쟁점토지에 지식산업센터 신축공사가 착공되지 않은 것으로 보아 종합부동산세를 부과한 처분의 당부
【세목】
종합부동산
【재결요지】
이 건 종합부동산세 과세기준일인 2025.6.1. 현재 쟁점토지는 2022~2024년의 과세기준일과 동일한 상태로 판단을 달리할 사정이 없음.
【참조결정】
조심2017서1011 / 조심2025중1684 / 조심2025지0151
【주문】
심판청구를 기각한다.
【이유】
1. 처분개요
가. 청구법인은 2022.2.28. OOO로부터 OOO 토지 30,396㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여, 시행사로서 쟁점토지에 지식산업센터를 신축하는 사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 추진하였고, 2022.4.15. 쟁점토지 위에 신축하려고 하는 지식산업센터 등에 대한 건축허가를 받은 후, 2022.5.3. 착공신고필증을 교부받았다.
나. 경기도 남양주시장(이하 “남양주시장”이라 한다)은 「지방세법」 제106조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조 제8항 제5호 등에 따라 당초 쟁점토지는 지식산업센터 신축부지로서 재산세에 대하여 분리과세, 별도합산과세 또는 감면 등이 적용되는 토지에 해당한다고 보고 청구법인에 2022년도 및 2023년도 토지분 재산세를 부과하였으나, 이후 2024.4.24. 현장점검을 실시한 결과 쟁점토지에 터파기 공사 등이 진행되지 아니하는 등 쟁점사업에 따른 지식산업센터 신축공사가 착수되지 않은 사실을 확인하고 가설건축물이 부설된 토지 33㎡를 제외한 쟁점토지의 나머지 부분을 종합합산과세대상으로 보아, 청구법인에 2022년～2025년 귀속 재산세를 부과ㆍ고지하였다.
다. 이에 따라 처분청은 「종합부동산세법」 제6조 및 제12조 등에 따라 2025.11.20. 청구법인에 2025년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.2.19. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
재산세 과세기준일 현재 쟁점토지는 지식산업센터 건축허가를 득하고 착공신고를 한 후 건축물의 신축을 위한 공사를 진행하는 토지로서 「지방세법」 제106조 제1항 제3호의 재산세 분리과세대상이므로 종합부동산세 과세대상에 해당하지 아니한다.
쟁점토지는 통상의 토지조성공사 분양부지와 달리 OOO가 택지 개발을 하면서 인근의 부지에 대한 평탄화 작업을 하고 남은 토사를 쟁점토지에 쌓아 두었기에 경계면에 펜스 설치와 더불어 잡목 제거와 토사 반출 등 표토 정리，벌개제근 작업을 진행한 바, 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위해 지식산업센터를 신축 또는 증축 중인 토지에 해당한다.
나. 처분청 의견
종합부동산세 납세의무자는 「종합부동산세법」 제7조의 규정에 의하여 과세기준일 현재 지방세법상 재산세의 납세의무자에게 있으므로 해당 지방자치단체에서 지방세법상 재산세가 과세된 이상 종합부동산세 납세의무가 있으며, 같은 법 제6조에서 종합부동산세의 비과세는 재산세의 비과세ㆍ과세면제 규정을 준용한다고 명시되어 있으므로 재산세와 종합부동산세가 완전히 독립된 세금이라고 보기는 어렵다(조심 2017서1011, 2017.4.18.).
종합부동산세 과세와 관련하여 과세자료 등을 처리함에 있어 재산세를 먼저 조정할 사항인 경우에는 관할 시장ㆍ군수에게 의견조회를 하여 그 결과에 따라 처리하도록 「종합부동산세법」 제22조, 같은 법 시행령 제18조, 종합부동산세 사무처리규정 제59조에 규정하고 있고, 현재 동일 사건에 대해 의정부지방법원 OOO 사건이 소송 계속 중에 있어 청구법인에게 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점토지에 지식산업센터 신축공사가 착공되지 않은 것으로 보아 종합부동산세를 부과한 처분의 당부
나. 관련 법률 : <별지> 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인이 남양주시장이 청구법인에 한 쟁점토지에 대한 2022년도 및 2023년도 재산세 부과처분에 불복하여 제기한 심판청구에 대하여 우리 원은 기각 결정(조심 2025지151, 2025.7.25.)을 하였고, 그 결정문에서 확인되는 사실관계 등은 다음과 같다.
(가) 남양주시장은 쟁점토지와 관련하여 2024.6.24. 청구법인에 당초 별도합산과세 및 「지방세특례제한법」상 감면이 적용된 토지 면적 대부분을 종합합산과세로 변경하는 것으로 과세예고통지하였다.
(나) 남양주시장은 당초 재산세를 부과할 때, 지식산업센터 신설 승인 면적 중 지식산업센터시설 내 제조시설에 해당하는 비율에 대해서는 「지방세특례제한법」 제58조의2 감면대상 및 분리과세대상으로 구분하고, 나머지 부대시설에 해당하는 비율에 대해서는 건축 중인 토지로 보아 별도합산과세대상으로 판단하였으나, 2024년 6월 현지출장 결과, 쟁점토지의 현황을 나대지로 확인하고 가설건축물의 바닥면적 33㎡는 별도합산과세대상으로 보되, 나머지 면적 30,363㎡는 종합합산과세대상으로 보아 청구법인에 재산세를 부과ㆍ고지하였다.
(다) 남양주시장의 2024.4.29.자 출장결과보고서에서, 쟁점토지는 착공허가일(2022.4.15.)로부터 2년이 경과하였음에도 터파기 작업 등이 진행되지 않은 나대지로 종합합산과세대상으로 변경하는 것이 타당하다는 취지의 내용이 확인되고, 해당보고서상 현장사진은 아래 <그림1>과 같다.
<그림1> 출장결과보고서상 쟁점토지 사진 등
ㅇㅇㅇ
(라) 주식회사 A 건축사사무소(감리업체)가 2024.7.16. 남양주시장에게 보낸 “과세자료 요청에 대한 회신” 문서에 따르면, 공사진행내역은 아래 <그림2>와 같이 확인된다.
<그림2> 감리업체가 제출한 공사진행내역
ㅇㅇㅇ
(마) 청구법인은 2022.8.8. “OOO 다산지금 공공주택지구 자족1 지식산업센터 신축공사 실착공 연기 및 현장 업무 일시 중지 요청 공문”을 시공사에 발송했으며, 해당 문서에서 금융시장 악화 등으로 인한 실착공 연기 요청 내용이 확인된다.
(2) 종합부동산세의 과세기준일인 2025.6.1. 현재 쟁점토지는 2022～2024년 과세기준일과 같은 상태(대부분 나대지)인 것에 대해 청구법인과 처분청 모두 이견이 없다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지는 「지방세법」에 따른 재산세 분리과세대상 토지이므로, 종합부동산세 비과세 대상에 해당한다고 주장하나, 남양주시장이 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 보고 재산세를 부과한 처분에 불복하여 청구법인이 제기한 심판청구를 우리 원이 기각 결정(조심 2025지151, 2025.7.25.)하였고, 이와 관련한 2022～2024년 귀속 종합부동산세에 대한 심판청구에 대해서도 기각결정(조심 2025중1684, 2025.11.27.)한바, 이 건 종합부동산세 과세기준일인 2025.6.1. 현재 쟁점토지는 2022～2024년의 과세기준일과 동일한 상태로 판단을 달리할 사정이 없는 점에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
<별지> 관련 법령
(1) 종합부동산세법
제3조(과세기준일) 종합부동산세의 과세기준일은 「지방세법」 제114조에 따른 재산세의 과세기준일로 한다.
제5조(과세구분 및 세액) ① 종합부동산세는 주택에 대한 종합부동산세와 토지에 대한 종합부동산세의 세액을 합한 금액을 그 세액으로 한다.
② 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 제14조 제1항 및 제3항에 따른 토지분 종합합산세액과 같은 조 제4항 및 제6항에 따른 토지분 별도합산세액을 합한 금액으로 한다.
제6조(비과세 등) ① 「지방세특례제한법」 또는 「조세특례제한법」에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 "재산세의 감면규정"이라 한다)은 종합부동산세를 부과하는 경우에 준용한다.
④ 제1항 및 제2항의 재산세의 감면규정 또는 분리과세규정에 따라 종합부동산세를 경감하는 것이 종합부동산세를 부과하는 취지에 비추어 적합하지 않은 것으로 인정되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 종합부동산세를 부과할 때 제1항 및 제2항 또는 그 분리과세규정을 적용하지 아니한다.
제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다.
제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.
1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자
2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자
제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.
② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.
③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.
제14조(세율 및 세액) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "토지분 종합합산세액"이라 한다)으로 한다.
③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.
④ 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "토지분 별도합산세액"이라 한다)으로 한다.
⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.
(2) 지방세법
제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다. (각 호 생략)
(3) 지방세특례제한법
제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2025년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
가. 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 경우로서 다음의 어느 하나에 해당하는 경우
1) 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우
2) 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 사업시설용으로 직접 사용하지 아니한 경우
3) 해당 용도로 직접 사용한 기간이 4년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
나. 분양 또는 임대하기 위하여 부동산을 취득하는 경우로서 다음의 어느 하나에 해당하는 경우
1) 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우
2) 그 취득일부터 5년 이내에 사업시설용으로 분양ㆍ임대하지 아니하거나 다른 용도로 사용하는 경우
2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 그 사업시설용으로 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 해당 부동산에 대한 재산세 납세의무가 최초로 성립한 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감한다.
② 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
1. 2025년 12월 31일까지 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
나. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 4년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하는 부동산에 대해서는 해당 부동산에 대한 재산세 납세의무가 최초로 성립한 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 2025년 12월 31일까지 경감한다.
【관련법령】
「지방세법 시행령」 제102조