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부정과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용해야 한다는 청구주장의 당부

[조세심판원 조심 2026서1685 (2026. 7. 22)]
※ 2026년 8월 17일 조세심판원에서 수집하여 제공하고 있습니다.

【세목】

양도

【재결요지】

청구인이 쟁점건물의 양도소득세 신고시 취득가액의 증빙으로 제출한 쟁점계약서는 청구인이 사후 임의작성한 허위의 계약서로 확인되는 바, 조세의 부과와 징수를 현저하게 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 적극적인 부정행위로 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려움

【주문】

심판청구를 기각한다.

【이유】

1. 처분개요

가. 청구인은 2017.7.19. 경기도 하남시 OOO 소재 온실 및 농산물 창고 4개동(944.55㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 한국토지주택공사가 2024.4.17. 쟁점건물을 수용하였다.

이후 청구인은 2024.6.19. 쟁점건물의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 2024년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 처분청은 2025.7.23.~2025.8.11. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점건물의 취득가액 중 AAA 주식회사(이하 “쟁점거래처”라 한다)에게 지급한 공사비 OOO원(이하 “쟁점공사비”라 한다)은 쟁점건물과 무관한 금액이고, 취득가액 증빙으로 허위의 도급계약서를 제출하여 양도차익을 과소신고한 행위를 「국세기본법」제47조의3 제1항 제1호의 부정행위로 보아 2025.9.4. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원(부정과소신고가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원) 및 농어촌특별세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.10.22. 이의신청을 거쳐, 2026.2.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2017년에 쟁점건물과 충청북도 진천군 OOO 근린생활시설(이하 “BBB건물”이라 한다) 신축공사를 병행하면서 착오로 쟁점공사비를 쟁점건물의 취득가액에 포함시켰을 뿐이다.

(가) 청구인은 2017년 쟁점건물을 신축할 때 일괄 도급공사를 하지 않고 직영공사를 하였고, 동시에 BBB건물을 신축하였는바, 청구인의 계좌에서 쟁점공사비가 지급된 내역만 있고 공정별 공사비내역서와 업체 인적사항 등을 보관하고 있지 않아 쟁점건물의 양도에 대한 양도소득세 신고 시 취득가액을 산정하기에 어려움이 있었다.

청구인은 쟁점건물의 공사대금을 주로 OOO 계좌에서 지출하였는데, 위 계좌에서 쟁점공사비를 쟁점거래처에게 지급한 내역이 있어 쟁점공사비가 쟁점건물의 공사대금으로 착오하였고, 쟁점공사비를 쟁점건물의 취득가액에 포함하여 이 건 양도소득세를 신고하게 되었다.

(나) 청구인은 쟁점건물의 양도에 대한 양도소득세 신고 시 쟁점공사비에 관하여 계약서나 세금계산서 등 증빙서류가 부실하여 취득가액 상세내역을 설명하기 위하여 첨부서류로 ‘부동산 건축내역 현황’을 제출하였는바, 쟁점거래처의 연락처를 알 수 없다는 내용을 기재하였고, 쟁점거래처가 쟁점건물의 토목공사 및 판넬시공을 수행하고 그 대가로 OOO원을 지급한 것을 소명하기 위하여 건축공사 표준 도급계약서(이하 “쟁점계약서”라 한다)를 사후에 작성하여 제출하였다. 즉 청구인은 쟁점공사비가 토목공사 및 판넬시공 공사비임을 설명할 목적으로 쟁점계약서를 첨부한 것으로 조세포탈의 목적으로 제출한 것이 아니다.

(2) 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위로 보기 어렵다.

(가) 「국세기본법」상 부정과소신고가산세 요건인 ‘부정행위’라 함은 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위에 의하여 과세표준을 과소신고하는 경우를 의미하고(대법원 2013.11.28. 선고 2013두12362 판결, 같은 뜻임), 이때 부정한 적극적인 행위가 있었는지 여부에 대한 판단은 미신고나 허위신고 등에 이른 경위 및 사실과 상이한 정도, 허위신고의 경우 허위 사항의 구체적 내용 및 사실과 다르게 기장한 방식 등 제반 사정을 종합하여 사회통념상 부정이라고 인정될 수 있는지에 따라 판단하여야 한다(대법원 2014.2.21. 선고 2013도13829 판결, 같은 뜻임).

(나) 처분청은 2025년 8월경 양도소득세 신고내용을 검증하면서 쟁점공사비의 증빙이 불분명하고 쟁점계약서상 쟁점거래처의 인적사항이 확인되지 않아 청구인에게 자료 소명을 요청하였다.

이에 청구인은 쟁점거래처의 등기부등본을 열람(열람일시 : 2024년 8월 5일 12시10분46초) 하여 처분청 담당자에게 제출하면서 쟁점공사비의 공사계약서 원본이 없고 양도소득세 신고기한까지 쟁점거래처의 인적사항 및 연락처를 알 수 없어 도급인에 쟁점거래처의 법인명만을 기재하여 쟁점계약서를 사후 작성하게 되었음을 분명히 밝혔다.

(다) 청구인이 제출한 쟁점계약서는 쟁점건물 취득가액의 내용을 설명하기 위한 증빙서류로 사후 작성하여 제출한 것일 뿐 사문서를 위조한 것이 아니며, 이러한 행위가 조세포탈을 위한 부정행위에 해당하지 않는다.

청구인은 양도소득세 신고 과정에서 쟁점거래처가 BBB건물 공사와 관련된 거래처였으나 쟁점건물 공사와 관련된 거래처로 잘못 인식하고 그 공사내용을 설명하기 위해 쟁점계약서를 작성하여 제출한 것이다. 세무조사 결과통지서를 받은 후에야 신고내용의 오류를 인식하였고 바로 인정하였다.

쟁점거래처는 BBB건물 공사에 관하여 세금계산서를 발급하여 양도소득세 신고 검증 과정에서 쟁점공사비에 대한 신고 오류가 밝혀질 것이 분명하였기 때문에 과세요건사실의 발견을 곤란하게 할 정도에 이르지 못하고, 청구인이 단순하게 착각하지 않았다면 쟁점계약서를 제출하지 않았을 것이므로 국세를 포탈할 적극적인 의도가 없었다.

따라서 청구인의 행위는 양도소득세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위가 아닌 단순 실수로 생긴 상황이므로 위 판례의 법리에 따라 청구인의 신고 행위를 판단해 보면 처분청이 부정과소신고가산세(40%)를 적용하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 거짓 계약서를 제출하였다.

BBB건물의 건축물대장에는 공사시공자가 쟁점거래처라고 표기되어 있고, 반면 쟁점건물의 건축물대장에는 공사시공자가 청구인으로 표기되어 있어서 건축물대장만 살펴보더라도 쟁점거래처는 쟁점건물을 시공한 것이 아니라는 것을 바로 확인할 수 있다.

그리고 청구인은 쟁점건물의 양도소득세를 신고하면서 제출한 쟁점계약서에는 쟁점거래처의 법인도장이 날인되어 있지 않아 진정한 계약서가 아니라는 점을 알 수 있다. 또한 청구인이 제출한 쟁점계약서는 2017.8.17. 작성된 것으로 나타나지만, 쟁점건물의 사용승인일은 2017.7.5.으로 실제 계약서 작성일자가 아니라는 점이 분명하다.

즉, 쟁점건물 공사와 전혀 관련 없는 쟁점거래처가 쟁점건물을 시공하였다는 내용의 쟁점계약서를 작성하거나 청구인이 임의로 작성한 쟁점계약서에 쟁점거래처가 날인할 이유가 없는바, 청구인은 양도소득세 신고 시 필요경비를 과다 공제받을 의도를 갖고 쟁점계약서를 허위로 작성하여 제출한 것이다.

(2) 부정행위에 해당하므로 부정과소신고가산세를 부과한 이 건 처분은 타당하다.

법원은 「국세기본법」제47조의2 제2항 및 제47조의3 제2항 제1호 등에 규정된 ‘사기, 그 밖의 부정한 행위’ 또는 ’부정행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 적극적 은닉 의도가 나타나는 사정이 덧붙여지지 않은 채 단순히 세법상의 신고를 하지 않거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않는다. 또한 납세자가 명의를 위장하여 소득을 얻더라도, 명의위장이 조세포탈의 목적에서 비롯되고 나아가 여기에 허위 계약서의 작성과 대금의 허위지급, 과세관청에 대한 허위의 조세 신고, 허위의 등기ㆍ등록, 허위의 회계장부 작성ㆍ비치 등과 같은 적극적인 행위까지 부가되는 등의 특별한 사정이 없는 한, 명의위장 사실만으로 「국세기본법」제47조의2 제2항 및 제47조의3 제2항 제1호 등에서 정한 ‘사기, 그 밖의 부정한 행위’ 또는 ‘부정행위’에 해당한다고 볼 수 없다고 판시(대법원 2020.12.10. 선고 2019두58896 판결 참조)하였다.

또한 공사를 직접 진행한 것처럼 공사대금을 공제하여 그 차액을 고의적으로 누락하여 신고한 사실, 계약을 체결하지 않았거나 허위로 체결하였으면서 용역업무를 수행하여 그 용역비를 지급한 것처럼 필요경비를 공제하여 이를 신고한 사실을 소득이나 수입의 은폐 등 조세를 포탈할 목적 없이 다른 이유로 이를 공제하였다고 볼만한 사정을 찾기 어렵다고 판시(춘천지방법원 2015.12.18. 선고 2015구합4448 판결 참조)하였다.

앞서 살펴본 바와 같이 청구인은 양도소득세 신고 시 허위의 쟁점계약서를 제출하였고, 쟁점공사비는 쟁점거래처가 BBB건물 공사와 관련하여 발행한 전자세금계산서 중 2017.11.23., 2017.9.23., 2017.9.12. 발행된 세금계산서를 선별한 것으로 확인된다. 이는 「조세범 처벌법」제3조 제6항 제2호의 거짓 문서의 작성에 해당하므로 「국세기본법」제47조의3 제1항 제1호의 부정과소신고가산세를 적용한 이 건 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

부정과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우 : 다음 각 목의 금액을 합한 금액

가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액

나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 경우 : 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액

(2) 국세기본법 시행령

제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위"란「조세범 처벌법」제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.

(3) 조세범 처벌법

제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 「조세특례제한법」제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리ㆍ설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인의 쟁점건물 양도에 대한 2024년 귀속 양도소득세 신고 및 처분청의 경정 내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 양도소득세 신고 및 경정 내역

(단위 : 천원, %)

○○○

(나) 청구인은 2024년 귀속 양도소득세 신고 시 쟁점건물의 취득가액 OOO원에 관한 증빙자료를 다음과 같이 제출하였다.

<표2> 쟁점건물의 취득가액 내역

(단위 : 천원)

○○○

1) 청구인은 쟁점건물의 양도소득세 신고 시 쟁점공사비의 증빙자료로 쟁점계약서와 금융증빙(2017.9.12. OOO원, 2017.9.23. OOO원, 2017.11.20. OOO원)을 제출하였는바, 쟁점계약서는 다음과 같고 쟁점거래처의 날인이 없는 것으로 나타난다.

2) 청구인은 쟁점검물의 취득가액 산정을 설명하기 위해 ‘부동산 건축내역 현황’을 제출하였다.

○○○

(다) 쟁점건물의 건축물대장에는 건축주는 청구인, 공사시공자는 청구인, 사용승인일은 2017.7.5.으로 나타나고,

BBB건물의 건축물대장에는 건축주는 청구인, 공사시공자는 CCCㆍ쟁점거래처, 사용승인일은 2018.1.12.으로 나타난다.

(라) 청구인은 2017년 BBB건물 공사와 관련하여 쟁점거래처로부터 수취한 매입세금계산서는 아래 <표3>과 같은바, 쟁점공사비의 송금내역에 의하면 쟁점공사비는 아래 <표3>의 1, 2, 4번 세금계산서에 관한 것으로 나타난다.

<표3> 쟁점거래처의 세금계산서 내역

(단위 : 천원)

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 착오로 쟁점건물의 취득가액을 과다하게 신고한 것일 뿐 조세의 부과ㆍ징수를 불가능하게 하거나 현저하게 곤란하게 하는 적극적 행위에 해당하지 않는다고 주장하나,

「국세기본법」 제47조의3 및 같은 법 시행령 제12조의2 제1항에서 준용되는「조세범 처벌법」제3조 제6항에서 규정하는 “사기 기타 부정한 행위”라는 것은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않지만, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다 할 것인바(대법원 2025.9.15. 선고 2024두2522 판결, 같은 뜻임),

BBB건물의 건축물대장에 쟁점거래처가 시공사로 기재되어 있을 뿐만 아니라 청구인은 쟁점거래처로부터 BBB건물 공사에 관하여 세금계산서를 수취한 것으로 확인됨에도, 쟁점거래처가 쟁점건물의 공사용역을 수행하고 쟁점공사비를 지급한 것처럼 하여 쟁점건물의 취득가액을 신고한 행위에 대하여 소득의 은폐 등 조세를 포탈할 목적이 없는 단순 착오라는 청구주장을 그대로 신뢰하기 어려운 점, 청구인이 쟁점건물의 양도소득세 신고 시 취득가액의 증빙으로 제출한 쟁점계약서는 청구인이 사후 임의작성한 허위의 계약서로 확인되는바, 이는 「조세범 처벌법」제3조 제6항 제2호에서 규정한 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성에 해당하고, 조세의 부과와 징수를 현저하게 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 적극적인 부정행위로 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.