특별행정심판례정보

【세목】

법인

【재결요지】

결손금 소급공제를 적용받을 수 있는 중소기업 업종인 소프트웨어개발업을 영위하고 있음에도, 단지 소프트웨어개발업 등과 직접 관련한 수입금액이 발생하지 않았다 하여 법인세액의 환급을 거부한 처분은 부당함

【주문】

OO세무서장이 2010.5.10. 청구법인에게 한 2009사업연도 법인세 723,748,290원의 환급에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

【이유】

다. 사실관계 및 판단 (1) 법인세 과세표준 및 세액신고서, 소급공제 법인세액 환급신청서, 재무제표 등 부속서류, 결손금 소급공제 법인세 환급거부통지서, 원천징수 이행상황신고서, 부가가치세 과세표준신고서 등의 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실관계가 확인된다. (가) 청구법인은 소프트웨어 개발ㆍ자문 및 공급업을 영위하기 위하여 2003.5.30. 설립된 법인으로, 자본금은 660백만원으로 현재까지 그 사업을 계속하여 영위하고 있으며, 법인세 과세표준 및 세액신고서를 요약하면 아래 표와 같고, 청구법인은 직전사업연도 법인세액 751,305,164원에서 27,556,865원을 차감한 723,748,290원을 환급신청세액으로 하여 소급공제 법인세액의 환급을 신청하였으며, 그 세액에 대하여는 다툼이 없다. (OO O O) (나) 청구법인의 표준손익계산서와 대차대조표를 정리하면 아래 표와 같고, 그 중 영업외 수익 및 비용은 유가증권처분이익 및 유가증권처분손실과 관련된 금액이며, 원천징수 이행상황신고서에 의하면 직원 4～5명에게 매월 급여를 지급한 것으로 나타나고, 부가가치세 과세표준신고서에 의하면, 2010년 제1기에 6,068천원의 영세율 매출이 발생하였으며, 매월 10백만원에 상당하는 매입이 있는 것으로 확인된 다. (OO O OOO) (다) 처분청이 청구법인에게 한 ‘결손금 소급공제 법인세 환급거부통지서’에 의하면, 청구법인의 결손금은 「조세특례제한법 시행령」제2조 에서 규정하고 있는 중소기업을 영위하는 사업에서 발생한 것이 아니며, 또한 청구법인은 「법인세법」제72조 에서 규정하는 결손금의 소급공제를 적용받을 수 있는 중소기업에 해당되지 아니하는 것으로 판단되므로 결손금 소급공제에 의한 법인세액의 환급을 거부한다고 되어 있다. (2) 청구법인은 소프트웨어 개발ㆍ자문 및 공급업을 영위하기 위하여 2003년 설립하여 현재까지 그 사업을 실제 영위하고 있으며, 구체적으로 여행관련 포탈을 제작하여 OOOOOOO(O)O에 컨텐츠를 공급하고, OO(OOOOOO)로부터 광고를 유치하였으며, (주)OOOOOOOOO와 공동으로 문화컨텐츠 자동변환시스템 서비스 구축에 관한 소프트웨어 개발을 진행하는 등 컨텐츠와 소프트웨어의 개발사업을 영위하고 있다고 주장하며 제시한 증빙서류는 다음과 같다. (가) 연구위탁계약서 및 세금계산서에 의하면, 청구법인은 문화컨텐츠 자동변환시스템 서비스 구축에 관한 소프트웨어 개발을 공동사업으로 영위하기 위하여 (주)OOOOOOOOO와 2005.8.11. 연구위탁계약을 체결하고 세금계산서를 교부한 내역은 아래 표와 같다. (나) 서비스제휴계약서 및 세금계산서에 의하면, 청구법인이 여행관련 포탈을 공급하기 위하여 2006.4.26. OOOOOOO(O)O와 서비스제휴계약을 체결하고 세금계산서를 교부한 내역은 아래 표와 같다. (다) 외화수표 매입계산서에 의하면, 청구법인이 OO(OOOOOO)에 광고용역을 제공하고 대가를 받은 사실이 아래 표와 같이 나타난다. (라) 기술개발 용역계산서 및 해지합의서, 세금계산서에 의하면, 청구법인은 ‘휴대용 무선데이터 통신장치의 개발’ 사업과 관련하여 2009년 9월 (주)OOOO와 기술개발 용역계약을 체결하였으나, 해당 결과물인 제품의 개발에 따른 수익창출의 효과가 당초 예상과는 달리 미미할 것으로 판단되어 2010년 4월 동 계약을 해지하고 개발비용 5백만원을 지급(2010.4.8. 세금계산서 수수)한 사실이 나타난다. (마) 청구법인이 (주)OOOO와 2009.11.13. 체결한 업무협력을 위한 양해각서에 의하면, ‘디지털뷰의 신규서비스 개발’ 사업과 관련하여 당사자 간에 업무협력를 하기로 약정한 사실이 나타난다. (바) 청구법인이 2010년 6월 (주)OOOOO와 체결한 모바일 어플리케이션 공동개발 협정서에 의하면, 협정당사자가 모바일 비즈니스 사업의 추진을 위한 정보의 제공, 브랜드 어플리케이션 공동개발, 모바일 광고수익사업의 추진 등을 상호 협력하여 공동으로 진행하기 위한 계약을 체결한 사실이 나타난다. (사) 유가증권(주식) 거래를 하게 된 경위에 대하여, 청구법인은 코스닥 상장법인을 활용하여 소프트웨어 관련 기업을 인수하거나 새로운 사업을 추진하려고 하였고, 그에 따라 2007사업연도에 (주)OOOOOO 주식을 취득하였으나, 그 법인은 2008사업연도부터 신규사업의 부진 등의 사유로 경영이 어려워져 주식가치가 상당히 하락하였으며, 손실을 최소화하기 위하여 2008년말에 동 주식을 대부분 처분하였고, 2009년에는 보호예수 중이던 나머지 주식도 모두 처분하였는 바, 처분 당시의 거래가격에 따라 2008사업연도에는 이익이 발생한 반면 2009사업연도에는 손실이 발생하였는데, 만약 보호예수기간에 대한 제한이 없었다면, 2008년의 이익과 2009년의 손실이 대부분 상계되어 다액의 결손금 환급문제는 발생되지도 아니하였을 것이며, 동 주식의 처분손익은 중소기업 업종인 소프트웨어개발업을 영위하면서 사업을 확장하는 과정에서 불가피하게 일어난 것이고, 청구법인의 대표이사가 (주)OOOOOO의 대표이사로 취임한 것도 이를 뒷받침하는 것이며, 동 주식 외에는 다른 주식을 거래한 적이 없다고 주장하고 있으며, 동 주식의 거래내역은 아래 표와 같다. (OO O O, O) (3) 청구법인의 임원인 최OO과 그 대리인이 2010.12.29. 및 2011.3.3. 심판관회의에 출석하여 진술한 주요 내용은, 컨텐츠를 개발하는데 많은 시간이 소요되어 계약체결이 바로 매출로 이어지지 아니하는 것이나, 2009년 및 그 이전에 체결된 계약으로 인하여 2010년에 일부 매출이 발생하였고, 현재에도 계속하여 계약이 체결되면서 새롭게 추진하는 프로젝트도 있으므로 앞으로 매출이 발생할 것이며, 컨텐츠 개발에서 중요한 것은 아이디어이고 아이디어가 나오면 외주를 주어 개발할 수도 있기 때문에 적은 인원으로도 컨텐츠 개발이 가능한 것이고, 컨텐츠 시장의 주요 구매자인 다음과 네이버 등에 코스닥등록기업을 통하여 안정적인 컨텐츠를 공급할 목적으로 코스닥등록기업의 주식을 취득하였으나 이들 회사들과의 협상이 원활하게 진행되지 아니하여 이러한 사업구상을 포기하게 되어 부득이 코스닥등록기업의 주식을 매각하였을 뿐이지 컨텐츠 개발사업을 중단한 것은 아니며, 앞으로도 사업영역을 넓혀 교육 관련 컨텐츠를 개발하기 위한 연구를 계속하면서 청구법인을 운영하고 있다는 내용이다. (4) 살피건대, (가) 「법인세법」제72조 에 의한 결손금 소급공제를 적용받기 위한 요건을 살펴보면, ① 「조세특례제한법 시행령」제2조 의 규정에 의한 중소기업에 해당되어야 하고, ② 특정 사업연도에 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 환급을 신청하여야 하며, ③ 「법인세법」제60조 의 규정에 의한 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한하여 이를 적용할 수 있는 것이고, 또한, 「조세특례제한법 시행령」제2조 에 의한 중소기업 해당 여부는, ㉠ 상시 사용하는 종업원 수, 자본금 또는 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」별표1의 규정에 의한 규모 기준 이내이고, ㉡ 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호의 규정에 적합하여야 하며, 처분청이 과세근거로 삼은 관련 수입금액의 발생 여부에 대하여는 규정하고 있지 아니하다. (나) 처분청은 청구법인이 소프트웨어개발업 관련 수입금액이 발생되지 아니하여 결손금 소급공제를 적용받을 수 있는 중소기업에 해당되지 아니한다는 의견이나, 「법인세법 시행령」제110조 제1항에서 같은 법 제55조의2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세에 대하여는 결손금 소급공제 대상에서 제외한다고 규정하고 있을 뿐 그 밖에는 다른 제한사항을 규정하고 있지 아니한 점, 중소기업 해당 여부를 판단하는 「조세특례제한법 시행령」제2조 등에서도 수입금액 등이 발생되지 아니한 법인을 중소기업에서 배제한다는 규정이 없는 점, 법인이 사업을 한다는 의미는 그 내용이 정관에 규정되어 있고 그 표현된 사업을 영위하면 되는 것이므로 수입금액 등의 발생 여부를 당해 법인이 해당 업종을 영위하는지 여부의 판단기준으로 삼기는 어려운 점, 결손금의 이월공제나 소급공제는 일정기간, 소급공제의 경우 2년간 통산한다는 의미이므로 당해 법인이 존속하는 경우에는 결손금은 통산되어야 하는 점, 청구법인은 소프트웨어를 개발하고 관리하는 임직원을 상시 두고 인건비 등의 사업과 관련한 비용을 지출하고 있는 점, 청구법인이 제시한 증빙서류에 의하여 용역계약서를 작성하거나 양해각서를 체결하는 등 관련 수입금액이 일부 발생하여 소프트웨어개발을 위한 사업을 영위한 사실이 인정되는 점, 결손금 소급공제의 직접 원인이 된 주식거래는 청구법인이 소프트웨어개발업 등의 관련사업을 확장하기 위하여 일시적으로 행한 것으로 보이는 점, 이 건 업종은 그 특성상 계약이 체결되고 구체적인 업무의 진행방향이 확정된 후에 본격적으로 소프트웨어의 개발활동을 진행하면 관련된 인력을 보강하거나 프로그램을 구축하는 등의 추가 비용이 발생하게 되고, 소프트웨어의 개발이 완성되어 이를 공급함에 따라 매출이 일어나게 되므로 연구개발활동의 상당 부분이 선행된 뒤 매출액이 발생될 수밖에 없는 점 등을 감안하면, 청구법인은 「법인세법」제72조 에 의한 결손금 소급공제를 적용받을 수 있는 중소기업 업종인 소프트웨어개발업을 영위하고 있다고 보는 것인 타당함에도, 처분청이 단지 소프트웨어개발업 등과 직접 관련한 수입금액이 발생하지 아니하였다 하여 법인세액의 환급을 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다 .

【관련법령】

「법인세법」 제72조 【결손금 소급공제에 의한 환급】 / 「법인세법시행령」 제39조 【중소기업의 범위 등】