특별행정심판례정보

【세목】

양도

【재결요지】

청구인이 출자당시 벤처기업으로 확인받거나 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업이 아니어서 양도소득세 과세특례적용대상으로 보기 어려움

【주문】

심판청구를 기각합니다.

【이유】

1. 처분개요 가 . 주식회사 OOO(이하 OOOOO이라 한다)은 온라인 게임개발 및 서비스업을 영위하는 법인으로 2001.4.2. 설립 되어 2002.6.3. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」(이하 “벤특법”이라 한다)에 따라 신기술기업에 따른 벤처기업으로 등록 되었다. 나 . 청구인은 2001.4.2. OOO의 설립시 20,000주, 2005.3.7. 무상증자로 54,448주를 취득한 후 2006.5.30. 47,570주, 2008.8.29. 23,370주를 각각 양도하고 2006.8.31. 2006년 귀속 양도소득세 90,425,430원 및 2008.10.10. 2008년 귀속 양도소득세 827,992,660원을 각각 예정신고 및 납부하였다. 다. 청구인은 양도한 2006.5.30. 47,570주 및 2008.8.29. 23,370주(이하 “쟁점 주식 ”이라 한다)에 대하여 「조세특례제한법」 제14조 제1항 제4호 및 같은 법 시 행령 제12조에 따른 양도소득세 과세특례 대상으로 판단하여 2009.3.6. 신고ㆍ납부한 양도소득세 2006년 귀속 90,425,430원, 2008년 귀속 827,992,660원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였고 처분청은 청구인 등의 경정청구에 대하여 쟁점주식이 양도소득세 과세특례 요건을 충족하지 아니하였다고 보아 2009.4.15. 거부처분하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 2009.6.26. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가.청구인 주장 「조 세특례제한법」 제14조 제1항 제4호에서는 “벤처기업에 출자함으로써 취득한 대통령령이 정하는 주식 또는 출자 지분” 에 대해서 소득세법상 양도소득으로 보지 아니한다고 규정하고, 그 취득의 방법에 대해서는 동법 제13조 제2항 각호에서 해당기업의 설립시에 자본금으로 납입하는 방법, 해당기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 방법, 해당기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입하는 방법, 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법을 제시하고 있으며, 그 벤처기업의 구체적 범위에 대해서는 동법 시행령 제12조 제1항에서 ‘창업 후 3년 이내인 벤처기업’ 또는 ‘벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업’으로 규정하고 있다. OOO은 창업 후 3년 이내에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 벤처 확인된 기업으로서 「조세특례제한법」제12조 제1항의 ‘창업 후 3년 이내인 벤처기업’에 포함되고, 청구인은 쟁점주식을 OOO의 설립시에 자본금을 납입하는 방법으로 취득하여 「조세특례제한법」제13조 제2항에서 규정한 취득방법을 준용하였는 바, 청구인이 양도한 쟁점주식은 「조세특례제한법」제14조 제1항 제4호에서 규정한 양도소득세 과세특례대상에 해당한다. 처분청은 ‘창업 후 3년 이내인 벤처기업에 출자한 것’의 의미 를 창업 후 3년 이내에 벤처기업으로 확인 받은 기업에 벤처기업 으로 확인 받은 이후에 출자한 것으로 해석하고 있으나, 이는 ‘창업 후 3년 이내인 벤처기업’의 의미가 ‘벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업’의 범위에 포함되어 ‘창업 후 3년 이내인 벤처기업’의 규정은 무의미한 문구가 되므로 타당하지 아니하며, [처분청의 해석]

	창업(설립)			벤처확인		3년
							1) 창업 후 3년 이내인 벤처기업
					2) 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업

처분청의 해석대로 법문의 과세특례 두 유형을 표시하면 상기 음영의 출자기간인 바, 1)의 “창업후 3년 이내인 벤처기업”의 출자기간이 아래 2)의 기간에 그대로 포함되어 1)로 규정한 유형은 무의미한 법조문이 된다. 또한 「조세특례제한법」제14조 제1항은 벤처기업의 창업촉진과 기존기업의 벤처기업으로의 전환을 목적으로 신설된 것이며, 조항의 신설취지에 따라 동법 동조 동항 제2호, 제2호의2, 제6호에서는 개인이 간접투자의 방법에 따라 창업자와 벤처기업으로 확인받은 기업에 투자를 하는 경우에 과세특례를 적용하고 있고, 제4호에서는 개인의 직접투자의 경우도 ‘창업 후 3년 이내인 벤처기업’(창업자)와 ‘벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업’(벤처기업으로 확인받은 기업)에 대해서 과세특례를 적용하고자 하는 것인 바, 이와 같은 조항의 신설취지의 관점에서도 창업자에 대한 직접투자에 해당하는 쟁점주식(청구인이 창업 후 3년 이내인 벤처기업에 설립시 자본금을 납입하는 방법으로 취득)은 과세특례대상에 해당되는 것으로 보아야 한다. 나.처분청 의견 청구인은 2001.4.2. OOO의 설립시 자본금 납입에 의하여 쟁 점 주식을 취득하였고, OOO은 2002.6.3. 신기술기업으로 확인받은 것이 벤처 기업확인서에 의하여 확인되므로 청구인이 출자당시 OOO은 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 에서 규정하는 벤처기업에 해당하지 아니한다. 「조세특례제한법」제14조 제1항 제4호 본문에서 「벤처기업에 출자함으로서 취득한 주식 또는 출자지분」으로 규정하고 동법 시행령 제12조 제1항 제1호에서 「창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것」으로 출자 당시 벤처기업일 것을 명확히 규정하고 있으며, 국세청 예규 OO OOOOOOOOO(2000.7.27.)에서 「양도세 과세특례가 적용되는 벤처기업의 주식 또는 출자지분이란 ‘출자당시 벤처기업’의 것을 말한다」라고 해석하고 있음에도 청구인은 「조세특례제한법」제14조 제1항 제4호 및 동법 시행령 제12조 제1항으로부터 3년 이내에 벤처기업으로 승인 받은 경우 해당기간의 모든 출자에 대하여 당해 과세특례 조항을 적용받을 수 있는 것으로 확대해석 내지는 자의적으로 해석하고 있다. 조세법 해석은 조세법률주의에 근거하여 문언대로 엄격해석하여야 하고 더욱이 「조세특례제한법」제14조 와 같은 과세특례 조항은 조세평등주의를 희생시키는 예외규정으로 즉, 특정 납세자에게 국가의 정책적 목적을 달성하기 위한 특별한 예외조항이므로 그 요건 해석은 조세법률주의에 근거하여 엄격하게 해석하여야지 확대해석 내지는 자의적으로 해석하여서는 아니된다. 3. 심리 및 판단 가.쟁점 쟁점주식이 「조세특례제한법」 제14조 제1항 제4호의 양도소득세 과세특례 적용대상이라는 청구주장의 당부 나.관련법령 (1) 조세특례제한법 제14조【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의 2ㆍ제3호ㆍ제4호 및 제6호의 규정에 의한 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우에 한한다)의 양도에 대하여는 「소득세법」 제94조 제1항 제3호의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의 2ㆍ제3호ㆍ제4호 및 제6호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우를 제외한다. 1. 중소기업창업투자회사 또는 「여신전문금융업법」 제3조 제2항의 규정에 의하여 신기술사업금융업만을 등록한 여신전문금융회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 2. 중소기업창업투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 2의 2. 한국벤처투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 3. 신기술사업투자조합이 신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 4. 벤처기업에 출자함으로써 취득( 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제13조 의 규정에 의한 조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 제13조【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】② 제1항을 적용할 때 출자는 중소기업창업투자회사ㆍ벤처기업출자유한회사ㆍ신기술사업금융업자 또는 기금운용법인등이 직접 또는 창투조합등을 통하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업자ㆍ신기술사업자 또는 벤처기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다. 1. 해당 기업의 설립시에 자본금으로 납입하는 방법 2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법 3. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입하는 방법 4. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법 (2) 조세특례제한법 시행령 제12조【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】① 법 제14조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분”이라 함은 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 5년이 경과된 것을 말한다. 1. 창업후 3년 이내인 벤처기업( 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것 2. 개인이 그와 「소득세법 시행령」 제98조 제1항 또는 「법인세법 시행령」 제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계(이하 이 항에서 “특수관계”라 한다)가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자이거나 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제13조 의 규정에 의한 조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것. 이 경우 「법인세법 시행령」 제87조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 동항 제6호 중 “100분의 50”은 각각 "100분의 30" 으로 본다. (3) 소득세법 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. 3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 감안하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장" 이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것 다. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식 등 (4) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조【정 의】① “벤처기업”이란 제2조의 2의 요건을 갖춘 기업을 말한다. 제2조의2【벤처기업의 요건】① 벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다. 1. 「중소기업기본법」 제2조 에 따른 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)일 것 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것 가. 다음 각각의 어느 하나에 해당하는 자의 투자금액의 합계(이하 이 목에서 “투자금액의 합계”라 한다), 기업의 자본금 중 투자금액의 합계가 차지하는 비율 및 그 비율을 유지하는 기간이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상인 기업 (1) 「중소기업창업 지원법」 제2조 제4호에 따른 중소기업창업투자회사(이하 “중소기업창업투자회사”라 한다) (2) 「중소기업창업 지원법」 제2조 제5호에 따른 중소기업창업투자조합(이하 “중소기업창업투자조합”이라 한다) (3) 「여신전문금융업법」 제2조 제14호에 따른 신기술사업금융업을 영위하는 자(이하 “신기술사업금융업자”라 한다) (4) 「여신전문금융업법」 제41조 제3항에 따른 신기술사업투자조합(이하 “신기술사업투자조합”이라 한다) (5) 제4조의 3에 따른 한국벤처투자조합 (6) 제4조의 8에 따른 전담회사 (7) 중소기업에 대한 기술평가 및 투자를 하는 금융기관으로서 대통령령으로 정하는 기관 나. 기업( 「기술개발촉진법」 제7조 제1항 제2호에 따른 기업부설연구소를 보유한 기업만을 말한다)의 연간 연구개발비와 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상이고, 대통령령으로 정하는 기관으로부터 사업성이 우수한 것으로 평가받은 기업 다. 다음 각각의 요건을 모두 갖춘 기업(창업하는 기업을 포함한다) (1) 「기술신용보증기금법」에 따른 기술신용보증기금(이하 “기술신용보증기금”이라 한다)이 보증을 하거나, 「중소기업진흥에 관한 법률」 제68조에 따른 중소기업진흥공단(이하 “중소기업진흥공단”이라 한다) 등 대통령령으로 정하는 기관이 개발기술의 사업화나 창업을 촉진하기 위하여 무담보로 자금을 대출할 것 (2) (1)의 보증 또는 대출금액과 그 보증 또는 대출금액이 기업의 총자산에서 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상일 것 (3) (1)의 보증 또는 대출기관으로부터 기술성이 우수한 것으로 평가를 받을 것 ② 제1항 제2호 나목 및 다목(3)에 따른 평가기준과 평가방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 다.사실관계 및 판단 (1)OOO은 2001.4.2. 온라인 게임 개발 및 서비스업을 주요 사업으로 하여 설립되었으며, 2002.6.3. 벤처기업으로 등록된 사실이 OOOOOOOOO OOOOOOOOOOO(2009.4.7.)에 의하여 확인된다. (2)청구인의 쟁점주식에 대한 양도소득세 신고납부현황은 다음과 같다. (주, 백만원)

(3)청구인은 OOO의 창업시에 출자후 3년 이내에 동 법인이 벤처기업으로 등록되었으므로 쟁점주식을 「조세특례제한법」제14조 의 규정에 의한 벤처기업에 대한 출자로 보아야 한다는 주장이고, 처분청은 청구인이 쟁점주식 출자 당시 OOO이 벤처기업으로 등록되거나 전환한지 3년 이내인 벤처기업이어야 양도소득세 과세특례 적용대상이라는 의견이다. (4) 「조세특례제한법」제14조 제1항 및 같은 법 시행령 제12조 제1항의 내용을 보면 “창업후 3년 이내인 벤처기업( 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대해 출자한 주식 또는 출자지분을 그 출자일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 양도소득세 과세특례가 적용된다.”고 규정하고 있는 바, 법인 설립 후 3년 이내에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항의 규정에 따른 벤처기업으로 전환된 경우 벤처기업으로 전환되기 이전에 출자된 당해 법인의 주식 또는 출자지분은 「조세특례제한법」제14조 제1항 제4호에 해당되지 않는 것(OOOOO OOOOOOOOO, 2010.4.8. 참조)이므로 청구인이 출자 당시 OOO은 벤처기업으로 확인받거나 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업이 아니어서 쟁점주식을 「조세특례제한법」 제14조 제1항 제4호의 양도소득세 과세특례 적용대상으로 보아야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

【관련법령】

「조세특례제한법」 제14조 【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】 / 「조세특례제한법시행령」 제12조 【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】