특별행정심판례정보

【세목】

법인

【재결요지】

대물변제후 청구법인에 잔존하는 기말 현재 부동산 가액 만큼 과소계상되었으므로 부동산 가액이 과소계상되었다 하여 쟁점건물평가액을 익금산입한 것은 부당한 것임

【참조결정】

국심2005광2830 /

【주문】

OO세무서장이 2008.8.14. 청구법인에게 한

2003사업연도 법인세 1,351,891,150원의 부과처분은

1. 청구법인이 2003사업연도 법인세 신고시 세무조정 익금산입한 간주임대료 48,487,438원이

「조세특례제한법」제138조

에 규정된 임대보증금 등의 간주익금가산대상에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고,

2. 나머지

심판청구는 기각한다.

【이유】

1. 처분개요

가.청구법인은

2003사업연도 법인세 과세표준 신고시, OOOOO OOOO(O OOOO OOOO, OO OOOOOOOOO OO)에 대한 공사비가 전액 반제되어 미지급금이 없는데도 9,303,843,000원(이하 “쟁점미지급금”이라 한다)이 남아 있는 것으로 하고, 건물 가액을 취득원가에 의하지 않고 감정가액으로 임의 평가하여 건물의 장부가액을 2,201,832,000원(이하 “쟁점건물평가감액”이라 한다) 감액하였다.

나.처분청은

2008.8.14. 청구법인에 대한 법인세 조사 결과 쟁점미지급금을 채무면제익으로 보고 쟁점건물평가감액을 임의평가감으로 보아 각각 그 금액을 익금산입하여 2003사업연도 법인세

1,351,891,150원을 경정ㆍ고지하였다.

다.

청구법인은 이에 불복하여 2008.11.12. 이의신청을 거쳐 2009.3.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1)청구법인이 OOOOO에 미지급 공사비를 대물변제하기 위해 청구법인 소유 전체 부동산을 감정가액으로 평가시 발생한 평가손실액 6,200,423,000원(장부가액-감정가액)을 고정자산처분손실로 보아 손금으로 인정하여야 한다.

(2)청구법인이 개별법으로 매매사업용 부동산을 적법하게 평가하여 신고하였는데도

임의평가감한 것으로 보아 익금산입한 것은 부당하다.

(3)청구법인은 간주임대료 익금산입 규정이 적용되는 법인이 아닌데도 이를 잘 모르고 간주임대료 2002사업연도

72,770,108원, 2003사업연도48,487,438원을 각각 해당 사업연도의 익금에 산입하여 신고하였으니, 이를 익금불산입하여야 한다.

(4)2003사업연도에 지급하였으나 손금계상하지 아니한 유한회사 OOOOOO(OO OOOOOOOOO OO)의 청소ㆍ관리비 청구에 OO OOO OOO,OOO,OOOO, OOOO OOOO OO OOOOO OOO OOO OOO OOO OOO,OOO,OOOO(OOO OO,OOO,OOOO, OOO OO,OOO,OOOO), OOOO OOOO(OO OOOOOOOO OO)의 소송취하 합의금 180,000,000원 등 제비용 407,004,918원(이하 “쟁점부외경비”라 한다)을 손금으로 인정하여야 한다.

나.처분청 의견

(1)청구법인과 OOOOO은 2003.11.17. 공사비에 대한 화해를 하여 2003.12.31. 현재 OOOOO에 대한 공사비 미지급금이 전액 소멸하였는데도 장부상 쟁점미지급금을 계상하고 있어 그 금액을 채무면제익으로 보아 익금산입한 것은 정당하다.

(2)취득가액으로 정당하게 계상된 건물가액을 기말에 감정가액에 의하여 임의로 감액하였으므로 쟁점

건물평가감액을 익금산입한 것은 정당하다.

(3)청구법인은 차입금 과다법인으로서 부동산임대를 주업으로 하는 간주임대료 익금산입 규정이 적용되는 법인이며, 청구법인 스스로 간주임대료를 익금산입하여 신고한 것이므로 청구주장은 이유없다.

(4)쟁점부외경비가 법인의 업무와 관련하여 지출된 비용인지 객관적인 증빙에 의하여 확인되지 아니하여 손금으로 인정하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가.쟁점

①청구법인이 OOOOO에 미지급 공사비를 대물변제하기 위해 청구법인 소유 전체 부동산을 감정가액으로 평가시 발생한 평가손실액 6,200,423,000원(장부가액-감정가액)을 고정자산처분손실로 보아 손금으로 인정하여야 한다는 주장의 당부

②청구법인이 개별법으로 매매사업용 부동산을 적법하게 평가하여 신고하였는데도 2,201,832,000원을 임의평가감한 것으로 보아 익금산입한 것은 부당하다는 주장의 당부

③ 청구법인은

간주임대료 익금산입 규정이 적용되는 법인이 아니므로 익금산입 신고한 121,257,546원(2002년72,770,108원, 2003년48,487,438원)을익금불산입 하여야 한다는 주장의 당부

④ 손금계상하지 않은 부외경비인 위약금 등 407,004,918원(OOO OO,OOO,OOOO, OOO OO,OOO,OOOO, OOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOO OOO,OOO,OOOO)을 손금으로 인정하여야 한다는 주장의 당부

나.관련법령

(1)

국세기본법 제26조의2

【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.(단서 생략)

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과 할 수 있는 날부터 5년간

(2)

법인세법 제15조

【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

③ 제1항의 규정에 의한 수익의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제22조 【자산의 평가차손의 손금불산입】내국법인이 보유하는 자산의 평가차손은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 제42조 제2항 및 제3항의 규정에 의하여 자산을 평가함에 따라 발생하는 평가차손은 그러하지 아니하다.

제42조 【자산ㆍ부채의 평가】③ 다음 각호의 1에 해당하는 자산은 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 방법에 의하여 그 장부가액을 감액할 수 있다.

1. 재고자산으로서 파손ㆍ부패 등의 사유로 인하여 정상가격으로 판매할 수 없는 것

2. 고정자산으로서 천재ㆍ지변ㆍ화재 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 파손 또는 멸실된 것

(3)

법인세법 시행령 제11조

【수익의 범위】법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

6. 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액

제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

17. 제1호 내지 제16호 외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

제54조 【기준초과차입금이자의 손금불산입】① 법 제28조 제2항에서 “대통령령이 정하는 자기자본”이라 함은 다음 각호의 금액 중 큰 금액을 말한다.

1. 당해 사업연도종료일 현재 대차대조표상의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함하며, 미지급법인세를 제외한다)의 합계액을 공제한 금액

2. 당해 사업연도종료일 현재의 납입자본금(자본금에 주식발행액면초과액을 가산하고 주식할인발행차금을 차감한 금액으로 한다)

③ 법 제28조 제2항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 총차입금 또는 자기자본은 적수로 계산하되,(이하 생략)

제74조 【재고자산의 평가】① 제73조 제1호의 규정에 의한 재고자산의 평가는 다음 각호의 1에 해당하는 방법(제1호의 경우에는 동호 각목의 1에 해당하는 방법을 말한다) 중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의한다.

1. 원가법 : 다음 각목의 1에 해당하는 방법에 의하여 산출한 취득가액을 그 자산의 평가액으로 하는 방법

가. 재고자산을 개별적으로 각각 그 취득한 가액에 따라 산출한 것을 그 자산의 평가액으로 하는 방법(이하 “개별법”이라 한다)

④ 법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 납세지 관할세무서장이 선입선출법(매매를 목적으로 소유하는 부동산의 경우에는 개별법으로 한다)에 의하여 재고자산을 평가한다. 다만, 제2호 또는 제3호에 해당하는 경우로서 신고한 평가방법에 의하여 평가한 가액이 선입선출법에 의하여 평가한 가액보다 큰 경우에는 신고한 평가방법에 의한다.

1. 제3항 제1호의 규정에 의한 기한내에 재고자산의 평가방법을 신고하지 아니한 경우

2. 신고한 평가방법외의 방법으로 평가한 경우

3. 제3항 제2호의 규정에 의한 기한내에 재고자산의 평가방법 변경신고를 하지 아니하고 그 방법을 변경한 경우

(4)

조세특례제한법 제135조

【차입금 과다법인의 지급이자 손금불산입】① 법인의 자기자본에 대한 차입금의 비율 등을 감안하여 대통령령이 업종별로 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인이 다른 법인의 주식 또는 출자지분(대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분을 제외한다)을 보유하는 경우 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

제138조 【임대보증금 등의 간주익금】① 제135조 제1항의 규정에 의한 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 내국법인으로서 부동산임대업을 주업으로 하는 법인(비영리내국법인을 제외한다)이 대통령령이 정하는 주택을 제외한 부동산 또는 그 부동산에 관한 권리 등을 대여하고 보증금ㆍ전세금 또는 이에 준하는 것을 받은 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을

법인세법 제15조

제1항의 규정에 의한 익금에 가산한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 차입금의 범위, 주업의 판정기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5)

조세특례제한법 시행령 제129조

【차입금과다법인의 지급이자 손금불산입】① 법 제135조 제1항에서 “대통령령이 업종별로 정하는 기준”이라 함은 다음 각호의 기준(이하 이 조에서 “업종별 기준”이라 한다)을 말한다.

4. 제1호 내지 제3호 외의 사업 : 자기자본의 2배에 상당하는 금액

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 총차입금，자기자본과 당해 법인이 보유하고 있는 법 제135조 제1항의 규정에 의한 다른 법인의 주식 또는 출자지분의 가액은 적수로 계산하되, 그 다른 법인의 주식 또는 출자지분의 가액은 장부가액으로 하고, 차입금의 범위에 관하여는

법인세법시행령 제54조

제2항의 규정을 준용하며, 자기자본의 계산에 관하여는

법인세법시행령 제54조

제1항의 규정을 준용한다.

제132조 【임대보증금 등의 간주익금】② 법 제138조 제1항에서 “부동산임대업을 주업으로 하는 법인”이라 함은 당해 법인의 사업연도 종료일 현재 자산총액 중 임대사업에 사용된 자산가액이 100분의 50 이상인 법인을 말한다. 이 경우 자산가액의 계산은

소득세법 제99조

의 규정에 의하며, 자산의 일부를 임대사업에 사용할 경우 임대사업에 사용되는 자산가액은 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 계산한다

(6)

소득세법 제99조

【기준시가의 산정】① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

가. 토 지 (1995.12.29. 개정 ; 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 부칙)

지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

나. 건물

건물(다목의 규정에 해당하는 건물을 제외한다)의 신축가격ㆍ구조ㆍ용도ㆍ위치ㆍ신축연도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액

다.사실관계 및 판단

(1)사실관계

(가)

청구법인은 1996.6.18. 설립되었으며, 청구법인 소유의 OOOO OOO OOO OOOOOO 대지 2,302.50㎡에 지하 4층 지상 10층 연면적 6,010㎡의 빌딩을 신축하여 건물의 71%를 임대하고 나머지 29%는 분양하는 경우를 상정하여 OOOOOO OOOOOOO으로 공사계약을 체결하였으며, 공사대금은 부가가치세를 포함하여 182억 1,160만원으로 하여 분양 및 임대금액으로 수수하기로 약정하고 1996.8.27. 착공하여 1998.6.13. 건물의 사용승인을 받아 1998.8.11. 건물에 관하여 소유권보존등기를 마쳤으나 외환위기 여파 등으로 분양 및 임대율이 약 12 ～13%에 불과하여 공사대금 정산이 어려워지자, 2003.11.17. 법원의 화해조서(OOOOOO OOOOOOOOO OOOO)에 따라 OOOOO에서 청구법인 소유의 전체 부동산(장부가액 : 20,773,323,000원)을 아래와 같이 14,572,900,000원으로 평가하여 그 가운데 장부가액 12,611,071,000원(감정가액은 7,469,600,000원이며 그 금액에 대한 세금계산서와 계산서를 발행ㆍ교부함)에 해당하는 건물 및 토지로 OOOOO에게 공사비 미지급금 16,773,443,095원을 전액 정리하는 조건의 대물변제를 함으로써 청구법인은 아래와 같이 고정자산처분손실

5,141,471,000원

및 채무면제익

9,303,843,095원

이 발생하였는 바, 청구법인은

장부가액과 감정가액의 차액(①-②) 6,200,423,000원을 고정자산 처분손실로 인정하여 손금산입하여야 한다고 주장한다.

(OO O O)

(나)청구법인은 OOOOO과의 공사비 미지급금의 대물변제에 따른 화해로 공사비 미지급금 16,773,443,095원이 감소하였는데도 7,469,600,000원이 감소한 것으로, 건물은 11,170,121,000원이 감소하였는데도 13,371,953,000원이 감소한 것으로, 고정자산 처분손실은 5,141,471,000원 발생하였는데도 7,343,302,557원이 발생한 것으로 기장하여, 채무면제익 9,303,843,095원을 익금산입누락하고, 고정자산처분손실 2,201,831,557원을 과대계상하였다.

(다)청구법인의 2002～2003사업연도 차입금 적수는 5,840억원이고 자기자본 적수는 365억원이어서 차입금과다 보유법인에 해당하나, 2002사업연도 및 2003사업연도 종료일 현재 자산총액 가운데 임대사업에 사용된 자산가액이 아래 내역과 같이 100분의 50에 미달한다고 주장하면서 건물 및 부속토지의 기준시가 계산서를 제시한다.

(OO O OOO, O)

(라)청구법인이 법원을 통한 화해에 따라 OOOOO과의 공사비 미지급금을 변제하면서 변제대상 부동산의 제한물권(압류, 가압류)을 말소하기 위해 2003.12.4. 청구법인, OOOOO, OOOOO OOO OOOO OO OOO OO, OOOO은 2003.12.4. 까지 임차보증금 인상분 399,000,000원과 대출금 1,500,000,000원을 변제대상 부동산의 제한물권을 말소하기 위한 용도로 청구법인의 계좌에 입금하고, OOOOO은 청구법인이 OOOO으로부터 입금받은 상기 금원을 청구법인으로부터 지급받아 제한물권을 말소한다고 되어 있다.

OOOOO OOOO OOOO

1)정OO OOO OO,OOO,OOOOO OOO OOO OO,OOO,OOOOO OOOOO OOOO(OOOOOOOOOOOOOOOO)에서 2003.12.5. 인출하여 지급하였다면서 통장사본을 제시하고 있는 바, 111,000,000원이 그날짜에 출금된 것으로 나타나나 그 돈을 당일 정OOO OOO에게 지급하였는지는 확인되지 아니하며, 위약금에 관련된 사안을 합의한 날이 정OOO OOOOOOOOOO OOO은 2004.7.7. 이고 청구법인의 2004사업연도 결산서에 그 금액이 잡손실로 계상되어 있다.

2)OOOOOO에 1998년 8월부터 2000년 2월까지의 건물관리비 116,004,918원을 지급하였다면서, 증빙서류로 OOOOOO OOOO OOOO OOO(OOOOOO OOO OOOOOO)OOO OOOOOOOOOO O OOO OO, OOOOOO OOO OOOO OOOOO(OOOOOOOOO), OOO(OOOOOOOOOOO), OOO(OOOOOOOOOOO) O OOO OOOO O, OOO OOOOO OO, OOOOOO OOOO OOOO OOO(OOOO O OOOOOO OOO OOOOOO, OOOO O OOOOOOOOOO)O OOOO OOOO OOOOOO OOOO OOOOO, OOOO OOOO OOOO OOOO OOOOO, OOOOO OO O OOO OOOOO OOO,OOO,OOOOOO OO OO, OOOOOO OOOOOOO(OOOO O OOOOO OOOOOO, OOOOOOO O OOOOOOOOOO)OO OOOO OOOO OOOO OOOO OOOOO OOOOO OOO,OOO,OOOOOO OOOOOOO OOO OOOO OOOOOO, OOO OOOO OOOO(OOO)OO OOOOOO OOOO OOOOOO OOOO OOOOOO OOOOO OOO OOO OOOO OO OOO OOO OOOO OOOO OOO, OOOOOO OOO OOOO OOOOOO OO OOOO OOOOOO OOOOOO OOOOO OO OOOO OOOO(청구법인)의 건물준공일부터 2000년 2월까지 청소용역을 제공하였으나, 그 대금을 받지 못한 채 청구법인의 부도로 부득이 2000년 2월말경 제기한 건물관리비(청소용역비) 청구소송에서 승소하여 2003.12.10. OOOO에 의한 공탁금 116,004,918원을 수령한 사실이 있다.”고 되어 있고, 청구법인의 2004사업연도 잡손실 계정에 OOOO합의금 16,000,000원이 계상되어 있다.

3) OOOOO OOO,OOO,OOOOO OOO OOO OOOO OO OOO(OOOO O OOOOOOOOOOOO OOOOOOOOO OOOOOO, OOOO O OOOOOOOOOOO)O OOOOO OO, OOO OOOO OOOO OOOO OOOO, OOO OOOO OOOO OOOO OOOOO

OOOOO OOO(OOOO)O OO(OOOO)에게 금 151,624,000원(임대보증금) 및 이에 대한 1999.9.29. 부터 같은 해 12.10.까지 연 5푼, 그 다음날부터 완제일까지 연 2할 5푼의 각 비율에 의한 금원을 지급한다.”고 되어 있다.

(2)판단

(가)쟁점①에 대하여 본다.

청구법인은 OOOOOO OOOOOOOOOOO OOO OOOO OOO OOOO OOOOOO O O OOO OOOOO에 대물변제하기로 함에 따라, 대물변제분을 포함한 청구법인 소유의 전체 부동산에 대한 평가손실 6,200,423,000원(장부가액 20,773,323,000원-감정가액 14,572,900,000원)이 발생하였으므로 그 금액을 손금으로 인정하여야 한다고 주장하나, 그 금액은 고정자산 처분손실이 아니라 임의 평가손실로서 손금산입 대상이 아니라고 판단된다.

(나)

쟁점②에 대하여 본다.

청구법인이 OOOOO에 대물변제한 부동산의 정당한 장부가액은 취득원가에 의하여 산정된 12,611,071,000원인데도, 청구법인은 감정가액인 14,812,903,000원으로 함에 따라 장부가액이 2,201,832,000원(14,812,903,000원-12,611,071,000원)이나 과다하게 계상되어 그 금액만큼 원가가 증가하여 고정자산 처분손실이 과대계상됨으로써, 대물변제후 청구법인에 잔존하는 기말 현재 부동산 가액도 그 금액 만큼 과소계상되었으므로 처분청이 부동산 가액이 과소계상되었다 하여 쟁점건물평가액을 익금산입한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

(다)쟁점③에 대하여 본다.

청구법인은 2002～2003사업연도 법인세 신고시 스스로 계산하여 익금산입한 간주임대료에 대해, 실제로는 간주임대료의 익금산입규정이 적용되는 법인이 아닌데도 착오로 신고하였으니, 익금불산입하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

1)

「조세특례제한법」제138조

제1항의 규정을 보면, 간주임대료 익금산입 규정이 적용되는 법인은 차입금 과다 보유 법인으로서 부동산임대업을 주업으로 하는 법인(당해 사업연도 종료일 현재 자산총액 중 임대사업에 사용된 자산가액이 100분의 50이상인 법인)을 의미하므로 위 2가지 요건을 모두 충족하여야 한다.

2)청구법인이 차입금을 과다하게 보유한 법인임은 재무제표에 의하여 확인할 수 있으나, 청구법인은 각 사업연도 종료일 현재 자산총액 중 임대사업에 사용된 자산가액이 2002사업연도에는 17.9%, 2003사업연도에는 32.8%로 그 점유비가 100분의 50에 미달하여 간주임대료 익금산입 규정이 적용되는 법인에 해당하지 않는다면서 이미 신고한 간주임대료를 익금불산입하여 2002사업연도의 공제대상 이월결손금이 증액되도록 하고 2003사업연도의 과세표준이 감액되도록 하여야 한다고 주장하는 바, 이에 대하여 처분청은 청구법인이 스스로 익금산입하였다는 의견만 제시할 뿐 청구법인의 주장이 부당하다는 데 대한 구체적인 의견제시 없이 신빙성이 없다고만 하고 있고, 청구법인이 제출한 “기준시가계산서”의 내용이 사실과 다름이 없는지 여부를 임대차계약서 등 원시 증빙자료와 사실확인 등은 없는 것으로 나타난다.

3)한편, 세무상 결손금이란 어느 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액을 의미하므로 설령 그 초과금액이 아직 법인의 법인세 과세표준 및 세액의 신고나 과세관청의 법인세 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정에 의하여 확정되지 않았다고 하더라도 법인세법상의 세무상 결손금에 해당한다고 보는 것이 타당한 바, 법인세법상의 세무상 결손금이란 특정 사업연도의 익금의 총액을 초과하는 손금의 금액 중 과세표준과 세액의 확정절차(신고ㆍ수정신고ㆍ결정 및 경정)를 통하여 확정된 결손금만을 의미하는 것이 아니고, 설령 확정절차를 거쳐 확정되지는 않았다고 하더라도 특정 사업연도의 손금의 총액이 그 사업연도의 익금의 총액을 초과하고 있다면 그 실체적으로 존재하는 손금 초과액이 세무상 결손금에 해당하는 것이며, 이월결손금은 법정 공제기간인 5년 이내에서 먼저 발생한 것부터 순차로 공제하여야 할 것으로, 국세부과의 제척기간이 경과되기 전에 세법상 결손금으로 확정되어 그 후 사업연도로 이월된 경우에는 이를 이월결손금으로 공제할 수 있는 것이나, 2002사업연도 간주임대료 익금산입액은 이 건 처분 당시 처분청이 공제대상 이월결손금에 해당되는지를 경정 등을 통하여 확정하여야 하는데, 이미 부과제척기간이 경과되어 결손금에 해당되는지 여부에 대한 경정이 불가능한 것으로 해석함이 타당(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO OO)하므로, 2003사업연도 간주임대료 익금산입분에 대해서만 재조사하는 것이 타당하다고 판단된다.

(라)쟁점④에 대하여 본다.

1) 정OO OOO OO,OOO,OOOOO OOO 위약금 58,000,000원은 청구법인의 2004사업연도 결산서에 잡손실로 손금계상되어 있는데도, 그 금액이 2003.12.5. 통장에서 인출되었다 하여 그날 지급된 것으로 보아 2003사업연도의 손금으로 인정하여야 한다고 주장하나, 위약금에 관련된 사안을 합의한 날이 정OOO OOOOOOOOOO OOO은 2004.7.7. 이어서 2003년에 상기 금액을 지급할 의무가 확정되었다거나 실지 지급되었다고 보기 어려워 그 금액을 청구법인의 2003사업연도 손금으로 인정하여야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

2)OOOOOO에 건물관리비 116,004,918원을 지급할 의무가 있다는 사실이 법원의 결정서와 공탁서를 통하여 알 수 있고, 청구법인의 재무제표에 1998사업연도 건물관리비 36,971,380원을 계상한 사실 및 OOOOOO 대표이사의 사실확인서 등에 의하여 청구법인의 주장이 일리있는 것으로 보이나, 건물관리용역의 공급시기가 1998년 8월에서 2000년 2월까지로 이 건 처분 당시(2008.8.14.) 이미 부과제척기간이 경과하여 쟁점③에서 본 것과 같은 사유로 그 경정이 불가능한 것으로 해석함이 타당하다고 보이므로 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

3)청구법인은 OOOO에 대한 임대보증금이 2003사업연도 장부에 계상되어 있지 않았는데도 이를 지급한 것은 이중으로 지급한 것으로 판단되니 그 금액을 손금으로 인정하여야 한다고 주장하나, 청구법인의 장부에 OOOO 건물 임대보증금이 계상되어 있지 않다 하여 그 금액을 이중으로 지급한 것이라고 단정하기는 어렵다고 보인다. 한편 청구법인이 OOOO에 반환할 의무가 발생한 임대보증금은 OOOOOO의 판결서에 의하여 확인되는 151,624,000원인데도 2003.12.4. OOOO에 지급한 금액은 180,000,000원임이 은행통장에 의하여 확인되나 그 차액 28,376,000원이 청구법인의 주장처럼 2003사업연도의 손금에 해당하는 위약금인지에 대한 증빙이 없어 그 금액을 2003사업연도의 손금으로 인정하여야 한다는 주장 역시 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

【관련법령】

「법인세법」 제15조 【익금의 범위】