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청구인을 쟁점법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정한 처분의 당부

[조세심판원 조심 2026구1759 (2026. 8. 4)]
※ 2026년 8월 20일 조세심판원에서 수집하여 제공하고 있습니다.

【세목】

기타

【재결요지】

청구인은 쟁점법인의 1인 주주로서 발행주식의 총수 100%를 소유하고 있고 청구인의 부친이 쟁점법인의 대표인 점, 청구인은 000원을 증여로 취득한 후 본인의 재산으로 주금을 납입한 점 등에 비추어, 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨

【참조결정】

조심2022부5834

【주문】

심판청구를 기각한다.

【이유】

1. 처분개요

가. 주식회사 A(설립 당시 주식회사 B, 이하 “쟁점법인”이라 한다)는 부동산업 등을 영위하는 회사로 2022.1.5. 설립되었으며, 청구인의 부모인 CㆍD이 각자대표이고, 청구인이 1인주주이다.

나. 처분청은 쟁점법인이 2024년 제2기 부가가치세 등을 체납하자 청구인을 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 2025.12.29. 청구인에게 아래 <표1>과 같이 합계 OOO원을 납부고지하였다.

<표1> 청구인에 대한 제2차 납세의무 납부고지 내역

○○○

다. 청구인은 이에 불복하여 2026.3.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 이 건 처분은 보충성 및 실질적 지배 요건 흠결, 그리고 재량권의 일탈ㆍ남용이 있어 부당하다.

(가) 「국세기본법」 제39조 상 제2차 납세의무는 예외적으로 인정되는 보충적 제도이므로 엄격하게 해석ㆍ적용되어야 한다. 판례도 “과점주주의 제2차 납세의무는 사법상 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외로서 본래의 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적인 납세의무를 부과하는 것이기 때문에 그 적용 요건을 엄격하게 해석하여야 한다”고 판시한 바 있다(대법원 2019.5.16. 선고 2018두36110 판결 참조).

그러나 처분청은 쟁점법인에 대한 재산조회ㆍ압류 등 징수 노력 및 징수불능에 이르게 되었음을 보여주는 구체적인 자료를 제시하지 않았다. 특히 공부를 통해 쟁점법인에게 신탁재산으로서 부동산이 있음을 알 수 있음에도 징수 가능성 또는 실익을 검토하지 않고 인주주라는 이유만으로 곧바로 청구인에게 세부담을 전가하였는바, 이는 보충성 원칙에 반한다.

(나) 「국세기본법」 제39조는 명목상 주주가 아니라 ‘법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자’에게 보충적인 납세의무를 지우는 규정이다. 따라서 주식을 보유하고 있다는 사실만으로 지배적인 영향력이 추정되지 않으며, 사업방침 결정ㆍ지시ㆍ승인 등의 구체적인 내용, 기간, 수단을 특정하여 입증할 책임이 처분청에 있는바, 청구인은 납세의무 성립일 현재 회사 경영에 대해 사실상 구속력 있는 결정ㆍ지시를 할 권한 및 근거가 없고, 급여ㆍ배당 수령 등 이익 귀속 정황도 없다.

(다) 처분청은 동일한 체납 원인에 대하여 세목ㆍ기간별로 12건으로 분절하여 청구인에게 제2차 납세의무를 고지하였는바, 이는 행정 편의적 처분으로서 재량권 일탈ㆍ남용에 해당할 여지가 있다. 또한 처분청은 각 고지별로 세목, 과세기간, 납세의무 성립일, 부족액 및 산출근거를 구체적으로 제시해야 한다.

(2) 처분청 답변에 대한 항변은 다음과 같다.

(가) 처분청은 보충성 요건에 대한 충분한 검토자료를 제시하지 않은 채 ‘재산검토 후 무재산 확인’이라는 결론만으로 청구인에게 제2차 납세의무를 부과하였다.

쟁점법인은 대구광역시 동구 OOO 소재 지상 5층 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 소유하고 있는바, 부동산 등기사항전부증명서 및 신탁원부 OOO에 따라 대외적으로도 확인할 수 있듯이 2024.2.13. OOO은행에 신탁되어 있으며, 1층부터 4층은 주식회사 E(이하 “관계법인”이라 한다)가 임차 중이다. 쟁점부동산의 경우 감정평가액이 약 OOO원에 달하는바, 처분청이 보충적으로 청구인에게 제2차 납세의무를 지우려면 쟁점법인의 재산조사서 원본 및 조사 시점ㆍ범위, 신탁재산 및 그 수익권과 처분대금 귀속 가능성 검토자료, 선순위채권ㆍ우선수익권ㆍ처분실익 검토자료, 법인계좌ㆍ예금채권에 대한 압류 가능성 검토자료, 매출채권ㆍ임대차보증금 등 기용 자산 검토자료, 충당부족액의 산출 근거 등을 제시했어야 한다. 이를 제시하지 않은 이상 보충성 요건에 관한 심리ㆍ입증이 결여되었으므로 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다.

(나) 처분청은 청구인이 어떠한 행위를 통하여 법인 경영에 지배적인 영향력을 행사하였는지를 특정하지 못했다. 쟁점법인의 납세의무는 2024년 및 2025년에 성립했으므로, 제2차 납세의무 부과를 위해서는 ‘법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자’일 것이 요구된다. 조세심판원은 단순한 주식 보유의 외형만으로 곧바로 지배적인 영향력 행사라고 인정할 수 없다고 보았으며(조심 2022부5834, 2023.1.11. 참조), 대법원도 가족 명의로 주주ㆍ이사로 등재되어 있을 뿐 회사 경영에 참여하거나 임금 또는 주주로서의 배당금을 받지 아니한 자에 대하여 제2차 납세의무자에 해당하지 않는다고 판단하였다(대법원 2010.2.25. 선고 2009두7578 판결 참조). 따라서 처분청으로서는 청구인이 자금이체ㆍ송금 지시, 법인 통장 등의 보유ㆍ관리, 법인 인감 보유ㆍ사용, 세무신고 등 지시, 임직원 채용 및 급여 결정, 사업방침 결정, 대외 계약 체결, 대출실행 등 금융기관 거래 결정을 하였거나, 청구인에게 급여ㆍ배당 등 이익이 귀속된 사실을 입증해야 할 것이나 관련 자료가 제시되지 않았다.

반면 청구인은 이 건 납세의무 성립일 무렵 사회초년생에 가까운 연령과 지위에 있었으며, 쟁점법인에 대한 법률적ㆍ사실적 통제수단을 보유했다고 볼 만한 사정이 없고, 지배적인 영향력을 행사할 구조도 확인되지 않으며, 쟁점법인의 자본금 납입 및 증자 과정에 청구인의 독자적인 자금 투입 내지는 경영 의사결정으로 보기 어려운 사정들이 있다. 특히 쟁점부동산의 취득 과정 등을 살펴보면, C이 단독소유권을 취득하여 쟁점법인에 출자한 것으로, 이후 쟁점부동산 지상의 사업용 건물 신축을 위해 각종 계약 등 체결, 자금 조달을 위한 차입금 실행계약 및 근저당권 설정 등도 C이 진행한바, 청구인이 관여한 사정은 없다. 그리고 쟁점부동산을 임차 중인 관계법인 역시 C이 대표자로 있으며, 건물 내 입주자는 별도의 개인사업자로 청구인과 관련이 없다.

(다) 처분청은 답변서에서 「국세기본법」 제14조 실질과세 원칙을 인용하나, 이 건은 별도의 실질 귀속자를 확정하는 사건이 아니라 제2차 납세의무자 지정 처분의 적법성이 문제되는 사건이므로 실질과세 원칙에 의거하여 출자자의 제2차 납세의무에 관한 요건에 대한 입증책임이 대체될 수는 없다.

(3) 처분청은 추가로 제출한 답변서에서 청구인이 주주라는 자료, 송달 및 민원 접수내역 등을 반복 제시했는바, 이에 대한 항변은 다음과 같다.

(가) 처분청은 추가답변서에서 “체납법인의 재산상태 및 체납처분 진행 상황을 검토한 결과 법인 재산만으로는 충당하기 부족하다고 보았다”는 결론만 반복하고 있을 뿐, 판단의 기초가 되는 검토자료는 제시하지 못하고 있다. 특히 쟁점부동산의 경우 신탁원부로 공시되어 있음에도 검토자료를 제시하지 않았으며, 충당가능한 금액이 얼마이고, 그 결과 부족액이 어떻게 산정되었는지를 구체적으로 제시하여야 함에도 처분청은 부족액의 산정 절차나 계산 근거, 청구인에게 귀속되는 출자지분에 따른 책임의 한도 산정 방식 등을 전혀 제시하지 않았다.

(나) 처분청은 청구인이 지분 100%를 보유하고 있음을 이유로 지배적인 영향력을 추정하고 있으나 이는 형식상 권한 또는 잠재적 영향력의 자료가 될 수 있을 뿐, 청구인이 실제로 법인의 자금, 계약, 세무, 인사, 금융기관 대응, 사업방침 결정 등에 관하여 구체적인 지배행위를 했음을 의미하지 않는다.

처분청은 청구인의 특수관계인인 C이 쟁점법인의 대표자로 등재되어 있었다는 점을 들어 청구인의 지배적 영향력 행사 가능성을 주장하고 있다. 그러나 특수관계인이 대표자로 등재된 사실 그 자체는 청구인 개인이 법인의 중요방침 등을 직접 결정하였다는 증거가 될 수는 없다. 오히려 별도의 대표자가 있음에도 청구인을 지배적인 영향력을 행사하는 자로 지정하기 위해서는 더욱 구체적으로 지배행위를 특정해야 한다. 반면에 청구인은 C이 쟁점부동산을 취득ㆍ출자했고, 관련 계약 및 승인, 자금 조달, 임차 등 운영하여 청구인이 관여했다고 보기 어렵다는 것을 충분히 입증하였다.

처분청은 주식의 소유사실은 과세관청이 명부 등으로 입증하면 되고, 주주로 보이는 자가 명의도용 또는 차명임을 주장ㆍ입증해야 한다고 주장한다. 그러나 청구인은 주주명부 상 명의 기재 사실을 부정하거나 도용 내지 차명을 주장하는 것이 아니라, 형식상 주주에 해당하더라도 경영에 대해 지배적인 영향력을 행사했음이 입증되어야 함을 주장하고 있는 것이다. 즉, 처분청이 원용한 판례의 법리는 주식의 명의가 진정인지 여부인 반면, 이 건 쟁점은 주주가 실제로 경영에 대해 지배적인 영향력을 행사했는지 여부이다. 처분청이 청구인에게 제출을 요구하는 명의신탁 약정서, 주식취득자금 출처자료, 형사고소자료, 법원 판결 등은 모두 명의의 진정성을 다투는 자료일 뿐, 지배적인 영향력 행사 여부와는 관련이 없다. 나아가 이는 입증책임의 소재를 잘못 전제한 것이다. 제2차 납세의무는 예외적으로 납세의무를 확장하는 제도이므로 처분청에 입증책임이 있으며, 이를 다하지 못한 상태에서 청구인에게 도용 등의 부존재를 입증하라는 것은 입증책임의 부당한 전가이다.

(다) 처분청은 청구인에게 2024년부터 2026년까지 안내문이 송달되었고, 청구인 명의로 소득금액증명, 납세증명서, 납부내역증명, 사업자등록 신청 등의 민원접수 이력이 확인되며, 이를 토대로 청구인이 사업자등록 사항 등에 접근할 수 있는 지위에 있다고 주장한다. 그러나 안내문의 송달은 처분청이 일방적으로 발송한 것으로 단지 고지 서류가 청구인에게 도달되었음을 보여줄 뿐 청구인의 영향력 행사를 입증하지는 못한다. 또한 소득금액증명, 납세증명서 등의 발급 역시 납세자 본인이 자신의 명의에 관한 증명서를 발급받는 통상적인 행정절차에 불과하다. 만약 송달 및 증명서 발급만으로 지배적인 영향력 행사를 인정한다면 납부고지서를 수령한 모든 제2차 납세의무자가 곧바로 지배행위를 한 것으로 되어, 「국세기본법」 제39조 제2호가 사문화된다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 출자자에 해당하지 않는다고 주장하나, 사실관계 및 대법원 판례 등을 종합적으로 살펴보면 이 건 처분은 적법하다.

(가) 쟁점법인은 2024년 제2기 부가가치세 등을 체납하였고 처분청이 쟁점법인의 재산을 검토한 결과 무재산임이 확인되었다. 청구인은 체납법인의 주식 100%를 소유하고 있으며, 청구인의 부모는 쟁점법인의 대표자이다.

(나) 대법원은 “과점주주에 해당하는지 여부는 과반수 주식의 소유집단의 일원인지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 그것만으로 과점주주가 아니라고 판단할 수 없으며, 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다”고 판시한 바 있다(대법원 2004.7.9. 선고 2003두1615 판결 등 참조). 따라서 청구인은 쟁점법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하여 소유하는 자로서 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 과점주주에 해당하는 것으로 볼 수 있다.

(2) 청구인은 처분청이 제2차 납세의무자 지정 등에 관하여 요건사실을 입증하지 못했다고 주장하나, 이는 처분청이 확보ㆍ제출한 객관적인 공부 및 전산자료와 명백히 배치되는 추상적인 주장이다. 청구인이 이 건 처분을 다투기 위해서는 단순한 부인만으로는 부족하고 주주명의 도용, 차명 등재 등 처분청의 객관적인 자료를 뒤집을만한 구체적이고 객관적인 증빙을 제출하여야 하나, 청구인은 이를 제출하지 않았으므로 청구주장은 이유 없다.

(가) 쟁점법인의 사업자등록 및 등기사항에 따르면 쟁점법인의 대표자는 CㆍD이며, 가족관계자료에 따르면 이들은 청구인과 직계혈족 관계에 있는 특수관계인이다. 또한 처분청 전산자료에 의하면 청구인에게 안내문 등이 우편 등 방식으로 송달 완료된 사실이 확인되며, 청구인 명의로 납세증명서, 납부내역증명, 소득금액증명 등 다수의 민원접수가 이루어진 사실도 확인되는바, 처분청은 객관적 자료에 의한 입증을 다 하였다고 할 것이다.

(나) 청구인이 위 자료의 효력을 부인하려면, 본인이 실제 주주가 아니라거나 명의를 도용당하였다거나 주주권을 행사할 수 없었다는 점을 구체적이고 객관적인 자료로 입증해야 한다. 그러나 청구인은 금융자료, 명의신탁 약정서, 주식취득자금 출처자료, 주주명부 정정자료, 형사 고소자료, 법원 판결 등 객관적인 증빙을 제출하지 못하고 있으므로 청구인 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인을 쟁점법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정한 처분의 당부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법

제14조 (실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

제39조 (출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주 또는 제3호에 따른 과점조합원의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주 또는 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액으로 나눈 금액에 해당 과점주주 또는 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 산출한 금액(제3호 단서의 경우 그 부족한 금액과 과점조합원 간에 정한 손익분배비율을 곱한 금액으로 한다)을 한도로 한다.

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

가. 합자회사의 유한책임사원

나. 유한책임회사의 사원

다. 유한회사의 사원

(2) 신탁법

제22조 (강제집행 등의 금지) ① 신탁재산에 대하여는 강제집행, 담보권 실행 등을 위한 경매, 보전처분(이하 “강제집행등”이라 한다) 또는 국세 등 체납처분을 할 수 없다. 다만, 신탁 전의 원인으로 발생한 권리 또는 신탁사무의 처리상 발생한 권리에 기한 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 가족관계증명서, 쟁점법인의 등기사항전부증명서 및 사업자등록증을 통해 청구인의 부친인 C이 쟁점법인의 유일한 임원이고, 모친인 D과 함께 각자대표임이 확인된다.

(2) 청구인이 제출한 주주명부에 따르면 청구인은 쟁점법인의 유일한 주주이다. 총 주식수는 34,000주로, 쟁점법인 설립 시 10,000주, 2024.2.7. 유상증자를 통해 24,000주를 추가로 취득했으며 1주당 금액은 OOO원으로 총 납입금은 OOO원이다. 설립 시 납입금 OOO원의 경우 C이 청구인에게 증여했음이 증여세과세표준신고서를 통해 확인되며, 유상증자 납입금 OOO원의 경우 C이 자금을 조달하여 청구인에게 이체했음이 확인된다.

(3) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서를 통해 확인되는 토지에 관한 주요 등기사항은 아래 <표2>와 같다. 이에 따르면 소재지번은 쟁점법인의 소재지와 같은 점, 청구인 명의로 설정된 근저당권 등은 없는 점이 확인된다.

<표2> 쟁점부동산 토지에 대한 등기사항전부증명서 주요 내용

○○○

(가) 쟁점부동산에 대한 건설공사 및 차입금 조달 등에 관한 계약서가 제출되었으나 청구인 명의로 체결된 계약은 확인되지 않는다. 쟁점부동산에 임차 중인 관계법인의 사업자등록증 상 확인되는 대표자는 C이고, C의 명의로 체결된 사업생태계 협약서 등이 제출되었다.

(나) 쟁점부동산의 신탁원부(OOO) 및 신탁계약서를 통해 위탁자는 쟁점법인(대표자 C), 수탁자는 OOO은행, 1순위 우선수익자는 OOO은행 은행장 F, 2순위 우선수익자는 C임이 확인된다.

(다) 청구인은 쟁점부동산에 대한 감정평가심의인증서를 제출하였는바, 이에 따른 감정평가액은 OOO원으로 확인된다.

(4) 처분청은 청구인에 대해 발송한 납부고지서ㆍ독촉장 등에 대한 안내문 목록과 청구인의 2024년 및 2025년 민원접수내역을 제출하였다. 민원접수내역에는 소득금액증명, 사업자등록 신청, 납세증명서 등이 확인된다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 이 건 처분이 보충성 요건을 충족하지 못하였고 청구인이 지배적인 영향력을 행사하지 않았다고 주장하나,

처분청이 쟁점법인의 재산 등을 조회하여 무재산임이 확인되었다고 보이는 점, 「신탁법」 제22조는 신탁재산에 대하여는 국세 등 체납처분을 할 수 없다고 규정하고 있는 점, 청구인은 쟁점법인의 1인 주주로서 발행주식의 총수 100%를 소유하고 있고 청구인의 부친인 C이 쟁점법인의 대표인 점, 청구인 명의로 소득금액증명 등의 민원이 접수된 내역이 확인되는 점, 청구인은 OOO원을 증여로 취득한 후 본인의 재산으로써 주금을 납입한 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하지 않았다고 단정하기 어려우므로 처분청이 청구인을 쟁점법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정 및 납부고지한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.