농지대토에 따른 사후관리 기간이 경과하기 전 총급여액이 3,700만원 이상인 과세기간이 있어 자경 요건을 미충족한 것으로 보아 과세한 처분의 당부
【세목】
양도
【재결요지】
조세특례제한법상 ‘과세기간’을 정의하고 있는 규정은 없으므로 「조세특례제한법 시행령」제66조 제14항의 ‘과세기간’은 「소득세법」에서 정한 바에 따라 매년 ‘1월 1일부터 12월 31일까지 1년’으로 해석하여야 하는 점, 청구인이 신규농지의 경작을 개시한 이후 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전인 0000년에 청구인의 총급여액 합계액이 3,700백만원 이상인 점 등에 비추어, 처분청이 청구인에게 대토농지 감면 요건을 충족하지 못한 사유가 발생하였다고 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨
【주문】
심판청구를 기각한다.
【이유】
1. 처분개요
가. 청구인은 2016.2.4. 취득한 OOO(이하 “종전농지”라 한다)가 2020.3.9. 공공용지로 수용됨에 따라 「조세특례제한법」 제70조에 따른 농지대토 감면을 적용하여 처분청에 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
나. 부산지방국세청장은 처분청에 대한 종합감사 결과, 청구인이 OOO(이하 “신규농지”라 한다)를 취득(2019.12.10.)하여 자경하는 과정에서, 종전농지 및 신규농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전인 2022～2024년 과세기간 총급여액이 연 OOO원 이상이므로 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제14항 제1호에 따른 사후관리 요건을 위반한 것으로 판단하고, 2025년 4월경 당초 감면세액을 추징하도록 처분청에 지시하였다.
다. 처분청은 이에 따라 2025.9.15. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
라. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.25. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 처분청은 당초 2022년 및 2023년 귀속 총급여액 초과만을 문제 삼아 처분하였고, 청구인은 이에 대응하여 경정청구를 통해 소득 요건을 바로잡았다. 그러나 처분청은 심판 단계에 이르러서야 당초 처분 사유에 없었던 '2024년 귀속 총급여액 초과'를 새로운 처분 사유로 제기하고 있다. 이는 발생 연도와 사실관계가 다른 별개의 쟁점을 사후적으로 추가한 것으로서, 처분의 동일성을 벗어난 처분사유의 사후적인 추가에 해당하고, 청구인의 방어권을 침해하는 위법한 행위이다.
(2) 청구인의 8년 경작 기간은 2024.2.4. 만료되므로, 소득 요건 역시 해당 시점까지만 한정하여 해석함이 타당하다. 「소득세법」상 과세기간(1년)을 기준으로 요건을 판단하는 것은 행정 편의적 규정일 뿐, 연도 중에 경작 기간이 종료되는 경우까지 과세기간 전체 소득을 합산하는 것은 8년 자경을 인정받기 위해 사실상 9개년(2016～2024년) 동안 소득 요건 준수를 강요하는 결과가 되어 비례의 원칙에 어긋나고, 입법 취지를 넘어선 과도한 해석이다. 따라서 2024년 소득은 2024.2.4.까지의 소득을 안분 계산하거나 그 이후의 소득이 요건 판단에 영향을 미쳐서는 안 된다.
(3) 청구인의 2024년 1월 및 2월 급여는 각 OOO원이며, 이 중 식대 및 자가운전보조금 등 비과세 항목(OOO원)을 제외하면 연 환산 소득은 OOO원 미만이다. 또한 연말에 지급된 성과급 OOO원 중 OOO원은 회사 경비로 반납되어 실제 수령액이 아님에도 이를 총급여액에 포함하는 것은 실질과세 원칙에 반하는 것으로 이에 대해서는 추후 별도의 경정신청을 통해 소득금액을 바로잡을 예정이다.
나. 처분청 의견
(1) 처분청은 과세예고통지 시 “종합감사결과 2020년 신고한 양도소득세 농지대토 감면에 대한 직접경작 위반사항이 확인되어 다음과 같이 고지하고자 합니다”라고 기재하였고, 내방한 청구인에게 사후관리 위반 사항을 구두로 충분히 안내하였다. 과세 당시에는 2022～2024년 모두 총급여액이 OOO원을 초과하였으므로 사후관리기간동안 소득 요건을 위반했다는 사실을 분명히 설명하였고, 청구인 역시 2022, 2023년의 비과세 소득 제외를 논거로 심판청구한 것으로 보아 고지 내용을 명확히 인지하고 있던 것으로 보인다. 사후관리기간이 2023년까지인지 2024년까지인지에 대한 판단은 청구인측에서 한 것이지 2022, 2023년만 위반되었다고 설명하거나 공식적인 문서 등을 통해 통지한 내역이 없다.
(2) 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제14항은 자경 기간에서 제외되는 기준으로 '과세기간'의 총급여액 합계액을 명시하고 있다. 청구인의 8년 자경 기간이 경과하기 전인 2024년의 총급여액이 OOO원으로 확인되는바, 해당 과세기간 전체가 자경기간에서 제외되는 것이 타당하고 이 경우 청구인의 최종 자경 합산 기간은 8년에 미달하게 됨이 명백하므로 당초 처분은 타당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
농지대토에 따른 사후관리 기간이 경과하기 전 총급여액이 OOO원 이상인 과세기간이 있어 자경 요건을 미충족한 것으로 보아 과세한 처분의 당부
나. 관련 법령 : <별지> 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인의 종전농지의 경작개시일은 2016.2.4.로서, 「조세특례제한법」 제70조 제1항 및 같은 법 시행령 제67조 제3항 제2호에 따라 대토농지에 대한 감면을 받기 위한 종전농지와 신규농지의 경작기간을 합산한 기간이 8년을 경과하는 날은 2024.2.4.이다.
(2) 청구인의 근로소득지급명세서상 2022～2023년 귀속 총급여는 OOO원 미만으로 확인되고, 2024년 귀속 총급여는 OOO원으로 확인된다.
(3) 부산지방국세청장이 처분청에 보낸 감사 결과 처분 지시서에는 “2022～2024년 과세기간 총급여액이 OOO원을 초과하여 당초 감면세액을 추징”해야 한다는 내용이 명시되어 있으나, 처분청이 청구인에게 발송한 과세예고통지서에는 구체적인 과세기간 표기 없이 “종합감사결과 2020년 신고한 양도소득세 농지대토 감면에 대한 직접경작 위반사항이 확인되어 다음과 같이 고지하고자 합니다”라고 기재되어 있음이 확인된다.
(4) 청구인이 제출한 급여명세서상 2024년 1월 및 2월 급여는 OOO원으로 확인되고(아래 <그림1> 참고), 청구인은 해당 월 급여에 OOO원(식대 OOO원, 자가운전보조금 OOO원, 일직료 OOO원)이 포함되어 있으며, 이를 차감하여 연환산하면 OOO원으로 OOO원 미만이라는 주장이다.
<그림1> 청구인의 2024년 1월ㆍ2월 급여명세서
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(5) 2024년 12월 청구인이 주식회사 A로부터 지급받은 성과급 OOO원 중 OOO원의 회사 경비 반납 여부는 청구인 주장 외에 객관적 증빙은 없다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 2024년 2월경 종전농지와 신규농지의 경작기간을 합산한 기간이 8년을 충족하므로 2024년 전체 기간에 대한 근로소득 합계액이 OOO원 이상이라는 이유로 2024년 전체 기간에 대한 경작을 인정하지 않는 것은 부당하다는 주장이나, 「조세특례제한법」 제70조 제4항은 농지 대토감면을 적용받은 거주자가 대토감면 요건을 충족하지 못하게 되는 사유가 발생한 경우 감면받은 양도소득세를 납부하여야 한다고 규정하고, 「조세특례제한법 시행령」 제67조 제10항 제4호는 그 사유로서 “새로운 농지의 경작을 개시한 후 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전에 제66조 제14항에 해당하는 기간이 있는 경우”를 규정하며, 같은 령 제66조 제14항 제1호는 “총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간”을 규정하고 있는 바,
「소득세법」 제5조 제1항은 소득세 과세기간을 1월 1일부터 12월 31일까지 1년으로 한다고 규정하고 있고 이외에 「조세특례제한법」이나 같은 법 시행령에서 ‘과세기간’을 정의하고 있는 규정은 없으므로 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제14항의 ‘과세기간’은 「소득세법」에서 정한 바에 따라 매년 ‘1월 1일부터 12월 31일까지 1년’으로 해석하여야 하는 점, 청구인이 신규농지의 경작을 개시한 2016.2.4. 이후 종전농지 경작기간과 신규농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전인 2024년에 청구인의 총급여액 합계액이 OOO원 이상인 점 등에 비추어, 처분청이 청구인에게 대토농지 감면 요건을 충족하지 못한 사유가 발생하였다고 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
<별지> 관련 법령
(1) 조세특례제한법
제70조【농지대토에 대한 양도소득세 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
④ 제1항에 따라 양도소득세의 감면을 적용받은 거주자가 대통령령으로 정하는 사유가 발생하여 제1항에서 정하는 요건을 충족하지 못하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 감면받은 양도소득세를 납부하여야 한다.
⑤ 제1항에 따라 감면받은 양도소득세를 제4항에 따라 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한다.
(2) 조세특례제한법 시행령
제67조【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】① 법 제70조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 대토 전의 농지 양도일 현재 4년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(이하 이 조에서 “농지소재지”라 한다)에 거주하고 있는 자로서 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역
② 법 제70조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것
2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.
③ 법 제70조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. (생략)
2. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도한 후 종전의 농지 양도일부터 1년 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.
가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2 이상일 것
나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것
④ 제3항 제1호 및 제2호를 적용할 때 새로운 농지를 취득한 후 4년 이내에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 4년 동안 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다.
⑤ 제3항 제1호 및 제2호를 적용할 때 새로운 농지를 취득한 후 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전에 농지 소유자가 사망한 경우로서 상속인이 농지소재지에 거주하면서 계속 경작한 때에는 피상속인의 경작기간과 상속인의 경작기간을 통산한다.
⑥ 제3항 제1호 및 제2호를 적용할 때 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간의 계산에 관하여는 제66조 제14항을 준용한다. 이 경우 새로운 농지의 경작기간을 계산할 때 새로운 농지의 경작을 개시한 후 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전에 제66조 제14항에 해당하는 기간이 있는 경우에는 새로운 농지를 계속하여 경작하지 아니한 것으로 본다.
⑦～⑨ (생략)
⑩ 법 제70조 제4항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 이 경우 경작기간의 계산 등에 관하여는 제4항 및 제5항을 준용한다.
1. (생략)
2. (생략)
3. 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 미만인 경우
4. 새로운 농지의 경작을 개시한 후 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전에 제66조 제14항에 해당하는 기간이 있는 경우
제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.
1. 「소득세법」제19조 제2항에 따른 사업소득금액(생략)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.
(3) 소득세법
제5조【과세기간】① 소득세의 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지 1년으로 한다.