특별행정심판례정보

【세목】

종합소득

【재결요지】

쟁점감면은 5년간 국외에서 거주할 것을 요건으로 하는바, 실질과세 원칙을 고려하더라도 쟁점감면의 요건을 충족한 것으로 보기 어려움

【주문】

심판청구를 기각한다.

【이유】

1. 처분개요

가. 청구인은 미국에서 석ㆍ박사 학위를 취득하여 미국(현지)법인에서 근무하다가 2024년 귀국 이후부터는 ㈜A의 연구부서에서 근무하고 있는데, 2025.7.17. 처분청에 「조세특례제한법」 제18조의3(내국인 우수인력의 국내복귀에 대한 소득세감면)에 근거한 세액감면(이하 “쟁점감면”이라 한다)을 적용하여 2024년 귀속 종합소득세 OOO원을 환급해 달라는 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 쟁점감면 적용을 위한 요건(“소득세를 최초로 감면받는 날이 속하는 과세기간의 직전 5개 과세기간 동안 국외에서 거주했을 것” 부분으로, 이하 “쟁점요건”이라 한다)이 충족되지 않았다며 2025.9.15. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.10.2. 이의신청을 거쳐, 2025.12.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2019년 ∼ 2023년(직전 5개 과세기간) 중 2020ㆍ2021년의 국외 거주기간이 183일에 미달하여 형식적으로는 국외 거주로 보기 어렵더라도, 이는 당시 코로나 사태로 인한 불가항력적 상황이었음을 고려하여야 하고, 그 당시에도 실질적으로는 미국법인의 업무를 계속 수행해 왔기에, 세법상 실질과세 원칙에 따라 청구인에게 쟁점감면을 적용함이 타당하다.

나. 처분청 의견

세법상 비과세ㆍ감면과 관련된 규정은 엄격 해석의 원칙이 적용되는데, 쟁점요건을 규정하고 있는 법령상의 문언은, 직전 5개 과세기간 동안 국외에 거주하여야 한다고 명확히 규정되어 있는 이상, 이를 확장ㆍ유추 해석하여 자신에게 유리하게 적용시켜 달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점감면(내국인 우수인력의 국내 복귀에 대한 세액감면) 적용을 위한 요건(직전 5개 과세기간 동안 국외 거주) 충족 여부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인으로부터 쟁점감면 신청서와 함께 학위증명, 출입국 사실증명, 국외 연구부서에 근무한 이력, 국내법인 근무현황(연구전담부서) 등과 관련한 자료를 제출받았는데, 이들 중 출입국 증명서상의 국외체류일을 근거(감면요건 불충)로 이 건 (거부)처분을 하였다(청구인의 국외체류일수에 대해서는 양측 간의 이견은 없다).

(2) 청구인은 미국에 거주하던 중 코로나 사태로 비자 갱신에 문제가 발생하여, 2020.6.10. 귀국할 수밖에 없었고, 이에 미국(근무)법인의 양해를 받아 한국에서 재택근무를 하던 중 비자 문제가 해소되어 다시 미국으로 출국하여 근무하다가 귀국한 것이라며, 미국(현지)법인 본사 관계자가 작성한 사실확인서(2017.5.22.∼2023.9.9. 중 청구인은 미국본사 직원으로 근무하였음을 확인함)를 제시하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점요건의 형식적 충족에는, 당시 불가항력적 상황(코로나 사태로 2020ㆍ2021년에 183일 이상 미국에서 거주하는 것은 사실상 불가능)이 있었음을 고려하여야 하고, 반면 실질적 측면에서는 그 기간 중에도 미국법인의 업무를 계속 수행해 왔기에 사실상의 요건은 충족된 것으로 보아야 한다고 주장하나,

조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격 해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고, 비과세 및 조세감면 요건에 해당하는 경우에도 적용되어야 하는 것으로, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세 요건이나 조세감면 요건을 합리적인 이유 없이 확장ㆍ유추 해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니 될 것인바(OOO),

쟁점감면을 규정하고 있는 「조세특례제한법」 제18조의3은 세액감면 적용을 위한 쟁점요건을 규정하고 있을 뿐, 쟁점요건을 갖추지 못하게 된 특별한 사정 등을 고려한 별도의 예외 규정은 달리 두고 있지 않은 점(감면요건이 엄격히 규정되어야 하는 점을 고려하면 그에 대한 예외 또한 엄격히 규정되어야 함은 너무나 당연하다),

쟁점요건 문언에 따르면, (단순히 5년간 국외업무를 수행하였어야 함을 요구한 것이 아니라) 5년간 국외에서 거주하였어야 함을 요구한 것이 명확히 드러나는바, 설령 실질과세 원칙을 고려하더라도 청구주장이 쟁점요건을 갖춘 것이었다고 보기 어려운 점(수행한 업무의 성격과 거주 장소는 반드시 일치하는 것이 아니어서, 국외업무 수행이 곧 국외 거주로 인정되는 것은 아니다) 등에 비추어, 처분청이 쟁점감면을 적용하여 소득세(일부)를 환급해 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 따라 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 규정

(1) 조세특례제한법

제18조의3(내국인 우수인력의 국내복귀에 대한 소득세감면) ① 학위 취득 후 국외에서 5년 이상 거주하면서 연구개발 및 기술개발 경험을 가진 사람으로서 대통령령으로 정하는 내국인 우수 인력이 국내에 거주하면서 대통령령으로 정하는 연구기관 등(이하 이 조에서 “연구기관등”이라 한다)에 취업하여 받는 근로소득으로서 취업일(2025년 12월 31일 이전인 경우만 해당한다)부터 10년이 되는 날이 속하는 달까지 발생한 근로소득에 대해서는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 소득세 감면기간은 소득세를 감면받은 사람이 다른 연구기관등에 취업하는 경우에 관계없이 소득세를 감면받은 최초 취업일부터 계산한다.

② 원천징수의무자가 제1항에 따라 소득세가 감면되는 근로소득을 지급할 때에는 「소득세법」제127조에 따라 징수할 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 원천징수한다.

③ 제1항을 적용받으려는 사람은 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 국외 거주기간의 판정방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제16조의3(내국인 우수인력의 국내복귀에 대한 소득세감면) ① 법 제18조의3 제1항 전단에서 “대통령령으로 정하는 내국인 우수 인력”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 사람을 말한다.

1. 자연계ㆍ이공계ㆍ의학계 분야의 박사 학위를 소지한 사람일 것

2. 제2항 각 호의 기관 또는 부서에 취업한 날 또는 소득세를 최초로 감면받는 날이 속하는 과세기간의 직전 5개 과세기간 동안 국외에서 거주했을 것. 이 경우 1개 과세기간에 183일 이상 국외에서 체류한 경우 해당 과세기간에는 국외에서 거주한 것으로 본다.

3. 기획재정부령으로 정하는 국외의 대학 및 연구기관 등에서 5년 이상 연구개발 및 기술개발 경험이 있을 것

4. 근로를 제공하는 기업과 「국세기본법 시행령」제1조의2제1항 또는 제3항에 따른 친족관계 또는 경영지배관계에 있지 않을 것. 다만, 경영지배관계에 있는지 여부를 판단할 때 「국세기본법 시행령」제1조의2제4항제1호나목의 요건은 적용하지 않는다.

5. 해당 과세기간 종료일 현재 대한민국의 국적을 가진 사람일 것

6. 제2항 각 호의 기관 또는 부서에서 연구원(행정 사무만을 담당하는 사람은 제외한다)으로 근무하는 사람일 것

② 법 제18조의3 제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 연구기관 등"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관 또는 부서를 말한다.

1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의2 제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

2. 「정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」제2조에 따른 정부출연연구기관 및 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」제2조에 따른 과학기술분야 정부출연연구기관과 그 부설 연구기관

3. 「특정연구기관 육성법」제2조에 따른 특정연구기관 및 그 부설 연구기관

4. 「고등교육법」제2조에 따른 대학, 산업대학, 전문대학 또는 기술대학 및 그 부설 연구기관

5. 「한국해양과학기술원법」에 따라 설립된 한국해양과학기술원

6. 「국방과학연구소법」에 따라 설립된 국방과학연구소

7. 「산업기술혁신 촉진법」제42조에 따른 전문생산기술연구소

8. 「산업기술연구조합 육성법」에 따라 설립된 산업기술연구조합

③ 법 제18조의3 제1항에 따라 소득세를 감면받으려는 사람은 근로를 제공한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 원천징수의무자를 거쳐 원천징수 관할 세무서장에게 세액감면신청서를 제출해야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 국외의 연구개발 및 기술개발 경험의 판정방법과 그 밖에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

(3) 조세특례제한법 시행규칙

제10조(내국인 우수인력의 국내복귀에 대한 소득세감면) ① 영 제16조의3 제1항 제1호를 적용할 때 자연계ㆍ이공계ㆍ의학계 분야의 예시는 별표 1의2와 같다.

② 영 제16조의3 제1항 제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 국외의 대학 및 연구기관 등"이란 외국의 대학과 그 부설연구소, 국책연구기관 및 기업부설연구소(이하 이 조에서 "국외연구기관등"이라 한다)를 말한다.

③ 영 제16조의3 제1항 제3호를 적용할 때 국외연구기관등에서 연구원(행정 사무만을 담당하는 사람은 제외한다)으로 근무한 기간이 합산하여 5년(휴직 등으로 인해 실제로 연구원으로 근무하지 않은 기간을 제외한다) 이상인 경우에는 연구개발 및 기술개발 경험이 있는 것으로 본다.

④ 영 제16조의3 제3항에 따른 세액감면신청서를 제출하는 경우에는 다음 각 호의 서류를 함께 제출해야 한다.

1. 박사학위증명서

2. 「재외국민등록법」제7조에 따른 재외국민등록부 등본 등 국외에서 5년 이상 거주하였음을 증명할 수 있는 서류

3. 국외의 대학 및 연구기관 등에서 5년 이상 연구개발 및 기술개발 경험이 있음을 증명할 수 있는 서류로서 다음 각 목의 내용이 포함된 증명서

가. 감면신청자의 이름

나. 국외연구기관등의 명칭 및 주소

다. 국외연구기관등에서 근무한 기간, 근무부서, 연구분야 및 해당 부서 책임자의 확인

4. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙」 별지 제5호서식의 기업부설연구소 인정서, 같은 규칙 별지 제7호서식의 연구개발전담부서 인정서 및 그 밖에 영 제16조의3 제2항 각 호의 기관 또는 부서에서 근무하고 있음을 증명하는 서류

【관련법령】

「조세특례제한법」 제18조의3