특별행정심판례정보

【세목】

법인

【재결요지】

피합병법인의 장부상 순자산가액이 쟁점포합주식의 취득가액에 미치지 못한다 하더라도 모회사인 청구법인이 완전자회사를 흡수합병함에 있어 청구법인이 보유하던 피합병법인의 주식에 대하여 합병신주를 배정하지 아니한 것은 합병으로 인하여 취득한 자기주식을 소각한 경우와 실질적으로 다르지 않고,청구법인이 쟁점피합병법인의 유보잔액 및 이월결손금을 승계받았음에도 쟁점포합주식가액을 추가로 손금산입하는 것은 사실상 이중공제의 효과가 있어 청구주장은 받아들이기 어려움

【참조결정】

조심2010부2934 / 조심2012서5036 / 조심2024부4501

【주문】

심판청구를 기각한다.

【이유】

1. 처분개요

가. 청구법인은 1970.7.2. 설립된 주권상장법인으로, OOO을 인수하여 이를 ‘OOO’으로 재개점ㆍ운영할 목적으로 2014.8.28. A 주식회사(지분 100%, 이하 “쟁점피합병법인”이라 한다)를 설립하였고, 2014.8.28.∼2015.5.22. 출자 및 유상증자를 통해 쟁점피합병법인의 발행주식 3,300,000주(지분 100%, 이하 “쟁점포합주식”이라 한다)를 OOO원에 취득하였으며,

이후 쟁점피합병법인이 경영부진 등을 이유로 자본잠식됨에 따라 회계상 쟁점포합주식에 대해 인식한 손상차손(OOO원)을 세무조정시 손금불산입(유보)하였다.

나. 청구법인은 2018.2.1. 쟁점포합주식에 대해 신주를 교부하지 아니하는 무증자 방식에 의하여 1:0의 합병비율에 따라 흡수합병한 후, 2018사업연도 법인세 신고시 쟁점피합병법인과의 합병을 「법인세법」 제44조 제3항에 따른 적격합병으로 하여 합병과세특례신청서 등을 제출하였다.

다. 청구법인은 2024.3.22. 자본잠식된 쟁점피합병법인의 쟁점포합주식가액(OOO원)을 합병등기일이 속하는 사업연도에 손금 산입해야 한다는 취지로 2018사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.9.3. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점피합병법인과의 합병으로 당초 보유하고 있던 쟁점포합주식이라는 자산이 소멸되었고, 이로 인해 발생한 손실인 쟁점포합주식가액(OOO원)은 「법인세법」상 손금산입하여야 한다.

(가) 이 건은 자회사 투자에 따른 손실을 손금 산입할 수 있는지 여부에 관한 것으로, 회사가 경영성과에 따라 이익이 발생한 경우에는 그 발생한 이익에 상당하는 법인세를 납부하여야 하듯이, 경영 악화로 인하여 손실이 발생한 경우 그와 같은 손실은 「법인세법」상 손금산입되어야 한다.

이 건 합병은 쟁점피합병법인이 3년 연속 적자를 입어 완전자본잠식 상태에 빠지게 되자 쟁점피합병법인을 별도 자회사로 운영하지 않기 위해 진행된 것이고, 그 결과 청구법인은 당초부터 보유하고 있던 쟁점포함주식이 소멸되는 손실이 발생하였으며, 이러한 손실은 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생한 손비로서 사업과 관련하여 발생하는 통상적인 것으로서 「법인세법」상 손금에 산입되는 것이 타당하다.

(나) 구체적으로 살펴보면, 「법인세법」상 손금이란 자본거래 및 「법인세법」이나 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고 ① 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용으로서(순자산 감소), ② 사업과 관련하여 발생해야 하고(사업 관련성), ③ 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나(통상성), ④ 수익과 직접 관련된 것(수익 관련성)을 의미하는데,

이 건 합병에 따라 쟁점포합주식이 소멸함으로써 발생한 손실인 쟁점포합주식가액은 위 요건들을 모두 충족하므로, 「법인세법」상 손금에 산입되어야 한다.

① (순자산 감소) 청구법인은 쟁점포합주식을 OOO원에 취득하였으나, 이 건 합병으로 인해 쟁점포합주식이 전부 소멸하였고, 쟁점피합병법인의 순자산이 부(-)의 값인 관계로 별도로 대가를 수령한 것도 없으므로, 청구법인의 순자산이 감소한 경우에 해당한다.

② (사업 관련성) 쟁점피합병법인은 청구법인의 OOO백화점 사업과 관련된 법인으로, 적자가 누적됨에 따라 2017사업연도 말 기준 완전자본잠식 상태에 빠지게 되었으므로, 청구법인이 쟁점피합병법인을 흡수합병하여 직접 OOO을 운영하는 것은 청구법인의 사업과 관련되어 있다.

③ (통상성) 계열사의 경영 실적이 부진한 경우 합병 등 구조개편을 실시하여 경영효율성을 도모하는 것은 통상적이다. 특히 이 건과 같이 쟁점피합병법인이 완전자본잠식 상태에 있는 경우 합병법인이 합병신주를 발행하지 아니하는 무증자합병만이 가능하므로, 무증자합병을 진행한 것 또한 통상적이다.

④ (수익 관련성) 청구법인은 쟁점피합병법인의 악화된 재무구조 및 사업으로 인한 추가적인 손실을 회피하고, 완전자회사를 흡수합병함으로써 경영효율성을 달성하기 위해 이 사건 합병을 한 것이므로, 이는 청구법인의 수익과 직접 관련이 있는 경우에 해당한다.

이와 같이 쟁점포합주식이 이 건 합병 결과 소멸한 것은 「법인세법」상 손금의 요건을 모두 갖춘 것이므로, 쟁점포합주식가액은 손금으로 인정되어야 한다.

(2) 이 건과 경제적 실질이 유사한 사안들에서도 취득가액의 손금 산입이 허용되고 있다.

(가) 자회사간 무증자합병으로 모회사가 보유하고 있던 자회사 주식이 소멸하는 경우 그 취득가액의 손금 산입이 가능하다.

기획재정부는 자본잠식상태에 있는 자회사(피합병법인)가 다른 자회사(합병법인)에 무증자합병(합병비율 1:0)되어, 합병신주를 교부받지 못함에 따라 피합병법인의 모회사가 보유하고 있던 피합병법인 주식이 전부 소멸된 경우, 모회사는 소멸한 피합병법인 주식의 취득가액을 합병등기일이 속하는 사업연도의 손금으로 산입하는 것으로 해석하였다(기획재정부 법인세제과-344, 2022.8.29.).

만약 청구법인이 직접 쟁점피합병법인을 흡수합병하지 않고, 별도의 자회사를 설립하여 해당 자회사로 하여금 쟁점피합병법인을 흡수합병하도록 하였다면, 쟁점포합주식가액은「법인세법」상 손금으로 인정되었을 것이다.

청구법인은 별도의 자회사를 설립하지 않고 직접 쟁점피합병법인을 흡수합병하여 쟁점피합병법인으로부터 순자산을 승계한 것일 뿐, 자회사의 합병으로 투자손실이 발생하였다는 측면에서는 기획재정부의 유권해석과 본질적인 차이가 없으므로 쟁점포합주식가액은 이 건 합병등기일이 속한 2018사업연도 손금에 해당한다.

(나) 또한, 모회사가 자회사를 청산하는 방법으로 자회사의 사업을 종결한 경우 그 투자손실 역시 손금에 산입되는바, 이 건 합병의 경제적 실질은 쟁점피합병법인을 청산하고 그 잔여재산을 분배받은 것과 동일한 것으로 보아야 한다.

관련 예규에 따르면, ‘청산 시 분배받은 잔여재산가액이 당초 주식취득가액에 미달하여 주식처분손실로 계상한 경우의 주식처분손실은 손금으로 인정’되고(기획재정부 법인세제과-852, 2009.9.23.), ‘투자법인이 해산하는 경우 당해 법인의 해산으로 인하여 분배받는 금액과 투자자산가액과의 차액은 청산이 종료되는 날이 속하는 사업연도의 손금으로 인정(법인 46012-363, 1995.2.9.)’되는 등 모회사가 자회사를 청산하는 방법으로 자회사의 사업을 종결한 경우에는 그 투자손실이 당연히 손금에 산입된다.

청구법인은 쟁점피합병법인의 2014∼2017사업연도 실적이 악화됨에 따라 사업을 구조조정하고 쟁점피합병법인을 실질적으로 청산한 것이므로, 쟁점포합주식가액 역시 손금에 산입되어야 한다.

(다) 「법인세법 시행령」 제19조 제2호에서 ‘양도한 자산의 양도당시의 장부가액’을 손실 또는 비용으로 규정하고 있는바, 청구법인이 쟁점피합병법인 주식을 제3자에게 양도하였다면 쟁점피합병법인 주식의 장부가액은 청구법인의 손금으로 인정될 수 있을 것이다.

쟁점포합주식은 이 건 합병 결과 소멸하였고, 청구법인은 이에 따른 대가를 별도로 수령한 바 없으므로(쟁점포합주식의 소멸과 별개로 쟁점피합병법인의 자산과 부채가 승계되었으나, 그 역시 순자산이 부의 값이다), 이는 청구법인이 OOO원에 취득한 쟁점포합주식을 대가 없이 제3자에게 양도한 경우와 그 경제적 실질에서 본질적인 차이가 없으므로 쟁점포합주식가액은 「법인세법」상 손금에 해당한다.

(라) 처분청은 기본적으로 ‘포합주식에 대하여 합병신주를 교부하지 않는 것’을 ‘포합주식에 대하여 합병신주를 발행한 후 자기주식으로 소각되는 것’과 동일시하고 있으나, 두 가지 경우가 동일한지 여부는 차치하더라도, 피합병법인의 순자산이 음수인 채무초과회사에 대해서는 자기주식의 발행 및 소각이라는 개념을 상정할 수 없다.

즉, 피합병법인의 순자산이 음수인 채무초과회사에 대해서는 자기주식의 발행 및 소각이라는 개념을 상정할 수 없으므로, 자기주식을 발행하였다가 소각하였다고 보는 처분청의 논리가 순자산이 양수인 법인을 피합병법인으로 하는 무증자합병에 적용될 수 있더라도, 자기주식의 발행이 원천적으로 불가능한, 순자산 완전잠식상태의 법인을 피합병법인으로 하는 무증자합병에는 적용될 수 없다.

결국, 자본잠식상태의 법인을 피합병법인으로 하는 무증자합병의 경우 포합주식에 대해 합병신주를 발행한 후 이를 자기주식으로 소각하는 것이 아니라, 청구법인이 보유하고 있던 쟁점포합주식이 무상 소각되는 손익거래에 해당한다.

(3) 청구법인은 쟁점포합주식의 평가차손이 아닌, 자산의 소멸로 인해 실현된 손실을 손금으로 산입하여야 한다는 주장이다.

처분청은 평가차손의 손금 산입에 관한 「법인세법」 제42조 제2항 등을 근거로, 내국법인이 보유하는 자산의 평가차손은 원칙적으로 손금 산입이 허용되지 않고, 주식의 경우 발행법인의 부도, 회생계획인가, 파산한 경우 등에 대하여 예외적으로 손금으로 인정한다는 의견이나, 청구법인은 쟁점포합주식의 평가차손이 아니라 쟁점포합주식이라는 자산이 소멸하여 실현된 손실의 손금산입을 주장하는 것이다.

이와 같이 자산의 소멸로 발생한 손실(쟁점포합주식가액)은 「법인세법」상 손금에 관한 일반 원칙에 따라 손금 해당 여부가 판단되어야 하는 것으로, 이는 청구법인이 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생한 손비로서 사업과 관련하여 발생하는 통상적인 것이므로 「법인세법」상 손금에 산입되는 것이 타당하다.

이에 관하여, 처분청은 피합병회사가 다른 회사와 합병한 결과 피합병회사의 주주인 법인이 보유하던 합병구주가 합병신주로 대체되어 발생하는 차액은 자산의 평가차손에 불과하다는 의견이나, 이 건 합병은 무합병증자로 진행됨에 따라 쟁점피합병회사의 주주인 청구법인이 보유하던 합병구주가 합병신주로 대체되지 않았다.

쟁점피합병법인은 이미 완전자본잠식 상태에 있었기에 합병신주를 발행할 수 없는 상황이었고, 그에 따라 이는 부득이 무증자합병으로 진행될 수밖에 없었으며, 결과적으로 합병구주가 합병신주로 대체되지 않고 합병구주의 상태 그대로 소멸하여 손실이 실현되었으므로, 피고가 원용한 「법인세법」 제42조 제3항 및 관련 조세심판원의 선결정례(조심 2010부2934, 2010.12.27., 조심 2012서5036, 2013.2.26.)와는 다른 사안이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 이 건 합병에 따른 투자손실이 사업과 관련하여 발생한 손실로서 손금에 산입되어야 한다고 주장하나, 자산의 평가이익을 익금불산입하는 것과 마찬가지로 법인이 보유한 자산의 평가손실은 손금불산입 하는 것이 원칙이고, 다만 「법인세법」이 허용하는 경우에 한하여 예외적으로 손금산입 하도록 하고 있으므로 손금의 해당 여부는 엄격하게 해석하여야 한다.

<자산의 평가손실을 손금에 반영하는 경우(「법인세법」 제42조 제3항)>

청구법인은 자신의 의사에 따라 합병구주를 처분하고 합병신주를 취득한 것이 아니라, 쟁점피합병회사가 합병함에 따라 합병구주가 사실상 합병신주로 대체되는 것에 불과하고, 합병신주의 시가가 합병구주의 취득가액에 미치지 못한다 하더라도 그 차액은 자산의 평가차손에 불과하므로 당해 사업연도의 소득금액을 산정함에 있어 이를 손금에 산입할 수 없는 것이다.

조세심판원은 투자주식의 평가손실을 손금에 산입하는 것은 해당 주식을 발행한 법인이 파산한 경우로 한정된다는 점과 자산의 평가차손은 이를 손금으로 인정하는 명문의 근거가 없는 이상 손금에 산입할 수 없음(조심 2012서5036, 2013.2.26., 같은 뜻임)을 명백히 하고 있다.

즉, 주식 등을 발행한 법인이 자본잠식 등으로 사실상 파산한 상태에 있다 하더라도 보유주식을 임의적으로 감액손실 처리할 수 없다(조심 2010부2934, 2010.12.27., 같은 뜻임).

(2) 자회사간 무증자합병으로 모회사가 보유하고 있던 자회사 주식이 소멸하는 경우 그 취득가액이 손금산입 가능하다(기획재정부 법인세제과-344, 2022.8.29.)는 취지의 기획재정부의 유권해석은 자본잠식된 자회사와 다른 자회사간 무증자 합병이 이루어짐에 따라 모회사가 보유한 피합병법인 주식이 전부 소멸된 경우데 대한 것으로, 완전 모자회사간 이루어진 이 건 합병과는 사실관계가 다르다.

청산시 분배받은 잔여재산가액이 당초 주식 취득가액에 미달하여 주식처분손실로 계상한 경우 손금으로 인정(기획재정부 법인세제과-852, 2009.9.23.)되고, 투자법인이 해산하는 경우 당해 법인의 해산으로 인해 분배받은 금액과 투자자산 가액과의 차액은 청산이 종료되는 날이 속하는 사업연도의 손금(법인 46012-363, 1995.2.9.)으로 인정된다는 해석례 등은 모두 법률에서 인정되는 평가손실의 요건인 해산 및 청산절차를 진행하였으므로 경제적 실질에서 본질적인 차이가 없다는 청구법인의 주장 역시 타당하지 않다.

(3) 청구법인은 쟁점피합병법인과의 합병 전 취득한 쟁점포합주식가액과 합병으로 승계한 쟁점피합병법인의 순자산가액과의 차이는 순자산 감소에 해당하므로, 이 건 합병을 순자산을 감소시키는 거래로 보아야 한다고 주장하나,

합병이란 두 개 이상의 회사가 상법의 절차에 따라 청산절차를 거치지 않고 합쳐지면서 최소한 한 개 이상 회사의 법인격을 소멸시키되, 합병 이후에 존속하는 회사 또는 합병으로 인해 신설되는 회사가 소멸되는 회사의 권리ㆍ의무를 포괄적으로 승계하고 그의 사원을 수용하는 상법상의 법률행위로, 순자산을 감소시키는 거래에 해당하지 않는다.

이 건 합병과정에서 청구법인이 보유한 쟁점포함주식이 소멸하였으나, 이는 합병에 따라 피합병법인이 소멸한 결과일 뿐, 그에 대응하는 합병신주를 발행하지 않더라도 이는 합병에 대응한 행위일 뿐이다.

(4) 청구법인의 완전자회사를 합병하는 것은 지배구조의 형식적인 개편만 존재하는 자본거래로서, 손실이 발행한다고 하더라도 이를 손익거래에 따른 것이라고 볼 수 없다.

완전모자회사 간 합병시 신주를 교부하지 않는 무증자합병의 경우, 그 실질은 합병법인이 합병 전에 취득한 포합주식에 상응하는 합병신주를 발행한 후 합병법인의 자기주식을 소각한 경우와 동일하다고 볼 수 있고(서면-2020-법인-2887, 2020.7.29.), 합병과 동시에 피합병법인의 주식 전부를 소각한 것은 자본거래에 해당하므로 그 손실은 손금산입 대상이 아니다.

최근 국세청도 자본잠식상태인 완전자회사와 완전모회사가 무증자 합병시 피합병법인의 주식 취득가액은 손금에 산입하지 않는다(서면-2023-법규법인-2491-2024.6.27.)고 유권해석한 바 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

완전자회사와의 무증자합병으로 인해 청구법인이 보유하던 피합병법인의 주식이 소각된 경우, 해당 주식의 취득가액을 손금산입하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제17조(자본거래로 인한 수익의 익금불산입) ① 다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입(算入)하지 아니한다.

5. 합병차익 : 「상법」 제174조에 따른 합병의 경우로서 소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 합병 후 존속하는 회사의 자본금증가액 또는 합병에 따라 설립된 회사의 자본금을 초과한 경우의 그 초과금액. 소멸된 회사로부터 승계한 재산가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 주식가액을 초과하는 경우로서 이 법에서 익금으로 규정한 금액은 제외한다.

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

제20조(자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입) 다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 결산을 확정할 때 잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액

2. 주식할인발행차금 : 「상법」 제417조에 따라 액면미달의 가액으로 신주를 발행하는 경우 그 미달하는 금액과 신주발행비의 합계액

제42조(자산ㆍ부채의 평가) ① 내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 “평가”라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도와 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 평가 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 「보험업법」이나 그 밖의 법률에 따른 유형자산 및 무형자산 등의 평가(장부가액을 증액한 경우만 해당한다)

2. 재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채의 평가

③ 제1항과 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 그 장부가액을 감액할 수 있다.

3. 대통령령으로 정하는 주식등으로서 해당 주식등의 발행법인이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 부도가 발생한 경우

나. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생계획인가의 결정을 받은 경우

다. 「기업구조조정 촉진법」에 따른 부실징후기업이 된 경우

라. 파산한 경우

제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세) ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 “순자산 장부가액”이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 “적격합병”이라 한다)의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.

2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것. 다만, 피합병법인이 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인인 경우에는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.

4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

3. 합병ㆍ분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 적격합병 또는 적격분할의 경우 : 제80조의4 제1항 또는 제82조의4 제1항에 따른 장부가액

나. 그 밖의 경우 : 해당 자산의 시가

5. 합병 또는 분할(물적분할은 제외한다)에 따라 취득한 주식등 : 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 제6호의 금액 및 제11조 제8호의 금액을 더한 금액에서 법 제16조 제2항 제1호에 따른 합병대가 또는 같은 항 제2호에 따른 분할대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액을 뺀 금액

⑤ 법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다.

1. 법 제42조 제1항 각 호 및 제3항의 규정에 의한 평가가 있는 경우에는 그 평가액

2. 제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출이 있는 경우에는 그 금액을 가산한 금액

3. 합병 또는 분할합병(제2항 제5호에 해당하는 경우는 제외한다)으로 받은 제11조 제8호에 따른 이익이 있는 경우에는 그 이익을 가산한 금액

제80조의4(적격합병 과세특례에 대한 사후관리) ① 합병법인은 법 제44조의3 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액(제85조 제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액이 0보다 큰 경우에는 그 차액을 익금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 손금에 산입하며, 0보다 작은 경우에는 시가와 장부가액의 차액을 손금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 익금에 산입한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 각 호의 구분에 따라 처리한다.

1. 감가상각자산에 설정된 자산조정계정 : 자산조정계정으로 손금에 산입한 경우에는 해당 자산의 감가상각비(해당 자산조정계정에 상당하는 부분에 대한 것만 해당한다)와 상계하고, 자산조정계정으로 익금에 산입한 경우에는 감가상각비에 가산. 이 경우 해당 자산을 처분하는 경우에는 상계 또는 더하고 남은 금액을 그 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입한다.

2. 제1호 외의 자산에 설정된 자산조정계정 : 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입. 다만, 자기주식을 소각하는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸한다.

(3) 상법

제523조(흡수합병의 합병계약서) 합병할 회사의 일방이 합병 후 존속하는 경우에는 합병계약서에 다음의 사항을 적어야 한다.

1. 존속하는 회사가 합병으로 인하여 그 발행할 주식의 총수를 증가하는 때에는 그 증가할 주식의 총수, 종류와 수

2. 존속하는 회사의 자본금 또는 준비금이 증가하는 경우에는 증가할 자본금 또는 준비금에 관한 사항

3. 존속하는 회사가 합병을 하면서 신주를 발행하거나 자기주식을 이전하는 경우에는 발행하는 신주 또는 이전하는 자기주식의 총수, 종류와 수 및 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 주주에 대한 신주의 배정 또는 자기주식의 이전에 관한 사항

4. 존속하는 회사가 합병으로 소멸하는 회사의 주주에게 제3호에도 불구하고 그 대가의 전부 또는 일부로서 금전이나 그 밖의 재산을 제공하는 경우에는 그 내용 및 배정에 관한 사항

5. 각 회사에서 합병의 승인결의를 할 사원 또는 주주의 총회의 기일

6. 합병을 할 날

7. 존속하는 회사가 합병으로 인하여 정관을 변경하기로 정한 때에는 그 규정

8. 각 회사가 합병으로 이익배당을 할 때에는 그 한도액

9. 합병으로 인하여 존속하는 회사에 취임할 이사와 감사 또는 감사위원회의 위원을 정한 때에는 그 성명 및 주민등록번호

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2014.8.28.∼2015.5.22. 쟁점포합주식을 OOO원에 취득(아래 <표1> 기재)한 후 이 건 합병등기일까지 피합병법인의 발행주식 전부를 소유하였다.

<표1> 쟁점피합병법인의 발행주식 취득내역

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(나) 청구법인은 2017사업연도말 현재 쟁점포합주식가액을 공정가치(OOO원)로 평가하여 종속기업투자 계정으로 인식하였고, 2014∼2017사업연도 법인세 신고시 쟁점피합병법인이 경영부진 등을 이유로 자본잠식됨에 따라 점포합주식과 관련하여 회계상 인식한 지분법적용손상차손누계액 OOO원을 손금부인하여 유보로 세무조정하였다.

<표2> 청구법인의 쟁점포합주식 관련 유보 내역

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(다) 청구법인은 2017.12.14. 쟁점피합병법인과의 무증자합병(합병비율 1:0)에 관한 주요사항보고서를 아래 <표3>과 같이 공시하였다.

<표3> 주요사항보고서(2017.12.14.자) 중 일부

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(라) 청구법인은 2018.2.1.을 합병기일로 하여 2018.2.2. 합병등기한 후 같은 날 합병등종료보고서를 아래와 같이 공시하였다.

<표4> 합병등종료보고서(2018.2.2.자) 중 합병전후의 요약재무정보

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* 상기 요약재무정보는 합병 등 종료보고서 제출일 현재 이용가능한 최근 재무제표인 청구법인과 피합병법인의 2017.9.30. 현재 기준 별도 재무제표를 기준으로 작성되었다.

(마) 청구법인은 2018.2.1. 쟁점피합병법인을 무증자방식으로 흡수합병한 후 쟁점피합병법인의 순자산 장부가액(△OOO원)을 청구법인의 장부가액으로 승계하는 방식으로 회계처리하였다.

<2018사업연도 재무제표에 대한 감사보고서 중 일부>

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<표5> 쟁점피합병법인과의 합병회계처리 요약

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(바) 청구법인은 2018사업연도 법인세 세무조정시 합병 전 인식한 쟁점포합주식가액에 대한 유보잔액(OOO원)을 손금산입(유보) 및 손금불산입(기타)하여 소득금액에 영향이 없도록 양편조정하는 방식으로 세무조정하였고,

쟁점피합병법인과의 「법인세법」 제44조 제3항에 따른 적격합병으로 하여 합병과세특례신청서 등을 제출함에 따라 쟁점피합병법인의 세무상 유보잔액(OOO원)과 이월결손금 누계액(△OOO원)이 승계되었다.

<표6> 청구법인의 2018사업연도 소득금액조정합계표 중 일부

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1) 쟁점피합병법인의 합병의제사업연도(2018.1.1.∼2018.2.2.) 법인세 신고서 중 자본금과적립금조정명세서(갑)을 살펴보면, 사업연도말 기준 유보잔액은 OOO원, 이월결손금 누계액은 OOO원으로 확인된다.

<표7> 쟁점피합병법인 합병의제사업연도 자본금과적립금조정명세서(갑)

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2) 청구법인은 2018사업연도 법인세 신고시 쟁점피합병법인의 기말 유보잔액을 승계하는 자산조정명세서를 제출하였다.

(사) 청구법인은 2024.3.22. 자본잠식상태인 쟁점피합병법인을 무증자방식으로 합병함에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도에 쟁점포합주식가액(OOO원)을 손금 산입해야 한다는 취지로 2018사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.9.3. 이를 거부통지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 완전자회사인 피합병법인과의 무증자합병으로 인해 소멸된 쟁점포합주식가액(OOO원)을 합병등기일이 속하는 사업연도에 손금산입하여야 한다고 주장하나,

합병법인이 합병 전 보유한 피합병법인의 주식에 대해 신주(자기주식)를 할당하고 이를 소각하는 것은 자본의 증감에 관련된 거래로서 자본의 환급 또는 납입의 성질을 가지는 자본거래로 봄이 상당하고, 청구법인이 완전자회사인 쟁점피합병법인을 흡수합병하면서 쟁점포합주식에 대하여 합병신주를 배정하지 않은 것은 결국 합병으로 인하여 취득한 자기주식을 소각한 경우와 그 실질이 다르지 아니한 점, 이는 쟁점피합병법인이 자본잠식상태에 이르러 신주를 교부하지 아니한 경우라 하더라도 달리 보기는 어려운 점(조심 2024부4501, 2026.3.4., 같은 뜻임),

적격합병의 경우 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하는 것은 피합병법인의 자산을 시가로 평가하는 경우 발생하는 과세를 이연하기 위한 것이지, 이를 합병 당시 피합병법인의 자산을 장부가액으로 평가한다는 내용으로 볼 수는 없고, 이에 따라 쟁점피합병법인의 장부상 순자산가액이 쟁점포합주식가액에 미치지 못한다 하더라도 이로 인해 청구법인이 보유한 쟁점포합주식에 대한 손익 실현의 계기가 되는 거래가 있었다고 보기는 어려운 점(OOO),

「법인세법」 제19조 제1항에서 손금을 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용의 금액으로 규정하고 있는바, 이 건 합병으로 인하여 합병당사법인을 기준으로 순자산이 외부로 유출되어 감소된 사정은 없어 보이는 점,

또한, 청구법인은 쟁점피합병법인과의 합병을 적격합병으로 하여 쟁점피합병법인의 영업과정에서 발생한 유보잔액과 이월결손금을 승계받았고, 이에 더하여 투자금 성격인 쟁점포합주식가액을 추가로 손금산입하는 것은 사실상 이중공제의 효과가 있어 부당한 결과에 이르는 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

【관련법령】

「법인세법」 제19조