쟁점토지는 1세대1주택에 부수되는 토지이므로, 쟁점토지 양도에 대하여 양도소득세를 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부
【세목】
양도
【재결요지】
「소득세법 시행규칙」제72조 제2항 후단에서 정하고 있는 종전주택 수용일로부터 5년이 지나서 잔여부수토지를 양도한 이 건의 경우 비과세 혜택을 받을 수 없다고 할 것임
【참조결정】
조심2010구3387
【주문】
심판청구를 기각한다.
【이유】
1. 처분개요
가. 청구인은 인천광역시 연수구 OOO 토지 331㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 시효 취득하고, 1985년 이전에 쟁점토지 지상에 단독주택 114.27㎡(이하 “종전주택”이라 한다)을 신축하였으며, AAA 도시개발사업이 진행되어 AAA 도시개발사업조합은 2011.10.17. 주택보상금을 공탁하고 종전주택을 수용하였다.
나. 청구인은 2020.9.17. 쟁점토지를 OOO원에 양도하고, 2020.11.25. 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
다. 청구인은 쟁점토지가 1세대1주택 비과세 특례를 적용받은 종전주택에 부수되는 토지이므로, 쟁점토지의 양도를 1세대1주택 비과세 특례 적용대상으로 보아, 기 납부한 양도소득세 OOO원을 환급해달라는 취지로 2025.9.23. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.11.25. 이를 거부하였다.
라. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.1. 이의신청을 거쳐, 2026.5.1. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 쟁점토지의 양도는 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 단서 제2호 및 「소득세법 시행규칙」 제72조 제2항 후단이 적용되지 않는다.
(가) 관련 법령 등은 다음과 같다.
「소득세법 시행령」 제154조 제1항은 본문에서 “1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 이상인 경우(조정대상지역에 있는 주택의 경우에는 보유기간이 2년 이상이고, 거주기간이 2년 이상인 경우)”를 1세대1주택 비과세대상으로 규정하면서, 같은 항 단서에서 “다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않는다”고 규정하고 있으며, 같은 항 제2호에서 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다”고 규정하고 있고, 같은 호 가목에서 “주택 및 그 부수토지의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우”를 규정하고 있다.
한편, 「소득세법 시행규칙」 제72조 제2항은 “영 제154조 제1항을 적용할 때 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 1세대1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하며, 1주택을 2이상의 주택으로 분할하여 양도한 경우에는 먼저 양도하는 부분의 주택은 그 1세대1주택으로 보지 아니한다”고 규정하면서, 같은 항 후단에서 “이 경우 주택 및 그 부수토지의 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우의 해당 주택(그 부수토지를 포함한다)과 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(그 부수토지를 포함한다)은 그러하지 아니하다”고 규정하고 있다.
(나) 법원은 “「소득세법 시행령」 제154조 제1항 단서 제2호와 「소득세법 시행규칙」 제72조 제2항 후단에서 말하는 ‘주택 및 그 부수토지의 일부’라 함은 주택과 부수토지의 일부가 동시에 협의매수ㆍ수용되는 경우를 의미하는 것으로 해석된다고 판시하였는데, 이 건의 경우 쟁점토지는 제외하고 종전주택만 수용되어, 잔존주택이 발생하지 않은 채 종전주택과 쟁점토지의 일부가 협의매수ㆍ수용되지 않았으므로, 쟁점토지는 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 단서 제2호에서 말하는 ‘그 잔존주택 및 그 부수토지’에 해당하지 않고, 「소득세법 시행규칙」 제72조 제2항 후단에서 말하는 해당 주택(그 부수토지를 포함한다)과 잔존토지 및 잔존주택(그 부수토지를 포함한다)에 해당하지 않으며, 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 단서 제2호와 「소득세법 시행규칙」 제72조 제2항 후단이 적용되지 않는다”고 판시하였다(수원지방법원 2011.9.1. 선고 2011구합7114 판결).
또한, ‘이 경우’라는 표현에서 알 수 있듯이, 「소득세법 시행규칙」 제72조 제2항 후단은 같은 항 전단이 적용되는 경우에 적용될 수 있지만, 쟁점토지를 제외한 종전주택 전부의 수용은 주택에 부수하는 토지를 분할하여 양도하거나 지분으로 양도한 경우에도 해당하지 않고, 1주택을 2이상의 주택으로 분할하여 양도한 경우에도 해당하지 않아, 「소득세법 시행규칙」칙 제72조 제2항 전단의 적용대상이 아니므로, 이 건 수용과 이 건 쟁점토지의 양도는 「소득세법 시행규칙」 제72조 제2항 후단의 적용대상이 될 수 없다.
쟁점토지의 비과세 여부를 판단함에 있어서, 기한 제한이 있다고 보기 위해서는 법령상 명시적인 규정이 있어야 하나(수원지방법원 2011.1.20. 선고 2010구합15323 판결), 쟁점토지에 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 단서 제2호가 적용되지 않고, 「소득세법 시행규칙」 제72조 제2항 후단이 적용되지 않아, 소득세법령에는 쟁점토지의 양도에 대하여 적용할 명시적 규정이 없으므로, 쟁점토지의 비과세 여부를 판단함에 있어서 기한의 제한은 없다.
(2) 도시계획사업인 AAA 도시개발사업의 시행으로, 쟁점토지가 나대지가 됐을 뿐만 아니라, 위 사업 시행과 환지예정지 지정 등으로 청구인이 쟁점토지에 대한 단독주택 건축허가를 받을 수 없거나 건축신고를 할 수 없는 사정이 있는 등 쟁점토지를 나대지 상태로 보유한 상당한 이유가 있으므로, 종전주택이 수용 당시 1세대1주택 비과세 요건을 갖추고 있었던 이상, 쟁점토지는 1세대1주택에 부수되는 토지로 보아, 비과세 적용대상이라고 해석하는 것이 「국세기본법」 제18조에서 규정하고 있는 세법해석의 기준에 부합한다.
「도시개발법」 제9조에 따르면, 도시개발구역에서 건축물의 건축행위를 하려는 자는 광역시장의 허가를 받아야 하고, 행위허가에는 「국토계획법」 제58조가 준용되는데, 쟁점토지에 단독주택을 신축하는 것도 AAA 도시개발사업의 시행에 지장을 주므로, 쟁점토지에 대한 단독주택 건축행위허가 신청은 그 내용이 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제58조 제1항 제2호에서 규정하는 도시ㆍ군계획사업의 시행에 지장이 없을 것이라는 기준에 맞지 않아, 반려되거나 거부될 수밖에 없었다.
게다가 쟁점토지가 환지예정지 지정 후 공동주택용지인 공동1블록 환지예정지에 위치하게 되어, 쟁점토지에 단독주택을 신축하는 것은 AAA 도시개발사업계획에 배치되기 때문에 쟁점토지에 대한 단독주택 건축행위허가 신청은 그 내용이 「국토계획법」 제58조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 도시ㆍ군관리계획 및 성장관리계획의 내용에 어긋나지 아니할 것이라는 기준에 맞지 않아 반려되거나 거부될 수밖에 없었다.
건축허가신청이나 건축신고가 「도시개발법」상 행위허가기준(「국토계획법」상 개발행위허가기준)을 갖추지 못하는 것은 건축허가 거부사유나 건축신고 수리거부사유가 된다(대법원 2020.7.23. 선고 2019두31839 판결 참고).
또한, AAA 도시개발사업조합이 2010.11.1. 쟁점토지에 대하여 공동주택용지인 공동1블록 집단환지예정지를 지정하여, 「도시개발법」 제36조 제1항에 따라 청구인은 2010.11.1.부터 쟁점토지를 사용하거나 수익할 수 없게 되었다. 「건축법」 제11조 제1항과 「건축법 시행규칙」 제6조 제1항 등에 따르면, 대지 사용권 확보가 건축허가의 요건이고 건축신고의 요건이지만 청구인이 환지예정지 지정으로 쟁점토지의 사용수익권을 상실하여 종전주택 철거 후 쟁점토지의 대지사용권 미확보와 (개발)행위허가기준 미충족으로 쟁점토지에 대한 단독주택 건축허가신청이나 건축신고는 거부되거나 반려될 수밖에 없었다.
(3) 대법원 판결을 보더라도, 쟁점토지의 양도는 비과세가 적용되어야 한다.
대법원은 1세대1주택에 해당하는 주택이 수용에 의하여 양도된 다음 그로부터 2년이 경과한 이후에 양도된 부수토지가 양도소득세 비과세대상인 1세대1주택의 부수토지에 해당한다고 볼 수 없다는 취지의 판결을 하였으나(대법원 2013.11.14. 선고 2013두12782 판결), 해당 사건은 서울특별시가 손실보상금을 지급하고 토지 일부에 구분지상권을 설정한 수용과 주택 수용이 함께 이뤄져서 나대지 상태로 남은 부수토지가 「소득세법 시행규칙」 제72조 제2항 후단에서 말하는 잔존토지에 해당하는 사건이므로, 이 건 쟁점토지가 잔존토지에 해당하지 않는 이상 이 건 쟁점토지에는 위 대법원 판례(대법원 2013.11.14. 선고 2013두12782 판결)와 조세심판원 결정례(조심 2010구3387, 2010.12.31.) 등의 잔존토지 비과세 법리가 적용되지 않는다.
(4) 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 단서, 같은 항 제2호 및 그 가목은 주택 및 그 부수토지의 전부 또는 일부가 협의매수ㆍ수용되는 경우뿐만 아니라 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지의 경우도 주택 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않는다는 규정일 뿐이다.
대법원은 종전주택 및 그 부수토지가 그 일부 수용일에 보유기간 요건을 이미 충족한 사건에 대하여, 잔존토지 비과세 법리를 제시하며 그 법리와 사건에 적용할 규정에서 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 단서와 같은 항 단서 제2호 및 그 나목을 제외했으므로, 이 건 종전주택이 그 수용일에 이미 보유기간 요건을 충족한 이상, 이 건 종전주택 건물 전부만의 수용과 이 건 쟁점토지에는 보유기간 제한이 없는 요건을 규정한 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 단서와 같은 항 제2호 및 그 나목이 적용되지 않는다(대법원 2013.11.14. 선고 2013두12782 판결). 게다가 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 단서 제2호에서 말하는 ‘그 잔존주택 및 그 부수토지’가 주택과 부수토지의 일부가 동시에 협의매수ㆍ수용되는 경우에 발생하므로 그러한 경우로 발생하지 않은 나대지 상태의 이 건 쟁점토지는 ‘그 잔존주택 및 그 부수토지’에도 잔존주택의 부수토지에도 해당하지 않는다. 따라서 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 단서와 같은 항 제2호 및 그 가목, 「소득세법 시행규칙」 제72조 제2항은 이 건 쟁점토지의 양도가 양도소득세 비과세 대상에 해당하지 않는다는 법령상의 근거가 될 수 없다.
나. 처분청 의견
소득세법령상 쟁점토지의 양도는 비과세대상에 해당하지 않는다.
(1) 청구인은 종전주택이 도시계획사업 시행으로 수용 철거되어, 그 후 쟁점토지를 나대지 상태로 양도하였으나, 종전주택이 1세대1주택 비과세 요건을 충족하였으므로, 쟁점토지의 양도에 대하여 기한의 제한 없이, 비과세를 적용하여야 한다고 주장하나, 소득세법령은 양도소득세 비과세 대상을 “수용일로부터 5년 이내에 그 잔존주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우”라고 명시하고 있는바, 청구인의 주장은 이유 없다.
위 규정은 종전주택이 수용으로 인하여 철거됨에 따라 부득이 나대지로 남게 된 그 잔여 부수토지를 양도하는 경우, 일정한 기간 내에 양도하는 경우에는 이를 종전주택의 부수토지로 보아 1세대1주택 비과세 특례를 적용하겠다는 것이고, 기한(5년)의 제한에 환지를 수반한 경우 등에는 이를 달리 적용한다는 내용의 별도의 명문규정도 없다.
또한, 청구인은 대법원 판례(대법원 1992.5.12. 판결 92누1889 판결)를 청구주장의 근거로 제시하고 있으나, 동 판례는 양도일이 1989년인 사건으로, 당시에는 소득세법령에 위 조문이 없었다.
(2) 위 규정의 조문 체계상, 청구인의 주장처럼 부수토지만 따로 떼어 기한(5년) 제한이 적용되지 않는다고 해석하게 되면, 조문 문언에 반하는 해석이 된다.
(3) 조세법률주의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되지 아니한다(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결 참조).
(4) 또한, 처분청이 AAA 도시개발사업조합에 확인한 결과, 쟁점토지는 환지보상 대상으로, 개발사업 진행 중에도 매도가 가능하였으며, 해당 사업구역 내 토지 거래내역을 확인한 결과, 조합 이외의 양수인에게 양도한 건도 있는 것으로 확인된다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점토지는 1세대1주택에 부수되는 토지이므로, 쟁점토지의 양도에 대하여 양도소득세를 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 등 : <별지> 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.
(가) 종전주택과 쟁점토지에 대한 청구인의 양도소득세 신고내역은 아래 <표1>과 같다.
<표1> 양도소득세 신고내역
(단위 : ㎡, 천원)
○○○
(나) 청구인은 2020.9.17. 매수인 주식회사 지원사업과 쟁점토지를 OOO원에 양도하는 내용으로 부동산 매매계약을 체결하였다.
(다) 처분청은 AAA 도시개발사업 진행 중에도 쟁점토지의 매도가 가능하였다는 의견을 제시하면서, AAA 도시개발사업조합으로부터 회신받은 공문(2025.11.7.)을 아래 <표2>와 같이 제출하였으며, 동 공문에는 사업 진행 중에도 매도가 가능하다는 내용이 기재되어 있다.
<표2> AAA 도시개발사업조합의 공문
○○○
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지가 1세대1주택에 부수되는 토지이므로, 쟁점토지의 양도에 대하여 1세대1주택 양도소득세 비과세 특례를 적용하여야 한다고 주장하나, 「소득세법 시행규칙」 제72조 제2항 후단은 종전주택이 도시계획사업 시행으로 인하여 철거됨에 따라 부득이 나대지로 남게 된 그 잔여 부수토지를 양도하는 경우로서 일정한 기간 내에 양도하는 경우에는 이를 종전주택의 부수토지로 보아 1세대1주택에 대한 양도소득세 비과세 특례를 적용하도록 규정하면서, 이러한 경우에도 주택이 철거멸실되고 부수토지가 나대지로 있는 상태에서 무한히 장기간이 경과된 후에 양도한 경우에는 주택의 부수토지를 양도한 것이라고 보기는 어렵다 하겠고, 주택의 부수토지라는 개념이 인식되는 일정기간, 즉 「소득세법 시행규칙」 제72조 제2항 후단에서 정하고 있는 5년의 기간을 정해서 동 기간 내에 양도된 경우에만 그 부수토지의 양도로 보는 것이 보다 합리적으로 보이며, 관련 법령에 특별한 예외를 인정하고 있지 아니하는 한 5년의 기간을 불변기간으로 보아 종전주택 수용일로부터 5년이 지나서 잔여부수토지를 양도한 이 건의 경우 비과세 혜택을 받을 수 없다고 할 것이다(조심 2010구3387, 2010.12.31., 같은 뜻임).
따라서, 종전주택이 수용된 후 5년이 경과하여 양도한 쟁점토지에 대하여 1세대1주택 양도소득세 비과세 특례 적용대상에 해당하지 않는 것으로 보아, 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
<별지> 관련 법령 등
(1) 소득세법
제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
(2) 소득세법 시행령
제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.
가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우
(3) 소득세법 시행규칙
제72조(1세대1주택의 특례) ② 영 제154조 제1항을 적용할 때 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도(지분으로 양도하는 경우를 포함한다. 다만, 영 제154조 제1항 본문에 해당하는 주택과 그 부수토지를 함께 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 법 제89조 제1항 제3호 가목에 따른 1세대1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하며 1주택을 2이상의 주택으로 분할하여 양도(영 제154조 제1항 본문에 해당하는 주택을 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)한 경우에는 먼저 양도하는 부분의 주택은 그 1세대1주택으로 보지 아니한다. 이 경우 주택 및 그 부수토지의 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우의 해당 주택(그 부수토지를 포함한다)과 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(그 부수토지를 포함한다)은 그러하지 아니하다.
(4) 도시개발법
제9조(도시개발구역지정의 고시 등) ⑤ 제7조 제1항에 따라 도시개발구역지정에 관한 주민 등의 의견청취를 위한 공고가 있는 지역 및 도시개발구역에서 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지의 형질 변경, 토석의 채취, 토지 분할, 물건을 쌓아놓는 행위, 죽목의 벌채 및 식재 등 대통령령으로 정하는 행위를 하려는 자는 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.
⑨ 제5항에 따른 허가에 관하여 이 법으로 규정한 것 외에는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제57조부터 제60조까지 및 제62조를 준용한다.
제36조(환지 예정지 지정의 효과) ① 환지 예정지가 지정되면 종전의 토지의 소유자와 임차권자등은 환지 예정지 지정의 효력발생일부터 환지처분이 공고되는 날까지 환지 예정지나 해당 부분에 대하여 종전과 같은 내용의 권리를 행사할 수 있으며 종전의 토지는 사용하거나 수익할 수 없다.
(5) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률
제57조(개발행위허가의 절차) ① 개발행위를 하려는 자는 그 개발행위에 따른 기반시설의 설치나 그에 필요한 용지의 확보, 위해(危害) 방지, 환경오염 방지, 경관, 조경 등에 관한 계획서를 첨부한 신청서를 개발행위허가권자에게 제출하여야 한다. 이 경우 개발밀도관리구역 안에서는 기반시설의 설치나 그에 필요한 용지의 확보에 관한 계획서를 제출하지 아니한다. 다만, 제56조 제1항 제1호의 행위 중 「건축법」의 적용을 받는 건축물의 건축 또는 공작물의 설치를 하려는 자는 「건축법」에서 정하는 절차에 따라 신청서류를 제출하여야 한다.
제58조(개발행위허가의 기준) ① 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수는 개발행위허가의 신청 내용이 다음 각 호의 기준에 맞는 경우에만 개발행위허가 또는 변경허가를 하여야 한다.
2. 도시ㆍ군관리계획 및 성장관리계획의 내용에 어긋나지 아니할 것