특별행정심판례정보

【세목】

법인

【재결요지】

업종동일성은 감면적용을 위한 요건일 뿐, 요건을 충족하였다는 사실만으로 해당 업종의 소득 전부가 감면대상에 해당한다고 보기 어렵고, 선행결정도 세분류상 동일 업종에 속하는 선행쟁점제품에서 발생한 소득에 대한 감면배제가 적법한 것으로 보았으므로, 선행결정 취지에 부합하지 않는 청구주장은 받아들이기 어려움또한, 공장이전에 따라 신설라인 및 기존 여수공장에서 공동으로 생산된 제품이 있어 인천공장과 여수공장의 소득이 혼재된 것으로 보이는바, 일부 제품등급이 인천에서 생산된 이력이 있다는 사정만으로 해당 제품등급에서 발생한 소득전부를 감면대상으로 보기 어렵고, 소득이 혼재된 경우 이전 직전의 사업연도 매출액 비율 등으로 안분하는 것이 합리적이므로(수원지방법원 2017구합66726, 18.2.7.), 공장별로 안분하여 감면을 배제한 처분은 잘못이 없음

【참조결정】

조심2022광5654

【주문】

여수세무서장이 2025.10.17. 청구법인에게 한 2020사업연도 법인세 OOO원, 2021사업연도 OOO원, 2022사업연도 OOO원, 2023사업연도 OOO원, 2024사업연도 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은, 「조세특례제한법」 제63조의2에 따른 세액감면을 적용함에 있어 청구법인이 각 사업연도에 생산한 카본블랙 중 2017년 인천광역시 부평구 OOO소재 공장(이하 "A공장"이라 한다)에서 생산하던 제품과 명칭ㆍ포장ㆍ형태만 변경되었을 뿐 실질적으로 동일한 제품등급에 해당하는 것이 있는지를 재조사하여 해당 제품등급에서 발생한 소득은 그와 실질적으로 동일한 A공장 생산 제품등급의 2017년 A공장 생산비율 상당액을 감면대상으로 하고, 공장 이전 후 비로소 생산된 신제품에 해당하는 제품등급의 범위를 재조사하여 이에 해당하는 제품등급에서 발생한 소득은 2017년 A공장 매출액 비율 상당액을 감면대상으로 하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

【이유】

1. 처분개요

가. 청구법인은 타이어 등의 주요 소재인 카본블랙을 제조ㆍ판매하는 법인으로, A공장과 전라남도 여수시 OOO소재 공장(이하 "B공장"이라 한다)을 각 운영하다가, 2018.6.30. A공장의 가동을 중단하고 2018년 7월경 B공장 내 신규 생산라인(OOOㆍOOOㆍOOOㆍOOO라인으로, 이하 OOO라인은 “증설라인”, OOOㆍOOOㆍOOO라인은 “신설라인”, 증설라인과 신설라인을 합하여 “신ㆍ증설라인”이라 한다)의 건설을 완료하고 공장을 이전하였다.

나. 청구법인은 2019.10.31. 위 공장이전이 구 「조세특례제한법」(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것, 이하 "조특법"이라 한다) 제63조의2에 따른 세액감면 대상에 해당한다며 신ㆍ증설라인에서 발생한 소득 전부에 대한 2018사업연도분 법인세 환급 경정청구를 제기하였고, 처분청은 이를 2020.1.6. 인용하였다.

다. 이후 감사원은 처분청의 경정청구 처리실태를 감사한 결과, 증설라인(OOO)에서 생산된 3개 제품등급(OOO으로 이하 “선행쟁점제품”이라 한다)은 A공장에서 생산된 바 없이 공장이전 전부터 B공장에서만 생산되던 제품이므로 관련 소득이 감면대상이 아니라는 내용 등의 처분지시를 하였다.

라. 이에 따라 처분청은 청구법인의 2018사업연도 법인세를 경정ㆍ고지하였고, 청구법인은 이에 불복하여 심판청구를 제기하였으나 기각되었으며(조심 2022광5654, 2023.2.9., 이하 “선행결정”이라 한다), 청구법인은 그 후 선행결정의 취지에 따라 OOO라인의 선행쟁점제품 관련 소득을 감면대상에서 제외하여 법인세를 신고하였다.

마. 광주지방국세청장(이하 "조사청"이라 한다)은 2025.3.6.부터 2025.5.20.까지 청구법인에 대한 2020～2024사업연도 법인통합조사를 실시한 결과, 해당 기간 동안 생산된 전체 제품등급을 대상으로, 각 제품등급에서 발생한 소득 중 지방이전 직전연도(2017년) A공장에서 생산한 비율에 해당하는 금액만을 감면대상으로 보고 그 밖의 소득은 감면대상에서 배제하는 것으로 조사내용을 확정하여 처분청에 통보하였다.

바. 이에 따라 처분청은 2025.10.17. 청구법인에게 2020～2024사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 경정ㆍ고지하였다.

사. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) [쟁점①] 구 조특법 문언에 따르면 감면대상소득은 ‘업종’을 기준으로 판단하여야 하는 것으로, 이전 후 공장에서 발생한 소득, 즉 B공장 신ㆍ증설라인에서 발생하는 소득 전부가 감면대상소득에 해당한다.

(가) 구 조특법 제63조의2 제2항 제1호는 지방이전법인이 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득에 대하여 일정기간 법인세를 감면한다고 정하고 있고, 제10항은 이러한 세액감면을 적용받으려는 지방이전법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장 또는 본사에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장 또는 본사에서 영위하는 “업종”이 각각 같아야 한다고 정하고 있다. 그리고 위 제10항의 위임을 받은 구 조특법 시행령 제60조의2 제16항은 “대통령령으로 정하는 분류”란 “한국표준산업분류상의 세분류”를 말한다고 정하고 있다. 즉, 구 조특법 및 같은 법 시행령에 따르면, 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 이전 전의 공장과 이전 후의 공장이 같은 업종을 영위하는 경우 ‘이전 후의 공장에서 발생하는 소득’에 대하여 세액감면을 받을 수 있다. ‘조특법 기본통칙’(63-60…2)은 공장 이전 후에 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 이전 전의 업종과 다른 새로운 업종을 추가한 경우, 추가 업종에서 발생한 소득은 세액감면을 적용하지 않는다고 하여, 이전 후 공장의 동일 업종에서 발생한 소득은 세액감면 대상에 해당함을 확인하고 있다.

(나) 청구법인은 A공장을 이전한 B공장 신ㆍ증설라인에서 기존과 동일하게 카본블랙 제조업을 영위하고 있다. 이는 한국표준산업분류상의 세분류 기준으로는 기초 무기화학 물질 제조업(2012), 세세분류 기준으로는 기타 기초 무기화학 물질제조업(20129)에 해당한다. 이처럼 청구법인은 이전 전ㆍ후 공장에서 한국표준산업분류상의 세분류는 물론 더 하위 단계인 세세분류를 기준으로 하더라도 동일한 업종을 영위하고 있으며, 더 하위 분류기준이라고 볼 수 있는 예시를 적용해보더라도 ‘카본블랙 제조’로 동일하다.

(다) 처분청은 제품등급을 기준으로 하여 공장 이전 직전 연도에 A공장에서 동일한 제품등급을 생산한 사실이 있어야만 세액 감면 대상이라고 주장한다. 그러나 제품등급은 청구법인이 생산한 카본블랙 제품을 관리하기 위한 목적으로 브랜드, 제품의 성상, ASTM 분류 기준, 착색력, 개별 고객 요청에 따른 기능/성능 추가 등의 내용을 반영한 개별 제품 명칭에 불과하다. 제품등급의 동일성을 기준으로 감면 대상을 판단해야 한다는 처분청의 의견은 조세 법령의 문언해석의 범위를 넘어선 자의적인 축소해석에 근거한 것이어서 위법하다.

(라) 구 조특법 제63조의2 제10항이 지방이전법인이 ‘세액 감면을 받기 위해서’ 이전 전ㆍ후의 공장에서 영위하는 ‘업종’이 같아야 한다고 정하고 있는 반면, 구 조특법 제63조의2 제7항 제3호는 ‘감면받은 세액을 추징하는 경우’에 관하여 수도권에 이전한 공장에서 생산하는 ‘제품’과 같은 ‘제품’을 생산하는 공장을 설치한 경우라고 정하고 있다. 이처럼 세액감면 요건은 ‘업종’으로, 감면세액 추징 요건은 ‘같은 제품’으로 다르게 정하고 있는 것을 보더라도 세액 감면요건을 ‘같은 제품’을 생산하는 경우라고 제한하여 해석할 수 없으며, 더 나아가 이를 ‘같은 제품등급’이라고 더 좁혀서 해석하는 것은 더욱 허용될 수 없다.

(2) [쟁점②] 제품등급별 구분 논리를 적용하더라도, “2017년 B공장에서만 생산하였던 제품등급”에서 발생한 소득만 감면대상에서 제외되어야 한다.

(가) 처분청의 안분 논리는 조세심판원 선행결정의 취지에 반한다. 조세심판원은 청구법인의 2018사업연도 법인세와 관련하여 기존 B공장에서만 생산한 3개 제품등급 관련 소득, 즉 선행쟁점제품은 감면대상에서 제외하여야 한다고 판단함으로써, OOO생산라인에서 발생한 소득 중 비감면대상소득을 구분하는 기준으로 ‘그 생산된 제품 중 기존 B공장에서 생산된 것이고 A공장에서 생산되던 제품이 아닌 것’을 제시하였다. 즉, A공장에서 생산하던 제품등급이 기존 B공장에서도 생산하던 제품등급이라는 사정 때문에 안분계산하는 것이 아니라, 오로지 B공장에서만 생산하던 제품등급만 감면 대상에서 제외되어야 한다는 취지이다. 그런데 처분청은 위와 같은 조세심판원의 결정 내용을 무시한 채, B공장 전체 생산라인에서 발생한 제품등급별 소득을 2017년 생산비율로 안분하여 이 건 부과처분을 하였는바, 이는 법 문언과 조세심판원의 선행결정에 반하는 극히 자의적인 처분이다.

(나) 처분청의 의견은 공장의 지방이전에 따른 감면세액의 사후추징 규정에 비추어 보더라도 부당하고 과세형평에도 반한다. 조특법은 지방으로 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 수도권 안에 설치하는 경우에는 소급하여 5년 이내에 감면받은 세액을 추징하도록 규정하고 있다. 즉 지방으로 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 수도권 안 공장에서 생산하면 해당 제품에 관한 소득은 전액 추징되고, 수도권 안 공장과 지방 이전 공장에서 동일한 제품을 생산한다는 이유로 공장별 생산량이나 매출액을 기준으로 안분하여 세액을 추징하는 것이 아니다. 이러한 추징 규정 및 추징 방식에 비추어 보더라도, 수도권 내 공장을 지방으로 이전하여 기존에 수도권 내에서 생산하는 제품과 동일한 제품을 지방에서 생산하는 이상 그 이전된 공장에서 발생하는 소득은 원칙적으로 전부 세액감면 대상으로 봄이 타당하다.

(다) 처분청은 이전 전 A공장 생산량 비중에 비해 청구법인의 감면소득비율이 높으므로 ‘청구법인이 비감면소득을 감면소득으로 둔갑시켜 신고하였다’는 취지로 주장하지만, 이는 아무런 근거 없는 비난에 불과하다. 기존 B공장에서 운영하던 OOO, OOO생산라인은 가장 노후화된 생산라인으로 상대적으로 비효율적으로 운영이 되고 있었고, 제품 품질에 지대한 영향을 미치는 반응기의 부식 문제로 불량제품의 발생가능성 등이 있어서 청구법인은 OOO, OOO생산라인을 철거한 것이다. 그리고 기존 생산라인이 철거된 자리 및 같은 부지에 A공장의 이전이 진행된 것이므로 공장 이전 전 A공장 생산량 비중보다 공장 이전 후 신ㆍ증설라인의 생산량 비중이 증가하는 것은 당연한 결과이다. 또한 감면대상소득은 생산량이 아니라 각 제품의 매출액에 직ㆍ간접원가를 차감한 최종 소득 기준으로 결정되기 때문에 처분청의 의견과 같이 감면대상소득비율이 생산량의 비율과 정확히 일치하는 것도 아니다. 특히, OOO라인은 타이어 트레드용 고무에 사용되는 카본블랙 제품이 생산되는데, 해당 제품은 시간당 생산량이 많고 판매도 주로 대량으로 이루어진다. 그런데 이러한 OOO라인이 철거되고 그 자리에 MRG제품 생산이 가능한 OOO라인이 신설되었으므로 기본적으로 생산물량은 줄어들 수밖에 없다. 또한 2022년에는 트레드 시장이 좋지 않아 OOO생산라인의 가동을 잠정 중단하였고, 2023년에는 A 대전공장의 화재로 트레드용 제품의 매출이 큰 폭으로 감소하였다. 이러한 여러 사정들이 겹쳐 상대적인 비중에 차이가 발생한 것일 뿐이다. 공장 이전 전ㆍ후에 완전히 동일한 물량을 생산하지 않는 한 감면비율은 과거 생산량 비율과 달라질 수밖에 없고 기술의 발전과 수요의 변동 등을 고려하면 공장 이전 전ㆍ후 생산량이 완전히 동일할 수는 없는바, 처분청은 이러한 변동성은 전혀 고려하지 않은 채, 생산량 비율이 늘 동일하게 유지되어야 한다는 비현실적인 주장을 하고 있는 것이다.

(라) 공장 이전 ‘직전연도’ 생산량이라는 것은 합리적인 안분 기준이 될 수도 없다. 카본블랙 제품은 바이어가 원하는 제품 사양에 맞추어 생산하고 판매하는 바이어 중심 마켓에 가깝다. 그래서 매년 생산하는 제품등급은 수요에 따라 변동이 된다. A공장이 있을 때에도 각 공장의 생산 상황에 비추어 동일한 제품등급이라고 하더라도 생산 위치가 달라지는 경우가 있었다. 가령 일부 제품등급은 2017년에는 일시적으로 B공장에서만 생산되었으나 그 이전ㆍ이후 기간에는 A공장에서 생산된 경우도 있다. 따라서 2017년 제품등급별 생산비율이 해당 제품등급의 “A공장”과 “B공장”의 과거 일반적인 생산비율을 나타낸다고 볼 수 없다.

(마) 결국, 청구법인의 주위적 주장과 달리 설사 ‘제품등급별’로 감면대상 여부를 판단한다고 하더라도 일부 제품등급이 기존 B공장에서 동시에 생산된 사실이 있다는 이유로 2017년 생산비율로 안분하여 해당 소득을 감면에서 배제할 것이 아니라 “기존에 B공장에서만 생산된 제품등급”에 한정하여 해당 제품등급에서 발생하는 소득만 감면에서 배제하는 것이 보다 합리적이고 선행결정에 부합하는 처분의 방식이다.

(3) [쟁점③] 처분청의 과세 논리를 적용하더라도, 인천에서 이전한 공장과 B공장이 병존하는 OOO생산라인 발생 소득에 대해서만 위 논리가 적용되어야 하고, 인천에서 이전한 공장만 있는 OOO, OOO, OOO생산라인 발생 소득은 전부 감면이 적용되어야 한다.

(가) 조특법은 감면대상사업과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우 각각 구분경리하도록 규정하고 있고(조특법 제143조 제1항, 조특법 시행령 제136조 제1항, 「법인세법」 제113조 제1항), 구 조특법 제63조의2 제2항은 ‘이전한 공장에서 발생하는 소득’을 감면 대상으로 하고 있다. 따라서 감면대상소득은 감면대상사업(신ㆍ증설라인) 발생 소득과 그 밖의 사업(기존라인) 발생 소득으로 구분하여야 하므로, ‘B공장 전체 생산라인’ 발생 소득을 제품등급별 2017년 생산비율 기준으로 안분하는 방식이 아니라(처분청 처분 방식), ‘B공장 생산라인 중 A공장을 이전한 신ㆍ증설라인’ 발생 소득을 감면하는 방식이 적용되어야 한다.

(나) 기존 B공장 내의 OOO, OOO생산라인을 폐쇄하고 완전히 새롭게 설치된 OOO, OOO, OOO생산라인은 A공장을 이전한 것임이 명확하므로 여기서 발생하는 소득은 전부 감면대상소득이고, 다만 OOO생산라인은 기존 B공장 내의 OOO생산라인을 기반으로 A공장 시설에 상당하는 규모 이상으로 설치된 것으로서 A공장을 이전한 부분과 기존 B공장 부분이 혼재되어 있으므로 OOO생산라인에 한하여 비로소 안분문제가 발생하는 것이다. 특히, 기존 B공장에는 트레드 고무용 제품을 생산하는 OOO라인이 설치되어 있었으나 신설된 생산라인은 A공장에서 생산하던 MRG용 제품 및 실란트용 등 특수용 제품을 생산하기 위한 OOO라인 및 OOO라인이다. 더욱이 OOO생산라인의 경우 기존 라인을 철거한 것도 아니고 비어 있던 부지에 신설한 것이다. 수원지방법원 판결에 따르더라도 OOO, OOO, OOO생산라인은 인천에서 이전한 공장만 있는 것이므로 애당초 안분이 문제가 되지 않는다.

(다) 감사원이나 조세심판원도 청구법인의 2018사업연도 법인세와 관련하여 “OOO, OOO, OOO생산라인”은 A공장이 이전된 신설라인으로 보았고, “증설라인(OOO)에서 발생하는 소득”에 대해서만 그 중 일부가 “그 공장에서 발생하는 소득”으로 보아야 한다고 보아 감면대상소득을 안분한 것이다. 그럼에도 불구하고 처분청은 위와 같은 조세심판원의 결정 내용을 완전히 무시한 채, B공장 전체 생산라인에서 발생한 소득을 제품등급별로 2017년 생산비율 기준으로 안분하여 이 건 부과처분을 하였는바, 이는 법 문언과 조세심판원의 선행결정에 반하는 자의적인 처분이다.

(라) 처분청은 수원지방법원 OOO판결을 이유로 제품등급별 소득의 안분을 주장한다. 그러나 수원지방법원 판결의 사안은 A공장을 이전하여 B공장에 A’공장을 덧붙여 설치한 경우, 즉 A’공장과 B공장이 병존하는 상태에서 A’공장에서 발생한 소득이 구분되지 않으면 A’공장과 B공장의 전체 소득을 안분하라는 것이지, A’공장 소득과 B공장 소득이 명확하게 구분되는데도 안분하라는 것이 아니고, 전체 공장에서 생산되는 제품을 기준으로 안분하라는 것은 더더욱 아니다. 청구법인의 경우, 이전 후 A공장이라고 할 수 있는 OOO, OOO, OOO생산라인에서 발생하는 소득과 B공장의 다른 생산라인에서 발생하는 소득이 구분 가능하므로 위 수원지방법원의 판결 사안과 무관하고, 다만 OOO생산라인만이 위 수원지방법원의 사안처럼 안분문제가 발생하는 것이다.

(마) 처분청의 안분 기준에 따르면 오히려 이를 악용한 조세회피가 발생할 가능성이 있다. 가령 사례1과 같은 상황에서 법 문언에 따르면 수도권 공장을 이전한 생산라인에서 발생한 300개 관련 소득이 감면대상에 해당하지만, 처분청 의견에 따르면 감면대상은 267개 관련 소득으로 산정되고, 사례2, 사례3과 같이 신ㆍ증설라인의 생산량이 감소하거나 아무런 생산이 없는 경우에도 법 문언에 따르면 신ㆍ증설라인에서 발생한 소득(OOO)에 대해서만 세액 감면이 적용되어야 하나, 처분청의 안분 기준에 따르면 감면대상소득은 실제 신ㆍ증설라인에서 발생한 소득보다 훨씬 더 크게 산정된다(각 133개, 67개 관련 소득). 결국 처분청 과세논리에 따르면 수도권 공장을 이전한 후 공장을 이전하기 전보다 더 적은 양을 생산하더라도 기존 수도권 외 공장에서 발생하는 소득을 감면소득으로 인정받는 사례가 속출할 우려가 있는바, 세법 문언의 범위를 넘어선 해석으로 법인세 감면혜택을 박탈하여 지방이전법인에 법인세 감면규정을 둔 제도의 취지를 몰각하고 잠탈하는 결과가 발생할 수 있다.

OOO

(바) 따라서 설사 ‘제품등급’ 및 ‘2017년 생산비율’이라는 처분청 과세논리를 따르더라도 그 대상은 OOO생산라인에 한정되어야 하고, 기존 B공장 생산라인과는 전혀 별개로서 A공장의 생산라인을 이전한 OOO, OOO, OOO생산라인에서 발생한 소득은 전부 감면대상소득으로 인정되어야 한다.

(4) [쟁점④] 2017년에 A공장에서 생산되지 않았다는 이유로 감면에서 제외된 제품등급 중 사실상 A공장에서 생산하던 제품등급으로 볼 수 있는 제품등급에서 발생한 소득에 대해서는 감면이 적용되어야 한다.

(가) 첫째, A공장에서 생산이 이루어졌던 제품등급과 사실상 동일한 경우이다. 청구법인은 공장 이전 후 A공장에서 생산되지 아니하였던 일부 제품등급을 생산하였으나, 해당 제품등급 역시 카본블랙 제품이다. 다만, 당초 구슬 형태(BDS)였다면 가루 형태(PWD)로 변경하였거나, 고객 요청에 따라 일부 성능을 개선하는 정도(불순물 함량, 알갱이의 단단함 변경 등)의 차이만 있을 뿐이고, 일부는 완전히 동일함에도 제품등급 명칭만 변경된 경우도 있다. 예를 들면, OOO, OOO의 경우 기존에 A공장에서 생산하던 OOO, OOO를 분쇄공정만 추가로 거쳐 가루로 분쇄한 것이고, OOO의 경우 기존에 A공장에서 생산하던 OOO를 실란트용으로 규격 변경하여 등록한 것이다. 이러한 단순한 물리적 변화, 명칭 변경 등을 이유로 기존에 A공장에서 생산하던 제품등급과 완전히 다른 새로운 제품등급이라고 볼 수 없다.

(나) 둘째, 2017년에만 일시적으로 A공장에서 생산이 이루어지지 않았던 경우이다. 청구법인은 고객의 요청에 따라 생산하여 판매하는 부분이 많기에, 2017년에는 일시적으로 A공장의 생산량이 없으나 그 이전 혹은 그 이후 A공장 폐쇄 전까지 A공장에서 생산된 제품등급이 있다. 가령 OOO제품등급의 경우 2013～2015년 및 2018년 중 A공장에서 생산이 되었으나 2017년에 일시적으로 A공장에서 생산이 이루어지지 않았다. 이러한 제품등급의 경우 공장이전을 하지 않았더라면 A공장에서 생산하였을 것이므로 감면대상으로 분류되어야 한다.

(다) 셋째, 신제품을 개발하여 생산한 경우이다. 구 조특법 제63조의2가 법인의 공장을 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세를 감면하도록 정한 취지는 수도권 기능의 지방 분산을 통한 지역 간의 균형발전을 도모하려는 것이다. 따라서 지방이전법인이 공장 이전 후에 동일 업종의 범위 내에서 이전 공장에서 생산하지 아니하였던 새로운 제품을 생산하여 추가적인 소득을 거두는 것이 입법 취지에 반한다고 볼 수 없다. 처분청은 A공장과 B공장 어디에서도 생산되지 않다가 A공장 이전 후 생산된 신제품은 전부 감면대상에서 제외하였는바, 이러한 처분청의 과세논리는 공장을 이전하면서 동일 업종 내 신제품을 생산하기 위하여 추가 투자를 한 경우에는 감면 대상이 아니라는 것으로서 명백히 부당하고, 이는 수도권 외 지역의 경제활성화를 도모하고자 하는 입법 취지에도 정면으로 배치된다. 예규도 한국표준산업분류상 세분류가 동일한 경우 신제품을 생산하는 신규라인에서 발생하는 소득은 전부 감면대상이라고 해석하였다(OOO, 2010.10.29.). 예를 들어 2022년에 새로 신설된 OOO제품등급의 경우 A공장에서 생산하던 OOO제품등급을 발전시킨 것으로 신ㆍ증설라인에서 생산되었는바 이러한 신제품에서 발생하는 소득은 A공장 이전에 따라 발생한 소득으로서 감면대상 소득으로 구분되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) [쟁점①] 감면대상 소득은 한국표준산업분류상 업종이 아니라 제품등급을 기준으로 이전된 A공장 귀속분에 한정하여 판단하여야 하고, 그 산정은 2017년 생산량 비율에 따른 안분에 의하여야 한다.

(가) 구 조특법 제63조의2 제2항 제1호의 ‘그 공장에서 발생하는 소득’에서 ‘그 공장’은 문언상 ‘이전된 공장(폐쇄된 A공장)’을 가리키므로 감면대상은 이전된 A공장에 귀속되는 소득에 한정되고 기존 B공장에서 발생하던 소득은 포함될 수 없고, 같은 조 제10항의 업종 동일성(한국표준산업분류상 세분류)은 감면제도를 적용받기 위한 자격요건에 불과하다. 즉, 감면 소득의 실체적 범위는 제2항 제1호가 획정하는 것이므로, 업종의 동일성을 충족하였다고 하여 그 업종에서 발생한 소득 전부가 감면대상이 되는 것은 아니다. 감면요건 규정은 특혜규정으로서 엄격하게 해석하여야 하고 합리적 이유 없는 확장해석은 허용되지 아니하므로(대법원 2009.8.20. 선고 OOO 판결), 세분류 동일성만으로 모든 소득이 감면된다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

(나) 더욱이 청구법인이 생산하는 카본블랙은 고무용과 염색용 등 최종 사용처가 다르고 요구 물성(요오드흡착량, 기름흡수량 등 ASTM 기준)과 투입 공정(산처리 유무 등)이 명백히 상이한 개별 독립된 제품으로서 객관적인 거래사회의 통념상으로도 이들은 확연히 구분되며, 세세분류 20129에는 카본블랙 외에 농축우라늄ㆍ가성소다ㆍ리튬ㆍ방사성 동위원소ㆍ공업용 다이아몬드 등 물리ㆍ화학적 성질과 용도가 전혀 다른 180여 개의 제조업이 포함되어 있으므로, 업종 동일성만으로 모두 동일 제품이라고 본다면 농축우라늄과 카본블랙이 동일 제품이라는 불합리한 결론에 이른다. 이처럼 업종의 분류는 감면 적용의 자격요건일 뿐 개별 감면 소득의 범위를 획정하는 기준이 될 수 없으며, 이는 청구법인의 질의에 대한 처분청의 사전답변(OOO, 2018.6.19.)이 이전 후 각 생산라인 소득 중 ‘수도권 안의 공장에서 생산하던 제품을 생산함으로써 발생한 소득’만 감면대상이 됨을 확인한 것과도 부합한다.

(다) 동일한 사실관계에 기초한 선행결정은 제품등급 기준의 정당성을 뒷받침한다. 선행결정은 기존 B공장에서만 생산되던 선행쟁점제품 관련 소득을 감면대상에서 제외한 처분이 적법하다고 판단하였는데, 선행쟁점제품도 청구주장에 의하면 모두 세분류상 동일 업종(20129)에 속하는 카본블랙이므로, 세분류 동일성만으로 모든 소득이 감면대상이라면 선행결정에서 선행쟁점제품의 감면 배제 자체가 성립할 수 없다. 결국 선행결정은 ‘이전된 공장에서 발생한 소득’에 해당하는지를 제품등급을 기준으로 판단한 것이고, 청구법인 스스로 그 결정에 따라 선행쟁점제품 관련 소득을 감면대상에서 제외하여 신고한 바 있으므로, 업종을 기준으로 하여야 한다는 청구주장은 선행결정의 취지 및 청구법인 자신의 종전 신고와도 배치된다.

(라) 청구법인의 구분경리 주장에 대하여 보면, 조특법 제143조의 구분경리는 이미 획정된 감면사업과 과세사업의 손익을 장부상 분리 기장하는 절차적 방법일 뿐 감면대상 소득의 실체적 범위를 창설하는 효력이 없으므로, 하나의 라인 안에서 감면대상 원천(A공장 이전분)과 비감면대상 원천(기존 B공장 생산분)이 혼재되어 교차 생산되는 본 사안에서 장부상 라인별로 숫자를 나누었다고 하여 그 라인 발생 소득 전체가 ‘이전한 공장에서 발생하는 소득’으로 정당화될 수 없다. A공장 이전ㆍ통합 후 신ㆍ증설라인에서는 기존 B공장에서 생산되던 제품등급이 생산되고 있고 B공장 기존라인에서는 기존 A공장에서 생산되던 제품등급이 생산되고 있어 신ㆍ증설라인을 이전된 A공장과 동일시할 수 없으므로, 라인이 아니라 제품등급별로 이전된 A공장 귀속분을 가려내야 한다.

(마) 수원지방법원 2018.2.7. 선고 OOO판결(국승 확정)은 안분방식의 적법성을 뒷받침한다. 위 판결은 수도권 A공장과 수도권 외 B공장을 병존 운영하다가 A공장을 폐쇄하여 B공장으로 이전ㆍ통합한 사안에서 ‘이전 후의 공장에서 발생하는 소득’을 이전된 공장시설의 사업개시로 새로이 발생하는 소득에 한정하면서 기존에 설치ㆍ운영되던 공장시설에서 이전 후 발생하는 소득은 제외된다고 판시하고, 이전 전 공장시설 발생 소득과 새로운 소득이 혼재되는 경우 공장 이전 직전 사업연도의 매출액 비율 등으로 안분하여 감면대상 소득을 산정하는 것이 객관적ㆍ합리적 추산 방법이라고 인정하였다. 본 사안 역시 신ㆍ증설라인에서 기존 A공장 생산 제품과 기존 B공장 생산 제품이 혼재 생산되므로, 위 판결의 취지에 따라 제품등급별 소득을 공장이전 직전연도(2017년) 생산량 비율로 안분한 것은 판례상 합리성이 인정되는 방식이다.

(바) 나아가 청구법인의 세분류 동일성 논리를 적용하면 카본블랙은 단일 업종(20129)의 동일 제품이므로 이전 후 B공장 전체 라인 발생 소득 중 이전된 A공장 기여분을 2017년 생산량(또는 매출액) 비율로 안분하여야 하는데, 이 경우 이 건 처분의 추징세액보다 오히려 큰 금액(약 OOO원)이 산출된다. 처분청은 조사 당시 위 동일제품 안분방식과 제품별 기준방식을 모두 검토하였으나 선행결정에서 제품별 기준에 의한 구분방법론이 이미 확립되어 있어 청구법인에게 보다 유리한 제품별 기준을 채택하여 이 건 처분을 한 것이므로, 제품등급별로 이전된 A공장 귀속분에 한정하여 감면 소득을 산정한 이 건 처분은 적법ㆍ타당하다.

(2) [쟁점②] 청구법인은 2017년에 A공장에서 생산한 이력이 있는 제품등급은 안분 없이 전부 감면대상으로 보고 B공장에서만 생산하던 제품등급 관련 소득만 배제하여야 한다고 주장하나, 공장이전 전 A공장과 B공장에서 공동으로 생산되던 제품등급(이하 “공동생산 제품등급”이라 한다)에는 이전된 A공장 귀속분과 기존 B공장 귀속분이 혼재되어 있으므로 안분을 통하여 A공장 귀속분만을 감면대상으로 산정하여야 한다. A공장에서 생산한 이력이 있다는 사정만으로 그 제품등급에서 발생한 소득 전부를 감면대상으로 본다면, 같은 제품등급을 B공장 기존라인에서 생산하여 발생한 소득, 즉 기존 B공장 귀속분까지 감면되는 결과가 되어 ‘수도권 밖으로 이전된 공장에서 발생하는 소득’만을 감면대상으로 정한 조특법 제63조의2 제2항의 문언과 취지에 반한다. ‘기존 B공장과 A공장이 통합’되었다는 사정만으로 기존 B공장에서 발생한 소득까지 감면대상으로 인정할 수는 없으므로, 공동생산 제품등급에서 발생한 혼재 소득은 이전 직전연도(2017년) 생산량 비율로 안분하여 이전된 A공장 귀속분만을 감면대상으로 산정하여야 하며, 이는 앞서 본 바와 같이 혼재 소득의 안분을 합리적 산정방법으로 인정한 수원지방법원 OOO판결의 취지에 부합한다.

(3) [쟁점③] 청구법인은 처분청의 제품등급 기준이 A공장 이전 부분과 기존 B공장 부분이 혼재된 증설라인 OOO에만 적용되고 신설라인 OOOㆍOOOㆍOOO 발생 소득은 전부 감면대상이라고 주장하나, 신설라인 역시 A공장과 기존 B공장의 기능을 함께 수행하고 있어 이를 이전된 A공장과 동일시할 수 없으므로, 동일한 제품등급 기준이 신설라인에도 적용되어야 한다.

(가) A공장 이전ㆍ통합 후 신설라인에서는 기존 B공장에서 생산되던 제품등급이 생산되고 B공장 기존라인에서는 기존 A공장에서 생산되던 제품등급이 생산되고 있어, 신설라인이 A공장만을 대체한 것이라는 청구주장의 전제는 실제 생산실태와 부합하지 아니하므로, 신설 여부나 라인의 물리적 구분이라는 외형적 사정만으로 OOOㆍOOOㆍOOO라인 전부를 이전된 A공장으로 단정할 수 없다.

OOO라인이 기존 라인을 철거하지 않고 빈 부지에 신설되었다는 사정이 있더라도 그 라인에서 기존 B공장 생산 제품이 현실적으로 생산되고 있는 이상 그것이 A공장의 이전인지 기존 B공장의 증설인지 외형만으로 구분할 수 없고, 실제로는 A공장과 기존 B공장 양자를 모두 대체하는 기능을 수행하고 있다.

(나) 선행결정이 적용한 감면 기준은 ‘이전된 공장에서 발생한 소득’에 해당하는지를 제품등급을 기준으로 판단하는 것이고, 그 감면 기준과 그 기준을 적용한 대상(선행쟁점제품)은 구분되어야 한다. 선행결정의 처분은 감사원 시정지시에 따라 기존 B공장에서만 생산되던 선행쟁점제품을 특정하여 배제한 제한적 조치였다. 당시 신설라인 전체 제품에 대한 현장조사가 수반되지 못하여 OOOㆍOOOㆍOOO라인 생산 제품과 그 감면대상 소득은 선행결정의 심리ㆍ판단 대상이 아니었다. 따라서 선행결정은 선행쟁점제품 관련 소득이 감면대상이 아니라고 판단한 것일 뿐, 선행쟁점제품을 제외한 신설라인 발생 소득 전부가 감면대상이 된다고 판단한 것이 아니다. 청구법인이 인용하는 선행결정 결정문의 표현, 즉 “공장 이전은 기존 B공장의 생산라인 설비 중 노후로 생산이 어려운 라인을 철거한 후 그 자리에 A공장의 특수용 제품 생산라인을 이전하는 방식으로 3개 라인(OOO, OOO, OOO)은 신설하고 OOO라인은 증설하여 A공장에서 생산하던 특수용 제품 일부를 생산하였다”는 부분도 신설라인에 A공장의 기능이 있음을 확인한 것에 불과할 뿐 그 라인에 기존 B공장의 기능이 병존함을 부정하는 취지가 아니다. 따라서 동일한 제품등급 기준을 OOOㆍOOOㆍOOO라인에도 적용한 이 건 처분은 선행결정에 반하는 것이 아니라 이를 충실히 따른 것이다.

(4) [쟁점④] 청구법인은 2017년 A공장에서 생산되지 않은 제품등급이라도 사실상 A공장에서 생산하던 제품으로 볼 수 있으면 감면하여야 한다고 주장하나, 위 제품등급들은 거래상 구별되는 별개의 제품이거나 A공장 생산 여부의 판단 시점을 사후적으로 변경하려는 것이어서 받아들일 수 없다.

(가) 청구법인이 든 사례들(OOO 등)은 완전히 동일한 제품의 단순 명칭 변경이 아니라 형태 변경(OOO), 규격 변경 등 거래상 구별되는 변화가 수반된 별개의 제품이다. 청구법인이 수백 개의 제품등급을 부여하여 분리 관리해 온 사실 자체가 각 제품등급이 거래상 별개의 제품임을 보여주는 객관적 징표이므로, 자신에게 유리한 경우에 한하여 사실상 동일하다고 주장하는 것은 모순이다. 특히 OOO는 청구법인 스스로 분쇄공정이 과거 B공장에는 없고 A공장에만 있어 B공장에서는 생산이 불가능하였다고 인정하고 있어 분쇄공정 이전이라는 별개의 사실관계 확인이 필요한 사안이고, 심판 단계에서 새로 제출된 증거는 처분청이 별도로 적정 여부를 검토할 사안일 뿐 이로써 이 건 처분이 위법하게 되는 것은 아니다.

(나) ‘2017년 일시적 미생산’ 주장(OOO등)에 대하여도, A공장 생산 여부의 판단 시점은 객관적ㆍ일관된 기준에 따라야 하고 청구법인이 사후적으로 유리한 시점을 선택하도록 허용할 수 없다. 특히 OOO는 선행결정에서 이미 감면 배제가 확정된 3개 쟁점제품 중 하나이므로 이를 다시 감면대상에 포함시키려는 시도는 선행결정의 기속력을 부정하는 것이다.

(다) 신제품 주장에 대하여도 인용 예규(OOO, 2010.10.29.)는 일반적 공장이전 사안에 관한 것으로 통합운영 사안인 본 사안에 적용될 수 없고, 신제품이 A공장 이전으로 신ㆍ증설라인이 설치되어 비로소 생산 가능해졌다는 청구주장 자체가 신ㆍ증설라인이 A공장 이전분과 기존 B공장 생산분의 통합체라는 특수성을 재확인하는 것으로서, 신제품 발생 원인 중 어디까지가 A공장 이전에 기인한 것인지 정확히 구분할 수 없음을 반증한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적 청구) 지방이전 세액감면을 적용함에 있어, 청구법인이 생산한 제품등급별 소득 중 지방이전 직전연도(2017년) A공장에서 생산한 비율에 해당하는 금액만을 감면대상으로 보아 과세한 처분의 당부

② (예비적 청구) 제품등급 기준으로 감면대상을 판단하더라도, 2017년 A공장에서 생산한 이력이 있는 제품등급은 안분 없이 전부 감면대상으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

③ (예비적 청구) 제품등급을 기준으로 감면대상을 판단하고 2017년 A공장 생산비율로 안분하더라도, 그 대상은 증설된 OOO라인에 한정되어야 하고, 신설된 OOOㆍOOOㆍOOO라인 발생 소득은 전부 감면대상이라는 청구주장의 당부

④ (예비적 청구) 2017년 A공장에서 생산되지 않은 제품등급이라도 사실상 A공장에서 생산하던 제품으로 볼 수 있는 경우 감면대상에 포함하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1968년 인천광역시(수도권 과밀억제권역)에, 1980년 전라남도 여수시에 각 공장시설을 갖추고 카본블랙(타이어 등의 주요 소재)을 제조ㆍ판매하여 온 법인으로서, 2018.6.30. A공장의 가동을 중단하고, 2018.7.30. A공장 생산라인을 대체할 B공장 내 신ㆍ증설라인(OOO라인 증설, OOOㆍOOOㆍOOO라인 신설)의 건설을 완료하였다. 해당 건설과 관련하여, 청구법인은 증설라인(OOO)은 기존 B공장 OOO라인의 대부분을 철거하고 핵심 설비인 반응기를 교체하는 등 95% 이상을 신규설비로 설치하는 방식으로 투자가 이루어졌고, 신설라인(OOOㆍOOOㆍOOO)은 생산라인 전체가 신규로 건설되었다고 설명한다.

(2) 청구법인 제시 자료에 따르면 청구법인이 생산하는 카본블랙은 사용목적에 따라 고무용(RB, Rubber Black)과 염색용ㆍ특수용(PB, Pigment Black)으로 구분하고, 이를 다시 브랜드ㆍ성상(구슬형 BDS, 가루형 PWD 등)ㆍ착색력ㆍASTM 분류기준ㆍ고객 요청에 따른 기능ㆍ성능 등에 따라 약 150개의 제품등급으로 분리하여 관리하고 있는 것으로 확인된다.

(3) 카본블랙 제조업은 한국표준산업분류상 세분류 기준으로는 기초 무기화학 물질 제조업(2012), 세세분류 기준으로는 기타 기초 무기화학 물질 제조업(20129)에 해당하고, 위 세세분류(20129)에는 카본블랙 외에 아세틸렌블랙ㆍ이산화규소ㆍ방사성 원소 및 동위원소 등 제조가 예시로 포함되어 있다.

(4) 처분청은 B공장에서 생산된 전체 제품등급을 대상으로, 각 제품등급별 소득 중 지방이전 직전연도(2017년) A공장에서 생산한 비율OOO에 해당하는 금액만을 감면대상으로 보았고, 2017년 A공장에서 생산되지 않은 제품등급(여수 전용 제품 및 신제품 등)의 소득은 감면대상에서 배제하였다.

(5) A공장 이전ㆍ통합 후 B공장 운영현황상 신ㆍ증설라인에서 기존 B공장에서 생산되던 제품등급이 생산되고 있고, 반대로 B공장 기존라인에서 기존 A공장에서 생산되던 제품등급이 생산되는 등 신ㆍ증설라인과 기존라인에서 제품등급이 교차 생산되고 있다는 사실 자체에 대하여는 양측 모두 이견이 없다.

(6) 처분청이 제시한 자료에 의하면, 2017년 기준 A공장에서만 생산한 제품등급은 9개, AㆍB공장이 공동으로 생산한 제품등급은 22개, B공장에서만 생산한 제품등급은 47개이다.

<표1> AㆍB공장 생산제품에 대한 감면대상 제품 수

OOO

(7) 처분청은 청구법인의 감면소득 비율이 공장이전 전 A공장의 생산량 비중(22%)에 비하여 과다하다는 의견으로 아래 <표2>와 같은 자료를 제출하였다.

<표2> A공장 생산량 비중 대비 감면비율(처분청 제시)

OOO

(8) 청구법인의 생산팀 직원 a은 세무조사 과정에서, 아래와 같이 기존 B공장의 노후화된 OOOㆍOOO생산라인은 반응기 부식 및 이물질 혼입에 따른 불량 발생 등의 문제로 철거하고 그 자리에 OOOㆍOOO생산라인을 신설하였으며, OOOㆍOOO생산라인에서는 일부 제품만 생산이 가능하였으나 신설 생산라인을 설치하면서 기존 B공장에서 생산하던 제품과 더불어 A공장에서 생산하던 특수용 제품까지 생산할 수 있게 되었다는 취지로 진술하였다.

<표3> 청구법인 생산팀 엔지니어 a 진술서

OOO

(9) 처분청은 청구법인에 대한 조사과정에서 청구법인 대표이사로부터 확인서(2025년 5월 작성)를 징구하였는바, 해당 확인서에는 청구법인이 관리하는 24개 제원 지표[요오드흡착량(IOD), 질소흡착 비표면적(NSA), 오일흡유량(OAN), 착색력(TINT) 등]의 수치가 모두 동일하더라도 서로 다른 제품등급 명칭으로 부여ㆍ관리되고 있는 제품등급이 10여 개 이내로 존재하고, 다만 청구법인이 위 제품등급들은 당초 처분청이 산정한 감면세액에 영향을 미치지 아니하고 제품등급별 24개 제원 지표의 수치가 영업비밀에 해당한다는 이유로 그 관련 자료를 제출하지 아니한다는 취지가 기재되어 있다.

(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 이전 전ㆍ후 공장의 한국표준산업분류상 세분류가 동일하므로 이전 후 B공장 신ㆍ증설라인에서 발생한 소득 전부가 감면대상이라는 주장이나, 조특법 제63조의2 제1항에서 수도권과밀억제권역에서 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 한 법인이 공장시설의 전부를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세를 감면받을 수 있다고 규정하면서, 같은 조 제2항 제1호에서 그 감면대상을 '공장을 이전한 경우 그 공장에서 발생하는 소득'으로 규정하여 감면대상 소득의 발생 원천을 이전된 공장으로 한정하는 한편 같은 조 제10항 및 같은 법 시행령 제60조의2 제16항에서 위 감면을 적용받기 위하여는 이전 전후 업종의 동일성을 요한다고 규정하고 있고, 조세감면 규정은 특혜규정으로서 엄격하게 해석하여야 하고 합리적 이유 없는 확장해석은 허용되지 아니한바, 업종 동일성 요건은 위 감면을 적용받기 위한 요건일뿐 해당 요건을 충족하였다는 사정만으로 그 업종에서 발생한 소득 전부가 곧바로 '이전된 공장에서 발생하는 소득'이 되어 감면대상에 해당한다고 보기는 어려운 점, 선행결정은 세분류상 동일 업종에 속하는 선행쟁점제품에서 발생한 소득에 대하여도 감면 배제가 적법하다고 판단하였고 청구법인 또한 그 취지에 따라 선행쟁점제품 관련 소득을 감면대상에서 제외하여 신고하여 온 이상 공장이전 전후 동일한 업종을 영위한다는 사정만으로 발생 소득 전부가 감면대상이 된다는 주장은 선행결정의 취지 및 청구법인 자신의 종전 신고와도 부합하지 아니하는 점 등에 비추어, 청구법인의 위 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 2017년에 A공장에서 생산한 이력이 있는 제품등급은 안분 없이 전부 감면대상으로 보고 2017년 당시 기존 B공장에서만 생산되던 제품등급에서 발생한 소득만 배제하여야 한다는 주장이나, 청구법인이 A공장을 폐쇄하고 그 생산기능을 B공장으로 이전ㆍ통합하면서 하나의 제품등급이 신ㆍ증설라인과 기존 B공장의 라인에서 함께 생산되게 되었고, 그 결과 공장이전 전 A공장과 B공장에서 공동으로 생산되던 제품등급(이하 "공동생산 제품등급"이라 한다)에는 이전된 A공장에서 생산되던 부분에 귀속되는 소득과 기존 B공장에서 생산되던 부분에 귀속되는 소득이 혼재되어 있는 바, 이러한 상황에서 단지 그 제품등급이 A공장에서도 생산된 이력이 있다는 사정만으로 해당 제품등급에서 발생한 소득 전부를 감면대상으로 본다면 같은 제품등급을 기존 B공장의 라인에서 생산하여 발생한 소득, 즉 감면대상이 아닌 기존 B공장 귀속분까지 감면되는 결과가 되어 '이전된 공장에서 발생하는 소득'만을 감면대상으로 정한 조특법 제63조의2 제2항의 문언과 취지에 부합하지 아니하는 점, 이와 같이 하나의 공동생산 제품등급에서 발생한 소득에 이전된 A공장 귀속분과 기존 B공장 귀속분이 혼재되어 이를 직접 구분하기 어려운 경우 그 소득을 공장 이전 직전연도인 2017년의 A공장 생산량 비율에 따라 안분하여 이전된 A공장 귀속분을 산정하는 것은 합리적인 산정방법으로 볼 수 있고, 이는 이전 전 공장시설에서 발생하던 소득과 이전 후 새로 발생하는 소득이 혼재되는 경우 이전 직전 사업연도의 매출액 비율 등으로 안분하는 것을 객관적ㆍ합리적 산정방법으로 인정한 판결(수원지방법원 2018.2.7. 선고 OOO판결)의 취지에도 부합하는 점 등에 비추어, 공동생산 제품등급에서 발생한 소득을 2017년 A공장 생산비율로 안분하여 이전된 A공장 귀속분만을 감면대상으로 본 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청의 제품등급별 안분방식이 이전된 A공장 부분과 기존 B공장 부분이 함께 혼재되어 있는 증설라인(OOO)에만 적용되어야 하고, 새로 설치된 신설라인(OOOㆍOOOㆍOOO)에서 발생한 소득은 이전된 A공장에서 발생한 소득으로서 전부 감면대상이라는 주장이나, 이전 후 신설라인에서 이전 전 기존 B공장에서 생산되던 제품등급이 생산되고 반대로 B공장의 기존 라인에서는 이전 전 A공장에서 생산되던 제품등급이 생산되는 등 신설라인과 기존라인 사이에 제품등급의 교차생산이 이루어지고 있는 사실 자체는 청구법인도 다투지 아니하는바, 신설이라는 외형만으로 신설라인에서 발생한 소득 전부를 이전된 A공장에서 발생한 소득으로 보기는 어려운 점, 하나의 라인 안에서 감면대상인 이전된 A공장 생산분과 감면대상이 아닌 기존 B공장 생산분이 혼재되어 교차 생산되는 상황에서 청구법인이 라인별로 장부상 소득을 구분하여 경리하였다는 사정만으로 그 신설라인에서 발생한 소득 전부를 '이전한 공장에서 발생하는 소득'으로 보기는 어려운 점, 청구법인의 생산팀 직원도 노후화된 기존 B공장의 OOOㆍOOO라인을 철거하고 그 자리에 OOOㆍOOO라인을 신설하면서 이전 전 기존 B공장에서 생산하던 제품과 이전 전 A공장에서 생산하던 특수용 제품을 함께 생산할 수 있게 되었다는 취지로 진술하고 있어 신설라인이 이전된 A공장의 기능뿐만 아니라 기존 B공장의 기능도 함께 수행하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 제품등급을 기준으로 한 안분방식을 신설라인(OOOㆍOOOㆍOOO)에도 동일하게 적용한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(라) 다음으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구법인은 2017년에 A공장에서 생산되지 아니한 제품등급이라도 사실상 A공장에서 생산하던 제품으로 볼 수 있는 경우에는 감면대상에 포함하여야 한다고 주장한다.

1) 먼저 청구법인은 일부 제품등급이 2017년에만 일시적으로 A공장에서 생산되지 아니하였을 뿐 그 전후에는 A공장에서 생산되었다며 이를 감면대상에 포함하여야 한다고 주장하나, 과거 어느 시점에 A공장에서 생산된 이력이 있는 제품등급을 감면대상에 포함할 것인지에 관하여 객관적이고 일관된 기준을 마련하기 어려운 점, 청구법인 주장과 같이 2017년 이전에 A공장에서 생산된 이력이 있다는 사정만으로 감면대상에 포함할 경우 반대로 2017년에만 A공장에서 생산되고 그 전에는 생산되지 아니한 제품등급은 어떻게 취급할 것인지의 문제도 함께 발생하는 점, 청구법인이 일시적 미생산의 예로 든 제품등급 중 OOO는 선행결정에서 이미 기존 B공장에서만 생산되던 제품으로 보아 감면 배제가 확정된 선행쟁점제품 중 하나이므로 이를 다시 감면대상에 포함하여 달라는 주장은 선행결정의 기속력에 비추어 받아들이기 어려운 점 등에 비추어, 이 부분 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

2) 다음으로 A공장 생산제품과 명칭ㆍ포장ㆍ형태만 변경된 경우에 대하여 보면, 특정 제품등급이 A공장에서 생산하던 제품과 명칭ㆍ포장ㆍ형태만 달리할 뿐 실질적으로 동일한 제품임이 객관적 자료에 의하여 확인된다면 단지 제품등급의 명칭이 다르다는 이유만으로 그 소득을 감면대상에서 배제하는 것이 타당하다고 보기는 어려운 점, 다만 그 실질적 동일성 여부는 요오드흡착략(IOD), 질소흡착 비표면적(NSA) 등 24개 제원 지표의 수치 및 제품등급 변경관리 내역 등 객관적 자료에 의하여 개별 제품등급별로 확인되어야 하는 점 등에 비추어, 처분청이 감면대상에서 제외한 제품등급 중 2017년 A공장 생산제품과 실질적으로 동일하나 명칭ㆍ포장ㆍ형태만 변경된 제품등급이 있는지 여부를 재조사하여, 그 결과에 따라 2017년 A공장 생산제품과 실질적으로 동일함이 확인되는 제품등급에서 발생한 소득은 해당 제품등급의 공장별 생산비율로 안분하여 그 중 A공장 생산비율에 해당하는 금액에 대하여는 이 건 감면을 적용하여 과세표준 및 세액을 경정하도록 함이 타당한 것으로 판단된다.

3) 한편 신제품에 해당하는 경우에 대하여 보면, 지방이전법인이 공장 이전 후 동일 업종의 범위 내에서 이전 전 공장에서 생산하지 아니하던 새로운 제품을 생산하여 추가적인 소득을 거두는 것은 수도권 기능의 지방 분산을 통한 지역균형발전이라는 지방이전 감면제도의 취지에 부합하는 점, 과세관청 역시 한국표준산업분류상 세분류가 동일한 경우 신제품을 생산하는 신규라인에서 발생한 소득을 감면대상으로 해석하고 있는 점(OOO, 2010.10.29.), 다만 신제품은 지방이전 직전연도인 2017년에 생산량이 존재하지 아니하여 제품등급별 생산량 비율에 따른 안분방식을 그대로 적용할 수 없고 그 소득의 구분에 관한 별도의 규정도 없으므로 이전 직전연도(2017년) 공장별 매출액 비율, 즉 2017년 A공장 매출액을 2017년 AㆍB공장 전체 매출액으로 나눈 비율에 따라 안분하는 것이 앞서 본 판결의 취지에 부합하고 합리적인 산정방법으로 볼 수 있는 점 등에 비추어, 처분청으로 하여금 신제품에 해당하는 제품등급의 범위를 개별 제품등급별로 재조사하여, 그 결과에 따라 신제품에 해당하는 제품등급에서 발생한 소득은 2017년 공장별 매출액 비율로 안분하여 그 중 A공장 매출액 비율에 해당하는 금액에 대하여는 이 건 감면을 적용하여 과세표준 및 세액을 경정하도록 함이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 이전의 것) 제63조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면) ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 세액감면 요건

가. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 본사를 둔 법인일 것. 다만, 본사의 이전등기일이 속하는 과세연도 개시일부터 소급하여 10년 이내에 이 조에 따라 감면받은 법인은 제외한다.

나. 본사를 수도권 밖으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 이전할 것

다. 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 “이전본사”라 한다)에 대한 투자금액 및 이전본사의 근무인원이 지역경제에 미치는 영향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준을 충족할 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2020년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2023년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2020년 12월 31일까지 보유하고 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)

② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득(지방이전 후 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 사업을 승계하는 경우 승계한 사업장에서 발생한 소득은 제외한다)에 대하여 이전일 이후 지방이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득

⑦ 제2항에 따라 법인세를 감면받은 지방이전법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.

3. 수도권에 본사 또는 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치한 경우

⑩ 제1항ㆍ제2항ㆍ제5항 또는 제6항을 적용받으려는 지방이전법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장 또는 본사에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장 또는 본사에서 영위하는 업종이 각각 같아야 한다.

제143조(구분경리) ① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정되기 이전의 것) 제60조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면) ⑫ 법 제63조의2 제7항의 규정에 의하여 납부하여야 하는 세액은 다음 각호의 구분에 의하여 계산한다.

3. 법 제63조의2 제7항 제3호에 해당하는 경우 : 본사설치일 또는 공장설치일부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액. 이 경우 이전한 공장이 2 이상이고 동 공장에서 서로 다른 제품을 생산하는 경우에는 수도권안의 공장에서 생산하는 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장의 이전으로 인하여 감면받은 분에 한한다.

(16) 법 제63조의2 제10항에서 "대통령령으로 정하는 분류"란 한국표준산업분류상의 세분류를 말한다.

※ 조세특례제한법 기본통칙 63-60…2【공장 이전 후 추가 업종에서 발생한 소득의 세액감면 적용여부】

수도권 과밀억제권역에서 공장시설을 갖추고 제조업을 영위하던 법인이 당해 공장시설과 수도권 과밀억제권역 안에 소재하던 본점을 수도권 과밀억제권역 밖으로 함께 이전한 후 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 이전 전의 업종과 다른 새로운 업종을 추가한 경우, 그 추가한 업종에서 발생한 소득에 대하여는 법 제63조 규정의 수도권 과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면을 적용하지 아니한다.

【관련법령】

「조세특례제한법」 제63의2