전적부심사 사무처리규정’ 제24조에 따르면 기한이 지난 후 청구되거나 과세전적부심사청구 대상이 아닌 경우 등에는 심사제외 결정을 하도록 규정하고 있다.

또한 대법원 판결(OOO)에서는 법인에 대한 소득금액변동통지는 원천징수하는 소득세 납세의무를 성립ㆍ확정시키고 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 판단하고 있으므로, 소득금액변동통지 이후 원천징수이행상황신고 불이행에 따른 과세예고통지는 징수절차에 불과하다.

(2) 이 건 처분은 청구법인이 제시한 2가지 기준을 모두 충족한다.

(가) 청구법인은 2022.2.15. 조사청에 이의신청시 쟁점금액이 정당한 쟁점상표권의 매입대가라고 주장하였으나, 기각 결정된 이후 이를 쟁점상표권의 매입대가가 아닌 대표자 가수금을 변제한 것이라고 주장을 번복하였다.

이에 대해 살펴보면, 청구법인은 쟁점상품권의 이전을 위한 계약서상 계약조건(쟁점상표권의 매입대금 50%이상 지급시 협의에 따라 상표권을 명의이전)에 따라 2021.4.26. 대표자에게 OOO원을 지급(지급률 96.9%)하였고, 2021.5.13.에 이르러 쟁점상표권의 명의이전이 이루어진 점, 대표자는 청구법인의 전 대표이사로부터 이자지급조건 등도 정하지 아니한 상태로 가수금을 차용한 것으로 확인되어 이를 통상적 거래로 보기는 어렵고, 전 대표이사와 체결한 금전차용계약서상의 내용대로 가수금 변제가 이행되지 아니한 점, 청구법인은 당초 세무조사시에는 쟁점금액을 쟁점상표권의 매입대가로 소명하였던 점, 이후 소득금액변동통지에 따라 원천징수이행상황신고를 이행하였고, 이의신청과정에서 가수금 변제에 대한 주장을 하지 아니한 점, 쟁점금액을 가수금의 변제로 볼 경우, 쟁점상표권의 양수도계약 당시 취득대가를 5년간 분할지급하기로 약정한 것과 달리 2021년 중에 지급된 대가가 부존재하는 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 인정하기는 어렵다.

따라서 이 건 과세전적부심사결정은 명백히 위법ㆍ부당하고, 그 결정내용의 형성에 청구법인이 적극적으로 기여하였는바, 청구법인이 제시한 판단기준을 모두 충족한다.

(나) 과세전적부심사청구에 대한 번복 결정은 사실관계 및 세법적용의 판단착오를 바로잡은 경우에 불과하므로 신의성실원칙에 위배되지 않는다.

대법원 판결(OOO)에서는 과세처분에 대한 쟁송이 진행 중에 과세관청이 그 과세처분의 절차상 하자를 발견한 경우에는 위 과세처분을 취소하고 절차상 하자를 보완하여 다시 동일한 내용의 과세처분을 할 수 있으며, 과세처분 이전단계인 과세전적부심사에서는 불고불리 및 불이익 변경금지 원칙을 적용받지 않아 부과제척기간 이내라면 과세표준과 세액의 내용에 오류 또는 탈루가 발견된 때에는 이를 바로잡아 과세할 수 있는 것이다.

이에 과세전적부심사청구에 대한 절차 및 내용에 대한 하자가 있어 사실관계 및 세법적용의 판단착오를 합법성의 원칙에 따라 감사에서 바로잡은 것이므로 신의성실원칙이 위배했다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

과세전적부심사청구에 대한 결정이 명백히 위법ㆍ부당하거나, 그 결정에 납세자가 적극적으로 기여했다는 사정이 없으므로 그 결정을 번복한 처분은 위법하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 법인등기부등본에 따르면, 대표자(A)는 2015.2.25. 청구법인의 대표이사로 취임한 후 2021.3.29. 사임한 것으로 등기되었다.

(나) 청구법인과 대표자 간 체결한 쟁점상표권 이전을 위한 계약서에 따르면, 청구법인은 쟁점상표권의 대가로 OOO원을 대표자에게 5년간 균등 지급하기로 약정한 것으로 나타난다.

<쟁점상표권 이전을 위한 계약서 중 일부>

ㅇㅇㅇ

(다) 이의신청결정서에 따르면, 청구법인은 2016∼2020사업연도 법인세 합계 OOO원의 부과처분에 불복하여 2022.2.15. 조사청에 이의신청을 제기하였고, 조사청은 청구법인 소유의 쟁점상표권을 대표자 명의로 출원 등록한 후 청구법인이 다시 취득하는 방법으로 자금을 부당하게 유출한 것으로 보아 2016∼2020사업연도 법인세 등의 부과 처분이 적법하다고 판단한 것으로 나타난다.

1) 청구법인은 쟁점상표권 가액을 OOO원으로 인식한 후 3년간 감가상각(내용연수 5년, 정액법)하였고, 2018년 쟁점상품권 가액 전액을 손상차손으로 인식하였으며, 이의신청시 쟁점상표권 가액 중 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)이 대표자 가수금 변제에 해당한다는 취지의 주장은 하지 아니하였다.

<이의신청결정서 중 일부>

ㅇㅇㅇ

2) 청구법인은 2016.1.4. 쟁점상표권의 취득가액을 장기미지급금(OOO원)으로 계상한 후, 이를 5년간 분할지급받은 것으로 하여 기타소득에 대해 원천징수하였고, 2021.4.26. 쟁점금액을 계좌이체한 것으로 기재되어 있다.

<이의신청결정서 중 일부>

ㅇㅇㅇ

(라) 청구법인은 2022.5.9. 2016∼2020사업연도에 대표자 상여로 소득처분된 금액을 실제 사외유출된 금액으로 산정하여야 한다는 등의 내용으로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2022.7.19. 아래 <표4>와 같이 2017∼2020년 귀속 소득처분금액을 감액경정하였다.

<표4> 2017∼2020년 귀속 소득처분금액

ㅇㅇㅇ

(마) 처분청은 청구법인이 2021년 중 대표자에게 지급한 OOO원을 2021년 귀속 대표자 상여로 소득처분한 후 2022.7.19. 청구법인에게 2021년 귀속 소득금액변동통지를 하였고,

청구법인이 이에 대한 원천징수이행상황신고를 이행하지 아니하자 2022.9.8. 2021년 귀속 원천징수분 근로소득세 OOO원에 대한 과세예고통지를 하였다.

(바) 청구법인은 이에 불복하여 2022.10.5. 쟁점금액이 상표권 취득대가에 해당하지 않는다는 취지로 처분청에 과세전적부심사청구를 제기하였고, 처분청은 ① 소득금액변동통지에 따른 원천징수이행상황신고를 불이행함에 따라 법인에게 통지한 근로소득세 납부고지를 불복청구대상에 해당하며, ② 쟁점상표권 대가 중 쟁점금액(OOO원)은 상표권 대가가 아닌 가수금 변제로 보는 것이 타당하다고 보아 청구주장을 채택 결정하였다.

<과세전적부심사결정서(적부-서대전-2022-15) 중 일부>

ㅇㅇㅇ

(사) 청구법인은 과세전적부심사청구 과정에서 대표자가 취임일 (2015.2.25.) 현재 전 대표이사 가수금(OOO원)을 승계하였고, 청구법인은 해당 가수금의 반제를 위하여 대표자에게 쟁점금액을 지급하였다고 주장하면서 2015∼2021사업연도 가수금 계정원장과 금전차용계약서를 제출한 것으로 나타난다.

<과세전적부심사결정서 중 일부>

ㅇㅇㅇ

(아) 감사원장은 2024.11.15.부터 2024.12.13.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시한 후, 소득금액변동통지를 하면 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되므로 원천징수분 소득세는 과세전적부심사청구대상이 아님에도 이 건 과세전적부심사청구를 채택 결정한 것이 부당하다는 내용의 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2025.7.28. 다시 청구법인에 2021년 귀속 대표자 상여로 소득금액변동통지를 하였다.

(자) 처분청이 제출한 감사원의 조사청에 대한 정기감사보고서(2025.6.)에 따르면, 감사원은 감사기간 중 청구법인의 전 대표이사가 청구법인으로부터 자금을 대여한 사실이 없고, 대표자에게 가수금이 이전된 것은 대표이사 변경시 장부상 가수금 정리를 위해 금전차용계약의 형식을 빌린 것이라는 취지로 진술한 내용을 확인한 것으로 나타난다.

ㅇㅇㅇ

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 건 과세전적부심사청구에 대한 결정이 명백히 위법ㆍ부당하거나, 그 결정에 청구법인이 적극적으로 기여했다는 사정이 없음에도 이를 번복한 이 건 처분은 위법하다고 주장하나,

과세전적부심사청구에 대한 결정이 과세관청에 대하여 사실상의 구속력을 가짐은 별론으로 하더라도, 이는 과세처분 이전 단계에서 납세자로 하여금 세액결정 전에 미리 통보받은 과세내용에 대하여 이의를 신청하도록 하여 위법한 과세처분을 사전에 방지하고자 하는 제도로 과세처분 이전의 단계에서의 과세관청의 행위이므로 법적 구속력이 있는 것이 아닌 점(OOO),

과세전적부심사 채택 결정이 있었다 하더라도 그 채택 결정 당시와는 사실관계가 달라졌다거나, 그 결정에 중대한 오류가 발견되었거나 하는 등의 사유가 있다면 이를 번복하여 다시 과세하는 것이 가능하다고 할 것이고, 과세전적부심사 채택 결정의 판정 오류가 납세자가 제시하는 자료에 의해 좌우되는 것이라면 그 오류의 책임이 전적으로 과세관청에게만 있다고 보기는 어려운 점,

감사원의 조사청에 대한 감사보고서에 따르면, 청구법인의 전 대표이사가 청구법인에게 자금을 대여한 사실이 없음에도 장부상 계상되어 있는 가수금을 정리하기 위해 대표자와의 금전차용계약 형식을 빌린 것이라고 진술한 내용이 확인되었고, 이에 따라 감사원장은 쟁점금액이 상표권 매입대가가 아닌 대표이사 가수금 변제라는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 보는 등 이 건 과세전적부심사 채택 결정이 부당하다는 감사결과를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 종전 과세전적부심사청구결정과 달리 이 건 처분에 이른 것으로 확인되는 점 등에 비추어 처분청은 이 건 과세전적부심사청구에 대한 결정이 명백히 위법ㆍ부당하고, 그 위법ㆍ부당한 결정에 청구법인이 기여한 것으로 보아 그 결정을 번복하여 이 건 처분에 이른 것으로 보이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

제81조의 15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 "과세예고통지"라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납세고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1. 「국세징수법」제14조에 규정된 납기전징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

④ 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다.

⑤ 과세전적부심사 청구에 대한 결정은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 청구가 이유 없다고 인정되는 경우 : 채택하지 아니한다는 결정

2. 청구가 이유 있다고 인정되는 경우 : 채택하거나 일부 채택하는 결정. 다만, 구체적인 채택의 범위를 정하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 제2항 각 호의 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 당초 통지 내용을 수정하여 통지하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.

3. 청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우: 심사하지 아니한다는 결정

가. 제2항에 따른 청구기간이 지난 후에 청구된 경우

나. 과세전적부심사 청구 후 제6항에 따라 준용되는 제63조 제1항에 따른 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우

다. 그 밖에 청구가 적법하지 아니한 경우

⑥ 과세전적부심사에 관하여는 제58조, 제59조, 제60조의 2, 제61조 제3항, 제62조 제2항, 제63조, 제64조 제1항 단서, 제64조 제3항 및 제65조 제4항부터 제7항까지의 규정을 준용한다.

⑦ 과세전적부심사에 관하여는 「행정심판법」 제15조ㆍ제16조ㆍ제20조부터 제22조까지ㆍ제29조ㆍ제36조 제1항ㆍ제39조ㆍ제40조 및 제42조를 준용한다. 이 경우 “심판청구”는 “과세전적부심사 청구”로, “제7조 제6항 또는 제8조 제7항에 따른 의결”은 “제4항에 따른 과세전적부심사 청구에 대한 결정”으로, “위원회”는 “국세심사위원회”로 본다.

⑨ 과세전적부심사의 신청, 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 국세기본법 시행령

제63조의13(세무조사의 결과 통지 및 예외) ① 법 제81조의12 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 사항”이란 다음 각 호의 사항을 말한다.

1. 세무조사 대상 세목 및 과세기간

2. 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하는 경우 그 사유(근거 법령 및 조항, 과세표준 및 세액 계산의 기초가 되는 구체적 사실관계 등을 포함한다)

2의2. 가산세의 종류, 금액 및 그 산출근거

3. 관할세무서장이 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 법 제45조에 따른 수정신고가 가능하다는 사실

4. 법 제81조의15에 따른 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 사실

② 법 제81조의12 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 “납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우

2. 법 제65조 제1항 제3호 단서(법 제66조 제6항 및 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 의한 조사를 마친 경우

3. 세무조사결과통지서 수령을 거부하거나 회피하는 경우

제63조의15(과세전적부심사의 범위 및 청구 절차 등) ⑥ 과세전적부심사청구서가 법 제81조의 15 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 한 세무서장ㆍ지방국세청장 외의 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장에게 제출된 경우에는 해당 과세전적부심사청구서를 소관 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장에게 지체 없이 송부하고, 그 뜻을 해당 청구인에게 통지하여야 한다.

(3) 법인세법

제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3.「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고

(4) 법인세법 시행령

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 직원인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것(이하 생략)

※ 과세전적부심사사무처리규정

제2조(정의) 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

5. "세무조사결과 등 통지"란 세무조사결과통지, 감사결과 과세예고통지, 과세예고통지를 말한다.

제3조(세무조사결과 등 통지) ① 세무서장 또는 지방국세청장이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 과세할 때에는 과세표준이나 예상 고지세액 등을 서면으로 납세자에게 통지하여야 한다.

1. 법 제81조의12에 따른 세무조사를 마친 때

2. 세무서장ㆍ지방국세청장에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사결과에 따라 과세할 때

3. 제2호의 업무감사결과에 따라 현지시정 조치하여 과세할 때

4. 현장확인 결과에 따라 납부고지하려는 세액이 있는 때

5. 실지조사 등에서 확인된 해당 납세자 외의 자에 대한 과세자료를 처리하여 과세할 때

6. 제1호부터 제5호까지의 경우 외에 각종 과세자료 처리 결과(기한후신고하고 무납부하여 결정ㆍ고지하는 경우 포함) 등에 따라 납부고지하려는 세액이 1백만원 이상인 때

제5조(과세전적부심사청구 대상이 아닌 경우) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제81조의15에 따른 과세전적부심사청구 대상이 아니므로 제4조의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 제2호의 경우 고발 또는 통고처분과 관련없는 세목 또는 항목에 대해서는 그러하지 아니한다.

1. 「국세징수법」 제9조에 규정하는 납부기한 전 징수 사유(「국세징수법」 제31조에 따라 확정 전 보전압류를 한 경우 포함)가 있거나 세법에 규정하는 수시 부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우

3. 세무조사결과 등 통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 「국제조세조정에 관한 법률」에 따라 조세조약을 체결한 상대국이 상호합의절차의 개시를 요청한 경우

5. 무납부경정 및 납부부족액, 이중환급으로 확인되어 경정고지한 경우

6. 「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우

7. 과세전적부심사청구, 이의신청, 심사청구, 심판청구에 대한 재조사 결정에 따른 후속업무처리 결과를 통지 받은 경우

8. 「국세기본법」제81조의15 제8항에 따라 조기결정 신청한 경우

제45조(요건심리) ① 과세전적부심사청구를 심리할 때에는 청구내용을 심리하기에 앞서 청구기간 및 제5조의 규정에 해당되는지 여부 등에 대한 청구요건을 심리하고, 제9조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제9조 규정에 따라 그 보정을 요구하여야 한다.

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 보정요구 없이 제52조제4항에 따라 처리한다.

1. 과세전적부심사청구에 대한 결정을 청구의 대상으로 한 경우

2. 제4조 제1항 각 호의 자 외의 자가 청구한 경우

3. 제5조 각 호에 규정한 경우를 청구대상으로 한 경우

4. 심리할 대상이 없거나 대리권 없는 자가 청구한 경우

제52조(과세전적부심사청구에 대한 결정) ① 과세전적부심사청구를 받은 국세청장은 원칙적으로 청구를 받은 날부터 30일 이내에 결정하여야 한다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 심사제외결정을 한다.

1. 청구기간을 경과하거나 제9조 제1항에 규정하는 보정요구 기간 내에 보정하지 아니하는 경우

2. 제7조 제2항에 따라 과세전적부심사청구 기간 중 과세처분을 한 부분

3. 제20조에 따라 스스로 바로잡아 심리할 대상이 없는 경우

4. 제45조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우