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쟁점토지는 「주택법」 상 대지조성사업자가 그 사업을 위해 취득하여 보유하는 토지로서 「지방세법」 제106조 제1항 제3호에 따른 분리과세대상으로 구분하여야 한다는 청구주장의 당부

[조세심판원 조심 2026서2148 (2026. 7. 14)]
※ 2026년 8월 11일 조세심판원에서 수집하여 제공하고 있습니다.

【세목】

종합부동산

【재결요지】

토지에 대한 재산세 및 종합부동산세 분리과세제도는 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 별도의 기준에 따라 분리과세함으로써 종합합산과세에서 오는 불합리를 보완하고자 하는 것으로서, 그 대상을 정한 지방세법령의 규정은 예시적 규정이 아니라 한정적 규정으로 보아야 하는 것임(대법원 2023.9.14. 선고 2021두40027 판결, 같은 뜻임).

【주문】

심판청구를 기각한다.

【이유】

1. 처분개요

가. 청구법인은 주식회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다)가 2015.3.20. 매수하고, 2016.6.14. 소유권이전등기를 마친 경상남도 진주시 OOO, 합계 30,158m2 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 같은 날 신탁을 원인으로 소유권이전등기를 하였다.

나. 처분청은 청구법인 명의로 소유권 이전등기가 되어 있던 위 쟁점토지를 종합합산과세대상 토지(2020년 종합부동산세 과세대상 종합합산토지명세는 <별지1>과 같다)로 보아 2020.11.18. 청구법인에 2020년 귀속 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원을 부과ㆍ고지하였다.

다. 청구법인은 쟁점토지는 「지방세법」 제106조 제1항 제3호(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 분리과세대상 토지에 해당한다고 보아 2025.12.12. 처분청에 2020년 귀속 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 처분청은 2026.1.12. 「종합부동산세법」 제17조 및 같은 법 시행령 제9조에 따라 시장ㆍ군수가 재산세를 재경정하여 통보하지 않은 쟁점토지에 대해 과세대상을 임의로 재분류할 법적 근거가 없고, 「지방세법」상 분리과세대상 토지에 해당하지 않는다고 보아 경정청구를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2026.4.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「주택법」상 대지조성사업을 위한 쟁점토지를 분리과세대상 토지가 아닌 종합합산과세대상 토지로 보아 한 이 사건 부과처분은 위헌 또는 위법이다.

(2) 쟁점규정 사목의 “국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지”에 「주택법」상 대지조성사업자 등록을 한 대지조성사업자가 대지조성사업계획 승인을 받은 토지를 제외하는 것은 평등의 원칙에 반하고 대지조성사업자의 재산권을 현저히 침해하여 위헌이다.

(가) 쟁점규정에서 분리과세대상으로 규정한 “국가의 보호ㆍ지원이 필요한 토지”는 경과세 필요성이 있는 토지를 의미하여, 쟁점규정 사목의 “국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지”도 국가의 보호ㆍ지원이 필요한 토지 중 하나에 해당한다.

(나) 「주택법」상 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자와 대지조성등록사업자 등록을 한 대지조성사업자는 「주택법」상 동일한 공적 의무를 부담하고, 주택건설사업자가 주택건설사업계획 승인을 받은 토지와 대지조성사업자가 대지조성사업계획을 승인을 받은 토지에 대해 「주택법」 및 「택지개발촉진법」상 여러 의무 규정이 동일하게 적용되고 있으므로 양자를 구분하여 달리 취급할 어떠한 이유도 없다.

(다) 위와 같은 내용에 반하여, 쟁점규정 사목의 “국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지”에 「주택법」상 대지조성사업자가 대지조성사업계획 승인을 받은 토지는 제외된다고 해석하는 것은 합리적 근거 없이 차별하는 것이므로 평등의 원칙에 반하며, 「주택법」상 대지조성사업자는 대지조성사업을 하여 분양할 목적으로 택지를 보유할 뿐 아니라 대지조성사업자에게 공적인 여러 의무를 부담시키면서도 분리과세대상에서 제외하고 종합합산과세 대상으로 취급함으로써 대지조성사업자의 재산권을 현저히 침해하여 위헌이다.

(3) 쟁점규정 사목의 “국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지”에 「주택법」상 대지조성사업자가 대지조성사업계획 승인을 받은 토지도 포함하는 것으로 해석하는 것이 헌법 합치적 해석이라고 한다면, 「지방세법 시행령」 제102조 제7항 제7호가 쟁점규정 사목의 “국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지”에 「주택법」상 대지조성사업자가 대지조성사업계획 승인을 받은 토지를 규정하지 않은 것은 모법의 위임범위를 벗어나 무효이다.

나. 처분청 의견

(1) 종합부동산세는 지방세인 재산세의 후행 세목이므로, 과세대상의 구분은 「지방세법」에 따르는 것이고 행정안전부장관의 통보내용에 따라 처분청이 청구법인에게 종합합산과세대상 토지분 종합부동산세와 농어촌특별세를 과세한 처분은 적법하다.

(2) 재산세는 「지방세법」 제106조의 규정에 의해 토지, 건축물, 주택, 항공기 및 선박으로 구분하여 과세하고 있고, 종합부동산세는 지방세인 재산세의 후행 세목으로 지방자치단체장이 과세물건인 쟁점토지를 종합합산과세대상 토지로 분류하였으므로 종합부동산세 또한 종합합산과세대상 토지로 부과 처분하였다.

(가) 조세심판원도 종합합산과세대상으로 구분한 지방자치단체장의 과세자료에 따른 종합부동산세 과세에 대해서 지방자치단체에 의견 조회하여 받은 회신결과도 동일하게 분류하고 있는 점 등을 비추어 당초 과세가 타당하다고 결정한 바 있다.

(나) 「종합부동산세법」 제17조에서는 경정 및 재경정의 사유를 “「지방세법」 제115조 제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과 사유에 해당하는 때”라고 규정하고 있고, 「종합부동산세법 시행령」 제9조에서도 “경정ㆍ재경정 또는 추징은 법 제22조의 규정에 의하여 시장ㆍ군수가 관할세무서장 또는 관할지방국세청장에게 회신한 자료에 의한다”라고 규정하고 있는 등 과세대상의 분류가 「지방세법」에 위임되어 있음이 명백하다.

(다) 「지방세법」 제106조 제1항 제3호 마목의 위임을 받아 분리과세대상 토지의 범위를 구체화한 「지방세법 시행령」 제102조 제5항 제18호는 분리과세대상 토지 중 하나로 ‘「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지 개발의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획 승인을 받아 산업단지 조성공사를 시행하고 있는 토지’를 규정하고 있는데, 법률상 토지는 산업단지 개발의 시행자가 소유하여야 하고 또 산업단지 조성공사가 시행되고 있어야 함을 의미한다.

(라) 청구법인은 재산세 과세기준일 현재 신탁재산 귀속에 따른 소유권만 보유하고 있을 뿐, 산업단지 조성공사를 시행한 업체는 쟁점법인으로 「지방세법 시행령」 제102조 제5항 제18호의 요건을 충족하지 못하여 분리과세대상 토지에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「주택법」상 대지조성사업자가 그 사업을 위해 취득하여 보유하는 토지를 「지방세법」 제106조 제1항 제3호에 따른 분리과세 대상으로 종합부동산세를 부과하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지2> 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 경상남도 진주시장은 2006.10. 경상남도 진주시 OOO일원 면적 합계 4,172천m2에 대해 혁신도시 건설을 위한 택지개발예정지구를 지정ㆍ공고한 후, 2010.12.17. 그 면적을 4,077,626m2로 변경하는 등 개발계획 및 실시계획을 변경하여 승인ㆍ공고한 것으로 나타난다.

(나) 쟁점법인은 2017.10.12. 「주택법」 등에 따른 대지조성사업자등록을 하였고, 경상남도 진주시장으로부터 2018.8.23. 쟁점토지의 일부(경상남도 진주시 OOO)에 대해 단독주택 건축허가를 받았으며, 2018.9.21. 쟁점토지(경상남도 진주시 OOO외)에 대해 대지조성 사업계획승인을 받은 것으로 나타난다.

(다) 등기부등본 등에 의하면, 쟁점법인은 2016.6.14. 쟁점토지를 매매로 취득하여 이를 청구법인에 신탁을 원인으로 소유권을 이전 하였다가, 2018.9.28. 신탁말소에 따라 신탁재산의 귀속으로 쟁점법인에 다시 소유권을 이전받았으나 같은 날 재차 청구법인에 신탁을 원인으로 소유권을 이전하였으며, 2021.12.20. 이후 신탁말소에 따라 신탁재산의 귀속으로 다시 소유권을 이전받은 것으로 나타난다.

(라) 쟁점법인은 2019.11.12. 대지조성사업에 대한 사용검사 확인 등을 받았고, 대지조성사업 완료 이후 2020년경부터 쟁점토지를 분양하기 시작하여 수분양자 앞으로 소유권 이전등기를 한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 「주택법」상 대지조성사업을 위한 쟁점토지를 분리과세대상 토지가 아닌 종합합산과세대상 토지로 보아 한 이 사건 부과처분은 위헌 또는 위법이라고 주장하나,

헌법 제107조 제1항과 제2항은 법률과 명령ㆍ규칙의 위헌ㆍ위법 여부에 관하여 각 헌법재판소와 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있는바, 심리일 현재까지 청구법인이 위헌법령으로 주장하는 「지방세법」 제106조 제1항 제3호 사목, 같은 법 시행령 제102조 제7항 제7호에 대하여 위헌으로 결정된 사실이 없는 점,

토지에 대한 재산세 및 종합부동산세 분리과세제도는 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 별도의 기준에 따라 분리과세함으로써 종합합산과세에서 오는 불합리를 보완하고자 하는 것으로서, 그 대상을 정한 지방세법령의 규정은 예시적 규정이 아니라 한정적 규정으로 보아야 하는 것(대법원 2023.9.14. 선고 OOO판결, 같은 뜻임)인바, 쟁점토지가 「지방세법」 제106조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조에서 정한 분리과세대상 토지에 해당하지 아니한 점 등에 비추어, 처분 당시 유효한 규정들에 근거하여 이루어진 이 건 처분은 잘못이 없다고 볼 수 있으므로 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 2020년 종합부동산세 과세대상 종합합산토지명세

OOO

<별지2> 관련 법령

(1) 종합부동산세법(2020.6.9. 법률 제17339호로 개정되기 이전의 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

6. “토지분 재산세”라 함은 「지방세법」 제105조 및 제107조에 따라 토지에 대하여 부과하는 재산세를 말한다.

제3조(과세기준일) 종합부동산세의 과세기준일은 「지방세법」 제114조에 따른 재산세의 과세기준일로 한다.

제5조(과세구분 및 세액) ① 종합부동산세는 주택에 대한 종합부동산세와 토지에 대한 종합부동산세의 세액을 합한 금액을 그 세액으로 한다.

② 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 제14조 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 토지분 종합합산세액과 동조 제4항 내지 제6항의 규정에 의한 토지분 별도합산세액을 합한 금액으로 한다.

제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

(2) 지방세법(2020.8.12. 법률 제17473호로 개정되기 이전의 것)

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

(3) 지방세법 시행령(2020.6.2. 대통령령 제30728호로 개정되기 이전의 것)

제102조(분리과세대상 토지의 범위) ⑦ 법 제106조 제1항 제3호 사목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만 제9호 및 제11호에 따른 토지 중 취득일로부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 아니한 토지는 제외한다.

7. 「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자(같은 법 제11조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체와 「도시 및 주거환경정비법」 제24조부터 제28조까지 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제17조부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자를 포함한다)가 주택을 건설하기 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받은 토지로서 주택건설사업에 제공되고 있는 토지(「주택법」 제2조 제11호에 따른 지역주택조합ㆍ직장주택조합이 조합원이 납부한 금전으로 매수하여 소유하고 있는 「신탁법」에 따른 신탁재산의 경우에는 사업계획의 승인을 받기 전의 토지를 포함한다)

【관련법령】

「지방세법 시행령」 제102조