특별행정심판례정보

【세목】

부가

【재결요지】

법인이 제시하는 소명내용등을 볼 때 거래시 O반적으로 요구되는 주의의무를 다한 선의의 거래당사자라고 할 수도 없어 부가가치세를 추징한 처분은 타당

【주문】

처분청이 2000.3.21 및 2000.6.15 청구법인에게 한 97.1기분 부가가치세 19,500,000원과 1997.1.1～12.31 사업연도 법인세39,144,540원, 1997년도분 갑종근로소득세(원천분) 63,387,390원의 부과처분은

1. 청구법인이 알미늄샷시 및 크린룸 설치공사와 관련하여 지급한 80,450,000원을 공사원가로 인정하여 법인세과 갑종근로소득세(원천분)의 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 기각합니다.

【이유】

1. 처분개요

청구법인은 충청남도 연기군 전동면 OO리 소재 OOOOOOO제약(주)로부터 동사의 OO연구소(OOOOOOO센타) GMP 공조설비공사를 수주받아 그 중 건축공정에 해당하는 알미늄샷시 및 크린룸 설치공사를 하도급 주고 경기도 안산시 O동 OOOOO 청구외 OOO(OO건업)로부터 1997.6.28 150,000,000원(공급가액)의 세금계산서를 교부받아 1997.1기 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제하고, 동 금액을 공사원가에 산입하여 1997.1.1～12.31 사업연도 법인세 신고를 하였다.

처분청은 청구외 OO건업(OOO)이 자료상으로 확정되어 검찰에 고발된 사업자라는 이유로 위 공사와 관련하여 수취한 세금계산서상의 부가가치세 매입세액을 불공제 하고 실물거래 없는 가공거래로 보아 공사원가를 부인하여 2000.3.21 청구법인에게 1997.1기 부가가치세 19,500,000원과 1997.1.1～12.31 사업연도분 법인세 39,144,540원을 경정 고지하고 부가가치세액을 포함한 매입금액 전액을 대표자 상여처분하여 소득금액 변동통지하고 2000.6.15 원천징수의무자인 청구법인에게 1997년도분 근로소득세(원천분) 63,387,390원을 고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2000.5.30 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 청구외 OOOOOOO제약(주)로부터 수주받은 GMP 공조설비공사(전체공사비 360,000,000원)중 알미늄샷시 및 판넬공사를 150,000,000원에 하도급 준 사실과 관련하여 부가가치세 경정조사를 받는 과정에서 OO건업이 자료상으로 고발되었다는 것을 처음 알았으며,

당초 청구법인은 하도급 계약시 청구외 OO건업(OOO)로부터 견적서를 제출받고 사업자등록증을 확인하는 등 정상사업자 여부를 확인한 후 세금계산서를 수취하여 거래에 따른 주의의무를 다하였고, 공사대금은 원래 공사계약에 따라 발주자인 OOOOOOO제약(주)에서 시설자금으로 지불하였으며, 실제로 실물거래가 있었던 만큼 단지 자료상과의 거래라는 이유만으로 거래금액 전체를 부인, 과세하는 것은 부당하며,

이 건 공사원가는 실제 공사에 따른 것으로 손금산입대상이고, 또한 원가를 과다계상한 사실이 없음에도 총수주액의 42%에 해당하는 금액을 가공원가라고 하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

세금계산서 발행자인 OO건업 OOO는 1997.1기～1997.2기중 청구법인등 7개 거래처에 실물거래없이 871,533,680원(공급가액)의 세금계산서를 교부하여 사업장 관할세무서장에 의해 자료상으로 고발된 사업자이며, 청구법인은 이 건 거래에 대해 선량한 거래당사자로서 주의의무를 다하였다고 볼 수 있는 증빙을 제시하지 못하고 있어 처분청이 1997.1기분 부가가치세를 추징한 처분은 정당하며,

공사원가와 관련한 OO건업(OOO)의 사실확인에 의하면 「OO건업이 청구법인으로부터 위 공사를 하청받은 후 다시 청구외 OO건설(OOO, 사업자등록번호 OOOOOOOOOOOO)에 재하도급을 주어 OO건설(OOO)이 시공하였다」고 하나 OO건설(OOO)은 1995.3.7 사업자등록후 1996.6.30 무실적ㆍ무신고 사업자를 이유로 사업장관할세무서장이 직권폐업시킨 업체이므로 1997.4.2～1997.6.10 기간중 위 공사를 시공하였다는 것은 사실이 아니며, 또한 청구법인은 대금결재내역등 실질공사와 관련한 소명자료나 금융거래증빙등을 제시하지 못하고 있어 청구법인의 주장은 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건은 청구법인이 청구외 OOOOOOO제약(주)로부터 GMP 공조설비공사를 수주한 후 건축공정(알미늄샷시 및 크린룸 설치공사) O부를 하도급 주어 공사를 시공하면서 ① 자료상으로부터 공사와 관련하여 사실과 다른 세금계산서를 수취하여 부가가치세 매입세액공제신청을 하였는지 여부와 ② 공사원가를 전액 부인하여 법인세를 과세하고 동 금액을 대표자 상여로 소득처분한 처분청의 과세처분이 적법타당한지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

국세기본법 제14조

【실질과세】에서 「① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의O 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.」라고 하고 있고,

같은법 제16조

【근거과세】에서 「① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다. ② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사ㆍ결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.」라고 하고 있다.

부가가치세법 제21조

【경정】에서 「① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.(1995.12.29 개정)

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때」라고 하고 있다.

법인세법 제9조

【각사업연도의 소득】에서 「① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “익금”이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.

③ 제1항에서 “손금”이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다.」라고 하고 있고,

같은법 제32조

【결정과 경정】에서 「② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제26조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

⑤ 제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다.」라고 하고 있다.

같은법 시행령 제94조의 2

【소득처분】에서 「① 법 제32조 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여ㆍ배당ㆍ기타 소득ㆍ기타 사외유출로 한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(출자자인 임원과 그와 제46조의 2 제3항의 특수관계에 있는 주주가 소유하는 주식 또는 출자지분을 합하여 당해 법인의 총발행주식 또는 총 출자지분의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고,

조세감면규제법 제36조

제5항 및 제40조의 5 제6항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 출자자인 이사중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.」라고 하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

쟁점(1) : 청구법인이 수취한 세금계산서가 「사실과 다른 세금계산서」인지 여부와 청구법인이 선의의 거래당사자에 해당되는지 여부에 대하여 살펴본다.

청구법인은 공사발주자인 청구외 OOOOOOO제약(주)의 공사지시에 따라 건축공사를 하도급으로 시행하면서 OO건업 OOO로부터 견적서를 제출받아 계약을 체결하였고, 사업자등록증 및 공사완료 여부등을 확인한 후 세금계산서를 수취하였기 때문에 당연히 OO건업 OOO가 시공한 줄 알고 있었으며, 공사수주와 하도급 거래는 O정거래처와 계속하여 반복되는 것이 아니라 O회적으로 이루어지는 관계로 OO건업이 위장사업자인지, OO건업에서 OO건설에 재하청하여 시공하였는지 여부등을 그 당시 청구법인으로서는 알 수 없었다는 주장이다.

이 건 관련서류인 공사도급계약서, 청구외 OOOOOOO제약(주)의 O부대금지급상황, 청구외 OOOOOOO제약(주)가 작성한 경위서와 그 외에 청구법인의 업종등을 감안하면 청구법인은 냉동기ㆍ공조기등을 전문으로 제작ㆍ설치하는 업체이고 판넬 및 창호공사등 건축분야공사는 청구법인의 업무영역이 아니나 제약회사의 정밀시공을 요하는 GMP 공조설비의 특성상 공사를 분리하여 발주하거나 시공을 할 수 없음에 따라 공사발주자인 청구외 OOOOOOO제약(주)로부터 O괄 수주하여 공사를 하게 되었고 청구법인은 OOOOOOO제약(주)와의 당초 공사계약조건에 따라 위 건축공정부분을 청구외 OO건업(OOO)에게 하청을 주었다는 주장으로 미루어 볼 때 이와 같은 공사진행 및 업체선정이 실질적으로 OOOOOOO제약(주)의 주관하에 진행된 것으로 인정되는 점은 있으나,

청구외 OO건업은 자료상으로 확정된 자O 뿐만 아니라 이 건 공사와 관련하여 청구외 OO건설(OOO)은 「OOOOOOO(주)에서 발주한 위 공사를 본인이 하도급 받아 1997.4.2부터 1997.6.10까지 시공하였고, 공사완공 확인과 동시에 공사대금을 수금하였으며, 그 당시 OO건설은 폐업상태였기 때문에 세금계산서를 발행할 수 없어 OO건업 OOO 명의로 공사계약체결 및 세금계산서를 발행하였다.」고 진술하고 있어서 위 증거서류만으로는 실지시공자가 확인되지 아니하고, 이와 관련하여 청구법인은 청구외 OOOO이 위 하청공사를 시공한 사실을 입증하지 못하고 있다.

위 사실관계 및 세금계산서 수수경위등을 보면 청구법인은 실제시공자가 아닌 사업자로부터 세금계산서를 수취한 사실이 객관적으로 명백하게 확인되고, 또한 청구법인이 제시하는 소명내용등을 볼 때 청구법인이 이 건 거래시 O반적으로 요구되는 주의의무를 다한 선의의 거래당사자라고 할 수도 없어 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 97.1기 부가가치세를 추징한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.

쟁점(2) : 공사원가를 부인한 처분 및 대표자 상여로 소득처분한데 대하여 살펴본다.

청구법인은 청구외 OOOOOOO제약(주)로부터 GMP 공조설비 공사를 수주받아 1997.2.13 계약을 체결하여 공사를 진행하였고, 1997.6.18 금 360,000,000원의 매출세금계산서를 발행하였으며, 청구외 OOOOOOO제약(주)의 사실확인서, 공사완료확인서 및 현장사진등에 의하면 청구법인이 「알미늄 샷시 및 크린룸 설치공사」를 하도급으로 시공한 것은 사실로 인정되나 쟁점공사금액이 165,000,000원(VAT포함)인지 여부와 실제로 공사를 시공한 사업자가 OO건업(OOO)인지 아니면 OO건설(OOO)인지 여부등에 대하여는 실질적인 공사진행을 공사발주자인 청구외 OOOOOOO제약(주)에서 직접 주관한 관계로 청구법인은 확실한 입증자료를 제시하지 못하고 있다.

처분청은 이 건 금융자료조사결과 1997.6.30 공사발주자인 OOOOOOO제약(주)가 OOOO은행 OOO지점으로부터 이 건 공사와 관련한 시설자금으로 251,000,000원을 대출받아 공사시공자인 청구법인의 예금계좌(OO지점 : 예금구좌번호 OOOOOOOOOOOOOOOOO)에 입금하였고, 1997.6.30 청구법인의 위 예금계좌에서 251,000,000원이 전액 현금으로 인출되어 청구외 OOOOOOO제약(주)의 예금계좌에 입금되었으며, 청구외 OOOOOOO제약(주)는 같은 날 165,000,000원이 아닌 112,000,000원(수표 3매)을 출금한 사실등이 나타나므로 OOOOOOO제약(주)가 공사대금으로 165,000,000원(VAT포함)을 직접 지급하였다는 청구법인의 주장은 사실이 아니라는 의견이다.

이 건 공사와 관련하여 공사발주자인 청구외 OOOOOOO제약(주)는 「상기 공사중 건축(알미늄샷시 및 크린룸)공사는 별도로 OO건업(OOO)에게 총 150,000,000원(부가세 별도)에 발주하여 시공하려고 하였으나 정밀시공을 요하는 GMP 공정상 OOOOOOO(주)에 O괄 발주하게 되었으며, OOOOOOO제약(주)에서 직접 결제하기로 한 공사계약조건에 따라 OOOOOOO제약(주)가 공사대금을 지급하였다.」고 확인하고 있으며, 공사와 관련하여 1997.6.19 OO건업(사업자등록번호 : OOOOOOOOOOOO)에 약속어음 20,000,000원(만기O : 1997.10.31), 14,450,000원(만기O : 1997.9.30), 10,000,000원(만기O : 1997.10.31)등 합계 44,450,000원을 지급하였고, 1997.7.16 청구외 OO건설주식회사(사업자등록번호 : OOOOOOOOOOOO)에 약속어음 5,000,000원(만기O : 1997.11.20), 7,000,000원(만기O : 1997.11.20), 24,000,000원(만기O : 1997.11.20)등 합계 36,000,000원을 지급하였다고 하면서 OOOO은행 OOO지점을 지급처로 한 금융자료와 OOOOOOO제약(주)의 보조원장(지급어음장)등을 제시하고 있다.

위 OOOOOOO제약(주)의 보조원장(지급어음장)상에는 OO건업(OOO)에게 약속어음 44,450,000원을 교부한 것으로 기재되어 있으나 어음 배서내용을 살펴보면 대금수령자는 청구외 OO건설주식회사로 되어 있어 실질적으로 OO건설주식회사가 공사와 관련하여 OOOOOOO제약(주)로부터 수령한 금액은 위 44,450,000원과 36,000,000원등 합계 80,450,000원으로 인정된다.

처분청의 금융자료 조사내용과 청구법인이 제시하는 위 심리자료등에 의할 때 알미늄샷시 및 크린룸 설치공사와 관련하여 청구법인이 165,000,000원(VAT포함)을 이 건 하도급 공사비로 지급하였다는 주장은 금융자료등 객관적인 증빙에 의해 확인되지 아니하여 165,000,000원 전액을 공사원가로 인정할 수 없다하겠으나 공사발주자인 청구외 OOOOOOO제약(주)가 지급한 위 44,450,000원과 36,000,000원등 합계 80,450,000원은 하도급공사대가로 지급된 것으로 인정되므로 이 금액은 공사원가로 손금산입하고 대표자상여처분금액에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 O부 이유 있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

【관련법령】

「법인세법」 제20조 【자본거래등으로 인한 손비의 손금불산입】 / 「법인세법시행령」 제46조 【여비 등의 손금불산입】