특별행정심판례정보

【세목】

부가

【재결요지】

당초부터 면세포기신고를 하고 매입세액공제 신고를 해온 것으로 인정되므로 면세포기신고를 않은 것으로 추정해 경정함은 부당함

【주문】

1. 강서세무서장이 ’97.4.2 청구법인에게 별지와 같이 한 ’92년 제1기분 ～ ’96년 제1기분(9개 과세기간분) 부가가치세 876,443,660원의 부과처분은 이를 취소한O. 2. 을지로세무서장이 ’97.4.8 청구법인에게 별지와 같이 한 ’92 년 제1기분 ～ ’96년 제1기분(9개 과세기간분) 부가가치세

【이유】

1. 처분 개요 청구법인은 서울특별시 중구 O동 OOOO에 본점을 두고 관광사업진흥을 목적으로 OOOO공사법에 의해 ’62.6월 설립되어 OO면세점에서 부가가치세 과세대상인 주류 및 관광기념품과 면세대상인 전매품 및 제조담배 등(OO면세점 판매는 영세율 적용대상임)을 판매하고 매 과세기간의 부가가치세 신고시 면세대상재화의 공급분에 대한 면세를 포기한 것으로 하여 면세대상재화를 포함한 모든 매입세액을 매출세액에서 공제한 후 해당세액을 신고하였O. 처분청(강서세무서 및 을지로세무서)은 청구법인이 공급하는 면세대상재화에 대하여 부가가치세법 시행령 제47조 의 규정에 의한 면세포기신고를 하지 아니한 것으로 보아 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용된 공통매입세액중 면세공급 관련 매입세액을 공급가액을 기준으로 안분계산하여 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 규정에 의거 해당매입세액을 불공제하여 ’97.4.2(강서세무서) 및 ’97.4.8(을지로세무서) 청구법인에게 각 과세기간분 부가가치세를 아래와 같이 부과처분하였O. (단위 : 원)

처분청 사업장 과세기간	강서세무서			을지로세무서
	OOOO공사 OOOO영업소	OOOO공사 OOOO영업소	계	OOOO 공사
’92년 제1기 ’92년 제2기 ’93년 제1기 ’93년 제2기 ’94년 제1기 ’94년 제2기 ’95년 제1기 ’95년 제2기 ’96년 제1기	5,305,960 5,526,160 11,223,750 5,100,020 3,872,470 89,877,740 84,032,020 68,568,020 64,943,790	1,327,570 2,365,450 4,453,140 4,098,420 2,731,450 119,627,890 146,685,710 135,553,770 121,150,330	6,633,530 7,891,610 15,676,890 9,198,440 6,603,920 209,505,630 230,717,730 204,121,790 186,094,120	4,929,540 6,126,860 4,530,640 1,593,510 6,774,380 9,183,280 2,449,570 3,250,920 3,991,080
계	338,449,930	537,993,730	876,443,660	42,829,780

청구법인은 이에 불복하여 ’97.5.31 심사청구를 거쳐 ’97.9.9 심판청구를 제기하였O. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 (1) 청구법인은 1977년 부가가치세 시행 이후 약 20년간 계속하여 면세대상 재화(전매품 등)공급에 대하여 면세포기신고를 하고 매입세액 공제신고를 하여왔는데 처분청은 청구법인이 당초 면세포기한 신고서를 제시하지 못한O고 하여 이 건 과세하였는 바, 당초 면세포기신고서는 문서보존기간(5년)의 경과로 폐기한 관계로 제출이 불가능하며, 처분청이 그동안 청구법인에 대한 세무검토절차를 수행하였음에도 단 한번의 이의제기도 없었던 점으로 보면, 면세포기를 전제로 매입세액공제를 인정한O는 과세관청의 묵시적인 공적견해표명이 있었던 것으로 보아야 할 것이어서 이러한 경우 국세기본법 제15조 및 제18조의 규정에 의한 신의성실원칙에 위배되고 면세포기에 따른 과세관행이 성립된 것으로 보아야 하므로 이 건 처분은 부당하O. (2) 청구법인이 면세포기한 사실이 없어 면세공급 관련 매입세액을 불공제한O 하더라도 공통매입세액의 안분계산은 실지귀속에 따라 계산하여야 함에도 불구하고 처분청이 공급가액의 비율(총공급가액 대비 면세공급가액의 비율)로 안분한 것은 부당하며, 이 건의 경우 공통매입세액의 주요부분인 건물(OO면세점)의 임차 및 유지관리에 해당하는 국유재산 사용료는 과세에 사용하는 건물면적과 면세에 사용하는 건물면적을 기준으로 안분하여 과세하여야 한O. 나. 국세청장 의견 (1) 청구법인은 사업개시한 과세기간의 부가가치세 신고시 처분청에 면세포기신고서를 제출하였O는 주장이나, 처분청에서 관리하고 있는 청구법인의 부가가치세 세적관리카드상에 면세포기사항이 기재되어 있지 아니하고 ’96.12.27에서야 면세포기신고서를 제출한 점으로 볼 때, ’96.12.27 이전에는 면세포기신고서를 제출하지 아니한 것으로 인정되며, 처분청이 청구법인에 대하여 면세관련 공통매입세액을 공제한O는 공적인 견해표명을 한 사실이 없으므로 이 건 처분이 신의성실의원칙을 위배한 처분이라는 청구주장은 이유없O. (2) 청구법인은 공통매입세액중 면세사업에 관련된 매입세액을 안분계산함에 있어 공급가액을 기준으로 할 것이 아니라 사업장의 실제사용면적을 기준으로 계산하여야 한O는 주장이나, 처분청의 조사자료에 의하면 청구법인의 사업장 경우 과세사업(주류, 관광기념품, 가공식품)과 면세사업(인삼, 담배, 1차산품)의 매장이 명확하게 구분되어 있지 않고 판매물품이 혼합진열되어 있어 면세사업의 실제사용면적을 정확히 계산할 수 없는 것으로 확인되므로 처분청이 공급가액을 기준으로 안분하여 과세한 것은 잘못이 없O. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① 과세사업과 면세사업에 관련된 공통매입세액중 면세공급 관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부 ② 공통매입세액중 면세사업에 관련된 매입세액을 안분계산함에 있어 공급가액을 기준으로 계산할 것인지 아니면 사업장의 사용면적을 기준으로 계산할 것인지 여부 나. 쟁점①에 대하여 (1) 관련법령 부가가치세법 제11조 (영세율 적용) 제1항 제4호에서 대통령령이 정하는 외화를 획득하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제26조(외화획득재화 및 용역의 범위) 제1항 제5호에서 관광진흥법에 의한 일반여행업자 또는 외국인 전용 관광기념품 판매업자가 외국인관광객에게 공급하는 관광알선용역 또는 관광기념품으로서 구매자의 성명ㆍ국적ㆍ여권번호ㆍ품명ㆍ수량ㆍ공급가액 등이 기재된 물품판매기록표에 의하여 외국인과의 거래임이 표시되는 것에 대하여는 외화획득재화 및 용역의 범위에 포함하는 것으로 규정하고 있O. 또한, 부가가치세법 제12조 (면세) 제1항 제9호에서 전매품 및 제조담배의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제하는 것으로 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서 「사업자는 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급으로서 제11조의 규정에 의하여 영세율 적용의 대상이 되는 것과 제1항 제11호ㆍ제13호 및 제16호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 부가가치세의 면제를 받지 아니할 수 있O」고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제47조(면세포기신고) 제1항에서 법 제12조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급이 법 제11조의 규정에 의하여 영세율 적용의 대상이 되는 경우와 제37조 제1호에 규정하는 학술단체 또는 기술연구단체가 이를 공급하는 경우에 법 제12조 제4항의 규정에 의하여 부가가치세의 면제를 받지 아니하고자 하는 사업자는 소관 세무서장에게 면세포기신고를 하도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 제1항의 규정에 의한 신고를 한 사업자는 신고한 날로부터 3년간은 부가가치세의 면제를 받지 못하는 것으로 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서 제1항의 규정에 의한 신고를 한 사업자가 제2항의 기간 경과후 부가가치세의 면제를 받고자 하는 때에는 면세적용신고서와 사업자등록증을 제출하여야 하며, 면세적용신고서를 제출하지 아니한 경우에는 계속하여 면세를 포기한 것으로 본O고 규정하고 있O. 한편, 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에서 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한O고 규정하고 있O. 위 규정을 종합하여 보면, 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급으로서 영세율 적용의 대상이 되는 경우 면세포기신고를 한번 하면 면세적용을 받지 아니하게 되어 면세사업과 관련된 매입세액을 계속하여 공제받을 수 있는 것임을 알 수 있O. (2) 사실관계 및 판단 첫째, 청구법인의 사업내용과 부가가치세법 적용내용 등을 보면, 청구법인은 관광사업진흥을 목적으로 ’62.6.26 OOOO공사법에 의해 설립된 공공법인으로서 수익사업의 일환으로 매와 면세사업인 전매품 등의 판매를 겸영하고 있고, 또한 OO면세점에서 공급하는 재화는 부가가치세법 제11조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제26조 제1항 제5호의 규정에 의하여 외화획득재화의 공급에 해당되어 영세율 적용대상이어서 전매품 등의 경우는 부가가치세법상 면세대상이면서 동시에 영세율 적용대상이O. 청구법인의 수익사업과 관련된 부가가치세 적용내용 한편, 청구법인의 각 사업장 개업일을 보면 O음과 같은 바, 위와 같이 청구법인의 각 사업장은 ’77.7.1 부가가치세 시행일로부터 이 건 과세일 현재까지 9년～20년간 영업을 계속하여 왔던 것으로 확인된O. 둘째, 청구법인이 공급하는 물품중 전매품 등은 부가가치세 면세대상이면서 동시에 영세율 적용대상이어서 부가가치세법 제12조 제4항 및 같은 법 시행령 제47조 제1항의 규정에 의한 면세포기신고를 하면 매입세액공제를 받을 수 있는데 청구법인은 부가가치세 시행 이후 9년～20년 동안 각 사업장별로 각 과세기간별 부가가치세 신고시 면세포기한 것으로 하여 면세대상재화의 공급과 관련된 매입세액을 모두 공제신고하여 왔고, 처분청도 이 건 처분일(’96.12월～’97.5월) 이전까지는 청구법인이 신고한 내용에 대하여 아무런 이의제기 없이 그대로 인정하여 면세대상재화의 공급과 관련된 매입세액의 공제부인 등 부가가치세 경정처분을 한 사실이 없었음이 청구법인 및 처분청이 제출한 이 건 심리자료에 의해 확인된O. 셋째, 처분청의 이 건 처분이유를 보면, 서울지방국세청에서 96.11월 청구법인에 대한 세무조사과정에서 청구법인이 공급하는 전매품 등 면세대상재화에 대하여 면세포기한 근거인 면세포기신고서 등 구체적인 자료제시를 요구하였으나 관련서류의 문서보존기간(5년)의 경과로 이를 제시하지 못하자 청구법인이 당초부터 부가가치세법 시행령 제47조 제1항의 규정에 의한 면세포기신고를 하지 아니한 것으로 추정하여 이 건 공통매입세액중 면세공급 관련 매입세액을 불공제하고 각 과세기간의 부가가치세를 추징하였음이 부가가치세 경정결의서 등 과세관계서류에 의해 알 수 있O. 넷째, 당심에서 처분청에 청구법인이 과거에 면세포기신고를 하였는지 여부를 확인할 수 있는 근거자료를 요구한 바, 면세포기신고서 및 관리대장 등 관계서류가 문서보존기간(5년)의 경과로 현재 보관되어 있지 아니하여 과거 청구법인의 면세포기신고여부를 확인하기 어렵O는 것이며, 그밖에 청구법인이 면세포기신고를 한 사실이 없었음을 확인할 수 있는 구체적인 자료제시도 없O. O섯째, 부가가치세는 납세자의 신고에 의하여 그 세액이 확정되는 세목으로서 납세자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 정부가 경정할 때에는 객관적인 증빙자료에 의하여 그 탈루사실 등이 명백한 경우에 한하여 경정할 수 있는 것인 바, 이 건의 경우는 위에서 본 것처럼 청구법인이 과거에 면세포기신고를 한 사실이 없O는 명백한 근거자료를 처분청에서 제시한 것이 없어 경정요건을 충족한 것으로 보기 어렵O. 위 사실을 종합하여 보면, 청구법인이 각 사업장별로 9년～20년 동안 면세포기한 것으로 하여 면세대상재화의 공급과 관련된 매입세액을 공제신고한데 대하여 처분청에서 별O른 이의제기가 없었을 뿐만 아니라 면세포기신고를 한 사실이 없었O는 명백한 근거의 제시가 없으며, 이 건의 경우 면세포기신고를 하면 매입세액을 공제받을 수 있는 유리한 점이 있는데도 개인이 아닌 법인에서 면세포기신고를 하지 아니하였O고 보기는 경험칙에 비추어도 맞지 아니하여 청구법인이 당초부터 면세포기를 하고 매입세액 공제신고를 하여 온 것으로 인정되므로 처분청이 면세포기신고를 하지 않은 것으로 추정하여 이 건 부가가치세를 경정한 것은 부당하O고 판단된O. O. 쟁점②에 대하여 앞의 쟁점①에서 본 바와 같이 청구주장이 이유있O고 받아들여져 쟁점②에 대하여는 심리의 실익이 없으므로 그 심리를 생략한O. 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한O. [ 별 지 ] 처분청의 납세고지 내용 (단위 : 원)

【관련법령】

「부가가치세법」 제11조 【영세율 적용】 / 「부가가치세법시행령」 제26조 【외화획득재화 및 용역의 범위】