특별행정심판례정보

【세목】

법인

【재결요지】

쟁점위탁용역비는 08~09년에 지출되어 ERP시스템 개발용역비를 쟁점세액공제의 적용대상에서 제외한 10.2.18. 개정 조특령 별표6의 적용대상이 아닌 점 등에 비추어 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하는 것으로 보이고, 처분청에서 전담부서 보유여부 등을 재조사하여 경정함이 타당함

【참조결정】

조심2009서3678 / 조심2011서1923

【주문】

OOO세무서장이 2012.5.11. 청구법인에게 한

2008.1.1.～2008.

12.31.사업연도 및 2009.1.1.～2009.12.31.사업연도 법인세

경정청구 거부처분

은

청구법인이 전사적자원관리시스템 개발과 관련된 연구개발용역비로

OOOOO

주식회사

및 OOO주식회사가

지출한

O,OOO,OOO,OOO원 중

OOO

주식회사

및 OOO주식회

사

가 직접 수행한 연구개발

용역

비 및

OOO주식회사

및

OOO

주식회사

로부터 동

전사적

자

원관리

시스템 개발

용역을 재위탁 받은 기업 중「조세특례제한법

시

행령(대

통령령 제22037

호, 2010.2.18. 개정되기 전의 것)」【별표6】1.

의 나목에서 규정하는

연

구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한

연구개발 용역비를 확인

하고 그 금액을「조세특례제한법」제1

0

조 제1항

의

연

구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대

상

으로 하여 해당 사업연도 법인세를 경정한다.

【이유】

1. 처분개요

가.

청구법인은「폐광지역개발 지원에 관한 특별법」에 따라 1998

년

6월에 설립되어 오락관련서비스업(카지노)을 주업으로 하는 법인으로

서

2008.1.1.～2008.12.31.사업연도(이하 “2008사업연도”라

한다) 및

2009.1.

1.～2009.12.31.사업연도(이하 “2009사업연도”라 한다)에 프로세

스 혁신(PI)

기반의 전사적 자원관리(ERP)시스템(이하 “쟁점시스템”이라 한다) 구

축

개발을 목적으로 기업부설연구소를 보유한 OOO 주식회사

및

OOO

주식회사(이하 “OOO” 및 “OOO”라 한다)에 개

발

용

역을 위탁하고 개발비용으로 2008사업연도에 공급가액

O,OOO,OOO,OOO

원, 2009사업연도에 공급가액 OOO원을 지급하였으며, 2008사

업연도에 지급한 금액에 대하여는

「조세

특례제한법」

(2010.1.1. 법률

제9921호로 개정되기 전의 것) 제24조(생

산성향상시설투자 등에 대

한 세액공제)를 적용하여 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

나. 이후 청구법인은 2012.3.8. 쟁점시스템 개발자의

인

건비로 지

급한 OOO원(2008사업연도 OOO원, 2009사

업연도

O,OOO,OOO,OOO원으로 이하 “쟁점용역비”라 한다) 등을 포함한 지급금액

을

「조세특례제한법」

제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제)의 연

구ㆍ인력개발비에 해당하는 것으로 보아 관련 법인세 2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나,

처분청은 전사적 자원관리시스템(ERP)에

대한 위탁개발비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하지

아니한다는 사유로

2012.5.11. 청구법인에게 경정청구 거부처분을 하였

다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)

청구법인은「관광진흥법」및「폐광지역개발 지원에 관한 특별

법」

에 따라 호텔업 및 카

지노업 허가를 받은 법인으로 소비성서비스업

에

서 제외되어 연구ㆍ

인력

개발비 세액공제를 적용받을 수 있고, 연

구ㆍ

인력개발비 세액

공

제

를

적용받는 비용은 각 과세연도에 연구ㆍ인력개

발을 위한 비용

중 구「조

세특례제한법 시행령」별표6의 비용인 것으로 규정하고 있는바, 청구법인은 2008년과 2009년에 부설연구소를

보유한 OOO

및 OOO

에 쟁점시스템 개발을 위탁함에 따른 비

용이 발생하였으며, 개정된「조세특례제한법 시행령」별표6(2010.2.18. 대통령령 22037호)에서 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템개발을 위한

위탁비용은 제외’한다고 개정한 것은 2010.1.1. 이후 개시하는 과세

연

도분부터 적용되는

것으로, 개정 전에는 법령에 명확한 규정없이

쟁

점시스템 개발을 위

한 위탁비용을 위탁연구개발비용의 일종으로

해

석하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용(

조심2009서3678

,

2010.9.1., 법인-675, 2010.7.14., 서면2팀-724, 2008.4.17., 서면2팀-1480, 2007.8.9.

외 다수)하였으므로 2008년과 2009년에 지급한 쟁점용역비는 연구ㆍ인

력개발비 세액공제 대상에 해당한다.

(2) 쟁점용역비 OOO원 중 2008사업연도에 개발자 인건비

로

지급한 OOO원의 경우, 당초 생산성향상시설투자세액공제 대

상에 포함하여 법인세를 신고ㆍ납부하였다가 경정청구시 동 금액을 생산성

향상시설투자세액공제에서 제외하지 아니하고 연구ㆍ인력개발비에

대

한 세액공제대상으로 중복신청하였으나, 이 건 심판청구 중

동

금

액에 대하여 생산성향상시설투자세액공제에서 제외하였으므로 연

구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 OOO 및 OOO에 쟁점시스템 구축을 위한 기

술개발 용역 등을 위탁하고 개발비용을 지급하였는데, 전사적 자원관리(ERP) 시스템 구축을 위하여 위탁한 개발비용과 관련한 국세청 예규(법인세과-1007, 2009.9.14, 법규과-37, 2012.1.11.) 등에 의하면,

위탁개발지출비용은 구

「조세특례제한법」제10조

에서 규정하는

연

구ㆍ인력개발비에 해당하지 않는다고 하고 있고, 「조세특례제한

법

시행령」별표6 (2010.2.18. 대통령령 22037호) 법 개정을 통하여 “전사

적 기업자원 관리설비 등 시스템개발을 위한 위탁비용은 제외한다”

(2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도부터 적용)라고 하는 것 등

을

보면

「조세특례제한법」제10조

에 해당하는 연구 및 인력개발비는 기

업의 특성에 맞는 신제품개발이라든지 제품의 가치를 높이기 위해

지출한 비용에 대해 세액공제 해주는 것으로 해석을 하고 있는 것으

로 판단된다.

또한 구

「조세특례제한법」제10조

의 연구 및 인력개발비가 기업의 특성에 맞는 재화나 용역과 관련되어 지출한 비용이여야 함에도 소비

성서비스업을 제외한 모든 업종의 기업을 관리하는데 사용되는 전사

적

기업자원 관리시스템(ERP) 위탁개발지출비용이 연구 및 인력개발비

에

대한 세액공제에 해당된다는 조세심판원의 결정(조심2009서

3678. 2010.9.1.)등은 기업의 신제품(기술) 개발비용 등 제한적으로

적

용되어야 할 연구 및 인력개발비 세액공제의 본래 취지에 맞지 않으

며, 법령에서 규정하고 있는 연구 및 인력개발비를 확대 해석한 것으로 보여진다.

(2) 청구법인이 제출한 ERP 시스템 도입을 위한「제안요청서」의 추진목적을 보면 ‘경영자원의 개별관리 체계를 전사적 통합 정보시스템 체계로의 전환을 통하여 프로세스 혁신, 경영혁신 및 스피드 경영’이라고 되어 있고, 2008사업연도에 동 추진비용을 구

「조세특례제한법」제24조

〈2010.12.27. 개정전의 것〉에 의한 생산성향상시설 투자 세액공제에 해당되는 것으로 인식하여 세액공제한 사실이 있는바, 청구법인이 기업을 관리하는데 지출한 전사적 기업자원 관리시스템(ERP) 개발비용은 구

「조세특례제한법」제24조

〈2010.12.27 개정전의 것〉에 의한 생산성향상시설 투자 세액공제에 해당되는 것으로 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제에는 해당되지 않는 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점

시스템 개발용역을 의뢰하고 지출한 위탁개

발비용이

「조세특례제한법」제10조

(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제)에서 규정하는 세액공제 대상인지 여부

나. 관련 법령

(1)

조세특례제한법 제10조

【연구 및 인력개발비에 대한 세액공

제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성

서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제

외

한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세

연

도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이

하

“연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금

액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업 :

다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인 : 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비" 라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액

제24조 【생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제】① 내국인이 생산성향상을 도모하기 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2009년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 공정개선 및 자동화시설 중 대통령령이 정하는 시설

2. 첨단기술설비중 대통령령이 정하는 설비

4. 전자적 기업자원관리설비

5. 전자상거래설비

6. 자재조달ㆍ생산계획ㆍ재고관리 등 공급망을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 “공급망관리 시스템설비”라 한다)

7. 고객자료의 통합ㆍ분석，마케팅 등 고객관계를 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 “고객관계관리 시스템설비”라 한다)

8. 구매ㆍ주문관리ㆍ수송ㆍ생산ㆍ창고운영ㆍ재고관리ㆍ유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어，통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비

(2)

조세특례제한법 시행령 제9조

【연구 및 인력개발비에 대한 세

액공제】① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 소비성서비스업"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 말한다.

1. 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업을 제외한다)

2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및

「식품위생법 시행령」 제7조

에 따른 단란주점 영업에 한하며, 「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업을 제외한다)

3. 그 밖에 오락ㆍ유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업

② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각

과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한

다.

〔별표6〕

(3)

조세특례제한법 시행규칙 제5조의2

【그 밖의 소비성서비스업

의 범위】영 제9조 제1항 제3호에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다.

1. 무도장운영업

2. 도박장운영업(

「관광진흥법」 제5조

또는

「폐광지역개발 지원에 관한 특별법」 제11조

에 따라 허가를 받은 카지노업을 제외한다)

3. 의료행위가 아닌 안마를 행하는 안마업

제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별

표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은

「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조

에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

(4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조【기

업

부설연구소 등의 준수사항】① 제16조 제1항 및 제2항에 따른 기업부

설연구소 또는 전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 “연구전담요원등”이라

한다)은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해

당 기업은 연구전담요원등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 「관광진흥법」및

「폐광지역개발 지원에 관한 특별

법」에 따라 카지노 및 호텔업을 영위하는 사업자로

「

조세특례제한법」제

10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 법

인이라는 점에 대해서는 처분청과 청구법인간에 다툼은 없다.

(2)

쟁점시스템 구축과 관련하여

청구법인이

제시하는

‘PI/ERP 종

합

계획수립 및 시스템 구축 용역을 위한 제안요청서’ 내용은 아래와 같

다.

가) 추진 목적

ⓛ 카지노를 연계한 세계 최초의 종합리조트형 ERP시스템 구축

② 선진경영기법의 도입으로 프로세스 혁신, 경영혁신 및 스피드 경영 실현

③ 경영자원의 개별관리 체계를 전사적 통합 정보시스템 체계로 개편

나) 추진 배경 및 필요성

① 전사적 프로세스 혁신을 통한 경영성과의 극대화로 글로벌 경쟁우위 확보와 투명경영 및 윤리경영으로 신뢰확보

② 급변하는 외부환경 변화에 신속한 대응과 경쟁력 강화를 위

한 선진 관리체계 도입

다) 사업범위

① 전사 프로세스 혁신(PI) 수행 및 종합계획수립

② 전사적 자원관리(ERP) 시스템 구축(ERP패키지 도입, Add On 개발 포함)

③ 응용 S/W개발(CMS 및 일반업무 등)

④ 시스템 연계통합(EAI 솔루션을 이용한 신규 및 Legacy 시 스템 통합)

(3)

청구법인이 제시하는 쟁점시스템 개발과 관련한 위탁 개발비

용(쟁점용역비) 내역과 개발 위탁 및 재위탁 현황내역은 아래와 같다.

<쟁점시스템 개발 용역비>

(OO : O)

<쟁점시스템 개발용역의 위탁 및 재위탁 현황>

(OO : OO)

(4)

구

「조세특례제한법」제10조

의 연구 및 인력개발비에 대한 세

액

공제를 적용받는 비용은 구「조세특례제한법 시행령」별표6에서 열거

하여 규정하고 있으나, 기업의 전사적 기업자원관리 설비(

ERP)

등 시

스템

개발을 위한 위탁비용에

대해서는 명확한 규정이 없고,

위

탁 연구개발비용의 일종으로 해석(기획재정부 조예-36, 2005.1.13.,

국세청 법규-2998, 2007.6.15., 국세청 서면2팀-724, 2008.4.17. 외 다

수)하여 동 세액공제를 적용하여 오다가, 기업의

ERP 등 시스템

개발을 위한

위탁비용은 소프트웨어 구입비용의 일종으로서 단순 자산의

취득

행

위에 해당하는 것으로 보아 「조세특례제한법 시행령」별표6

을

개

정(2010.2.18. 대통령령 제22037호)하여 “전사적 기업자원 관리설

비 등 시스템개발을 위한 위탁비용은 제외”하였으며, 그 부칙에서

2010.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용하는 것으로 되어 있

다.

(5) 위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 쟁점용역비

가

「

조세특례제한법 시행령」별표6(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개

정

된

것)의 개정 전인 2008 ～ 2009 사업연도에 지출된 비용인 점, 기존

의 예규 등에서

ERP 등 시스템

개발을 연구전담부서를 보유한 법인에게 위탁하고, 당해 개발비용을 지출하는 경우에 세액공제가 가능한 것으로 해석하여 온 점,

세제지원대상인 기업부설연구소와 기업의 연구

개발전담부서는 자체적으로 영리 연구활동을 하는 독립기관이 아니

라, 기업의 일부로 존재하는 것이므로 그 용역의 계약을 전담부서가 아닌 그 기업과 하는 경우에도 연구 및 인력개발비 세액공제가 가능한 것으로 보이는 점 등을 감안(조심 2009서3678, 2010.9.1. 같은 뜻임)할 때, 청구법인이

OOO 및 OOO에게 위탁한

쟁점시스템 개발 용역비는 구

「조세특례제한법」제10조

의

연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 받을 수 있는 것으로 판단된

다.

다만, 쟁점용역비 중

OOO 및 OOO가

전담부서가 있는 업

체

에게 재위탁한

쟁점시스템 개발 용역

비용은 연구ㆍ인력개발비에 대

한 세액공제 대상(조심 2011서1923, 2012.6.8. 같은 뜻)이라고 하겠으나 전담부서가 없는 업체에게 재위탁한 용역비용은 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상이 아니므로 처분청은 이를 확인하여 해당 사업연도의 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

【관련법령】

「조세특례제한법」 제10조