특별행정심판례정보

【세목】

양도

【재결요지】

쟁점법인의 경영상태가 악화되자 매수법인의 대금지급이 어렵게 되어 매매가액을 조정하게 된 것으로 보이고 청구인과 공동으로 쟁점법인을 경영하던 자의 매매가액 감액에 따라 청구인 역시 매매가액을 감액하게 된 것으로 보이는바, 당초 계약시 감액조건이 존재한다면 해당 감액사유 발생에 따른 당사자간 합의가 있다면 매매가액의 변경이 가능할 것이므로 이에 따라 변동된 권리ㆍ의무에 따라 양도가액을 정함이 타당한 것으로 보이므로 변경합의 내용에 따른 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있음

【참조결정】

조심2020서8160

【주문】

OOO서장이 2020.7.30. 청구인에게 한 2014년 귀속 양도소득세 OOO원의 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

【이유】

1. 처분개요 가. 청구인은 2014.11.18. 아래 <표1>과 같이 주식회사 AAA(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 발행주식 1,538,380주를 주식회사 BBB(이하 “매수법인”이라 한다)에게 OOO원(1주당 OOO원)에 양도하는 계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하고, 2015.2.28. 처분청에 양도소득세 과세표준을 신고(양도소득금액 : OOO원, 양도소득세 : OOO원)하였다. <표1> 청구인 등의 주식양도 내역 OOO 나. 청구인은 2020.5.29. 매수법인과 쟁점계약상 1주당 주식매매가액을 OOO원에서 OOO원으로 감액하여 주식양도가액을 OOO원에서 OOO원으로 변경하는 주식양수도계약 변경합의(이하 “쟁점변경합의”라 한다)를 하고 2020.5.31. 처분청에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.7.30. 청구인에게 이를 거부하는 통지를 하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.10.26. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 쟁점변경합의는 당사자간 유효하고 정당한 매매대금의 감액계약이므로 줄어든 양도소득금액에 해당하는 양도소득세를 환급함이 타당함에도 이를 거부한 이 건 처분은 부당하다. (1) 청구인은 쟁점계약 이후 특별한 사정 즉, 쟁점법인 매출이 현저히 감소한 점, 매수법인의 자금사정 및 AAA과 계약 형평을 고려할 필요가 있는 점에 따라 쟁점계약상 1주당 주식가액을 당초 OOO원에서 AAA과 같은 OOO원으로 낮추는 쟁점변경합의를 하였다. (가) 당초 주식매매 계약시 OOO회계법인에 의뢰하여 2014.9.30. 기준 쟁점법인의 1주당 가치는 OOO원으로 평가받았고, 계약시 이를 감안하여 주당 OOO원으로 계약하였다. (나) 그러나 이후 OOO 정치자금 스캔들의 영향과 각 현장별 사업중단사태로 인하여 매출액이 예상보다 현저히 감소(2014～2018사업연도 합계 매출 OOO원, 영업이익 OOO원)하여 1주당 가액을 감액(OOO원)하게 되었다. (다) 쟁점계약과 별도로 청구인의 동업자였던 AAA은 2014.12.17. 매수법인에게 쟁점법인 주식 2,309,380주를 OOO원(OOO원)에 매입하는 것으로 계약 후 수령한 계약금ㆍ중도금에 해당하는 양도가액 OOO원에 대하여 2015년 2월 중 양도소득세 신고를 하였고, 이후 매수법인의 자금사정이 어려워짐에 따라 1차적으로 2019.3.31. 주당가액을 OOO원으로 감액(매수가액 OOO원 감액), 그 후 2020.5.29. 일부 계약해제를 통하여 최종적으로 779,999주를 OOO원에 양도하는 것으로 확정하였다. (2) 계약변경의 법률효과는 당사자간 유효한 합의로 발생하는 것으로 쟁점변경합의 내용이 당초 계약에서 정한 계약변경의 범위를 벗어나더라도 이는 유효한 것이다. (가) 처분청은 당초의 주식 매매계약서 상 잔금 범위 내에서 매매대금을 감액할 수 있도록 한 내용을 근거로 계약서상 잔금 OOO원을 초과하여 OOO원을 감액한 쟁점변경합의를 부당한 계약변경이라고 하나, 당사자간 완전한 협의에 의해 이루어진 감액 OOO원 전체를 부인하는 것은 타당하지 않다. (나) 당초 매매계약 후 나중에 발생한 특별한 사정에 의해 일부 감액하기로 합의하였다면 양도소득세 신고대상인 양도대금은 감액된 대금으로 보아야 할 것인바(대법원 2018.6.15. 선고 2015두36003 판결, 같은 뜻), 계약변경 범위를 벗어났다는 이유로 해당 계약변경이 무효가 될 수는 없는 것이다. (다) 처분청은 AAA의 계약변경과 관련하여 당초 계약내용 상 ‘잔금(OOO원) 범위내’에서 감액되었다는 이유로 최초 OOO원이 OOO원으로 감액되는 것을 인정하였던 점을 감안하면 과세 형평성을 고려하였을 때 동일한 사정에 따라 감액이 이루어진 쟁점변경합의도 인정하여야 할 것이다. (3) 청구인은 쟁점계약의 1주당 가액의 감소로 매수법인에게 반환하여야 할 매도대금 OOO원과 매수법인이 2021.8.2. 실시한 유상감자 결과 매수법인이 청구인에게 지급하여야 할 OOO원을 상계하는 방식으로 감액된 매도대금 OOO원의 반환을 완료하였다. 나. 처분청 의견 쟁점계약 후 청구인의 양도소득세 납세의무는 쟁점계약과 과세표준 신고로 확정되었고 이후 이루어진 주식양도가액에 대한 변경합의는 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다. (1) 쟁점계약에 대하여는 2015.2.28. 양도소득세를 신고함으로서 납세의무가 확정된 사안으로 조세채무가 이미 확정된 경우 국가의 과세에 대한 기대권이 구체화된 점, 청구주장을 받아들일 경우 당사자간의 사후합의를 통하여 조세를 경감하고자 하는 유인이 발생할 수 있는 점을 고려해야 하고, 쟁점계약시 주식가치 평가요소상의 사정변경이 확인되지 아니하는 이상 매매대금의 일부를 감액하는 변경합의만으로는 정당한 사유의 변경합의로 인정될 수 없다. (2) 쟁점변경합의는 사후에 별도의 약정을 통해 매각대금을 조정한 것에 불과하다고 할 것으로 「국세기본법」제45조의2 에 따른 경정사유에 해당한다고 보기 어렵다. (가) 청구인이 제시하는 대법원 2018.6.15. 선고 2015두36003 판결의 경우 당초 계약시 “매각대금을 추후 회계법인 평가금액으로 변경할 수 있고, 이 경우 각 주식양도계약에 따른 잔금 역시 자동 수정되는 것”으로 하고 있는 경우임에 반하여, 본 건은 당초 정산합의와 관련한 특별약정이 없고, 잔금 OOO원을 매매계약 후 2년 이내 미지급금 OOO원을 제외하고 모두 수령하였다가 계약 후 5년이 경과한 시점에서 변경계약서를 작성하고 이를 근거로 경정청구를 하는 것은 위의 판례와는 다른 사안이다. (나) AAA의 경우 계약시 특약사항으로 “OOO 설치공사 사업에 대한 불가항력의 사유가 발생될 경우 추가된 수주분을 고려하여 재평가 후 잔금(OOO원)한도내에서 조정한다.”라고 명기하고 있는 반면에, 청구인은 계약서의 대금지급조항 중 단서 “OOO 계약 취소 등의 사유로 회사의 가치의 하락이 있을 경우, 잔금(OOO원) 범위 내에서 매매대금을 감액할 수 있다.”라고 하고 있어, AAA과 달리 특약사항도 아니고, 조정가능한 범위도 벗어났으므로 AAA과 동등하게 볼 수 없다. (3) 청구인은 이 건 관련된 다른 심판청구사건인 조심 OOO(2021.7.27.)에서는 청구인이 AAA보다 높은 단가로 계약한 것이 합리적 이유가 있었기 때문이라고 주장하여 인용받은 후, 이 건에 와서는 AAA과 형평을 유지하기 위하여 1주당 단가 가액을 동일하게 감액하였다고 주장하는 등 청구인 스스로 경우에 따라 상반된 주장을 펼치고 있는바, 이 같은 주장을 「국세기본법」 제45조의2 및 같은법 시행령 제25조의2 에 따른 후발적 경정청구의 부득이한 사유가 있는 것으로 보기 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 당사자간 합의에 따라 감액된 매매가액이 주식의 양도가액이라는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. (2) 국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. 1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. 1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때 2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때 3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때 4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 <부칙> (2014.12.23. 법률 제12848호 개정분) 제1조【시행일】이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 제7조【경정 등의 청구 기간 연장에 관한 적용례 등】① 제45조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정 또는 경정을 청구하는 분부터 적용한다. ② 제1항에도 불구하고, 이 법 시행 전에 종전의 제45조의2 제1항에 따른 청구기간이 경과한 분에 대해서는 제45조의2 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (3) 국세기본법 시행령 제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우 2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우 3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우 4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 다음과 같은 배경에서 쟁점법인 주식을 양수법인에게 양도하였다. (가) 쟁점법인은 1999.4.24. 설립되어 OOO 등을 위한 설비의 제조ㆍ판매업을 영위하고 있고, 2008.10.15. 청구인과 당시 쟁점법인의 대표이사였던 AAA은 협약서를 통해 쟁점법인의 주식을 50:50으로 소유하며, 청구인이 가지고 있던 ‘OOO’과 ‘OOO’과 관련한 특허권 일체를 AAA과 공동으로 소유하는 것으로 협약하였다. (나) 청구인이 쟁점법인을 AAA과 함께 공동으로 경영하던 중 OOO는 쟁점법인의 발행주식을 100% 취득하는 M＆A를 추진하게 되었고, 이 과정에서 2014.4.23. 특수목적회사(SPC)인 매수법인을 설립하였으나 이후 M＆A는 중단되었다. (다) 청구인은 2014.11.18. 쟁점법인주식을 매수법인에게 OOO원에 양도하는 쟁점계약을 체결하고 2014.12.19. 계약금과 중도금으로 OOO원을 받았고, 이 과정에서 매수법인의 유상증자에 참여하여 매수법인의 최대주주(지분율 98.6%)가 되었으며, 2020.5.29. 쟁점계약 양도가액을 약 OOO원으로 감액하는 계약을 체결하였다. (라) AAA은 청구인과 비슷한 시기인 2014년 12월에 매수법인에게 주식을 OOO원에 양도하는 계약을 체결하였다가 매수법인 자금부족으로 주식매수대금 OOO원 중 OOO원을 받지 못하게 되자 2019.3.31. OOO원을 감액하는 것으로 계약을 변경하였고, 2020.5.29. 1,529,391주에 대한 매매계약을 해제함으로써 최종 779,999주를 OOO원에 양도하는 것으로 계약을 변경하였다. (2) 청구인과 AAA의 주식 양도양수 계약과 변경합의내용은 다음과 같다. (가)청구인이 제출한 청구인과 AAA의 주식 양도양수 계약서에 따르면 계약서 주요 내용은 다음과 같고, 청구인이 매수법인으로부터 받은 주식매매대금의 내역은 아래 <표2>와 같으며, AAA은 계약금ㆍ잔금 OOO원만 수령한 후 2015.2.23. 양도가액 OOO원, 납부세액 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다. <청구인의 주식 양도양수 계약서(2014.11.18.)> OOO <표2> 청구인 주식매매대금 수령 내역 OOO OOO (나)다음 계약변경합의서 내용과 같이 AAA과 매수법인은 2019.3.31. 주식양도가액을 OOO원에서 OOO원으로 감액하는 것으로 합의하였다가 2020.5.29. 주식 1,529,391주를 반환하는 것으로 합의를 하였고, 청구인과 매수법인은 2020.5.29. 당초 계약한 주식 1주당 가액을 OOO원에서 OOO원으로 감액하였다. <청구인의 주식양수도계약 변경 합의서(2020.5.29.)> OOO OOO OOO (3) 쟁점법인의 주식가치 평가보고서 내용 및 연도별 경영실적은 다음과 같다. (가) 쟁점법인은 2014.11.17. OOO회계법인으로부터 주식가치평가를 받았고 평가결과 다음 <표3>과 같이 주당 OOO원으로 평가하였고, 주당순손익가치 평가시 2014년～2018년 매출규모를 다음 <표4>와 같이 추정하여 반영하였다. <표3> 주식 평가결과 요약 OOO <표4> 주당순손익가치 평가를 위한 미래 매출규모 추정 OOO (나) 처분청이 제출한 쟁점법인의 연도별 재무제표에 따르면 쟁점법인의 실제 경영실적은 위의 추정과 달리 아래 <표5>과 같이 영업손익이 적자로 전환되고 차입금이 대폭 증가하는 등 악화되었다. <표5> 쟁점법인의 연도별 매출액 추이(2014년～2018년) OOO (다) 청구인이 제출한 ‘OOO 설치공사 기본 및 실시설계 용역 보고서’ 등에 따르면 OOO는 2009년, 1일 처리량 1,300톤 규모의 3단계 OOO 시설을 설치하는 것으로 추진하다가 최종적으로 1일 처리량 768톤 규모 시설을 설치하는 것으로 규모가 축소되었다. (4) 청구인은 쟁점법인 주식 양도대금으로 2014년～2015년 기간 동안 매수법인의 유상증자에 참여하여 다음 <표6>과 같이 141,000주를 취득하여 매수법인의 최대주주가 되었고, 이후 매수법인은 유상감자를 통하여 주식 95,000주를 소각하였다. <표6> 매수법인 주주현황 OOO (가)매수법인이 제출한 임시주주총회의사록(2021.8.2.)에 따르면 매수법인은 2021.8.2. 다음과 같이 주당 OOO원으로 하여 95,000주를 소각하여 발행주식 총수 143,000주를 48,000주로 감소하였다. OOO (나) 청구주장에 따르면 상기 감자로 인해 청구인이 수령할 감자대가 OOO원은 쟁점계약 감액에 따라 청구인이 매수법인에게 반환하여야 하는 OOO원과 상계하였다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 거래 후 대금지급이 완료됨으로써 조세채권이 확정된 후 당초계약서상 허용된 감액범위를 벗어나서 한 쟁점변경합의를 통한 주식 양도가액 감액은 인정할 수 없다는 의견이나, 대법원은 당사자간 정산합의에 따라 당초 매매대금이 일부 감액되는 경우 특별한 사정이 없는 한 정당한 양도가액은 당초의 매매대금이 아닌 감액된 대금이 된다는 입장( 대법원 2018.6.15. 선고 2015두36003 판결, 같은 뜻)인바, 쟁점법인의 경영상태가 악화되었다는 내용이 비교적 상세히 소명되고 있고, 이로 인해 대금지급이 어렵게 되어 매매가액을 조정하게 된 사정과, 청구인과 공동으로 쟁점법인을 경영하던 AAA의 매매가액 감액과 형평을 맞추기 위하여 청구인 매매가액도 감액하게 된 사정이 인정되는 점, 당초 계약서상 감액조건이 존재하고 해당 감액사유 발생에 따른 당사자간 합의가 있다면 매매가액의 변경이 가능할 것이므로 이에 따라 변동된 권리ㆍ의무에 따라 양도가액을 정함이 타당한 것으로 보이는 점, 청구인은 감액 합의 후 자신이 반환할 양도대금 OOO원은 매수법인의 유상감자를 통해 자신이 받을 감자대가 OOO원과 상계함으로써 사실상 감액된 양도대금에 대한 반환을 완료하였는바, 「소득세법」상 권리의무확정주의라 함은 소득이 종국적으로 실현되지 아니한 경우에도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 적이 있기만 하면 무조건 납세의무를 지우는 것이 아니라는 취지( 대법원 2014.1.29. 선고 2013두18810 판결, 같은 뜻)를 감안할 때 감액을 통해 최종적으로 수령하지 않게 된 금액은 양도가액으로 보기 어려운 점, 이 건 경정청구는 법정신고기한으로부터 5년 이내에 청구되어 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부를 판단할 필요가 없는 점, 우리원의 선결정인 조심 2020서8160(2021.7.27.)과의 연관성을 고려하더라도 선결정의 경우 최초 계약시 청구인이 시가보다 높은 가격으로 양도할만한 정당한 사유가 있는지 여부가 쟁점이었다면, 이 건 청구는 사후적인 주식가치 감액사유 발생으로 주식가치가 하락함에 따른 당사자간 감액합의를 인정할지 여부, 즉 쟁점계약에 따른 주식의 실제거래가액을 얼마로 보아야 하는지가 쟁점인 것으로 서로 다투는 대상과 시점이 다른 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점변경합의 내용에 따라 양도가액을 감하여 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

【관련법령】

「소득세법」 제96조