쟁점보상금에 대한 양도시기는 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결에 따른 최초 양도시기이므로 부과제척기간이 이미 경과하였다는 청구주장의 당부
【세목】
양도
【재결요지】
① 쟁점판결로 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결이 모두 무효로서 그에 터잡은 쟁점토지에 대한 소유권이전등기 또한 무효라고 할 것이고, 무효임을 알면서도 이를 다시 추인한 것은 민법§139의 단서에 따라 새로운 법률행위로 한 것으로 간주될 뿐 무효인 쟁점토지의 소유권이전등기가 소급하여 유효한 등기로 전환되는 것은 아니라 할 것인 점 등에 비추어 청구구장을 받아들이기 어려움② 위에서 살핀바와 같이 쟁점보상금 과련 쟁점토지의 양도시를 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결에 따른 최초 양도일로 볼 수 없음③ 청구인들이 제출한 쟁점토지 현장사진을 살펴보면 쟁점토지가 양도일 현재 실제 사용현황상 농지에 해당한다고 보기 어렵고, 쟁점토지가 양도일 현재 일시적 휴경상태라고 보기도 어려움
【참조결정】
조심2022중2716 / 조심2016광4259
【주문】
심판청구를 기각한다.
【이유】
1. 처분개요
가. 청구인 A 외 34명(이하 “청구인들”이라 한다)은 청구인들이 보유한 제주특별자치도 서귀포시 OOO 소재 토지를 B(2002.4.16. 구 「제주국제자유도시 특별법」에 따라 설립되었고, 이하 “B”라 한다)와 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의를 통해 토지의 소유권을 이전(이하 “쟁점협의취득”이라 한다)하고 보상금을 받거나, B가 2006.8.1. 제주특별자치도 지방토지수용위원회에 수용재결을 신청하여 2006.12.7. 수용재결(이하 “쟁점수용재결”이라 한다) 됨에 따라 토지(쟁점협의취득에 따른 토지와 합하여 이하 “쟁점토지”라 하고, 청구인별 쟁점토지의 명세는 <별지2>와 같다)의 소유권을 이전하였으며, 이에 대하여 2023~2025년 귀속 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다[청구인들 중 일부는 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에 따른 자경농지 감면을 적용받음].
나. 제주특별자치도 서귀포시장은 2005.11.14. 제주특별자치도 서귀포시 OOO 일원 727,600㎡(이하 “이 건 사업부지”라 한다)에 콘도미니엄ㆍ전원주택ㆍ의료시설ㆍ휴양문화시설ㆍ공공편익시설ㆍ스포츠시설 등을 설치하는 휴양형 주거단지 개발사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 목적으로 하는 도시계획시설사업의 시행자를 B로 지정하고[이후 시행자가 D 주식회사(이하 “D”이라 한다)로 변경됨] 실시계획 인가처분(이하 “이 건 인가처분”이라 한다)을 하였다.
다. 이후 청구인들을 비롯한 이 건 사업부지 소유자들이 B 등을 상대로 제기한 소송에서, 대법원은 이 건 사업이 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」상 유원지에 해당하지 않는 것이 문언상 분명함에도 불구하고 이 건 사업을 유원지로 보아 이 건 인가처분을 한 것은 그 하자가 중대ㆍ명백하여 당연무효이고, 당연무효인 이 건 인가처분에 기초한 수용재결 또한 당연무효에 해당한다고 판결하였으며(대법원 2015.3.20. 선고 OOO 판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다), B는 대법원 판결 이후 사업을 중단하였다.
라. 이 건 사업부지 소유자들 중 일부는 B 및 D을 상대로 협의매수 또는 수용재결을 원인으로 양도한 토지에 대하여 소유권이전등기 말소를 구하는 소송을 제기하였고, 제주지방법원의 1심 판결 이후 광주고등법원의 조정을 갈음하는 결정(이하 “쟁점조정결정”이라 한다)에 따라, B로부터 쟁점토지에 대한 감정평가액에서 기지급한 보상금을 차감한 금액을 추가보상금(이하 “쟁점보상금”이라 한다)으로 지급받는 것으로 합의(이하 “쟁점합의”라 한다)하였으며, 이에 청구인들은 쟁점합의일 또는 쟁점보상금 지급일을 양도일로 하고 쟁점토지에 대한 감정평가금액을 쟁점토지의 양도가액으로 하여 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다.
마. 이후 청구인들은 광명세무서장 등 9명(이하 “처분청들”이라 한다)에게, 쟁점판결로 수용재결 및 협의취득이 당연무효가 되었더라도 쟁점수용재결 및 쟁점협의취득이 유효하다는 전제로 최초 양도 당시의 토지 현황을 기준으로 감정평가하고 쟁점보상금을 지급한 것으로서, 쟁점보상금은 최초 양도일에 납세의무가 성립한 양도소득이고 이미 부과제척기간이 경과하였으므로 청구인들이 수정신고ㆍ납부한 양도소득세 합계 OOO원을 환급하여야 하고, 만일 양도일을 쟁점조정결정일로 보더라도 최초 양도일에 자경농지 감면 대상에 해당한 토지에 대해서는 최초 양도일 당시 농지의 현황을 기준으로 하여 자경농지 감면을 적용하여야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였다.
바. 처분청들은 쟁점조정결정일을 쟁점토지의 양도일로 보아야 하고, 자경농지 감면의 대상이 되는 자경농지는 양도일을 기준으로 판단하는 것으로서 쟁점토지는 양도일 현재 자경농지로 볼 수 없다고 보아 2025.9.12.부터 2025.9.29.까지 청구인들의 경정청구를 거부하였다.
사. 청구인들은 이에 불복하여 2025.12.5. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인들 주장 및 처분청들 의견
가. 청구인들 주장
(1) 대법원이 쟁점판결로 쟁점수용재결 및 쟁점협의취득을 무효로 판단하였다고 하더라도, 당사자들이 최초 양도가 여전히 유효하다고 보는 경우 최초 양도시점에 양도소득세 납세의무가 성립한 것으로 볼 수 있으므로, 쟁점보상금의 부과제척기간은 이미 경과하였다.
(가) 대법원은 ‘자산이 매매ㆍ교환ㆍ현물출자 등의 계약이 처음부터 무효이거나 나중에 취소되는 등으로 효력이 없는 때에는, 양도인이 받은 매매대금 등은 원칙적으로 양수인에게 원상회복으로 반환되어야 할 것이므로 양도소득세의 과세대상으로 삼을 수 없음이 원칙이고, 다만 매매 등 계약이 법률상 무효에 해당한다고 하더라도, 세법에서 ‘양도’라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정하고 있을 뿐 자산이 유상으로 이전된 원인인 매매 등 계약이 법률상 유효할 것까지를 요구하고 있지는 않고, 위법 내지 탈법적인 것이어서 무효임에도 불구하고 당사자 사이에서는 그 매매 등 계약이 유효한 것으로 취급되어 매도인 등이 그 매매 등 계약의 이행으로서 매매대금 등을 수수하여 그대로 보유하고 있는 경우에는 종국적으로 경제적 이익이 매도인 등에게 귀속되는 것이므로 양도소득세를 부과할 수 있다’고 판단하였다(대법원 2011.7.21. 선고 2010두23644 전원합의체 판결).
(나) 다음과 같은 사실관계를 통해 당사자 사이에서 최초 계약이 유효한 것으로 취급되어 쟁점보상금이 지급되었음을 알 수 있으므로 최초 양도 거래가 실질적으로 유효하다고 보는 것이 타당하다.
1) 청구인들이 최초로 지급된 보상금을 받아 매수인에게 반환하지 않고 보유하고 있었으므로, 실질적으로 이에 따른 경제적 이득을 지배ㆍ관리 및 향유하고 있었다.
2) 쟁점보상금은 최초 양도 당시(개발행위 전) 현황에 의해 감정평가한 가액에 근거하여 산정된 것으로서, 만일 처분청들과 같이 쟁점조정결정이나 쟁점보상금 지급 시점을 새로운 양도 시기로 보아 해당 시점의 쟁점토지 현황(개발사업 부지, 새로 건설된 토지, 건물이 건설중인 대지 등)에 따라 감정평가했다면 청구인들은 더 높은 금액을 보상받을 수 있었으나, 당사자들이 최초 계약이 유효하다고 인정하여 감정평가 기준을 최초 양도 당시로 하기로 합의한 것이다.
3) 청구인들은 B가 쟁점수용재결, 쟁점협의취득 등에 근거하여 이 건 사업부지를 계속해서 보유하는 대신 쟁점보상금을 지급받는 것으로 합의하여 최초 양도행위가 유효한 것으로 합의하였다.
4) 쟁점토지는 B 및 D이 사업시행자로서 개발사업을 위한 공사를 진행하다가 2015년 쟁점판결 이후 현재까지 사업이 중단된 채 쟁점보상금 지급 시점까지 점유되어 있었고, 청구인들은 최초 양도 시점부터 쟁점보상금에 대한 합의일까지 쟁점토지를 사용ㆍ수익한 바가 없으므로 해당 기간에 쟁점토지를 소유하고 있었다고 볼 수 없다.
5) 최초 양도일부터 현재까지 부동산 등기사항전부증명서상 쟁점토지의 소유자는 B 및 D로 되어 있고, 청구인들에게로 소유권이전등기가 이루어진 바 없다.
(다) 법리적으로 보더라도 이 건 사업부지의 최초 양도의 효력은 「민법」상 무효행위의 전환 규정에 따라 유효한 법률행위로 전환되었으므로, 최초 양도시점에 양도소득세 납세의무가 성립한 것이다.
1) 「민법」 제138조에 따르면 무효인 법률행위가 다른 법률행위의 요건을 구비하고 당사자가 그 무효를 알았더라면 다른 법률행위를 하는 것을 의욕하였을 것으로 인정될 때는 다른 법률행위로서 효력을 가지는 것이고, 이와 관련하여 대법원은 매매계약이 약정된 매매대금의 과다로 말미암아 「민법」 제104조에서 정하는 ‘불공정한 법률행위’에 해당하여 무효인 경우에도 무효행위의 전환에 관한 위의 제138조가 적용될 수 있다고 보고, 당사자 쌍방이 위와 같은 무효를 알았더라면 대금을 다른 액으로 정하여 매매계약에 합의하였을 것이라고 예외적으로 인정되는 경우에는 그 대금액을 내용으로 하는 매매계약이 유효하게 성립한다고 판단하였다(대법원 2010.7.15. 선고 2009다50308 판결).
2) 이 건의 경우 ①청구인을 비롯한 이 건 사업부지 소유자들은 쟁점합의에 따라 쟁점보상금을 지급받고 ②B가 쟁점수용재결 및 쟁점협의취득에 따라 계속해서 쟁점토지를 보유하면서 이 건 사업을 계속 진행하는 것을 희망하고 있는바, 이로써 당사자들은 이 건 인가처분, 쟁점수용재결, 쟁점협의취득 등의 무효에도 불구하고 그러한 사정을 알았더라면 쟁점보상금이 포함된 금액으로 매매계약에 합의하였을 것이라는 가정적 의사를 도출할 수 있다.
3) 만일 무효행위의 전환이 인정되지 않는다면 청구인들을 비롯한 이 건 사업부지 소유자들은 최초 양도소득세 납부 당시 적용받았던 기준시가에 의한 양도소득세 계산 규정 등을 적용받을 수 없는 등의 불이익을 받게 되고, 이는 이미 막대한 예산(약 OOO원 이상)을 투입하였기 때문에 이 건 사업부지를 계속 보유하여 사업을 추진하려는 B 입장도 마찬가지이므로, 무효행위의 전환을 허용하는 것이 양 당사자의 입장이나 거래관념 및 형평에 부합한다 할 것이다.
4) 청구인들을 비롯한 이 건 사업부지 소유자들이 B에 이 건 사업부지를 양도한 2004년~2007년 이후 쟁점사업에 관하여 형성된 다수의 법률관계가 존재하는바, 20년 전의 토지 양도를 무효로 보아 이를 기초로 형성된 다수의 법률관계를 모두 무효로 보는 것은 법률관계에 현저한 불안을 초래하고 막대한 사회경제적 손실이 발생하는 점을 고려하면, B와 쟁점합의를 한 이 건 사업부지 소유자들 사이에는 무효인 법률행위가 유효한 것으로 전환되어 최초 쟁점토지를 양도한 시점에 쟁점보상금이 포함된 대금으로 양도행위가 유효하게 성립한 것으로 볼 수 있다.
(2) 만일 최초 양도일을 쟁점토지의 양도일로 볼 수 없다 하더라도 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세는 최초 양도일에 적용되는 법령을 기준으로 해야 하는바, 양도가액을 실지거래가액으로 산출하는 규정은 2006년 이후 양도하는 분부터 적용되는 것이므로(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된 「소득세법」 제96조 제1항) 그 이전에 양도가 발생한 건에 대해서는 최초 양도 당시 기준시가를 과세표준으로 하여 양도소득세를 부과하여야 한다.
(3) 만일 쟁점보상금 지급시기를 쟁점보상금의 양도소득세 납세의무성립일로 본다 하더라도, 청구인들 중 일부(<별지1>의 C 외 14인, 이하 “자경농민 청구인들”이라 한다) 당초 양도소득세 신고 시 적용받은 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다)상 자경농지 감면 규정은 쟁점보상금에 대해서도 동일하게 적용되어야 한다.
(가) 행정청의 귀책사유로 당초 양도시점의 법률행위가 무효로 판단되었음에도 아무런 귀책사유가 없는 자경농민 청구인들이 감면을 적용받지 못하는 것은 지나친 불이익이고 신뢰보호 원칙에도 반하므로 자경농민 청구인들에게 자경농지 감면규정을 적용하여야 하고, 그렇게 할 수 없다면 최소한 당초 인정된 감면액이라도 적용되어야 한다.
1) 조특법 제69조 제1항 및 같은 법 시행령 제133조 제1항에 따르면, ①농지 소재지에 거주하는 거주자가 ②직접 경작한 사실이 있는 농지 중 ③취득한 때로부터 양도할 때까지 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 양도일 현재의 농지를 양도하는 경우 양도소득세를 감면한다고 규정하고 있고, 농경장애 원인이 제거된다면 또다시 농경지로 이용될 수 있는 경우 일시적 휴경상태로서 양도일 현재 농지에 해당한다고 볼 수 있다(조심 2022중2716, 2022.7.15., 같은 뜻임).
2) 한편, 조세심판원은 양도인들이 행정청의 요청에 의하여 농지를 임대하면서 농지의 원형이 보존될 수 있도록 하고 임대차계약 해지 시 농지로서의 원상복구 조건을 계약상 명시하였으나, 행정청이 예산 부족을 이유로 원상복구를 거부하여 농지로 복귀되지 않은 상태에서 행정청이 해당 토지를 협의매수한 사안에서 양도인들이 행정청의 시정에 협조하기 위하여 농지를 행정청에게 임대해준 상황에서 행정청이 임대차계약상 농지로의 원상복구를 이행하지 않음으로써 양도인들에게 불필요한 조세의 부담이 발생하게 되는 것은 사회통념상 부합하지 않는 것으로 보아 행정청의 귀책사유가 명백한 경우에는 일시적 휴경상태를 인정한다고 결정하였다(조심 2016광4259, 2017.2.17.)
3) 이 건의 경우 쟁점사업의 추진을 위해 청구인들을 비롯한 사업시행지 내 토지소유자들이 쟁점토지 등의 소유권을 이전하였으나, 이 건 인가처분이 행정청의 법률해석 오류라는 귀책사유로 중대ㆍ명백한 하자가 있어 무효가 되었음에도 B가 해당 토지를 농지로 원상복구하여 반환한 사실이 없으므로, 결국 쟁점토지가 농지로 복원되지 않은 것은 청구인들의 책임이 아니라 B의 귀책사유로 인한 것인데, 이러한 사정에도 불구하고 자경농민 청구인들이 자경농지 감면을 적용받지 못하는 불이익까지 감수하는 것은 너무나 불합리하다.
(나) 또한 자경농민 청구인들은 이 건 인가처분(행정처분)이 적법하다는 합리적인 신뢰를 바탕으로 협의매수에 응하고 자경농지 감면을 적용하여 양도소득세를 신고하였는데, 이 건 인가처분의 중대하고 명백한 하자로 수용 또는 협의매수가 무효가 되어 자경농지 감면을 적용하지 못한다는 것은 종전의 법률관계가 적법ㆍ유효하고 장래에도 지속될 것이라는 신뢰에 반하는 것으로서, 국민이 종전의 법률관계나 제도가 장래에도 지속될 것이라는 합리적인 신뢰를 바탕으로 이에 적응하여 일정한 법적 지위를 형성한 경우 국가는 법적 안정성을 위하여 권리의무에 관련된 법규ㆍ제도의 개폐에 있어서 국민의 기대와 신뢰를 최대한 보호하여야 한다는 신뢰보호 원칙에 위배되는바(헌법재판소 2001.9.27. 선고 2000헌마152 전원재판부 결정, 같은 뜻임), 쟁점토지를 양도일 현재 농지로 보아 추가보상금 지급 시점의 조특법상 자경농지 감면을 적용하거나 최소한 당초 거래시점의 조특법상 자경농지 감면을 적용받은 기존 감면액이라도 재양도 시점의 양도소득세에 차감하여 반영하는 것이 조세정의와 형평에 맞을 것이다.
(다) 조특법 시행령 제66조 제5항은 양도일 현재의 농지에 대한 예외로서 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우 매매계약일 현재의 농지 기준에 따라 자경농지 감면을 적용하도록 규정하고 있고, 쟁점토지의 매매계약일은 최초 소유권이전등기 시점이므로 쟁점토지 양도에 대하여 자경농지 감면을 적용하여야 한다.
(라) 한편, 처분청들은 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결이 무효로 확정되었고, 쟁점합의에 따라 쟁점토지에 대한 새로운 매매계약이 체결된 것으로 보아야 하므로 해당 시점을 매매계약일로 보아 쟁점토지의 농지 해당 여부를 판단하여야 한다는 의견인데, 청구인들과 B의 쟁점합의는 당초 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결이 유효한 것으로 보아 청구인들이 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결에 따른 보상금을 반환하지 않고 B가 실질적으로 쟁점토지를 계속 점유하여 사용ㆍ수익 중인 상황에서 쟁점보상금을 추가로 지급받은 것으로서 그 실질은 당초 쟁점토지 양도거래의 연장으로 볼 수 있다.
나. 처분청들 의견
(1) 쟁점조정결정 및 쟁점합의에 따라 당초 무효인 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결에 따른 쟁점토지의 소유권이전등기가 유효한 것으로 추인된 이상, 쟁점합의 체결일을 쟁점토지에 대한 양도일로 보아야 할 것이므로, 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.
(가) 협의매매계약이 선행 소송에서 무효로 된 후 법원의 조정결정에 따라 추가 보상금을 수령한 경우 그 추가 보상금은 양도소득에 해당한다고 할 것이고(대법원 2018.3.15. 선고 2017두73396 판결, 같은 뜻임), 법원의 조정결정을 수용하는 의사에는 무효로 된 종전 수용재결이나 협의매매계약을 추인하면서 매매대금을 증액하기로 하는 새로운 매매계약을 체결하기로 하는 묵시적 의사의 합치가 있다고 볼 수 있으며, 「민법」 제139조 단서에 따라 당사자가 무효임을 알고도 추인한 경우 새로운 법률행위로 보아야 할 것인바, 법원의 조정결정이 확정된 날 새로운 매매계약이 체결된 것으로 보아야 한다(서울고등법원 2017.11.15. 선고 2017누43083 판결, 같은 뜻임).
(나) 한편 법원의 조정결정을 거치지 않고 양 당사자간 추가보상금 지급에 관한 합의를 하는 경우 무효인 협의매매계약을 추인하면서 매매대금을 증액하기로 하는 새로운 매매계약을 체결한다는 명시적 의사의 합치가 있었다고 할 것인바, 새로운 합의를 체결한 날을 매매계약의 체결일로 보아야 할 것이고, 실체적 요건의 흠결이 있어 무효인 소유권이전등기가 그 후 등기에 대응하는 실체관계가 존재하게 된 때에는 그 후부터 유효한 등기가 된다고 할 것이다(대법원 1970.12.24. 선고 70다1630 판결, 같은 뜻임).
(다) 이 건의 경우 쟁점판결에 따라 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결과 관련된 행정청의 처분이 무효가 됨에 따라 쟁점토지에 대한 당초 소유권이전등기 등이 소급하여 무효가 되었으나, 법원의 쟁점조정결정에 따라 그 결정일에 쟁점토지에 관한 소유권이전등기가 유효한 것으로 되었다고 볼 수 있고, 별도로 쟁점소송을 제기하지 아니하였거나 소 취하 후 쟁점보상금을 지급받기로 합의한 경우에는 쟁점합의를 체결한 날 쟁점토지에 관한 소유권이전등기가 유효한 것으로 되었다고 볼 수 있으며, 「소득세법」상 양도시기는 잔금청산일과 소유권이전등기일 중 빠른 날이므로 이 건의 경우 쟁점조정결정일 또는 쟁점합의 체결일을 쟁점토지의 양도일로 보아야 한다.
(라) 한편 청구인들은 대법원 판례(대법원 2010.7.15. 선고 2009다50308 판결)을 원용하여 「민법」 제138조에 따라 당초 쟁점토지에 관한 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결 등이 유효한 법률행위로 전환되었으므로 양도 시기 또한 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결에 따른 소유권이전등기일로 보아야 한다고 주장하나, 위 판례의 경우 매매계약이 과도한 매매대금으로서 불공정한 법률 행위에 해당하여 무효인 경우로서 당사자가 무효임을 인지하였다면 적정한 수준의 매매대금으로 감액한 다른 매매계약에 합의하였을 것이라고 예외적으로 인정되는 경우라고 보아 그 다른 대금으로 정한 매매계약이 유효한 계약으로 전환된다는 취지의 판례로, 이 건의 경우 쟁점사업의 실시계획 인가처분 및 쟁점수용재결 처분이 무효라고 판단한 쟁점판결의 취지를 고려할 때 청구인들과 B의 가정적 의사에 따르더라도 최초 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결 시로 소급하여 유효한 법률행위로 전환될 수 없는 경우이므로 청구인들의 주장을 받아들이기 어렵다.
(마) 또한 청구인들은 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결에 따라 지급받은 보상금이 계약금에 해당하고 쟁점합의에 따라 최초 소유권등기일부터 그 소유권이 B에게 있음이 확인되는 이상 쟁점토지에 관한 양도 시기를 최초 소유권이전등기일로 보아야 한다고도 주장하나, 쟁점합의에 따라 지급된 쟁점보상금의 경우 기존 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결에 따라 지급된 보상금과 별도의 보상금이고, 합의서상 ‘기지급보상금’ 및 ‘추가보상금’으로 기재되었다 하더라도 기지급보상금은 B에 반환의무가 있는 최초 양도대금이고 추가보상금은 새로운 양도계약에 의한 양도가액에서 미반환 양도대금을 제외하여 정산할 금액이지, 최초 양도대금(보상금)에 연속된 증액보상금이라 할 수 없다.
(바) 또한 쟁점보상금은 가격산정기준일을 2023.7.25.로 하여 2023년 공시분 토지 공시지가와 2020∼2023년 사이의 인근 거래 및 평가사례를 가격자료로 활용하여 감정한 가액에 근거하여 산정된 금액이므로 최초 양도일 당시의 가치로 산정되었다고 볼 수도 없다.
(2) 조특법 제69조에서 자경감면의 대상이 되는 자경농지의 판단은 ‘양도일 현재 농지’를 기준으로 하는 것이고, 조특법 시행령 제66조 제5항에 따르더라도 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결이 무효가 된 이상 쟁점토지는 쟁점조정결정 및 쟁점합의에 따른 양도일 현재 기준으로 농지 요건을 충족하지 못하였으므로, 조특법상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용할 수 없다.
(가) 조특법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조 제5항은 농지 소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 자경한 농지로서 양도일 현재 농지에 대하여 양도소득세 감면을 규정하고 있는데, 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점조정결정일 및 쟁점합의 체결일을 쟁점토지에 대한 양도 시기로 보아야 할 것인바, 쟁점토지의 경우 양도일 현재 농지가 아니므로 조특법상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정의 요건을 충족하지 못하였다고 할 것이다.
(나) 한편, 청구인들은 쟁점토지가 조특법 제66조 제5항 제1호에 서 규정한 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우로서 최초 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결에 따른 매매계약일 현재의 농지에 해당한 이상 조특법상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하여야 한다고 주장하나, 조세법률주의 원칙상 조세감면요건 관련 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는 것이며, 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있어 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 것이라고 할 것인바, 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결에 따른 매매계약을 이 건 양도의 계약이라고 보는 것은 최초 양도와 새로운 이 건 양도를 하나의 법률행위로 인식하여 유추ㆍ확장해석한 것으로서 받아들이기 어렵고, 쟁점조정결정일 또는 쟁점합의 체결일을 매매계약일로 보아야 할 것이므로 그 당시 쟁점토지가 농지에 해당하지 않은 이상 청구인들의 주장을 받아들이기 어렵다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 쟁점보상금에 대한 양도시기는 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결에 따른 최초 양도시기이므로 부과제척기간이 이미 경과하였다는 청구주장의 당부
② (예비적 청구) 최초 양도시기에 적용되는 법령에 따라 양도가액을 기준시가로 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
③ (예비적 청구) 쟁점토지 중 일부는 최초 양도시기에 조특법상 자경농지 감면이 적용되었으므로 쟁점보상금에 대해서도 동일하게 자경농지 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 등 : <별지3> 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인들 및 처분청들이 제출한 심리자료에 따르면, 쟁점판결, 쟁점조정결정, 쟁점합의와 관련하여 다음과 같은 내용이 확인된다.
(가) 쟁점판결(대법원 2015.3.20. 선고 OOO 판결)의 주요 내용은 아래 <표1>과 같고, 대법원은 제주특별자치도 지방수용위원회 및 B를 상대로 제기된 토지수용재결처분취소 등 소송에 대하여 쟁점사업에 대한 실시계획 인가처분 및 그에 기초한 쟁점수용재결처분이 그 하자가 중대ㆍ명백한 처분으로서 무효라는 취지로 판결한 것으로 나타난다.
<표1> 쟁점판결의 주요 내용
○○○
(나) 이 건 사업부지 내 토지소유자들 중 일부는 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결에 따라 소유권이 이전된 토지에 대하여 B를 상대로 소유권이전등기말소 등 청구 소송을 제기하였고, 제주지방법원은 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결의 효력이 없으므로 그에 따른 쟁점토지에 대한 소유권이전등기가 원인무효라는 취지로 판결(아래 <표2> 참고)한 것으로 나타난다.
<표2> 소유권이전등기말소 등 청구 소송 1심 판결(예시, 일부 발췌)
○○○
(다) 쟁점토지 등의 추가보상금 산정을 위해 2023.7.25. 법원의 의뢰로 감정평가가 실시되었고, 감정평가 조건은 ‘취득 당시의 현황(용도지역, 지목, 접근로 등 토지현황 등)’, 가격자료는 2023년 공시분 토지 공시지가와 2020∼2023년 사이의 인근 거래 및 평가 사례를 활용한 것으로 나타나며, 주요 내용은 아래 <표3>과 같다.
<표3> 쟁점토지에 대한 감정평가서 주요 내용(청구인들 제출)
○○○
(라) B 등은 1심 판결에 대하여 항소하였고, 광주고등법원은 B가 원고들에게 쟁점보상금(감정평가액에서 기지급 보상금을 제외한 금액)을 지급하고 원고들이 해당 토지의 소유권이 B 등에게 있음을 확인한 후 토지 소유권과 관련하여 민사ㆍ형사ㆍ행정상 이의를 제기하지 않기로 하는 화해권고결정(쟁점조정결정)을 하였으며, 쟁점조정결정의 주요 내용은 아래 <표4>와 같다.
<표4> 쟁점조정결정의 주요 내용 예시
○○○
(마) 청구인들과 B는 쟁점조정결정에 따라 B가 이 건 사업부지 내 토지소유자들에게 쟁점보상금을 지급하고, 청구인들은 쟁점토지의 소유권이 B에게 있음을 확인하며 해당 토지의 소유권과 관련된 민사ㆍ형사ㆍ행정상 이의를 제기하지 않기로 합의(쟁점합의)하였으며, 쟁점합의의 주요 내용은 아래 <표5>와 같다(청구인들의 각 쟁점합의 체결일은 <별지2> 쟁점토지 명세 참조).
<표5> 쟁점합의의 주요 내용
○○○
(2) 청구인들은 쟁점합의 체결 이후 B로부터 쟁점보상금을 지급받은 후, 감정가액을 양도가액으로, 양도일을 쟁점합의일 또는 쟁점보상금 수령일로 하고, 장기보유특별공제를 적용하여 <별지1> 기재와 같이 2023∼2025년 귀속 양도소득세를 신고ㆍ납부하였으며, 이후 경정청구를 제기한 것으로 나타난다.
(3) 청구인들의 당초 보상금 수령액, 쟁점보상금 수령액, 쟁점합의일 당시 기준시가, 장기보유특별공제금액, 양도소득세액을 예시로 들어 살펴보면 아래 <표6>과 같다.
<표6> 최초 양도 및 쟁점보상금 수령 후 양도소득세 신고내역(예시)
○○○
(4) 청구인들은 쟁점토지를 포함한 이 건 사업부지에서 쟁점사업이 추진되다가 쟁점판결 이후 중단된 후 일부 필지의 경우 관련 시설이 완공되었거나 개발공사가 일부 진행된 상태로 남아있다고 주장하며 <별지4>의 쟁점토지 현장사진을 제출하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.
(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인들은 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결에 따른 최초 양도 시 지급된 보상금을 반환하지 않은 상태에서 B가 쟁점토지를 반환하지 않고 계속해서 보유하는 대신 쟁점보상금을 지급받기로 합의하였으므로 이는 당사자 간에 최초 양도 행위가 유효한 것으로 합의한 것이고, 최초 양도 이후 소유권이전등기가 말소되거나 청구인들이 쟁점토지를 사용ㆍ수익한 사실도 없으므로 쟁점보상금에 대한 양도시기를 최초 양도시기로 보아야 한다고 주장하나,
쟁점판결로 쟁점사업에 대한 이 건 인가처분 및 수용재결 처분이 무효로 확정된 이상 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결 모두 무효로서 그에 터잡은 쟁점토지에 대한 소유권이전등기 또한 무효라고 할 것인 점, 청구인들이 B에게 쟁점토지의 소유권에 대해 민사ㆍ형사ㆍ행정상 이의를 제기하지 않기로 하며 쟁점합의를 체결한 것은 청구인들과 B가 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결에 따른 매매계약 및 소유권이전등기가 무효임을 알면서도 이를 다시 추인한 것으로 볼 수 있고, 이러한 추인은 「민법」 제139조의 단서에 따라 새로운 법률행위를 한 것으로 간주될 뿐 무효인 쟁점토지의 소유권이전등기가 소급하여 유효한 등기로 전환되는 것은 아니라 할 것인 점(대법원 1992.5.12. 선고 91다26546 판결, 같은 뜻임),
또한 청구인들은 「민법」 제138조에 따라 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결이 무효가 되었더라도 청구인들과 B 모두 당초부터 무효임을 알았더라면 다른 법률행위를 하는 것을 의욕하였으리라고 인정되는 이상 당초 쟁점토지에 대한 소유권이전등기가 쟁점합의에 따라 적법한 것으로 전환된 것에 불과하므로 이를 양도시기로 보아야 한다고 주장하나, 「민법」 제138조에 따른 무효행위의 전환을 허용하는 것이 강행법규의 입법 취지 및 그 위반행위에 대한 제재의 의미를 전적으로 부정하거나 무력화시키는 것이어서는 안 될 것인바(대법원 2022.5.26. 선고 2020다253515 판결, 같은 뜻임), 쟁점판결에 따라 이 건 인가처분 및 수용재결처분이 무효로 확정된 이상 이 건 인가처분에 따른 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결 또한 강행법규 위반에 따라 무효로 확정된 행위가 되는 것으로서, 그 당사자인 청구인들과 B가 쟁점합의 및 쟁점보상금 지급 등을 하였다고 해서 소유권이전등기가 당초부터 유효한 행위로 전환될 수는 없다고 보이는 점,
또한 청구인들이 최초 양도 시 양도소득세를 신고ㆍ납부한 사실이 있고 당사자 간 최초 양도가 민사상 여전히 유효하다고 본다 하더라도, 최초 양도가 무효로 확정된 이상 이러한 양도소득세 신고ㆍ납부는 세법상 부적법한 신고ㆍ납부로 보아야 하는바, 최초 양도시기부터 국세의 부과제척기간을 기산할 수는 없다고 보이는 점 등에 비추어, 위의 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인들은 쟁점보상금에 대한 양도시기를 최초 양도시기로 볼 수 없다 하더라도 2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된 「소득세법」 제96조 제1항이 적용되기 이전에 최초 양도가 발생한 건에 대해서는 실지거래가액이 아닌 기준시가를 양도가액으로 적용하여야 한다고 주장하나,
2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된 「소득세법」 부칙 제1조 및 제3조에 따르면, 개정법률은 2006.1.1.부터 시행되었고, ‘이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 양도하는 분부터 적용’한다고 정하고 있는바,
<별지2>의 명세와 같이 2023∼2025년 사이의 쟁점조정결정 및 쟁점합의에 따라 청구인들에게 쟁점보상금이 지급되었고, 위에서 살핀 바와 같이 쟁점보상금 관련 쟁점토지의 양도시기를 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결에 따른 최초 양도일로 볼 수 없다 할 것이므로, 이 건 양도소득을 산정함에 있어 개정 전의 「소득세법」 제96조 제1항 규정을 적용하기는 어렵다고 판단된다.
(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인들은 B가 쟁점토지에서 개발행위를 추진하다가 쟁점판결 이후 토지를 원상회복하여 청구인들에게 인도하지 아니하고 방치한 것이므로, 최초 양도 시 조특법 제69조에 따른 자경농지 감면이 적용된 토지에 대해서는 이 건 양도에 대해서도 자경농지 감면을 적용하여야 한다고 주장하나,
조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결)고 봄이 타당한 점
조특법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조 제4항은 양도일 현재 농지인 경우 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용할 수 있다고 규정하고 있고, 공부상 지목이 농지라고 하더라도 양도일 현재 실제로 경작하고 있지 않는 토지는 농경지로 사용되지 않고 있는 것이 토지 소유자의 자의에 의한 것이든 또는 타의에 의한 것이든 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없는바(대법원 2008.4.11. 선고 2006두13183 판결, 같은 뜻임),
청구인들이 제출한 쟁점토지 현장사진을 살펴보면 쟁점토지가 양도일 현재 실제 사용현황상 농지에 해당한다고 보기 어려운 점, 청구인들이 쟁점협의취득 및 쟁점수용재결에 따라 쟁점토지의 소유권을 B에게 이전한 2005∼2007년부터 양도일(2023∼2025년)까지의 기간이 18∼20년에 이르고, 그 소유권이 청구인들에게 회복되지 아니한 점 등을 고려할 때 쟁점토지가 양도일 현재 일시적 휴경상태라고 보기도 어려운 점 등에 비추어, 위의 청구주장 역시 받아들이기 어렵다고 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
<별지1> 청구인들 명세
○○○
<별지2> 쟁점토지 명세
○○○
<별지3> 관련 법령 등
(1) 소득세법
제88조【정의】이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.
제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.
제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.
(2) 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)
제96조【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.
1. 제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 附隨되는 土地를 포함한다)인 경우
2. 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리인 경우
3. 제104조 제3항의 규정에 의한 미등기양도자산인 경우
4. 취득 후 1년 이내의 부동산인 경우
5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우
6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우
6의2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우
7. 기타 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ보유수(數)ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우
(3) 소득세법 시행령
제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일
3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날
(4) 소득세법 시행규칙
제78조【장기할부조건의 범위】③ 영 제162조 제1항 제3호에서 “재정경제부령이 정하는 장기할부 조건”이라 함은 법 제94조 제1항 각호에 규정된 자산의 양도로 인하여 해당 자산의 대금을 월부ㆍ연부 기타의 부불방법에 따라 수입하는 것중 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다.
1. 계약금을 제외한 해당 자산의 양도대금을 2회이상으로 분할하여 수입할 것
2. 양도하는 자산의 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날의 다음날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것
(5) 국세기본법
제21조【납세의무의 성립시기】① 국세를 납부할 의무는 이 법 및 세법에서 정하는 과세요건이 충족되면 성립한다.
② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 소득세ㆍ법인세 : 과세기간이 끝나는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세는 그 법인이 해산을 하는 때를 말한다.
③ 다음 각 호의 국세를 납부할 의무의 성립시기는 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른다.
3. 중간예납하는 소득세ㆍ법인세 또는 예정신고기간ㆍ예정부과기간에 대한 부가가치세 : 중간예납기간 또는 예정신고기간ㆍ예정부과기간이 끝나는 때
제26조의2【국세의 부과제척기간】① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.
5. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래ㆍ행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우 : 판결이 확정된 날부터 1년
(6) 국세기본법 시행령
제12조의3【국세 부과제척기간의 기산일】① 법 제26조의2 제9항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.
1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(「종합부동산세법」 제16조 제3항에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 “과세표준신고기한”이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.
(7) 민법
제137조【법률행위의 일부무효】법률행위의 일부분이 무효인 때에는 그 전부를 무효로 한다. 그러나 그 무효부분이 없더라도 법률행위를 하였을 것이라고 인정될 때에는 나머지 부분은 무효가 되지 아니한다.
제138조【무효행위의 전환】무효인 법률행위가 다른 법률행위의 요건을 구비하고 당사자가 그 무효를 알았더라면 다른 법률행위를 하는 것을 의욕하였으리라고 인정될 때에는 다른 법률행위로서 효력을 가진다
제139조【무효행위의 추인】무효인 법률행위는 추인하여도 그 효력이 생기지 아니한다. 그러나 당사자가 그 무효임을 알고 추인한 때에는 새로운 법률행위로 본다.
(8) 조세특례제한법
제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2026년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
(9) 조세특례제한법 시행령
제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.
1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」 제3조 제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 재정경제부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 “대규모개발사업”이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 재정경제부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 재정경제부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우
다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)
2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.
⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.
1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우 : 매매계약일 현재의 농지 기준
2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우 : 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준
⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 「소득세법」 제95조 제1항에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.
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⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.
1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)
2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간
⑫ 제11항에도 불구하고 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하지 아니하더라도 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하거나 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우로서 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로 지정(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말한다)되는 경우(상속받은 날 전에 지정된 경우를 포함한다)에는 제11항제1호 및 제2호의 경작기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다.
(10) 조세특례제한법 시행규칙
제27조【농지의 범위등】⑦ 영 제66조 제12항 제3호에서 “재정경제부령으로 정하는 지역”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역을 말한다.
1. 「공공주택 특별법」 제6조에 따라 지정된 공공주택지구
2. 「도시 및 주거환경정비법」 제16조에 따라 지정ㆍ고시된 정비구역
3. 「신항만건설 촉진법」 제5조에 따라 지정된 신항만건설 예정지역
4. 「도시개발법」 제3조 및 제9조에 따라 지정ㆍ고시된 도시개발구역
5. 「철도건설법」제9조에 따라 철도건설사업실시계획 승인을 받은 지역
6. 제1호부터 제5호까지와 유사한 경우로서 다른 법률에 따라 예정지구 또는 실시계획 승인을 받은 지역 등 해당 공익사업으로 인하여 해당 주민이 직접적인 행위제한(건축물의 건축, 토지의 형질변경ㆍ분할 등)을 받는 지역
<별지4> 청구인들이 제출한 쟁점토지 등 이 건 사업부지 사진
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