쟁점무허가주택의 소유자를 청구인으로 보아 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 배제한 처분의 당부
【세목】
양도
【재결요지】
청구인이 쟁점토지를 취득할 당시 쟁점무허가주택은 이미 건립되어 있었고 쟁점주택의 양도 당시 ㅇㅇㅇ 등이 거주해 온 사실이 인정되는 점, 청구인과 쟁점토지의 전소유자 간에 작성된 부동산매매계약서상 특약사항에 ‘위치상 미등기건물 주택을 매매대금에 포함하여 토지 이전과 동시에 건물 소유권도 매수인에게 이전한다’는 내용이 기재되어 있는 점, 청구인에게 쟁점무허가주택에 대한 재산세가 부과된 점, 청구인이 쟁점무허가주택에 거주한 ㅇㅇㅇ 등과 작성한 공증서상 ‘지상권 및 쟁점무허가 주택에 대한 모든 권리는 청구인에게 있다’는 내용이 기재되어 있는 점등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
【주문】
심판청구를 기각한다.
【이유】
1. 처분개요
가. 청구인은 2024.1.9. 광주광역시 서구 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 양도한 후 이를 1세대 1주택 비과세 대상으로 보아 관련 양도소득세를 무신고하였고, 이후 2024.7.27. 전라남도 장흥군 OOO 주택 및 창고(이하 “쟁점농어촌주택”이라 한다)를 양도하고 주택부분에 대하여 1세대 1주택 비과세 적용하여 2024년 귀속 양도소득세를 신고하였다.
나. 처분청은 쟁점농어촌주택의 비과세 신고를 검토하기 위하여 2025.4.21.~2025.5.9. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 세목별조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점주택 양도일 현재 광주광역시 서구 OOO 소재 토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 위치한 무허가주택(이하 “쟁점무허가주택”이라 한다)을 소유한 것으로 보고 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 배제하여 2025.8.12. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.5. 이의신청을 거쳐, 2026.4.6. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 청구인이 2001.3.20. 쟁점토지를 매입할 당시 위 지상에는 한 가족이 전소유자 모르게 쟁점무허가주택을 신축하여 무단으로 거주하고 있는 상태였기에 매입대상에서 이를 제외하였고, 쟁점토지를 매입한 후 위 가족에게 건물철거 및 토지인도를 요구하였는데, 그 가족은 처음에는 지상권과 쟁점무허가주택에 대한 권리가 본인들에게 있음을 주장하다가 여의치 않자 어려운 가정형편 등을 들어 특정기간 동안만 거주할 수 있게 해달라고 요청하여 이와 같은 사정들을 몇 차례 공증서 및 각서 등을 작성받고 협조해 주었으나 결국 철거약속을 지키지 아니하여 A 등 위 가족을 상대로 건물철거 및 토지인도 소송(OOO, 이하 “쟁점소송”이라 한다)을 제기하였고, 법원은 이에 대하여 2024.9.5. A 등에게 쟁점무허가주택을 철거하고 쟁점토지를 인도하라는 판결을 선고하였으며, 동 판결은 2024.9.28. 확정되었다. 위와 같이 법원이 쟁점무허가주택의 철거를 청구인이 아닌 A 등에게 하도록 한 것은 쟁점무허가주택에 대한 소유권이 청구인이 아닌 A 등에게 있음이 전제된 것이다.
(2) 한편, 청구인이 A 등과 쟁점무허가주택의 처리를 위한 협상과정에서 작성한 공증서에 ‘지상권과 쟁점무허가주택에 대한 모든 권리는 청구인에게 있음을 인정하고, 임차관계가 아닌 무상 거주하고 있음을 확인함’이라는 내용을 표기한 것은 위 거주자들의 무능력 등으로 인하여 차후에 청구인이 쟁점무허가주택을 직접 멸실하게 될 경우를 대비하여 법적안전장치를 해두기 위한 것이었다. 이는 청구인이 당초 쟁점토지 매입 시 그 지상의 쟁점무허가주택은 제외하고 쟁점토지만을 매입대상에 포함한 것만 보더라도 알 수 있고, 이러한 사실은 부동산양도신고확인서를 통하여도 확인된다.
(3) 특히, 2021.3.29.자로 공증된 ‘철거(멸실) 및 명도 등 이행각서’에 기재된 “위 2호의 거주기간이 만료된 이후 30일 이내에 위 거주 중인 쟁점무허가주택을 각서인 4명의 비용으로 자진철거ㆍ멸실하고, 소유자 청구인에게 나대지 상태로 쟁점토지를 명도하기로 한다”는 내용과 “만일 위 거주기간 만료 후 약속을 불이행 시는 위 각서인 4명은 쟁점무허가주택 사용권(지상권)을 포기하는 것으로 하고, 토지소유자 청구인이 임의철거를 하여도 어떠한 이의제기를 하지 않기로 한다”는 내용을 통하여 쟁점무허가주택의 소유권이 청구인에게 있지 아니한 사실을 객관적으로 확인할 수 있다.
(4) 법원은 무허가주택은 비록 등기가 없다 하더라도 원시취득자가 소유자가 되는 것이므로, 원고 소유 토지 지상에 제3자가 무허가건물을 신축하여 거주하고 있더라도 제3자가 무허가건물의 소유자가 되는 것이므로 원고가 주택을 양도할 당시 무허가건물을 소유하고 있음을 전제로 하여 1세대 1주택 비과세를 부인한 처분은 부당하다고 판단하였는바(서울행정법원 2013.2.13. 선고 2012구단14180 판결 참조), 쟁점무허가주택의 경우도 위 판결과 같이 청구인에게 쟁점무허가주택의 소유권이 있다고 볼 수 없다.
(5) 따라서 청구인이 쟁점토지 매입 시 쟁점무허가주택이 존재하고 있었음에도 이를 거래대상에 포함하지 아니한 점, 쟁점소송의 주문 및 판결이유를 통해서도 쟁점무허가주택이 거주자인 A 등의 소유임을 충분히 유추할 수 있는 점, 청구인이 쟁점토지 매입 이후 쟁점무허가주택의 거주자들로부터 소유자 입장에서 임대료를 수취하는 등의 권리행사를 하였다고 볼 만한 어떠한 증거도 없는 점 등에 비추어 쟁점무허가주택을 쟁점주택 양도일 현재 청구인의 소유주택이 아니라고 봄이 타당하다.
나. 처분청 의견
(1) 쟁점무허가주택은 미등기 건물이나 A의 가족이 생활하며 거주하고 있는 공간으로 「소득세법」 제88조 제7호에 따른 주택의 정의를 충족하고, 청구인이 이 건 양도소득세 조사 착수 직전에 쟁점무허가주택을 본인의 비용으로 철거하였으나, 쟁점주택 양도일 현재(2024.1.19.)에는 쟁점무허가주택이 존재하고 있었다.
(2) 청구인은 쟁점무허가주택의 거주자인 A 등과 작성한 공증서에 기재되어 있는 ‘지상권 및 쟁점무허가주택에 대한 모든 권리는 청구인에게 있다’는 문구가 단순히 추후에 발생될 문제(거주자들의 지상권 관련 이의제기 등)에 대한 법적안정장치에 불과하다고 주장하나, A는 ‘증조부 때부터 쟁점무허가주택에 거주하면서 소유권에 대하여는 특별히 고려하지 아니하고 거주와 관련된 수도료와 전기료는 납부하였으나, 재산세 및 임차료를 지급한 적이 없고 2002년부터 총 4차례에 걸쳐 각서 및 공증서 작성 시 건물 및 지상권에 대한 권리가 청구인에게 있음을 인정하는 내용을 포함하였다’고 진술하고 있어서 위 공증서를 단순히 법적안전장치로 보기는 어렵다.
(3) 청구인은 쟁점토지 매입 시 쟁점무허가주택은 제외되었다며 부동산양도신고확인서를 제출하였으나, ‘부동산양도신고확인서’는 양도소득세 신고를 하였다는 확인서에 불과하여 부동산매매계약서가 없는 상황에서 위 확인서만으로는 미등기건물인 쟁점무허가주택이 부동산매매거래에서 제외되었다고 단정할 수 없다. 오히려 쟁점토지의 전소유자인 B의 배우자 C과 2025.5.2. 한 전화통화(010-OOO)에 따르면, B은 경매로 쟁점토지 등을 취득한 후 쟁점무허가주택에 대한 소유권을 주장하기 위하여 가옥대장을 작성하여 구청에 제출하고 건물에 대한 재산세를 납부하였다고 진술하였다.
또한, 광주광역시 서구청 세무과에 쟁점무허가주택에 대한 재산세 부과 내역을 확인한 바에 따르면, 전소유자가 2000년 경매로 쟁점주택을 취득하기 전에는 과세물건에 쟁점무허가주택이 없었으나, 2000년 과세기간부터 재산세가 부과되었으며, 이후 청구인이 2001년부터 2024년까지 쟁점무허가주택에 대한 재산세를 납부하고 있음이 확인되었고, 부동산매매계약서에도 쟁점토지의 이전과 동시에 쟁점무허가주택의 소유권을 청구인에게 이전한다는 특약사항이 포함되어 있음이 확인되는바, 이를 통하여 쟁점무허가주택의 소유권이 청구인에게 이전되었다고 봄이 타당하다.
(4) 청구인은 무허가주택의 소유권은 원시취득자에게 있다는 판례(서울행정법원 2013.2.13. 선고 2012구단14180 판결)를 제시하며 쟁점무허가주택이 본인의 소유가 아니라고 주장하나, 위 판례는 토지 소유자가 재산세 부과에 대하여 항의함에 따라 소속 공무원들의 현장확인 후 건물의 실제 소유자가 확인되어 재산세 납세의무자를 무단점유자로 변경한 처분에 관한 것으로, 건물에 대한 재산세를 소유 시부터 철거 전까지 이의 없이 청구인이 납부하고 있는 이 건에 원용하기는 어렵다.
(5) 또한, 청구인은 쟁점무허가주택의 거주자인 A 등을 상대로 제기한 쟁점소송을 근거로 쟁점무허가주택이 청구인의 소유가 아님을 유추할 수 있다고 주장하나, 위 소송은 건물철거 및 토지인도를 목적으로 제기되었다가 무단점유자인 A 등이 무변론함에 따라 청구인이 승소한 것으로, 무단점유자들의 약속 미이행에 따른 건물철거의 타당성을 판단한 것일 뿐 소유권 여부를 판단한 것이 아니다.
(6) 한편, 청구인이 제시한 “법정 지상권이 없는 건물을 철거하라는 판결이 확정된 주택에 대하여 소유권을 행사할 수 있는 1주택으로 볼 수 있는지 여부”에 관한 심사례(심사양도 2000-105, 2000.11.24.)는 비록 주택이 등기부상 신청인 명의로 되어 있었으나 건물철거 소송이 확정된 이후에는 주택이 타인의 소유ㆍ지배하에 있었으므로 신청인이 다른 주택을 양도한 것에 대하여 사실상 1세대 1주택을 양도한 것으로 보아 비과세하여야 한다고 결정하였으나, 이를 이 건에 적용하기는 어렵다.
즉, 쟁점무허가주택은 양도 당시 철거되지도 않았고 쟁점소송이 쟁점주택의 양도 이후인 2024.6.19.에서야 제기되었으므로 쟁점주택 양도 당시에는 그 소유권이 무단점유자인 A 등에게 있었다고 유추할 수 있는 확정판결이 미존재하였고, 오히려 위 소송 과정에서 제출된 공증서에 기재되어 있는 “지상권과 쟁점무허가주택에 대하여 모든 권리는 소유주 청구인에게 있음을 인정하고 임차관계가 아닌 무상거주를 확인함. 쟁점무허가주택을 소유주 청구인이 멸할 경우 3개월 전 통보해 주시면 언제든 이주할 것을 각서함”이라는 문구가 청구인측에 유리하게 작용한 것으로 보인다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점무허가주택의 소유자를 청구인으로 보아 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 배제한 처분의 당부
나. 관련 법령
(1) 소득세법
제88조【정의】이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
7. 주택이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.
제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
(2) 조세특례제한법
제99조의4【농어촌주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 “1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2025년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 “농어촌주택등취득기간”이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 “농어촌주택등”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용한다.
1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 “농어촌주택”이라 한다)
가. 취득 당시 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제2조 제13호에 따른 기회발전특구(같은 법 제2조 제12호에 따른 인구감소지역, 「접경지역 지원 특별법」 제2조 제1호에 따른 접경지역이 아닌 수도권과밀억제권역 안의 기회발전특구는 제외한다. 이하 이 조 및 제5장의11에서 “기회발전특구”라 한다)에 소재하거나 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것(중략)
나. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것
(3) 소득세법 시행령
제152조의4【주택의 범위】법 제88조 제7호 전단에서 “대통령령으로 정하는 구조”란 세대별로 구분된 각각의 공간마다 별도의 출입문, 화장실, 취사시설이 설치되어 있는 구조를 말한다.
제154조【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인은 쟁점주택을 양도한 후 이를 1세대 1주택 비과세 대상으로 보아 관련 양도소득세를 무신고하였으나, 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 세목별조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점주택 양도일 현재 쟁점무허가주택을 소유한 것으로 보아 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 배제하여 아래 <표1>과 같이 이 건 양도소득세를 경정ㆍ고지하였다.
<표1> 이 건 양도소득세 부과 내역
OOO
(2) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.
(가) 국세청의 대내포털시스템 등에 의하여 확인되는 청구인의 부동산 매매 내역은 아래 <표2>와 같다.
<표2> 부동산 매매 내역
OOO
(나) B은 2000.7.20. 쟁점토지를 부동산임의경매(OOO)를 통하여 OOO원에 경락받았다가 이를 2001.3.20. 청구인에게 OOO원에 양도하였는바, B과 청구인 간에 작성된 부동산매매계약서는 다음과 같고, 동 계약서 특약사항에 ‘위치상 미등기건물 주택(60제곱미터)을 매매대금에 포함하여 토지 이전과 동시에 건물 소유권도 매수인에게 이전한다’는 내용이 기재되어 있다.
OOO
(다) 쟁점무허가주택 철거와 관련하여 광주광역시 서구청장이 촬영한 사진은 다음과 같다.
OOO
(라) 광주광역시 서구청장이 2025.4.29. 처분청에 회신한 공문(OOO)에 따르면, B이 2001.1.24. 한 최초 취득 신고로 인하여 쟁점무허가주택의 가옥과세대장이 작성되었고, 이후 청구인이 2001.3.20. 쟁점무허가주택의 취득 신고를 함에 따라 청구인에게 2001년부터 2024년까지 관련 재산세가 부과되었다가 2025.4.30. 쟁점무허가주택이 멸실됨으로써 위 가옥과세대장은 폐쇄되었는바, 쟁점무허가주택 등에 대한 재산세 부과 내역은 아래 <표3>과 같다.
<표3> 쟁점무허가주택 등에 대한 재산세 부과 내역
OOO
(마) 청구인은 쟁점주택 양도일 현재 쟁점무허가주택의 소유권은 동 주택에 거주한 A 등에게 있다고 주장하며 다음과 같은 증빙자료 등을 제시하고 있다.
1) 청구인은 2024.6.19. A 등을 상대로 쟁점소송을 제기하여2024.9.5. ‘피고는 원고에게 쟁점무허가주택을 철거하고 쟁점토지를 인도하라’는 판결을 선고받았고, 동 판결은 2024.9.28. 확정되었다.
2) 청구인과 A 등 간에 작성된 각서 등은 다음과 같다.
OOO
3) 그 밖에 청구인은 쟁점토지 취득 시 쟁점무허가주택이 매매대상에 포함되지 아니하였을 뿐만 아니라 A 등이 무단으로 점유(거주) 중인 쟁점무허가주택이 쟁점토지 지상에 존재한다는 사실을 인지함에 따라 2001.3.14. 전소유자와 ‘잔금지급과 동시에 멸실 신고를 해주고, 잔금 이후에도 명도에 대한 책임을 진다’는 조건으로 쟁점토지를 취득하였으며, 이러한 조건부 거래 사실은 잔금 지급 시에 수취한 영수증에 ‘토지’라고 표기되어 있는 점을 통하여 알 수 있다고 주장하며 다음과 같은 쟁점토지 매매대금 영수증을 제시하고 있다.
OOO
(바) 반면, 처분청은 청구인이 쟁점토지 양수 시 쟁점무허가주택의 소유권을 함께 취득하였다는 의견으로, 다음과 같은 자료 등을 제시하고 있다.
1) 처분청이 2025.5.2. 쟁점토지의 전소유자인 B의 배우자 C과 한 전화통화(OOO) 내용에 따르면, C은 B이 쟁점무허가주택의 소유권을 확보하기 위하여 가옥과세대장을 작성하여 광주광역시 서구청장에게 제출함으로써 최초로 B에게 재산세가 부과되었다가 이후 청구인이 이를 매수함으로써 2001년부터 청구인에게 재산세가 부과되었다고 진술하였는바, 처분청이 제시한 쟁점무허가주택의 2001년도 6월분 재산세 과세 내역은 다음과 같다.
OOO
2) 처분청은 다음과 같은 쟁점무허가주택의 거주자인 A의 진술서를 제시하였는데, 동 진술서에 따르면 A는 쟁점무허가주택의 소유권이 청구인에게 있음을 인정하고 있다.
OOO
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택 양도일 현재 쟁점무허가주택의 소유권은 동 주택에 거주한 A 등에게 있다고 주장하나, 「소득세법」 제89조 제3호, 같은 법 시행령 제154조 제1항에 정한 ‘주택’은 건축허가 여부나 등기 유무와는 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 뜻하므로, 주택을 양도한 사람이 양도 당시 다른 미등기 주택을 취득하여 보유하고 있었다면 그 미등기 주택도 1세대 1주택에 해당하는지 여부를 판단함에 있어 ‘보유 주택 수’에 포함된다고 할 것인바,
이 건의 경우 쟁점무허가주택은 공부에 등재되지 않은 주택이나, 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시 이미 건립되어 있었고 쟁점주택의 양도 당시 A 등이 거주해 온 사실이 인정되는 점, 청구인과 쟁점토지의 전소유자 간에 작성된 부동산매매계약서상 쟁점무허가주택이 매매목적물로 명시되어 있지 아니하나, 그 특약사항에 ‘위치상 미등기건물 주택(60제곱미터)을 매매대금에 포함하여 토지 이전과 동시에 건물 소유권도 매수인에게 이전한다’는 내용이 기재되어 있는 점, 쟁점토지의 전소유자가 한 2001.1.24.자 최초 취득 신고로 쟁점무허가주택의 가옥과세대장이 작성되었고, 이후 청구인이 2001.3.20. 쟁점무허가주택의 취득 신고를 함에 따라 청구인에게 2001년부터 2024년까지 쟁점무허가주택에 대한 재산세가 부과된 점, 청구인이 A 등과 작성한 공증서상 ‘지상권 및 쟁점무허가주택에 대한 모든 권리는 청구인에게 있다’는 내용이 기재되어 있는 점, 쟁점무허가주택이 쟁점소송의 확정으로 철거된 사정은 쟁점주택의 양도 이후에 발생한 점 등에 비추어, 청구인은 쟁점토지를 매수할 당시 쟁점무허가주택도 일괄매수하여 쟁점주택 양도 시까지 이를 보유하고 있었다고 봄이 상당하다 할 것이다.
따라서 처분청이 쟁점무허가주택의 소유권자를 청구인으로 보아 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 배제하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.