쟁점토지 및 쟁점건물 취득가액이 불명확한 것으로 보아 환산가액을 취득가액으로 하여 양도차익을 계산한 처분의 당부와 청구인이 주장하는 금액을 필요경비로 인정할 수 있는지 최저한세 적용대상인 이월된 연구 및 인력개발비 세액공제와 최저한세 적용대상이 아닌 외국인 투자에 대한 법인세 감면이 동시에 적용되는 경우 적용 순위(경정)
【세목】
법인
【재결요지】
최저한세의 적용을 받지 아니하는 「조세특례제한법」에 의한 외국인투자에 대한 법인세 감면을 최저한세 적용대상인 「조세특례제한법」에 의한 연구 및 인력개발비세액공제보다 우선하여 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨
【참조결정】
조심2009구3878 /
【주문】
OO세무서장이 2010.3.22. 청구법인에게 한 2004사업연도 법인세 643,382,060원의 부과처분은 증빙불비가산세 230,273,465원을 차감하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
【이유】
1. 처분개요 가. 청구법인은 OOOOOOOOO OOOOOOOOOOOOO OOOOOOOOOOO(이하 “미국 모기업”이라 한다)이 100% 출자하여 1998.12.28. 설립된 외국인투자기업으로서 전력용 반도체 제조 및 판매 등의 사업을 영위하여 왔으며, 2002 및 2004ㆍ2005사업연도에 「조세특례제한법」제121조의4 의 외국인투자에 대한 법인세 감면을 먼저 적용하고 이전 사업연도로부터 이월된 같은 법 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 나중에 적용하여 법인세를 신고하였다. 나. 중부지방국세청장은 청구법인에 대한 법인제세 통합조사를 거쳐 최저한세를 적용받는 연구 및 인력개발비 세액공제를 최저한세 적용대상이 아닌 외국인투자 법인세 감면보다 우선 적용하여야 하므로, 다음 <표1>과 같이 2004ㆍ2005사업연도로 이월된 연구 및 인력개발비 세액공제는 2002사업연도에 모두 공제받아 소멸되었고, 청구법인이 2004사업연도에 국제복합운송업체인 OOOOOO 주식회사(이하 “OOOOOO”이라 한다), 주식회사 OOOOOOOO(OO OOOOOOOOO”라 한다)로부터 실제 화주로서 국제복합운송용역을 제공받고 미국 모기업이 이들 운송업체에게 지급한 운송비 11,513,673,264원을 미국 모기업에게 송금하였음에도 이에 대하여 영세율세금계산서를 수취하지 아니하여 「법인세법」제76조 제5항에 따른 증빙불비가산세 적용대상(가산세 금액 230,273,465원, 2%)이며, 그 밖에 매출채권 지연회수에 따른 인정이자를 익금에 산입하여야 한다는 과세자료를 처분청에 통보하였다. <표1> 세액공제 적용관련 신고 및 경정내역 (OO O O) * 경정내용에는 매출채권 지연회수 관련 인정이자가 포함되어 있어 산출세액이 2004사업연도 30,157,949,114원, 2005사업연도 9,872,597,895원으로 증가하였으나, 세액공제가 이월적용되지 아니하고 세액감면만 29,948,393,009원 및 9,600,167,072원이 적용됨에 따라 관련세액만큼 납부세액이 증가함 다. 처분청은 위 과세자료에 따라 2010.3.22. 청구법인에게 2004사업연도 법인세 643,382,060원(증빙불비가산세 230,273,465원 포함) 및 2005사업연도 법인세 539,019,090원을 경정ㆍ고지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.6.17. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 외국인투자에 대한 법인세 감면은 다른 조세지원에 우선하여 적용하는 특례로서 「법인세법」제59조 제1항에서 세액감면이 세액공제에 우선하여 적용하도록 명백하게 규정하고 있고, 「법인세법」,「조세특례제한법」 등 다른 법률에서 그 적용순서에 관하여 달리 규정하지 아니하고 있음에도 연구 및 인력개발비 세액공제를 외국인 투자 세액감면에 우선하여 적용함은 법적근거가 없는 부당한 처분이다. (2) 청구법인의 미국 모기업은 다음 <표2>와 같이 운송비 절감 및 효율적 관리를 위해 국내법인인 OOOOOO 및 미국법인인 OOO OOOOOOO OOOO와 국제복합화물운송에 대한 연간 포괄운송계약(Master Service Agreement)을 체결하였고, 이에 따라 청구법인은 화주로서 수출 등을 하면서 OOOOOO O OOOOOOOO가 제공하는 운송 용역을 이용하였으며, 관련 운송료는 계약의 당사자인 미국 모기업이 OOOOOO 및 미국법인인 OOO OOOOOOO OOOO에 지급하였으며, 청구 법인은 미국 모기업에게 운송과 관련하여 경영관리비용을 지급하여 왔다. <표2> 화물운송 개요 (가) (주위적 청구) 미국 모기업이 운송계약을 맺어 외국 및 국내운송회사를 거쳐 청구법인의 화물을 운송한 것으로 청구법인은 국내 운송회사와의 직접적인 계약당사자가 아니고, 자세한 공급시기 및 거래가액을 미국 모기업만 알고 있을 뿐 청구법인은 관련 내용을 알 수 없어 세금계산서를 교부받을 수 없는 실정이며, 최초 운송인인 국내 운송회사는 그 명의로 송장을 발부하였으나 국제복합운송용역에 대한 모든 책임을 부담하는 것이 아니고, 실제 운송인인 외국 항공운송회사와 연대책임 등을 부담하는 것이며, 미국 모기업의 주관 하에 운송경비 절감 및 효율적 관리를 위해 국제복합운송서비스를 이용하고, 모기업에게 공통경비 배부액 형식으로 운송비를 지급하였으며, 2005～2008사업연도에 발생한 동일한 내용의 운송비에 대한 과세전적부심사(중부지방국세청 2010중과0085, 2010.7.8.)에서 청구법인의 주장을 채택하여 증빙불비가산세 부과대상으로 보지 아니하는 결정을 하였음에도, 청구법인이 국내 운송회사로부터 직접 영세율 세금계산서를 수취ㆍ보관하지 아니하였다 하여 2004사업연도 발생분에 대하여 증빙불비가산세를 부과함은 부당하다. (나) (예비적 청구) 처분청 의견대로 단순한 국내거래로 볼 경우에도 OOOOOO은 타인 소유의 항공기를 이용하는 반면, OOOOOOOO는 자사 또는 본사 소유의 항공기를 이용하여 「부가가치세법 시행령」제25조 제1항의 외국항행용역을 제공하였으므로, 이에 대하여는 같은 법 시행령 제57조 제1항 제3호에 따라 세금계산서 교부의무가 면제되고,「법인세법 시행규칙」79조 제9호의3에 따라 증빙수취의무가 없으므로 OOOOOO과의 거래분에 한하여 증빙불비가산세를 부과하여야 하며, 이 경우에도 OOOOOO은 국내에서 청구법인으로부터 화물을 인수하여 항공기에 선적한 후 외국 항공운송회사의 항공기를 이용하여 국제복합운송용역을 제공한 것이어서 화주로부터 수취한 운임에서 외국 항공운송회사에게 지급한 운임을 차감한 나머지 운송주선수수료만 부가가치세 과세표준이 되므로, 관련 증빙불비가산세는 운송주선수수료에 상당하는 금액을 기초로 산정하여 감액되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 「법인세법」제60조 제2항 및 같은 법 시행령 제97조 제3항의 위임에 따라 제정된 같은 법 시행규칙 별지 제3호 서식에서 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 계산함에 있어 최저한세 적용대상인 공제감면세액을 먼저 적용하고, 그 다음에 최저한세 적용대상이 아닌 공제감면세액을 적용하도록 하고 있는바, 이는 「법인세법」제59조 제1항 각호에서 정하는 순위와는 다른 별도의 규정이 있는 경우에 해당하므로, 외국인투자에 대한 법인세 감면을 우선 적용하고 이월공제가 가능한 연구 및 인력개발비 세액공제를 나중에 적용하여야 한다는 청구법인의 주장은 이유없다. (2) OOOOOO O OOOOOOOO는 청구법인의 수입 및 수출과 관련된 물품을 운송하는 국내업체로서 청구법인의 모회사인 미국 모기업과 연간 국제복합운송계약을 맺고, 화주인 청구법인으로부터 화물을 인수하여 자기명의로 항공화물운송장 등을 발급하며, 타인의 화물기를 이용하여 화물을 운송하고 미국 모기업으로부터 운임을 수령하며, 미국 모기업은 관련 송장을 청구법인에게 발행하여 운송업체에게 지급한 동일금액을 재청구하고, 청구법인은 물류내역과 대조하여 분기별로 미국 모기업에게 송금하여 최종적으로 운송비를 부담하여 왔다. (가) 미국 모기업은 화물운송에 있어 형식상의 계약주체일 뿐 실제 화주인 청구법인이 실질적으로 국제복합운송계약을 체결하고 관련 용역을 제공받은 것으로 보아야 하고, 청구법인이 미국 모기업에 지급한 운송비는 공통경비의 배분이 아니라 화주인 청구법인이 제품수출과 관련하여 발생한 운송비용을 직접 부담한 것이며, 청구법인이 OOOOOOOO 등으로부터 운송용역을 제공받는 즉시 운송비 명세서 등의 증빙을 요청하여 당연히 보관하여야 하고 청구법인의 운송비 부담내역도 운송관련 전산시스템(Trendset)에 의해 확인이 가능하여 영세율 세금계산서를 교부받을 수 있었음에도 이를 해태하였으므로 증빙불비가산세를 부과함은 정당하다. (나) 「법인세법 시행규칙」제79조 제9호의3에 의한 항공기의 항행용역은 자가 항공용역을 의미하는 것으로 OOOOOOOO는 자가 항공기를 보유한 미국 모법인과는 다른 별도의 국내법인이어서 자가 항공용역을 제공하였다고 볼 수 없으므로, OOOOOOOO가 공급한 운송용역은 지출증빙수취의무가 면제되는 외국항행용역에 해당하지 아니하고, 국제복합운송주선업을 영위하는 사업자가 자기명의로 항공화물운송장 등을 발급하고 국제복합운송계약에 의하여 자기 계산과 책임하에 화물을 운송하고 대가를 받는 경우에는, 다른 운송업자에게 의뢰하여 화물이 운송되더라도 출발지에서 도착지까지의 운송비 전액에 대하여 영세율 세금계산서를 교부하여야 하는 것이므로, 국내에서의 운송주선수수료만을 대상으로 증빙불비가산세를 부과하여야 한다는 청구주장은 타당하지 아니하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 최저한세 적용대상인 이월된 연구 및 인력개발비 세액 공제와 최저한세 적용대상이 아닌 외국인 투자에 대한 법인세 감면이 동시에 적용되는 경우 적용 순위 ② 미국 모기업을 통해 국내운송회사를 이용하여 화물을 운송하고 미국 모기업에게 대가를 지급한 경우 영세율 세금계산서를 증빙으로 갖추어야 하는지 여부 나. 관련법령 (1) 쟁점① 관련 (가) 법인세법(2003.12.30. 법률 제7005호로 개정된 것) 제59조【감면 및 세액공제액의 계산】① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세 및 가산세를 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다. 1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다) 2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제 3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다. 4. 제58조의3의 규정에 의한 세액공제. 이 경우 당해 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다. 제60조【과세표준 등의 신고】① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. ② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여야 한다. 2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다) (나) 법인세법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18174호로 개정된 것) 제97조【과세표준의 신고】③ 법 제60조 제2항 제2호의 규정에 의한 세무조정계산서는 재정경제부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액조정계산서로 한다. (다) 법인세법 시행규칙(2004.3.5. 재정경제부령 제356호로 개정된 것) 제82조【서식】① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각호와 같다. (후단 생략) 3. 영 제97조 제3항의 규정에 의한 별지 제3호 서식의 법인세 과세표준 및 세액조정계산서 [별지 제3호 서식] : 법인세 과세표준 및 세액조정계산서
| ④ 납 부 할 세 액 계 산 |
?????? ?????? ?????? ) |
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| ?????? 공 제 감 면 세 액 (ㄱ) |
17 |
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| ?????? 차? 감? 세? 액 |
18 |
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| ?????? 공 제 감 면 세 액 (ㄴ) |
19 |
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| ?????? 가? 산? 세? 액 |
20 |
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| ?????? ?????? ?????? ?????? ) |
21 |
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| ①구????????????????? 분 |
②근 거 법 조 항 |
코드 |
③대상세액 |
④ 감면(공제) 세액 |
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| 법 인 세 법 등 |
?????? 외국인투자기업의 증자의 조세감면 |
「조세특례제한법」 제121조의4 |
72 |
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| ?????? 소 계 |
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10 |
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| 2. 조세특례제한법 공제감면세액
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||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ④ 납 부 할 세 액 계 산 |
?????? ?????? ?????? ) |
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| ?????? 공 제 감 면 세 액 (ㄱ) |
17 |
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| ?????? 차? 감? 세? 액 |
18 |
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| ?????? 공 제 감 면 세 액 (ㄴ) |
19 |
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| ?????? 가? 산? 세? 액 |
20 |
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| ?????? ?????? ?????? ?????? ) |
21 |
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(다) 살피건대, 「법인세법」제59조 에는 세액공제 및 세액감면이 동시에 적용되는 경우 “그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각 호에 의한다”라고 규정하고 있으므로 그 적용순서에 관하여 다른 규정이 있는 경우에는 위 규정을 적용할 수 없다 할 것이고, 「조세특례제한법」제132조 는 조세감면의 한도를 제한하는 특별규정으로 최저한세가 적용되는 세액공제와 감면 등을 우선하여 적용하여야 하고 그러하지 아니하면 국민개납주의에 기반한 최저한세의 입법목적을 달성할 수 없다고 할 것임은 물론, 「법인세법 시행규칙」제82조 및 별지 제3호 서식(법인세 과세표준 및 세액조정계산서)에도 최저한세 적용대상인 공제감면세액을 먼저 적용하고, 최저한세 적용대상이 아닌 공제감면세액을 나중에 적용하도록 규정하고 있으며, 또한, 「조세특례제한법」제132조 제1항에는 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 계산함에 있어서 같은 법에 규정된 감면 등을 적용한 후의 세액이 최저한세에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 공제감면 등을 하지 아니한다”라고 규정하고 있는데, 여기서 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세’라 함은 같은 법 시행령 제126조 제2항의 규정에 의하여 최저한세 적용대상이 아닌 세액공제ㆍ세액면제 등을 하지 아니한 법인세(별지 제3호 서식 제122항의 차감세액)를 말하므로 최저한세 적용대상인 공제감면세액이 있는 경우 반드시 최저한세를 한도로 하여 산출세액에서 해당 공제감면세액을 적용하여야 한다. 이처럼 최저한세 적용대상인 공제감면세액을 먼저 적용하고 최저한세 적용대상이 아닌 공제감면세액을 나중에 적용하여 납부하여야 할 법인세액을 계산하는 점에 비추어 보더라도, 최저한세 규정은 공제감면세액의 적용순위를 법인세법과 다르게 규정한 것으로 보인다. 따라서, 최저한세의 적용을 받지 아니하는 「조세특례제한법」에 의한 외국인투자에 대한 법인세 감면을 최저한세 적용대상인 「조세특례제한법」에 의한 연구 및 인력개발비세액공제보다 우선하여 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2009구3878, 2010.12.31., 같은 뜻). (2) 쟁점②의 주위적 청구에 대하여 본다. (가) OOOOOO O OOOOOOOO는 청구법인의 수입 및 수출과 관련된 물품을 운송하는 국내업체로서 청구법인의 모회사인 미국 모기업과 연간 국제복합운송계약을 체결하고, 화주인 청구법인으로부터 화물을 인수하여 자기명의로 항공화물운송장 등을 발급하고 타인의 화물기를 이용하여 화물을 운송하고 미국 모기업으로부터 운임을 수령하며, 미국 모기업은 관련 송장을 청구법인에게 발행하여 국외 및 국내 운송업체에게 지급한 운임과 관련한 비용을 재청구하고, 청구법인은 물류내역과 대조하여 분기별로 미국 모기업에게 송금하여 최종적으로 운송비를 부담하여 왔으며, 청구법인은 이와 같은 국내운송회사화의 거래에 대하여 영세율 세금계산서를 교부받지 아니한 사실이 심리자료에 나타난다. (나) 처분청은 미국 모기업은 화물운송에 있어 형식상의 계약주체일 뿐 실제 화주인 청구법인이 실질적으로 국제복합운송계약을 체결하고 청구법인을 화주로 한 수출면장, 운송장을 교부받는 등으로 관련 운송용역을 제공받은 것으로 보아야 하고, 청구법인이 미국 모기업에 지급한 운송비는 공통경비의 배분이 아니라 화주인 청구법인이 제품수출과 관련하여 발생한 운송비용을 직접 부담한 것이며, 청구법인이 OOOOOOOO 등으로부터 운송용역을 제공받는 즉시 운송비 명세서 등의 증빙을 요청하여 당연히 보관하여야 하고 청구법인의 운송비 부담내역도 운송관련 전산시스템(Trendset)에 의해 확인이 가능하여 영세율 세금계산서를 교부받을 수 있었음에도 이를 해태하였으므로 증빙불비가산세를 부과함은 정당하다는 의견이다. (다) 2005～2008사업연도에 발생한 거의 동일한 사실관계의 OOOOOO O OOOOOOOO 등과의 운송거래에 대한 증빙불비가산세 부과처분에 불복하여 청구법인이 제기한 과세전적부심사(사건번호 2010중과0085)에 대하여 OO지방국세청장은 2010.7.8. 청구법인의 주장을 채택하여 증빙불비가산세 부과대상으로 보지 아니하는 결정(법인세 2005사업연도 177,597,300원, 2006사업연도 177,388,892원, 2007사업연도 100,000,000원 및 2008사업연도 92,241,017원의 과세예고통지를 취소)을 하였는바, 당해 결정서에 설시된 판단내용은 다음과 같다. 1) 청구법인과 미국 모기업 간에 체결된 계약서에 의하면, 미국 모기업이 OOOOOO 및 외국운송회사들을 통하여 청구법인에게 화물운송서비스를 지원하고, 소프트웨어 등 정보기술 서비스, 보험서비스 등을 지원ㆍ제공하며, 동 계약에 따라 미국 모기업이 청구법인에게 해당하는 화물운송비용을 포함한 실비를 청구법인에게 청구하고, 분쟁발생시 미국 법률의 적용을 받고 미국내 법원이 관할권을 갖도록 한 점, 미국 모기업과 OOOOOO 및 국외운송회사들 간에 작성된 주운송계약서상 계약의 당사자는 미국 모기업과 OOOOOO 또는 미국 모기업과 외국운송회사들인 점, 운송용역의 대가를 청구법인이 국내운송회사들에게 직접 지급하는 것이 아니라 미국 모기업이 청구한 운송비용을 미국 모기업에게 지급하는 점 등으로 볼 때, 국제복합운송계약에 따라 OOOOOO 및 국외운송회사들을 쟁점운송용역의 공급자로, 청구법인이 아닌 미국 모기업을 쟁점운송용역을 제공받는 자로 봄이 타당하며, 또한 국세청 고객만족센터의 답변내용도 같은 취지인 반면에, 2) 조사청의 의견과 같이 청구법인과 미국 모기업간 또는 미국 모기업과 국외운송회사들간에 작성된 계약상 또는 법률상 원인에 의한 거래당사자라고 인정할 근거가 없으며, 화물운송장 및 수출면장에 송화인이 청구법인으로 기재되어 있으나 이는 수출통관절차상 단순히 화주인 청구법인의 명의를 기재한 것으로, 화물운송장 및 수출면장에 청구법인이 기재된 사실만으로 청구법인을 국제복합화물운송용역을 제공받은 계약당사자라고 단정하기는 어렵다고 보인다. 3) 따라서, 청구법인에게 국제복합운송계약에 따라 쟁점운송용역을 제공한 거래당사자는 국내사업장이 없는 외국법인인 미국 모기업이며, 이 경우 「부가가치세법 시행령」제57조 제1항 각호에 규정한 세금계산서 교부의무가 면제되는 경우에 해당하므로 조사청이 「법인세법」제76조 제5항의 정규증빙미수취가산세를 적용하여 세무조사결과통지한 처분은 잘못이 있다. (라) 살피건대, 국내운송회사들이 청구법인의 화물을 운송하였기는 하나, 이들 회사가 청구법인이 아닌 미국 모기업과 직접 운송계약을 체결하였는바, 거래상대방인 미국 모기업은 거래상대방의 과표양성화를 목적으로 하는 지출증빙서류의 수취 및 보관대상에서 제외되는 국내사업장이 없는 외국법인에 해당하는 점, 처분청은 실질내용에 비추어 국내에서 청구법인이 국내운송회사로부터 운송용역을 제공받은 것으로 볼 수 있으므로 영세율 세금계산서를 구비하여야 한다는 의견이나, 실질의 측면에서 소득의 이전여부 또는 적정한 과세소득의 산정이 아닌 증빙불비가산세를 부과함에 있어 거래에 따른 지출증빙서류의 수취여부가 다툼인 점, 동일한 사안에 대하여 과세관청도 거래형식을 존중하여 2004사업연도를 제외한 다른 사업연도에 대하여는 증빙불비가산세를 부과하지 아니한 점 등을 종합하여 보면 청구법인이 국내운송회사들로부터 지출증빙서류를 수취하지 아니하였다 하여 가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (3) 쟁점②의 예비적 청구에 대하여는 심리실익이 없으므로 그 심리를 생략한다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
【관련법령】
「법인세법」 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】 / 법인세법시행령제97조 【과세표준의 신고】